4QDEA

Dcps in complex with covalent inhibitor
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
297
structure length
287
Chain Sequence
VRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Dcps in complex with covalent inhibitors
rcsb
molecule keywords m7GpppX diphosphatase
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 70
structure length 287
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2014-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4qdeA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 4qdeA02
1KPFA 1XMLA 3SPDA 3BL9A 3N1TA 5FITA 1ST4A 4QDVA 4FITA 4INIA 3SZQA 2OIKA 3KSVA 3TW2A 1ST0A 3OJ7A 3QGZA 4YKLB 3FITA 3I4SA 5EMTA 1GUPA 4ZGLA 3SP4A 1Y23A 3L7XA 4EGUA 1KPEA 1EMSA 4QEBA 1FHIA 4NJXA 3O1ZA 4NJZA 6FITA 3O1CA 5RHNA 3R6FA 6RHNA 1RZYA 5I2EA 1Z84A 3O0MA 4NJYA 3SPLA 5IPCA 1GUQA 5CS2A 3N1SA 1HXPA 4INCA 5I2FA 2FHIA 1VLRA 4ZKVA 3O1XA 3ANOA 5ED3A 2H39A 4NK0A 3IMIA 4RHNA 5IPEA 4ZKLA 3RHNA 3NRDA 1ZWJA 5IN3A 2FITA 3WO5A 5BV3A 1AV5A 2Q4HA 4EQEA 4EQHA 1KPBA 3I24A 1HXQA 1XMMA 4NDIA 4NDGA 4XBAA 1KPAA 4EQGA 3OHEA 2Q4LA 3OXKA 3BL7A 2EO4A 4NDHA 4NDFA 4QDEA 3P0TA 3BLAA 1FITA 5IPDA 5IPBA 1KPCA 5ED6A 3OMFA 3LB5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UYTA 3SPDA 2RIOA 2WTKB 2YIQA 3ZC5A 4FT5A 4ZTNA 4I5HA 2ITXA 3CTHA 1Q99A 1WBSA 3VS5A 3FXXA 4RJ8A 3FXZA 3IONA 4APPA 4CV8A 2OZOA 3MFSA 5AIRA 5KBQA 3PG3A 3NMUF 2WTJA 5ETCA 1PKDA 5M09A 1GNGA 1O6LA 3G9NA 3O5AA 4R78A 3EKKA 2O3PA 2XYNA 4RZWA 1O9UA 3AT4A 3C4WA 3DB6A 4L42A 3TNPC 3PY0A 5I4NA 4FKIA 4RC4A 1S9IA 4TRLA 5IA5A 3GU8A 3ORKA 4YC8A 1Y23A 5HE3A 4EWHA 3NW6A 3OWJA 1V0OA 5G6VA 1EMSA 5JEBA 1FHIA 4LUDA 2JDOA 2J0KA 3DPKA 4H1JA 5IQBA 4RVTA 3E64A 4XUFA 3Q04A 3A60A 3GUBA 3SXSA 4YSJA 4NT4A 4LUEA 2YAKA 3MJ1A 2WQEA 3QRJA 3W0MA 2BZIB 3GCUA 4FG8A 5KMJA 4TYEA 4K11A 2ZOQA 2HZ4A 1JNKA 2QOFA 3AC1A 3DLSA 3V8TA 4U43A 5D9HA 2BDFA 2FGIA 3Q9WA 4RX9A 3OXTA 2VV9A 3QALE 2QO2A 4RSSA 4L9IA 3ZLWA 3D7TB 3MVHA 3PLSA 4FJVA 1GAGA 3OW3A 4LMUA 5EM6A 3EMGA 2YIRA 3EN7A 1Q3DA 5CU2A 5EFQA 3DBQA 3W10A 3WBLA 4YU2A 4ZLYA 4QP3A 2O2UA 3I5NA 3I6UA 4TWOA 3VONA 5KBRA 4GRBA 1R0PA 3DA6A 2VWBA 1MQ4A 5D12A 3VUKA 3R01A 