3G15A

Crystal structure of human choline kinase alpha in complex with hemicholinium-3 and adp
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
377
structure length
354
Chain Sequence
EQPEPRTRRRAYLWCKEFLPGAWRGLREDEFHISVIRGGLSNMLFQCSLPDTTATLGDEPRKVLLRLYGAAEAMVLESVMFAILAERSLGPKLYGIFPQGRLEQFIPSRRLDTEELSLPDISAEIAEKMATFHGMKMPFNKEPKWLFGTMEKYLKEVLRIKFTEESRIKKLHKLLSYNLPLELENLRSLLESTPSPVVFCHNDCQEGNILLLEGRENSEKQKLMLIDFEYSSYNYRGFDIGNHFCEWMYDYSYEKYPFFRANIRKYPTKKQQLHFISSYLPAFQNDFENLSTEEKSIIKEEMLLEVNRFALASHFLWGLWSIVQAKISSIEFGYMDYAQARFDAYFHQKRKLGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of human choline kinase isoforms in complex with hemicholinium-3: single amino acid near the active site influences inhibitor sensitivity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Choline kinase alpha
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 123
structure length 354
sequence length 377
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.32: Choline kinase.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01633 Choline_kinase Choline/ethanolamine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3g15A01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 3g15A02
3OXZA 4CSVA 2Z02A 5BYZA 4FTAA 4FV2A 4RC4A 3S00A 3F3TA 3CQWA 4IDTA 5EHLA 4RQVA 4G6NA 1K3AA 2ZMCA 4XHKB 4CNHA 4DA5A 4BRXA 3EYGA 4IVDA 1ZYCA 3IDBA 3W2PA 1QPJA 4FBXA 4HGSA 3W55A 4KB8A 2CDZA 3PE1A 4YJVA 4JQ7A 2RKUA 3EKKA 3FLWA 5HD7A 2GHGA 3UQFA 4USEA 5HVJA 3VIDA 3AD5A 4MH7A 4DYMA 3BYUA 3KMMA 5EW3A 4E8AA 3L9NA 2YERA 4U42A 4U45A 4ASEA 4M8TA 1F5QA 2GS6A 3PVGA 3SG9A 4IB0A 5GNKA 1URCA 4B0GA 3WIKA 3DAJA 3NNVA 5M08A 4JQEA 4XP3A 4KKEA 4A9YA 3FI4A 3UOLA 4Y5HA 2CLQA 5AP0A 5IMEA 5AP6A 4ZTRA 3QZIA 3QKMA 4MAOA 2ITZA 4JNWA 1KUTA 5AP2A 3MYGA 1WBPA 1R0PA 5DRDA 3W2SA 4RQKA 2DQ7X 1U5QA 2UZWE 4WNOA 5T68A 3EIDA 3B2WA 5DEWA 2J4ZA 3KF7A 3POOA 3G2FA 3Q9YA 4ZOGA 2CSNA 4A9TA 3TUCA 4O6LA 3QL8A 