3DXQA

Crystal structure of choline/ethanolamine kinase family protein (np_106042.1) from mesorhizobium loti at 2.55 a resolution
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
300
structure length
294
Chain Sequence
MMTDEARAKLAAIPMLAGYTGPLERLGGLTNLVFRAGDLCLRIPGKYINRANEAVAAREAAKAGVSPEVLHVDPATGVMVTRYIAGAQTMSPEKFKTRPGSPARAGEAFRKLHGSGAVFPFRFELFAMIDDYLKVLSNVTLPAGYHDVVREAGGVRSALAAHPLPLAACHCDPLCENFLDTGERMWIVDWEYSGMNDPLWDLGDLSVEGKFNANQDEELMRAYFGGEARPAERGRVVIYKAMCDLLWTLWGLIQLANDNPVDDFRAYADGRFARCKALMETPEFSRHLAAVRMG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of choline/ethanolamine kinase family protein (NP_106042.1) from MESORHIZOBIUM LOTI at 2.55 A resolution
rcsb
molecule keywords choline/ethanolamine kinase family protein
molecule tags Transferase
source organism Mesorhizobium loti
total genus 87
structure length 294
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01633 Choline_kinase Choline/ethanolamine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3dxqA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 3dxqA02
2JFMA 1AD5A 1V0OA 2QOLA 3HMOA 3KA0A 3EMGA 4IX4A 5HTBA 3T9IA 3A99A 3R8UA 2WMTA 4CQEA 5ANDA 3GXLA 5JK3A 2W5AA 3PXKA 1OUKA 4OTGA 5EM8A 3KF4A 3R8VA 3ZO3A 2W1EA 3R30A 4WNPA 3QX4A 4DFXE 4GMYA 2XJ0A 3Q6UA 2QLQA 4BBEA 4DITA 4E5WA 3QTRA 5HX6A 2H6DA 3BRBA 2HXLA 5L3AA 2YEXA 3UIBA 2FO0A 3IG7A 4UV0A 3G0FA 3H30A 3NNVA 3WI6A 2O8YA 2UW0A 3FPQA 4FSZA 3PP1A 3MPTA 5ANJA 2PVFA 2R3LA 3WF7A 2PYWA 4DINA 4QMOA 4CZUA 4YGAA 2X6DA 1Y8GA 3LJ2A 3O71A 4ANLA 4U5JA 3OBGA 2H8HA 2BTRA 4I4EA 4TZRA 4F65A 4QQCA 4OBQA 4XP2A 1OL5A 4ZSEA 5FP5A 4N57A 1SZMA 2F2UA 3EN5A 5EQEA 1TQMA 3HNGA 3ACJA 4LG4A 4ANBA 2OU7A 4NL0A 3U4WA 5A6OA 2WNTA 3R8ZA 4QMVA 4D9TA 3LFEA 4BTMA 1OZ1A 3PY3A 4FKQA 4J52A 4PMTA 2X39A 3TNIA 3UZRA 5AV4A 1JSUA 1WBVA 4ZEGA 3VW6A 2HW7A 1OBDA 2FUMA 3RCDA 3KKVA 4O38A 2GFCA 1JQHA 4L3LA 4XG7A 2ITQA 2P3GX 5HX8A 3VW8A 4BKJA 4U97A 3VRYA 2R3PA 2YFXA 3F3ZA 3DK6A 4OTIA 4BB4A 2BILB 5E8WA 2X81A 5D41A 3C4CA 4DEDA 5KX8A 3Q4ZA 3DXQA 3DAKA 2FSTX 3PPKA 4K11A 3R7EA 3CSVA 4QNAA 5E8SA 4ARKA 2QONA 2QLUA 3A7IA 5DGZA 