5H3QA 3VJNA 3PP1A 5E8TA 1MRUA 3KXGA 3LCOA 4MKCA 3ZS5A 2CGWA 3D7ZA 4RPVA 3R7VA 5EW9A 3BV2A 3VBTA 2X7FA 3BGPA 5I9UA 5IQAA 4AN2A 3OBGA 5HTBA 2V22A 3F3TA 5DGZA 3TDWA 4TYIA 2BRHA 2XM8A 3OWLA 2AYPA 4BGQA 3LCKA 1ZZ2A 4FC0A 4QP2A 4O7YA 5CEQA 1YI3A 4FKOA 1YDSE 4IQ6A 4N6YA 4O0WA 2RG5A 3D4QA 3UOHA 4AAYA 4CVAA 2B53A 2XEYA 4YPSA 3U8WA 3CIKA 4DA5A 1XBCA 3R8ZA 2BTRA 2C5OA 3QCXA 3H30A 5EKNA 3GU6A 3ZU7A 1KPAA 3QTWA 5AUTA 3EWHA 4JAIA 2CNUA 1FVVA 2F7EE 1I44A 4S2ZA 5BVEA 4C38A 3QD3A 5DBXA 1WZYA 2PE2A 4IB0A 4L45A 3P0TA 4FSQA 4G6NA 5KMKA 4BVUA 1E9HA 3PWDA 4GW8A 1QPDA 3F7ZA 3KFAA 4JAJA 4MD9E 3UVRA 3ZUTA 5IQGA 1A9UA 3HGKA 5CVFA 3NUPA 2W1ZA 2WQBA 5CEPA 4NKAA 2VZ6A 5EQEA 4F7LA 4ALUA 3V6RA 2F7ZE 3PFYA 5KUPA 3SXFA 5KMNA 3Q9YA 1PMNA 4A9RA 4AOJA 4AA4A 4A4LA 3AMYA 4GSBA 3A7FA 3PSDA 3PY3A 1BUHA 3F61A 2WNTA 1JOWB 1W0XC 4MQ2A 4FKPA 5FITA 2YHVA 3O50A 5B2KA 1UVRA 3R22A 4HNFA 3D7TA 4XLVA 3MA3A 5AP1A 4EC9A 2OIKA 4FKTA 4EOSA 4FT3A 3RPVA 4EQMA 5JGBA 3HMPA 5L6PA 4F7SA 3O23A 4FV0A 4BGHA 3OY1A 3LXPA 4N4SA 5CVHA 4ANQA 4EUTA 3E7OA 3IW4A 1KV2A 1PXNA 2UVZA 3AGLA 3C0GA 1AGWA 4FSMA 3TNHA 3W0NA 2Z2WA 3PFQA 4APCA 1XR1A 3HLLA 4QP1A 4YZCA 4Q2AA 2XIYA 3F2NA 4MF1A 4GU9A 2UZEA 4PTCA 5C1QB 5I5ZA 2C6DA 4KKGA 4J99A 4C35A 3G33A 4FV9A 3L9PA 3REPA 4RC2A 5DWRA 2PVKA 4AZWA 2VWYA 2WIPA 3KN5A 3WF8A 3MS9A 5BPYA 4WSYA 3C0HA 4HCVA 2RKUA 3FZSA 1PXKA 3FLSA 3VQUA 4MBJA 3Q52A 6RHNA 2ZFYA 2BROA 3KN6A 1OL6A 4WG5A 4Y8DA 5GJGA 3BGZA 5BVDA 2GS7A 5CU0A 5GIOE 4M8TA 1Y91A 2YIXA 2EB3A 4I6HA 4XG7A 5GJFA 3P7CA 2YA9A 3NNUA 3ZFYA 3NDMA 5AP3A 2PUPA 3EN9A 2CJMA 5EW8A 5HLPA 3S1HA 5KE0A 3DTCA 2IZTA 4J96A 2FHIA 1YDTE 3L8XA 4GFMA 1H0VA 1MRVA 3QQGA 4BDIA 3NUAA 4TNBA 3PJ8A 4ZXTA 1PMUA 3BYVA 4I93A 2YISA 4QP9A 3ANOA 3TKHA 3ZMMA 3CKWA 2R0IA 2WMTA 3MYGA 4G3EA 3RTPA 2OZAB 4TTHB 3QGWA 4ZEGA 5IPEA 1J3HA 3PIZA 4IM0A 5C9CA 3EQIA 5IZFA 3AGMA 3RNYA 4HVGA 1MQBA 2WTDA 3GU5A 5E8UA 4O96A 2XK8A 3A8XA 3HX4A 3OEZA 2GFSA 1UU7A 3V51A 5J9LA 4TYGA 1W84A 2Y7JA 3ZSHA 4C2VA 2VAGA 3RK9A 4BYIA 5C4LA 5HLWA 5IEXA 1SMHA 4AGWA 3EIDA 2JGZA 4DITA 4O7NA 4YBJA 5EM7A 2PVFA 4EWQA 3PA3A 4JR3A 2WFYA 2B9JA 4QMTA 3E7VA 4AT5A 5HTCA 4L67A 4DEEA 3N51A 4J95A 3DKGA 