1FVVA 4AUAA 3EB0A 3KY2A 3FXZA 4YU2A 1SNUA 2GDOA 4IAFA 2WEVA 3GFWA 2X8IA 3QLGA 5CAUA 4RA5A 2WAJA 2F7EE 5BVNA 2QOBA 4E5AX 4X3JA 4C3FA 3RINA 2C5YA 1B39A 4FSWA 5HE0A 4M84A 1ZYJA 3FQEA 2BRHA 3KB7A 1W7HA 4OTDA 2VWBA 4JQ8A 4WUAA 5FBOA 4YC3A 1BI8A 3P4KA 2VO6A 4FVPA 4X21A 5AP7A 5I9UA 2AYPA 3BGPA 2WTVA 2C6IA 1URWA 3CPCA 3DKGA 5I9XA 5BUIA 4RRVA 1H00A 5A4CA 3DFCB 3VW6A 4FKPA 4BYIA 2DWBA 3ZYAA 4IWPA 4FKTA 4RLKA 2F7XE 3CY3A 3ROYA 5CS6A 4FTKA 3GB2A 4XYFA 2JGZA 4XOZA 5HCXA 1CKPA 3NYVA 3RPYA 5E1SA 5L2SA 1H28A 4O0VA 3VN9A 3V01A 4BDEA 2QKWB 4DEHA 5AFVA 5JSMA 4TNBA 4Y85A 3KRWA 4IH8A 3DK6A 3NUSA 3GCUA 4EH3A 5BVDA 5C26A 5I9ZA 4IVAA 4YZCA 4FV7A 4EOPA 5FEEA 5IQCA 1W98A 3PWYA 2UW4A 4U6RA 4ALVA 4ARKA 5AA9A 3C4WA 2ITPA 2JKMA 3VNTA 4LRMA 3BPRA 3GC7A 5FLFA 1O9UA 3EQDA 4M68A 4RVMA 3D5WA 1ND4A 4BDAA 4D9UA 3DBQA 3GC0A 2OIBA 2XRWA 3GP0A 3PYYA 2H96A 5EHOA 5AUVA 5BNJA 5IEYA 4ZTMA 3LAUA 5CT0A 4OTQA 5JFSA 1Q8ZA 3DZOA 4J7BA 3T9TA 2CKEA 2IVUA 1NVQA 2JKQA 3R1QA 4BI2A 4HGTA 4IJ9A 4QMQA 3QQFA 2XM8A 4F9WA 4XRJA 1OL5A 3IS5A 3CTHA 4YJOA 2P2HA 2R9SA 3VVHA 1UKIA 3BLQA 5HX8A 5F20A 2PVLA 4QMPA 4QQCA 1M52A 4GK2A 2VX3A 4HVSA 1KE7A 3D14A 4NK9A 4DGOA 5H9BA 3MWUA 1MRVA 4EH5A 5J9ZA 1IRKA 4IEBA 3W18A 2EB3A 2ITXA 3DTWA 5I4NA 4EZ5A 3U4UA 4XUFA 1Q8YA 2VWVA 2W1HA 4ACCA 1JAMA 3UIBA 4HZSA 3ZRLA 3ULIA 4QQ5A 3K2LA 4R5YA 5EM5A 5I0BA 5AUUA 5B2MA 1OIUA 3KULA 4TXCA 1Q8TA 3FI3A 4WRSA 1Y8GA 3FSKA 4O0UA 3OCGA 2V62A 4MD7E 2WMWA 4MXOA 1S9JA 3C4ZA 4GK4A 2RG5A 2YJSA 4QP4A 2BR1A 4O84A 3MGYA 4XG8A 4L53A 2GHLA 4MNFA 3UIMA 1H8FA 2YM5A 3E3BX 4FT7A 3FYKX 3FBVA 4PMSA 4X2NA 3G9NA 5EK7A 2WPAA 4DGGA 3ZOSA 4AT3A 3IONA 4EK8A 4TYHB 1PMNA 3LXKA 4JT3A 5L2WA 1OM1A 3QGYA 2CKQA 3Q4CA 3ZC6A 4AWIA 3KCKA 5CF4A 3MB7A 4D4SA 1WBOA 5CX9A 3BWJA 1E1XA 4KWPA 4O7WA 4JBVA 5C03A 3TZ8A 2XNGA 3AMYA 1UU8A 3VS1A 3ACKA 3OS3A 4IC7A 4J1RA 3FZOA 5FQDC 1QCFA 3PPZA 3V5PA 4DG2E 3WYYA 4CMUA 4E4XA 4EH2A 1OVEA 4OTGA 4PTCA 2GTNA 4RWKA 2C1BA 3R8MA 2JC6A 