4DHJA

The structure of a ceotub1 ubiquitin aldehyde ubc13~ub complex
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
DQQLKTIEDEQKSVPLVATLAPFSILCAEYDNETSAAFLSKATELSEVYGEIRYIRGDGNCFYRAILVGLIEIMLKDRARLEKFIASSRDWTRTLVELGFPDWTCTDFCDFFIEFLEKIHSGVHTEEAVYTILNDDGSANYILMFFRLITSAFLKQNSEEYAPFIDEGMTVAQYCEQEIEPMWKDADHLAINSLIKAAGTRVRIEYMDRTAAPNGGWHYDIPSDDQQIAPEITLLYRPGHYDVIYKKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/signaling protein/ligase
source organism Caenorhabditis elegans
publication title The mechanism of OTUB1-mediated inhibition of ubiquitination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ubiquitin thioesterase otubain-like
total genus 90
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence E, I, L
ec nomenclature ec 3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1.
pdb deposition date 2012-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10275 Peptidase_C65 Peptidase C65 Otubain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1300.20 Mainly Alpha Up-down Bundle 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases 4dhjA02
3.30.200.60 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4dhjA01
1TFFA 4LDTA 4DHZA 2ZFYA 4DHIB 4FJVA 3VONA 4DHJA 4DDGA 4DDIA 4I6LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A2AA 2XARA 4AAAA 3P78A 4N6YA 4BBFA 4CMUA 4BICA 4NM0A 4NZWB 3WI6A 2HWOA 2I0EA 4QO9A 3IW7A 4XG7A 5AV3A 4BTMA 3MI9A 2BVAA 2YIWA 2XK3A 4GFOA 2W7XA 3C4CA 3GENA 2ONLC 1PXLA 2CGVA 3DGKA 3CIRC 3AE8D 4USFA 3A7FA 4YZCA 2R3KA 1ZRZA 2VTJA 3LJ1A 3ZSIA 3VUHA 1WMKA 1H1PA 3HL7A 3AEGD 2OXDA 4J99A 3G90X 1LEWA 2ERKA 3OC1A 4QT1A 4EI4A 3AT4A 5J95A 3ZO3A 4EH4A 4ZK5A 4FTRA 1WBVA 5GNKA 3V51A 3HVCA 4ZTNA 2EB3A 1LR4A 3HA8A 2PE0A 3FC2A 4AZEA 2BAKA 5FTGA 3C51A 5A4TA 2WQNA 2JDRA 4CMTA 3AG9A 1QPDA 3CGFA 3CKXA 3LCSA 1B6CB 3MBLA 4KRCA 4FT3A 4YO6A 4EZ5A 3EQIA 2O64A 3M2WA 3R01A 5CSPA 1IASA 3N4TA 3ZZEA 3LFQA 2NP8A 4FV6A 4M0YA 4ITHA 3UP2A 3DBFA 3TV4A 4DEAA 2GFSA 