4MUQA

Crystal structure of vancomycin resistance d,d-dipeptidase vanxyg in complex with d-ala-d-ala phosphinate analog
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
GMMKTIELEKEEIYCGNLLLVNKNYPLRDNNVKGLVPADIRFPNILMKRDVANVLQLIFEKISAGNSIVPVSGYRSLEEQTAIYDGSLKDNGEDFTRKYVALPNHSEHQTGLAIDLGLNKKDIDFIRPDFPYDGICDEFRRAAPDYGFTQRYARDKEEITGISHEPWHFRYVGYPHSKIMQENGFSLEEYTQFIKAYLEDNKYLFEQAHRAEIEIYYVPAKDDKTLIKIPENCVYQISGNNIDGFVVTIWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords D,D-dipeptidase/D,D-carboxypeptidase
publication title Structural basis for the evolution of vancomycin resistance D,D-peptidases.
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus faecalis
total genus 75
structure length 251
sequence length 251
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02557 VanY D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.180 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4muqA01
3.30.1380.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 4muqA02
3N1MB 3MXWA 4MPHA 3N1GA 5HNMA 2WFXA 4OXDA 2WG3A 3N1FA 4MURA 4C4NA 2IBGE 3HO5H 4JIDA 4F78A 3K7JB 4NT9A 1R44A 3K7GB 3M1NA 3N1RA 3D1MA 4MUSA 1U10A 4OX5A 3N1OA 2WG4A 4MUTA 4D0YA 3N1QA 4OAKA 4C4MA 1TZPA 2WFRA 4MUQA 1VHHA 3K7IB 2VO9A 4OX3A 2WFQA 1LBUA 3K7HB 3N1PB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4U42A 4MNEA 5IG1A 1A48A 2O63A 3AG9A 4UWCA 4QP9A 3IKAA 3PA3A 4RX7A 4UZDA 4X2NA 4FTOA 4O0RA 3TZ9A 4RWJA 1BYGA 2B55A 3EMGA 2VTQA 1W7HA 5DEWA 3VF8A 4ASEA 4Z55A 4OW8A 4HVGA 3N1FA 1ERKA 4R7IA 4GUEA 3BHHA 3CJGA 5LVNA 4FTUA 2R5TA 2WU7A 4G9CA 4DE4A 1LR4A 5B2KA 3EWHA 2HW6A 3GUBA 4YTHA 3BBTB 3LAUA 4BCNA 1ZMUA 4RJ5A 3FXZA 5J9LA 1OGYA 2GHLA 3BGZA 2JKMA 4ZY6A 4EYJA 4ZSEA 3QKMA 3ORMA 1WCCA 3JVRA 5KX8A 5HBJA 3LCTA 5IMEA 3NWWA 3NW7A 4MD8E 1OZ1A 2BIYA 3PXFA 1YXVA 5A14A 1STCE 3QQLA 4IAYA 1REKA 2ZFYA 2DS1A 4HNFA 4MF1A 4HGEA 2WIPA 3G6GA 4CCUA 3D7TA 4BDBA 3QALE 3F66A 3O7LB 3VJOA 4DA5A 3QUEA 5KMOA 4JI9A 