2OLCA

Crystal structure of 5-methylthioribose kinase in complex with adp-2ho
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
392
structure length
376
Chain Sequence
KTPLYETLNESSAVALAVKLGLTLTCQEIGDGNLNYVFHIYDRALIIKQAVPYWPLTIDRARIESSALIRQGEHVPHLVPRVFYSDTEMAVTVMEDLSHLKIARKGLIEGENYPHLSQHIGEFLGKTLFYSSDYALEPKVKKQLVKQFTNPELCDITERLVFTDPFFDHDTNDFEEELRPFVEKLWNNDSVKIEAAKLKKSFLTSAETLIHGDLHTGSIFASEHETKVIDPEFAFYGPIGFDVGQFIANLFLNALSRDGADREPLYEHVNQVWETFEETFSEAWQKDSLDVYANIDGYLTDTLSHIFEEAIGFAGCELIRRTIGLAHVADLDTIVPFDKRIGRKRLALETGTAFIEKRSEFKTITDVIELFKLLVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Bacillus subtilis
publication title ADP-2Ho as a phasing tool for nucleotide-containing proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Methylthioribose kinase
total genus 145
structure length 376
sequence length 392
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.100: S-methyl-5-thioribose kinase.
pdb deposition date 2007-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2olcA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 2olcA02
4PMSA 2BRHA 2VTJA 5AUYA 3MWUA 5JFVA 3ZH8A 2R3OA 3OFMA 1PW2A 3R8VA 3DBQA 3QQKA 2GNLA 3B8RA 1URWA 3OD6X 3QGYA 4XMOA 4B0GA 3P9JA 3BV3A 3DTCA 3FL5A 3ZC5A 3QUEA 4EUTA 4WRSA 2JDTA 4FK6A 4Y8DA 2AC3A 2FSOX 2VD5A 3OF0A 1MUOA 4TXCA 1KE7A 2C6LA 2ITTA 3KXMA 5T3QA 4F63A 2O3PA 2CGXA 1YDTE 2VTOA 3EZVA 1GIHA 4L9IA 4Z9LA 1KOBA 3LJ2A 4EYJA 2C6OA 2B0QA 2HXQA 4P5ZA 5DIAA 5HNBA 3LFSA 3V6SA 2C0OA 4BR3A 4DAWA 2G01A 3FMLA 1ZLTA 4X2FA 2JDOA 4FIHA 4F0GA 3TZ8A 4X2GA 1K2PA 3EB0A 3FJQE 5E8ZA 1XH7A 4KIOA 3PY3A 2RF9A 1XH5A 2C3IB 5E9EA 3TI1A 1O6KA 3V8SA 2ZB1A 4O6LA 4D1XA 3RGFA 3OWJA 2EXMA 4K33A 4RWLA 4X2JA 4ZTNA 4FSNA 5KHWA 5IUIA 3O7LD 4FNXA 2PUNA 3EFLA 3DY7A 3MVHA 3DDQA 4UYAA 4BDFA 3U6HA 5CF4A 4HYIA 3CY3A 2NRYA 4I5MA 4R1YA 3ZC6A 1WBPA 1NXKA 2CKQA 4O21A 3SLSA 3EZRA 4RMZA 5JSMA 5LOHA 3HNGA 4ZK5A 3JY0A 4QP7A 2W05A 2WD1A 5AM6A 4BDIA 4E5BA 4BYJA 4ZS4A 5J9ZA 4CFVA 3ZU7A 5B2LA 4RIXB 2OI4X 2VTSA 3ORTA 3VS3A 2DQ7X 5LVPA 3IOPA 1M2PA 1RE8A 3PSBA 4YZBA 3FPMA 3SXSA 3EYGA 4HGSA 4DGMA 4U98A 2FYSA 2QHNA 2V5QA 2FSTX 4FVQA 