1VLRA

Crystal structure of mrna decapping enzyme (dcps) from mus musculus at 1.83 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
300
structure length
290
Chain Sequence
PVRLPFSGFRVQKVLRESARDKIIFLHGKVNEGEDAVVILEKTPFQVEHVAQLLTGSPELKLQFSNDIYSTYNLFPPRHLSDIKTTVVYPATEKHLQKYMRQDLRLIRETGDDYRTITLPYLESQSLSIQWVYNILDKDRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILREGQEAILKRYQVTGDRLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAQVIENLECDPKHYQQRTLTFALRTDDPLLQLLQKAQQER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Rna binding protein
molecule keywords mRNA decapping enzyme
publication title Crystal structure of an Apo mRNA decapping enzyme (DcpS) from Mouse at 1.83 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 80
structure length 290
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1vlrA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1vlrA03
3.30.2240.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain 1vlrA02
5RHNA 4NK0A 1ST0A 4NDIA 2OIKA 3TW2A 3I4SA 3OHEA 4QEBA 1KPCA 2Q4LA 5I2FA 1GUPA 5IPDA 3BL9A 4NJYA 3FITA 3O1CA 3KSVA 3BLAA 3NRDA 4XBAA 5ED6A 1XMLA 3O1ZA 2H39A 2FITA 1Z84A 4FITA 3O1XA 5EMTA 1HXPA 3N1SA 4EQHA 5CS2A 5IPCA 2Q4HA 3OMFA 3R6FA 3L7XA 4EQGA 3ANOA 4EQEA 3LB5A 1ST4A 5FITA 5I2EA 3SZQA 3WO5A 2FHIA 3N1TA 6FITA 1GUQA 4INCA 4QDVA 4NDHA 3I24A 3SPLA 4NJXA 4YKLB 3OJ7A 5ED3A 4QDEA 1HXQA 1VLRA 1Y23A 3SPDA 1KPFA 2EO4A 4EGUA 6RHNA 1FITA 3IMIA 1ZWJA 1AV5A 3O0MA 4ZGLA 1KPBA 5IPEA 4NJZA 1KPAA 4ZKVA 4NDFA 1EMSA 5IPBA 1XMMA 1RZYA 3OXKA 1FHIA 4INIA 3SP4A 4RHNA 3RHNA 4ZKLA 4NDGA 3BL7A 1KPEA 3P0TA 5IN3A 3QGZA 5BV3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OKYA 5AM7A 4MF1A 3UIUA 2UW0A 1OB3A 1KV1A 3Q52A 3GU6A 3QQHA 3SHEA 4ZS0A 3TW2A 2EXCX 2HW6A 4C0TA 1DAWA 2JKOA 