3CSVA

Crystal structure of a putative aminoglycoside phosphotransferase (yp_614837.1) from silicibacter sp. tm1040 at 2.15 a resolution
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
330
structure length
322
Chain Sequence
SREDEIRDFLATHGYADWNRTPRYQRLRSPTGAKAVLMDWSPEEGGDTQPFVDLAQYLRNLDISAPEIYAEEHARGLLLIEDLGDALFTEVINNDPAQEMPLYRAAVDLLIHLHDAQTPELARLDPETLSEMTRLAFSEYRYAILGDAAEDNRKRFEHRFAQILSAQLEGDMVFVHRDFHAQNLLWLPEREGLARVGVIDFQDAKLGHRAYDLVSLLQDARRDVPAQVEAQMIDHYIQATGVDESHFRSAYAVIAVQRNMRILGIFARLSQRFGKRHYIEFVPRVWAHFERGLAHPALASAAEEILNALPAPAPEVLERLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a putative aminoglycoside phosphotransferase (YP_614837.1) from Silicibacter sp. TM1040 at 2.15 A resolution
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Silicibacter sp.
molecule keywords Aminoglycoside phosphotransferase
total genus 105
structure length 322
sequence length 330
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3csvA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 3csvA02
4J98A 3R9HA 2QU6A 3EQFA 3FZ1A 4XBRA 5DR2A 1OBDA 4RIXB 3QCQA 2VN9A 2I1MA 4ANSA 5DH3A 2BDWA 4FKWA 4L3JA 5IZFA 4FV4A 4RLLA 3NNUA 4LUDA 2ESMA 4MBJA 1DI8A 1Y91A 3FLWA 3RJCA 4ASZA 3HDMA 2WOUA 2PHKA 2QLUA 4CEGA 3WZUA 3W32A 3CY3A 4JJRA 4JQEA 4DEAA 4BGGA 1Q61A 2W1EA 2FSTX 4FZFB 5LMKC 4ZY6A 2ZDUA 1GY3A 2PVKA 2W1CA 3W55A 3FLSA 4FVPA 2W0JA 2WTWA 1Y57A 1E9HA 2G01A 2XNNA 3PE2A 2JBOA 2R64A 4I93A 2VD5A 3MPMA 1U59A 4O7OA 1J7IA 1M2QA 2Q83A 4IX4A 5IDNA 1CKIA 3PSDA 1DAWA 1GNGA 4DBNA 5J1VA 1V1KA 4RWLA 3UIUA 4FSQA 3EQRA 1JNKA 1Q8TA 4GUBA 5AUXA 3AGMA 3ZDUA 3I7CA 4X2NA 4DH7A 4PRJA 3QQGA 3ZHPC 4EZ7A 3HNGA 4MQ2A 1FVRA 4YPSA 3P9JA 3UP2A 4DFNA 5AM7A 4KAOA 3V5TA 4IM0A 4XG4A 2WGJA 3NUXA 3LQ3A 2XKCA 3VBXA 4M69B 1GIIA 4G16A 2XIXA 3D5VA 1ATPE 3ITZA 4FR4A 4DCAA 3NEWA 2YITA 4AE9A 3CE3A 1CDKA 1RW8A 2BKZA 2OU7A 2E9OA 4GJ3A 4IWPA 4O0YA 5HU9A 