4ITJA 3FJQE 3ZYAA 3CCNA 4PMSA 2J3RB 4RVTA 2WEVA 1SNUA 4F0FA 5EHOA 5I9XA 5G1XA 3EFKA 4FZFB 5ANOA 3K2LA 3K5UA 3PVWA 4FEXA 3O50A 4PNIA 1PXKA 2VD5A 3S3IA 2W17A 3KN6A 2JD5A 4U3YA 3VBVA 4R77A 2XBAA 5JRQA 3VO3A 4ASDA 4F1MA 5BYYA 3MPAA 3SLSA 3SX9A 3GCUA 1M52A 4FSNA 3EN4A 4IC7A 2P3GX 4IX6A 4IW0A 4ZLOA 3RALA 5HBHA 3SRVA 3DBFA 2QOQA 5M4UA 1GIJA 3PP1A 4DEAA 4ZEGA 5ANGA 3SW7A 4IFGA 2YIWA 3I81A 3QTIA 5E8VA 3ZO1A 3IONA 2EUFB 5BMSA 1HCLA 4FTTA 4FIFA 3TNPC 2C30A 1APME 5HCZA 4DFLA 2ZVAA 5HEZA 4NM7A 3DXQA 4M7IA 4FMQA 3D5XA 4CFFA 5CEKA 1ND4A 2PL0A 5H8GA 5TKDA 4MAOA 4BZNA 3KF7A 2EXCX 3OY1A 3RNYA 4IZ7A 4XG7A 2RG5A 3EZVA 4ZS0A 1RE8A 4O0UA 4YTCA 5F94A 1YXUA 2HYYA 3CEKA 5CEOA 3PSCA 3WBLA 5LARA 1UV5A 5EI8A 4ARKA 3V01A 2R0IA 3W0QA 4DGNA 4D9TA 3MPTA 2HZ0A 2QG7A 4AXDA 3IGOA 2WQMA 3BEAA 2XAMA 4AQKA 1REJA 3LKMA 3EFJA 3NVMB 2XAOA 2C3KA 4LRMA 2UZDA 4WG3A 1Q24A 3HGKA 4NTTA 4EQCA 3ZDUA 4KSQA 1ST0A 4MK0A 3ZO4A 4FZDB 5KMIA 3A62A 5IDNA 1JKKA 2GMXA 2XK6A 5C4KA 1H07A 3AT3A 3DK7A 2XZSA 3QKKA 4IVCA 3PXKA 5AUZA 4BF2A 2ITYA 3NYOA 3NGAA 3QZHA 4TYHA 5DR9A 5HIBA 5M08A 1W82A 3IW8A 4O7TA 4C3FA 3AKLA 3R1QA 4LOOA 2JAMA 3GOKA 4CGAA 5AM7A 2OWBA 3P23A 2C0OA 4LL5A 4YC6A 3LQ3A 3RINA 2V5QA 2XNNA 4NM5A 2XNMA 2J0JA 3OVVA 3UIBA 2YZLA 4C0TA 4NK9A 5BQ0A 3F3TA 3O5AA 2F9GA 2Z8CA 4ZJJA 3PFYA 3W2SA 4D4SA 4OTDA 5EDPA 2OXYA 4OT5A 4L46A 4BGHA 4EHVA 3ZMMA 3ZZEA 3QQFA 1OPLA 3DB6A 1IEPA 4DLIA 2WTJA 5HE1A 4KBAA 2QR7A 4C36A 3D15A 3L9MA 1BL7A 3OZ6A 3F5PA 2XKFA 5FP5A 2BDJA 4DG3E 5KUPA 4BYIA 3O96A 4X21A 3U4UA 2BAKA 3V8WA 3UODA 3NUUA 3QA0A 4S33A 2UZEA 3QLGA 3VUDA 4ZIMA 2P2IA 4FA2A 3RPOA 3OHTA 4Q5EA 4LL0A 3QKLA 3JYAA 2UW5A 3GENA 4K77A 3LFSA 3Q9ZA 4QNYA 4C4JA 2J50A 2OJJA 5BPYA 3FLWA 1W8CA 3DLSA 3PY3A 1YWVA 5AM6A 5EHYA 3FMMA 5JT2A 4EI4A 5I0BA 3NW6A 2X2LA 3OWPA 4FTMA 4IB0A 2I0YA 5BNJA 3D2KA 4P7EA 4WNKA 3K7HB 3I60A 1ZY4A 3C9WA 3Q4UA 2QURA 3VQHA 2O64A 4QPAA 4X2JA 4MHAA 3VS1A 2JC6A 4L3PA 1KE7A 3I5ZA 3LJ0A 4IC8A 4N6YA 2XIRA 4F9CA 3FQSA 2VO6A 