3ENHA 3TV4A 2IO6A 3PTGA 4O7ZA 2UZLA 4YR8A 1GIJA 5JFXA 4AZVA 2C5VA 3KK8A 2PSQA 5ANJA 1GZ8A 1OB3A 2FSLX 5BVKA 2WOUA 2C6EA 2C5NA 1UU7A 5KZ0A 5CAOA 2RIOA 2O5KA 4HYSA 4BCHA 4QMMA 5HIEA 3F2AA 5IA5A 4L8MA 4Z7HA 2WTKC 3ZUUA 3BYVA 1IEPA 2VUWA 2XIXA 4D1ZA 4JIKA 3V5LA 5IU2A 4KSQA 2W99B 3IECA 2BTRA 4C61A 3DNDA 3HRBA 4KNBA 1JSTA 3D2IA 5FBNC 5LVLA 3ZSIA 2C69A 3M42A 3VHEA 3DLSA 5JQ8A 3QCSA 3AQVA 4EONA 3QKKA 3NCGA 5CAPA 2JEDA 3M1SA 3C0GA 5CU6A 3F9NA 5EYMA 3AC4A 3NWWA 1LEZA 2Y7JA 4FV9A 5G6VA 5EYKA 3VBWA 3DQWA 5A6OA 3LKMA 3R28A 4GT5A 5HG9A 2FUMA 4AN2A 3M11A 1Q5KA 2I0VA 4BZOA 5JFVA 4EOMA 4L68A 3UNZA 4A9UA 3S4QA 3OOGA 3SVVA 2HWOA 2O63A 1O6KA 2JFLA 3ZEPA 5AAFA 4AQCA 4MXXA 4FOCA 2CNQA 3FPMA 3W0RA 4AGDA 4RSSA 4PTEA 1PMUA 3EQFA 1Q4LA 3MIAA 4WHZA 4CFWA 5BUJA 2WZJA 4QMNA 2OG8A 3UQGA 3SRVB 2E2BA 4E4NA 2B9IA 5AWMA 3FJQE 1H1PA 1M14A 3NIEA 3V8SA 4JBQA 2X2LA 4RIXB 3WF6A 2WTWA 4JOAA 2Q0NA 3F5UA 3PJ1A 2OFVA 3OWPA 3OWLA 4ALWA 1E1VA 5AMNA 5CNNA 2B9HA 2J0KA 5BYLA 1M7QA 1J7UA 4AACA 4U81A 3ANQA 3U4WA 3FZPA 4C2WA 5IPJA 2PVJA 2XVDA 5M07A 2A0CX 5M4FA 4D4YA 2BDWA 5AV1A 5M44A 5C27A 4J96A 1UA2A 3EKNA 3DBCA 4OTFA 2OWBA 3FZ1A 4FZ6A 2WMAA 3HV5A 3R7OA 5HVKA 4FV5A 3JY9A 4I6HA 4JI9A 2QOHA 2Y6OA 3NDMA 3IO7A 4R3PA 2HZNA 3EQCA 3ORZA 3PA5A 4FYOA 3PP1A 3O71A 4U98A 1AGWA 2W4JA 4M0YA 4E93A 5CAQA 1STCE 3CY2A 4U3YA 1MQ4A 3R7IA 4XRLA 5GJGA 4N70A 4EOQA 5IA3A 2CN5A 4CMOA 4AX8A 5BX0A 3VUIA 2OH4A 2E9OA 3MSSA 1F3MC 4FICA 2YWVA 3BGQA 3QTWA 1ZY5A 2ZM1A 3OEZA 3RCDA 2CKOA 1VZOA 4XH6A 4DLIA 2GS2A 3HUBA 3P86A 4J98A 2HZ4A 4XG3A 1YVJA 2C3IB 4DH5A 3F3UA 2QOCA 4QYEA 2GFSA 1SNXA 4OBQA 5G1XA 4TY1A 2UZOA 3BE9A 4XOYA 3U9CA 3UOKA 2RL5A 3UO5A 4PV0A 4DITA 2GS7A 2WTJA 4ENYA 5IQBA 2O65A 2UVYA 4ZS0A 3P7BA 1YDSE 3D7TA 3ID6C 1U46A 2OGVA 4C59A 4FODA 1YRPA 2IWIA 4CXAA 2BTSA 1I44A 3P79A 4AZEA 4FNZA 4K6ZA 5ACBC 2BZHB 4GCJA 4BZNA 3ORLA 3VBQA 4JAIA 3EH9A 4D5HA 1OPLA 2JKKA 1YI6A 2V0DA 4S31A 4MBIA 1FVRA 2HWPA 1JQHA 3GCSA 4BYJA 