3RAIA 2WTIA 1TQMA 2JDTA 4PX6A 3MVLA 4IAKA 5EH0A 4BR3A 4IW0A 4G5PA 3DLSA 3MI9A 4FGRA 2OZAB 3LAUA 4YJUA 3WF5A 5JFXA 2XNOA 5LQFA 4FG7A 2IVTA 2ZM4A 3R04A 4GKHA 3RTPA 3TUBA 3Q4TA 2CKOA 2JIVA 4F9BA 3EQPA 4N6YA 1WBTA 5TF9A 5TOZA 4GEOA 4IE9A 3FXWA 4F0GA 5H8GA 4DGMA 3EKKA 2JKOA 4RX7A 3OUNB 4R7IA 5ETFA 1KOAA 1S9IA 4DFYA 1OL6A 1PMUA 1FOTA 3WF7A 4LRMA 3CJFA 2X1NA 3KY2A 4KKEA 3W10A 4DFBA 4XV1A 1CTPE 2OSCA 4UEUA 5HX6A 5CU2A 3OTUA 2GTNA 4L52A 2XM9A 4L67A 2WEVA 3FY2A 3RK9A 3COIA 3QQHA 5DNRA 4E6CA 3KRJA 2GHGA 3CTJA 4FTAA 4PP7A 5JK3A 2B9HA 3NNXA 2VTIA 5HVKA 2XB7A 3NIEA 5T6KA 4F4PA 3CJGA 4IX5A 1UU8A 5E90A 2VO3A 3RWPA 4DFZE 3MVJA 5ANGA 3W2QA 3QA0A 3JY0A 1P5EA 2XIRA 3CGFA 4G31A 3C9WA 3QKKA 5J7HA 4QYHA 3ZC6A 4CT1A 5IEYA 1AQ1A 2HW7A 3OY1A 1GZKA 1ZRZA 3V6RA 4WNMA 3DKGA 4O7PA 3KF7A 4DE4A 2B52A 2ITYA 3BX5A 3C5IA 3O2MA 4QTAA 4DFXE 2XNMA 3G51A 3PDTA 3COMA 2J7TA 4MXZA 2IVSA 3CC6A 4TYGA 2VWBA 4P5QA 5EI2A 1O6KA 3TN8A 3VRYA 3ZO2A 3SA0A 1G3NA 1Q8YA 2YM4A 5ETCA 1Q4LA 3ORXA 3ATSA 3DK7A 2WTCA 3S2PA 1OM1A 4FOBA 2WQEA 3GC0A 3EH9A 4ZZMA 4GK4A 2IZRA 4GVAA 1ZLTA 2C1BA 3NCGA 3A8XA 3QZFA 3LFBA 4ZLZA 1QCFA 3MSSA 3QUPA 4S34A 4YZ9A 5CU4A 2HZ4A 1YDRE 5D10A 5FM2A 2W7XA 4I92A 4CG9A 2VWXA 2ZV7A 2EXMA 3FKNA 4KRDA 1JSUA 3HA6A 2PVMA 1IASA 4AQCA 3LJ1A 3BKBA 4MBIA 2VRXA 2X7FA 4FV0A 2JAVA 3ZEPA 4HGLA 4OGRA 1Q41A 4FIGA 3C51A 3CY2A 4XG9A 2ZB1A 5T68A 3BQRA 5AUZA 4C36A 1Q99A 1ZARA 2BCJA 4NM3A 5BUIA 2VX1A 4WNOA 2UZNA 4RJ4A 4BBEA 4V0GA 5JGBA 3B8RA 4ZS0A 3Q4CA 1R0EA 3EOCA 4UYNA 1PRYA 1FINA 3WOWA 4YGAA 2JFLA 2F2UA 4ZTSA 3TDWA 2BZKB 4BCGA 4BICA 4JDIA 2H34A 4YO6A 3ZYAA 3D14A 2R3QA 4U3YA 3R8LA 3ZCLA 3OCTA 4MYGA 5IISA 3DLZA 2B1PA 4M12A 4R5YA 3HUCA 1PKGA 3LXNA 4GU9A 4MD9E 5KMOA 1W84A 4XRLA 3ZM4A 2R5TA 3OY3A 5KKRB 3PY1A 4HZSA 1ZOEA 4GK2A 1JLUE 3DBEA 3CXWA 2OBJA 3F69A 4IH8A 1I44A 3ZH8A 3C4FA 4QT1A 2UZDA 3O7LD 3Q2JA 5DT4A 4K0YA 4IZAA 3HAMA 1P4OA 3UQFA 3C0IA 2R9SA 3FMHA 