3TDVA

Structure of the gdp complex of wild-type aminoglycoside 2'-phosphotransferase-iiia
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
301
structure length
301
Chain Sequence
QNKLHYTTMIMTQFPDISIQSVESLGEGFRNYAILVNGDWVFRFPKSQQGADELNKEIQLLPLLVGCVKVNIPQYVYIGKRSDGNPFVGYRKVQGQILGEDGMAVFPDDAKDRLALQLAEFMNELSAFPVETAISAGVPVTNLKNKILLLSEAVEDQVFPLLDESLRDYLTLRFQSYMTHPVYTRYTPRLIHGDLSPDHFLTNLNSRQTPLTGIIDFGDAAISDPDYDYVYLLEDCGELFTRQVMAYRGEVDLDTHIRKVSLFVTFDQVSYLLEGLRARDQDWISEGLELLEEDKANNFGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Enterococcus gallinarum
publication title Aminoglycoside-2' phosphotransferase-IIIa (APH(2')-IIIa) prefers GTP over ATP: Structural templates for nucleotide recognition in the bacterial aminoglycoside-2' kinases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gentamicin resistance protein
total genus 101
structure length 301
sequence length 301
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3tdvA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 3tdvA02
3T9TA 2YCSA 4RSSA 2C3LA 3ZFMA 4U43A 4PMSA 3U4WA 4MXZA 3KMUA 4FK6A 2B9IA 2DQ7X 3AD6A 4D1ZA 5KKRC 4XJ0A 4FT7A 2NP8A 2WNTA 3C51A 3QUDA 4NFNA 4EC8A 3MYGA 3NYVA 2YAKA 5CAUA 4O0TA 3F69A 3PXFA 4KIOA 4BTMA 2JLDA 4IAFA 5EKNA 1QPJA 2QG7A 3ZSGA 3PRFA 4F1TA 3DCVA 2R64A 3GU8A 3W8LA 3NCGA 3LQ5A 4QYFA 4YZBA 1CKJA 4M0ZA 1PXMA 2WOTA 4UB7A 2WO6A 2F7EE 4R3RA 1XH4A 1YXTA 2YJRA 3B8RA 4IB1A 4II5A 1P2AA 2BRGA 5JH6A 3PTGA 4N6ZA 2UW4A 3COKA 5AP0A 4DBNA 5LMAA 3A62A 3VW8A 1M14A 5CAQA 3UQGA 4FTAA 3OCTA 4TYHB 2B9FA 2WXVA 4GIIA 3A7HA 2W1IA 1GNGA 3PXKA 5FBNC 5IQBA 2JD5A 1OITA 3SG9A 3UYSA 3WE4A 2XMYA 5TOZA 2VTRA 4JX7A 2C0IA 2W5HA 5EW3A 1KE6A 4ALVA 4D55A 4F9BA 3D94A 3BYOA 3TUCA 3R7IA 4IAAA 1XH5A 4YJQA 3EQBA 3Q4TA 4IAZA 5E4HA 3TTJA 2PTKA 4E6AA 3CQWA 3ZUVA 4RPVA 1OKWA 3S3IA 4FSZA 2UVZA 2FSTX 4FSRA 4FKOA 4HYIA 4OTIA 4ZOGA 3ZU7A 4TWNA 4U44A 1YXVA 