4DCA | Genus

Total Genus 105

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	296
structure length	296
Chain Sequence	LDAEIYEHLNKQIKINELRYLSSGDDSDTFLCNEQYVVKVPKRDSVRISQKRELELYRFLENCKLSYQIPAVVYQSDRFNIMKYIKGERITYEQYHKLSEKEKDALAYDEATFLKELHSIEIDCSVSLFSDALVNKKDKFLQDKKLLISILEKEQLLTDEMLEHIETIYENILSNAVLFKYTPCLVHNDFSANNMIFRNNRLFGVIDFGDFNVGDPDNDFLCLLDCSTDDFGKEFGRKVLKYYQHKAPEVAERKAELNDVYWSIDQIIYGYERKDREMLIKDVSELLQTQAEMFIF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2'')-Ib, ADP-bound rcsb
molecule keywords	Aminoglycoside phosphotransferase
molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli
total genus	105
structure length	296
sequence length	296
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-01-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01636	APH	Phosphotransferase enzyme family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	4dcaA01
3.90.1200.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2	Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2	4dcaA02

5HBHA 2VX3A 4WA9A 5BX0A 1PW2A 1GOLA 3JVRA 5FEDA 3FE3A 3GU4A 2RFEA 4JS8A 5HCZA 5CSWA 4S31A 2X81A 3SGCA 1CTPE 5C8KA 5FTGA 4GH2A 2AC3A 3MY1A 3R22A 5FUTA 5IH6A 4IZ7A 1P2AA 2Q0BA 5JGDA 1WMKA 3UIBA 5GJFA 1NVSA 3E3BX 4D28A 3LFNA 2DS1A 2GFCA 2VTIA 3FEGA 5AX9A 1H25A 1ZZ2A 3W55A 5AUWA 4IMYA 1MRVA 5KO1A 5BNJA 2A4LA 5AP0A 5AIKA 5CEPA 3NYXA 5LVNA 1LPUA 5BPYA 4WSYA 4X3JA 1R78A 2BFXA 5B2KA 4RIOA 1JKLA 4PRJA 1MRYA 4TYEA 3UYTA 2O8YA 3EJ1A 4DFYA 4FTTA 2YISA 2JC6A 3I0OA 2YM7A 3MH1A 3R1NA 2X1NA 2R3QA 1MUOA 1Z5MA 4RWJA 1ERKA 3EN5A 4MXXA 5HICA 4UXQA 1F0QA 3R04A 4OTFA 3R9NA 2EWAA 2F57A 4EJ7A 4PNKA 5E4HA 5CU3A 4EOIA 1YXSA 3VBTA 2GCDA 3GCVA 2OU7A 2R3PA 3KCKA 1GJOA 1YOLA 5CS6A 1OUYA 2REIA 4KRCA 2CSNA 3OBJA 2YDIA 2XIRA 3DBQA 5CT7A 4XRJA 2ETKA 4LL0A 4MH7A 4CD0A 1B6CB 4CNHA 1FOTA 2YCSA 3KK9A 3NMUF 2GHGA 3QRTA 2IG7A 1DAWA 3KGAA 3PRFA 5FEEA 4AUAA 2VWBA 3BU6A 4JX7A 3WF8A 4YHTA 3GQLA 3Q9WA 4IWPA 4YHJA 4DEBA 2YFXA 4NFMA 3ORNA 2IVSA 3V8SA 5L2IA 3L8PA 4FTNA 4XBRA 1LUFA 5ANGA 4AQCA 4KBKA 4JDJA 2Z7LA 4EUUA 3OHTA 3SG8A 4XG7A 3W0OA 3CR0A 3C0HA 2UZWE 3NNVA 