2PPQA

Crystal structure of the homoserine kinase from agrobacterium tumefaciens
Total Genus 96

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
316
structure length
310
Chain Sequence
TDITEDELRNFLTQYDVGSLTSYKGIAENSNFLLHTTKDPLILTLYEKKNDLPFFLGLMQHLAAKGLSCPLPLPRKDGELLGELSGRPAALISFLEGMWLRKPEAKHCREVGKALAAMHLASEGFEIKRPNALSVDGWKVLWDKSEERADEVEKGLREEIRPEIDYLAAHWPKDLPAGVIHADLFQDNVFFLGDELSGLIDFYFACNDLLAYDVSICLNAWCFEKDGAYNVTKGKALLEGYQSVRPLSEAELEALPLLSRGSALRFFLTRLYDWLTTPAGALVVKKDPLEYLRKLRFHRTIANVAEYGLA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (24-30)TIV1 (43-46)TI1 (85-88)S7 (199-202)AH3 (115-126)S3 (48-53)EMPTYO1 (53-55)AH2 (60-75)TIV6 (191-194)TI2 (195-198)S4 (92-94)TIV2 (93-96)S5 (97-102)AH6 (220-232)TIV3 (110-113)AH5 (166-180)TIV7 (201-204)3H1 (127-132)S8 (205-209)3H2 (156-161)TIV4 (141-144)AH4 (145-154)AH8 (259-286)TII2 (163-166)TIV5 (182-185)S6 (187-190)TI4 (212-215)TIV8 (253-256)S9 (216-219)TIV9 (288-291)AH9 (298-310)S2 (36-43)TII1 (132-135)AH7 (241-253)AH1 (9-18)TVIII1 (161-164)TI5 (234-237)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
publication title The crystal structure of the homoserine kinase from Agrobacterium tumefaciens.
rcsb
molecule keywords Homoserine kinase
total genus 96
structure length 310
sequence length 316
ec nomenclature ec 2.7.1.39: Homoserine kinase.
pdb deposition date 2007-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2ppqA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 2ppqA02
1OL5A 3KREA 3PWDA 3F3ZA 3AT4A 3F3UA 2F2UA 4JDIA 4QMMA 4AFEA 3BE2A 3FYKX 3KXHA 1ZMWA 4G6OA 1WAKA 4ITIA 4YHFA 5F94A 5AV2A 4ZEGA 3R00A 1PXOA 3G9NA 2G01A 3UIXA 1WZYA 2ZAZA 4W4YA 1CSNA 1YI6A 4AOJA 4GS6A 4LGHA 3W1FA 4E7WA 3Q52A 2Q0BA 4TPTA 5D9HA 3KU2A 3QD4A 2PVYA 4RZVA 2C3LA 2HWPA 4G3CA 5IQIA 2OZAA 1Q8UA 2XCKA 