2PU8 | Genus

Total Genus 148

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	148
sequence length	390
structure length	373
Chain Sequence	PLYETLNESSAVALALTCQEIGDGNLNYVFHIYDQEHDRALIIKQAVPYSWPLTIDRARIESSALIRQGEHVPHLVPRVFYSDTEMAVTVMEDLSHLKIARKGLIEGENYPHLSQHIGEFLGKTLFYSSDYALEPKVKKQLVKQFTNPELCDITERLVFTDPFFDHDTNDFEEELRPFVEKLWNNDSVKIEAAKLKKSFLTSAETLIHGDLHTGSIFASEHETKVIDPEFAFYGPIGFDVGQFIANLFLNALSRDGADREPLYEHVNQVWETFEETFSEAWQKDSLDVYANIDGYLTDTLSHIFEEAIGFAGCELIRRTIGLAHVADLDTIVPFDKRIGRKRLALETGTAFIEKRSEFKTITDVIELFKLLVK

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__566630965282038__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__566630965282038__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2PU8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__566630965282038__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"566630965282038","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2PU8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__566630965282038__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Bacillus subtilis
publication title	Structures of 5-methylthioribose kinase reveal substrate specificity and unusual mode of nucleotide binding pubmed doi rcsb
molecule keywords	Methylthioribose kinase
total genus	148
structure length	373
sequence length	390
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.1.100: S-methyl-5-thioribose kinase.
pdb deposition date	2007-05-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01636	APH	Phosphotransferase enzyme family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	2pu8A01
3.90.1200.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2	Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2	2pu8A02

3FXXA 3DBEA 3HYHA 4TL0A 3E3PA 3ZRLA 4ANSA 3IQ7A 3RALA 3O23A 4IM2A 3KREA 4L3PA 3VBWA 2Q0NA 5CSXA 3FHIA 2R3QA 2PZPA 2XRUA 4ORKA 3SW4A 4HGSA 4QP4A 5ITAA 3QKMA 5IQBA 2JITA 3RHKA 2XB7A 3EQGA 3KY2A 5KKRB 4ACGA 5CAUA 1RDQE 5H8BA 3GU7A 4OGRA 4TNBA 2H96A 4CKIA 3QTZA 5KZIA 2BKKA 3DBFA 4EH3A 4YJQA 2FGIA 4OW8A 4E1ZA 2HZNA 1IAHA 2VWIA 3LXNA 4RX8A 3EKNA 4HGLA 3SGCA 4DCEA 1E9HA 4JI9A 2Z7LA 4F9WA 5M4FA 2R3HA 4JBQA 3ZSGA 4FOBA 5KHXA 4V01A 4CVAA 2GNHA 5CWZA 5DLSA 4CKJA 3IGOA 1YDTE 4ZTQA 4FKOA 2GNGA 4JVGA 5AX9A 2YJSA 4AGCA 4CRSA 