3OHEA 5J95A 2XIXA 3FJQE 4IC8A 5C03A 4TWPA 2IW6A 5CLPA 4KA3A 3HKOA 1MQBA 1YXXA 4OTIA 1PXPA 4NUSA 1GUPA 4E4NA 3MH2A 3LFCA 4LRMA 2BILB 2OZAA 3CY2A 4FIEA 3KULB 4XV2A 5CF6A 5HVYA 4CMTA 2YIQA 3IECA 5M44A 3R9DA 5EI8A 4USEA 3RM6A 4I94A 3C9WA 4FKLA 3C50A 3MW1A 4KRCA 3B8QA 1WBVA 1KSWA 2VU3A 2V22A 4MBLA 4BCQA 4CMUA 2PZIA 4FUYA 5HI2A 2GFCA 4QMPA 1NXKA 3WOWA 2G9XA 4IADA 4D1XA 4I5MA 4ENXA 3CJGA 1FGKA 1XH7A 4PL5A 4X2FA 5T3QA 2ITWA 4ZMFA 2XKDA 3P4KA 1LEZA 4BICA 2W06A 3JS2A 5LARA 3KN5A 3UTOA 4HYSA 4GK2A 4P90A 5L6PA 1XO2B 3NWWA 4GL9A 4E20A 4UN0C 3ACKA 4QMLA 1XR1A 1OL6A 3R9RA 4NZWB 3PPKA 4DT8A 1OMWA 4LRKA 2RGPA 2XBJA 2HZ4A 2J6MA 2YM3A 3R01A 3TNQB 4AZTA 4MXCA 2GTNA 2VWUA 3BHTA 4NWMA 2IVUA 4RX9A 5DOSA 3VC4A 3VONA 3LCOA 3OBGA 3SRVA 5L2WA 3ANRA 4F0FA 2PPQA 2W5AA 5T68A 3F88A 3TUBA 1HXQA 3L9LA 2QG7A 1WAKA 2VGPA 3I6WA 4I4EA 3ORLA 4YSMA 4MQ2A 4A9YA 4CCUA 3QZGA 3E7OA 4IFGA 4FV3A 4BYIA 1OUYA 5HG9A 2FYSA 3F2AA 3BU5A 5DH3A 2B1PA 3E92A 5GJFA 5LCJA 3GFWA 2F4JA 2GMXA 3EOCA 3OZ6A 3IMIA 3EJ1A 1FGIA 1Q99A 3FQHA 2BHEA 3Q32A 2CHLA 4TYHB 3PE1A 3CP9A 1JPAA 2HY81 2JFMA 4AA4A 1XBBA 1U54B 1U5QA 3CBLA 4FZ6A 4GEOA 4YZ9A 5IPJA 4NDFA 3O7LD 3OVVA 4FTQA 3DK3A 2Z2WA 3MFSA 3DY7A 4KUJA 5E8WA 4AZEA 4ZSJA 1I44A 2PVRA 3VS0A 1RZYA 4DFNA 1PXJA 1Q8ZA 4PNIA 1DM2A 3QQKA 2HIWA 1FBNA 3FY2A 3SP4A 2WEIA 1U5RA 2BAKA 3A7JA 4L43A 1Y8YA 3FL5A 2JDRA 4IWQA 4FR4A 3FSKA 3DXPA 3O23A 5FTQA 4IX6A 5FP5A 1P14A 3LW0A 3QXOA 5GINE 3P0TA 4E5BA 4PWNA 4IFCA 3A60A 2PVLA 4XV3A 1G8JA 4H58A 3JVSA 2J0KA 4K18A 5DR9A 5DWRA 5FTGA 3T9IA 4DFXE 4NK0A 1HCLA 2X6EA 3PRFA 2Q0BA 1ZARA 4M97A 3W2RA 1Q97A 1FPUA 4FSRA 4YBKA 2Y4IB 4YUQA 3UG1A 4BDHA 3RNIA 4AA0A 4D55A 4PP7A 4BTKA 1YI3A 2R3JA 4XG6A 3EQBA 5HCZA 4ID7A 4CXAA 3BYSA 4BCOA 4ZTLA 3VAPA 4DYMA 3LJ0A 4IM3A 3SXRA 2PHKA 2UZTA 3A99A 4N6ZA 2XJ0A 4KIOA 4NM3A 