2WTDA 4QNYA 1TQIA 3FSKA 4JJRA 3R1QA 4PF4A 3P4KA 3EQDA 5FEEA 4NKSA 3TEIA 1XHAA 3SHEA 2B53A 2BAKA 4FEUA 4DINA 3ENHA 5D9HA 3WF5A 2F7XE 3MA3A 5IEVA 4L67A 4W8DA 5JKGA 3TM0A 3BZ3A 4LV5A 3UIMA 2R7BA 2PVYA 3VS0A 2VTIA 1R0PA 3HMMA 1H27A 1IAJA 3OXTA 4EH7A 5IA0A 2E9NA 4JX7A 2EUFB 4MF1A 2YIQA 3ACKA 1UWHA 4XG2A 4BCNA 3TNIA 3OVVA 4ZLOA 3PVBA 3M1SA 3DJ5A 5ITAA 4RFZA 2OH4A 2VWIA 2GPHA 3P23A 4RVKA 2JKMA 2Z7LA 2OF2A 3Q9ZA 5DYJA 5ETIA 3EHAA 4O96A 2QOKA 2UVXA 4UZHA 3CLYA 5HTCA 3LPBA 4BTMA 2X2MA 3OT3A 3MPTA 5FP6A 1VR2A 4NSTA 3UQFA 2OKRA 2KULA 5KHXA 3VUKA 3QQFA 3OW4A 2BCJA 4XV1A 4FG8A 4JQ7A 5EKOA 3NAYA 2X7OA 2BAQA 3CQWA 1WBSA 3UIBA 4ZSGA 2PZIA 2W1CA 3IO7A 4CQEA 4WA9A 4U43A 5CEQA 3ZRKA 4MK0A 4FT3A 3NWWA 4FTRA 3JPVA 5HE3A 4XG9A 2C5YA 3RHXA 5AAEA 3VHKA 2CKEA 2W1HA 4FSRA 4HYSA 4DEAA 4IB1A 3BYUA 3DB8A 3E92A 3O51A 3WIGA 4F1OA 3WZDA 3FY0A 4YZ9A 2W1IA 3PG1A 3COKA 2FVDA 4ITJA 2WTWA 4DFXE 4II5A 4NUSA 1ND4A 2QQ7A 4QTAA 3PP1A 4AN9A 3I6WA 3ODYX 3U4UA 4PV0A 4DFLA 3TJDA 3DZOA 4TY1A 4YC3A 2PUPA 5AUZA 3ZUVA 1SVGA 4DFNA 3V8WA 3QQGA 3NLBA 4CTBA 5CAOA 4IVDA 2X1NA 3LE6A 4J95A 1WBTA 2IPXA 3VS7A 4U6RA 2I1MA 4O7PA 1G8SA 4O0WA 2BFXA 2IW9A 3U6IA 3A99A 3ZOSA 2JGZA 2H8HA 2VTPA 3FY2A 3OCSA 4FKUA 3KF7A 4K6ZA 4MXCA 3W8LA 5HG8A 3D15A 3I0OA 3ERKA 4C4EA 5I0BA 3MY5A 4FKPA 4F7LA 3RAWA 3HEGA 4R5YA 3RAIA 3Q5ZA 2FUMA 3P5KA 4RX8A 3QZHA 4FI1A 5TT7A 5KZ0A 3PVUA 4PQNA 4LQMA 1YVJA 3E8CA 3F6XA 4RT7A 4ZY6A 2ZMCA 3UYSA 5CI7A 4ZY4A 5CAUA 3ORLA 4GJ3A 3AC2A 3PLAE 4GFOA 2PMNX 3FL4A 3QTQA 4H39A 4IW0A 4DG0E 4HGTA 3ALNA 4I1ZA 5LCKA 2PHKA 3NAXA 2QOBA 3D2IA 3ZLSA 5IQHA 2GCDA 3R01A 1UNLA 3KFAA 1ZOHA 3L8XA 4K2RA 4FV3A 3EL7A 4G3FA 4KD1A 3BGQA 3EQPA 4FG9A 2HXLA 3W2RA 5IQDA 2ZM3A 3ZFMA 4YO6A 3MTFA 4GV1A 3CTJA 4XG4A 1IASA 3R7IA 5BVWA 2OIBA 2OW3A 2WTKB 2WTCA 1SM2A 2UZBA 3F7ZA 3PZHA 1ZMUA 5E8SA 5HG5A 5LJJA 5IUHA 4QYGA 5H3QA 3QX4A 2QC6A 4XS2A 4OTHA 3JY9A 3UC4A 4I21A 3W0MA 4IX4A 5L3AA 3UNKA 1YXUA 4FYNA 4BDEA 3U4WA 3DNDA 3F69A 2QHMA 3Q4CA 5C03A 4XBUA 4GKHA 4E8AA 3SXFA 4H36A 2I6LA 2QO2A 4IB3A 4OTQA 5IQGA 4EI4A 3RMFA 1QL6A 4RVTA 5EI6A 3DOGA 4L01A 2C1AA 4F9WA 4I0TA 2HELA 4H3QA 1OPLA 3FE3A 4FSMA 2BALA 3VBTA 