5CWZA 3BU5A 2EWAA 5DR6A 3VS4A 4HYHA 3OMVA 4U7ZA 3FI4A 5ETFA 1A48A 5HIBA 2EXCX 4R3RA 4YTMD 1LP4A 2YEXA 1R39A 2HY0A 3AE9D 3PJ1A 4CFVA 5CU6A 3MB7A 5DWRA 3LXKA 4LYNA 3GC9A 2J5FA 4L42A 5DLSA 4FV0A 2QU6A 3IONA 4PV0A 3EB0A 1ZP0D 4DHJA 4GCJA 3U4WA 5B2LA 3FMMA 2V62A 4R7HA 4YNEA 5IQAA 4DBXA 3LFFA 3OUNB 3TZ7A 5AP6A 3F82A 1H0WA 5JGBA 3WF5A 3EFLA 5M55A 3BEGA 2J50A 1L8TA 3R6XA 3KXXA 5J9YA 2AEGA 3IW4A 3R22A 2YM8A 3NUPA 3DZOA 3I7BA 3UZTA 4RLKA 2VWBA 5CU4A 3AE3D 3OEFX 1OZ1A 2R3GA 3RPSA 3WZKA 2ZMCA 5FXQA 3R1QA 2VO7A 2QLUA 4H58A 4UWBA 4F08A 4GEOA 2YZAA 3AKJA 3KXNA 2UZBA 1JQHA 4RZWA 4I5PA 4MH7A 4OTRA 3MTLA 4CG8A 4A9RA 4U41A 3TJCA 4QTCA 3JVSA 3R9HA 4EH6A 5LMBA 3CY3A 2H88D 4E5BA 1NEKC 3MPAA 3RKBA 3FMKA 3OWJA 4O0TA 3OTVA 2YM6A 1JWHA 4QP2A 4QYGA 3B2WA 3AE5C 4U40A 3KIOC 3LKMA 4FTUA 3VUGA 3AE7D 5EOBA 1URCA 2C6OA 3EFJA 1DI8A 2JDSA 3QQLA 4TW9A 2OXYA 4DFZE 4E4MA 3AEDC 4YR8A 1SVHA 4YPDA 4IX4A 1OM1A 3R8VA 3IDCA 4UY9A 1IAJA 3P4KA 4XMOA 3UVRA 3V3VA 1TKIA 1Y6AA 5JZJA 5LVNA 4Y95A 3ZBFA 4FKOA 3ABVC 3MB6A 3VHEA 4L9IA 3W2CA 3FZPA 3VWAA 3SVVA 3VBTA 4FTIA 4G1WA 2HW6A 4XUFA 5D10A 3FLYA 2OKRA 2JKKA 3ANRA 3CS9A 3NGAA 3GFWA 5C4KA 2W1ZA 2WU5C 3ODZX 1BYGA 4ZOGA 3U6IA 3L8PA 4MYGA 4C4HA 3FSFA 3W18A 3Q5IA 1L0VD 3RAHA 3A7IA 3CGOA 4X3JA 3TZ8A 4CKJA 3BHVA 3TZMA 2C6DA 3COKA 4BGHA 2WQMA 5DA3A 5CVFA 4FEUA 3WYXA 3UQFA 2C0IA 3PG1A 4YC8A 4MKCA 4PP9A 5H8EA 1GZOA 4CKRA 4EOLA 5L2WA 3R71A 3TIZA 5CSHA 5LJJA 4IHPA 4IM3A 5CAOA 3PLAE 4PX6A 5FTQA 1ZOYD 3VRBC 3LCKA 4FE2A 2C47A 4D0WA 3QA0A 4QTBA 4RVKA 2LAVA 2WU6A 3V5PA 3SFDC 2YWVA 4DHFA 3DKFA 5CEQA 2QD9A 5C8NA 5D11A 4JT3A 4UV0A 3ZLYA 3FC1X 3EH9A 5HBEA 4O27B 5HG9A 5E8UA 4LV7A 5CANA 1WBPA 4JXFA 1GIHA 3LLTA 4MXOA 4FVRA 5K3YA 3LPBA 3TCPA 2OG8A 1M17A 3AECD 2JAVA 4IDVA 4FK3A 3GU5A 4Q5HA 3ZTXA 4EZ7A 5EM5A 5IH6A 4EH9A 3TZ9A 2ZJWA 2XB7A 1H8FA 2CGWA 3BHYA 3FMJA 5ETIA 4K6ZA 4LMNA 4CCUA 1U59A 2HZIA 3I0QA 4UZDA 3OEZA 2ACZC 4A4XA 2JKMA 2OO8X 5IEYA 3TIYA 4FTOA 4I0TA 4QTDA 5AM7A 5DN3A 2VV9A 5FM3A 4H3PA 4WT6A 