3NFFB

Crystal structure of extended dimerization module of rna polymerase i subcomplex a49/a34.5
Total Genus 9
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
9
sequence length
115
structure length
110
Chain Sequence
YQPPSDYKQCKHLKSFPVSELKGDNKELWLMKVPANIDISQLKSLPLDTDATVSTVELGSKNFNVLQNTSTQEGSDNTNLSLLIPSKKETLKVATSKSVYFDRVFTISET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNA Polymerase I Contains a TFIIF-Related DNA-Binding Subcomplex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RNA polymerase I subunit A49
molecule tags Transcription
source organism Candida glabrata
total genus 9
structure length 110
sequence length 115
chains with identical sequence D, F, H
ec nomenclature ec 2.7.7.6: DNA-directed RNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.140 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3nffB00
3NFGB 3NFFB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BBWA 3E7VA 3OXIA 1JKKA 3WIGA 3P7CA 3QRUA 4WG4A 4O7YA 3CR0A 4ACGA 2IVTA 4M13A 4GJ2A 5F95A 3EB0A 2PZ5A 4FEVA 1XBAA 4FIFA 3NFFB 1M2QA 2ZV8A 2QR8A 2BDWA 2VZ6A 4YLJA 3EN7A 3BEGA 4FSNA 5EYKA 2YCFA 1BL6A 4JBVA 4U41A 4OGRA 1Z9XA 2JEDA 2ZB0A 3JYAA 2ERKA 4IAKA 4GVAA 4F64A 2ETRA 3EWHA 4AXEA 5C8KA 2HYYA 4IWOA 2XK9A 4HGLA 2OLCA 3CP9A 5C27A 5CEKA 1KE9A 4M67A 3FI4A 4U42A 4YPDA 5BYLA 3ZXZA 2R7IA 4K11A 5DRDA 4CQEA 3BV2A 3P4KA 3MJ2A 3PA4A 4FI1A 4X2NA 5CENA 4BCKA 3E63A 5JFVA 5HG9A 3KRXA 4G2FA 3DK7A 4LUDA 5AAEA 4O0YA 3NNVA 4UXQA 4BCNA 2R3JA 4KA3A 3AGLA 3HV7A 3TT0A 3LIJA 2W1ZA 4B8LA 4CG8A 3TUBA 2X8EA 3OF0A 3K3IA 1PYEA 2R7BA 2G1TA 4ZSLA 3D5VA 1PMNA 3MH3A 3O50A 3PA5A 2XVDA 4YTHA 5A6NA 2HZ4A 3SOAA 5J9ZA 5LMBA 4K18A 4D1XA 1BUHA 3TZ7A 4E73A 1OPKA 4QOXA 5HCYA 3FL5A 5KMJA 1UU8A 3EFLA 4XOYA 3P78A 5HBHA 2IO6A 3NVMB 3ORTA 4GV1A 3CE3A 4APPA 4CD0A 4O82A 2BRGA 3AC3A 1P2AA 2VO6A 4FSWA 4OTQA 3A4OX 3R1NA 2F57A 1XHAA 2UW3A 2J5FA 2GMXA 1YWNA 3CXWA 3DKCA 3DY7A 4FTCA 4LI5A 1YWVA 3RP9A 1NVSA 4TKSA 4OR5A 3MJ1A 4ZLZA 2FSLX 4RWLA 4FKSA 3HV4A 3ZOSA 4KABA 2BRBA 4GK2A 2XUUA 4L42A 2FGIA 3JY0A 2CN5A 3COMA 3ORIA 3UNKA 4CRSA 2EU9A 1G8SA 3GGFA 3I81A 4CTCA 4IIRA 5JRQA 4D55A 2OICA 3IW7A 5GJFA 4IE9A 3U55A 4Z16A 1NT2A 2XAOA 4FTUA 4U6RA 4AXCA 3NW5A 2YISA 3DAKA 5DR9A 4XBUA 2QU6A 3CD3A 3F88A 3TJCA 4R7IA 4BCPA 2WMXA 4W4VA 4S32A 3AT2A 3GB2A 3MGYA 2DUVA 1PJKA 4WG5A 5CI7A 1OL6A 4JRVA 5L6OA 5HO7A 2C69A 5HICA 4JT3A 1W8CA 2R3NA 2Z02A 4MYGA 2JITA 4JVGA 3VUHA 4F4PA 3OUKA 4TWOA 4K0YA 1IA9A 2C1BA 3W18A 3C0HA 