5BX0A 4HW7A 2VTPA 5CAVA 3D9VA 2XH5A 1GIIA 4HGSA 3OXZA 4WHZA 4WBBB 4I5VA 4YJOA 1UV5A 2Y4PA 3UIMA 4RWIA 3E8EA 1KSWA 2GDOA 3NYXA 3HNGA 3W2RA 3WYXA 3QTSA 5LVOA 4JI9A 4HYIA 5IA2A 3L8PA 3JXWA 2X8EA 4FG7A 5CU3A 4ASEA 5CU6A 4ZLZA 3NAYA 2GQSA 4JNWA 4E6DA 4W8DA 4EQUA 2ITUA 2VO3A 1JLUE 3MVMA 4PMSA 5HVYA 4BDCA 3HP5A 4E93A 4D9UA 3C50A 2ITVA 4BZNA 1BI8A 4I0SA 2JEDA 4I22A 4ZMFA 1R3CA 2NYAA 2WGJA 4XNEA 5A14A 1J7IA 1MUOA 2HY0A 4FITA 4U80A 2F57A 2GNLA 3NUSA 4YGAA 3OTUA 3VRZA 2YERA 5LJJA 2ZYBA 1JWHA 1IR3A 4RVMA 4OW8A 4XBRA 4AOTA 5CSHA 5JMSA 3A99A 1YQJA 4FV4A 3B2TA 3I0OA 3CR0A 2ITOA 3FL4A 3SOCA 3OWPA 4UB7A 3NIEA 1R1WA 1ZOGA 2OZAA 3VS4A 3U6JA 1WAKA 2FSLX 3B8RA 4CLJA 3WF7A 4O0SA 4FIEA 1KUTA 3ZO2A 4CKIA 1ZY4A 2CNQA 4IZ5A 4MTAA 2ONLC 3PE2A 4FK3A 1ZXEA 4YHTA 3KIOC 4O6EA 3TUBA 3ZC6A 4Q9SA 5FTQA 2HZ0A 3AXWA 3GEQA 3NR9A 5ETAA 4EKLA 3SA0A 3FC1X 3QA0A 2HXLA 1VYZA 4JR7A 3HVCA 2IVVA 4FIJA 1FGKA 3FMHA 3H0YA 3TIYA 5EHOA 4CFMA 5GHVA 4KSPA 3WZJA 4R6VA 3ULZA 3T3VA 4IZAA 4E4LA 5CU4A 1JVPP 5EYMA 2W9ZB 4HGTA 4UEUA 1OBGA 3C51A 4O81A 3DAKA 3DBFA 1IASA 4EH4A 3A7JA 2FSOX 3MV5A 3DT1A 3VS6A 5JFVA 5CEIA 3VUHA 4FTRA 5T6KA 2RFEA 5HO7A 3FHRA 4DTBA 3R21A 3DBCA 3O8PA 4QTEA 4YTFA 5I9ZA 2QKRA 2VWUA 2XKEA 4CEGA 3F3VA 2GQRA 3ORLA 2JKKA 3R1SA 2NP8A 3QBNA 4IE9A 3H9RA 2WMBA 3PP0A 4OBOA 2IPXA 4AN3A 4GS6A 3BLRA 3FMKA 1TFFA 4FZ6A 3IOPA 1WCCA 2NRYA 1LPUA 1STCE 3SGCA 4JXFA 4JIAA 4E4NA 3LCSA 5IG1A 4E73A 5IN3A 1XH8A 1G8SA 4ZTQA 3VQHA 2C6OA 3R7OA 3ORTA 4A7CA 5JZNA 4BYJA 4DFBA 5JGAA 4L7SA 4YO4A 5HI2A 5HLNA 2IZUA 3VS3A 4EH7A 4GKHA 4YHJA 2GTMA 3P4KA 4R1YA 3LLAA 4G0JA 4FNXA 2R3OA 2HY81 4ZZMA 4GK3A 3UMWA 1H25A 3A2CA 4D4VA 4NDGA 3TL8A 4BDEA 2P55A 1YHSA 3I7BA 4CFUA 4NK9A 3OHEA 4L00A 2EXCX 1DI8A 4FEVA 4DG3E 1GZKA 3EFJA 4IX6A 1H8FA 1PXIA 4D28A 3ZXZA 3HDMA 3UNJA 3EQCA 3GBZA 3LXLA 3QCQA 3Q5IA 2IW8A 4AZFA 3KXNA 3LIJA 1X8BA 2EVAA 1Q97A 3AKLA 4GMYA 4FSZA 3R63A 4FE2A 2JKQA 5EW3A 3C7QA 1OPJA 1Q61A 1SNXA 3LFQA 3MPTA 3QCSA 3S0OA 1Q4LA 4PTGA 2UVXA 1OGYA 3R6XA 1NA7A 3RI1A 3D94A 3PRFA 3QTQA 3BWJA 5HQ0A 5HBEA 1XO2B 2E9VA 2R3GA 1H07A 5C8MA 5LARA 3NWWA 2EB2A 2XCHA 4OTQA 3DJ7A 3FKLA 3MY1A 4M67A 4C33A 5KKRB 4JG7A 3NCGA 4GT4A 