3QRKA 2PWLA 3CC6A 3RP9A 1K9AA 3ALNA 3C5UA 3HA8A 3HEGA 2W1IA 3KVWA 4G3GA 4I6FA 5HNGA 3QQJA 3VULA 2WGJA 3MV5A 2VZ6A 4HGLA 5LVPA 1AD5A 4FSMA 3UO6A 1QL6A 4O86A 5HLNA 1XHAA 1RE8A 3QC4A 3I7CA 3HL7A 1CKJA 2BZKB 3QRUA 3D94A 2VX1A 2JDSA 1A06A 4NFMA 3UVRA 3EFJA 3RNIA 3JVRA 4WUNA 1O6LA 3FXXA 5AIRA 2H9VA 5CY3A 3QU0A 1R78A 3TDVA 3H0YA 4QP7A 3VS3A 2HENA 2EWAA 4DE4A 3ZSGA 2EXCX 3Q9ZA 4LUEA 2W5HA 1H07A 3LFAA 1HOWA 1IR3A 2BIYA 3KF4A 4Q9ZA 4FUXA 4BIBA 3HMMA 3IPHA 5TKDA 3VS5A 4ASZA 5IA2A 4FTQA 5DIAA 4EOKA 2QG7A 3GOKA 2WMVA 2WTIA 3FQHA 2YWPA 1OI9A 4FSZA 4WNMA 3R9DA 3TCPA 4DTAA 4IX6A 2R3KA 3F88A 4BICA 2IZSA 2OJFE 3OOMA 2ZV8A 4PY1A 3DBEA 4JRNA 4TNDA 4CKRA 3TTJA 1BYGA 3CCNA 2JIIA 3Q04A 3SXFA 2JDTA 2WEIA 2VWZA 2YABA 2OJJA 4G2FA 3QD4A 3R1SA 3Q96A 5KKRB 2WOTA 4CTBA 2VD5A 3FY0A 3O17A 3R83A 2VNWA 5DYJA 3G51A 4YZNA 5M53A 3TYKA 2B52A 2G2HA 3ZLSA 3UG1A 4NSTA 2ZOQA 4MK0A 5ANDA 3TIYA 4B9DA 1R3CA 2YHVA 1FMOE 5HTBA 4NZWB 3FZSA 1J3HA 4I92A 1NVRA 3ZTXA 3L8VA 2WQNA 3GU6A 3U51A 4I0TA 3RK5A 3V6SA 4EOSA 5EDQA 4N57A 1H0WA 2J9MA 1MQBA 5FXSA 4D55A 1NY3A 4EHEA 3L9PA 4NKAA 2VAGA 4IBMA 3O0GA 3RHXA 1UNLA 3ZU7A 3RPRA 5CU0A 3MVJA 5B2KA 3R0TA 3CQUA 5DFPA 3QAME 5JH6A 3BRBA 4BI0A 1H25A 3NYNA 2EB2A 3MJ2A 1YXTA 1JSVA 4FIJA 5HE1A 2R3MA 4E7WA 1KE9A 4RG0A 4QQTA 3O96A 5CQWA 3IOKA 4AW5A 2WELA 4WG3A 3HUCA 3FL5A 2P3GX 3EMGA 4FTNA 2UZUE 3JYAA 2HXLA 3WF9A 2DYLA 5EM7A 4Q5EA 5J9LA 2C5OA 5I9YA 5E1EA 5FXQA 4I93A 4NM5A 3QUDA 4I5HA 4QP3A 4L01A 4U79A 4TN6A 5M06A 3VS0A 2YM3A 4RVTA 4NCTA 2OK1A 2F2UA 3ACJA 3PXYA 4PMTA 3NUYA 4FEWA 4NIFB 3VF9A 4G3FA 1OL2A 3OCBA 5BVFA 1A9UA 2PL0A 2WXVA 5E9EA 1IG1A 1MP8A 1VYWA 2VTHA 3FYJX 1WVXA 2X8DA 3FZTA 2X6EA 3LM0A 4L7SA 3IGGA 4I3ZA 5DR2A 4RFMA 4X2JA 2XEYA 4P5QA 2PVRA 4A9RA 5IQDA 2OU7A 3P0MA 3VUGA 2OZOA 4QMXA 1WBVA 2ETKA 1RDQE 4NT4A 4AU8A 2PMNX 2WQMA 1OITA 3L1SA 4KIOA 3CQEA 2J0JA 5K4IA 1JVPP 1FGKA 1OBDA 4N4SA 2OZAA 4E4LA 4F63A 5I5ZA 2B9FA 3KCFA 1OUYA 5EQYA 3PVUA 4FX3A 