2PYWA

Structure of a. thaliana 5-methylthioribose kinase in complex with adp and mtr
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
417
structure length
417
Chain Sequence
FEEFTPLNEKSLVDYIKSTPALSSKIGADKSDDDLVIKEVGDGNLNFVFIVVGSSGSLVIKQALPYIRCIGESWPMTKERAYFEATTLRKHGNLSPDHVPEVYHFDRTMALIGMRYLEPPHIILRKGLIAGIEYPFLADHMSDYMAKTLFFTSLLYHDTTEHRRAVTEFCGNVELCRLTEQVVFSDPYRVSTFNRWTSPYLDDDAKAVREDSALKLEIAELKSMFCERAQALIHGDLHTGSVMVTQDSTQVIDPEFSFYGPMGFDIGAYLGNLILAFFAQDGHATQENDRKEYKQWILRTIEQTWNLFNKRFIALWDQNKDGPGEAYLADIYNNTEVLKFVQENYMRNLLHDSLGFGAAKMIRRIVGVAHVEDFESIEEDKRRAICERSALEFAKMLLKERRKFKSIGEVVSAIQQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Arabidopsis thaliana
publication title Structure of A. thaliana 5-methylthioribose kinase in complex with ADP and MTR reveals a more occluded active site than its bacterial homolog
pubmed doi rcsb
molecule keywords Uncharacterized protein
total genus 155
structure length 417
sequence length 417
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.100: S-methyl-5-thioribose kinase.
pdb deposition date 2007-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2pywA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 2pywA02
5CNOA 4NK9A 5FXQA 5HICA 3RVGA 2SRCA 4X2KA 3JS2A 5CEQA 2PVNA 3AC4A 5DRBA 2HYYA 3UO6A 2YDJA 4IB3A 3MIYA 4IFGA 1OECA 2R3JA 4NCTA 3TZ7A 4XG6A 5HNGA 2PZRA 2JC6A 2XJ0A 3U54A 4APPA 5CAOA 2OICA 3F7ZA 4LL0A 3CGOA 3M2WA 3TJDA 1NVRA 5IUGA 1CDKA 1REJA 3GU4A 1CM8A 3VVHA 3U4WA 2VTAA 2W17A 3A7IA 3E7OA 5B2LA 2ITZA 5DVRA 3GP0A 3OUKA 3FQSA 4KUJA 2P55A 3LAUA 3Q96A 3U9CA 3VO3A 2YHVA 2FH9A 2C0OA 2Y4PA 4O21A 4BDIA 2R3RA 2IN6A 4C4HA 4EOPA 4LMUA 3T9TA 4I93A 4BYIA 2WAJA 4DEDA 2WHBA 3ENMA 1OL2A 4RFMA 3HUBA 3MIAA 2BILB 4XS2A 3DDQA 2OW3A 3R8ZA 5EQYA 1YXVA 3A7HA 4M15A 2O8YA 5J7HA 3NEWA 3NUAA 5FM3A 2IWIA 4PDSA 3JYAA 4G34A 4ZOGA 4CFNA 2OXDA 2A27A 4IQ6A 3BGZA 5CY3A 5DG5A 1ZAOA 4FV1A 3RHXA 3TIZA 4DYMA 3IDPA 4ANMA 4YJOA 