3F2RA

Crystal structure of human choline kinase alpha in complex with hemicholinium-3
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
375
structure length
348
Chain Sequence
EQPEPRTRRRAYLWCKEFLPGAWRGLREDEFHISVIRGGLSNMLFQCSLPDTTATLGDEPRKVLLRLYGAMVLESVMFAILAERSLGPKLYGIFPQGRLEQFIPSRRLDTEELSLPDISAEIAEKMATFHGMKMPFNKEPKWLFGTMEKYLKEVLRIKFTEESRIKKLHKLLSYNLPLELENLRSLLESTPSPVVFCHNDCQEGNILLLEGRENSEKQKLMLIDFEYSSYNYRGFDIGNHFCEWMYDYSYEKYPFFRANIRKYPTKKQQLHFISSYLPAFQDFENLSTEEKSIIKEEMLLEVNRFALASHFLWGLWSIVQAKISSIEFGYMDYAQARFDAYFHQKRKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Crystal structure of human choline kinase alpha in complex with hemicholinium-3
rcsb
molecule keywords Choline kinase alpha
total genus 124
structure length 348
sequence length 375
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.32: Choline kinase.
pdb deposition date 2008-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01633 Choline_kinase Choline/ethanolamine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3f2rA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 3f2rA02
3OXIA 4CT1A 3PVWA 2UZTA 2ZV8A 2W7XA 4H3PA 1OKWA 1JKSA 5CI6A 3TNHA 4FKJA 5HTBA 5HX6A 2HW7A 4XV9A 1J3HA 1QPEA 1MQ4A 3JS2A 4QMLA 3V5QA 1YQJA 3MFRA 2UZLA 5AP5A 2C0TA 3ELJA 3OROA 2VUWA 4QMNA 4A9UA 3TZ9A 2HIWA 4FTOA 4I5CA 1FOTA 1OECA 2PZPA 2QU6A 4X2NA 2CCHA 4Y5QA 1NA7A 2QOIA 2J51A 3FHIA 5AP1A 4TKSA 4MXZA 3VBQA 4YPSA 2QOBA 5F94A 2XRWA 1R39A 4FNWA 3GOKA 4W4WA 4BYJA 5DRDA 3PP0A 1BL6A 4TT7A 4YC8A 4NCTA 4IJPA 3NUXA 1ZYJA 3LCKA 4FKLA 4RX8A 4YZCA 3ZYAA 5IA1A 3EQBA 3I79A 4LRJA 2H6DA 4FICA 1FMKA 3UQGA 4ZMFA 4OTRA 4R3CA 3QCQA 4FSUA 3NEWA 4ERKA 5KZIA 1Q4LA 2HZ0A 2UZVA 5JKGA 5HO8A 2F49A 4IX6A 4FIGA 1PF8A 2HELA 4LOPA 4AA4A 4E93A 1ZRZA 3EH9A 4K6ZA 5K9IA 4HPUE 1YHWA 1H1PA 3ZLSA 4ANQA 3GOPA 2BFYA 4D5HA 3TKIA 3QZIA 4XOYA 3U55A 1JSUA 1CMKE 2W05A 4C36A 5DPVA 1XH7A 1KE7A 5E8TA 2B52A 