3C4XA 4PDPA 4ZY5A 5IUGA 5H8EA 4XBUA 2VTLA 3TKUA 2R3RA 3ZDIA 1UV5A 2J2IB 4NWMA 1M17A 4MYGA 3R9OA 5HZNA 3LCKA 3KEXA 5DOSA 1ZLTA 5IG1A 3TI1A 3VBVA 4D0XA 4EH9A 2GFCA 3CGFA 4FL1A 4QMVA 2BKKA 3EN4A 2JLDA 4TWPA 3FEGA 5K5XA 4L3PA 3RALA 3UGCA 3IG7A 5IUIA 3F66A 5KBQA 2X8EA 3Q9XA 2XH5A 3KU2A 5KBRA 2J51A 2X39A 2WNTA 2RFDA 3SKCA 2WQBA 3Q4TA 2QI8A 1BX6A 3S0OA 4TYGA 1QMZA 4GIIA 2XIRA 2VO7A 1PYXA 2IJMA 4QMTA 2UZTA 3UQCA 3QBNA 4O2ZA 3BHHA 4DHFA 1XH9A 4ZEGA 4BIDA 4JIAA 2O2UA 1OL6A 3LMHA 5LWMA 5IEXA 2IN6A 4ZK5A 5FUTA 4H3PA 2W4KA 3Q32A 4FTCA 2QOIA 4LFIA 5ANEA 4E73A 2W1FA 3KN5A 2X2KA 2VWUA 1M2PA 4PNKA 1FQ1B 3SHEA 3C5IA 4OBPA 5GINE 4EUTA 4J95A 5LMKA 3LMGA 3R04A 4CFMA 5CASA 4Y8DA 4D0WA 3T9IA 4X6RA 5CNOA 3I6UA 3II5A 5H8BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2PTK A;  4FKQ A;  4GL9 A;  3QQU A;  2WMR A;  1H27 A;  4ZLZ A;  4YJQ A;  1PW2 A;  4AFJ A;  2YCF A;  1V0P A;  1GAG A;  1KE8 A;  5AM7 A;  4GH2 A;  2GMX A;  4JBP A;  4FEV A;  2G15 A;  4JS8 A;  4Y73 A;  5DT0 A;  3ZLW A;  5TT7 A;  3VWA A;  3NNU A;  5L6O A;  4DC2 A;  5IA0 A;  5HCZ A;  3R6X A;  3TJD A;  3QRJ A;  3MB6 A;  4LM5 A;  4JJR A;  2YFX A;  3OTV A;  2EXM A;  4DGM A;  4UX9 A;  3ZO1 A;  3RPO A;  2UZN A;  4RIO A;  5IZF A;  3LOK A;  2OLC A;  4C38 A;  3UBD A;  4GK3 A;  4TKS A;  5DWR A;  1SVG A;  4BIE A;  3CXW A;  1YW2 A;  4OUC A;  1DAW A;  1UNG A;  2WMT A;  2J90 A;  4IM3 A;  5HKM A;  3RM6 A;  2J6M A;  2PUP A;  3RAI A;  2ERZ E;  3PP0 A;  4W8E A;  4BCF A;  2VWX A;  4MNE B;  4DFB A;  3M2W A;  2YIT A;  4O22 A;  3VUM A;  2HZ0 A;  1KE5 A;  2R3O A;  1JKL A;  3A7F A;  4RLL A;  3AKJ A;  3FKO A;  3Q6U A;  2J7T A;  3O8U A;  4IX3 A;  4USD A;  2VGP A;  3VUK A;  1VJY A;  2VWW A;  4JG7 A;  4O7R A;  4FR4 A;  4G17 A;  3W0N A;  1M2Q A;  3P78 A;  3A7J A;  3DQX A;  5CLP A;  4FL2 A;  3H9O A;  3F5X A;  4G1W A;  3JY0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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