4DCA | Genus

Total Genus 105

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	296
structure length	296
Chain Sequence	LDAEIYEHLNKQIKINELRYLSSGDDSDTFLCNEQYVVKVPKRDSVRISQKRELELYRFLENCKLSYQIPAVVYQSDRFNIMKYIKGERITYEQYHKLSEKEKDALAYDEATFLKELHSIEIDCSVSLFSDALVNKKDKFLQDKKLLISILEKEQLLTDEMLEHIETIYENILSNAVLFKYTPCLVHNDFSANNMIFRNNRLFGVIDFGDFNVGDPDNDFLCLLDCSTDDFGKEFGRKVLKYYQHKAPEVAERKAELNDVYWSIDQIIYGYERKDREMLIKDVSELLQTQAEMFIF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2'')-Ib, ADP-bound rcsb
molecule keywords	Aminoglycoside phosphotransferase
molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli
total genus	105
structure length	296
sequence length	296
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-01-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01636	APH	Phosphotransferase enzyme family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	4dcaA01
3.90.1200.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2	Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2	4dcaA02

3CY3A 5EH0A 5J9ZA 1OIRA 3IW6A 3FLWA 3AD4A 3HL7A 2H8HA 2XS0A 3Q2MA 3EFKA 4F9WA 4FKVA 3R9OA 4BI1A 4M0ZA 5ANGA 2C5OA 3KL8A 3GBZA 4CFMA 3DLZA 3NZ0A 3AQVA 3NYXA 5CT0A 2R3GA 3H0ZA 3ODZX 5DE2A 4QNAA 3U8WA 1H1PA 5E1EA 2AYPA 4LL5A 3LJ0A 3ZUUA 3D5VA 1LEZA 5JH6A 5AM7A 3U6HA 3UDBA 3Q32A 4RLLA 4RA4A 2IZTA 3QZFA 3L8VA 4XCUA 5AP7A 3BI6A 4PF4A 2YJSA 1Y6BA 4AX8A 4F9AA 3C0HA 2W1EA 5CTPA 2UW4A 4O2ZA 4ENXA 2C3IB 3D83A 4I20A 5C8KA 4NFNA 3FMDA 4J1RA 1CMKE 3UC4A 5BPYA 4ACHA 2X4FA 3K5UA 3CKXA 1J1CA 2R3MA 3KY2A 4TPTA 5AV4A 2E2BA 1XR1A 3EZRA 1FGIA 3CJGA 1YDTE 5I5ZA 4MXZA 3O96A 3FXZA 3QD0A 2I0EA 2YWVA 4GT4A 3RP9A 3R0TA 2GTMA 3BU6A 4UALA 4QP7A 4FODA 4IZAA 5GIOE 4USEA 1KSWA 3KB7A 3OWPA 1IG1A 3Q60A 2YM7A 3EQDA 3FKOA 2J7TA 4FKSA 3R9DA 3UG2A 2B9IA 4BIBA 4X3FC 1E1VA 3RWQA 5HG7A 1IAJA 1OL5A 3E5AA 4QTEA 3R63A 3UGCA 4I5PA 4BI2A 5E8TA 4TYEA 4C35A 1OITA 3HGKA 1XH7A 4IWPA 5D10A 2XKCA 3GCSA 3ZRKA 3DQXA 2V5QA 3MPTA 2OF2A 2ONLC 4FG7A 4IX5A 2C6LA 1JQHA 4K11A 4RFMA 4RIYA 5AJQA 3D0EA 4CXAA 4EWHA 4U94A 5BQ0A 1F0QA 3ZFXA 1OUKA 2X9EA 3QQFA 4YPSA 3QF9A 3I79A 2VTHA 