4QQCA 3BGZA 3Q9WA 4HVSA 1U54B 3H0ZA 4J71A 5ETAA 2UZDA 3B2WA 3EN9A 5IMXA 1S9IA 1SVGA 4XP2A 1H07A 1ZAOA 4GFMA 2WOTA 3CD8A 3POZA 3GUBA 4FTQA 3K5UA 3R8PA 5IISA 4R7BA 3U6IA 4TTHB 3V8TA 3OW4A 4ZK5A 4OBPA 3SHEA 5IEVA 4YJPA 4ITJA 1V1KA 4IQ6A 1H27A 3F6XA 4RJ7A 4E6AA 1R0EA 3KVWA 3ZFMA 4NUSA 5A14A 3KB7A 4ITIA 5GJGA 4FKQA 2XYUA 4K9YA 3VJOA 3ZMMA 2JFLA 1YI4A 3FI3A 4KSQA 3A7JA 4BDIA 4WZYA 2ZV9A 3DGKA 2YDJA 5I9UA 4GYGA 3QTXA 4JQ7A 1XBCA 2NPQA 2Q0NA 3OS3A 4NT4A 4CZTA 4DFLA 4LUEA 3P9JA 4B99A 4KAOA 1M7QA 4I0SA 4C4GA 2I7QA 2X8IA 4HCVA 1VYZA 4MNEA 4BIBA 5M55A 2VTIA 4TNDA 2RFSA 3DNDA 2YAKA 5HG7A 4JRNA 2J0KA 3DAKA 5EW8A 3OBGA 5JZNA 4C4EA 2Y6MA 4ZZNA 2UZBA 3K3IA 5BX0A 3CJGA 2XKFA 4YZ9A 4CG8A 3OOMA 1UU7A 4XG3A 1OIRA 1IEPA 5ICPA 4AF3A 2E9VA 2OK1A 3BWFA 4DFUA 3F3WA 2CHLA 2ETKA 2UZWE 3EL8A 1JAMA 4I1ZA 3U4WA 4F1MA 3LLTA 4K18A 4MD8E 1PXKA 4B4LA 2V7OA 5BYZA 3AD4A 4AUAA 5HCZA 3ZO2A 5AEPA 4RPVA 3OT8A 2QONA 4QYHA 2QOLA 3BHHA 1MRUA 3R1YA 2QURA 3H9FA 5IA5A 5CF8A 4BCIA 3FJQE 1L3RE 2YZAA 2WTWA 5EYMA 4IJ9A 3PWDA 3UE4A 3SAYA 2QLUA 3ALOA 3FKNA 3P23A 4X2JA 3MA3A 4OTGA 4XX9A 2I0EA 2YIRA 1YHVA 3CJFA 4FBXA 3ROCA 1ZOEA 5HGIA 3H9OA 4YO6A 2HAKA 3PWYA 1PY5A 4R1VA 3RKBA 3TTIA 4L3PA 1U5RA 2BTSA 4ASEA 1GIIA 1QPDA 3UIMA 3ZXZA 3WF6A 4QP8A 5KO1A 5LJJA 4LOOA 3QUDA 1GNGA 4USEA 4WIHA 2QOKA 4JRVA 3R0TA 4HNFA 4RX7A 1VEBA 5M4UA 3Q4UA 5IQIA 1JQHA 1YXSA 1E1VA 5EW9A 4NK9A 5HNBA 3QU0A 4BTJA 3LKMA 4F4PA 5CSHA 2QODA 5BVFA 4DHFA 2OW3A 4XCUA 5AV1A 3VWAA 4EH8A 3ZOSA 4JDJA 3F5PA 4R77A 2Y4PA 5AAFA 4G6OA 3HMIA 3D5XA 4M12A 3PPZA 4RT7A 4CEGA 3HV5A 2Y9QA 1SVEA 2EXMA 3NS9A 3RWQA 3BV2A 5KUPA 2QOCA 4FSYA 5BVWA 4EUTA 4ZZOA 1TQIA 4IM0A 3TJDA 3H3CA 4FV8A 5CZIA 3EJ1A 4ITHA 4NM0A 4OUCA 5EYDA 3W0SA 3EQRA 3LMGA 1KUTA 4OTQA 3RM7A 3S1HA 4KKEA 2QOQA 4YTCA 4IM3A 4FIFA 3QF9A 4FV2A 4UWYA 3SXRA 3BYMA 5J87A 4BDDA 4FKGA 4MHAA 3I0QA 4HGEA 3TT0A 4ASDA 2PHKA 4H39A 3UZTA 3GU6A 3ZM4A 4TYEA 4DG3E 4WNKA 3VQUA 