2GHGA 4EOIA 2HIWA 5A4LA 3ELJA 4LOOA 4QPSA 4YHJA 3TV6A 4BHNA 2XK8A 2R3HA 4N0SA 4I6FA 3LCOA 3RAIA 2XJ2A 4WNMA 3OTUA 5HZNA 4RBLA 2XNPA 3HMPA 2BUJA 2VO3A 3D0EA 5IQAA 4V04A 1R1WA 2OI4X 3A4OX 4FUYA 3W55A 3ZYAA 4EKKA 5M08A 2QD9A 4FV8A 2PUIA 4M8TA 4WKQA 4CLIA 5A9UA 2VWYA 5IPJA 5JN2A 5EFQA 2WXVA 3PA5A 2QR8A 3GQIA 5AUVA 3AD5A 4KSPA 4NZWB 3TM0A 4EH4A 4G16A 4L00A 2FSLX 4S32A 3H9FA 3S00A 2X4FA 5CYIA 5A4QA 1ZY5A 1ZAOA 3NYOA 2VO6A 4PDOA 1NA7A 1PXNA 1FOTA 3KU2A 3QTWA 3V6SA 4AACA 5IMEA 3KXMA 4KRDA 5HKMA 2BPMA 3CKWA 4U79A 2X0GA 1G3NA 5CEIA 4L45A 3FQSA 3R83A 2YJRA 4JR7A 4C0TA 4FEQA 4RWJA 4FV9A 3PG3A 2ONLA 1FVRA 2UZOA 2XNBA 3AGMA 3CY2A 4V0GA 3PA4A 3QALE 1PMNA 5DHJA 3GCSA 4MKCA 4C3FA 2PUUA 2R0UA 4GS6A 3CP9A 2AC5A 1SNUA 3GU7A 3W32A 4P2KA 3QTXA 4O7NA 5CZHA 4AA4A 3BIZA 4IVBA 4CT1A 4PNKA 5CANA 4EHZA 2WEVA 4LV5A 3JR1A 4TKSA 3Q9XA 3ZUVA 4F1MA 4HYHA 1Q62A 4S33A 3PIXA 5EOBA 3V5QA 3R7IA 1F3MC 2VD5A 4RJ4A 5IDNA 4D4RA 2PE2A 4H58A 3P86A 4AQCA 4Z3VA 1W8CA 2KTYA 3G6HA 4ZLOA 3IGGA 1CTPE 2VTAA 3S4QA 2JC6A 4FTIA 1NVQA 3Q4UA 2HAKA 1O6KA 3BU6A 4DYMA 4N6ZA 3O17A 4YJTA 4IJPA 3OW3A 3L8VA 4FV4A 3FAAA 3UG2A 1YI6A 1MP8A 2W1CA 4W8DA 3E64A 3W10A 2O63A 3HA8A 4PMMA 4DH1A 3PUPA 3MBLA 4EQCA 2VWUA 3DKFA 4DHFA 5BNJA 2GHMA 3D7TA 4KBKA 3FLQA 1IR3A 3B8RA 2ITPA 4IVCA 2Y4IC 1Q5KA 3MH2A 3C9WA 3R1QA 2W1FA 3LFNA 4JQ7A 5BVEA 4O82A 4EOPA 3DV3A 4EUUA 3ID6C 3RM6A 4BZNA 5DT4A 4ALWA 2IW8A 3CD3A 2ESMA 5IG1A 4PTGA 4FODA 5AP3A 1JOWB 1URCA 5AUTA 3NUXA 4IFCA 3AG9A 1B6CB 4I5CA 1ZZ2A 4O7LA 4O27B 4YZNA 3UGCA 2WTWA 4ZAUA 1PF8A 5DI1A 4UXQA 3H9OA 4L44A 5CTPA 5F94A 3U9CA 3QGYA 4RRVA 3T3VA 3O0GA 5ETFA 3MVMA 5HESA 1OKWA 2G2HA 2ZM1A 4F1OA 5KBRA 1APME 1W0XC 2YCFA 4RA4A 4EH3A 5M4UA 1GZNA 4H3QA 2ZM3A 5L2WA 3D5WA 2XRUA 1I44A 2R3NA 4FSUA 5DLSA 4JXFA 1JBPE 1JNKA 5HE0A 4XOZA 4BN1A 2FYSA 4X21A 3MS9A 3LQ8A 1QPDA 4JDJA 5DEWA 1YHVA 3OMVA 3OCBA 1UKIA 4XG8A 3H0ZA 4GYIA 1GY3A 2QOHA 5EM5A 4K6ZA 5EOLA 3RWQA 4BZOA 5EW8A 2YIXA 5CEKA 4DCEA 3OD6X 4QP2A 4X3FB 3SV0A 2IO6A 4L3JA 4MXAA 4RQVA 4DG0E 1BUHA 1H1PA 3TT0A 4FIEA 2C1AA 2OZOA 4D4VA 1JKSA 1KOAA 2PZIA 5D7VA 3RKBA 3KB7A 2BRMA 4GG7A 4DLJA 5CZIA 3FLZA 