2JAMA 3CEKA 4QYYA 4RWIA 2Z7LA 2ZMDA 3Q4UA 3WZJA 1WVXA 4C3RA 3P5KA 5HBEA 1RE8A 4HZRA 3OOMA 3VS6A 5LVLA 4U40A 4OBQA 1CDKA 1PXKA 3BYUA 3QXOA 3O2MA 3TJCA 3VBTA 4YJNA 2EUFB 4CSVA 2J5EA 1Y91A 3F2AA 3Q3BA 4XRLA 3SW7A 3R22A 5D1JA 4TYGA 2UW7A 2Y0AA 3PJ1A 3QWJA 3QD0A 5HU3A 3LFBA 2R5TA 4ANMA 3TKHA 1Q62A 1Q61A 3IDBA 2BHEA 4O7WA 4UZDA 2WAJA 3FI3A 5DR6A 2OFUA 3UC3A 4IMYA 3UP2A 3ZFXA 4C59A 4HVGA 5AP5A 3VBYA 3QCXA 3ZFYA 1R78A 3VHEA 4Z3VA 2BKKA 4RJ8A 3TI1A 3ZO2A 3ORZA 1HCKA 1CSNA 4L3JA 4S2ZA 5KO1A 3ZRLA 5EFQA 3KRLA 2G01A 1LEWA 5LQFA 3K5UA 2W99B 2WTKB 2YISA 4ORKA 3D7ZA 1TQIA 3H9RA 1BLXA 4JG6A 4RRVA 1WBSA 1GZOA 1VR2A 3FY0A 3L8SA 4KD1A 3RCDA 3JXWA 1A9UA 4DYMA 1KOAA 3FV8A 3GU4A 3P23A 4LUDA 3KULB 4DC2A 5M07A 2F9GA 2ZDUA 4JR3A 4E4MA 3NMUF 4UEUA 5H2UA 3TN8A 4FSTA 5EKOA 2UZUE 3ZZWA 1OKZA 4U45A 3DKFA 2JIIA 1UKHA 4V0GA 2VWZA 1H28A 2EB3A 3AC1A 3E7OA 4EKKA 1R0PA 1XBAA 3N51A 3QXPA 3W2QA 3PY1A 3R9RA 4MEDA 5J95A 2J4ZA 1ZY4A 2WQNA 2WTIA 4ZTQA 3QGWA 4WG3A 4GIHA 4A07A 3GVUA 3P7BA 5GJFA 3D15A 2WTDA 4L9IA 2OJIA 1OZ1A 5LMBA 4K0YA 4A4OA 1O6KA 4BCOA 4C4FA 4NTTA 5L2SA 3U9NA 1M2QA 5IQDA 2DWBA 2CPKE 4A9YA 4IB5A 2FSOX 5EM8A 1SVGA 2H6DA 4IFGA 4QMVA 4UXQA 1G5SA 3VF9A 2ZB1A 3DOGA 4FYNA 5KHXA 5DEWA 2WB8A 2FA2A 2YM6A 3HV4A 5CANA 1HCLA 4EOOA 4WNPA 4IB0A 2HXLA 4GUBA 4RJ7A 5EHYA 3Q9WA 3ZSIA 5M08A 3UNZA 2OH4A 2OW3A 4XS2A 5C9CA 4DGOA 4EOKA 3JUHA 4JDKA 2YDJA 1VEBA 2OZOA 4PMTA 4C35A 1U5QA 5TKDA 2R3NA 1ZMVA 3GOPA 3F3UA 3G6GA 4CCBA 4FUXA 1H1SA 3KMWA 3PJ8A 3LQ3A 4ITJA 5HLWA 5CU0A 4P5QA 4FI1A 4HOKA 3GU7A 2CSNA 3FXWA 5ANKA 1PXJA 1PJKA 3LLAA 4AS0A 3DAEA 3CJGA 4KBKA 4YPDA 1H27A 3UZPA 4RT7A 2IWIA 3GCPA 3V04A 4PY1A 4S30A 5EOBA 4NM7A 4EL9A 2QOBA 5CVFA 5ACBC 4L01A 5FEEA 3UVPA 4KA3A 4QP1A 4WUNA 4D1XA 3UOLA 4X2KA 3ORNA 3FYKX 2VTQA 4L68A 4AOJA 3AC2A 2W1GA 3O71A 1ZAOA 2B55A 3U55A 5GNKA 4F0GA 3FQSA 2G2IA 4FYOA 1OKVA 4AF3A 2YM5A 4DEIA 3AD5A 3O96A 4EK3A 2ITZA 2O63A 