3FZSA 5CU0A 4AACA 2VNYA 3OWKA 3W32A 3QKLA 5HBHA 5T68A 3OWPA 2WMXA 4FNYA 5IA3A 1M2RA 2ERZE 4KD1A 3ZLWA 2YFXA 1Q3DA 2OZOA 5HG5A 1OUYA 3V5TA 2BAKA 3QX4A 1OZ1A 3ZCLA 5BVKA 4FT0A 5BVNA 4TYIA 2Y7JA 4HYSA 5HG8A 2PPQA 2RFDA 4NTSA 2ZOQA 3NVMB 4QTEA 4IE9A 4RWKA 5I9YA 4XMOA 3D5UA 4WBOA 4JAIA 4NZWB 5AM6A 2RFEA 3FBVA 2YCRA 3LFBA 2FSLX 3NPCA 4XRJA 5ANJA 4BRXA 5M08A 1CDKA 2Y4IB 3IGOA 4O7ZA 4RVMA 5H8EA 4KBAA 4JG8A 2BFXA 2BPMA 4O0TA 3C4CA 3DQXA 5B2MA 3O96A 5DT4A 3BHTA 4GKIA 1F5QA 1IA9A 4IZ5A 2WIHA 3Q52A 5EHYA 2AC5A 5HG9A 5C4KA 4O2ZA 4O84A 3JUHA 2YWVA 3DXPA 5H2UA 2WTIA 3O7LD 3GGFA 3LM5A 2DS1A 2IW6A 3QCYA 5EM8A 4M84A 5K3YA 5KKRB 4AZEA 5BVDA 2XF0A 4O82A 3TN8A 2REIA 3QRTA 4UYAA 3UBDA 4KB8A 4DC2A 2OGVA 3I6WA 4FYOA 4GS6A 5AP0A 3HL7A 4E4NA 4U9AA 4ZSEA 4R5SA 4RVTA 4BC6A 1ZYSA 4DAWA 2PMIA 3VS2A 2W1HA 3QXOA 2BIYA 3R8UA 2OJIA 4D4VA 4NWMA 5H8GA 3MPTA 2PMLX 3RI1A 5IA4A 2BZIB 1YHSA 1ZXEA 4XG8A 4CD0A 5HD7A 4CRSA 2GFCA 3NX8A 3U9NA 1HOWA 1Q62A 2WXVA 4MQ2A 3TKHA 3OWLA 4EHGA 3A7IA 4X3FA 4ZXTA 4JIAA 4WUAA 4FNXA 5IQFA 3QXPA 3UNZA 3UGCA 3JPVA 3AOXA 3V5LA 3VF8A 3OEZA 2WPAA 3T9IA 3G0FA 5AV2A 4FR4A 4GG7A 1MP8A 5CF6A 5IQEA 2O3PA 5KHWA 2I0HA 4BTKA 2I0VA 4UX9A 4LRKA 4RC4A 3M42A 5JRSA 4HGLA 5CALA 3CY2A 4UY9A 5M51A 4QMYA 4RG0A 4FEXA 4O0RA 2C3LA 2JDTA 3KN6A 3LCSA 4JQ8A 4AW2A 3VNTA 2V7AA 2WHBA 3G15A 4OTIA 3PIZA 4BCOA 5AUWA 2ZYBA 4FKIA 3ZLXA 2UUEA 4YC3A 2QG7A 3BYSA 3EQIA 1Q99A 2X4ZA 3IGGA 5FEEA 1JLUE 5C9CA 1YDTE 3AC5A 2PYWA 4DGOA 3HV3A 4G17A 4E1ZA 2XNNA 3G90X 4B8LA 2WD1A 2Z2WA 2XNBA 3R9NA 5FXRA 2WQEA 3ZC5A 3DKGA 4EOJA 3ZSGA 4J96A 4AU8A 3PIXA 4IAZA 4L67A 3FYJX 3HNGA 1LP4A 1CKIA 1LR4A 4FV0A 4ANSA 4G5JA 4L43A 4YTFA 4F64A 5LOHA 1DAYA 2C68A 3KFAA 4AQCA 3QQHA 2WQMA 5JZJA 4IZYA 4S34A 3PZHA 4XRLA 5AUZA 3AGLA 2UV2A 3KGAA 4M68A 2BKKA 4EH6A 4EOIA 3KA0A 4AGWA 1WFCA 4IM2A 5H9BA 5HE3A 4EONA 5HLWA 4DFXE 5L6PA 3F5GA 3D7ZA 5BNJA 4IC7A 1GIJA 3P5KA 2ZMCA 3VBYA 4CCBA 4CTCA 2PVNA 