3LQ3A

Crystal structure of human choline kinase beta in complex with phosphorylated hemicholinium-3 and adenosine nucleotide
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
347
structure length
339
Chain Sequence
SRDAERRAYQWCREYLGGAWRRVQPEELRVYPVNLLFRCSLPDHLPSVGEEPREVLLRLYGAILQGVDSLVLESVMFAILAERSLGPQLYGVFPEGRLEQYIPSRPLKTQELREPVLSAAIATKMAQFHGMEMPFTKEPHWLFGTMERYLKQIQDLPPTGLPEMNLLEMYSLKDEMGNLRKLLESTPSPVVFCHNDIQEGNILLLSEPDSLMLVDFEYSSYNYRGFDIGNHFCEWVYDYTHEEWPFYKARPTDYPTQEQQLHFIRHYLAEAKKGETLSQEEQRKLEEDLLVEVSRYALASHFFWGLWSILQASMSTIEFGYLDYAQSRFQFYFQQKGQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of human choline kinase isoforms in complex with hemicholinium-3: single amino acid near the active site influences inhibitor sensitivity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Choline/ethanolamine kinase
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 128
structure length 339
sequence length 347
ec nomenclature ec 2.7.1.32: Choline kinase.
pdb deposition date 2010-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01633 Choline_kinase Choline/ethanolamine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3lq3A01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 3lq3A02
2ONLA 3L9NA 4BHZA 3F69A 3PSBA 2JIIA 2R5TA 4WZYA 2YIXA 4F9YA 3NUXA 4PTCA 4AW5A 4GIIA 3I5NA 4F1MA 4AN9A 4MWHA 5LWNA 4YLJA 3HDMA 4EOQA 3GOPA 4C4HA 4EEVA 2W7XA 2IZRA 3PLAE 3NNXA 2NNWB 5CU3A 4AZEA 1B38A 3QXOA 5AP3A 3TNPC 4K8AA 4AW1A 2XEZA 4BI0A 3F2RA 3MIAA 1H27A 4O0TA 3W55A 4MCVA 2R64A 4J71A 2ETRA 3DBQA 3EQDA 4OTFA 5CXHA 3ZUVA 5CF6A 5HBJA 2BFXA 4Q2AA 2OZAB 3NWWA 4FTRA 4I4FA 4YJTA 4LG4A 1ZYSA 4GFOA 2W9FB 4J99A 4LOOA 3U55A 4YTCA 1ZZLA 4F64A 3K3IA 4RIWA 4WOVA 5HI2A 2QLQA 5EQYA 4IE9A 5AAFA 1XH6A 3QTIA 2DQ7X 4N70A 3PWDA 4GVAA 4FG8A 4R5YA 1U5QA 4LRJA 3KVWA 3TIZA 2EXMA 4E6AA 1H07A 2IG7A 3WZUA 3ZMMA 4OTDA 4N0SA 2E2BA 3W2OA 