3UIBA 4AFJA 3HDNA 3HYHA 3QRTA 3M42A 3KC3A 4APCA 3DLSA 5BYZA 4C4GA 3NNXA 3QZFA 4I6QA 1O9UA 2IVSA 4IWQA 4U42A 3I0OA 4NL0A 5IEXA 4CFWA 5EI2A 3SOAA 2W4OA 4O2ZA 5ANJA 3C4WA 3THBA 2R3JA 3LM5A 4RC3A 4UXLA 4J52A 3R1QA 5HKMA 5HE1A 4RJ4A 1AGWA 2A4LA 4BVUA 5CNNA 4EH7A 3FL5A 4QMYA 5IMEA 4ZY4A 4LOPA 4P5ZA 1OL1A 3FWQA 4ZJJA 4XV2A 5C27A 1OKYA 4C7TA 4IWDA 1GOLA 3NW5A 4XEYA 2ZM1A 5CF4A 2C3IB 4MAOA 3ZC6A 1H08A 4CMTA 1V0PA 4CT1A 1OIRA 2HELA 3R02A 3DKOA 5IUIA 4FIHA 5L6PA 2BTSA 4RMZA 4Q5EA 2AC5A 4B8MA 3R9HA 3OY3A 4ZJIA 3QALE 2VTSA 4K77A 5KKRB 2JEDA 4PUZA 4O2PA 4IM2A 5BMSA 2PVLA 2XJ1A 3Q04A 5AJQA 4MXAA 5AWMA 3GFWA 4MBIA 2R3OA 4USFA 2W17A 1BL6A 3PSCA 4AG8A 3FLSA 5AV4A 4D5KA 2QONA 4O38A 2PVJA 2HAKA 4QP9A 3BGZA 1U5RA 4L00A 4ENYA 4FZFB 3GEQA 4J97A 4I5CA 4KIQA 4XP2A 4F6UA 4BDGA 3R30A 1OL7A 2C6EA 4IFCA 4AA4A 1P14A 3OUNB 3KA0A 4NW5A 2ZAZA 4JDIA 4EHGA 4EONA 4K9YA 4YZ9A 3TWJA 1YDRE 3R7EA 2YEXA 4O0WA 5AUVA 1TQMA 3C4ZA 4BDCA 5FDPA 4U94A 4PTEA 5DIAA 3CE3A 4NH1A 1Q97A 3Q4ZA 2Z7SA 3EQDA 2ONLC 3CD3A 4O27B 1YWRA 3LOKA 4I5HA 2WMTA 3RKBA 1JKTA 3CY2A 4U6RA 2XNOA 3IPHA 1OB3A 4UN0C 3M11A 1P5EA 4FV0A 4IBMA 4Y46A 5CI7A 4FZ6A 3RCJA 3WBLA 4YGAA 5JRSA 4ZMEA 4BCGA 3DBFA 1APME 3QAME 3NPCA 4IC7A 5KMLA 2J9MA 5HIDA 3IOPA 5HLPA 4R7BA 3PXYA 3MGYA 3BU6A 4GK2A 3UDBA 4BCFA 5HTCA 3DAKA 4BDKA 5CXZA 4EHEA 3DNEA 4CFXA 4H1JA 4Y5HA 5D9HA 4R7IA 1GIHA 4J71A 3TM0A 3TDWA 4F7SA 1H26A 1UNGA 1OBDA 2PVKA 3CPBA 2YIXA 4FZAB 2I0YA 2VRXA 5C1QB 4BF2A 5IA2A 3KEXA 4TYHA 4F09A 3E3BX 2A0CX 5E8WA 3L9PA 2ITUA 2A1AB 5DT4A 4FKGA 4GRBA 4HVHA 4FZDB 4JJRA 5KZIA 4IE9A 5CAOA 3GCUA 2R0IA 4BHNA 4RIXA 3GFEA 2GFCA 3KXHA 2J50A 3VUGA 5J87A 4I6FA 4FIGA 4N70A 5J5SA 1OPJA 4BZNA 4NYEA 5C4KA 3H10A 5FXRA 1GAGA 2C3JA 3KB7A 5AX9A 4AACA 4BI1A 5LCJA 2UVYA 3OFMA 4EBWA 2P3GX 3A4OX 2GS7A 3D7TB 3QUPA 3V5QA 3RAHA 3W33A 2IN6A 3VIDA 2OIDA 1OUKA 3FC2A 4YTHA 3IW4A 4XH6A 3UIXA 2GNHA 3KXGA 5HNBA 4QMMA 4FV9A 4DT9A 