2XAM | Genus

Total Genus 134

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	435
structure length	417
Chain Sequence	MILEEKDASDWIYRGEGGANLVLAYAGSSPLFVGKVIRIQKARRNDSVLTSDEQHLWRENNELISSPNKEVLEQRYVQNVIIPLLGPKHVDAGVRVSVSKEFLECVDKKVTKQRPLWRVNAANVDTSHDSALILNDHSLFSQGSGGDCISVEIKPKCGFLPTSRFIGKENMLKTSVSRFKMHQLLKLEYIEISEESEYDPLDLFSGSKERVLEAIKALYSTPQNNFRVFLNGSLILGGSGESTGRTSPEIGYAFEDALKGFIQSEDGHRTECFLQLVSDAVYGSGVLDRLLEIQKLDKLDIEGAIHCYYDIINQPCPICKEELSLHALPLDESLKIVKEYLIAATAKDCSIMISFQSRNAWDSEPSGDYVSLKPTNQTFDYKVHFIDLSLKPLKRMESYYKLDKKIISFYNRKQKAE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5985040131784247__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5985040131784247__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2XAM/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5985040131784247__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5985040131784247","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2XAM/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5985040131784247__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfde917843a1e24fb69e8d9/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfde917843a1e24fb69e8d9/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfde917843a1e24fb69e8d9/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfde917843a1e24fb69e8d9/pdb.gz): 474 ms

reading 417 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

417 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 29 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:416});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Arabidopsis thaliana
publication title	Inositol 1,3,4,5,6-Pentakisphosphate 2-Kinase is a Distant Ipk Member with a Singular Inositide Binding Site for Axial 2-Oh Recognition. pubmed doi rcsb
molecule keywords	INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE
total genus	134
structure length	417
sequence length	435
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.1.158: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase.
pdb deposition date	2010-03-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF06090	Ins_P5_2-kin	Inositol-pentakisphosphate 2-kinase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.200.110	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	2xamA01

