4N57A

Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase aph(2'')-iva adp complex
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
RTYTFDQVEKAIEQLYPDFTINTIQISGKGNDCIAYEINRDFIFKFPKHSRGSTNLFNEVNILKRIHNKLPLPIPEVVFTGMPSETYQMSFAGFTKIKGVPLTPLLLNNLPKQSQNQAAKDLARFLSELHSINISGFKSNLVLDFREKINEDNKKIKKLLSRELKGPQMKKVDDFYRDILENEIYFKYYPCLIHNDFSSDHILFDTEKNTICGIIDFGDAAISDPDNDFISLMEDDEEYGMEFVSKILNHYKHKDIPTVLEKYRMKEKYWSFEKIIYGKEYGYMDWYEEGLNEIRS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
publication title Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2'')-IVa ADP complex
rcsb
molecule keywords APH(2'')-Id
total genus 93
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4n57A01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 4n57A02
3Q52A 4ALVA 1UNLA 4F9AA 4GVAA 3B8RA 4I4FA 4YZNA 4DAWA 4RQKA 2NPQA 2CLXA 4LM5A 4H1MA 3ZUTA 4JI9A 2BZHB 4B8MA 3TNQB 2IJMA 1BI8A 3BRBA 4ZJIA 2VNWA 4L68A 4A4XA 4E4XA 2PUIA 4XJ0A 1RE8A 3ANRA 3GOPA 2C6EA 4AW1A 4G6NA 3UMWA 2UUEA 5IQGA 4EK4A 4M68A 4DGMA 3W2PA 5L6OA 3FLNC 4ZZMA 3FMKA 4PL4A 3OCSA 4IDTA 2HW7A 2Z8CA 5H8BA 2YN8A 3TV7A 3RM7A 4D4VA 3VRYA 3LLAA 1GIHA 4FSUA 1IA8A 4OTIA 4CNHA 5HTCA 5HBEA 3S95A 5E8SA 3VS3A 1V0BA 1NT2A 4FZDB 4LV5A 4HGLA 3Q60A 2QI8A 4TYEA 1YW2A 3PY3A 2CMWA 3Q53A 3FDNA 5DEYA 3IS5A 3UIUA 4BCFA 2PZYA 4G3CA 5HI2A 3WOWA 4GYGA 4IM0A 4IAIA 2ZOQA 3IKAA 3A7HA 3OCGA 5J9ZA 2BTSA 2VTSA 3EYGA 4QYHA 5CTPA 4ALWA 3K5UA 2Z60A 3D5XA 2R2PA 3GU4A 3QTRA 2W1GA 1YWVA 2CDZA 3FE3A 3OWPA 3NUXA 3UQFA 1UVRA 3AC3A 5K3YA 4ZS4A 3I60A 1OITA 3AT4A 3SRVA 3W2OA 5E1SA 4E5AX 4EUUA 5CT7A 3CJFA 1HCLA 3F82A 4I23A 5EI8A 5AMNA 1IA9A 1YXUA 3DBFA 3W10A 1F3MC 4F6UA 2AC5A 5E91A 2X7OA 4U6RA 4DT8A 3K2LA 3DS6A 3KGAA 1BX6A 5A3XA 2WMWA 3L8PA 5JZNA 3ANQA 4IWQA 3VBXA 4S2ZA 1FVRA 1K9AA 4LQMA 5EFQA 3LKMA 3RKBA 1JBPE 4U8ZA 1WFCA 2CGXA 4GYIA 3W33A 