3D15A 2XJ0A 3DGKA 3FUPA 2R3FA 4HYSA 5ANDA 4CT2A 4FBXA 5HO7A 5C9CA 4PV0A 4GYGA 3FZOA 4CNHA 5M06A 5L2TA 1PY5A 4QMMA 5LVNA 4G6NA 2HY0A 2YCRA 4P4CA 4RIYA 2EVAA 3PPKA 3GNIB 2CGUA 3OT8A 3LW0A 4FG9A 2QO2A 2W1ZA 4CRSA 3ET7A 2G15A 1ZAOA 5JFSA 4F6WA 3S00A 4M68A 4QP3A 5CY3A 2WMVA 1J7UA 5CU3A 3R9OA 3SG9A 3NS9A 3DK3A 4FUYA 3MIAA 2IZTA 4ACMA 3FI8A 5CEMA 4EK5A 4RIWA 4H36A 5IQIA 3R7IA 4IFGA 4EQCA 4NKSA 5IH6A 4AGWA 3KRRA 4AT3A 2CGWA 4GS6A 3RCJA 4C58A 4G1WA 4YLJA 4ANLA 1WFCA 4IVBA 2VWUA 4X3JA 1JKSA 3UIBA 1FMOE 3DKCA 5I4NA 5JQ5A 4RLKA 3L8XA 3LXKA 2OI4X 4S30A 4HOKA 3R30A 1SM2A 4G9CA 4I41A 4PMTA 4O0VA 5FP5A 4J97A 4QRCA 3S4QA 4GIHA 4F70A 4FEXA 3RM7A 4MF1A 3FI2A 3W2OA 4JIKA 4Y8DA 4BCOA 4B8MA 4EH4A 4EUUA 2W1FA 5HGIA 2W1HA 3Q96A 3QD2B 4F7JA 3QTXA 3MH3A 2XYUA 3QX4A 5E8UA 4CG8A 4DEEA 4ACDA 4BTMA 2WHBA 4C3RA 2JDOA 3M2WA 5IQHA 3KXHA 1JAMA 1R1WA 3AG9A 2XZSA 4FUXA 2HXLA 2E9UA 3A4PA 4AA0A 5A4CA 3TEIA 2BTSA 2PVLA 4G3FA 4IAZA 5HTBA 2WMSA 3Q9YA 2WTJA 4A06A 1O6LA 4G6OA 4U44A 5C8MA 1UVRA 3PG1A 2P3GX 2UUEA 3QCSA 3EN4A 3UMXA 4IJ9A 2CCHA 3FMEA 1BMKA 3KN6A 1CM8A 3E8DA 3POZA 4JXFA 4YJOA 3I7BA 5AX3A 4RVMA 4E7WA 5J1WA 4RMZA 4TYJA 3Q9WA 1FMKA 3N4UA 4WBOA 4B8LA 3E63A 4W8EA 3JY9A 4ALWA 2CKPA 3QHRA 3ZRMA 3HMPA 5M44A 3P5KA 3AXWA 1FPUA 4KB8A 2WELA 5J9LA 1BX6A 3CQEA 3ORLA 5EKNA 4I4EA 3FL4A 4IZ5A 3EQCA 1GIJA 4QMXA 4UWYA 1YXSA 5D1JA 3V5JA 3QBNA 3LKMA 5F20A 4YSJA 1JKKA 3GCUA 5AP7A 4E6QA 2O0UA 2H6DA 5EDPA 4AF3A 4BDCA 1OPKA 2QOLA 1O6YA 5DR9A 1X8BA 2ZDTA 3LJ2A 4IEBA 5EQEA 2C6IA 5AP6A 1JKLA 4UBAA 4FTRA 3R01A 1KE9A 3W0RA 3BV2A 1ZMWA 5IUIA 4E93A 4BCFA 2CSNA 3R9RA 4BI1A 4EOLA 3EL8A 2OXDA 2UZUE 5EHOA 5HD7A 2HCKA 3RALA 3ZUVA 3G6HA 1W83A 2YAKA 3BI6A 5F1ZA 5L3AA 4J8NA 3D5WA 3OWLA 2QOQA 3DAEA 5HG9A 2IWIA 4NW5A 4XV9A 2UW9A 3GVUA 3LFEA 3LZBA 4AU8A 1OGUA 2IW6A 2H96A 3W18A 5M08A 3EQIA 4QP9A 2OF2A 1H08A 2WEIA 2X7GA 3QWKA 5IQBA 4O82A 3R6XA 1LPUA 4FSYA 3F7WA 4IACA 3LFNA 