3VS6A 2UZNA 4E20A 2QOBA 3D0EA 4AAAA 2UZWE 3F5GA 3ZDIA 1L8TA 2XRWA 3FMHA 4QMQA 4AZEA 3R22A 4BCQA 3H9OA 4DFBA 2PMLX 4YUQA 3QX2A 1TQPA 3CIKA 3GC0A 1PXIA 3EOCA 3ET7A 3EYHA 5FXQA 3ZS5A 3ZSIA 2F57A 3U6IA 3DQWA 5E9EA 3R04A 4I4FA 4QQCA 3TG1A 3NNWA 3RGFA 3HZTA 5C03A 1LP4A 1XJDA 4BDDA 5AADA 3QD4A 3TV7A 5JH6A 4LUEA 2Y6MA 3QYZA 4LV5A 3MS9A 4QTCA 2V7AA 4H1MA 2OJ9A 3GU4A 3UDZA 4KKEA 3KL8A 3SHEA 4AGCA 1X8BA 3KK9A 1OKZA 2PMNX 4ZTNA 3ZUTA 2DQ7X 1H25A 4FBXA 3IECA 4D4YA 2W06A 3F3ZA 4D5KA 3DBEA 4IANA 3U9CA 5JFWA 2BDWA 4EC9A 4NT9A 3QHWA 2X8EA 5JMSA 4FIHA 3LM5A 3W33A 2Y4IB 3UP2A 4F1OA 1JOWB 1Q8ZA 2JGZA 3FMEA 4RIWB 4RC2A 3TDVA 3VS7A 2WTKB 5JQ8A 4BDCA 5IUIA 3SAYA 3VBQA 3HV4A 2WQNA 5ANKA 4C58A 3DS6A 4E93A 1YDTE 3QGYA 2JFMA 4M84A 3CTHA 4NJ3A 4FTQA 5KZIA 3PIZA 2YITA 5AX3A 3DDQA 3MVJA 1B38A 2VO7A 4RWKA 4OTHA 1ZYCA 3NUAA 4X3FA 5E7RA 3QQKA 2NRYA 2IO6A 4HPTE 3KEXA 2V22A 2GNGA 2QG5A 4L44A 5HD7A 3A60A 3ZEWA 2B9JA 4BR3A 1JBPE 2I40A 1E1XA 3C4EA 3SDJA 2BALA 3UPXA 1JQHA 3QCQA 4QTBA 4W8DA 4EH9A 4ANMA 1WBVA 3UYSA 1OIQA 4E5BA 5FBOA 4E6AA 4D0YA 4TT7A 3CY2A 4BC6A 2C0JB 3ZONA 2O2UA 5E8TA 5EM5A 4AFEA 4R5YA 4O0SA 3A99A 1FOTA 2X7OA 2X9EA 3E5AA 3GXLA 4FKGA 4AXCA 4C4HA 5M51A 1QPJA 3QRTA 4OBOA 4CLJA 2V7OA 2HIWA 1PXLA 2XIXA 3VIDA 4X3JA 5HG9A 3MB6A 4I21A 5FD2A 3VHKA 2ETRA 3TIYA 4FOCA 3OUKA 4W4VA 3NUPA 1JVPP 2R4BA 3MFUA 4FTKA 3PUFC 3FMLA 4BDJA 4G3DA 4QOXA 4RZVA 3G33A 5I9UA 3NR9A 3PXRA 2J3TA 3OBGA 1YKRA 3PLAE 4QQ5A 4D9UA 1V0BA 3MFTA 3W8LA 1IASA 3GFWA 4WOVA 2HCKA 4HGSA 4BCPA 4AGDA 2BHHA 1R39A 2QU6A 3FPMA 5HG8A 3TJCA 4QYHA 2F4JA 4G5PA 1QMZA 5CQUA 1BUHA 1ZARA 5BUEA 3VUHA 5CTPA 5HLNA 3SXRA 5K4JA 4E6DA 2YIRA 4EOPA 4RX5A 4C3RA 4NFNA 3DKGA 4P5ZA 3R73A 4IVBA 4O0XA 4QMUA 3TNIA 1PXMA 3RPVA 3COMA 4W4YA 1XH8A 3QQGA 3PIXA 1NVQA 3FZSA 4V05A 1Q8TA 3GCVA 4GS6A 1G8JA 3FI8A 4XBRA 3T8OA 4AW1A 4I5MA 2I7QA 1XWSA 3IDCA 3C4CA 4C4GA 5B2MA 3II5A 2G15A 5AP0A 3WYXA 4I6BA 4O7NA 5E1EA 3GP0A 4KWPA 4DH3A 1KOAA 3F82A 3QL8A 4JAIA 3VQUA 