4I23A 4FNZA 4B0GA 2OO8X 4C7TA 5LCKA 2OJFE 2BAQA 4AFEA 2EWAA 4D1ZA 4QMNA 3F5GA 3LLTA 5FTGA 3BYUA 2ITWA 4D2SA 1FPUA 3R7UA 3FLSA 2J51A 4QT1A 4C4IA 4EOQA 2X7FA 5CEOA 4W4XA 3SD0A 5EH0A 4C02A 3C5IA 2OJGA 5ANEA 2XKFA 3LM0A 4BTFA 1YI3A 4O0SA 3TTJA 5CAPA 2WQOA 1W98A 4PDPA 4C4JA 2VTNA 4TWCA 4TYHA 2W0JA 5KMNA 1QPEA 3FZOA 4O0YA 2WQBA 4FTLA 5DR6A 3E63A 3SRVA 1BMKA 3DAJA 2E9VA 3LFDA 2C68A 3D5XA 2GNLA 3KXZA 4FV3A 5CEPA 4FT3A 5CWZA 2NO3A 4FIFA 4MWIA 3NYXA 4EL9A 3Q5IA 5EK7A 5AA8A 4NUSA 3VUHA 3KRLA 2VTLA 4CKRA 5HO7A 4GUEA 4MQ2A 3OW4A 5DNRA 3SHEA 4PMSA 4RMZA 3V5LA 2W17A 4RX9A 2F9GA 1RW8A 2OWBA 3M1SA 2WU6A 3ZC5A 4TWOA 2CKPA 3OWJA 1ZZLA 3M42A 1OGUA 4QO9A 2PU8A 4QMUA 4FKJA 3TJDA 3CBLA 2VNYA 3D94A 3ZH8A 4MBIA 4XHKB 3ROCA 5ANOA 1YXXA 3C4EA 3I6UA 5JMSA 4YTHA 1DAYA 4HZSA 1G5SA 2QOQA 4RQKA 4BICA 2W5BA 3VF9A 4EJ7A 3WIGA 2C0TA 2GU8A 4RSSA 5FM3A 2BZJA 1ZYSA 4M0YA 3COIA 4W4VA 4ACDA 3GC0A 3JS2A 5JGAA 3WE8A 4YHFA 4BDHA 5AUUA 4UX9A 2WD1A 2OXYA 3V8WA 2JDOA 2XKDA 2X7OA 2QOCA 2YIRA 4B7TA 4IE9A 1Y6AA 4HZRA 2XVDA 3MYGA 3QQHA 3SLSA 3LMIA 4G6NA 4FVQA 3ORMA 4K2RA 5E8YA 3UOKA 2QC6A 4FTRA 4DH3A 4Z16A 4ZY4A 4E6QA 2CMWA 1H00A 2OIQA 4J8MA 1LPUA 4K9YA 5FEQA 4EHGA 2W9ZB 3ULIA 2LGCA 3QYWA 3Q2MA 4E7WA 2XIXA 3MI9A 5KMLA 1DS5A 3SVVA 3C4FA 1GJOA 4USDA 3RK7A 5E1SA 1QPCA 4RWIA 3GC8A 2OGVA 4M15A 4I4FA 3QTZA 2A19B 3TUBA 3D14A 1CSNA 1GOLA 3DOGA 4FZ6A 2BHHA 3ZO4A 1YRPA 4G6LA 1V0PA 3HX4A 2PZ5A 2UZVA 4EBWA 3FC1X 1JSTA 3QHRA 5K5NA 4ZZOA 1M14A 2VTPA 2W5HA 2ITUA 3CGOA 5HBJA 3GFWA 4GFGA 4ASXA 2PULA 4S34A 3HEGA 3W1FA 3NIZA 3DPKA 3KRJA 4L7FA 3D2KA 3A7FA 4DFZE 2GQGA 4YJVA 4EYMA 4WBBB 5JZJA 4U80A 4XX9A 5BVKA 2UW3A 3HP5A 4EZ5A 2RG5A 3BLHA 2O5KA 3ENMA 1M2RA 5EDRA 4BTKA 3POOA 3UPXA 3GEQA 3OT8A 2CDZA 1YDRE 5DEYA 5AAFA 5CAUA 2YA9A 4UEUA 4RIXB 5CQUA 3UMXA 2QU6A 3E8CA 4ZK5A 3U55A 1GNGA 2X6EA 2XCHA 2I0EA 3N4TA 4F7JA 4XUFA 3I5NA 4EOKA 2UVXA 4KKGA 3HECA 2NNWB 5ANKA 1WZYA 1YHSA 4OBPA 4BVUA 1BL7A 3BE2A 4MX9A 3TZ8A 1Q8YA 3OBJA 5FTOA 2DQ7X 4A9YA 4V05A 4I92A 5EYKA 1IRKA 3QFVA 4BGGA 2ZDUA 3FXWA 2VX0A 4GT4A 3VN9A 5M07A 1WFCA 5E9EA 4BCIA 4C2WA 3LCTA 5JRQA 3W0MA 3W16A 2JFLA 4EQUA 1IA8A 