2VWZA 5DT4A 3TNHA 5KMOA 1OB3A 4KB8A 1XWSA 3QYZA 4FTIA 5FDXA 4F9CA 4XJ0A 1W7HA 4H1JA 3BELA 4U3ZA 2G2FA 4O86A 5EM7A 3NGAA 4IX3A 4Y72A 2EU9A 3C0GA 1GOLA 2ITPA 3AD6A 1JKSA 4DBXA 4RLKA 4CT2A 5HIEA 2H9VA 2XNPA 4FV4A 4J96A 2QOLA 3D4QA 4LV8A 1XR1A 2VTLA 4BHNA 4EWHA 3W0PA 3BHYA 4OGRA 5M08A 2CNUA 4GL9A 1W82A 5FBOA 3FLSA 2UVZA 2BRNA 4IM2A 4M68A 5L6OA 4O7ZA 3UTOA 3DTWA 5AA8A 4FOBA 5I9XA 2Z60A 1A48A 3WIKA 3TJCA 1ZYJA 3NPCA 3Q4ZA 4GYGA 4NFMA 4X6RA 1WFCA 2RIOA 2PTKA 5LVLA 2EXCX 2XK6A 4KSPA 4FTMA 5FM3A 5AAGA 1V0BA 3VS4A 2E9VA 3I5ZA 4UX9A 4PDSA 5EW8A 2RL5A 3UODA 3W2PA 1JPAA 4ZTRA 3BI6A 5AP0A 3MN3A 2IZTA 5FXRA 1LUFA 3OWKA 5DG5A 4E5AX 4ZTQA 2GMXA 2HOGA 3S00A 3Q3BA 2C68A 5M07A 4XG3A 3ZEPA 4O0YA 4CV9A 3V5QA 2WO6A 4O7OA 4QMQA 2XB7A 2ITVA 3WZKA 1Q41A 5M57A 3HA6A 2YIWA 3UP2A 1J1BA 4R7IA 4R7BA 3W0OA 5C8KA 1KSWA 3M2WA 2WAJA 1IRKA 3CJGA 3G0EA 3GFWA 2JIIA 4V04A 5A4TA 2J9MA 3EOCA 2JEDA 3H0YA 1JOWB 2I0YA 3MESA 3ZO4A 2X8IA 3BIZA 3WI6A 4I3ZA 1Y6AA 3UNJA 3MI9A 3TDVA 4AA4A 5B2MA 2W9FB 2ACXA 1OI9A 3PXYA 3S3IA 3FZTA 5EYCA 1FVRA 3NYVA 1ZARA 4A4OA 2BHHA 5LCJA 3FEGA 3LCTA 1T45A 4MQ2A 3GOPA 4LG4A 5GJGA 3R8PA 3Q5IA 3R7OA 1H4LA 1PYXA 4L42A 4XV9A 2WMWA 3ELJA 4MBIA 3TUBA 1W98A 5TKDA 5BQ0A 2A2AA 3GP0A 1S9JA 2X4FA 4G6OA 3ZFYA 3MSSA 1P4OA 3QAME 2V22A 3QBNA 4KBCA 4JOAA 4QRCA 5A6NA 2X2LA 1PXNA 1UA2A 1FGKA 1Q8UA 5EYDA 4DC2A 4LOOA 5BMMA 3NMUF 3QX2A 1YHWA 3NSZA 4AA0A 4CMOA 5EYKA 4YJOA 3F5UA 5GJDA 5L8KA 3CIKA 3NX8A 4FT7A 2OGVA 3C5IA 3RAKA 1UKIA 5AV2A 5AAFA 4XLIA 4BIEA 2VZ6A 4X3FA 4I5HA 4O84A 4P4CA 3FV8A 3II5A 4CFFA 4JXFA 3WF7A 3WZJA 3W2SA 4JI9A 1K3AA 4RC3A 4CNHA 3CP9A 2DUVA 3BBTB 3CS9A 4GUBA 2CNVA 3VUIA 2BVAA 4NWMA 3EKKA 3Q04A 4R77A 2PVLA 5CT0A 3LFAA 5AV3A 3ACJA 3HVCA 4FBXA 2OIQA 2UV2A 3GC0A 2C5OA 4UYNA 5IH4A 3JUHA 4IFCA 2PMIA 5HE1A 4FTNA 2PK9A 4ASZA 5A14A 2XKFA 3ZLXA 1H01A 1YI6A 4FGBA 4QQCA 2A4LA 5A6OA 1XH4A 4MNEA 3RCJA 3VS5A 3Q96A 3W32A 1Q97A 2OH0E 3AC5A 3BWJA 1WVXA 4PNIA 4C38A 3RCDA 5C01A 2R3MA 3COMA 1VJYA 2QD9A 4HPUE 4FE2A 4N6YA 2QOOA 3HMOA 4IACA 4XX9A 4ARKA 4CCUA 2OJIA 1ZMWA 4XYFA 5D7VA 2CJMA 3TWJA 2A19B 3W33A 4BCQA 4IAZA 4EZ3A 4O7VA 4G17A 2ZV8A 3GU7A 3O50A 4G5PA 