4LDTA

The structure of h/ceotub1-ubiquitin aldehyde-ubch5b~ub
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
257
structure length
255
Chain Sequence
CLAYDEAIMAQQDRIQQEIAVQNPLVATLAPFSILCAEYDNETSAAFLSKATELSEVYGEIRYIRGDGNCFYRAILVGLIEIMLKDRARLEKFIASSRDWTRTLVELGFPDWTCTDFCDFFIEFLEKIHSGVHTEEAVYTILNDDGSANYILMFFRLITSAFLKQNSEEYAPFIDEGMTVAQYCEQEIEPMWKDADHLAINSLIKAAGTRVRIEYMDRTAAPNGGWHYDIPSDQIAPEITLLYRPGHYDVIYKKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase regulator
source organism Homo sapiens
publication title E2 ubiquitin-conjugating enzymes regulate the deubiquitinating activity of OTUB1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ubiquitin thioesterase otubain-like
total genus 95
structure length 255
sequence length 257
ec nomenclature ec 3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1.
pdb deposition date 2013-06-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1300.20 Mainly Alpha Up-down Bundle 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases 4ldtA02
3.30.200.60 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4ldtA01
4FJVA 2ZFYA 4DDGA 4I6LA 4DHIB 4DHJA 4LDTA 4DHZA 4DDIA 3VONA 1TFFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RMFA 2X39A 2JKKA 3IW7A 3MPTA 4YLJA 5EW3A 1KE9A 3DB6A 1TQPA 3KVXA 5C26A 5I9VA 4GT4A 2YJSA 3MH1A 4NIFB 4QPSA 4QPAA 3RKBA 3ZFYA 2ZDUA 3SXFA 1QCFA 4X2NA 4AZTA 4JR7A 4YTMD 2V5QA 3FKNA 3MA3A 3MVMA 4RG0A 3ROYA 3TTJA 4GUEA 2FVDA 2GPHA 2GQSA 3PLSA 4I5HA 4IH8A 4EH7A 1H01A 3TJDA 2UZTA 2ZFYA 2V7OA 1XH4A 2SRCA 3C5UA 1VZOA 4IAYA 5AMNA 3TNIA 3E63A 5EHLA 2UZUE 2W1ZA 3UVRA 3NW5A 5FEQA 4WHZA 4CFFA 4R5YA 1OPLA 3D5UA 1J3HA 2QO2A 3P5JC 5JQ8A 1LUFA 1H1RA 2Y4PA 3EQRA 4IC8A 1NY3A 4NSTA 3JY0A 2QU5A 4YO4A 3R8VA 3FY0A 3OXTA 3A60A 5C03A 2C6EA 3ZEWA 3MVHA 4DHIB 1XBBA 5C8KA 4P5ZA 5FDPA 4ANQA 3ZU7A 1Q61A 1H1WA 1A06A 4FKVA 4ZK5A 4BJJB 5L2SA 5J95A 5M55A 1J7IA 2XYUA 1S9JA 2Z7SA 5CEIA 4DGLC 4ZLZA 4M0YA 3AEAC 4NJ3A 4BBMA 5EYCA 1G3NA 2Y8OA 2YN8A 4NL0A 2RGPA 4BCPA 4YTMC 5FG8A 4DYMA 3I6UA 1G8JA 3F61A 5JFVA 3C9WA 2JIUA 4YTFA 3EQDA 1JKSA 3VRAD 1JBPE 3FHRA 3AE7D 3FLWA 3GC0A 5LWMA 4DEEA 2YM4A 4YSZC 4QP7A 1PYXA 4EQCA 1BUHA 