3AD4A 4PMSA 4I0TA 5KX8A 3GBZA 4L67A 4TWCA 2WTVA 2W1GA 3BPRA 4TYHA 2WTKB 3HX4A 3QGYA 2J0KA 2QC6A 3R2BA 3DXQA 4JXFA 3NNUA 4QP9A 1XH8A 5FXRA 4NW5A 2XP2A 4IX6A 1ZMUA 3II5A 3PXYA 4N0SA 4R5YA 4YBJA 5FLFA 2OGVA 2ZOQA 4NFNA 4FX3A 4I6BA 4E4NA 4JR3A 3I7CA 3ALNA 3ZUVA 2V55A 4G3FA 4WNMA 3D7ZA 3F5XA 3FAAA 4O38A 3BWFA 3R9OA 1AD5A 2PMOX 3OG7A 4DCAA 2XRUA 5IQDA 2JIVA 3SDJA 3OCTA 1J1CA 2JBPA 1Q97A 2IW6A 2ZM1A 5BUJA 1QL6A 5IG1A 3R2YA 5M4FA 1J91A 4QYEA 3TG1A 4QMXA 4TY1A 1GZOA 4O0RA 5L3AA 1UV5A 2XCHA 2XVDA 3MH2A 3PXFA 4J99A 3QD2B 5IUIA 2IZUA 3QC9A 3LLTA 4EOKA 3PIZA 4XBUA 2YITA 2WQBA 3DU8A 3IPHA 4D4YA 3UOJA 4EZ7A 4JNWA 4WUAA 2XNNA 3WYYA 3ZOSA 2BKKA 3F2AA 2VTSA 4GT3A 4F7JA 2QU5A 4FSZA 5DA3A 2W1CA 2Y4PA 3KMUA 5DWRA 1P4FA 3VF8A 4U94A 5IA3A 1O6LA 1UNGA 2OZOA 2W05A 2OJGA 4LFIA 3O51A 5JFVA 5EM8A 4PMTA 5IQGA 3TUCA 3ORLA 3GC0A 4L53A 4IJPA 4DG2E 2PULA 3NVKI 4PL4A 4RX7A 3QZFA 2RGPA 4RX8A 3TKUA 5EM6A 3LFAA 4H05A 1OI9A 3DKFA 4RPVA 4TKSA 4CCUA 4QRCA 4AN9A 5IDPA 5L2WA 5HE1A 5AUUA 3GCSA 2C68A 4D1XA 4ERKA 3NNXA 3QKKA 4PTEA 4X2KA 3BI6A 3KRLA 5F9EA 2JAMA 5DOSA 1CDKA 3CY3A 2C69A 3BX5A 3EH9A 4A9TA 3LMHA 3D5VA 4DTAA 5BVEA 4M7IA 5T68A 3NUSA 4A4OA 3OC1A 2GNJA 4FZAB 2PY3A 4U6RA 4ZY5A 4PP9A 3SHEA 1VZOA 4ZLYA 3TCPA 3CSVA 4MKCA 4OBQA 1SZMA 3PXKA 4OLIA 4PTCA 4R7HA 3PJCA 4CT2A 1ZWSA 2XA4A 3ZRMA 3OFMA 1YXVA 3ORIA 4D9TA 4RJ6A 4QP4A 4D4VA 3FKNA 3FUPA 1UVRA 3L1SA 1M52A 4JRNA 4L7FA 5CNOA 3DDQA 4LV5A 4QP2A 1RW8A 5M4CA 2F7XE 4I92A 4AAAA 2PUNA 3RHKA 3KREA 3IDBA 4MVFA 3VN9A 3EKNA 3F3UA 4FTMA 3RNIA 5I9WA 4FZ6A 4RC3A 2J0JA 4CV8A 4RX9A 4ACMA 4BCPA 3UO6A 4H36A 1TQMA 3R0TA 4K33A 3LHJA 4H1MA 2YWPA 1RJBA 4YSJA 4HJOA 5IPJA 2EB2A 4DGOA 3CPCA 3QUPA 2Z2WA 3QCXA 3PUPA 5JFSA 2WKMA 3CS9A 2QLQA 3FI4A 3QD4A 1R1WA 4QMSA 4RSSA 4ASXA 4G9RA 1QPJA 3RTPA 5IQEA 4Y5QA 2VTQA 1PXJA 3G15A 4O0TA 2WNTA 4ANBA 4NM0A 4L9IA 1FBNA 2W0JA 4ZTSA 3F5GA 3KRXA 5FD2A 5EHLA 2BALA 2UZUE 3FQSA 4AZFA 2NO3A 3PG3A 3NZ0A 3ZO4A 4TYJA 3C51A 4EL9A 5J9YA 3NEWA 4FKGA 3QZGA 4XHKB 2ZMDA 3CTHA 4QMMA 4RVMA 2YWVA 3THBA 3SRVA 2R3KA 3TT0A 2IN6A 1J3HA 2H8HA 2OFVA 3FL5A 4ZS4A 2C6KA 4ZTQA 4YBKA 3FMJA 3ZUTA 1H28A 4MD8E 3AC3A 3OY3A 