4F78A

Crystal structure of vancomycin resistance d,d-dipeptidase vanxyg
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
GMMKTIELEKEEIYCGNLLLVNKNYPLRDNNVKGLVPADIRFPNILMKRDVANVLQLIFEKISAGNSIVPVSGYRSLEEQTAIYDGSLKDNGEDFTRKYVALPNHSEHQTGLAIDLGLNKKDIDFIRPDFPYDGICDEFRRAAPDYGFTQRYARDKEEITGISHEPWHFRYVGYPHSKIMQENGFSLEEYTQFIKAYLEDNKYLFEQAHRAEIEIYYVPAKDDKTLIKIPENCVYQISGNNIDGFVVTIWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for the evolution of vancomycin resistance D,D-peptidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords D,D-dipeptidase/D,D-carboxypeptidase
molecule tags Hydrolase
source organism Enterococcus faecalis
total genus 71
structure length 251
sequence length 251
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02557 VanY D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.180 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4f78A01
3.30.1380.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 4f78A02
4MUQA 1TZPA 3N1GA 4F78A 3K7JB 3N1QA 4C4MA 3N1OA 2WFQA 2WFXA 3N1FA 4MPHA 2WG3A 4C4NA 4OX3A 1LBUA 2VO9A 2IBGE 3HO5H 4NT9A 2WFRA 4OXDA 3M1NA 3MXWA 3N1MB 5HNMA 4D0YA 3K7HB 1U10A 3N1RA 4JIDA 3N1PB 4MURA 2WG4A 1R44A 3K7GB 4OAKA 3D1MA 4MUSA 4OX5A 4MUTA 3K7IB 1VHHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CD0A 3PWDA 1Y57A 1LEWA 3F9NA 4K1BA 2VWIA 4F7NA 2XK9A 5JFWA 2C69A 2WMTA 3CTHA 4PDSA 2F2UA 4K8AA 3FMKA 2E9NA 3LIJA 4RIOA 3DBEA 2YCRA 3COKA 3FL5A 5J9LA 3Q5ZA 3OD6X 1L3RE 4GJ3A 3FMLA 4PQNA 3ZRKA 1MQBA 4AF3A 3AOXA 5CI7A 3IECA 3QHWA 2YCQA 3EQPA 4C4FA 2BHHA 2JEDA 3FLZA 3HMNA 1OBDA 3IG7A 2OZOA 2EXMA 3VC4A 2B9HA 3A99A 5BPYA 1KE7A 4F7SA 4ZS0A 3K2LA 3THBA 2YM8A 4HGSA 2GQGA 3GC0A 5CZIA 3SOAA 4C2VA 4ZMEA 5IDPA 3AKLA 2ZV7A 4AZSA 3CPBA 4BDJA 4EK5A 4JBVA 3GC9A 3HV3A 4I21A 5DG5A 4FICA 1UU9A 3HMIA 3NYNA 3OBGA 3HDNA 3C0IA 3Q9YA 4KD1A 5CWZA 3NUSA 4F9CA 3Q60A 5C9CA 4RX5A 4J99A 5HZNA 5K5XA 4RJ8A 3R00A 4ZK5A 2QVSE 3R28A 4L43A 1IRKA 4EEVA 5C1QB 5JGAA 2W5BA 3DU8A 4ZY5A 1DAWA 1H1QA 2OXYA 3WARA 4C61A 4FOBA 3ITZA 3V5WA 2WMBA 2YFXA 3CE3A 2WG4A 4GW8A 3OCGA 3FYJX 2XJ0A 3HA8A 4FT9A 1OI9A 3DBQA 4R7IA 5IQEA 3H9RA 3UDTA 2C5NA 3DXPA 1E9HA 3MFTA 