5CNOA 2HK5A 4TZRA 4YZNA 2QCSA 2P2IA 3ZH8A 4FTMA 3CKXA 2JDOA 2FH9A 3F66A 4ASDA 4OGRA 4TWPA 4YJRA 3PJ2A 3OWKA 4B4LA 3QA0A 2F7ZE 3ALOA 3ATSA 5FD2A 4BTJA 3ORMA 4DAWA 4GS6A 5LVMA 1J7LA 4QMWA 2E2BA 2UW0A 4L43A 4X3FB 4A9UA 2CMWA 3LXPA 4Z16A 5CY3A 1MUOA 2XP2A 3IW6A 4M15A 4AT3A 5AP6A 2W1CA 3I79A 3V5TA 2PE1A 4GUEA 1GY3A 4FKVA 4XX9A 4ANBA 3HMOA 4ZS0A 3PZEA 2C3KA 3RNIA 4K6ZA 1WBPA 3FMMA 1G3NA 3HA8A 3DK6A 4XUFA 1Q8ZA 3FC1X 5HE0A 3UPZA 4C2WA 4L6QA 2XJ2A 3BHVA 2OO8X 4ACDA 3IQ7A 5KCVA 3UMXA 5LMKC 3ORTA 3G2FA 1O6YA 3NUXA 5EYKA 5T68A 2HWOA 4WOVA 3AC4A 3CXWA 4ZZNA 3WE8A 3HP2A 2XK7A 5FEDA 3MS9A 1YI6A 5B2LA 3QKKA 5E8VA 3NAXA 2JFLA 2J0JA 3HAVA 5EM7A 3RM7A 2Z60A 3KULA 2C4GA 2PSQA 2XIRA 1R39A 3DXNA 3NRMA 1H1QA 2XKFA 3E5AA 4JBPA 2OXXA 3LCOA 2C0OA 4QMZA 4WBBB 4G1WA 3TV4A 4AGWA 3HZTA 2P55A 3A99A 4BCNA 3VULA 3W8QA 4IZ7A 2JC6A 5EQEA 3RAIA 1NT2A 2YACA 5ANGA 5F94A 4PDPA 3D0EA 5M4IA 3E63A 4QP2A 3BELA 2ERZE 4RVTA 1YI4A 3NNWA 2OBJA 4EOQA 4I92A 3QBNA 4MXXA 4Z7GA 5IH4A 4QOXA 4I21A 3UO6A 5F4NA 1M2RA 3QTXA 4N4SA 4UWYA 4QMSA 1ZMUA 4M68A 4IW0A 4Y72A 2V5QA 5AP4A 3O17A 4CFMA 1OM1A 1QL6A 5LVOA 2VO3A 2W9ZB 3PA3A 3OXZA 3D83A 2YIYA 3DDPA 4I6BA 4M69B 1YVJA 5EK7A 5TR6A 5HBHA 2UW5A 3R1NA 4I93A 3NZ0A 4A4XA 4ASZA 4L42A 2OJFE 4I20A 2IW6A 3P08A 4H3QA 4U7ZA 3BIZA 3CSVA 1Q4LA 3DZOA 3CIKA 1K3AA 2XJ0A 4FSYA 4M7IA 3TG1A 4D1SA 3UVRA 2VTNA 3F7ZA 2I0HA 2BZKB 3KCFA 2XEYA 2O2UA 4AGCA 2BRHA 3QRIA 3JYAA 2FVDA 4G9CA 1H4LA 5L2TA 4O91A 4EK6A 5ICPA 2QOQA 2YWPA 4RX5A 3Q96A 2HENA 3VRYA 4MD7E 1YHWA 3MBLA 3LW0A 4M12A 1JLUE 2RFSA 4U81A 4EYMA 4BKJA 2HY0A 1XH9A 4NCTC 4TYJA 3AD4A 1B6CB 4S32A 3Q6WA 2XK9A 4FTIA 4F70A 4HGLA 2F2UA 3BCEA 2QU5A 4W4YA 4TWCA 3HMNA 3KRWA 4L3PA 4USDA 4D9TA 3HAMA 4BR3A 4WZYA 3UGCA 3E64A 4I41A 4DFYA 4YNEA 1IASA 2CCHA 3SDJA 2WQMA 5KBQA 2CN8A 4FT3A 5AX3A 2WTJA 3E62A 1J91A 4G9RA 4RFYA 4OT6A 4ZXTA 3SW4A 3QHWA 3VJOA 4I94A 4DFUA 4XYFA 3PP0A 1WZYA 4GYGA 1Q3DA 