4K0YA 4IADA 2YM7A 4WNOA 3REPA 3VW6A 2XA4A 4ZJJA 3NUUA 5HICA 3WIGA 3HDMA 3SW4A 3ZONA 3EQPA 4QOXA 3UVPA 2ERKA 4XH6A 5FBOA 3LQ3A 5GNKA 5J8IA 4MXCA 3PG1A 3ZZEA 1CDKA 5IQCA 4N70A 3W8QA 3BBWA 3NWWA 3RTPA 5L8KA 2UZTA 3OUKA 1X8BA 3MSSA 2XCHA 2Z02A 4FTLA 3RK5A 2XCKA 1H1SA 4J99A 2VGOA 4FZAB 2NRYA 4YP8A 3LXNA 2C68A 2CLQA 4DYMA 4B99A 3KY2A 5C01A 4RVLA 4ITJA 1PW2A 3UPXA 2J0JA 4IAKA 3UZRA 3GP0A 2BILB 3KMUA 4H3BA 4GFGA 4RJ5A 4TZRA 3MFTA 2F49A 2YCSA 1ZOGA 4V05A 1S9JA 1Q99A 2RKUA 4I22A 2J7TA 4DCAA 2BKKA 1EH4A 1PXKA 4XV9A 3TM0A 3U87A 5GIPE 4XV3A 3GXLA 1YXVA 3EJ1A 2F7XE 3EQBA 2IZTA 4IVDA 4X3FA 4BYIA 4CMUA 4EK6A 3MIAA 3UG1A 4EWQA 4U0IA 3GC0A 4FKOA 4XRLA 1SZMA 4NCTC 1MUOA 2CKOA 4QMQA 3PP1A 3PZHA 4XMOA 3FKLA 2PHKA 2UZWE 2CSNA 2VRXA 4RJ8A 3BKBA 4FSTA 3KXMA 2JDTA 4FKWA 4XX9A 4ZY5A 1H01A 4R6VA 5AUUA 2NO3A 3G5DA 3KMWA 3P08A 2OK1A 4C34A 3GU7A 1NVSA 2C0OA 2OZAA 2H6DA 3AC8A 5CQUA 4BBEA 2BRHA 1P5EA 3MW1A 4DEGA 4FTTA 5KUPA 3KQ7A 1OIUA 2DYLA 5LVPA 3D2KA 5KZIA 3UQCA 4O0TA 3N9XA 5IQEA 1PF8A 2ETKA 4WNPA 5M4UA 4XBRA 3H9RA 4E6DA 3AMYA 1OL1A 4RWLA 5CZIA 4G5PA 2X9FA 2R3MA 3HYHA 4DEEA 4JIAA 3SA0A 3LCOA 3HLLA 3ZCLA 4Z7HA 5C4KA 3VBWA 3HP5A 4FE2A 3ATSA 3NIZA 1XH7A 3QZHA 5HEZA 1XH4A 3FI4A 5ANDA 4RPVA 3BHTA 5J1WA 5T6KA 3FXWA 1WAKA 3MH2A 4E5BA 4WT6A 4OTQA 3OP5A 2HW6A 4OBPA 3RPSA 3HV4A 4JQEA 3UNJA 1ZYSA 3K3JA 3V8WA 3VS6A 2ZV9A 5IF1A 2WMSA 4NFNA 3TCPA 4MF1A 3ORKA 3VJOA 2VWXA 3DK6A 4C61A 5IISA 1ZLTA 4RA5A 3NCGA 1R78A 4GU9A 5E9EA 3MPAA 3T3VA 4I0SA 1A9UA 4FTOA 4MD9E 4IAYA 4R5YA 1MRVA 2XK6A 5HU9A 4JDIA 3I0QA 4O0UA 5AAEA 2OW3A 1W7HA 4H05A 4RLKA 3KU2A 1XWSA 4ZTNA 4UY9A 2E9UA 4YMJA 3OROA 2G2IA 4R1VA 4AT5A 4RA4A 4MBIA 4R78A 3C0GA 4UZDA 3WZJA 4Q9ZA 5LQFA 3ZFMA 4PP9A 2GNFA 3KF7A 2VWUA 4EBWA 1YRPA 4I24A 1DAYA 2C6LA 4M12A 2P3GX 3W32A 3ZO4A 4F7LA 5AUZA 5G6VA 3FMJA 4FTJA 5HCXA 3PA5A 5HX8A 2KULA 2OXXA 4IACA 3FSFA 