4GCJA 1IA8A 2Y4IB 4FKGA 4WG3A 5GHVA 5C4KA 1XO2B 2QKRA 4DC2A 5JQ8A 1XJDA 5HIDA 4B0GA 2WOUA 2YHVA 5CU6A 1TQPA 3L8PA 3ORZA 4QMQA 3DB6A 4FSMA 2O5KA 3MB6A 4O22A 5BX0A 1Y6BA 2C0IA 3DFCB 2Z7RA 3MGYA 4YZNA 5FEDA 3FZ1A 2JEDA 4FV4A 2IVSA 3O2MA 2Y6MA 4GK4A 4EJNA 4FIEA 3QUEA 3R7OA 2ETKA 2QNJA 2V7OA 2P2HA 2JIUA 1PXIA 1OL7A 1ZMWA 5E90A 3ZSHA 4M14A 3MH2A 4WO5A 4BBMA 3RVGA 3UOLA 4PL4A 2X4FA 4NW6A 3Q2MA 4L01A 4ZMFA 3CIKA 3HMOA 4IAAA 3FQSA 4H1MA 4D4YA 3F69A 4EH7A 5HE0A 2V22A 3CJGA 4GFMA 3VQUA 4P7EA 4CV9A 2ITTA 2OJFE 3AT2A 3LFCA 3V04A 4FV1A 4IZ7A 2IG7A 4ZLOA 4OR5A 4QTBA 5EYKA 5IQGA 1YI4A 5EKOA 3LZBA 2B4SB 4YURA 4XP2A 4XG6A 4LOOA 1PYEA 3F82A 5LVNA 4XP0A 1ZOEA 3DV3A 3R1QA 5I9ZA 4FNZA 2V5QA 4TWCA 3HL7A 3MH1A 2C47A 4RMZA 4GS6A 4LGGA 3A8XA 4J52A 4AACA 4IAZA 4QQ5A 4YU2A 4NM0A 3M2WA 4YJVA 3KL8A 1XH6A 5JK3A 3OZ6A 4PP9A 3CSVA 3NSZA 3RAIA 4C4FA 3N4VA 4O7SA 4RBLA 3ALOA 5AP0A 3HUCA 4ZJJA 3ZLWA 4AQCA 4DYMA 2A2AA 4F65A 3R9NA 2HAKA 5BVNA 5I9WA 4AWIA 3DK7A 5FRIA 5HNGA 4C34A 3ODZX 3AGLA 3HDNA 4ITJA 1R1WA 4I6FA 3OY3A 4XV2A 3QZGA 4QP7A 3ZBFA 3ORIA 1OKVA 3Q4ZA 3GGFA 3PXRA 5CZIA 4EORA 3SXSA 5CXHA 3CJFA 4JQ7A 4HW7A 3MJ2A 1UU3A 3BHTA 4RX7A 4QP3A 3FYJX 4AXAA 3KXGA 5EFQA 4KAOA 4TW9A 3WF7A 1RQQA 3AC2A 4FEUA 4NTSA 4MD9E 3RPOA 1LUFA 2CN8A 4DLJA 5KMKA 4DFXE 3VO3A 3VJNA 1OL1A 3C4ZA 1OPKA 4I5MA 5J5SA 4USDA 2XIKA 3HAMA 3BKBA 3NEWA 4FV2A 4ZXTA 4WNOA 2WOTA 3JY9A 3OW4A 4J53A 4FNXA 4QO9A 4XLIA 3RCDA 3V01A 1G5SA 1SVHA 3FEGA 3PE2A 5HG9A 4AUAA 3PY1A 4BDCA 2WXVA 3UODA 4XYFA 2VNWA 4G3FA 4I6QA 1ATPE 2GPHA 3FMEA 3N9XA 4MEDA 3O96A 3GFEA 3CTJA 4O27B 1YI3A 2YM8A 3DKCA 5C01A 3ET7A 2WIPA 3TTIA 3MTFA 4A9RA 2PK9A 3UZRA 5KBQA 4GVJA 4EBVA 2RL5A 1Z5MA 4TPTA 3ZDUA 2XNNA 3P0MA 4IX5A 4YSMA 4HPUE 4A9SA 4OTDA 3THBA 4QMTA 5KE0A 3KULA 1ZLTA 3HP2A 4HYSA 3QD2B 3VNTA 4C36A 2C3KA 4Y5HA 2XNGA 3FY2A 4NCTA 5F4NA 3UVPA 5DT3A 5ACKA 5CYIA 1H08A 3VUMA 3FKNA 2ITOA 3GEQA 4HZSA 4CFWA 3DTWA 4N70A 4NUSA 4EQUA 5CAPA 5EH0A 3FMHA 1L3RE 4NZWB 4LMUA 2QOKA 2YCSA 3FDNA 1SNUA 4O83A 5ETAA 4D1SA 3E93A 3GU4A 4FZDB 5AWMA 1G8AA 4YP8A 3D5XA 3DCVA 5JGBA 4C2WA 2ZV9A 2IZRA 2XK3A 3UMXA 2Q0BA 2QOHA 1M2QA 3DAJA 5IDPA 1GIJA 2EUFB 3QTWA 2O64A 4L6QA 2YA9A 3LLAA 3NGAA 4MBIA 1S9IA 5LJJA 5M57A 5HVJA 3LLTA 3OBGA 1OPLA 2W1DA 1IG1A 3QD4A 4YBJA 4BCGA 3C13A 4FNWA 2HXLA 3BELA 1JKTA 3TNWA 4AT4A 4O0YA 3T9TA 2VD5A 2IWIA 3R8MA 3ENHA 1Z9XA 3I6WA 1YWRA 3NIZA 5FEEA 5CQWA 3TTJA 4XUFA 4HVSA 3OCTA 3R0TA 3RWPA 5CF8A 4U3YA 2ITUA 4EZ5A 4IX4A 4IB0A 1XH5A 3UC4A 3OS3A 1H00A 3TKIA 4ANLA 4R3RA 3ZLXA 2XK6A 4LRKA 2AC3A 4E4LA 4BRXA 2PUIA 3FL5A 4JAJA 3C1XA 3GC7A 3ZBXA 2C5YA 4APPA 2NO3A 5CS6A 2WTIA 1W8CA 2FH9A 4YR8A 2V0DA 1OVEA 1BX6A 1JAMA 3RK5A 3C50A 2BFYA 4C58A 2WQEA 4FKQA 4WBOA 3R7IA 3V8TA 4X3FA 4K33A 4R6VA 1TQMA 5B7VA 5BVOA 4Y5QA 1M17A 5A4TA 2GU8A 3KMUA 4W4XA 1OL6A 1ZYJA 4BVUA 5KMJA 3Q5ZA 4UZHA 2XVDA 2WD1A 5IQAA 3ERKA 4TKSA 2C5NA 4IACA 4XG4A 1ZMUA 4AW2A 2PVLA 2VRXA 2VTTA 3KQ7A 4F4PA 2QONA 1W82A 5I9YA 5DIAA 3ZO1A 1Y8YA 2QOIA 2R3FA 4IM3A 3FPMA 4TYEA 1Q3WA 2RIOA 4E5BA 4J98A 4CG8A 2PZYA 3ORPA 2G15A 1JSVA 3E7OA 3IW8A 2VWUA 4TTHB 3R9HA 2CPKE 1OBDA 3TZ8A 5I9XA 3B8RA 2UVXA 4PUZA 3JVRA 1B38A 4FV5A 4L9IA 5H8EA 2ONLC 5DVRA 4ALVA 2CGVA 4EYJA 3CC6A 4EH4A 4IWPA 1R3CA 2J5FA 3FLNC 4A07A 2QQ7A 3I4BA 3LCTA 4H3BA 3IECA 2DWBA 2J2IB 3UIBA 2QO7A 3Q6UA 5AP5A 3R83A 2VUWA 3FKLA 5C8KA 2X39A 3KXXA 4QNAA 5L6WL 4YUQA 3MWUA 4I41A 4CMUA 2PZRA 4IZ5A 4ZIMA 3TM0A 5BUJA 3VBTA 3MVMA 3V5QA 4U6RA 2WPAA 4LRJA 5AV1A 1V0PA 4K6ZA 3S4QA 4BIDA 3VWAA 4I0TA 5L6OA 2CDZA 4O6LA 3QTIA 5CENA 4CTCA 5AUTA 1CTPE 3ROYA 4BZNA 1IAJA 3BZ3A 5HEZA 3RAKA 3G6HA 3UVRA 3R28A 4X2JA 2JDTA 4IB3A 4I4FA 4F0IA 3ODYX 1PY5A 3RINA 4WIHA 4BICA 2W1ZA 4GIHA 3R9OA 4UV0A 1ERKA 2C6EA 3SD0A 3BGQA 2W99B 2QOOA 4G9CA 4H05A 4QYYA 2X9FA 5F95A 1K3AA 2EXCX 4YJRA 4BDDA 4BBFA 3LCKA 4GG5A 5EQPA 4ASEA 1RE8A 2R2PA 2W1HA 2JKOA 3DAKA 4EYMA 5CY3A 3BRBA 2C4GA 3EFKA 3UOHA 2QU6A 4C4EA 3WF9A 4U94A 4BI0A 3UQCA 2HELA 5D11A 2YDIA 4QYGA 4I23A 3KN6A 3MPTA 3VVHA 1LEWA 2VTNA 4MD8E 4FEXA 5IEXA 3VBQA 3DB8A 1BL7A 2WEVA 2HYYA 4EONA 4CZUA 3HV7A 4FG9A 3CY3A 3FQHA 3TV4A 2V7AA 3PYYA 4QMYA 3WZKA 1V0OA 2DQ7X 2YM4A 2BZHB 4FTOA 4J8NA 4D1XA 4NYEA 3L9LA 4C0TA 4KS8A 4I5PA 2V62A 3R7EA 3MYGA 4NJ3A 3CKWA 4FSWA 4I0SA 3U55A 1J1BA 3H4JA 3ZFYA 3G6GA 3ZRKA 5IA3A 4EJ7A 3NNUA 4EKLA 3UPZA 1PKDA 4U80A 2CLQA 3LMGA 4IC7A 2C30A 5ANIA 4PMPA 5HU3A 3CGOA 5JEBA 4JNWA 4FKTA 3RPSA 2WTCA 2C6LA 2XNPA 4U43A 4FT9A 4L43A 3ORKA 5HE1A 1OM1A 2CKPA 4X21A 3WF8A 3QQJA 1SVGA 4CQEA 4ZSEA 4AFEA 3I6UA 1WBNA 2CGXA 1JOWB 3QUDA 1NA7A 4RC4A 4QQCA 3FUPA 4Y95A 3QWJA 3U51A 3VHEA 4UXQA 4E73A 3LCSA 4X3JA 4YLKA 4BBEA 4RIWA 5F94A 4ZS4A 1H1WA 4G6OA 2C3IB 5LWNA 4CV8A 4L8MA 4X2FA 5BYLA 1IR3A 3ZO2A 3UIMA 1CKJA 4ALUA 4PY1A 4BYJA 3SVVA 3R6XA 2B9IA 3E7VA 4TNDA 4KB8A 1T45A 4C4HA 2E9OA 4BCMA 1KE9A 2C1BA 4G3CA 2IW9A 2GQRA 3F3ZA 4BHNA 4F09A 4ZJVA 5LWMA 4ID7A 4EOPA 2XCHA 2PMNX 3QLGA 3F9NA 3VC4A 4BTKA 3A99A 3S1HA 3W2SA 4IB1A 4YJSA 4CLJA 1XH9A 5AAEA 1SZMA 2VO7A 2GNJA 3O8TA 4NIFB 5H2UA 4JAIA 2X2MA 4QMNA 3W8QA 2PHKA 3T9IA 5BQ0A 4DN5A 4FC0A 2XUUA 4IMYA 3TNQB 3QGYA 4O7OA 3OY1A 5AUWA 4ACHA 4DT8A 3U9NA 3FMJA 3NRMA 5LVOA 5AUYA 4DITA 2WEIA 3FXWA 1OECA 1PXNA 4OBPA 4BDIA 5IA4A 3GVUA 3LKMA 5M44A 5H3QA 4E6DA 2JKKA 3VS3A 2BZJA 3JR1A 5HG5A 5J1VA 1ZY5A 5T3QA 3LFDA 2HW6A 1WBSA 2BCJA 3DXQA 3EL7A 4ZY6A 3KRWA 1A48A 3POZA 1ZZ2A 5JQ5A 2PVRA 2QOBA 3QX2A 4FMQA 5TF9A 1R0EA 3CPCA 4GKHA 1OKWA 4O0WA 5DPVA 3D5WA 2ZAZA 5DGZA 4LM5A 1W7HA 4ZZNA 5M07A 2UZOA 4QTEA 3BBTB 4C3FA 5CAVA 4O84A 3H0ZA 4XLVA 2R3IA 1JKLA 2UW0A 3BI6A 4PF4A 4E6AA 3QHWA 4AZTA 3HECA 2BFXA 5CT0A 4PMTA 4CFFA 5M53A 2PVFA 5HVKA 2F4JA 4TYHA 3SC1A 4F64A 5HKMA 3D5VA 3W33A 4EH9A 2DYLA 3MBLA 1V0BA 3BE9A 2HZ4A 3SQQA 4BKJA 3QUPA 5GNKA 4USEA 3KF4A 4ASZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2X8E A;  2O2U A;  3Q52 A;  1A9U A;  1Q24 A;  4W8E A;  4XOZ A;  2E9V A;  3HA6 A;  2UW8 A;  3EL8 A;  2O65 A;  3SRV A;  5AUX A;  5LMB A;  1RJB A;  2PUU A;  4KKG A;  4XCU A;  5G6V A;  3QAM E;  3DKO A;  3RJC A;  4H1J A;  3LM5 A;  5CX9 A;  3V3V A;  4CZT A;  4QQT A;  4E4N A;  2PMI A;  3HRC A;  3OXT A;  4HCV A;  5DT0 A;  5IUH A;  3ZXZ A;  2VWX A;  3ZLY A;  3R30 A;  2BR1 A;  2Z02 A;  4FTA A;  1O9U A;  3CD8 A;  1M2P A;  3KXH A;  4AP7 A;  3VON A;  3Q4U A;  3AKK A;  5GIO E;  5HBH A;  2CMW A;  4XS2 A;  4RG0 A;  3LCO A;  4FZ6 A;  3G2F A;  2WMQ A;  5AA9 A;  2OH4 A;  2OZA A;  5CEO A;  5EKN A;  4KWP A;  3I0Q A;  1YXS A;  3PY0 A;  4MXA A;  5BPY A;  4BYI A;  3AMY A;  3I5N A;  1GZ8 A;  2XMY A;  2XAN A;  5EM5 A;  4D0W A;  4IEB A;  3EZV A;  4O7P A;  2C1A A;  3POO A;  3H10 A;  2VTR A;  3EOC A;  4JT3 A;  3NYV A;  2VX3 A;  3BHU A;  1TFF A;  4D55 A;  4QMV A;  4KUJ A;  2R3O A;  3AKJ A;  4FT7 A;  4LUE A;  5IF1 A;  5DA3 A;  3L9M A;  4QNY A;  4YC3 A;  2ITQ A;  4BIB A;  2WAJ A;  4V0G A;  2XNE A;  3LM0 A;  5AP6 A;  3MY0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2PU8A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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