3I4BA 1NVRA 4QYEA 5CEKA 2Q0BA 4QQJA 3JY9A 3MDYA 5B2MA 5EYMA 4H05A 2YM4A 5CAUA 3GC9A 1M14A 3H30A 3R9HA 5D7VA 4YMJA 3HNGA 4KRDA 3NVKI 2QOQA 5LQFA 2J6MA 4BCOA 4RSSA 4RRVA 2XJ1A 2R4BA 4V0GA 1WBOA 1YXSA 2UZBA 2YM5A 3Q4TA 3O7LD 3R8PA 3VQHA 1JBPE 1L3RE 4R7BA 4JDJA 3II5A 4XH6A 5KE0A 3R7IA 4HCUA 4J97A 4KD1A 3RZBA 3SGCA 3IQ7A 3QX4A 1MRUA 4FGBA 5J7HA 2GHMA 4TYJA 5EYDA 4U97A 3N4TA 3C4EA 4ITIA 3PSBA 2QLUA 2QKWB 3L9LA 2XP2A 4O0SA 4IFCA 4O0XA 4FG9A 4X6RA 3ZCLA 4ZS0A 4QP4A 4F4PA 2RF9A 4JNWA 2C6IA 2X8DA 3RMFA 3DXPA 3QUEA 4BVUA 4D0XA 3MB6A 3R2BA 5HCZA 4U81A 3DLSA 3ORNA 2I40A 4A9YA 1OPLA 4EHGA 1H27A 1XBBA 1J91A 2JKQA 3BV3A 1AQ1A 4HGSA 4WRGA 2PE0A 3RGFA 3ZLSA 3DOGA 4F64A 3KN5A 3A7IA 4X3FA 4DF3A 2EXMA 3CPCA 2WU7A 4NFMA 5F95A 2YM6A 1GZOA 4AW2A 2BRNA 4PQNA 5JGDA 3GU8A 5CT7A 5EDQA 4OLIA 1REKA 2CN5A 3HP2A 4CG9A 3QRJA 5HVJA 3GC0A 3M1SA 3W2PA 4ONAA 2ONLA 3FZTA 2ZOQA 1G8SA 3QRTA 3OOMA 5DWRA 3UZRA 5CF8A 4FZFB 2VRXA 1PKDA 3LLAA 3UYSA 2J0LA 2ZYBA 4RX9A 5EQEA 4I92A 3ITZA 3ZXTA 3PPZA 3QAME 5GHVA 5J95A 2WMRA 1ZAOA 4ACGA 5HE2A 4O7LA 4QPSA 4N57A 4FGRA 2R7BA 2EWAA 2HXQA 4K1BA 4DGNA 2B4SB 2NPQA 4TWOA 3DKFA 3ZH8A 3T3UA 5TOZA 3WBLA 3PJ3A 4G6OA 3OXZA 4E6QA 2R3PA 3EH9A 4FEUA 4FIHA 2VGPA 4ENYA 3QFVA 4PX6A 4BGGA 3R83A 2DUVA 1OBDA 2XZSA 2VTJA 3R28A 2IZUA 3IOPA 4P4CA 2W1HA 3LFDA 3IKAA 3FLQA 3QZIA 2XK3A 3TT0A 3GQIA 3LCSA 3QTQA 1XWSA 4AZWA 4HOKA 2GNJA 4GS6A 4EOOA 2ITYA 4D4SA 3BGZA 1J1BA 3PVWA 2X39A 3BYOA 5FRIA 1OKYA 5FLFA 4FKRA 4BDEA 5ANIA 4GIIA 2C3LA 4IE9A 5DR6A 2PVYA 2YN8A 4OTRA 4E6AA 4O6EA 1U54B 3EN9A 2X8EA 4CMUA 3T9IA 3KQ7A 3TCPA 2IVSA 2ZJWA 4I0SA 1XQZA 1ZY5A 3QLFA 4F1OA 4W4WA 1VZOA 4MXAA 4A9TA 2BTRA 4M68A 4BGQA 4G6NA 1Q61A 2Y8OA 5HCXA 3NDMA 4BCPA 4BCIA 3QCYA 2F4JA 4E73A 5KHXA 4Q5HA 4QP8A 4GU6A 1BUHA 3PJCA 4FTKA 3WE8A 3Q3BA 3TDWA 3EQFA 5TO8A 3CKWA 4XV2A 2PVRA 4RMZA 5AP6A 3GOPA 3Q96A 4B4LA 4MXXA 3UO5A 4IAIA 2WTCA 5EOLA 1PKGA 3W0RA 3IOKA 2REIA 4NM3A 4PMPA 1FPUA 2BKKA 3IK3A 1E9HA 4G3FA 3D94A 2QU5A 2Y4IC 5EOBA 4XHKB 4FSRA 4MNEB 4ALUA 1IEPA 2W5HA 2CKOA 2O64A 3QHRA 4BYJA 3HP5A 3RAIA 3H9OA 5A9UA 2OK1A 3OHTA 3QQJA 5AIKA 2UV2A 2W9FB 3F5PA 3KCFA 2RG6A 4XBRA 3E8CA 