2BKKA

Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase aph(3')-iiia in complex with the inhibitor ar_3a
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
263
structure length
247
Chain Sequence
AKMRISPELKKLIEKYRSVKDTEGMSPAKVYKLVGENENLYLKMTDSRYKGTTYDVEREKDMMLWLEGKLPVPKVLHFERHDGWSNLLMSEADGVLCSEEYEDEQSPEKIIELYAECIRLFHSIDISDCPYTNSLDSRLAELDYLLNNKDPRELYDFLKTEKPEEELVFSHGDLGDSNIFVKDGKVSGFIDLGRSGRADKWYDIAFCVRSIREDIGEEQYVELFFDLLGIKPDWEKIKYYILLDELF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Allosteric Inhibition of Aminoglycoside Phosphotransferase by a Designed Ankyrin Repeat Protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords AMINOGLYCOSIDE 3'-PHOSPHOTRANSFERASE
molecule tags Transferase/peptide
source organism Enterococcus faecalis
total genus 69
structure length 247
sequence length 263
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.1.95: Kanamycin kinase.
pdb deposition date 2005-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2bkkA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 2bkkA02
3L9MA 4FIIA 4ACGA 3HV4A 1OIRA 3UPZA 4W8DA 1H27A 1H1RA 5L8KA 1UNHA 3OD6X 3UC4A 3AC5A 4YTFA 3KXXA 3B8RA 5AP2A 1SVHA 3W2PA 2BCJA 3W2CA 2ONLC 4EK5A 4RIOA 4DHFA 4QMTA 1YQJA 3K54A 1PF8A 3R7VA 5GHVA 4NM0A 3EFLA 3ZBXA 4U9AA 4E4MA 4H3QA 5CQWA 3V5PA 3PA5A 5KMLA 1H1SA 4XV2A 4OT6A 3CXWA 5F94A 5AA9A 2P55A 4II5A 4PTEA 5L6PA 2BALA 5BVWA 2PSQA 4U44A 1H01A 2AC5A 3L9PA 2RFSA 2XEYA 1L8TA 5EI6A 4WNMA 4D1SA 3QD4A 1FBNA 3QXPA 2W4OA 4P90A 4GUBA 2ERZE 2VWZA 2G2IA 3F2AA 2WXVA 4QTBA 3JYAA 2FO0A 3DJ6A 3JPVA 3F3ZA 3ZRKA 4EH4A 4EOOA 5IA4A 5TO8A 1UV5A 1V1KA 4FTUA 4GVJA 4JT3A 4C2WA 4JX3A 2C1AA 3ZZWA 4ZJVA 5M06A 3CJFA 4QYEA 4IZAA 1NW1A 4RVLA 4AA5A 4QP8A 4R3CA 2O3PA 3Q53A 4KAOA 4F6UA 2QOHA 2QU6A 4O7SA 2A19B 1K3AA 2GMXA 1HCLA 3GC7A 4BDGA 1PMEA 3VS6A 4IAZA 3QXOA 3AC4A 3QWKA 5KKRB 4NM5A 5JGDA 2YAKA 3ATTA 4ZSEA 3W0OA 4C36A 5CU2A 1ATPE 3OMVA 3ZEPA 4DFUA 3HGKA 4GEOA 5BVKA 3OC1A 2B52A 2F7XE 1L3RE 4YBKA 4MBIA 3N4UA 2X8EA 3BPRA 3G51A 2BPMA 4O27B 2BTSA 4DGOA 4N57A 3NW7A 2XNOA 2QOCA 4TL0A 2OG8A 3ZUUA 3KXZA 1YOJA 4LI5A 1OPKA 3K2LA 2OKRA 3LFSA 4XX9A 3OXZA 4AACA 4BCQA 4DH7A 4BCNA 4FV7A 1RW8A 4IFCA 5IEXA 4BDEA 5BUEA 4JJRA 2PVNA 5J9YA 2BAKA 4GG7A 3S0OA 4ANBA 2I0HA 3HRBA 2ERKA 2W4KA 4FTAA 2HELA 4CTCA 4DGLC 2OJ9A 4M0ZA 5ETCA 3NRMA 2VTSA 5DBXA 4YR8A 4F0FA 3RWPA 3RINA 3OOGA 4LUEA 3HZTA 5FEEA 2W1ZA 3ZLSA 3V5LA 2BFXA 5HLWA 1BL7A 3AC1A 4FNZA 5B2KA 3TTIA 4BCJA 4O2PA 4B8LA 2PMNX 1XBAA 2ZV8A 3VS2A 1S9IA 5AV1A 3EQBA 4D4YA 3TTJA 5AUYA 3KN6A 3FMDA 1REJA 3LFFA 2OXDA 2XBJA 5A3XA 2VWIA 3MBLA 5CNNA 3VUHA 1XH9A 3GU5A 1WBTA 1TQIA 5LMBA 2FVDA 1E1VA 2C0OA 2VO3A 3W1FA 2WMWA 3L9LA 5CEMA 3FUPA 3H30A 3QGYA 4YJRA 4BDIA 4FA2A 4QYYA 2GNGA 2BRGA 2Y4IC 3O8TA 1LEZA 4FTOA 3ORNA 5LVMA 4AZSA 2G9XA 4QT1A 3I5NA 4ANMA 2YN8A 3GC8A 3OROA 5H9BA 4E93A 4GW8A 3Q9XA 4O81A 5KBQA 4KNBA 4FK3A 3E64A 3RPYA 4WA9A 4PF4A 5EYMA 2QKRA 2I7QA 4TWNA 5FQDC 3P86A 1PXJA 3SRVA 2XIYA 3PY0A 2RFEA 1FVTA 3P7BA 4FEUA 4MCVA 4MQ2A 2R3GA 3WZEA 4ACCA 2OF4A 3ZH8A 3HP2A 4EHVA 3R01A 3DBEA 4YJSA 2JC6A 3LXPA 3ORTA 3KXHA 3BU3A 4GKIA 4KA3A 1XBCA 3ACKA 2Y9QA 4XCUA 1ZYCA 1NY3A 4IX3A 3UODA 3SDJA 4EQMA 3N4VA 5LJJA 3UOJA 1U4DA 2PVJA 2PVHA 3H10A 4KS8A 5AP3A 5C03A 4TWPA 4L00A 5LARA 2B9IA 2QKWB 3RK5A 4IWDA 1TVOA 4TZRA 3MY0A 4FR4A 3N9XA 4QPSA 2VNYA 2WZJA 3V5QA 3GU7A 3ZM4A 4FICA 4N6YA 3WYXA 3D2KA 3BU6A 2WU7A 4ZS0A 5HVKA 1YVJA 5HE3A 4PUZA 3SX9A 2JITA 4E4NA 3RM7A 4ZSJA 1ZZLA 1WBWA 4FUYA 3DDQA 4AW0A 4O0UA 2WTJA 1XWSA 2WOTA 1PYXA 3R73A 5DLSA 2C3KA 2YCFA 3OG7A 5EH0A 3WZJA 2YM3A 3ZFMA 3UMXA 4NUSA 3FE3A 1S9JA 2YCSA 5ITAA 4FZ7A 2VZ6A 4G31A 2W0JA 1XJDA 1PRYA 1CKPA 2Y8OA 2IZTA 3O8PA 3LQ3A 2GNJA 2JIUA 3KGAA 1H26A 4C7TA 4GS6A 3DKOA 4BBEA 2WELA 2CSNA 4UWCA 5FM2A 3VBYA 4I5MA 2BRBA 2QVSE 2YERA 2QLUA 5DT0A 5E1SA 4GV1A 3R83A 2WB8A 3T9TA 5HTBA 3DXQA 4MBJA 3C13A 5HBEA 3QFVA 2QU5A 4E6QA 2B7AA 1KOBA 4K0YA 4FSTA 2CGWA 2W1GA 3F69A 1SVGA 2PUNA 4GFMA 4C35A 2JFLA 1YDSE 4IWOA 4QP9A 3GCPA 5JRSA 1VR2A 2GDOA 4KSQA 4MNEA 1IAJA 4FEWA 1PXPA 4OTWA 5AA8A 3OBJA 2X7FA 4FT5A 3OXTA 2ITPA 3F88A 4BBMA 1GY3A 5HG7A 4J1RA 5AUUA 3CP9A 1XHAA 3A4OX 3PPKA 1PXIA 4HVDA 1YOLA 2YM4A 3L8XA 1R0EA 3W2RA 2WTCA 2X39A 4M68A 2O63A 4NWMA 3QBNA 3LFDA 4PDOA 5AP4A 4AOJA 4BVUA 3QRIA 1XO2B 3WF8A 4YSJA 3LIJA 5CAQA 2ZB0A 2B9JA 1FQ1B 3COKA 4Y73A 4A4OA 2CKOA 5AM6A 4LYNA 4C3FA 3NNWA 1BI8A 1XKKA 3SW7A 2YM8A 2ITOA 3LJ1A 2R3QA 4IEBA 3S3IA 3L8PA 3L9NA 2B55A 2ZM1A 1ZOGA 1PMNA 1OKYA 2WOUA 4O21A 3TDWA 4CV9A 4XG9A 1MQBA 2P2IA 3OXIA 3R04A 2R3LA 4KRCA 4RJ5A 4RT7A 2J0LA 3PRIA 4GIIA 2Y7JA 4U5JA 4XH6A 3TCPA 1OIQA 5C8NA 2C5XA 4BDKA 3ZU7A 1DM2A 4P4CA 2Z7LA 4FV1A 2OXYA 4B6LA 3FPQA 3FPMA 1T46A 3MVLA 4XP2A 4DFNA 4G9CA 4ITJA 4IC7A 2V7AA 2JDSA 4YO4A 5G1XA 4MXXA 4XS2A 2EWAA 5C9CA 4Y72A 4RX8A 4UYNA 1OI9A 1Y8YA 4AOIA 3B2WA 3FLSA 3QCXA 2YA9A 2W5HA 1JKTA 1GZNA 4USFA 4UB7A 1UWJA 3TYKA 2PVYA 3R1NA 3FI8A 3OFMA 2UVZA 5F1ZA 5HO7A 3F9NA 4R78A 3HKOA 2UZDA 3RI1A 1PXKA 4JI9A 4YLKA 4U98A 4QOXA 3MA3A 1JSVA 4DH8A 2UZEA 2A4LA 3CEKA 3FQEA 3NYOA 3VWAA 4JDIA 2IWIA 3DJ5A 3VO3A 1O6LA 2XK6A 4JG6A 2C6OA 4A4LA 5CANA 3JVSA 4G9RA 4HPTE 3PA4A 4IAIA 1JSTA 4GL9A 3W2SA 1IA9A 2VV9A 2VO7A 2YFXA 4UY9A 2LAVA 1V0BA 4BCKA 5KMJA 4RSSA 4G3CA 1YDTE 3PWDA 3UMWA 2WTKC 4A4XA 4BCMA 1ZMVA 3UNZA 4EOMA 4V01A 5GNKA 3BHTA 3NUAA 4TRLA 5D10A 3C9WA 3OWKA 5ETFA 3A7JA 4BYIA 3TIYA 2WIHA 2YABA 1H25A 1KE5A 3MH1A 1FOTA 2C6LA 5DRBA 2QOKA 3U54A 2XYUA 4NU1A 3SA0A 2PZYA 4GK2A 4FG8A 2XKEA 2ZM3A 2VTIA 1UVRA 2VX1A 3QC4A 4EK4A 3UOKA 2ZV2A 4TKSA 2R5TA 3I7BA 4IWQA 2E9OA 4J52A 3C4FA 2ZDTA 1WBVA 3FKOA 5FGKA 1WBSA 4X6RA 3I5ZA 4IMYA 1P4FA 4PDYA 3ZSIA 4HVHA 5J1VA 2X8IA 2XCHA 3A62A 3EQIA 3R8MA 4AF3A 2DUVA 1ZMUA 3R28A 3CPCA 4ZTQA 4L67A 4JDKA 4IIRA 2XF0A 3DFCB 5AX3A 5JGBA 4M3QA 4C34A 4OT5A 3TN8A 4QP7A 5LVPA 3LMIA 1YKRA 2E9VA 3KRJA 4QPAA 4AZFA 2GSFA 2X9EA 1DAYA 2I0VA 2R4BA 1RDQE 3DQWA 3HLLA 3LXNA 1BMKA 5GJGA 4V05A 5FEQA 1W98A 2JDOA 4C38A 4U7ZA 4X2JA 2GNLA 2OICA 3QUPA 3I4BA 3JR1A 3VBQA 3GENA 5DE2A 3ZLXA 1DS5A 2GFSA 4E73A 4U45A 5DNRA 5AV3A 1PYEA 2E2BA 5CAOA 3KN5A 3NUPA 3HV3A 2XIXA 3BZ3A 2BHEA 4PNIA 4XBRA 5M57A 3D0EA 5FRIA 3D15A 3UDBA 4D4RA 1YXUA 3WZKA 3HV7A 3K5VA 4NM7A 3QQGA 4E26A 5DVRA 3TL8A 1W7HA 4O7WA 4QMLA 4EQCA 3V01A 2CKQA 4XLVA 5E8TA 4I22A 3PDTA 2QOLA 4BCIA 5I9WA 2IJMA 3EYHA 2UZUE 4FGRA 2VWVA 4YPSA 3VW6A 2VAGA 4IFGA 2AUHA 2JGZA 5HORA 4BGQA 4HYUA 1U5QA 4X2KA 2JIVA 4QMXA 1REKA 1PY5A 2WKMA 4EH7A 3EQHA 2HCKA 2YDIA 5E8SA 5IUIA 3II5A 3UZPA 4JIAA 3RHXA 4GK3A 3KULA 3TDVA 2R3HA 1W83A 3HYHA 3O50A 5J5SA 5HCZA 3DFAA 1FVRA 4G5PA 1J7LA 4GYIA 2P2HA 3JY9A 5CXZA 3AOXA 4D0WA 4XHKB 1GIJA 3CLYA 5IQCA 1OPJA 5ETIA 2BRMA 3BCEA 4FTTA 4L68A 5CYIA 4I24A 3DAEA 5T68A 2FH9A 4CMOA 3Q52A 5FXRA 4XEYA 3W0SA 4ZSLA 5A14A 4OLIA 4FSQA 4CFMA 2GQSA 3F2NA 2W9ZB 3IQ7A 4PX6A 1Y6BA 4QTAA 4CG8A 3DV3A 2X7GA 4R7HA 3W2OA 3A8XA 2P4IA 4FKGA 3EQRA 4J96A 1O6YA 3FZSA 3FI4A 3NLBA 1U5RA 4LFIA 5EKNA 2CGUA 5CT7A 3COHA 5ANIA 5CAPA 3SVVA 2C0TA 4RZVA 5AADA 3GEQA 5D1JA 5BYZA 3R7UA 3FYKX 3R0TA 3TZ7A 4X6QC 2C6EA 5ANJA 2CCHA 3COIA 3KMMA 3Q5ZA 1WVYA 5L3AA 3FKLA 4LL5A 3CTJA 3BV2A 5E8UA 4OGRA 5C1QB 4DEGA 5I9YA 2R3NA 3SHEA 3HX4A 2CKEA 5BVEA 5IQFA 3R30A 5DR6A 2IVTA 5IA5A 5GJDA 4I6HA 4RC2A 4FEVA 4O6LA 1I09A 2J4ZA 3F3UA 4AU8A 3MPAA 1PMUA 4OBOA 2VGOA 4FV6A 4EH9A 3PXQA 4RJ8A 2R3PA 3FSFA 3Q9YA 5H8BA 4S33A 2OJIA 5IH5A 3HMOA 4QYFA 5M4IA 5LMAA 3FMNA 2XIRA 1G3NA 3DKCA 3NUYA 5HE1A 2HIWA 3P9JA 4MF1A 4RJ3A 3FJQE 2JKMA 3RGFA 4HNFA 4D9UA 2FUMA 5AP5A 3EL7A 5EDQA 4MYGA 3E8DA 1Z57A 4RJ4A 4AZTA 4DF3A 3QYZA 3EMGA 4IBMA 4TNBA 2RKUA 3IDPA 1Y57A 4YZDA 2F7ZE 2H34A 2J0IA 4TYHA 3KQ7A 4U8ZA 3SGCA 1OL1A 5CF8A 5KHXA 5E4HA 3U9CA 4F9YA 1MQ4A 1WBPA 3MFTA 4ZMEA 4Y85A 3NWWA 2HAKA 3E5AA 4RC3A 4X7QA 2UW0A 4YO6A 5H8EA 3T3UA 3W10A 2OXXA 2YWVA 4ALWA 3CC6A 3CD8A 3Q4UA 5CVHA 4F9CA 4XNEA 3VS5A 1OUYA 4RQKA 4EH8A 3FMMA 3M42A 2GHGA 2RF9A 2PTKA 5CF4A 3EN5A 3DK3A 3WBLA 4WHZA 4HGEA 4DC2A 4J8MA 3GXLA 3R7YA 3EKNA 5LCJA 3QX2A 3LLTA 3QTUA 4FSWA 3QTSA 5EW9A 3UVQA 3E62A 2J2IB 2VTOA 3C1XA 5DT3A 4E7WA 2W4JA 3KRWA 2GS2A 3UYTA 4WBOA 2W5BA 3NW6A 2PVKA 4O96A 4HGLA 1CTPE 1JKLA 5H2UA 2RL5A 4YHJA 4EZ7A 4V04A 3ZO3A 4CFFA 2ITXA 2V0DA 1HOWA 4ZEGA 3OP5A 2VNWA 4O0XA 2X2MA 3HVCA 3NYXA 3PVUA 4P5QA 5IA2A 2VTNA 1KV2A 3DB6A 4O7TA 2Z8CA 4DCEA 5KMNA 5DGZA 3MIYA 2XB7A 5JKGA 4GJ2A 4IB5A 4RWLA 4YZBA 2ZV9A 3PWYA 3ACJA 4YBJA 1YXSA 3JS2A 3EKKA 3SLSA 4TYEA 3LFNA 3DBCA 3OWJA 2OZAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5HE0 A;  5A4C A;  2ZAZ A;  4H05 A;  3RK7 A;  3MJ1 A;  4DEI A;  3I6U A;  4YC8 A;  3R02 A;  4BDH A;  4DAW A;  2UZO A;  4QQ5 A;  4CD0 A;  2GS7 A;  2CLX A;  3G33 A;  5A46 A;  3F82 A;  4IM2 A;  4XV9 A;  5JFS A;  3K5U A;  4MVF A;  1W8C A;  5FTG A;  5JQ8 A;  5L8J A;  3VUG A;  2ITZ A;  4JR3 A;  4YGA A;  3CE3 A;  2F2C B;  4LV8 A;  4RJ7 A;  2G15 A;  3VS1 A;  3AT2 A;  3VBT A;  5AX9 A;  3OTV A;  1H1Q A;  3PYY A;  4MXY A;  3RPR A;  3IPH A;  3S4Q A;  1JSU A;  3VRZ A;  2IO6 A;  4LOO A;  3QTZ A;  4CFV A;  2BR1 A;  4FKT A;  4DEA A;  4CKJ A;  2V55 A;  3RNI A;  2FSM X;  2XRU A;  1KSW A;  2ZJW A;  3OZ6 A;  1URC A;  4P7E A;  4AT5 A;  4JBP A;  4D1Z A;  3IW5 A;  1STC E;  2OFV A;  3MI9 A;  2X2L A;  4W4W A;  1SZM A;  2XM9 A;  2Q0N A;  2X2K A;  3QKK A;  4TT7 A;  4G6L A;  4C3P A;  2J6M A;  2X9F A;  4G5J A;  3NYV A;  5HNI X;  3ORX A;  2XNG A;  3L8S A;  3KVX A;  2CN8 A;  2G2F A;  3QWJ A;  1LUF A;  4DTB A;  3ZO2 A;  4TXC A;  5I9Z A;  2XKD A;  3QQJ A;  3BEG A;  5CTP A;  2I0Y A;  2IW8 A;  4J7B A;  4NCT C;  3ULI A;  4D5K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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