3FUPA 3HA8A 5BVOA 1XBAA 2JDVA 3EL8A 4P90A 1OVEA 3GFEA 4I4EA 4JRNA 4RG0A 5JZNA 4IAAA 4A9RA 3UO6A 4K9YA 3Q52A 2YAAA 3OUNB 4WHZA 3TV7A 5FP5A 4F7SA 5EQEA 2V7AA 3EN6A 3K2LA 3K3JA 4QTEA 1NVRA 1KV2A 3I1AA 5JK3A 5CSXA 1XH8A 2UW8A 5G6VA 5AV4A 4AG8A 3LQ3A 2JDRA 5CWZA 4YTIA 4D1SA 2Y6MA 4M12A 1BLXA 4YPDA 1PMEA 3VQUA 3W2CA 5HE0A 4ASDA 2YIRA 2YDJA 3CQUA 3G9LX 1ZAOA 3L9NA 3CD3A 2UZLA 1LEZA 4F6WA 3LZBA 3LXLA 3FYJX 3OTUA 4I6FA 4CGAA 1PXKA 4P5QA 3TXOA 4IZYA 2YDIA 2EB2A 3GVUA 4FC0A 2WMQA 3FC2A 3R7VA 3ZFXA 4IE9A 3VBWA 3VNTA 3HUBA 4WRGA 5E8UA 3PPZA 4LMUA 1M14A 3OWPA 4MXYA 3I79A 4YNEA 4FV7A 2VO3A 5HTBA 5AV1A 4Z55A 3ZBFA 3ATTA 2PZPA 1OL7A 2GSFA 3CY2A 3DT1A 3OOMA 3DNEA 2ONLA 4FIEA 2R9SA 4KBKA 4L53A 4PX6A 4RIWB 4YMJA 5HIDA 4ZOGA 3E3PA 4FTTA 2HY81 4EOJA 3QLFA 1J7UA 4AACA 4BY9E 1Y8GA 1OKWA 5I9YA 4GJ2A 3LW0A 4TTHB 3U9CA 2GFCA 4IJ9A 3BHHA 4LOPA 5HU3A 2VN9A 4FKGA 5BYLA 4FTOA 4ZMFA 4CVAA 3MFTA 4FODA 3BQRA 3JVSA 1XH9A 4FKSA 3OOGA 4KS8A 5FTOA 3MYGA 2XEYA 3QTUA 4HOKA 2YFXA 1AGWA 4FYOA 2X6DA 5CXHA 4YSJA 1VYWA 3FLWA 4YJUA 4TZRA 5JGBA 3A7FA 2WQMA 4N0SA 2WTKC 3RINA 5CVFA 3DV3A 3TN8A 3BHVA 4EEVA 2J4ZA 3F3UA 5F9EA 2ZVAA 4QP9A 5EDRA 3VWAA 4CFXA 3QXOA 2A1AB 5LWNA 2DYLA 3QC9A 2F2UA 2C69A 3EQRA 2J5FA 3HV4A 3I7CA 4BHZA 5IEXA 3FSFA 4AFJA 3LMGA 1P5EA 3ZZWA 3I5NA 4F0FA 1IG1A 4NL0A 2YM6A 4EK3A 5CEKA 4DEDA 3BYOA 5IMXA 4FL3A 4Z7HA 3MJ1A 3F7WA 5HICA 2JBPA 4FGRA 5H2UA 5ANIA 3OUKA 4L7SA 2XA4A 4JBQA 3U54A 2Y4IB 4E4XA 4U81A 1WZYA 2VWBA 4H1MA 2G9XA 4NM3A 2PPQA 3A8WA 2C6EA 2V0DA 3WARA 4DYMA 5I4NA 2Q83A 2VO0A 3EN5A 4B7TA 2YHVA 3L8SA 3HGKA 3IQ7A 5IA3A 4XNEA 4E6DA 4DLIA 5GIPE 3DKOA 5M4UA 2A27A 3C0HA 3FQHA 3W1FA 4RZVA 4EYMA 3KRXA 2C5VA 3TTJA 2WQOA 2JIUA 2BDWA 1VYZA 5EOBA 3QTZA 3IKAA 1V0PA 4IBMA 1CKPA 4G6LA 2XNMA 3OEFX 5ACKA 3G6GA 4D5HA 2UW9A 5EW3A 3O8TA 4ZS0A 4MAOA 2ZAZA 3R9NA 4I6HA 5J95A 1WBWA 2XK8A 4BDCA 3W10A 3AT4A 1BI8A 1CMKE 1JSVA 5EM6A 5HX6A 4AWIA 1CKIA 4RX9A 1PXOA 4A7CA 4G9CA 1R3CA 3RHKA 4FV8A 3HX4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3GC8 A;  3PWD A;  4QMN A;  5H8E A;  4IHP A;  2Y9Q A;  5HD4 A;  4XOZ A;  3E8D A;  3R9O A;  3A8X A;  4GG5 A;  4NH1 A;  5LMB