4F70A 3IW8A 3F2NA 3BLRA 2VO0A 4HYUA 4O21A 5HBEA 5DN3A 2IZSA 3JPVA 4EOSA 4XLIA 3QQHA 4WNPA 5CEMA 3VBYA 4BIEA 3NUSA 3LQ3A 3VWAA 1OUYA 4ZTQA 1V1KA 3V5WA 4M8TA 1UU8A 4G2FA 5I9WA 5TKDA 4O7PA 3A8XA 2BVAA 5CNNA 4ZXTA 4JS8A 1IRKA 4CRSA 5EKNA 1APME 2QO7A 3V5PA 1O9UA 1QPCA 3I81A 4NL0A 1PXLA 2OZAA 4O82A 4QMOA 4IAZA 3L8SA 3QL8A 4DH5A 2CGXA 4GK3A 5CI6A 1DI8A 4U7ZA 3D2IA 4DH8A 4FKQA 5F9EA 4USFA 5M4FA 3F88A 1UKIA 2A2AA 3DXNA 3V8SA 4YSJA 5GINE 1LEWA 4QTAA 4RZVA 3AC3A 3FL5A 3IS5A 4H36A 4IIRA 3V5TA 1WBVA 2CN8A 3UNJA 3PY1A 2QR8A 5HU3A 1ZWSA 3VUKA 4DEEA 4O0TA 4XEYA 2OIQA 2VNYA 5FM2A 3H4JA 2VTNA 3UNKA 2IN6A 4C4EA 2X8IA 1PXMA 2V0DA 5GJFA 2JKMA 4QQTA 2BZHB 4QRCA 5D12A 5A46A 4HYIA 2QO2A 3OEFX 5IISA 5CSVA 5A54A 4QMQA 5CEIA 2X6DA 4AFEA 3AC8A 3QTXA 4PMTA 5IA1A 2QURA 3FSFA 4D5KA 2CNQA 3ZLXA 3ORTA 2VWUA 2I0YA 2VTRA 5I9XA 3IONA 3NNXA 4ZK5A 3RM7A 3U9CA 2BAJA 4HGEA 4AT3A 3VHKA 3VRZA 1KE7A 2XEZA 4IDVA 2VWVA 5HO8A 4DGLC 1J7LA 3QQLA 4CV9A 4FTTA 3N51A 5CZHA 2XK7A 2O65A 5DEYA 1QPJA 4FTIA 2PWLA 3ROYA 4R3PA 4EZ5A 3WZKA 5HU9A 5JFSA 4FT7A 4D2RA 4D0WA 1PMEA 1MRYA 5A3XA 1FQ1B 2X9FA 2XIRA 3ANRA 1H1WA 3MJ2A 4NK9A 4YJOA 1PXIA 4BBEA 5HHWA 4G5PA 4DHFA 4FKOA 3UO4A 2QO9A 5FQDC 1SZMA 4BRXA 4QMYA 4JVGA 2W1DA 4O7WA 2GDOA 5KCVA 2ETRA 2J51A 2C6DA 3NW6A 1W98A 4QP2A 5CI7A 5H2UA 4FYNA 4KABA 4EUUA 4UV0A 5CU0A 4XG6A 1YDSE 2UZWE 4K6ZA 4FKJA 3PZHA 5L8KA 4C7TA 4NIFB 3FLZA 3QTWA 2BRBA 4BHNA 1TKIA 1YOJA 2BAQA 2O8YA 3NUNA 4PDPA 2DWBA 4A4XA 5IQDA 1GZ8A 5JEBA 5DVRA 4G9RA 3GT8A 4CD0A 4EOPA 2Y6MA 3EIDA 4Q2AA 2R0UA 5AIRA 1KUTA 4QTBA 4XRJA 3HYHA 4BTMA 3BBTB 1V0BA 2B52A 4Z16A 3V5QA 4KNBA 3GI3A 3GU6A 1CKJA 4MEDA 5L2SA 2JFLA 3BE2A 3NIZA 5T68A 5HZNA 2X7FA 4EQMA 5FP6A 2O63A 5EQYA 3QZHA 2ZV8A 1H8FA 4FV4A 4DEDA 5HLPA 3QTUA 3ZM9A 2J0KA 4EOLA 5BMSA 4EOJA 1ZYJA 1GJOA 3OS3A 5LVLA 1PYXA 4J99A 5K9IA 1QPDA 3CE3A 4RC3A 2C5VA 4BBMA 4Z3VA 5M09A 3ZSGA 2JDVA 5JZJA 4LI5A 3FC1X 1B6CB 4Y95A 4R1VA 3TUDA 3C1XA 2QHMA 2XA4A 4CZUA 2Y4PA 1VYWA 3DY7A 1OIUA 4FEVA 3V6RA 5AA8A 5K4JA 3RALA 4C3RA 4EORA 3TZ9A 2XNGA 3A4PA 3C0IA 3QD4A 4EK3A 3GUBA 3P7CA 4QMZA 3EN6A 4E4MA 3CS9A 5DR9A 3D5XA 4PRJA 3TNHA 3R1NA 2JAVA 