3KP9 | Genus

Total Genus 71

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	71
sequence length	264
structure length	259
Chain Sequence	QRHSRLILAILAGLGSLLTAYLTYTKLTEQPAAFCTGSDLVLSSRWAEFLGIPTAAVGLLGFLGVLALAVLPLPLVKRWRWPALFGLVSAMTAFEMYMLYLMVAVLRQFCMYCTTAIILVAGLGLVTVLGHRWLDGGKLAFSYILVAFLTLVTTIGVYANQVPPPSPLAVGLAAHLRQIGGTMYGAYWCPHCQDQKELFGAAFDQVPYVECSPNGPGTPQAQECTEAGITSYPTWIINGRTYTGVRSLEALAVASGYPL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1330904962987387__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1330904962987387__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3KP9/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1330904962987387__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1330904962987387","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3KP9/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1330904962987387__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff5ff8eec67d3d78b145cd/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff5ff8eec67d3d78b145cd/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff5ff8eec67d3d78b145cd/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff5ff8eec67d3d78b145cd/pdb.gz): 536 ms

reading 259 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

259 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:258});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Blood coagulation,oxidoreductase
source organism	Synechococcus sp.
publication title	Structure of a bacterial homologue of vitamin K epoxide reductase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	VKORC1/thioredoxin domain protein
total genus	71
structure length	259
sequence length	264
ec nomenclature	ec 1.1.4.2: Transferred entry: 1.17.4.5.
pdb deposition date	2009-11-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07884	VKOR	Vitamin K epoxide reductase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1440.130	Mainly Alpha	Up-down Bundle	de novo design (two linked rop proteins)	de novo design (two linked rop proteins)	3kp9A01