4RRVA 3ZZEA 3FZSA 5CVFA 3ALNA 2ZV8A 3KRRA 2NPQA 2C47A 5CNOA 3WF9A 3LQ3A 4MNEA 2VWBA 3OCSA 2CN8A 4NJDA 4TN6A 5HG5A 5LVLA 1YHSA 1STCE 2VTAA 3RWQA 3LCDA 5EK7A 3NW5A 1OKWA 2ETKA 3W32A 4YC3A 5AX3A 2W99B 2QQ7A 2XANA 2YWVA 3EN6A 4JNWA 5IQBA 3SLSA 4A4OA 4ZTHA 5CF4A 2XCHA 4EZ3A 4TXCA 3GP0A 3F69A 2YM4A 3DAEA 4CT1A 3PDTA 3OTUA 4AZFA 4CV8A 3OMFA 1U46A 2J50A 4X2KA 2PMOX 1NY3A 2B4SB 4V05A 1IASA 2QOHA 4U3YA 3QC4A 4K2RA 2WQBA 5CU6A 3L8XA 5EDPA 4DH3A 5KKRC 1YXUA 4KNBA 3FZPA 4C4FA 3PSCA 5A9UA 2YITA 2O63A 4PDYA 5EYCA 2BROA 3C1XA 4FSUA 2I0VA 3D14A 5K4IA 2SRCA 2XK3A 3SDJA 2VTLA 2W1HA 3GCVA 3KA0A 4EOJA 4FL2A 3C4ZA 5IEYA 2X2MA 3QRJA 3EYGA 3O8PA 2ZM4A 3I24A 4F0GA 5AUVA 4M7IA 4H36A 4OT6A 1R0EA 2ZB1A 4EK6A 4YKLB 3FV8A 3EKNA 3AKLA 3RPSA 4A06A 4M67A 3ZEPA 4EH4A 5BUIA 1YHVA 1VYWA 4IZ5A 5FM2A 4GJ3A 3WF5A 2C3IB 3QZFA 3S1HA 2XEZA 1TFFA 4J8MA 5CI7A 4HOKA 2ETRA 5AM6A 2WGJA 4GIHA 4AZVA 2QG5A 1PXOA 5KO1A 5CALA 3R8PA 1W83A 3FMKA 2IZTA 5IA4A 3RPOA 5JZJA 4LGGA 4ASDA 4IZYA 3WZKA 1ZY4A 3DKGA 3OCTA 4IWOA 5JFSA 4XUFA 4BVUA 3A8XA 2Y4PA 4GFOA 2XNPA 2H9VA 2XJ2A 5C4KA 2W4KA 5H9BA 4K11A 2F57A 3TI1A 4AXEA 3V3VA 3LZBA 4ZTSA 3MPMA 5KZ0A 5L8LA 3LMIA 1MUOA 3E64A 3HRFA 4G16A 4WIHA 4Y85A 4GJ2A 5A6NA 5M4IA 4FIJA 4MVFA 4F9CA 5TF9A 4OR5A 4X21A 1GNGA 2XF0A 4DE4A 5KBRA 1WBOA 4E6CA 3FLYA 1FVTA 4EK8A 2G15A 4GCJA 4F9AA 5DPVA 4D1ZA 4RLLA 3NUYA 3FZOA 2R3RA 3Q2JA 2BDFA 4QTEA 3VBVA 2IZUA 2VO0A 5F4NA 3Q4CA 3U4UA 2VTMA 2V7OA 1TQMA 4JIAA 1Q62A 2EWAA 2V7AA 3V5WA 2ZYBA 1QL6A 4C3RA 4S33A 2R0UA 3U51A 2UW3A 3HV6A 4S31A 4FYOA 5BVKA 3E87A 3FMDA 4O0WA 4GVJA 5A46A 2WMQA 2C68A 2P0CA 3Q5IA 2CJMA 2WHBA 4RG0A 3G5DA 5D7AA 5I9VA 2EU9A 3P9JA 2NRUA 2WTJA 5ANKA 1WFCA 3HP2A 2QR8A 3L8SA 5HIDA 4BI1A 5A4QA 3MDYA 3I7CA 3EL8A 4KSQA 5AUTA 3R22A 2C1BA 3QX4A 1CDKA 2XIRA 5BVFA 1H00A 3HA8A 3O1ZA 