4YJSA 2W7XA 5DR9A 3MWUA 5FBNC 3K7IB 5HIBA 1URCA 2VTLA 4U41A 4CQEA 5C8NA 4UWBA 5BVWA 4CRLA 4IDTA 3NCGA 3RPRA 3ZDIA 4GK4A 4EH7A 3KXMA 3G0EA 3R8VA 4TL0A 5KZIA 1IR3A 2BAJA 3CS9A 3CTJA 4E6DA 4M69B 3KXCA 2G1TA 4GFOA 4DC2A 3MJ2A 5DRBA 4GMYA 2PK9A 5T68A 3QQKA 2BCJA 4FSYA 1F0QA 4LL5A 1JPAA 1UKHA 3FMNA 3U4WA 3VHEA 3ORPA 3BI6A 3F88A 2PWLA 4M7IA 4D4VA 5EQEA 4ACMA 3DJ6A 2JAMA 4Y95A 5DVRA 3R9OA 4NIFB 4BDKA 3FQSA 3VUHA 4I5HA 1J7UA 5EM5A 4C4JA 5IEVA 3VO3A 4YBKA 2JC6A 2JLDA 3PJ3A 4NSTA 1XH9A 4AW5A 4HVDA 3DQWA 2I0VA 1O6YA 1OKVA 4E8AA 1H08A 4Y85A 2OIQA 3UG2A 3RK5A 3DZOA 1UU8A 4IAFA 4P4CA 4EH5A 5IA2A 3RPYA 4V05A 4LMNA 4FTNA 2J50A 4I0TA 2WEIA 2X6EA 2XF0A 3W2CA 4BCMA 4PMPA 2XA4A 3I6UA 3LMHA 4ITHA 3PY3A 4JR7A 3TL8A 4PL5A 4OR5A 4F9YA 5HX8A 2BDJA 2GSFA 5HX6A 1J7LA 4FKRA 5CVHA 5CAQA 4ZTSA 3D0EA 3VQHA 5C01A 3ZTXA 1GIJA 3U9CA 1IEPA 2FB8A 3KRWA 5M4CA 3EN4A 1ZMWA 3H9FA 3BYUA 5A4CA 3ZLWA 5BQ0A 4YZDA 4ZMFA 3H3CA 4TWNA 3MIAA 2PZIA 4QMWA 3ZFMA 5AUTA 3NUYA 4RLLA 3PSBA 3SX9A 3UGCA 5BUJA 5IPJA 3BV3A 2XIZA 1ST0A 4MWHA 4Z16A 1ST4A 2W1CA 2YAKA 5DHJA 4EUUA 2B52A 3ZBXA 1WVYA 4I23A 2PZYA 3MSSA 4KABA 3C4EA 3V51A 2RFSA 1KV1A 3LFBA 4J71A 3UYTA 2XNNA 3BGPA 3C4WA 2B53A 2GNJA 3VQUA 1ZYLA 3BHHA 2CMWA 2R5TA 3F6XA 3O51A 3QWJA 4FEVA 4JDHA 5DA3A 3BLRA 2VWZA 3Q6WA 3TZMA 2XNBA 4QYEA 5HEZA 3VBQA 4LYNA 2WQMA 4AACA 4AQKA 5I4NA 2WOTA 3CP9A 4WRGA 4CVAA 3R7VA 2X8EA 1GJOA 1QPDA 4EORA 4BVUA 4IW0A 3NSZA 5CEKA 2B54A 3CC6A 1TFFA 3BRBA 1XO2B 4J1RA 4AS0A 1KWPA 2C3IB 4YTFA 5CYIA 4JX3A 4ID7A 1ZMUA 4IFCA 4XCUA 1B39A 2PZ5A 2XEZA 3AGMA 1JNKA 2XVDA 3KVXA 2KULA 3MY5A 2HOGA 5AIRA 3O8UA 5A54A 2XEYA 4FTQA 3RALA 4FVRA 5ETFA 5HORA 2ITZA 2YIXA 4AG8A 2WFQA 1Q8UA 2OBJA 4CMUA 4IX3A 5GHVA 2WMQA 3FXWA 4E4LA 4HNFA 1W83A 4D0XA 4MD9E 2CPKE 4ZJIA 2WTJA 4WT6A 2J51A 1G8KA 3C9WA 3DQXA 4R5SA 5A4TA 4JNWA 1FINA 4D0YA 2ZDUA 3EQIA 4OTQA 4DA5A 1H1SA 3BU5A 1ZYDA 5DRDA 5FXSA 4DG0E 3N1PB 5AWMA 4G9RA 4X3FA 2AEGA 3PA3A 4OTGA 4ONAA 4L45A 3UQGA 3G90X 4ZTHA 4CCBA 3LJ2A 2VX1A 5IQIA 4HPTE 3ZC5A 4Y5QA 3KXCC 3RWPA 4C3FA 4XLVA 4J95A 5JH6A 2PSQA 4U81A 3JVSA 5DI1A 3UOLA 3E7OA 3ML1A 1WBOA 4UYAA 3UO6A 1LEZA 2I0YA 4BGQA 1LBUA 2W99B 4TT7A 4UXLA 3O71A 3RM7A 4B9DA 3QHRA 