4UBAA 4DG2E 4MNFA 3IPHA 3FHIA 4FL3A 3BL9A 3ORLA 5AUTA 2B54A 2VTIA 4JQEA 3DDPA 4XBRA 3VIDA 4EKKA 3HMOA 1OPLA 5M57A 2WO6A 4TL0A 3KKVA 3KXZA 3UPXA 3F7WA 2HK5A 4HVGA 3AE1D 3ZEPA 3HV7A 3BHTA 5CSXA 4D4YA 4M84A 3EZVA 5CF4A 2PWLA 4R77A 4C4JA 4XV9A 3D7ZA 4FG7A 3E3BX 4DEGA 3ITZA 2ZM4A 3IK3A 1K3AA 4GJ3A 2BCJA 3MH1A 5BVEA 5IEXA 4FX3A 4ENXA 3NUXA 1YOJA 3EFKA 1M14A 3LE6A 5L6WL 2WQEA 3G51A 2X9FA 2P2HA 2W17A 1YXUA 2PUPA 4P5QA 4XS2A 1PMVA 2JFMA 4S30A 4Z9LA 4LGGA 3RMFA 4D1ZA 4NM3A 4EOQA 2O2UA 3FZSA 3AE2C 1DM2A 4DFLA 4PDPA 5KMMA 5AJQA 2Z7SA 3ANQA 3R8ZA 3EQFA 4LOOA 1VYWA 2OJGA 2W06A 4W4YA 3DCVA 4C34A 3IOPA 5LOHA 5CENA 1E1XA 5J7HA 2CKQA 3ZRLA 3UQCA 4DHIB 5JH6A 5AP1A 3ORIA 3QAME 3LIJA 4WKQA 2A1AB 2F4JA 2B4SB 3R2BA 5J9LA 3KULB 2YIXA 2FSLX 2QC6A 4FIJA 4PL4A 3TYKA 4FV1A 4MCVA 4EK3A 2VWUA 1KE7A 2IZTA 4C0TA 3P4SC 1UNLA 2GHMA 3F3VA 4AE6A 2W4OA 3KN6A 4C59A 3TACA 1ST4A 2IWIA 3E7OA 3UIMA 4E4NA 5EFQA 5EKNA 4BYIA 3NFGB 4FV2A 3WZDA 3SOAA 3VUIA 1WVWA 1ZOGA 3I5ZA 1VZOA 3RTPA 5HTCA 3IGGA 3SRVA 4MXZA 3PP1A 3QX4A 4QNAA 3FXZA 3GT8A 3VF9A 4QP4A 3QYZA 1DAWA 1H1WA 2XJ1A 4U8ZA 5F4NA 3JY0A 2W1EA 3ZZWA 4UYAA 2EU9A 3MH2A 5DEWA 4IM0A 4RWKA 3HLLA 4HOKA 1URWA 2XALA 5BMMA 4OBQA 2RFDA 2UW5A 4HGLA 3O23A 4QTAA 4XLIA 4TN6A 3R2YA 3ID6C 4PRJA 2R64A 3Q2MA 4U97A 1KE8A 4GG7A 3ZRMA 2I0YA 4V04A 4EWQA 2PVYA 5HE1A 4APCA 4ASEA 3BCEA 2W0JA 3VR8C 4NH1A 5FDPA 3VVHA 1ZY4A 2BS3C 3BYSA 1U54B 1CKIA 1Y8GA 3HP5A 1ERKA 2HW7A 2XAMA 3LFBA 4OTFA 4XP3A 5HD7A 4FV7A 4PMSA 3SOCA 4QMQA 1XJDA 3R02A 2XNNA 3AEBC 4CGAA 3T9IA 3AE5D 5HG5A 2IG7A 4G31A 1MRYA 4A9SA 1G8AA 2Q0NA 5KCVA 1JVPP 5IQDA 4DCEA 2WMAA 3NNUA 3ENHA 4XCUA 3MSSA 3FKNA 4KKHA 3BL7A 4LRKA 4RVTA 2NYAA 5CYIA 4GUEA 5GHVA 2EB2A 3GFEA 1CTPE 5ANEA 4M14A 2P2IA 2BIYA 3NW7A 3UOJA 4JI9A 2RF9A 4IWQA 4IWOA 4WUNA 4FV3A 1I44A 1S9JA 2XNOA 4W8DA 2I7QA 3UODA 3MVLA 4C3RA 4K1BA 1H08A 2CMWA 2OBJA 3RPRA 4EORA 2B9FA 2GHGA 5CI7A 1YI4A 2WU5D 1H07A 4Q9SA 4FYOA 4L8MA 3N51A 3SX9A 3VBWA 3PVGA 4E73A 1R78A 2P55A 4F6UA 2CN5A 3E7VA 2XNMA 