4QYFA 3GP0A 1DI9A 2PVHA 3GU8A 4BZOA 3MTLA 4QPAA 2FB8A 2EB3A 2VU3A 1V0BA 2QOHA 4X2GA 2O65A 2FUMA 3H4JA 3LVPA 4OTWA 3DLSA 4BR3A 4EUUA 4Z55A 5C8KA 2OWBA 2W1EA 4NM5A 4NKSA 4EBWA 3FLNC 5IQCA 4AW5A 4XHKB 1ZMWA 3EKKA 5HZNA 3U8WA 5DEYA 1WBTA 3EZVA 3MVHA 3PXRA 4BKJA 4DE4A 4DFNA 2JKMA 4WSYA 5KMNA 4I4FA 4R3RA 4RZVA 3EYHA 1KE5A 5KBRA 1H4LA 3ZFYA 2JIVA 3LJ0A 3ZUTA 2IZSA 3FZPA 3DV3A 2UW6A 3C1XA 3EFJA 2JAMA 3R01A 4ZAUA 4ZTMA 3DA6A 2VWUA 4OTDA 4F1TA 3IOKA 4NYEA 5EH0A 2QKRA 5C8NA 4AZWA 4GT5A 2ITQA 3UP2A 1KE9A 2QVSE 4KINA 4D4SA 4D0WA 4ENYA 3DQWA 3F5UA 4Z16A 4LGGA 5BMSA 2HK5A 4PDOA 3TKUA 4O21A 3V5WA 4UB7A 2YJSA 4K1BA 2B9IA 3TZMA 4N6ZA 5CU4A 1P4FA 2R4BA 3IQ7A 2JKQA 3PSBA 2OIBA 3OY1A 4QMSA 5DLSA 5JT2A 3ZONA 4TWOA 3VUIA 4TYHB 2OI4X 3U9CA 2WMBA 4I6HA 3E7VA 4F7NA 3QWJA 3G9NA 5HLNA 4F6SA 1H1QA 2OFVA 4IWQA 5C03A 1K2PA 4BDKA 2DQ7X 5DEWA 2HOGA 4HJOA 4PTCA 4R78A 4EHEA 1KE6A 3DFAA 5AM7A 4BDBA 5L2SA 3W2PA 2RKUA 4PNKA 4Z3VA 4IAKA 4K77A 3CGFA 1O6YA 5BUEA 5J9YA 3V6SA 4CFVA 3D2IA 3EZRA 5LCKA 2X2MA 2X0GA 5C01A 3C5UA 4IAFA 3SOAA 1Y8GA 3EQCA 3SDJA 3GCPA 5LXMA 4L44A 4E6CA 1GOLA 1YW2A 3GQIA 2CGWA 3UPZA 3DS6A 4IWPA 4JDIA 3FLWA 2XCHA 3V5PA 3IS5A 4F63A 5LVLA 2OXXA 3VRYA 3MIYA 4IB3A 3FMKA 3H30A 1G8AA 4W4XA 3QBNA 5LMKC 4XV2A 3FLSA 4JR3A 4UALA 4DFBA 4CTBA 3B8RA 3R8MA 3O50A 4W8DA 4JI9A 2B0QA 4AWIA 3QX2A 4AA5A 4FKUA 2X7OA 3LQ8A 4CQEA 1YOMA 3Q4TA 3F88A 3CKWA 4DF3A 2YA9A 4I5MA 3I6UA 4Y46A 1IA8A 1DI8A 3AT2A 3R2YA 3EKNA 2H9VA 3BHUA 3L8VA 3ZBXA 3R9DA 2WOUA 3E3PA 5L8KA 5AA8A 3FE3A 4I5HA 2R0UA 3QL8A 3OCTA 2G2HA 3V3VA 4MYGA 2XKEA 3M1SA 3ORPA 4KIPA 4YPDA 5ACBC 3VW8A 4BDJA 5CVHA 3OBJA 4E6DA 4JT3A 5FLFA 3V8SA 4AOJA 4QNAA 5CZHA 4BBEA 4EK6A 3FQEA 3MIAA 4EZ3A 3GBZA 4XG7A 4I0TA 3C4XA 5GJFA 3VHEA 4WG4A 1GZNA 5I9ZA 2GTMA 3LXKA 2VTPA 2QD9A 5C27A 3O17A 3AXWA 2VTRA 3TDVA 3SV0A 4DN5A 3I5NA 3MW1A 3UO4A 2VWYA 3L8XA 3BE9A 4FG8A 2VTSA 3QRKA 5EKOA 2C6DA 2XRUA 3FDNA 3BYUA 3FHRA 