2ERZE 4L68A 3PE1A 4KIQA 2C3IB 4ERWA 3FLQA 3Q6WA 2GHGA 4M69B 5BVNA 1L9VA 5J5SA 3QUPA 5JQ8A 4Q5HA 4YZBA 2G2HA 5C27A 5IUHA 3BX5A 2YM5A 3MPMA 3ZDIA 2W0JA 3RJCA 5HG7A 2J51A 2HAKA 3TNIA 4BI2A 4S30A 4NL0A 3NFFB 4QRCA 4FG9A 2C0OA 5CNOA 2IZRA 3GP0A 4ZTLA 4TW9A 1IA9A 2RGPA 5TF9A 1PYXA 3EQFA 3NAXA 4FSYA 5DNRA 3HZTA 2GS2A 3OW4A 5AV2A 3PXQA 3V5TA 3U6IA 4HYUA 3QYWA 3FQEA 2OJIA 3R7EA 3NUUA 4FL2A 4KNBA 3RK5A 1XHAA 4NJYA 3I0QA 4HZSA 3P78A 1CSNA 4WRGA 4X2GA 3ROCA 1H28A 4PF4A 1OKWA 2PE1A 4WOVA 3V04A 4F9CA 2W05A 3FMEA 3HP2A 1OUKA 4EOJA 2J9MA 4PL4A 3IW8A 1L8TA 3AOXA 5M4CA 1BL7A 4FEUA 5I2FA 4JBVA 3KA0A 4MXCA 5A46A 3CBLA 4Y72A 4JLCA 4MNEB 1E1XA 2CKPA 5FXRA 4G3FA 4LOPA 2PMLX 5LWNA 3OBJA 3C13A 4KA3A 4BHZA 1ZYDA 1ZYCA 2B55A 2R3KA 5AM6A 4H39A 2H39A 2UZVA 3NW5A 2YZLA 4IHPA 4M14A 2AC3A 4ZSGA 2WMVA 1BKXA 3TKIA 4AU8A 3FKNA 3MW1A 2QODA 3TI1A 4F6SA 4ZKLA 4JDJA 4L53A 1WBTA 2Y4IB 3D2IA 4C3RA 5C26A 2ZM3A 2BTSA 4FBXA 3W8LA 2F7XE 4G17A 5CF8A 3AMAA 4BCHA 2Q4HA 2W1GA 5DE2A 4O86A 5FDPA 4AA0A 2PVRA 4BIBA 3E92A 2WMRA 3N9XA 4FNYA 4EHEA 3PSBA 4FT0A 4LV8A 4XRLA 2W5HA 4UYNA 5DT3A 4DFUA 4XCUA 3EQDA 2O65A 5JRSA 3UG2A 3PXZA 4D1XA 3G6HA 1M7QA 4IVDA 4EK4A 3O96A 4NDHA 4MD7E 4BGGA 4NDFA 2X9FA 3COMA 4BTJA 3BLAA 3LVPA 1P5EA 5ACBC 4FGRA 4K18A 2ITQA 4Z3VA 3FZ1A 3ACJA 4H36A 1DM2A 3P86A 2VN9A 5CX9A 5M56A 3F88A 3LXNA 4G3CA 4YNOA 2IW9A 5CF6A 4FODA 4G34A 2B9FA 4DAWA 1PRYA 2C5VA 5B0XA 1H1WA 3TUDA 4EH5A 4OTRA 2HZNA 3R2BA 3FY2A 3Q4ZA 3W55A 1U46A 1YOLA 4MD8E 4A07A 4BJJB 4Y83A 4CTBA 5JGDA 1PF8A 4U7ZA 4IVCA 3OXIA 4FT9A 3MBLA 4IAYA 5E8ZA 5L3AA 4ZS0A 4V04A 2X2MA 3KXHA 3PA5A 4RT7A 2I0HA 4FVRA 5M07A 4NM5A 3L9LA 4AW1A 2QOLA 3UOKA 3MTLA 4X2NA 3DK6A 1YXSA 4MNEA 4FICA 5BYZA 5DRDA 4ZY4A 3H10A 3UVQA 2Q83A 3FEGA 4YC3A 4EKKA 2LJWA 3MH2A 4I20A 4DHZA 3GT8A 1NW1A 5JN2A 4J53A 5EYDA 1OITA 2XZSA 1OIRA 2WTKC 4EGUA 4YPDA 3OFMA 3OMVA 3OOGA 5C03A 4AF3A 3R04A 2BKKA 3ORPA 1RJBA 4YTHA 3W2CA 4ACDA 2HYYA 3I4BA 4EZ3A 5AA9A 3HV7A 4UZHA 2GU0A 3HRBA 2GU8A 4FVQA 3SW4A 3UE4A 5HZNA 2UV2A 3IO7A 4WNPA 1FQ1B 5IMXA 3UNKA 1YXVA 3LHJA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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