4FZFB 2I0EA 3R8PA 3PVGA 5AUXA 3VJOA 4FV9A 3PDTA 3DKOA 3EL8A 3BRBA 3O96A 4PWNA 4JG8A 2VD5A 4FSNA 4DHZA 3NNWA 4O7ZA 5BVFA 1YDTE 4G9RA 3AC2A 4Z9LA 4AGUA 2QURA 2CNUA 2PPQA 4E4NA 2Z8CA 3NUPA 5IQAA 2YFXA 4WKQA 3CIRC 4IZAA 3UOKA 2VTIA 4E4XA 4PP7A 4B7TA 2CNVA 4QMZA 4WO5A 5FQDC 4O7VA 3OY1A 2YEXA 4PTCA 5AP3A 4WIHA 4K18A 2XIRA 3S1HA 4IM0A 5CF6A 3OT8A 2ITWA 4PL5A 4UX9A 1YQ4C 4ERWA 4NM7A 3SAYA 4X21A 2ZOQA 3AEBC 2YAAA 3ZSHA 2B54A 1YOMA 1B38A 2PSQA 5DLSA 2PY3A 3UG2A 3BYUA 3DCVA 4ZLOA 3HGKA 3UNZA 3WZKA 4FNZA 4DFNA 2XARA 2DWBA 2XB7A 5IQFA 2UV2A 3FI4A 3F82A 3HV7A 3Q96A 3BLAA 3QYWA 1OIUA 2VTTA 4FTMA 4I4FA 4I94A 4BHZA 3I5ZA 2OGVA 2A4LA 4EOJA 3FLZA 2GSFA 3Q4CA 3GT8A 3GEQA 4FEVA 5G6VA 2IO6A 3FE3A 3R8LA 2XK9A 5FXRA 2OICA 4DFYA 3FLSA 2W1IA 3UBDA 4TTHB 1PMVA 1TVOA 2PZPA 3F2RA 4O0XA 3QALE 4TYHA 4DGGA 5TR6A 1H1PA 3O7LD 1PMEA 3PFYA 3AOXA 4FV8A 1JAMA 3D15A 4G3DA 4WSYA 5FM3A 4TWNA 4L7SA 4R3PA 4ACCA 3ALNA 2XM9A 4EKKA 3LQ5A 4TPTA 1DI8A 1SNUA 3V5PA 5IQIA 2WO6A 5LVPA 2R5TA 4PMPA 1W7HA 5EM6A 4FJVA 4R77A 5CQWA 1ST0A 4K8AA 5TF9A 2UVZA 2FBWD 3H10A 2X7OA 3EB0A 2G9XA 2FGIA 2Y0AA 3LFQA 5AV3A 3R7UA 4AWIA 2REIA 4QP6A 3PJCA 1SVHA 3HDNA 3LQ3A 3OCTA 4JBOA 5C8MA 1FGKA 2BRBA 4FE2A 2FSOX 4BBEA 3TL8A 3F3ZA 4FNYA 2FSTX 3ZLXA 2VTSA 3AE4D 3FAAA 3Q9ZA 3HRFA 4FV4A 4L44A 3P4SD 3EYHA 1HCKA 3HP2A 4GJ2A 4QMOA 2Z7RA 3JYAA 4AA4A 4X3JA 1JPAA 4MWHA 5HE3A 2QVSE 3CY3A 2C3LA 3T9IA 3M11A 3EQGA 3IOKA 3UPXA 3DAKA 4ANLA 4I5CA 3A7IA 2VGPA 3QUEA 1ZRZA 2J9MA 4PQNA 4R7IA 2FSLX 4RIYB 4DBNA 3COIA 2J0LA 2W5HA 3FPMA 5AIKA 3AEED 3U8WA 4IIRA 2PUIA 3N4TA 2GHGA 2CDZA 4GFOA 3U51A 4TW9A 1V1KA 4ZOGA 4PTGA 1PHKA 4FKJA 1OGYA 2AEGA 3SQQA 2B9IA 2PWLA 4DEBA 4BCQA 3QYZA 3W0NA 5I9WA 4E26A 3HV3A 5EKOA 1JSVA 4MK0A 5IH4A 4U80A 4ORKA 1ZYLA 5LARA 4IX3A 2B0QA 3TM0A 3V01A 5LMKC 5M4IA 3WI6A 3TNWA 3C7QA 2BTRA 2WPAA 4IB1A 4Q9SA 4JI9A 3F88A 4R78A 4CCUA 4ACGA 3KVWA 3QD3A 5DWRA 3BQCA 3R9RA 4YHJA 1J7LA 1Y6AA 4LI5A 5LMKA 4OTDA 4AUAA 4JT3A 3C13A 2F57A 1QPCA 4O0SA 3PRIA 2OU7A 3TV6A 2QODA 2IWIA 1BI7A 3QWJA 4GU6A 4NM5A 3WILA 2P33A 3QC9A 3MESA 3D9VA 5T3QA 4L01A 4DGOA 4RJ5A 4FT7A 5AV2A 5CZIA 3V8TA 2JFMA 3BIZA 3PVBA 5C3JC 3V6RA 4C02A 3CQWA 5IMEA 3QRIA 3MN3A 1P5EA 4K11A 