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3kp9A02

2H74A 4HS1A 4JR6A 1JFUA 5DBQA 5DJLA 4DEJA 2MYGA 4ILFA 4LMVA 2DJKA 3CRUA 2B7KA 22GSA 2DMLA 1GWCA 11GSA 4BL7A 3DEXA 4MPFA 4KSOA 1TRVA 1V9WA 1M2BA 3PGTA 1AXDA 5DALB 1GLPA 4Q5FA 4ID0A 3VWWA 5CRDA 4G19A 2OE3A 2VO4A 2AB6A 2K8VA 2AYTA 3MAKA 2N5FA 5IOWA 3D4MA 4EUYA 2B5EA 1PX6A 1A2LA 4IN0A 4PNFA 1WPIA 3GHAA 1TP9A 4F9ZA 3H93A 2HT9A 1VF3A 4KCAA 1PRXA 1HNCA 1VRSD 1ERUA 1PA3A 2MZCA 2QSIA 3Q6OA 2VCTA 1GSUA 3TRXA 1PD21 2L6DA 3M0FA 3C8EA 1FW1A 4GF0A 4KDUA 4HUAA 3P7XA 5ECNB 4MF7A 3LXZA 2ZCTA 4MF5A 3FZ9A 3SBCA 2I81A 4DSSB 3GTUB 1I5GA 4IJ3A 1TI3A 2L5LA 1TTZA 3CYNA 1GTAA 5IMVA 5CRWA 3TGZA 2K18A 3CSHA 3QOUA 6GSVA 2F9SA 3GRXA 3M9KA 4V1Ap 5H5QA 5J5NA 2WJUA 2C4JA 1PSQA 3FYGA 1Z9HA 4EE0A 1PN9A 3G9BA 2HRNA 3ZTLA 2P5RA 1S3AA 1YJ6A 1FVJA 5ECLB 5A4WA 1BAYA 5GAND 2GS3A 4PQHA 2JZSA 2P0GA 4HQZA 2PPTA 2N5BA 2LRNA 1W89A 3D0ZA 4BPYA 2E7PA 4WBJA 1ZGNA 4NMUA 2GQMA 1KBNA 1XW5A 1MD3A 4WR4A 3GX0A 2EIRA 5LD0A 3LSZA 3J7Yk 2ES7A 4HI7A 3UIWA 3EU4A 2DC5A 2IMDA 5AISA 3FRCA 5IMFA 1TK0B 4LA1A 4XTSA 2H73A 2Z9SA 5G2ZA 1XWKA 1GSQA 1KEBA 3APOA 5ELGA 1B9YC 4POLA 3F63A 1M9AA 2F8AA 2RUEA 2GSSA 3TRPA 1LJRA 3TKQA 6GSXA 5DDLA 2R37A 4BWQA 5JWRB 4F03A 3EC3A 4RI6A 2C3QA 4JRRA 3HD5A 4I8BA 4KUNA 5GSSA 3TKPA 2C1YA 2G0FA 3UARA 1C72A 5COHA 1R5PA 3QMXA 1ILOA 2ZNMA 2LQOA 3HDCA 5E4WA 4PURA 3FZAA 1TDIA 4MDCA 1WOUA 4N11A 3KIJA 1SD9A 2GT5A 2H01A 2FY6A 4O92A 4EO3A 5JWOB 2OE0A 3RDWA 3KM6A 1PGTA 1F3AA 1G7OA 5IPHA 3H1NA 2CT6A 1N2AA 3TJKA 3W6GA 4MF6A 1MDJA 2DIZA 2MMZA 3CBUA 4BA7A 3BJ5A 2VLUA 1V98A 5GAPD 3NZNA 3GIXA 4PUAA 1FB6A 1GSSA 2L4QA 4J2FA 1M0UA 2QC7A 1TI1A 2ON7A 2F51A 4PGTA 2CZ3A 1B4PA 5C04A 3LYKA 1MEKA 3KP8A 2H0HA 1SJ6A 3WGEA 4AJ7A 1YF1A 5AN1A 1SKSB 3VWXA 2YOIA 2H30A 4LL4B 1SKWB 2NBSA 4ZB8A 3DWVA 4EDYA 1EEJA 4PQ1A 3GKMA 5EPFA 4CHSA 1AQWA 4ZL8A 2JADA 1SJZA 1XWCA 5EL8A 2V41A 1Y6EA 4RQRA 2XBIA 2VL2A 1X0RA 2TIRA 1OE7A 4F0CA 5HR0A 3KMOA 4POKA 4F82A 3N5OA 4JE1A 4V1Ag 5J9BA 3DMLA 2B7JA 1GSYA 1GTUA 4WEYA 2X8HA 4L8EA 1HNAA 3GKXA 2WDUA 1DBYA 2HZEB 2H8LA 4KW6A 5G30A 1AQXA 4K8MA 4D73B 5FWGA 3GH9A 3ED3A 2B1LA 2CAQA 4N0ZA 4YAPA 4K0GA 4N10A 3GL5A 1QQ2A 2RLIA 3KZQA 1G6WA 