4L46A 5M4FA 1AGWA 1Q24A 3UO5A 4G6LA 5EQEA 3ZCLA 4HVIA 2YJRA 5AUUA 5BQ0A 3VBQA 3TV6A 4I1ZA 4AGDA 4R1VA 2F49A 1SNXA 4AT3A 4KAOA 1G5SA 4FSRA 2CLXA 2B9JA 4ZTSA 4E8AA 3D4QA 3Q9ZA 1Q8WA 4M97A 4AAYA 1PF8A 1OGYA 2WIPA 4YJPA 3Q6WA 4ALWA 3VRBD 3KB7A 4FKIA 3F2AA 2E2BA 3TEIA 5DNRA 4CFXA 2QOKA 3UMWA 3SFDD 3LW0A 3UC3A 2QURA 2ITXA 4MHAA 1UU9A 3BQCA 3R9RA 5IQGA 3FQEA 4YSXD 5BUJA 4WHZA 4R6VA 3R28A 3MFRA 1JSVA 1PMNA 1KOBA 4KB8A 3SXSA 3G15A 4PTGA 4EUUA 1MRUA 3OCGA 3V6RA 2PY3A 3OXZA 2PPQA 3HMNA 3DZQA 4JX3A 3LQ8A 3LQ3A 3RHKA 1PW2A 4D9UA 5AV0A 2RFSA 4YJUA 2C5XA 3D15A 4QYEA 1GOLA 3SD0A 4X0MA 2ACZD 2VWXA 3U9NA 4F7SA 4IAAA 4AGWA 2J0MB 4R7BA 4RX8A 2PHKA 5HQ0A 4YTPD 3CD8A 3JY9A 1T46A 4R3CA 3W16A 4I0RA 2BMCA 4MTAA 2IJMA 4DYMA 2CHLA 2YDKA 3A99A 5CEIA 2C5YA 3NZ0A 4IX3A 1P14A 4BCFA 3DBQA 4DDGA 4IDTA 1XBCA 4I3ZA 4P5ZA 3QXOA 3QCYA 2VWYA 4M69B 1V0PA 4QEBA 3ELJA 3QTRA 3QZFA 4GK2A 3AE6D 4IEBA 3T3UA 5I9WA 3U6JA 2E9UA 4O96A 2OF2A 2UZVA 3RI1A 5ITAA 3QX2A 5A4LA 4N70A 3PSDA 4EHVA 2XK7A 5AUYA 3ORXA 3BGPA 4CEGA 3RGFA 4D55A 4EH5A 3RJCA 2XYNA 1FVVA 5GJDA 3T3VA 3BEAA 3QF9A 2J0KA 2NO3A 2QQ7A 4DFXE 3F66A 3E64A 4I23A 2FBWC 1ZMWA 2W99B 3W10A 2WEVA 4P90A 4E5WA 4D4SA 5I9UA 5C8KA 4BC6A 2RG6A 4Y73A 2VX3A 3C5UA 3PIXA 1Q8TA 2H9VA 4II5A 3VUDA 4I21A 4DFUA 2W5HA 2C3LA 5I5ZA 1TQMA 2FA2A 2JC6A 4DT8A 4ZSEA 4RIYA 4I5HA 4B9DA 3OWKA 3W1FA 3D2IA 1OMWA 2X7OA 3Q52A 4BBMA 4DEEA 4XJ0A 4HVHA 4YJVA 5A9UA 3LJ0A 2UW7A 2YERA 3HMMA 3CY2A 4I6QA 2PSQA 5TOZA 3MIAA 4FTLA 5BMSA 3DFAA 3QRTA 4DEBA 4RIOA 3R0TA 2Y4IC 3G5DA 2XP2A 3O7LD 3FEGA 4GYIA 4IH8A 4RFMA 2UW9A 4DH5A 5E1SA 3P4SD 1IRKA 4FKUA 3OWPA 4I4FA 3WBLA 2LGCA 4YHTA 3MDYA 3WZEA 2P33A 4ZSJA 1WBWA 3BYMA 3O50A 5CX9A 4YSJA 3C4FA 3JUHA 5CAUA 4YZMA 4NJDA 5M07A 3OOGA 1XMLA 2PVLA 3VO3A 1Q8YA 3R8LA 4FV5A 4GT5A 1CKJA 4NFNA 4QDEA 4O21A 4U3YA 1BLXA 1IAHA 4FICA 4AE9A 2C1BA 4EYJA 3PWYA 5DRBA 3PJ2A 4V05A 4YO4A 1VLRA 3HV3A 3CBLA 3P79A 4I93A 4C4IA 1OPKA 3NWWA 4NCTC 4FG8A 4QNYA 4U42A 2OGVA 1H26A 1ZYDA 3NAXA 2DUVA 3NYOA 