2C6TA 5C1QB 5AP2A 4OBQA 5HVYA 5C26A 3CQEA 3DAKA 3P7BA 3DJ7A 3AC2A 3F3UA 3NFFB 4TZRA 3FKOA 1BI8A 1XH4A 5DYJA 2WZJA 3HA8A 4ZJVA 5A46A 3FUPA 4JDIA 4QMZA 4K2RA 2Z02A 4C4NA 5KNJA 1H0WA 4WBBB 3VBWA 2Z60A 3AT2A 4ANSA 2Y6OA 4J8NA 3OCBA 1U10A 1R0EA 3BQCA 4ZTQA 4MUTA 5F1ZA 5L6WL 3ZLYA 4Y83A 4C62A 4EOLA 2JDTA 4NYEA 5L8JA 5LVPA 5HO8A 5TR6A 4D4VA 3UQFA 4F65A 3TT0A 3GCQA 5KE0A 2UW4A 2J4ZA 3B8RA 3NW5A 3QAME 5FDXA 2OLCA 3GC8A 3TI1A 5AA8A 3BYVA 5HNIX 3ALNA 4O7RA 5A3XA 1J3HA 3NPCA 1OGUA 4EK3A 1URCA 3ZHPC 2W1GA 5DT3A 1O9UA 3M1SA 4MWHA 3NVKI 2BZKB 2CDZA 3PE2A 5DT0A 5F9EA 2Y7JA 4TN6A 4RVLA 4X0MA 3QQUA 3UZRA 4F99A 3QUPA 4H05A 2VX3A 3CGOA 2PUUA 3MPMA 5IQBA 2WMBA 2QOLA 4EZ7A 4HVSA 5J87A 1IG1A 2YA9A 4RA4A 5HE2A 5A4TA 5KBRA 3OT3A 1OIRA 2OXXA 4GJ3A 4LM5A 3V04A 3ORNA 2C0IA 3V8TA 5HVKA 3R7IA 2BUJA 3N9XA 2XIYA 4W4WA 4CFVA 3IDBA 3DGKA 3A7FA 3CP9A 5EK7A 4ASZA 3Q5IA 4IB3A 2NYAA 4I23A 3DOGA 5BYLA 3EZRA 4FKWA 4CFXA 1I44A 2C4GA 3W18A 1ZYLA 4QMSA 3ORIA 1T45A 3D83A 4MH7A 5JRSA 3QD2B 2VO0A 4HZRA 5A54A 4O7VA 3U51A 3EN7A 3D2IA 3RAIA 5JFSA 2C68A 2XMYA 4QP6A 2GHMA 3I79A 5BMMA 2ITWA 3M1NA 1WC9A 3C13A 2PE1A 2GCDA 3MH2A 3SG8A 1FINA 2C5YA 3PXQA 3Q9WA 4I4EA 4YLLA 5KMMA 3PIYA 4C33A 2EU9A 4NKAA 5CSVA 3QRKA 3AKKA 5DBXA 4AN9A 3CGFA 4KD1A 4BCGA 3P9JA 3BU6A 4MYGA 4JDKA 4UXQA 3BE9A 1ZYDA 3LXPA 3KXMA 4PTCA 3W32A 2QC6A 3QZGA 4BDHA 2B7AA 3E64A 3H0ZA 4R3RA 4EOOA 4FV1A 2YM4A 3SGCA 4ASXA 4M0ZA 3K54A 4WRSA 2C6OA 2OFUA 2H8HA 3AMBA 3LFDA 3MJ2A 4NH1A 4RA5A 2OI4X 4MBJA 4WG4A 4JQEA 4CZTA 5L2IA 4RC3A 3GC7A 3L8XA 2ERZE 5CZIA 4IMYA 1IAJA 1DI8A 3TM0A 5KHXA 3N4UA 3NUYA 3V5PA 4DCAA 1UU8A 2XKDA 5IQEA 3EH9A 2XANA 3PP0A 5IQCA 4F0IA 2HELA 3IW5A 1NA7A 1KV1A 1XH5A 2OIDA 4XH6A 3DNEA 3FLYA 3UC3A 4Y72A 5HESA 3DY7A 4PMTA 4XRJA 3NYVA 1VZOA 3E8DA 3KRWA 4GK2A 3PWDA 2OJIA 4XG2A 3LMHA 1U4DA 3U55A 2YHVA 3BHVA 5ANEA 2VTLA 3I5NA 1XKKA 3DLZA 4BGQA 4F7LA 2CLXA 4ZLYA 2PK9A 2Q83A 2XCHA 4YC3A 1Q97A 4U7ZA 4BCJA 4YJQA 4R3CA 3EL8A 5JSMA 4DCEA 4IX3A 5DT4A 