2LSTA 3CMIA 3HYPA 1ZYEA 1H4OA 2OBIA 4MP4A 5H5RA 1CQGA 3Q18A 3IR4A 3IE3A 2AHEA 5IO2A 2PGTA 2H6YA 7GSSA 4OO4A 2IMKA 1JZWA 2CX3A 4ZILA 3TOTA 2X8CA 2PMTA 5CNWA 2FCHA 3FK8A 4XRAA 5G1KA 4TR1A 3UAPA 2IN3A 1R7HA 3G7IA 1TOFA 3LFLA 1XWAA 2CAIA 2CV4A 1GTIA 3M8NA 1NHYA 2GSQA 5G5EA 5F8BA 5J3RA 4NHWA 3QAVA 4ZB9A 2D2ZA 1TK8B 3VI7A 1YQ1A 3PH9A 2CQ9A 2BJXA 4X1UA 4ZL7A 1YKCA 1SD8A 2JSYA 3TJJA 2HYXA 1EWXA 1GRXA 1W4VA 1XOBA 2HE3A 1ABAA 2PN8A 3ZMLA 3G7YA 2WCIA 2H70A 4X43A 1A2MA 5IMCA 4JR4A 1B9XC 1GH2A 2AJQB 5G5FA 3US3A 4BVXA 1MDKA 4MJCA 4MPGA 2M46A 2EIOA 3EYTA 1ZYQB 5ID2B 5FHIA 4ECBA 4HJMA 5C00A 8GSSA 2LEGA 4WF5A 5ID2A 3L0HA 4TXOA 2I4AA 5AIXA 1SL1B 4WXTA 1T00A 1K3LA 4TOPA 2C8UA 1Z6NA 5DAKB 1Z3EA 4YQUA 1OC9B 2C0GA 2GT6A 2GZZA 3C71A 4CDOA 3H8QA 3TJGA 1F6MC 3HVSA 2ON5A 3QDNA 5CAXA 5D9VA 2HZFA 1TW9A 3LJRA 1USBA 4AJ8A 5LNKe 1VF2A 1U88A 2B5YA 3FKFA 4TXVA 4ACSA 4G2EA 2XHFA 1WJKA 4IW9A 2GSRA 3WT1A 2VM1A 3KMNA 4KCEA 3LQ7A 3LORA 2VCZA 3ZFLA 2MBTA 4LL1B 4XS6A 2R2JA 4O32A 1XXUA 5D8IA 2E0QA 2B6MA 3VURA 3CSIA 3G7JA 3TDGA 4PNGA 2NVLA 4O7HA 2OBKA 5GSTA 1JZRA 3L9UA 1J9BA 1VGLA 1GP1A 3GKNA 3BCIA 1JZOA 2L59A 3WT2A 1AIUA 3GX8A 5HR1A 2XC2A 1R4WA 4KDXA 5ECMB 1SKRB 2JL4A 2O7KA 5A5KA 2HFDA 1RW1A 1OAZA 2LRCA 3ZVJA 1NHOA 2X8GA 1EV9A 4KDYA 1K3YA 3HY2A 2REMA 3ERFA 1TK5B 4IKHA 1HD2A 3GNJA 4FYBA 2FHEA 5DCHA 1ERWA 1KNGA 5D9TA 1NW2A 4HZ4A 1A8YA 2IPAA 1SL0B 1CQHA 4K6XA 2V2GA 2E2MA 5IQYA 3NOFA 2FWFA 1THXA 1XPVA 2LNTA 3QFAC 4MA9A 5H5SA 2C0EA 2H1AA 4MH2A 1S3CA 6GSYA 1OE8A 2G2QA 5F07A 1XBSA 6GSUA 1ERTA 4KNDA 2NPBA 1Y25A 4TN8A 2H75A 4YQVA 1FHEA 5ENUA 2CZ2A 5DVBA 3DYRA 3W8JA 1EV4A 1GSFA 3ZLPA 1WIKA 1WWJA 2DSAA 1VF1A 2YN1A 4MABA 4JEDA 5D96A 19GSA 3APSA 4OFMA 1Z6MA 3CSJA 4WKWA 4ZIJA 2K6VA 5CO3A 4DSQA 3GUSA 2VLTA 1FAAA 3IOSA 2L4CA 2AAWA 2LNSA 3ZREA 5ECKB 4GSTA 2MMAA 4WBRD 2AUVA 4J57E 2VCVA 3VPTA 4EL1A 2AV4A 3E3EA 1GL8A 5FT3A 4F0BA 3I9V2 1TU7A 1ON4A 2FA8A 3N9JA 2GSTA 3UVTA 5J9CA 2YANA 4MMMA 3EMXA 4YAVA 4YQMA 4NV2A 4IQAA 4OFTA 3RPPA 3C1SA 1R26A 1GNWA 2H1DA 2FWHA 2VD1A 4TRXA 3LYPA 2A2RA 1U3AA 3QCPA 2YP6A 5ECRB 1F3BA 2LJKA 3ZZXA 2FUG2 1LU4A 3A2WA 4HZ2A 5L71A 2L5OA 4KH7A 3RBTA 3GMFA 3PINA 