2W5HA 2GDOA 3PG3A 5KZIA 4BDIA 3R9DA 1Q99A 2RG6A 3RPRA 3V3VA 3W2PA 4YZNA 5C01A 4O7RA 4AN9A 4GMYA 4CFMA 3ZRKA 2QOQA 2PUUA 4PL3A 3MW1A 3R01A 1W7HA 2IPXA 3C0HA 2V0DA 4FTJA 5HNBA 4CLIA 2R3LA 4F7NA 2CSNA 3DZQA 4NZWB 4H05A 5EM6A 4L00A 5FTOA 5HVKA 4O0SA 4YJSA 4BC6A 4GW8A 4FKOA 1OKWA 2IJMA 2YERA 2VWXA 5IA2A 3Q9WA 4RC2A 1VZOA 2DWBA 4KINA 4RIWA 5E90A 3SW7A 3BBWA 3L8SA 3RJCA 2HZ0A 3HEGA 5ETFA 5CZHA 2P33A 5D12A 4E93A 4O7NA 1LPUA 3B8RA 4NM5A 5HLWA 1OUYA 1XKKA 2F4JA 2FH9A 4TT7A 5EYMA 4LM5A 4LOPA 3THBA 5KMIA 5LMAA 2CCIA 2UZBA 3V5JA 5A4EA 1H1QA 4UZDA 1L8TA 3FZOA 4ZP5A 3HMNA 4XRLA 4A07A 2R7BA 3P5KA 1YVJA 2PVFA 3KXNA 4JDHA 4MAOA 2ITZA 4R78A 2QODA 4RQVA 4DTBA 4TL0A 1XH7A 4TNDA 3FZSA 4R5YA 4JAIA 2XKEA 3VQHA 4JBOA 3RAWA 3ORTA 4G3FA 5D7AA 5EKNA 3MH3A 4EI4A 2BFXA 3QZFA 3V5WA 3S95A 2W1DA 4RWJA 4E5AX 4FV0A 2ZB1A 5FEDA 1O6LA 2RGPA 4EUTA 4TWNA 1XR1A 3FV8A 4NYEA 1ZOGA 2X7GA 3GBZA 4MBJA 5D41A 3RI1A 4CFUA 2UVZA 3W0PA 2OBJA 5AP0A 4IJPA 5TF9A 3UPZA 4U81A 5IQCA 4RX8A 3MPMA 3A7GA 2E9VA 3Q60A 3I0OA 3UVPA 4RWLA 4BCMA 2WD1A 2WELA 3MTFA 3SXRA 4FIJA 2J4ZA 3QAME 3W16A 4ANLA 3ZDUA 5KMOA 1A06A 5KMMA 5M4FA 3CKWA 2GNGA 4AT3A 3UJGA 1NY3A 3ULZA 5M51A 1SZMA 4RG0A 5FBNC 1LEZA 3JPVA 5IDNA 3MB6A 5IMXA 5BYZA 4RIXB 1YXSA 4LOOA 3DV3A 2P3GX 1DI8A 2Y6OA 3EKKA 3ZTXA 5AUUA 5KO1A 5CSPA 3KXZA 2ETRA 4DGOA 4O7SA 3O8TA 3U55A 4KWPA 3KF4A 4BZOA 1Q4LA 4F6SA 3RPYA 4QP7A 3SOAA 3KK9A 1WFCA 1YI3A 4LFIA 4O6LA 2JAMA 2QI8A 3FLYA 3KULB 4EJ7A 3OHTA 3T9TA 4D4SA 2OH0E 2GTMA 2P2HA 5FDXA 4BTFA 4FTNA 5BVNA 2G1TA 1V0PA 4L01A 2YM5A 5EI6A 4G3GA 3FY2A 3QQLA 2YN8A 5B0XA 2YACA 3IDPA 3WOWA 2GQGA 4EH2A 4MNEA 4CFFA 3I0QA 5K9IA 4BCHA 4FSMA 4WSYA 4IB5A 3IOPA 5IEXA 3SA0A 3FEGA 3TI1A 5AMNA 5IH4A 4CTCA 2R3OA 1S9IA 2OXXA 3FBVA 4ZTSA 4N70A 2JFLA 4GKIA 5DEYA 3MPAA 3K3JA 5LVNA 1ZY5A 4QYFA 4G16A 1M2RA 1FGKA 1HOWA 3QTXA 4FTQA 3SRVA 3CGFA 2GPHA 4CT2A 4O83A 3QQFA 2XNNA 4F6UA 3QZIA 2BZHB 4BI0A 4I0RA 3FKOA 2ZV8A 4KAOA 1P2AA 3MI9A 1XH9A 3PVBA 3VS6A 3RPSA 1DAYA 2R4BA 3TTIA 5K5NA 1PYXA 3Q9ZA 2V55A 4IC8A 3NUPA 3F2NA 3BQRA 4MD8E 2J9MA 3LLTA 5AP3A 4RGJA 4D1XA 4EK5A 5A6OA 2OIBA 3ZM4A 3PY1A 4Y95A 4O91A 2QU5A 1WBNA 2VNWA 4S30A 5IUGA 3NW7A 4DA5A 2C5OA 2HCKA 4UWCA 1WBWA 5EDRA 4L52A 3VJOA 2QURA 4U79A 1UKIA 3QYZA 1OIUA 4HCVA 2JC6A 4GV1A 4EJNA 2XRUA 4PX6A 5AFVA 3R8LA 2C6DA 3NIZA 4FNZA 4H1JA 4YBJA 3VBXA 4HVDA 3OTVA 4WUAA 3VHEA 2C5NA 4IBMA 5CQWA 5TT7A 3VS7A 5HTCA 2JITA 1XJDA 2IWIA 3S0OA 2UW7A 2WB8A 3C4WA 5M07A 2E9UA 3FL4A 4FEVA 2BZIB 4D4VA 3NX8A 4FL1A 3RGFA 3KRXA 2UZVA 4AGDA 1YWRA 3KRLA 2JBOA 2DUVA 3RP9A 4FOBA 1O6KA 3LFDA 2VU3A 4R3RA 4RFYA 5FDPA 3R04A 3PZHA 3DXPA 3HDNA 2REIA 1B6CB 3F7ZA 4QQJA 5GIPE 3NAXA 4JX7A 4YC8A 3PJ3A 5HORA 4X21A 1H24A 2A2AA 4HGTA 4XRJA 2XP2A 2BDJA 2HXLA 2P4IA 5DGZA 2HENA 2EVAA 3LE6A 3Q6WA 2I1MA 3PXFA 4G34A 3HMIA 3ZHPC 4UV0A 1RJBA 5IPJA 2FSLX 3HA8A 5HCXA 2XK4A 3QZHA 1QPDA 3LCSA 4YJRA 3ZCLA 5M55A 4Z3VA 4OTFA 3UPXA 3EN5A 1M7NA 3O50A 4ZTNA 3UG1A 3D5XA 4LMNA 4I20A 4LYNA 4PWNA 4AQCA 3BELA 2W0JA 5L2WA 4BVUA 3E8NA 3E92A 1GZ8A 4L3PA 4DGMA 2H34A 2YDJA 3TKUA 1SVHA 3DOGA 3MIYA 4WBBB 4YZ9A 3C0GA 2ZDTA 4XG4A 3UP7A 4XNEA 1H0VA 4FKTA 5CEPA 1ATPE 3C4CA 3CIKA 5E8ZA 4GVJA 2O5KA 4HCUA 3LMHA 1Y8YA 2BPMA 3A61A 3GCQA 4F9CA 4U97A 3R2BA 2XNBA 4FVQA 4PF4A 3EN6A 1SM2A 2QONA 4A9TA 4QMOA 5I5ZA 1R0PA 3EQRA 3VUGA 2F57A 4NCTA 4OT6A 4QMUA 1XH5A 3GT8A 3PXYA 3PXQA 5AUTA 3UZTA 2OZAB 2XA4A 2XNPA 4I22A 5DBXA 4GVAA 4RX9A 3HMMA 4WIHA 5H3QA 4NCTC 3VAPA 5T68A 5C9CA 3LKMA 3EIDA 4MXZA 1U54A 3FE3A 3LFFA 1J3HA 5F1ZA 3AG9A 5M06A 1ZY4A 3CY2A 3F5PA 4C2VA 1PXKA 2XM9A 3R1NA 2JDTA 4TWOA 5AADA 4RFMA 2B9FA 1NVQA 4N6ZA 1I44A 3SD0A 4EHZA 3QRUA 4ZSLA 4RZWA 4JR7A 3OEFX 4ZSEA 5JFSA 2GNFA 5FLFA 5I0BA 2GNHA 4NSTA 5J7HA 3F2RA 1J7LA 1GZOA 3BCEA 4E6DA 4QMPA 1PXNA 3BGPA 3F9NA 3MYGA 4EZ5A 4FT9A 3LIJA 2C30A 1TKIA 2Z02A 4DGGA 5CAUA 2PMIA 4PY1A 4OGRA 2J0JA 4I6HA 1OIRA 4XG7A 2QOOA 4R7IA 1UNLA 2PVJA 2W06A 5IQDA 4WO5A 4K0YA 4KIOA 1NVSA 3FLNC 2BMCA 1FOTA 4IZ7A 3VBTA 5IA0A 1MUOA 1TQMA 4U3ZA 2JGZA 1PXIA 2J50A 4KBCA 2PUIA 4MWHA 5HEZA 2WTVA 3A7JA 2HY81 3H4JA 3Q53A 4QTDA 4DLJA 4QMSA 4MQ2A 2Y6MA 2R3NA 3UO4A 4BCOA 4MH7A 5AP7A 1OL1A 3QHWA 4YR8A 4H3BA 3V8WA 4JR3A 3PP0A 2WOTA 3U8WA 4IEBA 4OUCA 3ZSGA 4QMTA 5LXMA 1V0OA 2OIDA 3FYJX 4FGBA 3FC2A 5ANEA 4M14A 3EMGA 2QOHA 5HE2A 3C4FA 4ZZMA 3R9RA 1VYWA 2RKUA 4O27B 5EK7A 3ZLYA 2VX3A 4KRCA 5C1QB 4F99A 3T3VA 3BU5A 5E1SA 2C5XA 4WZYA 3RWQA 5DE2A 1LEWA 2J51A 2JEDA 4FYOA 3P7AA 3I60A 3R30A 5HD7A 4FT0A 4JOAA 2QLQA 3VC4A 3TM0A 1OI9A 3QXPA 4U0IA 4W4VA 2I0VA 4WKQA 1H4LA 1OM1A 5BVEA 2OKRA 3SW4A 2ETMA 1PHKA 5A4CA 3A4OX 1RW8A 4QMYA 3OBGA 3PA4A 3RPVA 4FKPA 4I3ZA 3CLYA 3I5NA 1OZ1A 5L6OA 4I5HA 2JD5A 5LVMA 4QTAA 5E1EA 5HIDA 5AUXA 4L45A 5BVWA 3MTLA 3FPQA 2YJRA 2IZUA 1ZYCA 3POZA 2WTWA 2OICA 5LVLA 3QHRA 4F9WA 3E7VA 1ZXEA 1YHVA 3OUNB 5DOSA 5DH3A 4BCGA 4IZYA 2Z2WA 4RC4A 4MX9A 2ZOQA 5HGIA 4D1ZA 5CVGA 3A2CA 4L3JA 5IDPA 2W5BA 4E6CA 1Q8TA 4KS8A 3TIZA 4HGLA 3FPMA 3T8OA 3ZUUA 3MFTA 3VS0A 4O0UA 4L42A 4EH3A 4J98A 2B9IA 5BVFA 2RFEA 5C4KA 2W96B 2X0GA 3B2TA 3OOMA 5EOBA 5CF6A 3HRCA 2XVDA 5GJFA 3NPCA 5AP6A 3A7HA 4ZMEA 2XJ0A 3OXTA 3TT0A 2WMWA 4GIHA 2W1GA 4E4NA 4V01A 3QCSA 4ZLOA 3AT2A 3ORPA 3RZBA 3HNGA 3RINA 1WMKA 3BWJA 2RFNA 3DK7A 2YCQA 4WNMA 3MIAA 3AMBA 4D1SA 1MRUA 3DS6A 4D2RA 1G8AA 3DT1A 1SMHA 4J1RA 4EH5A 3M1SA 4IWQA 4L68A 1CMKE 4OTIA 4XP0A 4E1ZA 3LCKA 5AP5A 2PYWA 2C6LA 3QALE 1H1WA 4XUFA 3LCTA 3IW8A 4QOXA 3DKFA 3FUPA 4PDSA 2IW8A 4FKLA 2ITPA 5AA8A 1OPJA 2UV2A 2BROA 3FZRA 5HNGA 5CANA 5DFPA 4BI2A 3TJDA 4BBEA 4EZ7A 2R0IA 3QC9A 3EQBA 4PDOA 3OW4A 1BL6A 3I5ZA 5DN3A 4ZTQA 4AW2A 4YJOA 5BUJA 5CF5A 4Z9LA 3COHA 4YUQA 3EFKA 2GS2A 3PIXA 5DR2A 5HNIX 1CKIA 3QX2A 1JSUA 3A7IA 4U94A 5IA4A 3UO6A 3HYHA 2BKKA 3PRFA 3OWKA 3ZSHA 3QFVA 2FYSA 2JDVA 3OFMA 4FZ7A 4RIXA 1W0XC 2BZKB 2UZNA 4FOCA 4A9YA 3SVVA 5CSXA 1Q5KA 3OROA 4ACGA 3PG1A 2VO7A 4QP9A 4YZDA 5M44A 2O3PA 4GK3A 1KE8A 2VNYA 3ACJA 3LFSA 2FGIA 1YDSE 4C4FA 2KULA 2XF0A 1JNKA 4N0SA 2IW6A 1Z5MA 2FSMX 2X7FA 2YM3A 3KULA 1QPCA 5H8BA 2XIYA 3AC3A 3PJCA 3IG7A 2C1AA 3DBFA 3OG7A 3P08A 5E8VA 4ID7A 3CGOA 4PTEA 4MHAA 4G5JA 3F66A 3VS3A 3VBYA 3NNWA 4FKSA 4P5ZA 3CXWA 4AG8A 4DEDA 3GEQA 3KGAA 4MBLA 2R64A 3UG2A 4FVRA 5JZJA 3HX4A 4RJ8A 4MEDA 4MK0A 5ACBC 3R73A 4EKKA 1BL7A 4JIKA 1PJKA 4C36A 3JS2A 2BZJA 3UQGA 2PMLX 4C4GA 5IU2A 2J0IA 2QVSE 2WMUA 3V5TA 3EYGA 4B8LA 4D2SA 2XS0A 4QMNA 3IDBA 1I09A 3HMPA 4G3DA 4KBAA 2FO0A 2OW3A 1WBPA 2ZB0A 3R0TA 4NT4A 4TYHA 4YJQA 2WQMA 4BYIA 2FVDA 1JBPE 4WNKA 3IDCA 4HVGA 4O0YA 4M68A 4HYSA 2PU8A 4IVAA 4DTKA 4A4XA 3HRBA 4GFGA 5HBHA 3WF9A 4CG8A 4F1TA 3CQWA 3F6XA 3Q4CA 4PV0A 4CNHA 3NUNA 3GFEA 3QTZA 4BCIA 4Y73A 3QA8A 2YM8A 4R3PA 2BHHA 3QBNA 4RIYA 3DBDA 3CPBA 4DFLA 4FSZA 3IECA 1JPAA 3BGZA 4IAYA 5L3AA 3PVUA 2UW9A 3OD6X 4C34A 5I9ZA 1KOAA 4NJDA 3S2PA 4BF2A 3NVMB 1FVRA 5KKRB 2DYLA 3E3PA 3PSBA 1Q24A 4FV2A 1PXLA 4JS8A 3BHVA 2VV9A 2EB2A 3C9WA 4DFXE 4FVPA 3NNXA 2G2IA 4FKJA 3PJ1A 3QGWA 1PXMA 3WE8A 4ZY4A 5E7RA 4GT4A 4U44A 1V1KA 4AGWA 3AMYA 4IB3A 3A8WA 2G2HA 1E1VA 3UTOA 4A9UA 4BDJA 4P5QA 2YZAA 1LP4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4WRS A;  3U54 A;  1W82 A;  3PRI A;  1KE7 A;  4XH6 A;  3RTP A;  3OY3 A;  4IAI A;  2B7A A;  3EQC A;  2X8I A;  3IW7 A;  2WTK C;  3P1A A;  4FZ6 A;  2LAV A;  2GNJ A;  4RQK A;  2BDF A;  2Y7J A;  3RNY A;  4FEX A;  3LM5 A;  3QA0 A;  4V05 A;  3TXO A;  3V8T A;  5A4Q A;  3OCS A;  3P78 A;  3W0S A;  3ZS5 A;  4U5J A;  4ZY5 A;  5BQ0 A;  5JQ8 A;  2IZT A;  1H1S A;  3H3C A;  3LM0 A;  3JY9 A;  2XYN A;  1PF8 A;  4X3J A;  3DJ6 A;  4E73 A;  1NT2 A;  1YXT A;  4GT3 A;  3UOK A;  1UVR A;  2ITV A;  3II5 A;  3Q4U A;  3KB7 A;  4O0T A;  4I23 A;  3ODZ X;  2RIO A;  1PRY A;  3FI2 A;  3PFY A;  4N57 A;  4CRL A;  2BIY A;  4D28 A;  3EQH A;  3IK3 A;  3RKB A;  4YLL A;  3ROY A;  4JG8 A;  2ITY A;  4WBO A;  5CF8 A;  4O38 A;  4YTC A;  3MFR A;  4KBK A;  1U54 B;  4G9R A;  3ZO3 A;  4LV8 A;  4YJU A;  1M2P A;  5HCY A;  5LAR A;  3V5L A;  2ITN A;  2CKQ A;  2EU9 A;  1U59 A;  2X8E A;  3G6G A;  5LMK A;  2YCS A;  2EWA A;  3AGL A;  3D0E A;  4TYJ A;  5HX6 A;  3IO7 A;  4CMT A;  4UWB A;  3HAM A;  3GC0 A;  3BQC A;  2X39 A;  4EOQ A;  2VTR A;  3KFA A;  3O2M A;  1PW2 A;  4O7W A;  4QRC A;  2JKK A;  5LMK C;  4F9A A;  4USE A;  3SV0 A;  2OI4 X;  2R3I A;  3CD3 A;  4RWK A;  3Q5I A;  5FTQ A;  2CDZ A;  3O7L B;  5J95 A;  4ZSA A;  4C37 A;  4CGA A;  2JBP A;  1FGI A;  4HVH A;  1B38 A;  4XCU A;  1PKD A;  3F88 A;  2JDS A;  4BIC A;  4TTH B;  3O7L D;  4AOI A;  4F1O A;  5FP6 A;  3D4Q A;  4X6Q C;  2A19 B;  2YIQ A;  3ZDI A;  5J8I A;  2XNM A;  4F63 A;  4BDE A;  5H9B A;  1RE8 A;  2ZM1 A;  4FG8 A;  1S9J A;  4J52 A;  1O6Y A;  4RT7 A;  3TUD A;  3MFS A;  3LJ0 A;  3MWU A;  4LGG A;  3LFC A;  4M15 A;  3L9P A;  1MRV A;  4NUS A;  1YHW A;  4C59 A;  5IF1 A;  3MJ1 A;  3W0M A;  4EH9 A;  3JUH A;  4EL9 A;  3OXZ A;  3CTQ A;  2XK6 A;  4MNF A;  3VBW A;  4I6F A;  4U41 A;  2PWL A;  2Y0A A;  4NWM A;  3RPO A;  1LR4 A;  4IM0 A;  4O96 A;  3P9J A;  4KSP A;  4ONA A;  4FKQ A;  1L3R E;  1UNH A;  3ET7 A;  3EL8 A;  3LFA A;  3MBL A;  4JAJ A;  2QC6 A;  4M7I A;  3R28 A;  4OBQ A;  3P86 A;  4S31 A;  3C5U A;  3QCX A;  5HE1 A;  3IW6 A;  4PMP A;  2IVT A;  4WNO A;  5CF4 A;  2PE0 A;  3FL5 A;  4X2G A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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