4EK4A 4LOPA 4NM7A 4HVHA 4P7EA 2X81A 3HLLA 3AD5A 4FV0A 4U80A 3V5JA 4G34A 4ZAUA 3F7ZA 1HCLA 3FBVA 4U41A 4PUZA 4OBOA 4CCBA 2XKDA 4JR3A 2W7XA 3P79A 3K2LA 4AOTA 3HRCA 5JRQA 3AT3A 4C62A 5EW8A 3ACJA 4FIJA 5HE1A 4EJ7A 1WBSA 2HWOA 2ITXA 3VC4A 4CCUA 4N0SA 4J71A 3CR0A 2PE1A 2VTAA 2X6EA 2ETMA 4O0YA 3VS2A 4DTAA 4KS8A 4DGMA 4JXFA 2GNGA 4A07A 3P78A 2GPHA 3MIYA 1OB3A 5D1JA 1H07A 1Q5KA 1WZYA 1M52A 2F57A 4FIFA 4DH3A 5AUZA 4AU8A 3SG8A 3ZC6A 3AGMA 3HUBA 1MQBA 3M2WA 2WQMA 1RJBA 2CGUA 3HDNA 3OCSA 1OVEA 3QYWA 4FC0A 4FTCA 4WNOA 3W2QA 3AGLA 3TZ7A 3D5WA 1AD5A 4AACA 1H1QA 3MY0A 1OECA 4GT5A 2FVDA 3SD0A 1OI9A 4FTRA 5LMKC 1T46A 2WPAA 3DDPA 4AZVA 3MY1A 4BCJA 4I6QA 3FC2A 4OTQA 5J9LA 4EEVA 2BZJA 1W84A 4EK8A 4IAAA 5L3AA 4BDCA 4U9AA 1P4FA 2R3LA 2IG7A 4HCVA 4JG6A 4PY1A 5DT4A 3QUPA 4DINA 5IDPA 5FG8A 4D4VA 4F6SA 1GIJA 2W0JA 5EYCA 4O27B 4IBMA 2WTKB 4GIHA 1H08A 4EWQA 3C4XA 3PZEA 4RWIA 2EUFB 3GENA 4XLVA 3HRFA 4GFGA 1ZMUA 3F5XA 5FP5A 5K5NA 2HWPA 2WHBA 3ALNA 3NYVA 1WAKA 2YZAA 2Z7LA 4X2KA 4G17A 3A2CA 1YXVA 3NNWA 1Q41A 3EQPA 5FBOA 1CKPA 2OFUA 4APCA 2FB8A 4FT3A 2R9SA 3PSDA 5FEDA 3PRFA 5IA4A 4F7LA 3QWJA 4G1WA 4EH4A 3GOKA 1Q3DA 2QCSA 4C3FA 2WTDA 3FMHA 2WTIA 5ETAA 2ITQA 3QTSA 4MWIA 3VUMA 4AW5A 2WZJA 2OICA 4DEHA 3KK8A 4BCQA 2QOCA 2GQSA 4HW7A 1ZYCA 2PUIA 2YISA 4FKPA 3MSSA 3QKKA 4O81A 4FK6A 4I3ZA 5HG5A 3SRVA 3W0SA 4ZLZA 4I0RA 3RCJA 4LL0A 4O7RA 3FYKX 3L8PA 2O3PA 3COKA 4X2FA 1PW2A 2Z7QA 3SW7A 3ZDIA 4FNWA 4AZTA 4M14A 3TXOA 2ZM1A 4AWIA 3OD6X 3OZ6A 2ZMDA 4EOIA 4Y83A 4I5HA 3SKCA 4MXCA 5T6KA 4GCJA 2W5BA 2I6LA 3ENMA 3MIAA 4XUFA 4L46A 1Z57A 4HPTE 3F3TA 4I21A 4MX9A 4OTDA 3K3IA 4PDYA 2PVMA 5EG3A 4LUDA 4ANQA 3MTFA 5BVEA 3JR1A 3KXHA 5IH5A 2BFXA 1ZMVA 3PXZA 4MQ1A 4WG3A 2YAKA 3ULZA 4IHPA 2JFMA 1F5QA 3G0EA 4IB1A 5C03A 3VVHA 5AMNA 4FIGA 3KRXA 4JIAA 5HORA 4IVCA 4YLLA 5M55A 3R01A 3ZO2A 3ORIA 2WKMA 4YSMA 5M51A 4XG4A 3E8EA 2A0CX 1PXOA 4OGRA 3EZVA 1QL6A 4H3QA 3GGFA 5A4QA 3VF9A 4RJ5A 4P5QA 2FSOX 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CY3 A;  5EH0 A;  5J9Z A;  1OIR A;  3IW6 A;  3FLW A;  3AD4 A;  3HL7 A;  2H8H A;  2XS0 A;  3Q2M A;  3EFK A;  4F9W A;  4FKV A;  3R9O A;  4BI1 