4QNYA 2GSFA 1LUFA 5IISA 1CKIA 1JAMA 2WFYA 2OSCA 2R3IA 4L8MA 4MCVA 1UU7A 4IX3A 3LFSA 4IAIA 4F9CA 3V8TA 4EJ7A 4G6LA 3EFWA 1OECA 2OJJA 5HE2A 3NGAA 2VUWA 5AV1A 3T8OA 3N4UA 4WNKA 2C1AA 1LR4A 4CG9A 3DNDA 4YSMA 4OR5A 5DT0A 5CLPA 4DF3A 1Y6BA 4G6NA 1GZKA 1E9HA 3OTUA 4M67A 4C4HA 3LMIA 2KTYA 5CEIA 2J0IA 1SNUA 3LFCA 4CRLA 3U54A 5KE0A 4DGLC 5CF5A 4CRSA 3RPYA 1TQPA 4GVAA 3MV5A 4XG8A 4AA5A 3HECA 4BB4A 4EOPA 1T46A 4AQCA 3UNKA 5I9VA 3VS3A 2JBPA 3PA4A 4DFLA 4EZ7A 2REIA 3QYWA 2OF2A 4TKSA 3G0FA 3F5PA 3ZSHA 5K5NA 1PXNA 4XLIA 4GG7A 4FEXA 3BQRA 3LM0A 1GJOA 2WTWA 3BV2A 4U5JA 4H3BA 4YJVA 5CVGA 3WARA 3AMYA 2W1FA 5J7HA 2X1NA 4CVAA 2R3PA 4EWHA 5EI6A 4C4IA 4DFNA 3QD2B 3TTIA 4YZCA 5AAGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3AC3 A;  3VBV A;  3PE1 A;  3MH3 A;  3Q2J A;  4CFV A;  1ZAR A;  5EM6 A;  3WYX A;  2ZFY A;  1PXP A;  3LXL A;  3PPJ A;  4FKR A;  3WF8 A;  5CU3 A;  3MA3 A;  1NXK A;  2BUJ A;  3L1S A;  4DT8 A;  3KKV A;  2NRU A;  5G6V A;  1Q8W A;  4FG7 A;  4BDH A;  1MQB A;  3E7V A;  2OFV A;  4UWC A;  2B1P A;  1SYK A;  3O7L B;  4Y83 A;  2J6M A;  4KKE A;  2C69 A;  4IWO A;  4RLL A;  3MH2 A;  2RL5 A;  4YBK A;  4BGH A;  2ZM4 A;  5KZ0 A;  3LCT A;  1AQ1 A;  1FGI A;  4GT5 A;  3K2L A;  4JR7 A;  3P0M A;  2OXD A;  4L44 A;  4QPA A;  2XK3 A;  4NU1 A;  2OLC A;  5AM7 A;  3PWY A;  1BX6 A;  3QC4 A;  5FDX A;  3F3V A;  3R2Y A;  4FTC A;  4NJD A;  3Q5I A;  4KB8 A;  2C5Y A;  3L9M A;  2VTI A;  3AGM A;  4FTT A;  3V5J A;  5KMO A;  3S0O A;  3QC9 A;  3TJD A;  2ZDT A;  3C0I A;  5HHW A;  1IEP A;  3VBX A;  4ONA A;  4ZTH A;  3DT1 A;  4XG9 A;  4F6S A;  2A2A A;  3HV6 A;  3QQK A;  5CEQ A;  3WZD A;  4C4E A;  1RJB A;  3RWQ A;  3OEZ A;  3R8P A;  3PPZ A;  4QMN A;  1VYW A;  3FI4 A;  2XYU A;  3V5P A;  3SXF A;  4YTI A;  1KV1 A;  3QQJ A;  4GKI A;  2PUU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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