3EQGA 2XJ2A 4Y95A 3WZEA 5A54A 2YEXA 2ZJWA 3IONA 3GC7A 3AC1A 3LMHA 4EH5A 3KULA 5AJQA 1W83A 5EM7A 2VD5A 5FTOA 4FC0A 3TNWA 2I1MA 4QMQA 4FG7A 4DEBA 4XBRA 3OY3A 2C4GA 4YBKA 4ZSLA 4YP8A 1UNHA 2CGUA 3UTOA 4USDA 5T6KA 1IAJA 2XIZA 1PW2A 2VO6A 3ALNA 3WF9A 3NUSA 5IQGA 2BCJA 2J0IA 2UW3A 2F9GA 4RWIA 3ZLYA 4ONAA 5HCXA 3BCEA 3VHKA 4F7JA 2DWBA 3VS1A 4EQMA 1J7UA 2Z7RA 4UYNA 1V0PA 2ITZA 3P4KA 3VS5A 4IAYA 1XWSA 3ZHPC 4E8AA 2CKPA 2ITPA 2P0CA 2BAJA 2CDZA 3TZ8A 3FI4A 4GW8A 3UVPA 4AGDA 4Q9ZA 4J98A 1G5SA 3HP5A 2V5QA 5FEQA 3TNPC 3WIGA 3E8CA 2W1ZA 4A4XA 3ZEPA 3HMMA 4IVBA 3JVRA 4RIWA 4U94A 5JH6A 3F2RA 4M97A 4GK2A 1OL1A 2ITOA 3CC6A 3DXNA 2XNPA 4FTTA 4BCQA 2OIDA 4L7FA 1ZWSA 1ZOGA 2ZMDA 3MH0A 4L52A 4MAOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4DEI A;  3NCZ A;  4YC6 A;  5EM5 A;  3LCT A;  3U4U A;  4PDP A;  2WFY A;  3KK8 A;  5HBJ A;  4FZ7 A;  5DOS A;  4ZJJ A;  2GSF A;  4RFY A;  1VYW A;  3ZO4 A;  5BUJ A;  1Q41 A;  2HWO A;  3ID6 C;  4GJ3 A;  2WZJ A;  2W0J A;  4TW9 A;  3UZP A;  3RJC A;  4XEY A;  4D58 A;  4G3E A;  4KBK A;  1X8B A;  4DEH A;  2XZS A;  2FYS A;  5EKN A;  4FEU A;  3PLS A;  4ZLY A;  3RMF A;  1A9U A;  4DG0 E;  4G16 A;  4Z7H A;  4YTH A;  3LXL A;  4ERW A;  2PUI A;  1YWN A;  4U79 A;  3VON A;  3EN6 A;  1REK A;  3LJ2 A;  3MBL A;  3OXZ A;  5L2I A;  3HAM A;  1E9H A;  2QR7 A;  3PXZ A;  4O91 A;  3OWJ A;  4FV9 A;  3UIU A;  4RIY B;  4YJV A;  1XH8 A;  3F69 A;  4FKV A;  2HZI A;  4O7T A;  4BCP A;  1FVV A;  4I41 A;  4GCJ A;  4RJ5 A;  1O9U A;  2Y0A A;  3MB6 A;  3OTU A;  2WMV A;  4MWH A;  3EQP A;  5KBQ A;  2W99 B;  4NL0 A;  2ITW A;  5FM2 A;  1Y91 A;  3W2R A;  4BDH A;  3FEG A;  2CN8 A;  3QLG A;  1XBA A;  2RG5 A;  5A6N A;  1YXX A;  2X2K A;  2R9S A;  4MQ1 A;  2YZL A;  4QMP A;  2WIP A;  3I5Z A;  5LVN A;  3QD4 A;  3WE8 A;  2C5V A;  3LCD A;  1YWV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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