3CSVA

Crystal structure of a putative aminoglycoside phosphotransferase (yp_614837.1) from silicibacter sp. tm1040 at 2.15 a resolution
Total Genus 105

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
330
structure length
322
Chain Sequence
SREDEIRDFLATHGYADWNRTPRYQRLRSPTGAKAVLMDWSPEEGGDTQPFVDLAQYLRNLDISAPEIYAEEHARGLLLIEDLGDALFTEVINNDPAQEMPLYRAAVDLLIHLHDAQTPELARLDPETLSEMTRLAFSEYRYAILGDAAEDNRKRFEHRFAQILSAQLEGDMVFVHRDFHAQNLLWLPEREGLARVGVIDFQDAKLGHRAYDLVSLLQDARRDVPAQVEAQMIDHYIQATGVDESHFRSAYAVIAVQRNMRILGIFARLSQRFGKRHYIEFVPRVWAHFERGLAHPALASAAEEILNALPAPAPEVLERLRA
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (35-38)AH1 (4-15)TI1 (17-20)TIV1 (24-35)S1 (21-22)S4 (78-82)O1 (73-75)TI2 (39-42)3H1 (52-54)AH2 (58-71)TIV2 (186-189)S7 (194-196)3H2 (83-85)S5 (87-91)3H3 (106-108)TI5 (229-232)AH4 (111-125)AH5 (136-141)AH6 (144-155)AH12 (311-318)3H5 (202-205)AH7 (160-177)TI3 (197-200)TI4 (211-214)3H4 (191-193)S6 (183-185)AH8 (219-228)AH10 (254-283)S9 (215-217)AH9 (236-250)3H6 (287-291)3H7 (306-308)S3 (44-47)O2 (95-97)AH3 (98-104)AH11 (292-304)O3 (141-144)S8 (206-208)TI6 (308-311)Updating...
connected with : NaN
publication title Crystal structure of a putative aminoglycoside phosphotransferase (YP_614837.1) from Silicibacter sp. TM1040 at 2.15 A resolution
rcsb
molecule keywords Aminoglycoside phosphotransferase
molecule tags Transferase
source organism Silicibacter sp.
total genus 105
structure length 322
sequence length 330
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3csvA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 3csvA02