5HG5A 5IH5A 1REJA 3ZO4A 4IX5A 5GJDA 4V0GA 1MQ4A 4JBPA 1JSVA 4WUNA 3V8WA 4ZLOA 3ZO3A 5HQ0A 2GPHA 2YWPA 3OBJA 2QHNA 5CU4A 2B9FA 4AA0A 5C27A 5JT2A 3BE9A 1WFCA 4QMNA 5D7AA 3EL7A 4BI2A 5E8XA 1PKGA 3HV4A 3NZ0A 4LV7A 2YISA 3Q2MA 4DCEA 3FKLA 4AN2A 4MH7A 3E8NA 5ACKA 4B4LA 2QO2A 3KK9A 4NJ3A 2CN8A 4EC8A 4NM7A 4RT7A 1DM2A 1G8AA 1OVEA 3BCEA 2UZVA 3DTCA 3MH3A 4EOIA 3ZXZA 3FLQA 4J97A 4YJRA 4L46A 4YJQA 3WI6A 4BTJA 1RDQE 4GT3A 2SRCA 4RVKA 1AD5A 2EU9A 5EFQA 3V5JA 4JIDA 3SLSA 4JAIA 3CTQA 4USFA 5HVJA 2IWIA 3PJ2A 3QQLA 1Z5MA 3NNWA 3V5QA 4BRXA 4CFNA 4QMSA 4RC4A 4DHFA 3M42A 4U3ZA 5KMLA 4EBVA 2BUJA 2CN5A 2R3GA 3ELJA 3HV7A 4IWOA 4Z9LA 5C03A 3TIYA 4B6LA 3ZM4A 4ENYA 3UVPA 1ZYCA 2WZJA 4N6ZA 5HBHA 1U5RA 4BI0A 4C4MA 3L1SA 3TNWA 5D41A 3TUBA 1H0VA 3F2NA 5E91A 2ETMA 4YO4A 2V5QA 3ORMA 4ZIMA 4WOVA 1FQ1B 2WMSA 3ZBFA 3WF8A 2YABA 2ZAZA 4MK0A 2UVYA 4UWYA 4YZBA 1U4DA 3DNDA 4G9CA 4M14A 3TJCA 4AOJA 3ZZEA 4NU1A 3QKKA 2QOBA 4OX5A 4ASEA 3QQHA 4FV7A 4XV1A 1BI8A 4UY9A 5G6VA 4BR3A 3EFLA 3NYOA 3POZA 3QTSA 2H6DA 5EOBA 3WIKA 1BL6A 1V1KA 3PXYA 3JPVA 3SRVA 3IOPA 4QMVA 5JGDA 3N1QA 3KULB 3LCSA 5JKGA 4R5YA 4DBNA 2WG3A 4DGGA 3IOKA 1Y6AA 2CHLA 4ZTNA 1U46A 2QLUA 1CTPE 5HICA 3LHJA 4YZ9A 3WBLA 3WZEA 4BJJA 3GQLA 3QRUA 3F7WA 4IB1A 2NPQA 2WFRA 2JIUA 3HAMA 4F08A 2QI8A 5FRIA 3TG1A 5HG7A 4C37A 4QNYA 3NFGB 4MWIA 4NZWB 4IAIA 4XV2A 2VWYA 3KMMA 1MRYA 5JFXA 3BU3A 1OPKA 1GAGA 4O82A 4FKQA 4HVIA 1AQ1A 3KY2A 4CT2A 5A46A 3CY3A 3D5UA 4ANSA 2XM9A 4EQMA 1WBPA 4MTAA 3EOCA 4MD7E 4F99A 4FGRA 3S2PA 3V6SA 3QGWA 3LQ3A 3TKHA 3TKIA 1ZYSA 2C0JA 3DXNA 3QTUA 5HNGA 2BPMA 2XKEA 3UDBA 3WF9A 2WFXA 4XG4A 2ZMCA 2VO9A 2JKMA 4LFIA 4NH1A 4D0WA 4Z7GA 4J53A 4N70A 4E5AX 5CF6A 4X3FC 3R2YA 4X2GA 2X6DA 1M14A 3EQCA 3HZTA 4G3EA 4EOSA 5B7VA 4KSPA 4IEBA 2GQRA 5EDRA 4C3PA 4UB7A 4G3CA 4OTRA 3P1AA 3B2WA 3B8QA 1JKKA 2H34A 2ITVA 3FDNA 3WE8A 3FY0A 3P78A 2J3RA 2GS7A 4FVPA 4FTKA 4ZP5A 5LARA 4RQKA 3NAXA 5B2LA 3FLYA 3R04A 4CV8A 3E8DA 2PVJA 4BHZA 4DEDA 1KE9A 3HMMA 2GNIA 4EHEA 1OGUA 1TVOA 4YSMA 3R9HA 3OUNB 2W96B 3A7HA 3TNHA 1XJDA 3TNIA 4L7FA 4OT6A 2VX0A 1MP8A 4WBBB 3RMFA 3FWQA 3PJ1A 2CFHA 2O3PA 3SG8A 4OGRA 3GVUA 4CKJA 3MVMA 2IPXA 3IO7A 4LOQA 5M53A 2QQ7A 2UZUE 4FKSA 