4AE6A 1P14A 2A0CX 2YEXA 4BZOA 1UKIA 2W1IA 4JAJA 3GU5A 2ZYBA 4C4HA 3PY3A 2J0IA 4WG3A 3ZS5A 1VJYA 3QQJA 3T3VA 1H1SA 2QD9A 4EONA 1YHWA 3VF8A 5K3YA 4W4YA 1H1QA 2QCSA 2R3HA 1WBPA 3KXGA 2X2LA 3FBVA 3DZQA 4FI1A 4RWJA 5E8YA 5HNIX 3UGCA 3E8NA 4U80A 3UO4A 4BCPA 4BDBA 5DEYA 2XEZA 3QHWA 3MTLA 2W5HA 4M97A 4NJ3A 4O91A 4BRXA 2X6EA 5JFVA 3ETAA 3OCSA 5L2SA 1XBAA 4MX9A 2J6MA 3UQGA 3A4OX 4CZUA 3LE6A 2BHHA 4ZEGA 5CSXA 3AC1A 2ACXA 2ITVA 2V0DA 4UWBA 4XP0A 3ZXTA 3DKFA 4C4IA 4GRBA 5ANKA 2XJ1A 3LCKA 3PY0A 1XO2B 3KXXA 4D1SA 5CQWA 5JGDA 3KRLA 3PJ3A 1J1BA 2YABA 3OG7A 3R02A 1U4DA 4HPTE 3WE4A 2XNBA 4EK3A 4JVGA 3ELJA 4HCTA 4DINA 4U7ZA 4BDDA 3FMKA 4I1ZA 2VO7A 2VTPA 3KF4A 2BPMA 5BVDA 3PWYA 3PP0A 3QALE 4FTJA 3IW6A 4GYIA 1KWPA 4O0UA 1ZYDA 3RHXA 2B0QA 3R73A 4AUAA 1VYZA 3WBLA 2ZV2A 3CSVA 1U54B 4WO5A 1ZYJA 3EIDA 4OT5A 3ZRKA 4EBVA 2E9PA 3C4WA 3KRXA 5FXRA 1AD5A 3ACJA 2ITZA 4XCUA 3QC4A 1FVVA 2YCQA 2P4IA 4OBOA 3RINA 3NRMA 3LFAA 2VNWA 4WBBB 3VS6A 2OJ9A 3DDQA 4FV1A 1J1CA 5H8BA 2BZHB 5D12A 1M2PA 4GT5A 4YSMA 2PE1A 3TACA 4X2GA 1H27A 3KXZA 2A2AA 2PMNX 4FNZA 4XLIA 3SDJA 5HX8A 1HCKA 3MN3A 5IH5A 3PA4A 2R3PA 4M15A 4RG0A 4FX3A 4O7RA 3G33A 1OUYA 3QTRA 3SV0A 4F6UA 5I9WA 3K5UA 3P86A 5AP2A 2XYNA 5KZ0A 5DRBA 2C6KA 5KMJA 4D5HA 5CF6A 5C27A 3ATTA 3GOPA 5AUYA 2Z7SA 2OZOA 3O50A 2A4LA 2J90A 4A9YA 5I9XA 4WT6A 5M57A 2OXXA 4WHZA 5FXQA 3MFUA 3GC8A 3HX4A 4RC4A 1F5QA 2WMWA 3QXOA 4HGTA 2WQMA 5DFPA 3KK9A 3KULB 2OIQA 4ENYA 2B54A 4TNDA 4FIJA 2PMOX 4M84A 1OPJA 4QMLA 2XKDA 3LFCA 5E9EA 2QHNA 3ZZEA 4YZDA 4LM5A 2UVZA 3FKOA 1YKRA 2I0EA 4BN1A 4DLIA 4RSSA 4ALVA 3C4ZA 3QYWA 4CMTA 2HAKA 3MESA 3D7TA 1H1PA 1H07A 3Q6UA 4NU1A 2R0IA 4D0WA 4PP9A 1BLXA 4OTIA 3RMFA 1BYGA 5E8ZA 5ANEA 3QX2A 3ZM9A 4BDHA 5IA3A 2NP8A 3NNVA 4DEBA 3PLAE 5EDRA 3IKAA 1OL7A 2IZSA 4MXYA 4CD0A 2J0LA 3QA8A 2BIYA 4I5MA 4O21A 5FDXA 4JOAA 1W8CA 4TYIA 3WZDA 3QYZA 3L9PA 3LFDA 4O86A 5HBHA 4HYHA 3AD6A 3ZU7A 4AW5A 3PVUA 4GFGA 