1A06A 4C62A 3F5UA 4ANLA 3KB7A 5J9LA 2NRUA 4YJNA 3OBJA 3Q2JA 4G34A 4H1JA 4WNMA 2R3OA 4W4WA 4YBKA 5AJQA 4BZOA 5ETIA 3QUPA 4USDA 2OJ9A 4IB3A 4AXAA 2R3QA 1KE6A 1G3NA 4MXYA 3OOGA 5AX3A 5ANKA 3D94A 4WKQA 3VBVA 4RX5A 3NUNA 5K5XA 4GRBA 5JFWA 1VZOA 5AM6A 5J87A 3VS0A 1GIJA 1TQMA 2ZJWA 3PZEA 2YFXA 4L67A 3OY1A 4U44A 4XBUA 5A54A 2PPQA 1YVJA 3DPKA 1SVGA 4C4JA 1JAMA 2YWPA 4H3PA 4JRNA 3WZKA 4AUAA 4ERWA 2JFMA 3MVLA 3Q4UA 2PZRA 3L8SA 2IW9A 3SV0A 2R5TA 5IQFA 2QC6A 3ATTA 4XP3A 3QRUA 4QTCA 3U51A 4AZEA 4FG8A 4ZSGA 3F3WA 4CV9A 4WBBB 4EOMA 2XEZA 3ALOA 4ARKA 5HBHA 2OIQA 3KXXA 2BTRA 3Q6UA 4O7TA 4DH8A 2PVHA 4UXLA 3PWDA 2WQBA 4YJPA 1XO2B 1F0QA 4EOLA 2H9VA 3OWKA 1U4DA 3OEFX 5AP0A 2XNOA 4MK0A 3F5PA 3AT3A 4N4SA 2XK3A 2O63A 1ZOEA 4O21A 2B9JA 3C7QA 4AGUA 3P0MA 3C1XA 5E90A 3BE9A 3FV8A 3IGGA 4YLKA 3R30A 4TWOA 1DAWA 5BQ0A 2UW6A 3LFDA 1Q8TA 1OI9A 2PZPA 4AW2A 2X81A 4TWPA 5JSMA 4OR5A 2YDIA 3DFAA 3PVGA 4LGHA 2WQOA 5ACKA 4IHPA 4FT9A 4QP3A 1FOTA 2QHNA 2OSCA 4IDVA 3G51A 4FSQA 1WMKA 2KTYA 4J95A 2CJMA 3DTCA 3EB0A 2XKFA 4FGBA 4XG6A 4KAOA 1WBVA 2IW8A 1S9IA 5M55A 3PSCA 5F95A 5HVYA 4BF2A 5A4EA 5CASA 1O6LA 2X8IA 3WILA 4AE6A 3CLYA 2X9EA 3DDPA 4UZHA 4FKGA 4KRDA 5HG7A 5HLPA 4C02A 2FYSA 1BMKA 5HLNA 3EMGA 4ZXTA 4TYJA 5AUVA 1XQZA 1OECA 4GMYA 3P23A 3QUDA 2V7AA 2PK9A 2YM6A 3N4TA 3TG1A 5L6PA 4U80A 4FGRA 4UEUA 4EH6A 3DKOA 4EHEA 3MTFA 5AAFA 2IZSA 3EZVA 2PVYA 2W9ZB 4FEQA 2R3PA 2XRWA 4XUFA 3ZEPA 2C6MA 5HCYA 3LCTA 3NNXA 2VWYA 3U8WA 3DNDA 3VNTA 4JG8A 5KMJA 3FMLA 1MRYA 3BYUA 3NLBA 4L3LA 3SXSA 4EUTA 3V5WA 3R8UA 4NCTA 3HUCA 2W1FA 2E9PA 2EB2A 2X0GA 3DB6A 3CGFA 3QKLA 4J7BA 5AA9A 4RIWA 3EN9A 2C5NA 4O0YA 5AIKA 5ANEA 4BB4A 4QP2A 4FMQA 3OEZA 4WA9A 3GCPA 3W1FA 4I5PA 4LUDA 3QTIA 2AC3A 4FSMA 3KCKA 5DPVA 5DYJA 3UE4A 2WU6A 4AN3A 4F6SA 4DFLA 4GK4A 3W0QA 4XRJA 3IDBA 3Q2MA 3IGOA 3CTHA 4ITHA 3QRKA 4F1MA 3HAMA 3Q96A 5EM5A 3ZM9A 