4ERWA 3EQPA 4UV0A 3N1SA 4G17A 4UWCA 4ZTRA 4CFMA 2Z7RA 4ZSLA 2J0LA 4TTHB 2Z7LA 4EL9A 3FPQA 1F0QA 1CTPE 5FXSA 5H8EA 2C3KA 5JZNA 5CTPA 4WUAA 3NVKI 3ZSIA 5LCKA 4YJPA 1Q5KA 3F7WA 4FT7A 4IAAA 3R1SA 4HZSA 4ITJA 4RWLA 4WNKA 4KB8A 4PQNA 4Y83A 3S4QA 4ANBA 4YZMA 4EUUA 5EKNA 1YWNA 3NUAA 4PTGA 1R39A 4RVTA 4F9WA 4IJ9A 4Y5QA 4X2JA 3UIMA 4FNZA 1WVWA 3HGKA 3VUHA 4AW0A 4I5CA 3GCSA 1CM8A 2E9PA 3UO4A 2C1AA 4UB7A 3FZTA 3F3VA 2CKEA 3CD3A 1U59A 4TWCA 4EOIA 2IW8A 1Q3DA 1NW1A 3FZRA 3ZH8A 2CKPA 4J99A 4BY9E 4MWHA 1R3CA 3OXTA 2A27A 2J0MB 4PMTA 4XLVA 2QHMA 3TWJA 1R78A 1J3HA 3QRUA 4D2SA 4IWPA 4EQUA 1Z5MA 2J9MA 3FI2A 4LDTA 4XH6A 4ASZA 3SOAA 4NL0A 4P5ZA 2QLUA 3BV2A 4CMOA 5DRBA 3LFAA 4GK3A 1XH8A 5E1EA 3Q6UA 3UNZA 4M0YA 5HG7A 4EK4A 5HE0A 1FITA 3D15A 5H8BA 3OEFX 4V0GB 4GU6A 3KRLA 4I4FA 2ZV9A 4PDOA 1OKVA 3E8DA 2XB7A 5AUZA 4E6AA 2WMUA 2JAMA 3GCPA 3V8WA 3ORXA 3QA8A 1ZYCA 4RQVA 5HGIA 2BKKA 4YJQA 3AKKA 3DZQA 4QYFA 4FEWA 4TWNA 4O7TA 1VR2A 3PTGA 4TYIA 4INIA 2CGVA 4B8MA 3E62A 3UPXA 1WCCA 2Q83A 5LMAA 2HWPA 2VUWA 3KMUA 4NM0A 4OGRA 5EG3A 3O0GA 4DBXA 1SMHA 5EHOA 4E26A 4NDGA 3DQXA 4R1YA 5HU3A 4RIYA 2C5OA 1W7HA 3AC3A 4NTTA 2GHMA 4CZTA 4HVGA 5J1VA 4HNIA 5HBHA 3QGZA 3QRIA 2VTHA 2W1EA 3CD8A 3I0QA 3IDPA 2UZBA 3BRBA 3DGKA 2WMWA 1OIRA 4FA2A 3ZSHA 4H3QA 4X2GA 3AGMA 2AYPA 2Q0NA 4BZDA 4KINA 1OM1A 5ANGA 4G5JA 4Y46A 2FUMA 2YAAA 2YCRA 1PRYA 2GNFA 4MXZA 4NFMA 2OKRA 3COMA 2QNJA 3EQFA 3FLZA 3ZHPC 3IW7A 2FH9A 3REPA 4NJYA 4HNFA 4LOQA 2GU8A 4FVQA 5IA2A 5AIKA 3ENMA 4ZEGA 2IVTA 2WQEA 3NW6A 4YJRA 2C5VA 3DKFA 4QP8A 2BZHB 3FY0A 1H01A 4YZNA 1AQ1A 3OUKA 3TMOA 3HV4A 5CAQA 3DV3A 5M4CA 3IPHA 4CQEA 2B0QA 2VNYA 2VWWA 3O96A 4AA5A 3AD6A 4V04A 3PXFA 4FZ7A 4RIXB 4DEIA 1ND4A 5EM7A 5IH5A 3O1XA 3W18A 5AEPA 2DYLA 1GZNA 3PG3A 3W2CA 5L6WL 4YBJA 3KGAA 5ITAA 2HXQA 2V0DA 4YHJA 4FZDB 1U4DA 