A;  4QP3 A;  4BRX A;  4DFU A;  1XBC A;  1S9I A;  4TYH B;  3TNP C;  3DBD A;  4BZO A;  2R3G A;  3LAU A;  4HVD A;  4DG3 E;  4D4R A;  2X0G A;  4O0U A;  1YRP A;  2O64 A;  3L8V A;  5CAS A;  2W1D A;  4RA5 A;  1OIQ A;  1R1W A;  3VW8 A;  4JG7 A;  2W17 A;  4LI5 A;  1LP4 A;  2UZN A;  3OXI A;  2GTN A;  4QMX A;  3L1S A;  3BLQ A;  2JLD A;  3E64 A;  5HEZ A;  4ZJV A;  2KTY A;  2PML X;  3GCP A;  5L2W A;  1PXJ A;  3MFS A;  5GHV A;  5E1E A;  5CVH A;  1QPE A;  2C47 A;  3DXN A;  1FPU A;  2YIT A;  3P7B A;  2XJ1 A;  3O8U A;  3FLZ A;  4UXQ A;  3FZS A;  4G34 A;  3FWQ A;  1CTP E;  1KV1 A;  2UZU E;  1RJB A;  4RJ6 A;  4UBA A;  2XKD A;  5G1X A;  2UW3 A;  3R73 A;  4IAY A;  3ZM4 A;  2ITO A;  2G1T A;  3KUL B;  2VWY A;  5DA3 A;  5FUT A;  5FQD C;  3BU5 A;  3HV7 A;  4IX6 A;  4YC6 A;  4L00 A;  3FZP A;  3NCZ A;  3W16 A;  3NZ0 A;  4I92 A;  3R7U A;  3VQH A;  3UC3 A;  1OPK A;  1Q3D A;  2YWP A;  5EDQ A;  3FXW A; 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 5CF6 A;  2GQS A;  4UY9 A;  3ENM A;  4HPT E;  4RWI A;  2WMA A;  3SRV B;  3UMW A;  2OJ9 A;  4NU1 A;  2IVT A;  5J9Y A;  4YLJ A;  2BZJ A;  5FTG A;  2HW6 A;  2QOD A;  1J91 A;  4AU8 A;  1PKG A;  1OKV A;  4KWP A;  1B6C B;  3R21 A;  4RVL A;  3RK9 A;  3F3V A;  3U8W A;  1YWN A;  3IGG A;  4Z16 A;  4PTC A;  5BVK A;  3D7Z A;  4HYU A;  4IWP A;  1JLU E;  2J2I B;  3W0R A;  3GEQ A;  5CU0 A;  5DBX A;  4AX8 A;  4I94 A;  2BKZ A;  1JAM A;  2ETM A;  2H96 A;  3ORI A;  2C0I A;  3P1A A;  5DEY A;  2ITW A;  3TIZ A;  3PP0 A;  4C02 A;  3S2P A;  2JC6 A;  5DLS A;  4EH8 A;  4IZA A;  2UW6 A;  5IF1 A;  4FV1 A;  1MRU A;  2P2H A;  5E8Y A;  2PZR A;  4MX9 A;  2AUH A;  2CHL A;  4EOM A;  2R3R A;  3KU2 A;  2B9J A;  1LEW A;  3NW7 A;  1MQ4 A;  2PZ5 A;  3BGP A;  3WZE A;  4GT5 A;  5AJQ A;  4WSY A;  3HAV A;  4RIW A;  2CGV A;  5CF5 A;  3DK3 A;  2P2I A;  4IMY A;  3V8T A;  4LRK A;  1H1P A;  4ACH A;  4EK8 A;  3D7T B;  4BYI A;  2QI8 A;  4MXO A;  1UNG A;  3LMI A;  4UWY A;  1DAY A;  2ETK A;  2VTH A;  3PE2 A;  5JQ5 A;  4BCO A;  1UV5 A;  5C27 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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