4CZUA 4DG2E 2HIWA 2F7ZE 5F94A 2C1BA 3AGLA 2PVFA 4Y85A 2W1DA 5CF6A 3QD2B 5IH6A 4O83A 4E6AA 3GFWA 3ZRMA 4EH5A 4USFA 1AGWA 3TNHA 3L9NA 2ZV8A 1ND4A 4FV3A 2HZ0A 1UKHA 3ZBXA 5K4IA 4A4LA 3Q6WA 3W0MA 3ORLA 4D55A 4KWPA 5T3QA 3O23A 3R1QA 4U81A 3OUNB 4CVAA 2R4BA 1OKWA 4QNAA 5FM2A 3JVSA 2FSMX 4L00A 3UOLA 5M44A 4FKSA 3IECA 4UYNA 1Y8GA 2BIKB 2WQMA 1OIQA 1YDRE 4XG4A 4AP7A 1PYEA 4JJRA 4DG3E 1ZMWA 1P2AA 4JT3A 3R28A 3E8EA 3KK8A 5DFPA 3OF0A 1J1BA 4U9AA 4FKTA 3PPKA 3AC2A 2WMUA 3ETAA 3QTUA 2FGIA 3ZM4A 4X0MA 5TKDA 3N4UA 1SNXA 2HZIA 1J7IA 4DLJA 2ITNA 4E1ZA 3IQ7A 3TXOA 2C30A 2YA9A 4PTEA 2PZIA 4RJ4A 4L8MA 4LGGA 3DKCA 5H2UA 4JBPA 4C0TA 3MIYA 5AADA 1ZZ2A 3QGWA 2QR8A 3D15A 3TZ8A 2A27A 2C6IA 2XB7A 2XYNA 3SD0A 2FSLX 3BV2A 4J1RA 3ZLXA 5FEQA 2O3PA 3PIXA 2EB3A 5EOBA 4J52A 4Q9SA 4UWCA 4K33A 3JXWA 5EM8A 1PMUA 4ZTMA 4CFUA 1WBTA 3PVBA 4LRJA 3UG2A 3LIJA 4XOZA 3W2RA 5E8YA 4CT2A 4MXZA 5JRQA 2WOUA 3E5AA 4L42A 3TTIA 1BL6A 3EKKA 3KEXA 1H8FA 2Y8OA 1KV2A 4WD5A 3QU0A 3MY5A 2BDWA 2P0CA 4FT5A 3V8TA 3C51A 3HMMA 2WHBA 2W4OA 2YM4A 4AFEA 4FV2A 3TWJA 3QALE 2QG7A 2P2IA 4BIEA 4DFBA 2UW0A 5IDPA 2WO6A 2WTIA 3ZUVA 3QQJA 5H8EA 3R1SA 2IO6A 3RK9A 3P5KA 2QKRA 2XM9A 4J8MA 2RGPA 4YTCA 5HLWA 5IDNA 2VTQA 4K18A 4PTGA 3NR9A 1W84A 4IJ9A 4RX7A 4RWIA 2ZM1A 2ZAZA 4GG7A 3PP0A 4I6FA 2PY3A 3QQKA 1NVQA 3E64A 3NVKI 3AC5A 4FL1A 4EONA 4R1YA 3FZTA 2IPXA 3SQQA 4AACA 1V0OA 2IVVA 4I0RA 3SW7A 4TW9A 2FH9A 5A4TA 3ELJA 3O2MA 3RWQA 3WZDA 3G9LX 5CY3A 2WU7A 4EHZA 5CEPA 3R7VA 3PFQA 2Y4IC 5BX0A 2WB8A 3TDWA 3QQUA 3TIZA 5EK7A 5DI1A 4U97A 3MBLA 3SDJA 1Q97A 5CNNA 5ETAA 2VWZA 5HO8A 3HMPA 2VD5A 2X4ZA 4GKHA 3OHTA 4DTBA 5A9UA 3UOKA 3AMAA 3PJCA 3E62A 2YISA 2UW3A 4FKPA 2YCQA 4NKAA 5H9BA 1YXSA 4IFCA 2YEXA 2B55A 3ODZX 3FYJX 4H36A 5C26A 3OXIA 5FTGA 5HIEA 3TJCA 2HZNA 2XYUA 2R3LA 2WMTA 3F3TA 3HX4A 2OF4A 3MA3A 4XCUA 3ULZA 4AGCA 4FV4A 2H34A 2XH5A 4FK3A 