3G9NA 3R1SA 1XKKA 1H0WA 2CCIA 3D9VA 2A2AA 2XH5A 2YM6A 2XYNA 5HQ0A 5CF4A 5LMKC 3BGPA 4O84A 3PA3A 3U87A 4EL9A 3NIZA 5BYLA 2IZTA 4ZP5A 4L9IA 3SLSA 2J0MB 5CEOA 3GU6A 1H25A 2J9MA 3BU5A 3NS9A 3DDQA 5J1VA 5EHYA 2VO3A 4D5HA 1BYGA 1KE9A 1Q61A 3DKCA 4IWPA 3TCPA 4FMQA 2R3IA 4FV2A 4XBRA 5CI7A 2BALA 3SOCA 4AA5A 3EN4A 4DFZE 2OXXA 2PE0A 3RNIA 2B54A 2BPMA 2YITA 4I0TA 4KKHA 5AUYA 4ZJIA 2OK1A 5A9UA 4RZWA 2CKQA 3WIKA 3EKKA 4F7LA 3QUDA 3FLYA 2C5NA 4TWPA 4FKVA 4QO9A 3BIZA 4FKOA 3NCGA 4AXAA 4OTHA 3REPA 3WE8A 2C1AA 4I4FA 3PG3A 2IZSA 4FSTA 4FT7A 3EMGA 4RIXA 3DV3A 3R1QA 4R1VA 1IA9A 1KV1A 1OITA 2GMXA 3LFCA 5CYIA 3H9RA 5EDPA 1RJBA 3GC9A 4KBKA 2XIRA 3C4CA 3CQEA 4WBOA 1O6YA 2VU3A 3PTGA 4HGLA 4ALWA 2CKPA 4CFNA 4USEA 5LMAA 4O7NA 4FV4A 1GIHA 4BCKA 1URCA 3DZOA 2ONLC 4M15A 3QZIA 4DGGA 1YRPA 4EI4A 3T3VA 4YNEA 5JGDA 3E63A 2C3JA 4AOTA 2XB7A 4FNYA 3D0EA 5ACBC 2O63A 3GQIA 5GJDA 3L8SA 2DS1A 1ZY5A 1YXUA 2OJFE 2C6TA 3GC0A 2WIHA 3UYSA 1Y6AA 5CAUA 2O3PA 4HZRA 4LYNA 2WKMA 5DG5A 4AT4A 1YWVA 1XWSA 1KE5A 2VTQA 3FYKX 3WZUA 1YOJA 3NMUF 4EOOA 3NUYA 5M4UA 5DT3A 5CEMA 2UZVA 2G2IA 2VWWA 3PG1A 3KN5A 3SC1A 3UQGA 3DT1A 3ZTXA 3C4ZA 2UW9A 4F65A 3D83A 1ZOGA 1JOWB 3V51A 2AC3A 5L3AA 3VRZA 4DEIA 5D9HA 4M3QA 2X2LA 1O9UA 3IGOA 3PSCA 4EC9A 2CGXA 3PJ3A 3QHWA 5FDXA 2X7GA 3QGYA 4RRVA 4QPAA 1OMWA 4KA3A 3D5UA 4QQTA 5BVOA 5DFPA 2FYSA 3FL4A 5CSVA 3OEFX 4AW0A 5AAFA 4OTDA 1CKPA 4ACMA 4AZWA 3R30A 1G8AA 5TOZA 1IAHA 3MH2A 4RX9A 3OT8A 4C4JA 1V0BA 2R3LA 4MEDA 4JG6A 2AUHA 4J53A 3G6GA 4DGLC 5D11A 4HNIA 5CVFA 4BCOA 3KVWA 1REJA 4FR4A 2VRXA 4JQ8A 3QQJA 1UU3A 4NM3A 1WVWA 4CV9A 4M84A 3RM7A 3OWLA 3UJGA 3PVBA 4PUZA 3VS3A 4MKCA 3IK3A 4GYGA 4WNMA 4MYGA 3ZSGA 4FKTA 3R7IA 3VUMA 4CG9A 5L8LA 4K33A 4ZEGA 3TUBA 2YWVA 1GZOA 3OROA 4IIRA 2YISA 5I9WA 3CKWA 4JG7A 4R7HA 4Y5HA 2VTPA 1QMZA 4X7QA 2GPHA 2XRWA 5HIDA 5DVRA 4F64A 5LVLA 2XNEA 3E3BX 4XH6A 3BPRA 2PVHA 1F0QA 3FZPA 5FEEA 2BILB 4AN9A 4C02A 5H8BA 4QNAA 4F9AA 3NAYA 5DIAA 4QMLA 1CKIA 2A4LA 3G51A 1CTPE 4AA4A 5EQPA 5LWNA 4LOPA 4AZSA 2F7ZE 3HMOA 4ZY5A 4FKUA 4GT5A 4IANA 1Y8YA 3O7LD 4QP6A 4F0GA 3QQHA 1OL2A 2ZM3A 3R7UA 1E1XA 5M56A 3SW7A 5DWRA 4LL5A 4C62A 4KINA 4RT7A 2YHVA 5KUPA 4KNBA 5HVYA 2PZPA 2XUUA 4QMVA 5AAGA 2CDZA 1UU8A 3QD2B 3SRVA 2JDVA 1R0EA 3PXZA 4FTJA 2XBJA 3VWAA 3R83A 2ITNA 5CU2A 3GCUA 5F9EA 3C4FA 4MBLA 2HXQA 3BKBA 4FG8A 4IVBA 4RX8A 4CZTA 2GHGA 2OIBA 2PVFA 3HX4A 3I7BA 2GHMA 2WMAA 5D12A 5LCKA 2DWBA 4AA0A 5CNOA 2UZLA 3QL8A 4BF2A 2XJ0A 1PRYA 2NP8A 4FC0A 5KE0A 2HZ0A 5J7HA 4L3PA 3E62A 1J1BA 3Q4ZA 4QP4A 3UIMA 4A9TA 2XRUA 1YI4A 4J96A 2UUEA 1SNUA 2YFXA 3BI6A 4YC3A 4ALVA 4FV8A 4QQCA 3W0PA 3AMAA 2XM9A 4ZTLA 4J8MA 1G5SA 1Z9XA 3E3PA 5JRSA 5AP1A 5DYJA 4RJ4A 2UZOA 2VO7A 3BYSA 4GKIA 4O22A 4NT4A 3A61A 5HO7A 5FTGA 5JZNA 5HZNA 5J95A 4OTGA 3H9OA 2VNWA 2FH9A 2JDOA 4TKSA 4B8LA 5IMXA 2QC6A 4G6LA 4GJ2A 3G9LX 4C0TA 5AV4A 2H6DA 2C5YA 5BUIA 2JDTA 4YHFA 3NW7A 1XH8A 2WQOA 2OH4A 2X6EA 4EJNA 2BRGA 3ZCLA 2ZJWA 4NWMA 4ASXA 4CSVA 5H8EA 2HW6A 3G5DA 4FEQA 3ZLYA 5HE2A 4BDDA 3WOWA 3PY3A 1YXTA 2P0CA 3U8WA 5ANDA 3IPHA 4GW8A 5AP7A 5KKRC 4K0YA 4H1MA 3H4JA 3DCVA 3MH3A 3I7CA 5DOSA 4D9UA 2XM8A 3CGFA 1KE6A 4FVPA 5CT7A 2OJIA 3Q4UA 3FMMA 5HCXA 3ZDUA 1MQBA 2OGVA 2JC6A 3SHEA 4B0GA 4FT3A 4FV0A 3QAME 2VTNA 4PNKA 4MH7A 1DM2A 4A9RA 2R5TA 1L8TA 2CN5A 3DJ7A 4W4YA 3R63A 4ACHA 3GGFA 5H9BA 4D1SA 4II5A 4XP3A 4KABA 5DEYA 3TEIA 4RFMA 1U5RA 4MNEB 3PLSA 1V0OA 3W2OA 4XV9A 3HP2A 2WMTA 3GOPA 1H24A 3UO5A 3KB7A 3RPOA 3P08A 3QA8A 5LARA 4FIHA 1PXPA 2WTJA 2X2MA 3FJQE 5D7AA 3ZLXA 1BX6A 4CVAA 4FEXA 3L9MA 4PWNA 3LFNA 1CSNA 3QZFA 3B2TA 3PLAE 1OL7A 4MCVA 3U51A 1W0XC 1Q8WA 5E90A 2X9FA 3TZ7A 2J5EA 5KKRB 2WQNA 1QPJA 5M4CA 5JH6A 1AD5A 3I81A 1PXJA 4K6ZA 3UC4A 2VTAA 1YWRA 2VTHA 5EM8A 2R64A 3TDVA 4FUYA 4CMOA 3IQ7A 3LOKA 5I4NA 1H1QA 4YTFA 4LI5A 1WVYA 4BDHA 4C34A 4EH7A 3II5A 2PWLA 4ACDA 4EH2A 4USFA 2QURA 4I4EA 3F2RA 4FSMA 3KXXA 4XG3A 4APCA 1NW1A 3DBCA 1U54A 2UW5A 2F9GA 1QPDA 3VNTA 3CJGA 4BTJA 4ZLZA 3EQCA 3WI6A 3VUDA 4RMZA 3MIAA 3AQVA 3QQUA 3A4PA 2QKWB 1J3HA 4IBMA 1P5EA 4F6SA 2C6EA 3KMUA 2GHLA 3AC5A 2JGZA 4Z16A 3FSFA 4GT3A 5HORA 4AGUA 4BCHA 5M09A 5CSHA 5J9LA 2Z60A 3EQHA 4U44A 1F5QA 1OL5A 5CEIA 4X0MA 5HBEA 4YJPA 3EYGA 3L9NA 4ACGA 3BHTA 1XHAA 1WMKA 4KRCA 4ONAA 5ETCA 4D4VA 3TIYA 4FEUA 3P7CA 3RAKA 5AV2A 2IVSA 4KWPA 3P7AA 3A8WA 2J2IB 5E8UA 4EYMA 3VBVA 2FA2A 4L46A 2B1PA 2OFVA 5HEZA 3HP5A 4R3RA 3R8PA 5HESA 4OBOA 3GEQA 4BHZA 4UWBA 3FZRA 4E6QA 4Y8DA 5CAOA 2W5BA 4FTAA 4CFXA 4FV6A 2OH0E 5IEVA 4JJRA 4I23A 4DH5A 4WSYA 3FLWA 3LLAA 3N51A 4HOKA 5AFVA 4EK3A 4IAIA 1OUKA 3NDMA 4G1WA 4FL3A 5K3YA 3BEAA 5AP6A 5EI2A 3ZO1A 5A6NA 3LE6A 4DHFA 2XJ1A 3QUEA 5H3QA 2EVAA 4EH9A 3ANQA 3FMEA 4I6FA 5DRDA 4G9CA 3MFTA 3FKLA 4C37A 4DA5A 3U9NA 4JBVA 3Q52A 4O27B 2X4ZA 4BI1A 1Y57A 5IDNA 4FTTA 1VYZA 4DE4A 4HYIA 2JAMA 2ZOQA 1IAJA 3NNVA 4EH6A 4EC8A 4IM0A 2OKRA 3QRJA 5E1EA 2QOBA 2EB2A 2OJJA 4G3EA 1ZMUA 1FOTA 4IVAA 4D0XA 4D9TA 4EHZA 3TUCA 3MWUA 3F3VA 4GT4A 2XK9A 5TT7A 3AC1A 4FX3A 2R7IA 3DB6A 3QRKA 4QMQA 3VUIA 4FSYA 4RSSA 4HCUA 1YOLA 3FMLA 1WBOA 3R00A 3L9PA 4TYGA 4YJVA 4BDCA 5BVFA 2JKMA 2XEZA 4JLCA 4I5MA 4JIAA 2OIDA 3D2IA 3NW6A 5FM3A 5HVJA 4GG5A 2YA9A 1ATPE 5CASA 4CT2A 2E2BA 3W10A 3ATTA 3ZC6A 1OIYA 5DBXA 3UODA 5KBQA 3OMVA 1FMOE 3LW0A 5AIRA 1P2AA 1JSUA 2I40A 1KSWA 4QMTA 4RIWB 5LMKA 4TYJA 5CSPA 1M2RA 5HLPA 4JBOA 3AOXA 3IW5A 2HWOA 2W1EA 4M12A 4O82A 5IZFA 4F99A 1E9HA 2WGJA 3UYTA 5BUEA 5IISA 2ZV7A 4GIHA 4OW8A 3CQWA 3EQIA 2HY0A 4R5SA 4PL5A 2XNGA 3LPBA 4MBJA 5BMSA 4O0SA 2V55A 3UDBA 3HDNA 3ALOA 3DDPA 3VIDA 4D1XA 4GMYA 2ESMA 2B52A 4EWHA 1UVRA 3QUPA 5L8JA 4CFMA 4I5HA 4NM0A 5AWMA 4BVUA 5C03A 2ERKA 3VS7A 4IDTA 1WBNA 3MV5A 4PP7A 1EH4A 3M2WA 4EBVA 1X8BA 3H0YA 5BVKA 4C38A 1OB3A 2XNMA 3IOKA 3Q32A 1TVOA 1ZOHA 3IDCA 3FUPA 3NVMB 4L45A 1YHWA 1JWHA 3H9FA 3MH1A 4JX3A 4QYYA 4JBQA 4TPTA 3ZFXA 4OBQA 4X3FC 5DHJA 3R8MA 3VS1A 3FBVA 2BRHA 2NPQA 3ODZX 4C4IA 5M51A 4XLIA 5KHWA 1PXKA 5KMKA 2QO9A 4OTWA 1HCKA 1YWNA 2VAGA 5BNJA 1UV5A 3EQRA 3W1FA 2XNNA 3F5GA 4EZ7A 5HGIA 5KMJA 1KOAA 3OC1A 4X2FA 3UG1A 4FVRA 4K2RA 4ENXA 3LFEA 4F6WA 5L6WL 4DTBA 4O91A 4YPDA 4UZHA 1NVRA 4O7LA 2W5HA 4K11A 4AFJA 4CKRA 1XH4A 5LVMA 2J6MA 2GNJA 2VWVA 2XNPA 3PXRA 4AZTA 4IE9A 4CGAA 2WMQA 4F0FA 2J90A 2IN6A 2IVUA 3QXOA 3OZ6A 3A7HA 4O7SA 1H4LA 4S2ZA 4FGRA 4O6EA 5C4KA 5EKNA 4P90A 5B2LA 4YLLA 3PY0A 4KIQA 4YHJA 5TO8A 3RM6A 4BI2A 4HVHA 4FA2A 2H96A 2BCJA 4M67A 1OIUA 4TT7A 3BLRA 5DT0A 4JX7A 1YXXA 4C36A 3CPBA 2F4JA 4QMMA 5HNBA 3VHEA 4D2RA 5IG1A 3KQ7A 2NNWB 4IFCA 4EBWA 2CMWA 4QMOA 4RWIA 4X3FB 5IEXA 1M52A 3LM0A 4MD7E 4O0YA 1YDSE 3W2SA 4YO4A 4ANQA 1ZYSA 3KRRA 2O65A 2CKOA 2YM5A 4Q5EA 4ACCA 4ZMFA 2UZUE 3DBEA 4FV9A 3IW4A 4FTCA 3FL5A 3HKOA 3HRCA 2CNQA 3KC3A 4PL3A 4WBBB 5M06A 5EM5A 4B99A 2V7OA 1PMVA 2CLXA 3S2PA 1V0PA 1H26A 5M53A 4DBNA 1T46A 2RGPA 4IX6A 3EFLA 2GQGA 1U46A 2BRBA 4PDYA 5IA2A 1WBVA 4FBXA 3CD8A 1FGIA 3NAXA 2F7XE 3PJCA 4QOXA 5F4NA 4DTKA 1R39A 3EQGA 3QYZA 5B2MA 1JQHA 5L6PA 2I0HA 4QP8A 5AV3A 4IB5A 2WQEA 3V04A 5JN2A 3QWKA 4J98A 3S1HA 5I0BA 2OBJA 4ZSEA 3FXZA 1UA2A 4TN6A 1UKHA 3QQLA 4IJ9A 3R8VA 2JD5A 1Y6BA 2HOGA 1DAWA 2OSCA 3UMWA 1GIJA 1PY5A 2FSTX 3C0HA 5LJJA 4PDOA 3UO4A 1BL7A 1H00A 3KXHA 4KKEA 4NSTA 3KN6A 4KBAA 4Z3VA 4O7WA 3LVPA 4C4EA 2WXVA 4XJ0A 4FGBA 5F95A 3KK8A 4D2SA 3LFQA 4YGAA 5IA1A 1XH9A 4L67A 2Y6OA 4EUUA 5EQEA 4HVDA 4LUDA 3O96A 4E5WA 3L8PA 2C68A 3FMJA 5CY3A 3EFWA 3CD3A 2VV9A 4RX7A 5FM2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4AQK A;  3G9N A;  3R1S A;  1XKK A;  1H0W A;  2CCI A;  3D9V A;  2A2A A;  2XH5 A;  2YM6 A;  2XYN A;  5HQ0 A;  5CF4 A;  5LMK C;  3BGP A;  4O84 A;  3PA3 A;  3U87 A;  4EL9 A;  3NIZ A;  5BYL A;  2IZT A;  4ZP5 A;  4L9I A;  3SLS A;  2J0M B;  5CEO A;  3GU6 A;  1H25 A;  2J9M A;  3BU5 A;  3NS9 A;  3DDQ A;  5J1V A;  5EHY A;  2VO3 A;  4D5H A;  1BYG A;  1KE9 A;  1Q61 A;  3DKC A;  4IWP A;  3TCP A;  4FMQ A;  2R3I A;  4FV2 A;  4XBR A;  5CI7 A;  2BAL A;  3SOC A;  4AA5 A;  3EN4 A;  4DFZ E;  2OXX A;  2PE0 A;  3RNI A;  2B54 A;  2BPM A;  2YIT A;  4I0T A;  4KKH A;  5AUY A;  4ZJI A;  2OK1 A;  5A9U A;  4RZW A;  2CKQ A;  3O5A A;  3WIK A;  3EKK A;  4F7L A;  3QUD A;  3FLY A;  2C5N A;  4TWP A;  4FKV A;  4QO9 A;  3BIZ A;  4FKO A;  3NCG A;  4AXA A;  4OTH A;  3REP A;  3WE8 A;  2C1A A;  4I4F A;  3PG3 A;  2IZS A;  4FST A;  4FT7 A;  3EMG A;  4RIX A;  3DV3 A;  3R1Q A;  4R1V A;  1IA9 A;  1KV1 A;  1OIT A;  2GMX A;  3LFC A;  5CYI A;  3H9R A;  5EDP A;  1RJB A;  3GC9 A;  3ML1 A;  4KBK A;  2XIR A;  3C4C A;  3CQE A;  4WBO A;  1O6Y A; 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 4EQM A;  4G16 A;  2A27 A;  4BRX A;  4IAA A;  3PWD A;  1Q99 A;  5EW3 A;  1QPE A;  3GC7 A;  4GFM A;  2R3Q A;  5AUZ A;  1GII A;  4CTC A;  1IEP A;  3C4W A;  5E7R A;  4ZZN A;  3Q4C A;  4G17 A;  3SXF A;  2RG6 A;  2W1G A;  4J52 A;  3DB8 A;  4BGQ A;  1KUT A;  4C4F A;  5M57 A;  4PRJ A;  3GU7 A;  3KL8 A;  4RVT A;  3KY2 A;  1FMK A;  4Z7H A;  4NKA A;  4ZZM A;  4HYS A;  3ZM4 A;  3OTV A;  3WF8 A;  4RWL A;  4L44 A;  3KRW A;  1PKD A;  4EOQ A;  4BIB A;  4BCP A;  3FY2 A;  4R1Y A;  5I9V A;  3NX8 A;  5HU9 A;  3UQF A;  1RDQ E;  1WCC A;  1M2P A;  3AD4 A;  3BHH A;  3NW5 A;  4I20 A;  4A4O A;  4GYI A;  2XK3 A;  4QTC A;  4ZXT A;  3BEG A;  3NR9 A;  3K2L A;  3LM5 A;  2PMO X;  3R9H A;  5IQD A;  4HCV A;  4IB1 A;  3FEG A;  3SXS A;  2YM3 A;  3HV5 A;  2YDI A;  4PX6 A;  5AP5 A;  2WAJ A;  3GNI B;  1JKT A;  3VS0 A;  5D41 A;  4KSP A;  1H28 A;  4YUR A;  1Q5K A;  1YHS A;  4IWQ A;  1RQQ A;  5IQA A;  4RG0 A;  3VW8 A;  3KRX A;  5JQ8 A;  4EQU A;  4FSN A;  4MUQ A;  5CAN A;  3E92 A;  5TKD A;  3QBN A;  1OGY A;  3W2R A;  1XO2 B;  4IX4 A;  4FT0 A;  4AXD A;  4CLJ A;  2ETM A;  3D7Z A;  2PML X;  3VF8 A;  3QRT A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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