1Q4JA 4NPBA 5KN2A 2WFCA 3TJBA 2GTUA 4NHZA 2P31A 2A4VA 2N5AA 2FD3A 4NXIA 3F6FA 2LS5A 5JCUA 1K0OA 4V2LA 3GV1A 1NSWA 5KN0A 3IC4A 1OKDA 4IQ1A 3F3QA 3ZVJD 4OWYA 2C3NA 2JU5A 2JZTA 4DSRA 5ECPB 3IA1A 1Z7RA 2YJ7A 1X5EA 3D5JA 2CA8A 4RI7A 1IYIA 1G0TA 4IELA 1XZOA 3MWHA 3HKRA 3TKSE 2LV3A 2E2GA 17GSA 4XRDA 1G7EA 3A2VA 2OE1A 1K3OA 1LBKA 1GSDA 3Q74A 2IFQA 3GSSA 20GSA 2I3YA 3TKSC 5JCWA 2I9HA 3FR9A 2HSYA 5J4UA 2CX4A 4K1FA 1BQ7A 1V57A 2F3MA 3D4TA 4LMWA 2J23A 2X99A 2WULA 1M2DA 1T1VA 4QL7A 3F9UA 3ZMKA 2LJRA 1PL1A 5B7CA 2XPEA 4GXZA 2R6KA 3KCMA 3P8WA 3KD0A 1H75A 4TVEA 3L78A 1S3DA 3O6TA 1T7PB 2FLSA 1O85A 5IIZA 5G31A 2PBJA 3VLNA 4NWYA 1K0NA 2OADA 2VAFA 1K0AA 1KTEA 2A2SA 2HRFA 3IHQA 3O3TA 3HJPA 4NAXA 4L5LA 3EU3A 4L0UA 2VIMA 1B4QA 1ZMAA 3ZITA 3C1RA 3DVWA 4MCUA 1MDIA 1QK8A 2PUKC 2EIQA 5IPGA 1QUWA 1F2EA 1GUMA 4H86A 2X64A 3EVIA 2IIYA 5CRGA 4I6XA 4OMVA 3A2XA 2HLSA 16GSA 1A24A 3A3TA 1EOGA 4EKZA 4FO5A 4ECCA 3D6IA 3FZ5A 3IRAA 4GQCA 1K0CA 3BOAA 4N0VA 18GSA 1EP7A 1O8WA 2GLRA 3TB2A 4FYUA 3FR6A 2FNOA 4TR1B 5AGYA 2QKEA 5B6MA 4HEA2 4FIWA 1M99A 4PXOA 2YPMA 1FVKA 14GSA 4HDEA 1ACVA 6GSWA 5HR3A 1N8JA 1IYHA 3IAM2 5GZZB 1K0MA 2QGVA 3HCZA 1DE2A 3WGXA 5IMDA 1U3IA 2KLXA 4IGJA 4IHUA 2TRCP 3BCKA 1DUGA 1WE0A 3WD6A 3IK7A 2RM6A 1WRYA 5A4UA 1SJIA 2H1BA 2GDRA 3L9VA 1OKTA 3UEMA 2H1GA 1OVNA 1YF0A 2IMFA 1ML6A 2VCXA 4ML6A 3O76A 1TKDB 1PKZA 4GLTA 1URMA 1EGRA 2GQLA 4WF4A 5CP1A 1UVZA 3F3RA 1V40A 1XIYA 3VWVA 3EINA 2IMIA 4ZXGA 3DGQA 4Q5NA 2VUPA 1AUCA 4AJ6A 1MD4A 4XIHA 4I2UA 4PUFC 1A0RP 1R5AA 2L57A 4TXOB 1E6BA 1O8XA 4QL9A 4GCIA 5DJMA 3P2AA 1T4ZA 3K8NA 3R2QA 3F6DA 4ECJA 3D21A 1TRUA 1XOAA 2H6XA 1FO5A 2YWOA 4KX4A 3EE2A 1EOHA 2KP1A 2IWTA 1SK0A 4XS4B 10GSA 3ZYWA 5J41A 3ME8A 3GSTA 2GGTA 2MMNA 5DQSA 3GH6A 5IO0A 3ME7A 3KH9A 5HR2A 4I97A 2CVDA 2DJ3A 3UMAA 3RHCA 4PQIA 2H0GA 4XS4A 4DVCA 1XCCA 3CTGA 1GULA 4K2DA 4HOJA 2YV7A 1T3BA 1BX9A 3I69A 3IDVA 4QQ7A 5A4VA 4FH8A 4L0WA 1YEPA 3HZ8A 3TCOA 2LUSA 2VCQA 3L9SA 3CTFA 5CRHA 1M7TA 1X5DA 5ECHB 3J7Yb 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3KP9A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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