4FV9A 3SHEA 1Y6AA 2OJGA 2YABA 4X21A 4D28A 3Q5ZA 4O27B 4GSBA 4C59A 3NYXA 3HV6A 1UU8A 4RC2A 2B53A 4M15A 5LXMA 3A61A 1Y91A 4L7FA 3BLQA 1RJBA 3OVVA 5IMXA 5KHWA 4DA5A 2FB8A 4RJ7A 4BDAA 4EH7A 4RFMA 2XK4A 1GJOA 2JITA 3I7CA 3IW5A 3PSDA 4UALA 5E8TA 5FXRA 1URCA 4GJ3A 2XKDA 4H58A 4Y73A 4JQ7A 1H1WA 2UW8A 3P86A 3A62A 3QCXA 4IB5A 4BKJA 3UVQA 1K3AA 4EH8A 4GH2A 4UWYA 5D7VA 5LVNA 3IO7A 2UW5A 3HAVA 4AOIA 2J6MA 4K2RA 4KBAA 2IWIA 3P4KA 2YACA 3KA0A 3KRXA 5JFVA 4J53A 3ZRLA 2X1NA 3C13A 4FTMA 4RIXA 3UTOA 4ZLZA 3NCZA 5AWMA 3OC1A 4GUBA 3K3IA 4JAJA 2XNEA 3ZDIA 5KO1A 3DB8A 5BMSA 5C4LA 3FI2A 3E8CA 4R5SA 5K4JA 2ZVAA 2VN9A 4ANBA 3QQFA 4S34A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4A9T A;  4QMP A;  4HVH A;  3PUP A;  5JFS A;  3R7Y A;  3OXT A;  2CNQ A;  2QD9 A;  1UNG A;  3ENM A;  1QL6 A;  3ZXT A;  1V0P A;  2O64 A;  4G5J A;  1KUT A;  3FC1 X;  2JC6 A;  4DGO A;  1BUH A;  4FII A;  5LMB A;  2X2M A;  2WTC A;  2QG5 A;  3EFJ A;  2G9X A;  2NP8 A;  4HCV A;  2QHM A;  3BEA A;  3F66 A;  3VUH A;  2QOQ A;  3POO A;  4O38 A;  4XYF A;  4R7B A;  4BTM A;  4NYE A;  1MP8 A;  2WTD A;  4BCI A;  2XJ2 A;  3EQF A;  3MFR A;  4QTE A;  5BVD A;  2PMO X;  4ASD A;  1ZRZ A;  4U3Z A;  3HKO A;  4IVC A;  4B0G A;  2W06 A;  5HNI X;  4IAN A;  3D7T A;  2PZ5 A;  3BPR A;  1XH8 A;  3SC1 A;  2ESM A;  2JIU A;  2AEG A;  5IQH A;  3OBG A;  3ZTX A;  3AC1 A;  3BL7 A;  3O7L D;  4QPS A;  5IUI A;  4BDF A;  2PE0 A;  5M57 A;  3F88 A;  3ROC A;  3DGK A;  4EK8 A;  4IX5 A;  4EOP A;  3Q04 A;  4C3P A;  2UZV A;  4NM0 A;  3CR0 A;  5CEO A;  2QO9 A;  2XIK A;  2JAM A;  5KX8 A;  4JBO A;  4K11 A;  4MQ2 A;  1U59 A;  3UO6 A;  3VS4 A;  5EKO A;  4D4R A;  1UWJ A;  2F7E E;  3C5I A;  3LCD A;  3QGY A;  3ZBF A;  3LZB A;  4L01 A;  3ORM A;  3C4Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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