1WVYA 4LUEA 2BHEA 3QQGA 3MV5A 2C6IA 3F5UA 2OF4A 2UW8A 4JX3A 4V0GA 3RTPA 3HA6A 4NKAA 4I5CA 3SOCA 3QCXA 2YAAA 4DBXA 3U54A 2XIYA 3WILA 1IR3A 3VHEA 3UOLA 3VO3A 3QTSA 4PY1A 4L46A 4F6UA 3QCQA 3LJ1A 3MJ1A 3GU7A 4MAOA 5CQWA 3R9DA 4EOOA 3D83A 5BNJA 4E5AX 2IN6A 2C6EA 3MFRA 2F7ZE 3ROCA 2EWAA 3LFEA 4BDDA 2XJ2A 5EI6A 4FKWA 3OWKA 2W0JA 3QBNA 4IM3A 4YC8A 5CY3A 3SRVB 3TL8A 2VX3A 2UW9A 2YM7A 4FT9A 4A4LA 4D1SA 4HVGA 4O7WA 1ZOEA 3FMJA 3A7IA 4AN3A 5HHWA 2X7FA 4X2FA 3OCSA 4U94A 2X7OA 3DOGA 1FVTA 2RFNA 4QQCA 1FQ1B 4FSYA 4C35A 5LJJA 2RIOA 5HCZA 3ORZA 4ZZMA 3FSFA 4BHNA 4U98A 4BGHA 2B4SB 4QNYA 5K9IA 2Q0NA 3NDMA 1ZY5A 4X2JA 3GCSA 2OJFE 3NSZA 4RFMA 4ERWA 3ZEPA 2PU8A 2HCKA 4NU1A 3HGKA 5IQCA 2H8HA 5A4TA 1BKXA 2PL0A 2UW5A 3G2FA 5CVHA 1YI4A 3IOKA 4EH9A 5JFXA 3PSDA 4BBEA 4ENYA 3W0MA 5J1WA 3QGYA 3UBDA 3D5WA 5IA5A 3HP5A 2XK8A 5E8XA 3HAVA 5AV1A 2IVSA 3NCGA 1H00A 1ZYDA 4QQTA 3DAKA 2LGCA 4RJ4A 3OWPA 2ZV8A 2FSTX 4MVFA 2W5BA 5BUJA 5DT0A 4IH8A 4EZ3A 2G01A 2XKDA 3C51A 1Y91A 2VTNA 3ATTA 5IZFA 4ORKA 3V6RA 4FSRA 2C0IA 2WNTA 1YWRA 3DT1A 3OFMA 2XKCA 4MD9E 4BZNA 4PNKA 4M8TA 4P4CA 4EQMA 5JT2A 2OXXA 5E7RA 2RL5A 4NW6A 4DLIA 3LM5A 2Z02A 5CNNA 3VS0A 3RPYA 3ZO2A 2VGOA 4IDVA 4RVTA 4HVSA 3DB6A 3Q9YA 2XS0A 4KRCA 3VNTA 4ITIA 3QU0A 4B8MA 3NLBA 1UU3A 4IX4A 1YQJA 4G3CA 2CGWA 4FEUA 4D1XA 5CQUA 3KMMA 1ND4A 3QLFA 4LRMA 4PP7A 5AFVA 4GFGA 3R8VA 3O8UA 3UQCA 4L67A 4ASZA 3DDQA 3LXKA 3DAJA 3MY5A 2YIQA 3TKUA 3HMOA 4QTEA 5CT7A 3LQ3A 4AZVA 1Z9XA 2GNFA 4FTJA 4FI1A 4RVKA 5HE2A 4BYIA 1ZRZA 3Q04A 2ITXA 3P7BA 4WHZA 2G9XA 1APME 1Y6AA 4PMTA 3HEGA 5JRQA 4DH8A 2ZOQA 1YI3A 2R3FA 2Z8CA 4X0MA 2VTJA 2JC6A 2YCSA 4AT4A 5JMSA 4QO9A 4EYMA 4BY9E 5EDRA 3DXNA 2JKMA 2OJGA 4AF3A 5EQPA 4UZDA 3UO6A 4RIYA 3LLAA 3P7CA 4IAYA 4TWCA 2Y4PA 1Q99A 5BVKA 4IFCA 4CMOA 3R7EA 3EFWA 4NH1A 2ITUA 4ALVA 5E8WA 5J9ZA 3WZEA 2GTMA 4J52A 1OL7A 1PXKA 3ZRMA 4DG3E 3R6XA 3MIYA 5E1EA 3F3WA 3RPOA 2W06A 4TKSA 3BHUA 2CCIA 