A;  4M0Z A;  5ANG A;  3BL7 A;  2C5O A;  3KL8 A;  3GBZ A;  4CFM A;  3DLZ A;  3NZ0 A;  3AQV A;  3NYX A;  5CT0 A;  2R3G A;  3H0Z A;  3ODZ X;  5DE2 A;  4QNA A;  3U8W A;  1H1P A;  5E1E A;  2AYP A;  3UDT A;  4LL5 A;  3LJ0 A;  3ZUU A;  3D5V A;  1LEZ A;  5JH6 A;  5AM7 A;  3U6H A;  3UDB A;  3Q32 A;  4RLL A;  4RA4 A;  2IZT A;  3QZF A;  3L8V A;  4XCU A;  5AP7 A;  3BI6 A;  4PF4 A;  2YJS A;  1Y6B A;  4AX8 A;  4F9A A;  3C0H A;  2W1E A;  5CTP A;  2UW4 A;  4O2Z A;  4ENX A;  2C3I B;  3D83 A;  1OGY A;  4I20 A;  5C8K A;  4NFN A;  3FMD A;  4J1R A;  1CMK E;  3UC4 A;  5BPY A;  4ACH A;  2X4F A;  3K5U A;  3CKX A;  1J1C A;  2R3M A;  3KY2 A;  4TPT A;  5AV4 A;  2E2B A;  1XR1 A;  3EZR A;  1FGI A;  3CJG A;  1YDT E;  5I5Z A;  4MXZ A;  3O96 A;  3FXZ A;  3QD0 A;  2I0E A;  2YWV A;  4GT4 A;  3RP9 A;  3R0T A;  2GTM A;  3BU6 A;  4UAL A;  4QP7 A;  4FOD A;  4IZA A;  5GIO E;  4USE A;  1KSW A; 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 3BE9 A;  4AN3 A;  1JKS A;  3TL8 A;  3S0O A;  4DFZ E;  2XCH A;  4RWK A;  4H39 A;  5H9B A;  4ERW A;  2WTJ A;  4B0G A;  4OBQ A;  4LRM A;  3EB0 A;  5IF1 A;  3NAY A;  2GHG A;  2CCH A;  3C13 A;  4NW6 A;  4L3J A;  5AEP A;  2YWP A;  3O7L B;  2YAC A;  3JVS A;  4ACM A;  5HQ0 A;  3PLS A;  3DNE A;  1SVH A;  4DA5 A;  2BFY A;  1Q97 A;  5IH4 A;  1LR4 A;  4DG2 E;  4FKL A;  5HBJ A;  3HMM A;  4IVD A;  3MN3 A;  5M44 A;  4G5J A;  4RJ7 A;  4DGG A;  5BVW A;  5JKG A;  1BL6 A;  4QMP A;  4QMU A;  3V5L A;  4CFN A;  2HAK A;  1IAH A;  4Y46 A;  1JPA A;  3VS4 A;  3FUP A;  3BYV A;  4XP0 A;  1RW8 A;  4EH6 A;  3Q6W A;  5LCK A;  4EOM A;  5L2W A;  4CQE A;  3SW4 A;  2HZI A;  5CSX A;  4IAK A;  3UE4 A;  5IDN A;  3V8T A;  4L52 A;  4TWN A;  3KVW A;  1YI3 A;  2ZFY A;  2QG5 A;  3NIE A;  2WOT A;  2ERZ E;  3W2O A;  3AMA A;  4JAJ A;  2W4O A;  3MH0 A;  2Z2W A;  3FQE A;  5CNO A;  4AA5 A;  4YBK A;  4E5W A;  1U5R A;  5KX8 A;  4O7S A;  5F1Z A;  3ACK A;  2WMU A;  4EH2 A;  3A7F A;  4KAO A;  3ETA A;  4IWD A;  2QOI A;  3HVC A;  4F7J A;  2C6M A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4DCAA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations