3CSVA

Crystal structure of a putative aminoglycoside phosphotransferase (yp_614837.1) from silicibacter sp. tm1040 at 2.15 a resolution
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
330
structure length
322
Chain Sequence
SREDEIRDFLATHGYADWNRTPRYQRLRSPTGAKAVLMDWSPEEGGDTQPFVDLAQYLRNLDISAPEIYAEEHARGLLLIEDLGDALFTEVINNDPAQEMPLYRAAVDLLIHLHDAQTPELARLDPETLSEMTRLAFSEYRYAILGDAAEDNRKRFEHRFAQILSAQLEGDMVFVHRDFHAQNLLWLPEREGLARVGVIDFQDAKLGHRAYDLVSLLQDARRDVPAQVEAQMIDHYIQATGVDESHFRSAYAVIAVQRNMRILGIFARLSQRFGKRHYIEFVPRVWAHFERGLAHPALASAAEEILNALPAPAPEVLERLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a putative aminoglycoside phosphotransferase (YP_614837.1) from Silicibacter sp. TM1040 at 2.15 A resolution
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Silicibacter sp.
molecule keywords Aminoglycoside phosphotransferase
total genus 105
structure length 322
sequence length 330
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3csvA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 3csvA02
1R39A 4YTHA 4FKQA 3EFKA 1UU9A 3BBWA 3A60A 3FC1X 1FMOE 2PPQA 2OF4A 1W7HA 3K2LA 3ZZEA 4HVDA 3EFJA 3D9VA 2IVTA 3WIKA 4GYGA 5JFXA 2ZDTA 4FBXA 5LMAA 1GZ8A 2X7OA 2YIQA 2CNUA 5JSMA 3FY2A 5CAOA 2VAGA 3POOA 4BDKA 2UW6A 4YNEA 4BB4A 4E26A 5IDPA 4GFGA 4KNBA 4ALWA 2O5KA 3ET7A 3Q4CA 1M17A 5EHOA 2W1GA 3Q6UA 3UIXA 4MHAA 3EIDA 1MRVA 3O71A 4FVRA 2R3MA 1JKKA 4APPA 4APCA 4HW7A 3V6RA 4JDJA 2JAMA 4FTQA 4RMZA 3ZH8A 1B39A 3LHJA 3FLSA 3ALNA 3MPAA 4C4IA 5D7AA 4FI1A 4MH7A 1OVEA 4XLIA 5CSWA 1X8BA 4I0SA 4JLCA 5CF4A 4QTEA 2X9FA 4IJ9A 3HECA 3LFDA 3OEZA 3QKMA 3UZPA 4U94A 2C6IA 2XBJA 4OBQA 4CZTA 4IIRA 5C1QB 3MTFA 3EB0A 2VRXA 5C01A 2BROA 1KSWA 2OJFE 5M44A 5DFPA 2ERKA 2Y4PA 3N9XA 4CKJA 1Z57A 2QOFA 3FYJX 3V5WA 3V5LA 5HIEA 1XH5A 5BUJA 4C36A 4G3EA 2O65A 4IM3A 3TV4A 4MWHA 4YJQA 3SXRA 4BDAA 4RJ4A 3QD2B 4HYIA 5CU4A 1H01A 5E8SA 3VVHA 3QZHA 4U45A 3TL8A 1OBDA 2PE2A 3FUPA 4WNOA 3OC1A 4RLKA 5E8ZA 3TT0A 5AP1A 4A4OA 2XNGA 5C4LA 3NUUA 3CTJA 3ROCA 2ITXA 1ATPE 4DINA 5M53A 1DI9A 1UVRA 2BDWA 2CDZA 4O0UA 3DGKA 3C4ZA 3W2SA 1BYGA 4ERWA 3HAMA 5EOBA 1OL6A 1V0PA 2ITOA 3C13A 3DBEA 5D10A 1IA9A 4DEDA 5LJJA 1ZZ2A 4BCHA 4QMVA 1TQMA 4LI5A 4YTFA 2WMRA 3KCKA 3GCUA 3HZTA 2QKRA 1SZMA 3SG8A 5HI2A 4ZY4A 3OWLA 4O7OA 2ETKA 4WUAA 1G5SA 4FZFB 4PY1A 2J2IB 4O82A 3QL8A 2YERA 1KWPA 1XBBA 4OTQA 4DH1A 1LEZA 2XIYA 4ZZNA 2UZNA 5LMKC 4CT1A 3PLAE 2YITA 2W1EA 5EK7A 2PVNA 3BPRA 2Z7SA 3R7VA 3LLTA 5DPVA 2WU6A 4Q9SA 4K6ZA 4DITA 2OI4X 3EZVA 3GQIA 5C8NA 4MNEA 4EYJA 2BRNA 2R7BA 3DKGA 4UB7A 3F3WA 5BVFA 1ZYJA 4ZMEA 4EH3A 4GW8A 2WQNA 3UG2A 5HVJA 3IDPA 4IDVA 2BRMA 3P1AA 2ESMA 5AWMA 2Y9QA 4IE9A 2ITZA 4C2WA 5AIKA 3HLLA 4ASZA 1ZARA 3DLZA 4R77A 2IW8A 1Q3WA 3EJ1A 3CQWA 4C4GA 5EG3A 4AOIA 4PDOA 3F82A 3ELJA 2XK7A 3FWQA 3C4XA 3K5VA 4KIPA 2VTJA 2IG7A 3GI3A 4PDYA 4QMYA 3UJGA 3QD0A 5JEBA 5TKDA 1MQ4A 2W0JA 3QX2A 3TUDA 2JFLA 3JVRA 3PPJA 5KZ0A 5I0BA 4P7EA 5D11A 4FSQA 4WKQA 3LMIA 4O7VA 1K3AA 2P2IA 1UKHA 3UP7A 2GHLA 5A4TA 4R3RA 1ZY4A 2IZTA 5E8TA 5HIDA 3W1FA 3A62A 4IB1A 4KWPA 1M2RA 2C3LA 4YJPA 1PKGA 4YHTA 5ICPA 4IX4A 3QF9A 3NLBA 3P78A 4KB8A 4BHZA 3QRKA 4AZTA 2WTIA 2EB2A 3ZCLA 2X8DA 2X2LA 3OP5A 2BILB 4BBEA 3QGYA 4QMQA 4YU2A 1Y57A 3D7ZA 3ZFMA 4KSPA 5JQ5A 4BBFA 1LEWA 2V0DA 2XRUA 2JFMA 3V3VA 3FV8A 1WBWA 3K3IA 2PWLA 3P4KA 4I5HA 3AC4A 3FI2A 3IW5A 3F7WA 3TI1A 4K1BA 3TNHA 3U4UA 5KMIA 3UG1A 4X2FA 3F5GA 3FMDA 3O50A 1GAGA 3ORTA 3HV6A 3BQRA 2X4FA 4BC6A 4S34A 3BE9A 2QO9A 3BV3A 3CEKA 4JAIA 5CSPA 3D5WA 4P5ZA 5EQEA 1I44A 1T46A 1UKIA 3VBYA 3QD3A 4BI0A 4D1SA 4DFLA 5LOHA 2WEIA 4IMYA 3C4WA 3FZOA 2KTYA 5JGDA 5CAUA 3VS4A 3DJ7A 3BHUA 1RQQA 5ANOA 3CS9A 2PUUA 4ZLZA 1TQPA 3FZPA 5DRBA 4RZWA 3VBWA 4QNAA 4A06A 5BYZA 1W82A 4ZJIA 5IQHA 5KMOA 2CGXA 3R8MA 5LVMA 3PPKA 2A1AB 4Q5EA 5DIAA 3VO3A 2VV9A 3AD6A 1FVRA 1GY3A 2YAAA 5HD4A 3GCVA 3FL5A 4MVFA 4XG9A 5HX8A 3Q5ZA 3ZC5A 4H05A 5CXZA 3O7LB 4L7SA 3V04A 3QA8A 4J99A 2VWIA 3PVBA 1ZMWA 4ANQA 3RALA 3UO6A 3VC4A 4EH9A 5BPYA 1MRYA 3U9CA 4IH8A 5CLPA 3CJFA 3DS6A 4ACGA 3GFWA 3E62A 3EQPA 3E8NA 1UNHA 1XH6A 2BPMA 3ZRLA 3NUYA 5EYMA 5IQBA 4AT4A 3AC1A 3S1HA 3PVGA 2VGPA 4L9IA 2H34A 3CC6A 3ERKA 3BE2A 3OXIA 4FUXA 4GEOA 3ZHPC 4BCMA 4DTBA 4FT3A 4KBKA 3LQ8A 3PZHA 3FKOA 1OL1A 4AA4A 4RIYA 3TXOA 4FEVA 5CQWA 4TWCA 2PMNX 3U51A 2VWBA 2XJ1A 4MBIA 5HQ0A 4HOKA 3P79A 1T45A 3EWHA 3V51A 3JVSA 3WF6A 4EZ3A 1S9IA 3MWUA 5AUTA 4K11A 1WBNA 5C27A 4M13A 5E8UA 4AACA 4BTJA 5AP6A 1CTPE 2YCFA 4O84A 2BAKA 5ANJA 3FC2A 3U55A 4YSMA 5LVOA 2HENA 2R0IA 2WB8A 2CKQA 3AC8A 3H10A 4XV1A 4FEXA 5EHLA 4YZDA 4F0FA 3D7TB 3QKKA 4FT5A 4DC2A 1U59A 4Y5QA 3VBQA 1YXVA 2XP2A 3F5UA 4O81A 5HE3A 3UE4A 3Q04A 3CY3A 3FDNA 3KREA 4FIFA 2YM5A 4JDIA 4NU1A 4X7QA 3O51A 2BR1A 3NAYA 4IX3A 4L46A 2C3IB 2J0MB 3G90X 3TACA 5CT7A 1OI9A 4WT6A 1WZYA 5CVHA 1UU7A 3EFWA 2UVXA 4G3CA 4NCTA 2E9VA 3IOPA 4AGDA 2W17A 3PUPA 3TDVA 4DCEA 3CQUA 4X21A 4AZWA 2XA4A 4CFFA 1WBOA 4FT9A 1NXKA 3QXPA 5KCVA 5EKOA 5J1VA 2JDSA 3FLNC 3G6HA 5T6KA 4ZOGA 2H6DA 5EYKA 3PSCA 3WYXA 3CQEA 3H3CA 3ZUUA 3OROA 3QZIA 4CEGA 2J51A 2JBPA 3CCNA 4KKEA 4O7RA 5ACBC 4HVHA 3TM0A 4I21A 3CIKA 3FMHA 2VWWA 4P2KA 2QOCA 4XJ0A 4YZNA 5J95A 5CENA 4A9RA 4IAZA 3R9NA 5IQDA 2P3GX 1H1QA 4R7HA 4U98A 4DFZE 3PIYA 1PW2A 2OJJA 4E5WA 4JBQA 3DK3A 4FE2A 4HYUA 4TW9A 2CKEA 5BVNA 1YHWA 4RVTA 3G51A 1OECA 3O23A 3SLSA 4XV2A 3ACKA 4CG9A 1EH4A 3BWFA 1K9AA 3ZM4A 4C7TA 4BI2A 3FKNA 3GU7A 2PVFA 4I20A 3P0MA 3TKHA 3LFFA 2B9FA 2W1FA 2C6OA 4G5JA 3E5AA 3RAIA 3ZZWA 4BBMA 3HMOA 4O6LA 3UVQA 3TDWA 4BCOA 2BTRA 5IQIA 3PTGA 3W0QA 2QODA 4QQJA 4QP8A 4DAWA 5HG9A 4ACDA 3TV7A 2E9UA 4FTAA 3OF0A 4FSWA 5GNKA 4XS2A 2GQRA 5C9CA 3OBJA 2WEVA 3DTWA 4V0GA 4LM5A 3CR0A 4FKJA 1PXKA 4O6EA 4E8AA 2VTTA 4O0VA 2A27A 2V22A 2FSTX 2I6LA 2HZNA 3CTQA 3LAUA 4PX6A 2C6DA 5J8IA 5EW3A 2OW3A 4QMPA 3W0OA 5CANA 4TWOA 1Y6BA 5FM2A 4F9CA 3QD4A 5HTCA 3HRFA 5JRSA 4F9BA 4BDHA 2CSNA 4DH5A 5JRQA 4DE4A 4FX3A 5FUTA 3TJDA 3HYHA 3OHTA 2OXXA 3V5JA 2WNTA 2LAVA 4BCJA 2BAQA 3N4VA 4DTKA 5L2IA 3ULZA 2ZM4A 1YWNA 5EI6A 3RAWA 3Q53A 5IQGA 3JYAA 3UDBA 2JKOA 4ACMA 3R0TA 3C0HA 2GSFA 4X3JA 1ZAOA 3C5UA 3UYTA 2YFXA 4MXOA 4S31A 4DEGA 2IO6A 3MVJA 1JOWB 3VWAA 3LIJA 4JOAA 1E9HA 3V5QA 1JBPE 5JZNA 3ZSHA 2VTMA 5K5XA 3GU8A 3IK3A 3DQWA 2X4ZA 1LP4A 3IPHA 3L8PA 3C5IA 5T68A 2VO6A 5JFSA 1JNKA 2PULA 5JK3A 2BFYA 4GT3A 3Q4TA 3P7CA 3R8UA 1Z5MA 4D0XA 4D2RA 3Q32A 1H8FA 3AT3A 3RCDA 4FSRA 1FQ1B 1YI3A 4XBRA 3PE2A 3ZSGA 5HBEA 4LFIA 3S00A 5CNNA 3ZONA 4FKRA 1J7IA 4C34A 3U6HA 4F7SA 4YHFA 2EXMA 2XM8A 4GT5A 3W2PA 4CCBA 4YGAA 4BCNA 5GJDA 3ZLXA 3DBDA 3I4BA 4FEUA 4TYHA 3HRCA 3E63A 3C4FA 2B1PA 5C03A 3MESA 3W0PA 3BLQA 3T3VA 3PP0A 4M15A 2XEYA 2VU3A 3QHRA 2QOLA 3KMMA 3PWYA 4CV8A 1UWJA 2C3KA 3NPCA 3TV6A 3BELA 2J4ZA 4AT5A 3FZSA 3R1SA 2WZJA 4EK3A 3R8VA 2VWZA 5EQPA 3KRJA 5LMKA 3DAKA 3DXPA 4EOIA 3QZGA 2ITYA 4YNOA 4ALUA 5CEOA 2WXVA 2UZLA 4NZWB 3R7IA 5A6NA 3ZFYA 3SC1A 3VQHA 4RA4A 4B9DA 3HX4A 4O21A 1JSVA 4M12A 3SQQA 3UBDA 4BTFA 4DGMA 3FI4A 1UV5A 3Q60A 2ACXA 3I60A 5I9VA 3L9NA 1WVYA 1ZOHA 2UZBA 5CS6A 5AUZA 4BZDA 4Y8DA 1BLXA 5EM6A 1KE5A 3UTOA 4XMOA 3DNDA 5AAFA 1WMKA 4DH7A 4O22A 5EKNA 4F7NA 4FV0A 4RIWB 4CVAA 5CF8A 4O0SA 3R6XA 4AFJA 2W5BA 5LWNA 2XIKA 3Q52A 3AT4A 4ZTSA 4ACHA 3CPBA 3MGYA 2UZDA 3O2MA 4EORA 5CSVA 2WQEA 4NM7A 4ZZOA 2VTHA 5BMSA 2PMOX 2BZIB 2DYLA 4FTIA 4IVBA 4LOOA 3RWPA 1Q24A 2WQMA 3VUMA 4NYEA 5HG5A 4QQTA 4HZSA 4ANLA 2F4JA 4BICA 5AM7A 2E9NA 4EHVA 3LLAA 4HYHA 3QLGA 3F2RA 3IS5A 2QKWB 5CF5A 2REIA 2A0CX 4JIAA 4AT3A 2XRWA 3KRRA 4R7BA 5LMBA 3UO5A 3ZTXA 3WF7A 3R7OA 4RQKA 2H8HA 3VBXA 4EC8A 4AP7A 3OBGA 1PXMA 3H9OA 4O83A 1F5QA 2BAJA 2JKQA 4W8DA 2R3PA 4YBKA 4DFYA 4RJ7A 3AMBA 1GZOA 3EN6A 2CKPA 3HDNA 4ZSJA 1YXUA 3PJ3A 3QFVA 5IISA 3TZMA 4OTRA 4U6RA 4ZXTA 1PKDA 3M2WA 3FPMA 2Y0AA 5JFVA 5T3QA 5HVYA 3RI1A 3DA6A 4O86A 5DR2A 3ZU7A 5IA0A 3QQGA 5CSXA 5B2KA 5F20A 3ZDUA 3NMUF 3SAYA 1P4FA 3IKAA 2YZLA 5DNRA 3RKBA 4YTCA 2RG6A 5HD7A 2B7AA 5HKMA 3C50A 4O7ZA 5DEWA 5AP3A 4D4RA 2R9SA 3BCEA 3DNEA 3BU6A 3KQ7A 3QA0A 4PNKA 3L8VA 3S95A 4FTRA 4CQEA 3PXYA 2IPXA 2XIZA 4PDPA 4C3RA 4D4SA 3FQSA 4FV8A 4UZDA 3NWWA 4YBJA 4JG7A 4V05A 2IZUA 3I6UA 5A9UA 2GTMA 1DM2A 2W1DA 1YWVA 2IVVA 3MH3A 2W1CA 3NUPA 4FV1A 4FZAB 4GIIA 3UVRA 1ZRZA 2W1ZA 4G3GA 4QMSA 3FLZA 4GUBA 4TYJA 4KBAA 5DWRA 4N6ZA 3DZOA 5LXMA 5F9EA 4E6DA 2W1IA 5L6WL 4BGGA 4KKGA 4GT4A 2BRGA 4LG4A 4M14A 5KMMA 2Z2WA 3ZSIA 1YDSE 5FEDA 4EHGA 1YRPA 1BX6A 2XCHA 4AF3A 4BI1A 2OXYA 4WA9A 4OW8A 1UU8A 3E8CA 2VD5A 4XG7A 2PU8A 3CP9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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