5B2KA 5BYZA 4QMZA 2EB3A 4R77A 5M55A 1EH4A 1XWSA 2HZ0A 1BX6A 3RTPA 4F7SA 2H34A 4LQMA 5HVKA 4JQ7A 3GC7A 3R8MA 2OG8A 3LLAA 4FIFA 4O83A 4DFLA 4OBOA 1J7UA 5HE1A 3LFEA 4JDHA 3TTIA 4EQGA 1CKJA 3HMNA 2HELA 1SVEA 3KEXA 5IQHA 3TYKA 4FTAA 5CXHA 4AN2A 1O9UA 3NRMA 4AXCA 4PRJA 3SXSA 2VWVA 4WD5A 2JAVA 1IAHA 4M68A 3CGFA 3OCGA 1JKKA 4ZLYA 4EC9A 4RIOA 5EQEA 3PXKA 4LMNA 4FGRA 3KRWA 2KULA 3FI8A 4HVDA 5CEPA 2E9VA 3BBTB 2I1MA 5KCVA 2WB8A 4EOMA 3PG1A 3T3UA 4FTJA 3ZS5A 2R7CA 3DBFA 3HDNA 2CLQA 2YDKA 3UC3A 1J91A 4YURA 1KPFA 4FSYA 3IW6A 1O6YA 3I5NA 3P23A 2REIA 2R3QA 3UZPA 3E5AA 4OW8A 4QYEA 2GNLA 4MD7E 3R83A 5AV2A 4L42A 4GW8A 5J9LA 4I5HA 5HD7A 5AA9A 4HPUE 3RZBA 3BLQA 2B9FA 4DEDA 4BDAA 1PXKA 1JBPE 4I5PA 5AFVA 1GAGA 3CLYA 2C6TA 2J5EA 4DEGA 2OWBA 3K5VA 3RGFA 3GU5A 5DYJA 5BPYA 4O0UA 3PIYA 3E88A 3PXQA 2WOTA 4JG8A 1XKKA 3LE6A 3DAJA 4K9YA 2XK6A 3ZLWA 4O6LA 1UU9A 1EMSA 2G1TA 2X7GA 5HCYA 5I9ZA 4EYJA 4LV8A 4S30A 5EM5A 2R5TA 4IANA 3QCYA 2OSCA 1YRPA 2OK1A 3QAME 3LJ1A 1CKIA 3KN6A 3ZU7A 2UW4A 4DBNA 4IDVA 3VQUA 3P5KA 4GRBA 3C4CA 3CQUA 4IB5A 3F3ZA 5EHLA 4NK9A 5L2SA 4JG7A 5D41A 4AAYA 2ZAZA 3N51A 2W05A 2WFYA 3UVRA 3IOPA 2ITXA 2BZKB 3BHYA 3N9XA 4A7CA 2J7TA 2QHNA 5CVHA 2AEGA 2ZV2A 4RJ3A 4C2WA 1KE7A 2W96B 2XNBA 4I6LA 1UKHA 4H3PA 1YVJA 3C51A 4KKHA 4YU2A 4QQTA 2R7JA 3KXNA 4BDJA 4KWPA 4MH7A 4HCUA 4MXYA 5ANJA 1XH9A 2R3NA 5I9YA 3VRZA 5LWMA 3CC6A 2GU0A 3CE3A 3FMNA 1NVRA 4AOTA 1PXMA 4QMNA 3AQVA 4GFMA 4RIWA 2XIZA 1MRVA 3GCQA 3UYSA 2EB2A 4UXLA 3FLWA 3G15A 2IPXA 4CSVA 3EN7A 4PF4A 4BDCA 2VGOA 1QPEA 1Q8YA 2QOFA 3D94A 2Z60A 1V0PA 4FTLA 2BRMA 3KB7A 4IBMA 4ZLZA 5IH6A 4JS8A 4BYJA 1HXPA 3AC1A 5C01A 3SV0A 3ZLXA 4CCBA 4I5TA 3D7ZA 1P5EA 5DR2A 4EQHA 3L8PA 3RAKA 2GNJA 3MY0A 4IQ6A 4O86A 3C0IA 3C4XA 3T3VA 4IHPA 4PTCA 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