3SRVA 2CPKE 3V5TA 1I44A 2VX0A 3N51A 1UNHA 3UGCA 1YWNA 4M14A 3QKKA 4UYNA 2B76C 3KCKA 4OW8A 3QQKA 5JFWA 2ZV8A 2B55A 1JVPP 2RFDA 3PXQA 3ZYAA 3EN6A 1OL1A 4I23A 2E9PA 5FD2A 2BROA 3RALA 3EN4A 5BVOA 3TV7A 1XMLA 3PSDA 1PMUA 5ETIA 2KTYA 4ENYA 3QTIA 4FV7A 4ID7A 4EH4A 5JQ5A 4QQTA 3PIYA 5HBJA 5IQBA 3UZTA 4RVMA 1WMKA 2C6IA 4AF3A 5HNBA 4BI1A 4DF3A 4DH3A 2GU8A 2F7EE 2W9FB 3DAEA 1R3CA 3PJ3A 3BHTA 5ANKA 1H4LA 2C1BA 5E8YA 2HOGA 4RJ6A 2OJFE 3F3WA 4NU1A 3BLRA 1YW2A 4DITA 1P4FA 3W0PA 3PXZA 3HNGA 3AGMA 3DDQA 3DGKA 5DEYA 1IA9A 4D0WA 5CXHA 5GJDA 4FKUA 3PSBA 1HOWA 2PE1A 3F5UA 2BRMA 3M42A 3RAWA 3ZZEA 2IZSA 2OXXA 2W9ZB 1OL7A 3SXRA 3DV3A 4S31A 4AW2A 4X2FA 2WU5D 4YTPD 3MY5A 3TNHA 3P4QC 4I6LA 1H8FA 4FICA 4A4LA 4QTCA 4BCKA 2B7AA 4G9CA 4DH8A 3H3CA 5A4EA 3ULZA 1KV1A 4H39A 3QQUA 4BBFA 3JVRA 4BDGA 1MUOA 2Z2WA 3QZFA 2W99B 3GCPA 4AXFA 3AC5A 4LOOA 4JAIA 4GG5A 5JZNA 4TT7A 3RHKA 4UXLA 3W2PA 2C6TA 3MPMA 4IM3A 4QTDA 4YPDA 3A99A 2UW0A 5EDRA 4M69B 3U9NA 5I5ZA 2BTSA 4O0WA 3R9HA 5B7VA 4ONAA 4GT3A 3GBZA 2PVLA 3GUBA 1DI9A 4FSRA 4IAIA 4BCHA 5J7HA 4EL9A 1O6KA 2BHEA 2PMNX 3RTPA 4AZWA 2HW6A 4F9YA 4IWOA 2EWAA 2UVYA 4HZSA 4N0SA 5HD7A 5A6OA 3PG3A 1RDQE 2GFSA 4MNEB 4JQ8A 2GNHA 2Y6OA 2R3KA 2YISA 5FTGA 2CN5A 4P7EA 1ZWSA 3NYVA 4FNWA 5I9UA 3ZUTA 4YSXC 2W1HA 5BVDA 2FB8A 4AXEA 2XEZA 5K4IA 3WZUA 5M08A 1OBDA 2VO6A 1F5QA 1XO2B 4QMMA 5D10A 4HJOA 4QTEA 4YC8A 1WBSA 2BS3C 2C1AA 3DZOA 3MH0A 4RRVA 3B2TA 5AUUA 3NR9A 3HMMA 4FVPA 4NUSA 4MD7E 4O7NA 2WU2C 3GNIB 1JOWB 1BI8A 5J9YA 2XNNA 4ALUA 3DB8A 2LAVA 5JEBA 1NEKC 4TYHB 5HNGA 3D5VA 5M57A 1U5RA 3MVJA 1PXLA 3FL5A 2J5EA 2WTIA 1GIHA 2PVNA 3Q9WA 2EXMA 4J8NA 3W16A 4PTEA 4UZHA 5D11A 4AS0A 2V62A 2NRYA 3DBCA 3Q9XA 3OWKA 4ZSGA 3KK8A 2JD5A 4CFNA 3HMOA 2JEDA 2YJRA 3LHJA 4JL9A 3VRYA 2VTNA 3IPHA 1YI4A 4ITIA 3FMLA 1Q8YA 2OIQA 4LGHA 3L9NA 2W05A 2WMWA 3AGLA 4Y73A 5EM5A 3ATSA 3H30A 3NCGA 4W4VA 4WG3A 1PXMA 3FMEA 3WE8A 3BYOA 2KULA 5A4TA 3PXKA 2XIKA 4DN5A 1ZY4A 3CD8A 3DQXA 3ZS5A 1QPJA 1Q4LA 3PUPA 4PDYA 3OOMA 2XP2A 3MFSA 4BF2A 3GFEA 2VTLA 2OJJA 5KE0A 3O8PA 1FQ1B 3E64A 3DTCA 4AOTA 3ZO3A 2QLQA 4YT0D 5ETAA 3FI2A 2YERA 4DEAA 2G01A 5DFPA 1Q41A 2B53A 2UW7A 3Q5IA 2W5AA 1PW2A 3SOAA 3QU0A 4DGNA 4PMSA 1NT2A 3MTFA 