2WMUA 1E1XA 1JVPP 1LP4A 1WMKA 2WTJA 4HNIA 3MIYA 5K3YA 4R7HA 3QQKA 5FEEA 4C2VA 4EHEA 4EH5A 1UNLA 4RGJA 3UVRA 4AWIA 4FKUA 1SMHA 4H36A 4FKLA 3EN9A 4R1YA 4DGOA 5CU0A 3IOKA 3F3UA 3FC2A 3FMDA 4ZY6A 4X0MA 5C03A 4IAFA 3IKAA 1F0QA 3SDJA 4YJPA 3VO3A 3ZFXA 4RVLA 4M7IA 4OBOA 4PL4A 3QZHA 4FIIA 5AP2A 4BCOA 1CDKA 2ZV9A 3GU6A 2B0QA 3CJGA 3W2SA 3C51A 4GRBA 1NY3A 2ZV7A 2F7ZE 3C1XA 3I5ZA 1WBNA 2IN6A 3MH3A 3QRKA 3ORNA 3W18A 4GFMA 1YOLA 2BCJA 4L3PA 4LGGA 1H8FA 2CLXA 2WQNA 5A54A 4J7BA 2PVYA 5AX9A 4YJUA 3VJOA 3FQHA 4NJDA 1E1VA 3CJFA 4J53A 3TN8A 4QP6A 2Z7SA 2VTSA 2Y6OA 4GW8A 2F49A 5J9YA 3QQJA 5DBXA 3AMBA 3DNEA 5CVFA 5HICA 2CKQA 5IUHA 3I6WA 4EH2A 4IB1A 3SOCA 3UZTA 3ZDIA 4QMTA 3UQCA 5HHWA 3C7QA 4R1VA 3EWHA 3UIMA 5M57A 3BPRA 2CN5A 4AN3A 3R8MA 3I7BA 2XK9A 3DKGA 4FTTA 3T3UA 4IM2A 4BR3A 4ZSAA 2BROA 4YJQA 5T6KA 3Q9WA 4ZS4A 5HE1A 4WT6A 3RGFA 5DH3A 4L7SA 3ZLWA 3JY0A 1KE7A 2VTQA 5GJFA 3ZONA 5CVHA 3HRBA 4ZTLA 1MRUA 4R3PA 1EH4A 3KXXA 1YW2A 3CQUA 3EQBA 4I0RA 3PJ1A 5CXZA 4FICA 3R63A 2W06A 4BRXA 3BGPA 4PQNA 4BGQA 3E62A 3BGQA 3U9NA 4F6SA 2IG7A 4DFNA 4J97A 2RFSA 4DFYA 3PXZA 3FZTA 2UZNA 5CU6A 5HLWA 2WMQA 3LE6A 3OOMA 5TKDA 3OTVA 1XJDA 3UIUA 4QMYA 2CKEA 2HW6A 3UNJA 3BBWA 2VTHA 4IC8A 2OXXA 1P2AA 2NP8A 3ERKA 2BIKB 4CLJA 3CTJA 2ERZE 2GNFA 5E90A 4IX6A 4KIPA 1WVXA 1CKPA 4O2PA 4QMWA 3TXOA 2PVHA 1ZMWA 2UZLA 1PXLA 3IQ7A 3NAXA 2OIDA 5IEXA 2XZSA 3BYVA 2XK3A 4DG2E 4YMJA 3MFTA 2C6DA 1FVTA 4YBJA 3NRMA 3NYNA 5IA1A 3DB8A 5K9IA 2CJMA 5A3XA 5CEQA 4XH6A 4YP8A 4CRSA 4NIFB 5AUXA 3RZBA 3ZFYA 4RVTA 3FLYA 4BYIA 4HCTA 5DG5A 3W2RA 2ETMA 5E4HA 3AD4A 1Q3DA 1JKKA 2BHEA 4L8MA 4XV3A 5DPVA 3TIZA 3NR9A 4KD1A 3BQRA 3E87A 2UUEA 3TG1A 4LI5A 3KXGA 3P1AA 4KBCA 3RPOA 3FHIA 3AC4A 3LPBA 5DIAA 4AGUA 2X8IA 4YNEA 1QMZA 3PVWA 4WD5A 3Q4CA 4AW5A 2IJMA 1XHAA 3QTSA 3L8SA 4HJOA 5H8EA 3EFJA 3LVPA 2JD5A 3QF9A 3UOLA 5LXMA 2G15A 2VNWA 2B9FA 4XMOA 3OCTA 4U6RA 5E1EA 3MH1A 4XJ0A 4ZOGA 3VS5A 4KS7A 4AW1A 4G5JA 3R8PA 3OUNB 4F0IA 3QD4A 1ZRZA 2VTMA 2BTSA 4EEVA 4TWPA 3EN4A 5KHXA 3RMFA 4OTFA 3FQEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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