4IBMA 2QOFA 3PG1A 1SMHA 3EZVA 5E8TA 4DINA 3K7HB 2UZEA 4FV8A 3MJ1A 3OXIA 4IM0A 5KMJA 3LLAA 5H8EA 3KF7A 3RHKA 4WBOA 4BZOA 2X9EA 3AQVA 5CSHA 2NRYA 3TNQB 2XKCA 1PW2A 2QOCA 2WELA 4U0IA 4YLLA 5LCKA 2W9ZB 3NNXA 3ZO1A 4UZDA 3KKVA 3P7BA 4RGJA 5AA9A 4DDGA 3V01A 1GIIA 1Q62A 4MQ1A 4CTCA 5CEMA 3MDYA 5JK3A 3C4FA 2EXCX 2E9PA 2AC3A 3D7TA 3FJQE 4C58A 4CZTA 4IM3A 2A19B 4BGGA 2VTHA 3EZRA 3Q53A 5KUPA 4DEIA 4BGHA 4DH7A 3P5KA 3ZM9A 1CSNA 4GIHA 1XMMA 4IAAA 3EKKA 2YN8A 2OW3A 3PXRA 4QEBA 4K33A 3HLLA 3DLSA 3ZLYA 2J0KA 4PRJA 4HYUA 5CF8A 4KSQA 3GUBA 1JQHA 3ZXTA 2OH0E 4BBFA 2OJIA 2OJ9A 1NVSA 4TYEA 2CGVA 3MIYA 4MBIA 4PMTA 5L2SA 4ZTMA 1BUHA 2C6OA 4FZFB 4CV9A 4L8MA 2HIWA 1OUKA 4MNEA 2W05A 3AC8A 3R7EA 3EQGA 5E9EA 2R3FA 4C59A 2IN6A 3MFSA 2VTTA 4FKTA 3JUHA 1NW1A 3E63A 2OJJA 2R7BA 3C4XA 2Z2WA 4IVDA 2HWOA 2QHMA 2O2UA 3W2QA 3AXWA 3VF8A 1F3MC 4XP0A 4EZ7A 1SVEA 4ZTQA 3R30A 4JIKA 5AUYA 2C1BA 4RSSA 2R7IA 4UEUA 4XG7A 5AX9A 2I1MA 5LMBA 4F6UA 4C02A 1O6LA 1GOLA 4HZRA 4ERWA 4O7WA 5CXZA 5BYLA 4FTTA 4FV1A 5J95A 3WZKA 1EH4A 2JBOA 2GS6A 4H1JA 3FHIA 4JQ8A 2HZIA 4FT0A 2X7GA 2ZOQA 3QC9A 1SVHA 1H1PA 3PXFA 4FT3A 3IW6A 3R1YA 3SV0A 2OIBA 4M0YA 3U6IA 4W8EA 5HCZA 2RG5A 1ZY4A 2C5VA 3HV6A 4RVMA 3QQGA 2Y0AA 3F5XA 1YRPA 3CUED 4AT5A 3OT8A 1XBCA 3EN7A 4RRVA 5EQPA 3P08A 5ANJA 3BPRA 4ZSLA 4FKVA 4DGOA 4DLIA 3WZUA 3MH2A 1VEBA 1WBTA 4RVLA 5IQFA 3GU6A 1SNUA 5AUWA 2BDFA 3MTFA 3R7UA 3QRJA 2J4ZA 5HU9A 1OPLA 3ORZA 5E8VA 4JT3A 3QWKA 3RAKA 4ZSGA 3LFQA 3EL8A 4S32A 3O7LB 4EK3A 2X1NA 4Q9ZA 5DT3A 3N51A 4NM3A 2GS2A 3LOKA 4WNMA 5DEYA 4WA9A 4DAWA 1YHVA 4QYGA 3SQQA 1W7HA 4TYHA 2W1HA 3Q4ZA 3QTXA 4L42A 3EN9A 3R21A 4BIEA 3VBVA 3QUPA 3WF6A 3G2FA 2QU6A 5LJJA 4K77A 2CSNA 3R1NA 3TT0A 1M7QA 4HNIA 3UZTA 2YWVA 4RG0A 1J1CA 5CSVA 4YZMA 4Y8DA 4TKSA 4RVTA 2C0TA 3T3UA 2XIXA 1V0PA 3NDMA 1OIRA 2CFHC 1WAKA 4MAOA 4BF2A 3O0GA 1ZYJA 2PVFA 2W0JA 4OBQA 4NTSA 1XMLA 4XBUA 2XKDA 3QRIA 4I94A 2NRUA 4MPHA 2V22A 2YZLA 3OWPA 4HCTA 3CEKA 3R1QA 4BDBA 4C4IA 5EYMA 5IQHA 3LFCA 3DKCA 2UZBA 3NEWA 5T3QA 2X4FA 4ACGA 1JKLA 3VWAA 4XOYA 3R0TA 5E8YA 5FUTA 3SD0A 4AN3A 4CCUA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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