1OIRA 3P23A 4I23A 4RX8A 4YC8A 2Y4IC 4JI9A 5L8LA 1VR2A 5BVKA 4QMTA 3MB6A 3ZTXA 4ZOGA 4EOIA 4EQUA 3IDPA 3L9MA 4XJ0A 3UVPA 3GC7A 3EJ1A 5HIDA 1Q8UA 2JD5A 2ERZE 4ASEA 1OVEA 2VNYA 4JG6A 5AIKA 3W2PA 4GSBA 1WVYA 4XP3A 4D2SA 4GK3A 3KL8A 3CBLA 3UG1A 4DGOA 3OVVA 5A4EA 2Z60A 1T45A 2XF0A 3NYNA 4FKJA 3QC9A 4H3QA 4IX3A 4JNWA 4NK9A 4XP2A 4KIPA 2YM6A 4UALA 3QTWA 3EHAA 5FLFA 2WAJA 5J8IA 3OP5A 4IVAA 4DEHA 2XBAA 4YNEA 4K2RA 1KSWA 4XRJA 1MRVA 3QQUA 2QO9A 4JS8A 2R2PA 3E87A 1TQIA 4KS7A 5HE0A 2PY3A 4B99A 5AV1A 4OBQA 4O6EA 4YO4A 4NKAA 3PZHA 4XLVA 3HYHA 2QURA 4CFMA 4TYHB 4K1BA 3PJ2A 3R1SA 3VUGA 5BVWA 1YXXA 3HEGA 3K3JA 1H26A 4C62A 2VO0A 4C2VA 2W96B 2J0JA 3A62A 3OROA 4YZBA 2R0UA 3DXQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3KXG A;  2X2L A;  3FBV A;  3DZQ A;  4FI1 A;  4RWJ A;  5E8Y A;  5HNI X;  3UGC A;  3E8N A;  4U80 A;  3UO4 A;  4BCP A;  4BDB A;  5DEY A;  2XEZ A;  3QHW A;  3MTL A;  2W5H A;  4M97 A;  4NJ3 A;  4O91 A;  4BRX A;  2X6E A;  5JFV A;  3ETA A;  3OCS A;  5L2S A;  1XBA A;  4MX9 A;  2J6M A;  3UQG A;  3A4O X;  4CZU A;  3LE6 A;  2BHH A;  4ZEG A;  5CSX A;  3AC1 A;  2ACX A;  2ITV A;  2V0D A;  4UWB A;  4XP0 A;  3ZXT A;  3DKF A;  4C4I A;  4GRB A;  5ANK A;  2XJ1 A;  3LCK A;  3PY0 A;  1XO2 B;  3KXX A;  4D1S A;  5CQW A;  5JGD A;  3KRL A;  3PJ3 A;  1J1B A;  2YAB A;  3OG7 A;  3R02 A;  1U4D A;  4HPT E;  3WE4 A;  2XNB A;  4EK3 A;  4JVG A;  3ELJ A;  4HCT A;  4DIN A;  4U7Z A;  4BDD A;  3FMK A;  4I1Z A;  2VO7 A;  2VTP A;  3KF4 A;  2BPM A;  5BVD A;  3PWY A;  3PP0 A;  3QAL E;  4FTJ A;  3IW6 A;  4GYI A;  1KWP A;  4O0U A;  1ZYD A;  3RHX A;  2B0Q A;  3R73 A;  4AUA A;  1VYZ A;  3WBL A;  2ZV2 A;  3CSV A;  1U54 B;  4WO5 A;  1ZYJ A;  3EID A;  4OT5 A;  3ZRK A;  4EBV A;  2E9P A;  3C4W A;  3KRX A;  5FXR A;  1AD5 A;  3ACJ A;  2ITZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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