4L8MA 4PX6A 5EYMA 3ZBXA 4K11A 5A4EA 3IOPA 3AKJA 4ITHA 3I4BA 3UOJA 4C2VA 3MGYA 4IJPA 4YPSA 5HNMA 3MVLA 5J95A 4FSTA 2RL5A 4LV7A 4G6OA 4HGTA 2LAVA 4AT4A 4C35A 2Y8OA 4HYUA 2FH9A 5EI6A 2F7EE 2IVTA 4KKGA 1NW1A 3QWJA 4BB4A 1BMKA 3I7CA 2J0LA 5M06A 4FKSA 4BCFA 4CNHA 4JX3A 2VTAA 2YIXA 2RIOA 4CV8A 3KXNA 3QF9A 2HXQA 4I0TA 3FBVA 3OEFX 2NRUA 1Q99A 2BRNA 2VAGA 3F5XA 4KIPA 4XLIA 3ELJA 3FI4A 2XKEA 4MTAA 3R8UA 1UNGA 3S4QA 3DFCB 2B9HA 5HBEA 3ODYX 5IF1A 2QO7A 5I5ZA 2GNHA 3ODZX 2DUVA 3AMYA 4FICA 5K3YA 4CKJA 3CD3A 4ZOGA 2P55A 2XK3A 4K9YA 1H27A 2QOKA 4FSQA 4R1VA 3ACJA 3OUNB 5BVNA 3O7LD 3L9NA 3BPRA 5DPVA 2WAJA 4ACDA 5C8KA 1TFFA 3AD5A 4PMPA 4QYGA 4D58A 4BRXA 5IQAA 1Y6AA 4D55A 5ANJA 4A4LA 3D14A 3NIEA 4P90A 4JLCA 2C3LA 2QHMA 4YC8A 3F3VA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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 3BEA A;  2XAM A;  4AQK A;  1REJ A;  3LKM A;  3EFJ A;  3NVM B;  2XAO A;  2C3K A;  4LRM A;  2UZD A;  4WG3 A;  1Q24 A;  3HGK A;  4NTT A;  4EQC A;  3ZDU A;  4KSQ A;  1ST0 A;  4MK0 A;  3ZO4 A;  4FZD B;  5KMI A;  3A62 A;  5IDN A;  1JKK A;  2GMX A;  2XK6 A;  5C4K A;  1H07 A;  3AT3 A;  3DK7 A;  2XZS A;  3QKK A;  4IVC A;  3PXK A;  5AUZ A;  4BF2 A;  2ITY A;  3NYO A;  3NGA A;  3QZH A;  4TYH A;  5DR9 A;  5HIB A;  5M08 A;  1W82 A;  3IW8 A;  4O7T A;  4C3F A;  3AKL A;  3R1Q A;  4LOO A;  2JAM A;  3GOK A;  4CGA A;  5AM7 A;  2OWB A;  3P23 A;  2C0O A;  4LL5 A;  4YC6 A;  3LQ3 A;  3RIN A;  2V5Q A;  2XNN A;  4NM5 A;  2XNM A;  2J0J A;  3OVV A;  3UIB A;  2YZL A;  4C0T A;  4NK9 A;  5BQ0 A;  3F3T A;  3O5A A;  2F9G A;  2Z8C A;  4ZJJ A;  3PFY A;  3W2S A;  4D4S A;  4OTD A;  5EDP A;  2OXY A;  4OT5 A;  4L46 A;  4BGH A;  4EHV A;  3ZMM A;  3ZZE A;  3QQF A;  1OPL A;  3DB6 A;  1IEP A;  4DLI A;  2WTJ A;  5HE1 A;  4KBA A;  2QR7 A;  4C36 A;  3D15 A;  3L9M A;  1BL7 A;  3OZ6 A;  3F5P A;  2XKF A;  5FP5 A;  2BDJ A;  4DG3 E;  5KUP A; 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