4ZMEA 5IEXA 5IZFA 1V0PA 3M2WA 4HGSA 4O38A 1ZP0D 4U41A 4FBXA 5CENA 5IQGA 2RG5A 3P78A 1L0VC 5HX6A 3AE2C 2C0OA 2PMLX 3ZRKA 4AXCA 2XS0A 2IVVA 3RVGA 5M09A 4C4EA 3O71A 4YHFA 3QQHA 3R22A 4ZY5A 5JRQA 5M53A 5IDNA 2RG6A 3N4VA 4DG2E 1F3MC 4EK4A 4IVAA 4DLJA 4YNEA 4OBQA 3F3VA 4O7YA 2UZWE 1PXIA 2CN8A 3BBTB 4JRVA 3LXLA 4D9UA 2H34A 5AP1A 3TKUA 5DEWA 3NNVA 2XKEA 4GRBA 4CMUA 2XKCA 4L3LA 4O21A 4C2WA 2PE2A 3AE9C 2GTNA 3JR1A 4HYIA 3TDVA 4A9UA 4KIQA 1UWHA 1M7QA 4LDTA 1DAYA 5EH0A 1XH7A 4EORA 2OZAA 4DCEA 5HCXA 4MXZA 4E6CA 3U54A 3A8XA 3ANQA 4CFUA 4IAKA 4AN3A 5IF1A 4X6RA 2GQGA 4XBUA 4PX6A 3AG9A 4DCAA 3ZONA 2PVRA 3QX2A 5CVHA 3QTSA 1AGWA 1YI6A 3PYYA 3TUBA 3BI6A 4GJ3A 3LFDA 4RJ4A 2YM7A 4C33A 3QQFA 2QHMA 4ITJA 4M7IA 2HY0A 3NX8A 2ERKA 4GSBA 3PJ2A 2BUJA 4GEOA 4BI0A 3L9LA 3HL7A 3BPRA 3H9OA 4EZ5A 1BLXA 3Q6UA 4WOVA 3DZQA 5ANIA 3R1YA 5HTBA 3LCTA 3VULA 2XBJA 4D1XA 4G3FA 4TL0A 5HI2A 4O7LA 5ICPA 2QOQA 1UVRA 2R64A 5AUYA 3VVHA 5GIPE 3E8EA 3AMBA 3FLYA 3LFEA 1MP8A 4BCIA 4E5BA 2Z7LA 4USFA 1Q99A 4O84A 5TO8A 2H96A 4WT6A 4D2SA 2XKDA 5HU3A 2PK9A 3ZLSA 1W84A 4DT8A 5IMXA 4G5PA 4FKQA 4FMQA 3P4PD 1UNLA 4LUEA 3EZRA 1YHVA 4CKJA 1ZOYC 4YPSA 2BCJA 5HLNA 2CCHA 3R21A 4L52A 4U8ZA 5DRDA 4F6UA 4FT9A 4MF1A 3ZRLA 2PMOX 2I40A 4U5JA 5GJGA 1WBVA 1PRYA 2UUEA 4IB5A 4B6LA 5JT2A 3VUKA 4NFMA 2BR1A 1TQIA 1OL5A 3EN5A 3KULA 4ZXTA 5CAOA 3EHAA 4D0XA 4LM5A 1KFYD 4UY9A 4CSVA 3UMWA 3A62A 3V5JA 1YQJA 4AN2A 1SM2A 3EKNA 4E5WA 1GZKA 3FMNA 1GZ8A 2OXDA 1HCLA 5EHYA 3AXWA 2V55A 2XNMA 4D4RA 5LVOA 2R3QA 4Q5EA 3CPBA 5A4QA 3UE4A 1REJA 4RT7A 4DDGA 3AEGC 1QLBC 2OZOA 4DH7A 1NVQA 2OFUA 4KNBA 2PZIA 3NUYA 4H05A 5KNJA 4QTBA 1UNGA 4N6ZA 4RJ8A 4I0TA 2OJGA 5EM7A 1H0VA 4A06A 5L8LA 4NW6A 4BI2A 4IZYA 4PP9A 4JS8A 3OP5A 4C4GA 3JS2A 4LV5A 2H88C 2XVDA 2O2UA 2C5YA 4HCUA 4DG3E 2QC6A 1UV5A 3PRFA 4QNAA 4A9YA 4KRCA 4EHEA 4KBAA 4O7RA 4JX7A 5AX3A 4ASZA 5AUWA 4HW7A 2C3KA 4WBBB 4QP2A 2J5FA 4KINA 2JLDA 5E91A 2VWBA 3DDPA 4QP3A 4QYEA 3NZ0A 3MY1A 4XP2A 4YC3A 2QOBA 4HZRA 1OIQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FJV A;  2ZFY A;  4DDG A;  4I6L A;  4DHI B;  4DHJ A;  4LDT A;  4DHZ A;  4DDI A;  3VON A;  1TFF A; 
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