3R63A 4N6ZA 1UNHA 5HEZA 4ZJIA 2QKRA 4GU6A 3RWQA 1DAYA 1PXOA 4FTNA 5CNOA 3VR8D 3ACJA 3RPOA 5JMSA 3ZLSA 3PG3A 4TYIA 3AC4A 4K18A 5FP5A 3DNEA 3V8TA 2R3JA 4IFCA 4IZAA 3WILA 2F2UA 3ZH8A 2GU8A 2VTPA 2UZEA 3FPMA 2I40A 3PYYA 4LI5A 5F94A 3AEBD 3EKNA 2UVYA 3FL4A 1PYXA 2UZLA 4KWPA 2X2LA 3L1SA 3CLYA 4ZJJA 5AAFA 3U55A 4QPAA 3UZPA 4GUBA 3NFFB 4L67A 4LUDA 5HG7A 3UNZA 3WZJA 5HVYA 4FIFA 2FSTX 3GBZA 2OF4A 4TZRA 4QRCA 3AE4D 3AE9C 3PP0A 4LL5A 1GAGA 3AD6A 4ZLYA 1ZWSA 3FAAA 4YLJA 4XRJA 3DLZA 4JMQA 2WQOA 5ANIA 1JSUA 4X2GA 4TT7A 2WMBA 2VZ6A 3OS3A 1OBDA 5L2SA 4KS7A 4RWLA 4W8EA 3CQEA 5CQWA 3G9NA 1UKHA 3SC1A 2AC5A 3P0MA 5BUIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1TFF A;  4LDT A;  4DHZ A;  2ZFY A;  4DHI B;  4FJV A;  3VON A;  4DHJ A;  4DDG A;  4DDI A;  4I6L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2A2A A;  2XAR A;  4AAA A;  3P78 A;  4N6Y A;  4BBF A;  4CMU A;  4BIC A;  4NM0 A;  4NZW B;  3WI6 A;  2HWO A;  2I0E A;  4QO9 A;  3IW7 A;  4XG7 A;  5AV3 A;  4BTM A;  3MI9 A;  2BVA A;  2YIW A;  2XK3 A;  4GFO A;  2W7X A;  3C4C A;  3GEN A;  2ONL C;  1PXL A;  2CGV A;  3DGK A;  3CIR C;  3AE8 D;  4USF A;  3A7F A;  4YZC A;  2R3K A;  1ZRZ A;  2VTJ A;  3LJ1 A;  3ZSI A;  3VUH A;  1WMK A;  1H1P A;  3HL7 A;  3AEG D;  2OXD A;  4J99 A;  3G90 X;  1LEW A;  2ERK A;  3OC1 A;  4QT1 A;  4EI4 A;  3AT4 A;  5J95 A;  3ZO3 A;  4EH4 A;  4ZK5 A;  4FTR A;  1WBV A;  5GNK A;  3V51 A;  3HVC A;  4ZTN A;  2EB3 A;  1LR4 A;  3HA8 A;  2PE0 A;  3FC2 A;  4AZE A;  2BAK A;  5FTG A;  3C51 A;  5A4T A;  2WQN A;  2JDR A;  4CMT A;  3AG9 A;  1QPD A;  3CGF A;  3CKX A;  3LCS A;  1B6C B;  3MBL A;  4KRC A;  4FT3 A;  4YO6 A;  4EZ5 A;  3EQI A;  2O64 A;  3M2W A;  3R01 A;  5CSP A;  1IAS A;  3N4T A;  3ZZE A;  3LFQ A;  2NP8 A;  4FV6 A;  4M0Y A;  4ITH A;  3UP2 A;  3DBF A;  3TV4 A;  4DEA A;  2GFS A;  5CWZ A;  3BU5 A;  2EWA A;  5DR6 A;  3VS4 A;  4HYH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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