4LOQA 2QOQA 1Z9XA 1YXUA 2XRWA 5JGBA 3BV3A 3QRUA 2Z02A 3S1HA 4F9BA 5CSVA 4ARKA 2BKZA 2ZV7A 1Q3WA 3HV5A 5CSXA 3TKHA 5DHJA 2CGWA 2A1AB 3C13A 4F65A 3NNWA 5BYLA 4ALUA 3TUBA 4EWQA 4FKTA 2I40A 3DQWA 3R9HA 2O65A 2QOCA 3HMOA 3KXXA 3P7AA 1KE8A 1H1QA 2W1ZA 5K5XA 5K5NA 2UZBA 4U40A 4U9AA 3HV7A 3R63A 5FXQA 5KMJA 5L8LA 4CTBA 2FSMX 3VUGA 3U6IA 4DBXA 2XEZA 4JDHA 3DT1A 3GP0A 3LXKA 2OIQA 3LFBA 1U4DA 3TV6A 3VBQA 3BYVA 5AV4A 4FOBA 5EH0A 2YM8A 3V6RA 3Q9ZA 4DTBA 3ERKA 3FYJX 4FKWA 4YZCA 5AV1A 3EL7A 4Y5HA 3W0NA 2QO9A 5FTOA 5KNJA 2PMNX 4QNYA 1DAYA 2VO6A 4ID7A 5H8BA 3KN5A 4PWNA 3UODA 3OT8A 3FMHA 1CKPA 5AX3A 1OMWA 4DFNA 3UIXA 4HNFA 3FDNA 4PNIA 4FGBA 4F7SA 3AOXA 2R7IA 3K54A 4ZJJA 4NU1A 4EI4A 5E8YA 5BYZA 4I41A 3A8WA 2J0MB 4UEUA 1OL5A 2C3LA 2C3IB 4WNKA 4RA4A 3I1AA 1OPJA 3OTUA 4FKOA 3UZRA 4EC8A 1NT2A 4GFMA 1OIYA 3QRKA 3R30A 4HYSA 4UY9A 3UMXA 1APME 3CD8A 4NT4A 2FVDA 3AD5A 2RFSA 1G8SA 1GZ8A 2WMAA 3Q04A 3QALE 5ETAA 3RAIA 3TIYA 3W32A 3FSKA 2X6EA 4JAJA 2RF9A 5B2MA 1WZYA 4WOVA 5EKOA 2HZ4A 5E8ZA 4CFWA 3PJ1A 5T3QA 4QQTA 5D12A 3BHTA 3LCTA 1DM2A 2SRCA 3UQCA 2V22A 5AWMA 1G8AA 1Q4LA 5AM7A 4CKJA 4JBOA 3WF6A 2UZTA 4WZYA 1IA9A 2BUJA 1YI4A 1W0XC 2ITVA 5EQEA 4DBNA 4DT9A 4X3FB 4C0TA 3E7VA 4NTTA 2CLXA 5LVPA 3T3VA 1H07A 5AADA 1KE9A 5LVLA 2IW9A 2QOLA 5IUGA 3LMIA 2IWIA 4LM5A 5I0BA 4GIHA 3QFVA 3C0IA 3Q4UA 4IQ6A 2W5BA 3BU5A 3LJ2A 4K2RA 2X2LA 4O0UA 3FPQA 1ZYJA 3DS6A 3FI8A 3W1FA 5FRIA 3ZUUA 2W4JA 5HU9A 3IKAA 3C1XA 3Q3BA 5KCVA 4LV8A 3ZRKA 4QMUA 2VGOA 3RK9A 4IAFA 4DA5A 4BVUA 4FTCA 5CQUA 4PF4A 4HYHA 5CASA 4O27B 4D0WA 3F2NA 5EHOA 5IEXA 2HY0A 1V0BA 2UZDA 4D2SA 4YJNA 2ITTA 4LQMA 4YZBA 3WF7A 4RFZA 2BROA 4FEQA 4ZS0A 4WO5A 3RCDA 3AC1A 4FKRA 1R0PA 2BIYA 3EFJA 2ZV8A 3PSBA 4BZDA 4CLJA 1LEZA 3G0EA 1W7HA 5ANJA 2VRXA 5DNRA 4E5WA 2VO7A 3PTGA 2G15A 3QU0A 3UNJA 2F7EE 3PPJA 2J9MA 4QMOA 3ZRLA 3NR9A 3VUDA 4LGHA 2B55A 3EFWA 2B7AA 3NUUA 3GU8A 3UVRA 4UWBA 2JAVA 4S32A 5A4LA 1PYEA 5EK7A 4C35A 4EK4A 1ZOHA 3OOGA 3UYSA 5DPVA 4NH1A 3CKXA 3OWKA 2R0IA 2C5NA 4ZEGA 4O0VA 2OJ9A 4Z9LA 4BYJA 1R0EA 1PRYA 4HPUE 1UKIA 3FXXA 2W06A 4C4EA 4X7QA 4ASZA 4QTEA 2JKMA 2QOHA 4UYNA 3NYOA 1H0VA 2WU6A 3BHUA 3EN6A 