4KB8A 5IUIA 3RPVA 3EZRA 3DJ5A 2NP8A 3UTOA 1JLUE 3QALE 2HWOA 2ZM3A 2VTIA 5CI7A 4D5HA 2G2IA 3HV5A 3PRIA 4O83A 4M0ZA 2J51A 3LKMA 5EM7A 3A99A 4PMSA 5AUXA 3OG7A 3FLYA 2ZV9A 5EKNA 2VWXA 5FGKA 3V6SA 3U87A 3VS4A 2IW9A 4X7QA 2YN8A 3BBWA 1YVJA 2CPKE 2VO7A 4ZTNA 2XIZA 4I0TA 3SG9A 2GNJA 4AW0A 4EC8A 2PMNX 4QMNA 4RBLA 4ZSAA 4APPA 1TQPA 2WXVA 4XNEA 3S3IA 2VWZA 4KS7A 5DGZA 3R8ZA 4DF3A 5A14A 5I9XA 3EFKA 3DQWA 3QQKA 2VRXA 4BI2A 2HAKA 3W2RA 1H24A 2XKFA 4BBMA 4L3PA 4HCVA 4JX7A 3U4WA 3B2WA 4DGMA 3F9NA 3JYAA 1W82A 3Q6UA 4M97A 2B54A 3Q5ZA 3UNZA 4IAAA 2UZBA 5DG5A 5IG1A 4IAIA 1G8SA 4J7BA 4DFBA 3DBFA 2WKMA 3LOKA 4L45A 4XV2A 1HCKA 5HBHA 1YDTE 4JDJA 5CAQA 2XRWA 3BKBA 3CQWA 4I5PA 2WQBA 4D9TA 3BU6A 3EN5A 2GNIA 4WBOA 2PULA 2C6KA 4AS0A 2VTOA 4AZFA 4R1YA 4ANLA 2F57A 3F3VA 4WD5A 5DYJA 3AD5A 3A60A 3A7GA 3BPRA 2PVHA 4FUYA 4O6EA 4EUUA 4KRDA 1WBSA 4PF4A 3RWPA 2WMBA 3GQIA 4JS8A 2CKQA 3C4WA 4XBUA 3D9VA 3UGCA 3HZTA 4IJ9A 4UXQA 3ORMA 5BYLA 3V01A 1JPAA 2JBOA 3BI6A 3GI3A 4CXAA 2A0CX 3D7TA 3D4QA 4DFUA 4JRVA 3LFCA 4BDGA 2BIYA 4IVBA 2XKEA 5AV3A 3AXWA 3JVRA 3HMPA 3P9JA 3U51A 3EQRA 5DR2A 3GU5A 5DR9A 1ZWSA 2I1MA 4DG0E 3R7IA 5J1VA 2QKRA 3MA6A 1J7UA 2GHLA 3VS7A 4U79A 2YWPA 5DRDA 2HZ4A 3V04A 1WVWA 2OFUA 3ULIA 3NNVA 4DEBA 2BZJA 3Q52A 2WU7A 4NWMA 4OT6A 3WF8A 3DS6A 2CN5A 4A7CA 4QMSA 4FV4A 3WIKA 4GVJA 3SC1A 3DBEA 4IVCA 2UVYA 3KFAA 3RVGA 2PMOX 3ITZA 4K18A 4QMLA 3KXGA 3FQHA 2W1FA 4JBOA 3G0FA 1OKWA 4F7JA 2J6MA 1M17A 4XG4A 3ZCLA 3ZXTA 2ZVAA 4FZAB 5I9WA 3UZRA 2UZNA 1PKDA 5HU3A 4U40A 4W4VA 3FLWA 3FZ1A 4NFMA 2EUFB 1IA9A 3LIJA 5EW8A 2OW3A 4Q9ZA 5BQ0A 1MRVA 3ROYA 4C36A 2G15A 3UOHA 3RAIA 3UODA 2BALA 3BCEA 3PIXA 4WIHA 2X8DA 4FT5A 2A19B 2QOQA 2J9MA 2P0CA 3LZBA 5LXMA 4GRBA 4NM3A 3OROA 2PUNA 3DU8A 4MXOA 5JZNA 4PTGA 4J8NA 4ANMA 1DS5A 1DI8A 4RFZA 4QP2A 2R4BA 1MUOA 5DR6A 4L00A 3R2YA 2VZ6A 2ZB0A 3P23A 1OECA 2C6LA 3BYOA 3VHKA 3FMHA 4CKRA 5JQ8A 4HYUA 4EH2A 5DWRA 3Q9XA 4G5PA 4I3ZA 2JDTA 3TNIA 4MNEA 1WCCA 3AT2A 4RIWB 2C5VA 3ZO1A 4MBIA 4MYGA 2ITNA 3ZEWA 4FKRA 2XM9A 4MKCA 4I21A 4YJUA 3OXIA 3FXWA 5FQDC 5DFPA 3ELJA 3A8XA 4F9AA 4ZSLA 4CT1A 1G5SA 2WMUA 1YXXA 3T9IA 4FZ7A 3F5PA 3TJCA 1A48A 4AOJA 2HW6A 2OLCA 1V0PA 4V0GB 1KOBA 3FZPA 4O0SA 4ACHA 5FDPA 5HKMA 1FPUA 3E93A 5ANGA 1IG1A 5A4LA 2UVXA 1PJKA 3TKIA 1REJA 4G31A 5EYMA 3OCTA 4I94A 5HICA 3DKGA 3GU8A 2GSFA 3H4JA 2X9EA 4I6QA 4R3CA 1J7IA 5DA3A 3R8LA 4BCQA 3LW0A 3EFJA 1AGWA 2QOHA 2X6EA 4FKQA 5FXSA 1H1SA 3VF8A 1UNLA 1J91A 4IBMA 4RIOA 3S1HA 2BAJA 3C0GA 3UE4A 5IQFA 4BDBA 4E1ZA 2O2UA 3NUAA 2HELA 5EDQA 3WZJA 5M08A 3F3ZA 3NCZA 3MGYA 4C3RA 3EZVA 4G3GA 1RJBA 1PMVA 3E7OA 3F6XA 3FQSA 4K0YA 4LFIA 3SW4A 2XNGA 3I1AA 3TEIA 5IQEA 1L8TA 1YXUA 2JDVA 5CTPA 5AADA 3VVHA 5AA8A 1M14A 2JITA 2V5QA 3D15A 5HO7A 4TYGA 3AGMA 3F61A 4Y8DA 4FE2A 5E91A 4CRLA 5M06A 5E8ZA 4X3FA 2W05A 3EHAA 4WT6A 3ZHPC 1E1VA 4TWNA 4U0IA 5GJGA 4JBPA 5IUHA 3UIBA 3UYSA 3PXQA 2QKWB 2BAKA 3DNDA 4KIQA 3SOAA 2UW6A 1UWJA 2ITZA 4HPUE 4A4XA 4DAWA 4F1TA 1L3RE 4FKPA 1OM1A 4Y72A 1TQIA 5HCXA 1BI7A 3G90X 3VJNA 5HG8A 2PTKA 3MBLA 2Z7SA 1JSTA 1PHKA 4CMTA 5FTOA 5K3YA 3M1SA 4E5BA 3WARA 5JGBA 1O6YA 2ZM1A 2CCHA 2XCKA 5C8NA 3OT3A 5KMIA 1Q8YA 4FZ6A 3RJCA 2BRMA 3D7ZA 4H3BA 3H10A 4RT7A 4FKIA 5AP1A 1H26A 4AA0A 4F65A 4YHJA 3W10A 5HLPA 1ZMWA 4B0GA 4EK4A 1OKZA 2BDWA 5DHJA 5IF1A 1LPUA 2REIA 3V5LA 2X7GA 3NPCA 3DQXA 3KRWA 3QA8A 2VWBA 4IC8A 4D4RA 3VIDA 3EYHA 1FGKA 5FD2A 3BU5A 4LM5A 4DN5A 5HEZA 1BUHA 5HVJA 2YM6A 2JKQA 5C4KA 1U54A 4FMQA 5CEOA 5CF5A 4AQCA 3MH0A 4AZWA 2PZYA 4FIFA 4Z55A 2X2MA 3T8OA 5FM2A 2PE1A 2H34A 2WMAA 4WG3A 5IA4A 4EH7A 2B55A 2GNHA 3LM0A 4BTFA 2PY3A 4RPVA 5DN3A 4FBXA 4O81A 5F1ZA 4YURA 1FVRA 3MB7A 3E62A 1BL7A 2JFLA 4WNPA 3CP9A 2P2HA 2JAMA 4MD7E 1ZMVA 3FY0A 2RF9A 4YTHA 2R3RA 4BBFA 3BHVA 1XWSA 1OPKA 2FVDA 2XA4A 3RK5A 4F70A 2R0IA 5IMXA 3SKCA 2R3KA 4MXYA 3OCBA 3NGAA 4RIYB 4KKEA 3ORXA 4X2NA 5GNKA 3GBZA 2B7AA 2Q0BA 3QTUA 4YJVA 2B0QA 2CSNA 5KKRC 4GEOA 1PW2A 3NW6A 3VQHA 4A4OA 5CT0A 3WZKA 4A9YA 5L3AA 3QKMA 4U3ZA 3RAHA 4M7IA 4FZFB 2OGVA 4FGBA 3QWJA 2GU8A 2E9NA 3OF0A 1YWVA 4H58A 4TXCA 1J7LA 2I7QA 2QI8A 2QG7A 3ALOA 4J8MA 2GDOA 1UVRA 3BBTB 3C50A 4FKSA 1P4FA 5DE2A 5JFWA 1K9AA 5IISA 3ACKA 4UYNA 3QD4A 2X2LA 2VWYA 1GZOA 2DUVA 3LE6A 4WO5A 2BVAA 5D9HA 4PL5A 3KXHA 1PRYA 2B9JA 4BCIA 3KXMA 4G3DA 4NJ3A 4UALA 5CYIA 3W0NA 5AV4A 3DNEA 5A4EA 4TYEA 4ZZNA 4QP9A 2ITVA 5A54A 3UMXA 2H96A 4KD1A 3PRFA 4L01A 2WHBA 1FOTA 4M3QA 3QFVA 4EK6A 5IU2A 4O7YA 2WELA 3BGPA 5J7HA 3LQ5A 3U9NA 4EOMA 3C5UA 4RIXA 3REPA 4GUBA 5CVFA 1Y8GA 2PE2A 3LCKA 3R63A 4GJ2A 2FSMX 4IDTA 4JLCA 3R01A 4ZSJA 2XZSA 2HZ0A 4AGDA 4F7LA 1DAWA 5KHWA 5L2SA 1W98A 2VTHA 2ZMCA 5J8IA 1NW1A 5HE1A 5CAOA 3IGGA 4K33A 5IEVA 3UOJA 3EYGA 3GC7A 3H9OA 2VAGA 3H9RA 3FMLA 3HDNA 3LPBA 4EHGA 1ZXEA 4O22A 2YA9A 3HRBA 3KMWA 4NIFB 5EYKA 5IUGA 3UPZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4Y83 A;  3QQH A;  4TND A;  3CLY A;  3AC3 A;  3PVB A;  3TKH A;  1OI9 A;  1VEB A;  2QOF A;  4JBV A;  1R0P A;  4QOX A;  5FXR A;  3E88 A;  4CV8 A;  5CF8 A;  3R73 A;  5D10 A;  2XIX A;  4FV7 A;  5GIN E;  4ZTQ A;  1LUF A;  5FP6 A;  3E8C A;  3GQL A;  1UU9 A;  3K54 A;  4NUS A;  4G3E A;  3CTJ A;  1P2A A;  3IQ7 A;  2WTV A;  3PYY A;  1TQM A;  3QRJ A;  3CC6 A;  2CJM A;  2YZL A;  1P14 A;  3IW8 A;  4YZM A;  3G6G A;  4EYJ A;  1Q8W A;  3JS2 A;  3O50 A;  4KIP A;  4F6W A;  3ZXZ A;  3E92 A;  3O2M A;  4H36 A;  5AP7 A;  2F49 A;  3ODZ X; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ONL A;  3L9N A;  4BHZ A;  3F69 A;  3PSB A;  2JII A;  2R5T A;  4WZY A;  2YIX A;  4F9Y A;  3NUX A;  4PTC A;  4AW5 A;  4GII A;  3I5N A;  4F1M A;  4AN9 A;  4MWH A;  5LWN A;  4YLJ A;  3HDM A;  4EOQ A;  3GOP A;  4C4H A;  4EEV A;  2W7X A;  2IZR A;  3PLA E;  3NNX A;  2NNW B;  5CU3 A;  4AZE A;  1B38 A;  3QXO A;  5AP3 A;  3TNP C;  4K8A A;  4AW1 A;  