3V5LA 1YHVA 4ITHA 5JH6A 3VBWA 3WZEA 3R2BA 4FV4A 2YN8A 2GNGA 1YOJA 4FICA 4DFLA 4EK4A 3FMEA 3MVLA 3EN5A 3RNIA 5A46A 4QYYA 5K4JA 3BYOA 2PMOX 4KBCA 5DHJA 5I0BA 3MVMA 2XKEA 3O96A 4XP2A 3RPSA 2UVZA 4OUCA 4CTCA 1YXTA 2JDRA 2BPMA 3UOHA 2UW5A 1PXJA 1B6CB 2VD5A 4MKCA 2ERKA 2V0DA 3WIKA 4F09A 1OIQA 1PKDA 2VRXA 2WB8A 1UKHA 2YIWA 3QUDA 3EQIA 1FGIA 2YJSA 3B2WA 3PVUA 3TNHA 4GRBA 4DFNA 4YP8A 3CE3A 5AUXA 3GNIB 3SG8A 1YQJA 1WBWA 3VIDA 2QLUA 4PMPA 2O65A 3MN3A 5KUPA 4FEVA 4JQ8A 4DGMA 3FMJA 1J91A 3FXXA 4YC6A 5EI2A 2G15A 4RPVA 2VTIA 3G9LX 5ANKA 4ZY6A 4YZCA 3QF9A 3ZO1A 5L3AA 3CS9A 4HPTE 3HDNA 3MI9A 3SRVA 2JDSA 3DKOA 5JFVA 2ZMCA 4FEUA 3PXFA 4FKTA 1WVYA 1WVXA 4PP9A 3ROYA 3R7IA 4C62A 4Y8DA 1Q61A 4FT3A 5KMNA 1SVEA 3KULB 2QKRA 1PXKA 4OGRA 3TCPA 2JBPA 5LXMA 1H8FA 2F4JA 2P3GX 3SOAA 2GDOA 1CMKE 3ALNA 3QD3A 1S9JA 4EH7A 3L8PA 1NA7A 3G33A 4H39A 1LEZA 3FMHA 2BDJA 2R7IA 2ZB0A 5BQ0A 3NPCA 5BPYA 4P7EA 3W10A 3ZLSA 2PUUA 5M09A 4CFFA 4U41A 4G2FA 5AADA 2RFDA 2ONLC 2QOIA 2WIPA 3CKWA 5AUYA 1ZYDA 3HGKA 3HA8A 2V5QA 3NAYA 4JBOA 4DCEA 3BU6A 2CDZA 1OI9A 2XIYA 3DAJA 4QMSA 4A9UA 2GMXA 4ZY5A 4H58A 1UA2A 3NYXA 3H30A 3HL7A 4LV5A 2WMSA 3FZTA 3G0FA 4U6RA 5I5ZA 3UP2A 1U54A 4FTIA 3F3UA 3R8LA 3VUIA 2W05A 4HNIA 5BNJA 2UVXA 3RAKA 4DE4A 2CGVA 2W4OA 5FBNC 1HCKA 4YLKA 4AT4A 5CF8A 5LOHA 4CFWA 4DEGA 2GU8A 3R9RA 4C0TA 3DK6A 4EBWA 5L6PA 2XEZA 4E4MA 2BIKB 2XCHA 2IZTA 2J2IB 3UZRA 4BCQA 4JDKA 1XR1A 3A4OX 1KE7A 4IB0A 4ASEA 2UVYA 5IA1A 2B1PA 5HZNA 3EL8A 5M06A 4RVMA 3W2SA 3VS5A 5KMOA 4J96A 2WMVA 3ZC5A 1UKIA 4BDAA 2YA9A 3ZXTA 3OMVA 3ZM9A 3NUPA 4YR8A 5M57A 3KB7A 4QMVA 2YCFA 1H25A 2RF9A 2XEYA 5D7VA 2BRHA 5CF4A 4QQJA 2YAKA 4MVFA 4XV9A 1O6YA 3EYHA 4F0FA 2CKPA 2XNBA 5HTCA 5CSPA 4FKIA 2GHLA 4O7VA 4HVDA 3LFCA 5EM8A 4DEBA 3PDTA 4FOCA 4YLJA 3UG1A 5HVKA 5CSWA 2PVLA 5FDXA 5T6KA 3ZUUA 3EMGA 1SM2A 2J0LA 3KF7A 3MH0A 4J53A 5DBXA 3R73A 4BDFA 1PMVA 3P9JA 4G6LA 4BCHA 4Z7HA 4E5WA 2C0IA 5IA5A 2F2UA 3HLLA 3QTQA 5BVWA 4EH6A 4D28A 3FZPA 3GGFA 3FC2A 3QTUA 4Z55A 4PQNA 4F70A 3LFSA 3HYHA 2E9OA 2A0CX 1PY5A 1SNXA 3M1SA 3UJGA 3F61A 4MK0A 3RK7A 1V0PA 2PE2A 3PSCA 3SDJA 4CXAA 4GJ3A 3HUCA 5IA3A 2CNUA 4ITJA 5LVMA 4IJ9A 3OTVA 1I09A 2F49A 3FL4A 3VS7A 2JGZA 4IE9A 1IAJA 4YO4A 3T3VA 4D4YA 5M56A 4UV0A 4KD1A 3QCQA 4FTMA 4YJTA 4GFMA 3ZYAA 3QD4A 3AT3A 1URCA 4CT2A 2X7GA 3OWJA 2UZOA 3MA3A 3PLSA 4QMPA 5BYYA 5HE3A 3UO5A 1AD5A 1BUHA 1FOTA 1JSVA 4L52A 3COKA 3DLZA 4YC3A 4AW2A 1H01A 4IWOA 3DK3A 2EU9A 4KAOA 4QPSA 1YVJA 2ITYA 5FLFA 2IJMA 5CEPA 4MD8E 4CFXA 3OD6X 3R9DA 1BL6A 4AP7A 4E4XA 4U44A 3DCVA 3ORTA 4BGGA 3RK9A 3MH3A 5DR9A 5D11A 1KE6A 4DITA 3PJ3A 3VS2A 3VRYA 4BTKA 3D7TA 3KA0A 4IWDA 1UNHA 4M3QA 3PA3A 1XO2B 1OGUA 1V1KA 5EW3A 4FT7A 3AC1A 3GI3A 3Q4UA 2UV2A 3EFJA 3JY0A 4EZ7A 1JLUE 2CNVA 3NNUA 3M11A 5LJJA 3CD3A 3WYYA 4YPSA 1NW1A 4EHZA 3PZHA 4D9TA 1OIRA 4WUAA 5EM6A 4QYGA 2YM6A 3HP5A 3R63A 5BVEA 4YBKA 1E1VA 2IVVA 3VBVA 4FSQA 2A4LA 2HW7A 3UBDA 4EJ7A 3BV3A 3IGOA 3DNDA 4FTNA 3WF8A 1W82A 4PY1A 3EZVA 3KK9A 4U7ZA 1Q8UA 3I7BA 5EW9A 4EHVA 3ITZA 3VF9A 4MH7A 4BB4A 4AZTA 4L9IA 4PX6A 4BTJA 4IHPA 5IUHA 2CLQA 3PA4A 4FV8A 4LQMA 1U4DA 2PE1A 3PUPA 3NX8A 5LVNA 3BZ3A 3SKCA 3LHJA 4I1ZA 3AD4A 4GK2A 5KKRB 5FD2A 3W16A 1XH4A 3E62A 3UP7A 2ZOQA 2PZPA 2PUNA 4O7YA 2YABA 4Y73A 3V5JA 4X3JA 3PPKA 4GL9A 5LWMA 1BYGA 1O9UA 3ID6C 5J9YA 3MY1A 2Y6OA 3WIGA 2O5KA 5LVLA 4HCUA 4NCTC 4ZZNA 3H9RA 5K5XA 2Z7QA 4JR7A 3OG7A 3UYSA 2B9IA 2VGPA 3COIA 3ACKA 3HRCA 4N57A 4NTSA 4TNBA 3W0OA 3ELJA 4FG7A 4YGAA 5JQ8A 3GVUA 2WQOA 2UW7A 3ORIA 3V8WA 1S9IA 2GQRA 1YXSA 2PYWA 4O0VA 3RM6A 1PYXA 3CY3A 2Z7LA 4N70A 5KBQA 5J9LA 4IACA 3H0YA 2VO3A 3HECA 5E91A 4ANSA 5FTGA 4B8MA 1PF8A 2VWIA 2V62A 5IG1A 4IANA 3KRXA 2QOFA 3DBFA 1H1PA 2PMIA 2EUFB 4QTDA 4RC4A 4FV2A 4MXXA 5I9XA 1JOWB 5KMIA 4AT3A 5CU2A 4MQ2A 4DH3A 3H9FA 4E4LA 5AP6A 5FXSA 2R5TA 5AWMA 3R7YA 4U40A 3R9HA 5J1VA 3JVSA 3QTXA 4A9SA 3VHKA 3AMBA 3I5ZA 3QUPA 2Z2WA 4XOYA 4GYIA 3V3VA 2E9PA 2UZUE 3DZQA 5IMXA 2PE0A 3BGPA 3R7VA 4RC3A 1FMOE 4QMOA 2UZEA 3IW5A 3C1XA 3EN6A 3UYTA 5L2IA 1O6LA 4PDOA 1QPCA 1F3MC 2J7TA 2BAQA 3FV8A 5DR2A 5JZNA 3R8PA 4DGNA 1B39A 4XP3A 4ERWA 4KS7A 2FSTX 4IVAA 3NSZA 3ORKA 4BKJA 2P4IA 4BZOA 4CKJA 3GCVA 4IVBA 4JOAA 3HDMA 1F0QA 4O7LA 3MPMA 3UG2A 4DGGA 2R3HA 4I4EA 3CC6A 3ORZA 4I6QA 3CD8A 4O7ZA 4OTHA 5EHOA 4O7OA 2PZYA 2WMUA 4JAJA 4TRLA 4YZBA 3LZBA 4LUEA 3OTUA 4MXOA 3R7OA 2R3GA 4HZRA 4I0RA 3DJ6A 4Q2AA 1R0PA 5HVYA 2OJJA 3BLRA 5ANJA 3BRBA 3VS4A 3Q6WA 4YNOA 3KL8A 2C5NA 3P0MA 4Y5QA 3A62A 4IB1A 3O2MA 5AP1A 2ZMDA 4O7RA 3VS3A 2V55A 3D0EA 2H8HA 3AOXA 3GC8A 3K54A 3QRTA 2H96A 3KK8A 1H0VA 1H1QA 4DEAA 3UODA 3W8QA 5HNIX 4YU2A 5HLPA 1GNGA 1R78A 3HV6A 3ACJA 4XG2A 5HG9A 1K9AA 2YAAA 3KCKA 2YFXA 1NY3A 3D2KA 4KSPA 4O7WA 4BHZA 1X8BA 1APME 4A4OA 5L2WA 3RAIA 1RDQE 3TYKA 2PVHA 3WOWA 2C6LA 3Q3BA 3PIXA 3WZDA 4USEA 4EK3A 4TWNA 1CKIA 5H8BA 2WTCA 2B0QA 2ITNA 4B6LA 3ZEPA 3PP1A 3UC4A 2ZV2A 3V5QA 3QTSA 2C69A 4JAIA 2CNQA 4YZNA 2W7XA 4TKSA 4XEYA 4M67A 2YM7A 3O0GA 4DFYA 1SNUA 2P2IA 3DXNA 3S3IA 2BZKB 4B7TA 4EH9A 4BVUA 4CG9A 2PVJA 4RWLA 4TWPA 5ETCA 1Q3WA 3Q04A 2XYNA 4FL1A 3DA6A 1IR3A 1VEBA 5AAEA 4O38A 3LXKA 1YW2A 4F4PA 3NMUF 4DEEA 4JRVA 1Z9XA 2G2FA 4AFJA 4AZFA 5L8LA 4JBQA 4O96A 2GFSA 3BHYA 2LGCA 4F08A 3F3ZA 4WNKA 4DEHA 2PTKA 1A48A 5EDRA 2QVSE 2YEXA 4GS6A 1J3HA 5HESA 4H3PA 3GENA 1VZOA 1YHSA 2IZRA 3FJQE 3SX9A 3W0PA 3KFAA 2Q0BA 4RFZA 3PJ8A 2KULA 1WAKA 2OKRA 2OU7A 3TV7A 3I1AA 4WBBB 4HYIA 1OPLA 3HKOA 2A1AB 4BCIA 1J7UA 3V04A 4ZSLA 3E88A 3NCZA 4FV9A 5HIEA 1H4LA 2W06A 3P23A 5HE1A 5CAQA 4FNWA 4ZLOA 4WO5A 2PVYA 5CSVA 2G2IA 3E8NA 1Q8YA 2FSOX 4FEQA 5CYIA 3RMFA 2I0VA 5DA3A 5JFXA 3N4UA 3LPBA 3E93A 3EKNA 4O7TA 5BUEA 4F7SA 4UYAA 4FBXA 5D7AA 4EYJA 4J8NA 3GFWA 3R02A 3ZFMA 2B54A 2BR1A 5H8GA 2ONLA 4E6CA 4FTLA 4NL0A 1JQHA 4ZP5A 2ITVA 2CCHA 3THBA 2WQBA 2XF0A 3U8WA 4DLJA 2OZAB 1LEWA 2XMYA 4EOSA 2B55A 2C3IB 5DRDA 3DQXA 5JN2A 3A8XA 4FIHA 2IVSA 4USDA 4U8ZA 3D4QA 2C6OA 1H27A 1ZYCA 2HWOA 2R4BA 1J1CA 4ZMFA 3IOPA 4IAYA 4RIYB 4YJVA 3A7GA 3DK7A 4ZZMA 5BUIA 1G3NA 2W9ZB 5EHYA 4AX8A 1PJKA 1PXLA 1OKZA 5LVOA 4FT0A 2YIYA 3FLSA 4A4LA 4CGAA 2X7FA 3OBJA 4LGGA 4U45A 4PF4A 3UQGA 4UB7A 3A7JA 2QO2A 2QI8A 1UVRA 4BCGA 3DBQA 2BVAA 4RWIA 4I5CA 3C4ZA 3FXZA 4O27B 4YSMA 3OEFX 1NXKA 2XS0A 3VC4A 3ZUTA 5E8SA 5IA0A 1YXUA 4FKRA 4D55A 4FNXA 3C13A 4I0TA 2GNFA 5HE0A 5HX6A 2UZDA 3DB6A 2X8IA 5C8NA 2X6DA 1PMUA 4K18A 4A9RA 4J1RA 3I7CA 2WMRA 4D2RA 3FAAA 4RSSA 3KRJA 2ERZE 3DXQA 1DM2A 2HXQA 2UW9A 3RTPA 3O7LD 3IW7A 1BI8A 3FMDA 3VF8A 4OTRA 4C4FA 1Q4LA 5HG5A 4F6UA 4U3ZA 4MXZA 3ZMMA 4FSRA 4NU1A 2PZIA 4KIOA 2XIXA 4M14A 5CEOA 5FTQA 4XG3A 1KV1A 4R1YA 4F9BA 3FLWA 2VTPA 4I3ZA 4WRSA 4X0MA 3V01A 2Y9QA 2YM4A 2EXMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5CSX A;  4C34 A;  4CRS A;  4CLJ A;  5HTB A;  1UV5 A;  3FHR A;  4EQC A;  1Q99 A;  4AGC A;  5FDP A;  4EOJ A;  3VW8 A;  3MB6 A;  2QOO A;  5A54 A;  1QCF A;  3BL9 A;  1M2R A;  2ITU A;  5AUW A;  4I6L A;  5AIR A;  5FED A;  3NVM B;  1WBO A;  4O84 A;  3DDP A;  3AG9 A;  1SZM A;  4BN1 A;  5HD4 A;  2Z02 A;  3COH A;  4JQ7 A;  2QU5 A;  3KGA A;  3NW7 A;  3SG9 A;  4UXQ A;  4CVA A;  3MFR A;  5JGD A;  2BAJ A;  2J0M B;  3ZOS A;  4WA9 A;  2O3P A;  2QHN A;  1WVW A;  4GYG A;  1ZZL A;  2XCK A;  4LYN A;  4YBJ A;  1Y57 A;  2WPA A;  5CZI A;  2WD1 A;  5AUV A;  4OT5 A;  3FI2 A;  3TNI A;  4EOR A;  3G90 X;  5KMJ A;  4KIP A;  1EH4 A;  1XKK A;  4L00 A;  3TIY A;  1LR4 A;  3GU7 A;  4DH5 A;  2VTJ A;  4BC6 A;  3B2T A;  2CN8 A;  4G6O A;  3FY0 A;  2X4Z A;  3F66 A;  4GKH A;  2BRN A;  2J51 A;  2PUL A;  3BHT A;  4NJ3 A;  5TT7 A;  5A6N A;  3DTW A;  4TXC A;  5TR6 A;  4UY9 A;  4IX4 A;  1W83 A;  3QRI A;  4TYH B;  5AA8 A;  2XKD A;  1PXO A;  4JIK A;  4I0S A;  5M55 A;  4DG2 E;  5E8X A;  2C0T A;  3AKL A;  3F2A A;  1P5E A;  4BI2 A;  3QU0 A;  1FIN A;  3NW5 A;  4H36 A;  3OVV A;  3TG1 A;  4DDI A;  2IZU A;  4IAA A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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