4BC6A 1IA8A 3EQHA 4Z55A 5HO7A 5AJQA 2O5KA 4A07A 5AP6A 4F08A 4U98A 3KMMA 2J7TA 4QMPA 2YAKA 3GCPA 5A4EA 2P4IA 3NPCA 3GU7A 5LMBA 3OP5A 3D14A 3N4VA 1YHWA 2VUWA 3JY0A 3B2WA 3JPVA 3PIYA 4W8EA 1PKGA 2W9FB 3DK3A 4JI9A 3IW6A 3R28A 4IWQA 2YIRA 4K8AA 3TTIA 4DHFA 3MB6A 3BYMA 4UWYA 3G6HA 3KRJA 5IU2A 1XO2B 4W8DA 4ACCA 2G1TA 4CFMA 3C5UA 2J90A 3MPMA 4AA5A 4RIYA 4L68A 4ALVA 3D15A 4JLCA 3PVBA 4RVTA 5H2UA 3DBFA 2GNIA 4U97A 4YO6A 3PDTA 3RM6A 5CQWA 4F1MA 4TNDA 5HBEA 4WD5A 5I4NA 3O8TA 3TNQB 5FBOA 4USFA 2PSQA 4FV0A 4AWIA 4XG3A 4AF3A 2WQNA 3E8CA 4M69B 4EH5A 4FSTA 3FC2A 1GIHA 1S9IA 4IFGA 5TT7A 3W2QA 3ALOA 3H9FA 1Y6AA 4G6OA 1F5QA 3CPBA 3DY7A 1VYWA 4EHZA 3P0MA 4J8NA 4L42A 4QYGA 4DLIA 2EUFB 3GNIB 3D0EA 2R3JA 4XMOA 2XH5A 4WBBB 1M2QA 2R3LA 3WILA 4E6AA 3LCSA 3MBLA 4R5SA 4QTCA 4DINA 4HGLA 5AUYA 4BR3A 4TW9A 2ZYBA 1M7NA 3BE9A 4ITJA 4YR8A 2J5EA 2P3GX 3SXRA 4YZNA 1E9HA 3B2TA 3A4PA 2W1FA 4NKSA 3W2SA 4Y73A 2HELA 3HMIA 4IE9A 4ZP5A 1Y6BA 2PUUA 4I5HA 3KU2A 4RIWA 1TVOA 5DI1A 3V5JA 4M15A 5B0XA 3E64A 4YZDA 4YLJA 5FTQA 5FQDC 3LFCA 3D4QA 4FV4A 1FVVA 3QYZA 5JZJA 5EOLA 1W83A 5DRBA 2WQOA 4L44A 5EI8A 3RWQA 5BVWA 2YAAA 4E6CA 2OJJA 3BYOA 3V6SA 3FZRA 3LCDA 5KMKA 1PYXA 1G5SA 2WOUA 4C3RA 3MFSA 3GC8A 3QBNA 2I6LA 4GVJA 3R9DA 2GNHA 4FODA 4S34A 4L3JA 3REPA 2FSLX 3DKOA 3MFRA 4FEWA 3POZA 2QOIA 3MVJA 4FK3A 3V8WA 3DJ6A 4LRJA 3OY1A 2W9ZB 3BBWA 4ZTMA 2PVLA 3T3UA 5CYIA 1XJDA 3O2MA 3PY3A 4ENXA 2XM8A 1IG1A 2PPQA 2C6DA 2QOBA 2Y9QA 3IDCA 4FV5A 3RPYA 3ZDUA 3ZH8A 3COKA 2B52A 2JEDA 5J5SA 2XKEA 1HOWA 2FH9A 3SV0A 3CJFA 2C0OA 5M06A 4FKUA 5E90A 2F2UA 4YJUA 3VULA 3NW5A 3P7BA 3QTWA 3F3ZA 3LFSA 4IWOA 4YZMA 3LZBA 2ETRA 3ET7A 1DI9A 5JRSA 5E8VA 2WD1A 3DJ7A 1ND4A 5HKMA 2WTCA 3KKVA 3TDWA 4D4SA 4TT7A 4WRSA 3ZLWA 4I6QA 2BPMA 3ZTXA 4BCGA 4KBCA 4QMQA 2JD5A 2RG5A 5H9BA 5FXSA 3UC3A 3R83A 4QT1A 2C4GA 4O0YA 4E4XA 2PZPA 3OMVA 5EW9A 1WCCA 1PXKA 4EWHA 4EUTA 5F1ZA 2WQEA 4J8MA 3VRZA 4MTAA 1OPLA 5M55A 2EXMA 5C4LA 3CTQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3MPA A;  1S9J A;  3NVM B;  5L8J A;  3RP9 A;  4BDC A;  5HX6 A;  3A2C A;  1OBD A;  4YNO A;  4YTC A;  1JBP E;  4FIC A;  2E9N A;  2VGP A;  4AXF