2XEZ A;  4BI0 A;  3F2R A;  3MIA A;  1H27 A;  4O0T A;  3W55 A;  4MCV A;  2R64 A;  4J71 A;  2ETR A;  3DBQ A;  3EQD A;  4OTF A;  5CXH A;  3ZUV A;  5CF6 A;  5HBJ A;  2BFX A;  4Q2A A;  2OZA B;  3NWW A;  4FTR A;  4I4F A;  4YJT A;  4LG4 A;  1ZYS A;  4GFO A;  2W9F B;  4J99 A;  4LOO A;  3U55 A;  4YTC A;  1ZZL A;  4F64 A;  3K3I A;  4RIW A;  4WOV A;  5HI2 A;  2QLQ A;  5EQY A;  4IE9 A;  5AAF A;  1XH6 A;  3QTI A;  2DQ7 X;  4N70 A;  3PWD A;  4GVA A;  4FG8 A;  4R5Y A;  1U5Q A;  4LRJ A;  3KVW A;  3TIZ A;  2EXM A;  4E6A A;  1H07 A;  2IG7 A;  3WZU A;  3ZMM A;  4OTD A;  4N0S A;  2E2B A;  3W2O A;  1WVY A;  4LUE A;  2BHE A;  3QQG A;  3MV5 A;  2C6I A;  3F5U A;  2OF4 A;  2UW8 A; 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 5ANK A;  3P5K A;  3QX4 A;  5ETC A;  4GUE A;  5HBE A;  3ULZ A;  2FA2 A;  3BX5 A;  5K5N A;  4RX5 A;  3ID6 C;  2IZS A;  4M15 A;  2IPX A;  1O9U A;  2QOK A;  1Y8Y A;  3CD8 A;  2YCF A;  3F3T A;  3POO A;  4G34 A;  2GNG A;  4LV7 A;  5TO8 A;  5I5Z A;  3TXO A;  4IWO A;  2UW3 A;  2BKK A;  2J5F A;  3CGO A;  1QPC A;  4RC2 A;  4CFF A;  4O86 A;  4MD8 E;  1PXI A;  3I7B A;  2B53 A;  4EJ7 A;  2O64 A;  2R3Q A;  4FV1 A;  5JSM A;  3GCP A;  1SZM A;  5T68 A;  2IZT A;  2C1B A;  4GS6 A;  3GCQ A;  4MBJ A;  4C02 A;  4E5W A;  3QC4 A;  4JIK A;  5IQA A;  2XAM A;  3CKX A;  3BQC A;  4Y83 A;  3QQH A;  4TND A;  3CLY A;  3AC3 A;  3PVB A;  3TKH A;  1OI9 A;  1VEB A;  2QOF A;  4JBV A;  1R0P A;  4QOX A;  5FXR A;  3E88 A;  4CV8 A;  5CF8 A;  3R73 A;  5D10 A;  2XIX A;  4FV7 A;  5GIN E;  4ZTQ A;  1LUF A;  5FP6 A;  3E8C A;  3GQL A;  1UU9 A;  3K54 A;  4NUS A;  4G3E A;  3CTJ A;  1P2A A;  3IQ7 A;  2WTV A;  3PYY A;  1TQM A;  3QRJ A;  3CC6 A;  2CJM A;  2YZL A;  1P14 A;  3IW8 A;  4YZM A;  3G6G A;  4EYJ A;  1Q8W A;  3JS2 A;  3O50 A;  4KIP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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