2XALA 3UDSA 4LV7A 2XARA 4AXCA 2XAMA 3UDTA 4AQKA 4AXFA 2XAOA 2XANA 4AXEA 4AXDA 3UDZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3AC5A 3FYJX 2CGUA 4FV0A 4FNZA 1FVTA 2W1FA 5AP5A 3VO3A 4F63A 3UPZA 3KK8A 1Q8TA 3CLYA 2UVYA 4FKSA 4C38A 3OMVA 1NA7A 4NM5A 3DDQA 3FY2A 4NT4A 3R8LA 5LOHA 3C9WA 2JIUA 3FQSA 4GT4A 1CKPA 4BGGA 5CI7A 3ZO3A 5IUGA 2VGOA 2X1NA 4D1SA 1RJBA 3BYOA 3VF8A 5LWMA 3QC4A 3ORNA 2B53A 4ALWA 2WKMA 5FQDC 3IECA 5IQIA 4AE9A 4IAAA 1ZOEA 4JT3A 2OFVA 4QNAA 3W10A 2QOQA 2H34A 4AX8A 2C3LA 3RNIA 4GVAA 2PMNX 1H07A 3M42A 4JBOA 4LL5A 5DRDA 4BDEA 4CG9A 5HLNA 2WQNA 4FEQA 4IDVA 4MXOA 5HIDA 2OZAA 3M1SA 4P5ZA 3PLSA 4BJJB 4JG6A 4TT7A 5M09A 1BKXA 1Q8ZA 2HENA 1PXLA 3KL8A 4X2JA 3RAKA 4ID7A 1VYZA 2F7EE 1GJOA 3CIKA 4BIEA 5IG1A 3U6HA 4WRSA 4I5HA 2J0KA 5IA4A 3L9LA 4YR8A 1ERKA 1YOMA 4S33A 4G17A 2BFXA 4K2RA 3DS6A 1Z57A 4XOZA 4FT3A 1V0PA 5HTCA 3QBNA 1PHKA 3A7FA 2QOIA 4BCPA 4G3CA 4CEGA 1Q3DA 1BUHA 3D2KA 4BCOA 1M17A 2I0EA 1HCKA 4AA4A 3W0NA 3NYOA 1H28A 5D10A 2HZ0A 3ULIA 4BTFA 3AQVA 1KV2A 4ZMEA 4JOAA 5C4KA 2BDJA 1JKTA 2X39A 3VVHA 4DGNA 1RDQE 2QONA 1TQIA 2DWBA 4AFEA 4BHZA 3FLQA 5BV3A 5IH6A 4FNXA 4FVRA 1PKDA 5CWZA 1T46A 5HLPA 4AF3A 2C69A 5HU9A 2VO3A 1CM8A 2PY3A 3HZTA 3NWWA 2YIRA 3LFBA 1B39A 1Y91A 3V8WA 5CSVA 2UZUE 5HG5A 3CJFA 2J4ZA 1JSUA 4DG3E 3HMMA 3PZEA 4KRDA 3C0GA 4KINA 3EN7A 3N9XA 4RJ7A 2Y9QA 3KRWA 1OIQA 4K33A 4PNIA 3AGLA 4J97A 5D9HA 2C1AA 3LPBA 5J9YA 3G0FA 4TKSA 2F2CB 2UW6A 4BI0A 4QP7A 3C0IA 3KC3A 4CV8A 3G90X 1ZOHA 1NVQA 4XP3A 3E92A 3RPYA 5F20A 3NYVA 3OZ6A 3PVGA 3ZH8A 1AD5A 4OTWA 4IM2A 4Y95A 4FX3A 2ZV8A 4DGGA 3ZC5A 2WTIA 3IW5A 5JEBA 1NT2A 3PA3A 3R9RA 2Q83A 4OTRA 2B9IA 1YKRA 3A7JA 5ANEA 4K1BA 3U4UA 4IZ7A 2CHLA 5JSMA 2JFMA 3HEGA 2JLDA 3JPVA 1UNLA 4DITA 4WUNA 4YU2A 5IEXA 3H9OA 3OG7A 2PZRA 5LVPA 2C3KA 5M53A 1GOLA 4PX6A 1Q3WA 4RVTA 5EHYA 3FYKX 3W2SA 3C4EA 1WVWA 4NH1A 3DGKA 4YC6A 1TFFA 4XV9A 3OW4A 3MYGA 1KUTA 3OCTA 2JDVA 2NP8A 4JRVA 5EOLA 3TUBA 3TTJA 3AMAA 3ZU7A 1ZYLA 2HW6A 2ZYBA 4FTIA 5LMKA 2PE0A 1ZLTA 2QG5A 2QHMA 2R3PA 5AP1A 3AC8A 5HE2A 4C62A 5L3AA 3TNWA 2IVUA 3O7LD 3F69A 3LQ3A 3PJ3A 5AUWA 1WFCA 4MXAA 4RA5A 2RG6A 3FXXA 4JVGA 3HNGA 4YLLA 3TN8A 2XZSA 4FNYA 3W33A 3GCSA 2OXYA 3W0SA 4BGHA 3KN6A 1ZYDA 4DGOA 4C4FA 4FSQA 5CF6A 1TQPA 2CJMA 3CE3A 4ZLYA 4BICA 4U3YA 5JGDA 3UMWA 4BTMA 2VTPA 5KMNA 4ANSA 2OH4A 3EN5A 2QKWB 2WTKC 4LGGA 1L3RE 4GT3A 2O2UA 4E6QA 2EXMA 4XRJA 3EQGA 5EFQA 3H4JA 4DH3A 2OICA 2JKMA 2GU8A 3EZVA 2IO6A 2W1CA 2ONLC 2IZTA 5AUTA 2RL5A 5B2LA 4PMMA 3KRJA 2J5FA 4AOIA 4CQEA 3FQEA 3LMGA 4USEA 5DA3A 4JRNA 4XV3A 4R5SA 3SOAA 1REKA 3QQLA 4XS2A 4I1ZA 4QOXA 5E8XA 3RPVA 3ZUTA 3C4ZA 2E9OA 4X21A 2GNFA 2PL0A 3BYSA 3FC1X 4V0GB 4CV9A 4RGJA 4YGAA 4O86A 1TQMA 2F7XE 3IGOA 1UV5A 2ZB0A 4KBAA 4YP8A 4FR4A 4C61A 1B6CB 5HD7A 3V5QA 2O0UA 3BIZA 3UOHA 1OGYA 3CXWA 3NGAA 4FIIA 4MCVA 4F1MA 3TL8A 5BVNA 4ZXTA 3PVUA 1ZMUA 5CAVA 4FTLA 2QI8A 3QRKA 2BRBA 4GK2A 3SW4A 4HVSA 2OWBA 2F9GA 1J7UA 5DBXA 4GV1A 5AUVA 2CKPA 5BUIA 3RK5A 3MGYA 3UG2A 4MBJA 5A9UA 5AWMA 4HZSA 3F3TA 4ASZA 3FHIA 1VJYA 3NUAA 4E8AA 1SVEA 4GG5A 5CQWA 2W05A 3PJCA 2B9HA 4J96A 4X2KA 4JS8A 3VC4A 3KULA 4DDIA 4EK6A 3F3ZA 4Y46A 1DS5A 1NY3A 3ZSGA 3C5IA 4C4IA 4FKQA 2QURA 3PY0A 2ZVAA 4FKOA 4QNYA 4CTCA 5ACBC 5IEVA 4R3PA 2VD5A 3R2BA 2QO2A 3MFRA 3KXZA 2CKQA 2RIOA 4S31A 4EJ7A 2PVHA 4FTUA 4FKJA 4G1WA 4AN9A 2R3JA 5JGAA 1HCLA 3KVWA 3FJQE 4P5QA 4YO4A 4JI9A 2HY81 4I4FA 2WXVA 3DXPA 3RAWA 5E7RA 3QQGA 5I9YA 4PF4A 3QQFA 3GEQA 3QGYA 2C0IA 4CG8A 4ANQA 4K9YA 5AV1A 2XANA 3UO6A 5I9UA 3M2WA 4FV8A 3NW6A 5EKOA 5E8TA 3RM6A 4U5JA 4EOSA 2IW6A 3LAUA 2H96A 2PVRA 5KMOA 2JEDA 3WARA 3EB0A 4AZEA 3DU8A 5E8WA 3HLLA 3MH2A 3P78A 5AUYA 1Y57A 1ZAOA 5FDXA 5ANGA 4B8MA 3CKXA 4AZTA 5TT7A 3H30A 3ELJA 3FKNA 3PY1A 4TWCA 5GJFA 3FPQA 5K4IA 4UBAA 4QP6A 2HZIA 1OIRA 2OF2A 2OJFE 3C0HA 2PZIA 5FGKA 5AV2A 3BGZA 3PE2A 4J1RA 3QRTA 1RQQA 4MNEA 3V6RA 4EC9A 4DYMA 4LFIA 2XCKA 4HNIA 2XAMA 2IVVA 4H05A 3QZGA 4HPTE 1ZYSA 4O21A 3MH0A 2W96B 3L1SA 4XRLA 4F7SA 1ZZLA 4EH5A 1JOWB 4PUZA 3DT1A 4CZUA 3WYYA 1MRVA 2HXQA 3WZJA 5IPJA 5HD4A 2Z8CA 5T68A 4F65A 4FT5A 2C5OA 2XARA 3BL7A 3DY7A 3IDPA 4I41A 2EVAA 4OBOA 4CMTA 4FGRA 3VW8A 1WVXA 3I6WA 4GK3A 4X3FB 3QWJA 2WNTA 2PE2A 4FMQA 4Y8DA 4FG8A 2Q0NA 4RFYA 4ACMA 5JFXA 3NYNA 4YPDA 3QRUA 4IM0A 4FKTA 3QA8A 3QZHA 4ACHA 1OZ1A 1XHAA 4LI5A 4FK3A 4FEWA 4RQKA 5KCVA 4FT7A 5L2IA 3BWFA 3EQFA 4EH4A 2GTMA 3MA3A 3HUBA 3AKKA 4E5BA 3DCVA 3U6JA 4IANA 4DEBA 4DH8A 2HXLA 4RIYA 3NSZA 3RPSA 4EHVA 5AMNA 2XNBA 3IGGA 4IZ5A 4CNHA 5DGZA 3N4VA 5FEEA 3SRVA 3O7LB 2W1ZA 3OTUA 3SC1A 5C8MA 1W82A 3TZ7A 2ETKA 4PQNA 2WU7A 4GH2A 5CXHA 3UO5A 4YC8A 1JWHA 3O96A 4H1JA 3C4XA 3PVWA 4R3RA 5CALA 2J50A 3TJCA 4UX9A 1VZOA 3VNTA 3ML1A 4TYGA 5CSHA 4TTHB 3NX8A 4W4VA 2W9ZB 3FBVA 3TIYA 3Q9YA 4WNOA 4R78A 3EFLA 4XBRA 5JT2A 2BHHA 2B1PA 4ZMFA 4QMWA 3TKHA 3O8PA 4UWBA 2BRHA 3OEFX 3Q53A 2Y4IB 4FV1A 2P2HA 3R7OA 3OXZA 4YURA 3R8PA 3BU3A 2XBJA 5HX6A 4KKGA 5I9VA 4U7ZA 3QCYA 4O38A 1YQJA 3UDSA 1J91A 2UW7A 1GIJA 4IB0A 3VBTA 4EL9A 5C8NA 3BQRA 3O51A 3NPCA 4UXQA 1BYGA 3VQUA 2IVTA 3PXQA 4A9TA 2ZMDA 5FM3A 5H8GA 5HTBA 3MN3A 2E9UA 3OWPA 3QD4A 5A14A 4NJ3A 4I20A 2G15A 2XIXA 4WUAA 3NCGA 4ZSGA 2I0HA 3NVMB 5A4LA 2VZ6A 3KQ7A 4WA9A 4D55A 3R73A 1WBOA 5E91A 2JDOA 5CASA 2YIQA 4D0WA 1FGKA 1OI9A 5M44A 1SVGA 4BCFA 4YJPA 4RFZA 5HO7A 2UZLA 5LQFA 3V5JA 4RVLA 3R1QA 3BX5A 4X3FC 3FLZA 1T45A 4FIHA 2V7OA 3ATSA 5JMSA 4GJ3A 4FKRA 3EQIA 4RVKA 3A7GA 2C0TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2XAL A;  3UDS A;  4LV7 A;  2XAR A;  4AXC A;  2XAM A;  3UDT A;  4AQK A;  4AXF A;  2XAO A;  2XAN A;  4AXE A;  4AXD A;  3UDZ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AC5 A;  3FYJ X;  2CGU A;  4FV0 A;  4FNZ A;  1FVT A;  2W1F A;  5AP5 A;  3VO3 A;  4F63 A;  3UPZ A;  3KK8 A;  1Q8T A;  3CLY A;  2UVY A;  4FKS A;  4C38 A;  3OMV A;  1NA7 A;  4NM5 A;  3DDQ A;  3FY2 A;  4NT4 A;  3R8L A;  5LOH A;  3C9W A;  2JIU A;  3FQS A;  4GT4 A;  1CKP A;  4BGG A;  5CI7 A;  3ZO3 A;  5IUG A;  2VGO A;  2X1N A;  4D1S A;  1RJB A;  3BYO A;  3VF8 A;  5LWM A;  3QC4 A;  3ORN A;  2B53 A;  4ALW A;  2WKM A;  5FQD C;  3IEC A;  5IQI A;  4AE9 A;  4IAA A;  1ZOE A;  4JT3 A;  2OFV A;  4QNA A;  3W10 A;  2QOQ A;  2H34 A;  4AX8 A;  2C3L A;  3RNI A;  4GVA A;  2PMN X;  1H07 A;  3M42 A;  4JBO A;  4LL5 A;  5DRD A;  4BDE A;  4CG9 A;  5HLN A;  2WQN A;  4FEQ A;  4IDV A;  4MXO A;  5HID A;  2OZA A;  3M1S A;  4P5Z A;  3PLS A;  4BJJ B;  4JG6 A;  4TT7 A;  5M09 A;  1BKX A;  1Q8Z A;  2HEN A;  1PXL A;  3KL8 A;  4X2J A;  3RAK A;  4ID7 A;  1VYZ A;  2F7E E;  1GJO A;  3CIK A;  4BIE A;  5IG1 A;  3U6H A;  4WRS A;  4I5H A;  2J0K A;  5IA4 A;  3L9L A;  4YR8 A;  1ERK A;  1YOM A;  4S33 A;  4G17 A;  2BFX A;  4K2R A;  3DS6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3AC5 A;  3FYJ X;  2CGU A;  4FV0 A;  4FNZ A;  1FVT A;  2W1F A;  5AP5 A;  3VO3 A;  4F63 A;  3UPZ A;  3KK8 A;  1Q8T A;  3CLY A;  2UVY A;  4FKS A;  4C38 A;  3OMV A;  1NA7 A;  4NM5 A;  3DDQ A;  3FY2 A;  4NT4 A;  3R8L A;  5LOH A;  3C9W A;  2JIU A;  3FQS A;  4GT4 A;  1CKP A;  4BGG A;  5CI7 A;  3ZO3 A;  5IUG A;  2VGO A;  2X1N A;  4D1S A;  1RJB A;  3BYO A;  3VF8 A;  5LWM A;  3QC4 A;  3ORN A;  2B53 A;  4ALW A;  2WKM A;  5FQD C;  3IEC A;  5IQI A;  4AE9 A;  4IAA A;  1ZOE A;  4JT3 A;  2OFV A;  4QNA A;  3W10 A;  2QOQ A;  2H34 A;  4AX8 A;  2C3L A;  3RNI A;  4GVA A;  2PMN X;  1H07 A;  3M42 A;  4JBO A;  4LL5 A;  5DRD A;  4BDE A;  4CG9 A;  5HLN A;  2WQN A;  4FEQ A;  4IDV A;  4MXO A;  5HID A;  2OZA A;  3M1S A;  4P5Z A;  3PLS A;  4BJJ B;  4JG6 A;  4TT7 A;  5M09 A;  1BKX A;  1Q8Z A;  2HEN A;  1PXL A;  3KL8 A;  4X2J A;  3RAK A;  4ID7 A;  1VYZ A;  2F7E E;  1GJO A;  3CIK A;  4BIE A;  5IG1 A;  3U6H A;  4WRS A;  4I5H A;  2J0K A;  5IA4 A;  3L9L A;  4YR8 A;  1ERK A;  1YOM A;  4S33 A;  4G17 A;  2BFX A;  4K2R A;  3DS6 A; 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2XAMA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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