A;  3LCO A;  5AUX A;  4ZMF A;  2BTS A;  3P79 A;  2R7B A;  2O3P A;  3AGL A;  3NUX A;  4E5B A;  1Q5K A;  5FP5 A;  3U51 A;  3BYS A;  4XRL A;  4RVL A;  4LGG A;  2PVR A;  2XM9 A;  3HAM A;  2QU6 A;  3M2W A;  4QQC A;  4CGA A;  4YLK A;  4EH8 A;  4BGG A;  4HW7 A;  2QHN A;  5E8U A;  3F7Z A;  3R7I A;  3ZO1 A;  3HRC A;  3Q6U A;  1VJY A;  3UO5 A;  1QPE A;  5L6P A;  3K5V A;  5CEI A;  1FMK A;  4ZY4 A;  4HVD A;  1JWH A;  3CEK A;  4XLV A;  5GJG A;  3LCK A;  3TAC A;  2X7G A;  2WMS A;  4CQE A;  4O83 A;  4OBO A;  4M0Z A;  4Y46 A;  2CCI A;  2DUV A;  4TZR A;  4AN3 A;  4XP2 A;  5E7R A;  4DFZ E;  4E7W A;  4EYM A;  4RC2 A;  1GNG A;  4M97 A;  4RZV A;  3IDP A;  3QXO A;  4GKH A;  3MA3 A;  3OWJ A;  3S0O A;  4RT7 A;  3G5D A;  2ITX A;  2E9P A;  2WU7 A;  2XNG A;  1URW A;  3IEC A;  4V0G A;  3VRY A;  4BTJ A;  2XYU A;  4EH4 A;  5AP1 A;  1PJK A;  2BDF A;  2XAN A;  4LG4 A;  2XYN A;  1B39 A; 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 4DEH A;  4EZ3 A;  4FKI A;  5IH4 A;  1H4L A;  2W1I A;  3C50 A;  2GTM A;  4F4P A;  3GFE A;  3OCS A;  4ZAU A;  3PPZ A;  5LCK A;  3R9R A;  5BQ0 A;  5LMK A;  2WTI A;  5E1S A;  3WZK A;  4AN2 A;  4MD9 E;  4WHZ A;  4DGL C;  3NAX A;  1UWH A;  2V0D A;  3E92 A;  3V8T A;  3KXM A;  4Z7H A;  2WQM A;  3GOP A;  5GJD A;  3WE8 A;  5DRD A;  4I0S A;  5JT2 A;  1JKT A;  3FMD A;  5KBQ A;  1OKZ A;  4FNZ A;  3RI1 A;  3KK8 A;  3VS5 A;  4AW0 A;  3MIY A;  3G90 X;  2C6E A;  2CCH A;  4P4C A;  4A4L A;  1SMH A;  3A7F A;  4B8L A;  4RWL A;  3SW4 A;  4X21 A;  3NUY A;  3PZH A;  3DKG A;  5HG8 A;  1XBC A;  2CNU A;  3U9C A;  4QMY A;  5LXM A;  4CV9 A;  4MXA A;  1RDQ E;  3FL4 A;  3F61 A;  4BID A;  2IVU A;  3FWQ A;  4FKQ A;  4CKR A;  4E20 A;  3IS5 A;  3QL8 A;  4GKI A;  3WIG A;  3QTR A;  3A7H A;  4C38 A;  2ITN A;  4U43 A;  2VU3 A;  1M7Q A;  3AXW A;  5KE0 A;  4ZJI A;  4C4J A;  2WMW A;  3H3C A;  4FL2 A;  4FT7 A;  4RIX A;  1WVX A;  1OKV A;  3TJD A;  4A4X A;  3OD6 X;  4KUJ A;  4QP1 A;  5CAN A;  2JDV A;  4GL9 A;  1ST4 A;  2GS6 A;  1IAJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4DCAA

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations