2IG7A

Crystal structure of human choline kinase b
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
348
structure length
335
Chain Sequence
RDAERRAYQWCREYLGGAWRRVQPEELRVYPVSGGLSNLLFRCSLPDHLPSVGEEPREVLLRLYGAILQGVDSLVLESVMFAILAERSLGPQLYGVFPEGRLEQYIPSRPLKTQELREPVLSAAIATKMAQFHGMEMPFTKEPHWLFGTMERYLKQIQDLPMNLLEMYSLKDEMGNLRKLLESTPSPVVFCHNDIQEGNILLLSLMLVDFEYSSYNYRGFDIGNHFCEWVYDYTHEEWPFYKARPTDYPTQEQQLHFIRHYLAEAKKGETLSQEEQRKLEEDLLVEVSRYALASHFFWGLWSILQASMSTIEFGYLDYAQSRFQFYFQQKGQLTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of Human Choline Kinase B
rcsb
molecule keywords Choline/ethanolamine kinase
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 115
structure length 335
sequence length 348
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.32: Choline kinase.
pdb deposition date 2006-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01633 Choline_kinase Choline/ethanolamine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2ig7A01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 2ig7A02
5FP6A 1M52A 4II5A 3NSZA 5CALA 5A6OA 2O8YA 1OPKA 2XEZA 4JAJA 2ITYA 3CPBA 4R5SA 5CEPA 3ORLA 3C0IA 4KIQA 4N0SA 3QWJA 4XG6A 4FEUA 3HUBA 2ESMA 5JFSA 3R1SA 1DI9A 2UW9A 5T6KA 3F5XA 1K2PA 5IG1A 1IA9A 2BZIB 3NIZA 4I0SA 1CMKE 1U46A 4JS8A 3RPVA 3DU8A 3OY1A 4IM3A 4GU6A 3AMBA 4FUXA 3Q53A 3DFAA 3H10A 3LFNA 1H07A 4TPTA 2ACXA 3Q32A 4TWPA 4Y72A 2HWPA 4PMMA 4ANSA 1LEZA 3BV2A 4IQ6A 3RP9A 4AT4A 4PNKA 5CAQA 1OVEA 3ZBFA 4UX9A 2BRHA 3BU3A 4UN0C 4J53A 4RVKA 4EJ7A 4JG8A 5A4LA 4D1XA 1YXSA 4YC8A 4DHFA 3UQCA 4MNEB 4BZDA 2HIWA 5A4TA 3UP7A 3PJ3A 4XRLA 4CV9A 4ITHA 5CEKA 2HK5A 3DQXA 4HZRA 3G0EA 2HXQA 4GS6A 2FB8A 5FBOA 1WVWA 5CT7A 5EOLA 2FO0A 2XVDA 4YJTA 2ZYBA 4M0ZA 3NUYA 4DFXE 4PTCA 5E9EA 3FL5A 3EN7A 4FI1A 1M14A 4ALVA 1W98A 4FTAA 4I92A 3KK9A 3P9JA 3A8WA 4C37A 4NJ3A 3DXNA 4DT8A 3RK9A 5HVJA 3POOA 3CCNA 3FMKA 4DBXA 3FMMA 4RWJA 4YLJA 4F0IA 5M55A 4J8NA 1XHAA 3EWHA 2GNFA 3ROYA 5GJGA 1XBBA 3SG8A 4UZDA 4ZLYA 1OBDA 2J0IA 4HCTA 3EYGA 4KSQA 1ZZ2A 3LZBA 3NZ0A 1GIIA 4GJ3A 2VTQA 4O38A 4USDA 5CZHA 3V5TA 3VBXA 4G6LA 2CKEA 3PXQA 3NEWA 4I0RA 3PE2A 4RWIA 4XP3A 2PYWA 5A54A 1XH8A 4EWHA 3ZONA 4AG8A 5L3AA 2PPQA 5FTOA 4ENXA 2GTMA 3UTOA 1OIQA 2FYSA 4AF3A 4ZEGA 3F3WA 1KUTA 1FGIA 3I7BA 5FP5A 2H34A 4DH8A 4HW7A 5HE0A 2OU7A 3GU5A 3U55A 1PY5A 2R3PA 4D4YA 1ZMVA 3T9TA 1PXJA 3R71A 4Y8DA 5EYKA 1JPAA 4FV7A 2R3GA 4IX6A 4ZTQA 1GNGA 1REJA 3CKWA 4EZ3A 3HMOA 4MD9E 2BR1A 3KK8A 4AA4A 3WF7A 4XV1A 4FKIA 3DKFA 4E1ZA 5C1QB 4G9CA 3LJ1A 5M51A 2VUWA 3TACA 2WTIA 5KUPA 4O7NA 3DAJA 4FTQA 4I6QA 4FL2A 2C30A 2WQEA 4CMOA 3RAHA 1VYZA 2J90A 2DUVA 3R7UA 4BIDA 4UXQA 2V62A 5DBXA 3R30A 5F20A 5CI7A 3TTJA 5I9XA 4JXFA 2WMBA 3NPCA 5CSWA 4XLVA 2UVXA 4JQEA 5L8JA 1ATPE 3ZYAA 4XUFA 2BZKB 4BIBA 4EH6A 3U6JA 2LAVA 3TV7A 4M12A 1PXKA 1UA2A 4IMYA 3EH9A 2EXCX 3CGOA 3FI4A 5AP5A 4QOXA 3QRTA 4L52A 3NNVA 3JY9A 4QMXA 3R00A 4FKRA 3VBWA 2GQSA 3PZHA 5HG9A 2P4IA 3OBGA 3KXMA 3NAYA 4X2JA 5AJQA 3EQIA 4QP3A 1ZLTA 3OS3A 2E9OA 4IJPA 4RJ5A 3SXSA 2Q83A 4BDCA 3L8SA 4YNOA 3L8XA 4MXCA 2R0UA 2BAJA 4MQ1A 3OFMA 4P5QA 3TCPA 4BCIA 3GP0A 4JQ8A 3ZEWA 3GBZA 4FZDB 4FG9A 2W17A 2QO2A 2QKWB 1VYWA 2WU6A 3BZ3A 5IH6A 3RI1A 2BAKA 3R7IA 1GJOA 4NFNA 2C3IB 2OKRA 3PY0A 2F7XE 3A4PA 4WT6A 5M4IA 4RLKA 4FSRA 3O96A 1F3MC 2XF0A 4XOZA 3A7GA 2HENA 2XJ1A 4Q9SA 4FV9A 2C69A 3I5ZA 3BHYA 4FT0A 4GMYA 2XCHA 3QQFA 4G16A 2R3OA 3OCBA 2GNJA 4B99A 2VTJA 2XIZA 3ALNA 1L8TA 4KBKA 2R3QA 4O7TA 2B7AA 3BWJA 2QO7A 5ANIA 3GQIA 5IMXA 3FC1X 5CZIA 4F7JA 4TYIA 4B8MA 4GK3A 4FZ6A 1SZMA 3KMUA 3Q96A 3QZIA 5CU2A 2OXYA 3TNWA 2OG8A 5K9IA 2OIBA 4GT4A 1Z57A 3M2WA 5CYIA 1Q8UA 3RM7A 5LQFA 4V0GB 3QQUA 3OOGA 4EOOA 4AGDA 4HPUE 4DGNA 5IUHA 3ZTXA 4ZY5A 2CSNA 3W2OA 5IQBA 4NM3A 3BRBA 4J96A 4HJOA 4U97A 3HP5A 3DOGA 4JT3A 4WIHA 4ZSLA 3UYTA 3W2CA 2WMWA 3NMUF 3F3TA 1B38A 4YSMA 5B2KA 1ZRZA 5ANOA 4DCEA 4FEWA 4GUEA 3UO5A 4Q5HA 5EW3A 4GJ2A 3LXPA 2XA4A 3IO7A 4C7TA 5IA4A 2PUIA 5CASA 4ACMA 3GU7A 4MTAA 3UG2A 3MPMA 1E1VA 4TRLA 3O2MA 3DQWA 2J2IB 2GNGA 3OXTA 3C51A 4GK4A 4HPTE 3VULA 3UNKA 4C61A 1A06A 3BYOA 3QA8A 4U44A 4A07A 4F6SA 4J95A 3HZTA 2VTLA 2V55A 1JNKA 2W1EA 4TTHB 3VO3A 4N6ZA 4WZYA 2VTAA 4O27B 3HP2A 3QGYA 3HYHA 4XH6A 1S9JA 3PYYA 3NUUA 4EC8A 4W8DA 2CJMA 3OT3A 5CNOA 5EW9A 3W55A 2ZV2A 2W1CA 4J1RA 3SC1A 3FQEA 4BTKA 5CEMA 3D94A 4AGCA 3OT8A 4JBOA 3UVPA 3V01A 2QI8A 3CKXA 4EH5A 3QAME 3VC4A 4MHAA 4JJRA 4YLLA 3N4UA 4NM7A 3LM5A 1R0PA 4P90A 1X8BA 4TW9A 4DN5A 2Q0NA 2UW7A 3C5UA 3R8ZA 1O6YA 2HZNA 2YDJA 1PXIA 5JEBA 1KOBA 2ZMCA 5JFWA 2P55A 2Y4IB 3MFUA 1H1RA 2KTYA 2PVLA 4HVHA 4MXAA 3G9NA 2QHMA 2BTSA 4DEDA 5CU0A 2VN9A 2BRGA 2AC5A 3DNEA 2V7OA 1YDTE 2R3HA 2EUFB 3H30A 3E5AA 1YRPA 4H05A 4HYIA 2VTOA 4DA5A 4DH3A 4AW2A 2PE0A 2BRMA 2OFVA 1O6KA 3UMWA 3UVRA 4QMYA 5KMLA 3A8XA 3BLRA 4MQ2A 2GMXA 3QC4A 3KRLA 3UOHA 5AAFA 2SRCA 3ZLYA 3NVKI 3EZVA 4NU1A 2YABA 2Z7QA 3EL7A 4EHZA 4FIIA 1Y8GA 2VGOA 3EFWA 3IW5A 4RIWB 1ZARA 1MRUA 3BGZA 4RJ3A 3FKLA 3GFEA 3HRCA 5HIDA 3QUPA 3VWAA 1ZOGA 3JVSA 4N70A 3AMYA 4YLKA 3R0TA 4W4YA 4QO9A 2JLDA 5HLPA 4ANMA 4OR5A 5EKNA 3NX8A 3W0OA 5AP0A 4O6EA 1TVOA 2C6MA 3F9NA 3LQ5A 5F4NA 3FHIA 5IF1A 2R64A 5EH0A 4BI0A 1XJDA 4CFFA 1BLXA 3HMIA 4AZFA 5M06A 3RCJA 4ACHA 4AOJA 2QONA 5EM8A 2XYNA 5C03A 5HTBA 4HYHA 4YMJA 4BY9E 5C9CA 2QOOA 3JXWA 4OLIA 3AD4A 3H4JA 5AX3A 5IA0A 2NRUA 2XBAA 1H25A 4U80A 4WBOA 4WNOA 3V5WA 3TNPC 4BDGA 2C5VA 3SW7A 1LP4A 4XG8A 3SV0A 1FQ1B 3R1YA 2C6EA 4CLIA 3E92A 3MH0A 3BE9A 4QTAA 4AOIA 4YURA 4JRVA 2I7QA 4U43A 5AP7A 1FVRA 4FTRA 5M07A 5B7VA 3Q2JA 4D9TA 2R3IA 3QA0A 1FMOE 2W7XA 3LFCA 4O7PA 4RC2A 1ZY4A 1U59A 3ZC6A 4DG3E 2QOIA 3MFRA 4I5HA 4FVQA 4X3FB 5BVKA 4BBFA 4IM2A 3MDYA 4PY1A 5AUXA 4LUEA 4MD7E 1OPLA 3V3VA 4Z7HA 2XZSA 3ORMA 3IQ7A 4FTCA 2CGXA 5G1XA 3WF6A 4FSWA 2XCKA 4RIWA 3U4WA 4A9YA 5KMKA 3TUBA 4PMTA 2WMQA 4NL0A 3KRRA 4YHTA 3QCQA 2GNIA 3F5UA 1OMWA 4CTBA 4CFXA 4NYEA 5BPYA 4AZWA 4IX5A 2IWIA 4CKIA 3F3VA 4F9YA 3R02A 4L42A 1JSUA 2BALA 2J51A 1ZMUA 4JOAA 4JVGA 3P4KA 2Y4PA 4L45A 4R1VA 5JSMA 4IVCA 1Y6BA 3RMFA 3MH1A 3UNZA 3OMVA 4UXLA 3UVQA 4IH8A 4J71A 4F08A 2IJMA 4FL3A 4TYHA 2F4JA 1A48A 5AP2A 4M8TA 5IU2A 4Q9ZA 4LL5A 3PVUA 2ONLA 5DR2A 1RJBA 3WYXA 2Q0BA 3I1AA 4FKLA 1R78A 4E26A 4CKRA 4MH7A 2G2FA 5JKGA 4USEA 2X2MA 3GXLA 3KVXA 3VF9A 3S1HA 3NUSA 3FZPA 2O65A 4EOKA 4F70A 2WPAA 2VNWA 4ITJA 4L53A 4IBMA 3VUIA 1NA7A 1Y57A 5M53A 2HY81 4O86A 2VWZA 3GU6A 3BHUA 4ZTHA 3F2AA 3N9XA 3REPA 2W1HA 1O6LA 3FC2A 4N4SA 2HOGA 3KRJA 4RT7A 3BX5A 4R3CA 4RX7A 4BCGA 3QKLA 4EOMA 3ORNA 4F4PA 3R7OA 4YZNA 5GIOE 3WZDA 2O5KA 1XH5A 1DS5A 3ANQA 3H3CA 3MSSA 4FKPA 2J9MA 1R39A 3K3JA 3LCSA 3P86A 4AFJA 2G2IA 3Q04A 5M4UA 3Q9XA 1G5SA 3UIXA 5A6NA 4XJ0A 4FKSA 3TKUA 4PDOA 1BI8A 2C47A 3BQCA 3LFEA 1ZYSA 2UZVA 3M1SA 3HV7A 4XHKB 3MH2A 4L7FA 5A14A 3DBQA 3QC9A 3JS2A 3RTPA 2VTSA 5AV4A 4FIJA 3MVMA 3ZM9A 3SW4A 2WTWA 2XM9A 3QYZA 4HGTA 3HV5A 4HVGA 4O82A 4DEAA 5I0BA 2XRUA 2BRNA 1FPUA 5LWMA 2PVNA 3OROA 2QO9A 1PXPA 1QPEA 1YXVA 5CEQA 3ZUTA 4RIYB 4WG5A 5C8NA 2VZ6A 5AP3A 3KXGA 4ZOGA 4EK6A 4CVAA 1AQ1A 3MW1A 4LV5A 2RFNA 2XNOA 3JVRA 5DG5A 3BEAA 1PXNA 4QTCA 4AUAA 4DH5A 4EUTA 4EOPA 2CGWA 3E88A 1WFCA 2XK8A 2CKPA 5I9ZA 4MX9A 4CKJA 3B2TA 4AP7A 5ANEA 2QU5A 4IC7A 3VS6A 4JDJA 2G9XA 4FV1A 3ZO2A 3FLZA 3ZMMA 3EQDA 4KRDA 5IQIA 5KZ0A 2FSOX 3TZMA 1PKGA 4C4GA 4EHGA 3VJOA 2EB3A 2YCFA 5IQCA 5J7HA 3T8OA 3O50A 3FZTA 2QOKA 2VTHA 2XP2A 2YM6A 3DNDA 3FL4A 4IB1A 4K33A 4QYHA 4RZVA 3IGGA 3BU5A 3W2PA 2HWOA 1I09A 5FQDC 3W2SA 4ZJVA 4IZYA 4QRCA 4ZZNA 1PJKA 1WZYA 3D0EA 3R28A 3WIKA 4AZTA 3SOCA 2E9UA 3G0FA 3CTHA 2Y6MA 3ZDUA 4E6AA 4C2WA 4WOVA 2UZOA 4ZLOA 5AM6A 2PMLX 5CSHA 5FM2A 2A27A 1WBOA 2XUUA 4NCTC 3ORPA 1SNUA 3PE1A 3A2CA 5JN2A 3GEQA 4KUJA 1KSWA 5F9EA 3FKNA 4BZNA 4QP7A 3TEIA 4Y85A 2H8HA 5HIEA 4FV8A 4RJ4A 2YHVA 1CKPA 3ALOA 4CSVA 2RFSA 2C6IA 4YTFA 2YZAA 5HKMA 3L8VA 5EI8A 4BDEA 5M56A 4Y95A 4WBBB 4I22A 3CSVA 1KE7A 5JZNA 3RK5A 2PK9A 5E8WA 2XJ0A 3LMIA 3UZTA 4D0WA 4V01A 2FSMX 4FKJA 3UOKA 5JFXA 4FIHA 2X1NA 3PJ1A 2X81A 4I94A 4K6ZA 3MTLA 4DFYA 2PVFA 4U94A 1R3CA 3QZHA 3D83A 5EK7A 4ALWA 3O8UA 5HBEA 5CXHA 5FDXA 3UZRA 2PSQA 4H36A 3QRJA 2JDTA 4J7BA 3AD5A 5HE1A 5AP4A 3TXOA 2YDKA 4P4CA 3HA8A 1HCLA 5C4LA 2BIYA 2VWVA 4NW6A 4XMOA 5ETIA 4GFOA 3DPKA 2PY3A 3HV3A 4DH7A 5IH4A 5FRIA 5DEYA 4D2RA 1YI3A 4I3ZA 3I81A 4GVAA 3FZOA 4U98A 3LVPA 3ZBXA 3OVVA 1YOLA 3JUHA 5AV3A 2OICA 3DZOA 3QQLA 2ZM3A 4Y5QA 3TM0A 4CZUA 4EUUA 1ZOHA 2OJGA 3CD8A 5ANKA 3EYHA 3Q6UA 4FTJA 3O0GA 5KMNA 4YP8A 3E8DA 4BCJA 3C0GA 5IQHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3ZH8 A;  2F57 A;  3QLF A;  5H9B A;  5CSV A;  5B2L A;  2QOQ A;  1JWH A;  3NYN A;  2C5Y A;  1BI7 A;  4LOO A;  5HD7 A;  3FEG A;  3F5P A;  3LQ3 A;  2Z8C A;  4FKO A;  4FX3 A;  4DDI A;  5IPJ A;  5E7R A;  4EZ7 A;  5KX8 A;  3EQF A;  5HCX A;  4OTF A;  4JRN A;  5CAV A;  2JKO A;  2XIK A;  3QTQ A;  4G3F A;  4I5M A;  4MAO A;  4RVM A;  4X2G A;  2OZO A;  4TXC A;  3V8S A;  4BTM A;  2PTK A;  4L7S A;  1GZ8 A;  3QQK A;  5KE0 A;  2YAA A;  4FG7 A;  3COK A;  5J87 A;  2BRO A;  2CLX A;  3Q4Z A;  2W4J A;  2FH9 A;  4ANL A;  4DLJ A;  2RL5 A;  4F9C A;  3GB2 A;  3CEK A;  5L2S A;  5CT0 A;  3LFA A;  5CSP A;  3KUL A;  1YXT A;  3C13 A;  3CQE A;  1ERK A;  1SVG A;  3EMG A;  4KAB A;  3PSC A;  4QMS A;  2J5F A;  4U79 A;  5HG7 A;  5JQ5 A;  4G3G A;  4USF A;  1F0Q A;  4I20 A;  2J0K A;  4R7H A;  4HZS A;  4KAO A;  1Q4L A;  2XEY A;  3I0O A;  4PRJ A;  2BPM A;  5EDR A;  4RRV A;  1YDR E;  2XYU A;  2YWV A;  4ITI A;  4EHE A;  4E93 A;  4DHZ A;  5A4E A;  4EBV A;  4X3F C;  3C9W A;  3EHA A;  3ZHP C;  4NW5 A;  3BKB A;  3DB8 A;  1Q97 A;  5DT3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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