3WZJA 3COHA 3G6GA 2VWIA 5L8LA 3R8UA 3A7FA 4AZVA 3M1SA 1GZ8A 4YTFA 2XMYA 3QD2B 4EKLA 2OGVA 3LXKA 5DLSA 4ZS0A 3DJ5A 1JAMA 4UV0A 4QNYA 2BHHA 5DG5A 4QQCA 3PIZA 5D7VA 5HIDA 5DN3A 4FYNA 2ITTA 3I79A 3MVLA 4GS6A 4UWYA 4L46A 5KZ0A 4OTHA 2C6OA 1JVPP 1ZWSA 3R1SA 3BU6A 3EL8A 2F4JA 1J1CA 2XCHA 3F3TA 2J6MA 4I1ZA 2WMWA 4ZIMA 3UTOA 2JDTA 4LV5A 4BGQA 3FYKX 3V04A 4F9WA 3GT8A 3OHTA 4NFMA 5GJDA 2P4IA 4NK9A 5HG5A 4CMTA 4MWHA 3FDNA 4L43A 3FE3A 4P7EA 1WCCA 4R7BA 5T68A 4TXCA 4E6DA 3FI3A 3LHJA 4FL2A 2PMLX 4RZWA 3FLZA 4O86A 4C3FA 4XV2A 2C6EA 4IC7A 4PMSA 5CSXA 4RQKA 3TIYA 3A62A 3QZGA 5CU2A 2XJ1A 4QP3A 4WHZA 2WQEA 4PTEA 2JFLA 4FSYA 4OBOA 4YJNA 4KRCA 3VVHA 3S00A 4WOVA 2WTKB 4I5MA 5G6VA 5CEOA 1PW2A 2O64A 2W05A 4FT3A 4IB5A 3H4JA 4ZSJA 3TCPA 4WRGA 5ITAA 1MRUA 3UMWA 2WTKC 2XJ2A 4DFLA 4QP8A 1LR4A 4WKQA 4QP2A 3F61A 2I0YA 4HYSA 5E4HA 1JPAA 1U54B 3MN3A 4HGEA 4DG0E 2BCJA 4AZFA 3G9NA 4DINA 3DDPA 4J1RA 5FXRA 3H9FA 4G6LA 5DT3A 5M07A 3O8PA 3O7LD 4JDKA 4I0TA 4WIHA 4BTFA 2QD9A 2OWBA 3F2AA 3PY3A 5CSPA 4IAIA 4MF1A 3TNWA 1F0QA 4C3RA 3QBNA 4L3PA 4E4NA 3R7IA 4FV7A 5DPVA 2X6DA 4QYGA 4RG0A 2PL0A 4B8MA 1KV1A 4Z3VA 5BUEA 5IEVA 3I6UA 3E64A 3QHWA 3RWQA 1FVRA 3QCXA 4D2SA 3KK8A 4A9RA 1U4DA 4ZJVA 1K3AA 4KIOA 2VN9A 4PF4A 4EH6A 1QPJA 3ALOA 1OKVA 4BYJA 5DBXA 5C26A 2JAVA 3BEAA 3OBJA 3SC1A 5A4CA 4JRNA 3ORLA 2OH4A 1WVXA 4R77A 1JNKA 2WB8A 3QXPA 3BU5A 5E8WA 2WEVA 4GT4A 3OEZA 4O6LA 5CANA 4DHFA 4FV4A 1XH5A 3QCQA 2HCKA 2I0EA 3PJ8A 5KMKA 3AD5A 3BRBA 5EQPA 4QMYA 4O0UA 1CSNA 3FZRA 3PJ1A 4H1JA 4IB0A 4PL3A 3NW7A 4JIKA 4ZTSA 3TNPC 2XP2A 4FKLA 4RJ7A 3WYYA 5CAUA 5E91A 3V8SA 3ENHA 1GZOA 4CV8A 1WBTA 5LARA 4R7HA 2BZJA 3UIXA 4F7SA 3V01A 3FI2A 5HTCA 4D4SA 4IW0A 5ANGA 3MY0A 2ZV2A 1Q3WA 3HAMA 3TDWA 4O0TA 2QOCA 3Q4CA 1RQQA 3KQ7A 5M53A 4M15A 4HCVA 4JXFA 3C4ZA 5K4JA 2YM6A 1U59A 5K5XA 4DT9A 4ZS4A 3BU3A 1OKZA 3FZTA 3G90X 2GS6A 3AD4A 2WKMA 3QGWA 2W1IA 2WGJA 3VJNA 4CLJA 1P4FA 2EB2A 4QMPA 4WT6A 2CGWA 5FTGA 3PE1A 4GL9A 4CRLA 4YURA 3HDNA 3VUKA 3V5LA 3RPSA 2GNGA 3NNWA 4AT3A 1IRKA 4XP0A 3ROCA 3OWKA 4BY9E 4R3CA 1U46A 4NL0A 1DAWA 3D83A 5DE2A 5BYZA 3R30A 3NNUA 2R3IA 3LAUA 1FOTA 1XJDA 4QNAA 4YU2A 2HWOA 3NMUF 2GNJA 3C1XA 3BHVA 4S30A 4NUSA 2WU6A 2GHMA 3TNHA 1XMLA 2WQMA 3BYMA 2BUJA 3ZBFA 3RPYA 4QMUA 3DLSA 4ITJA 3R7UA 3PXYA 3Q60A 3AQVA 2GQGA 5HG7A 2OBJA 3SW4A 5EM6A 2Y6OA 3CPCA 3E8EA 3UBDA 4EH7A 4F9CA 1AGWA 2C1AA 3VRYA 1H4LA 3P5KA 4PDSA 2C68A 4KBAA 4DFZE 2QLUA 4DFBA 1YDRE 4IC8A 3T8OA 4C36A 3S1HA 3W0MA 3KVWA 4FT9A 5IMXA 4JQ8A 5AX3A 5IA2A 4UZDA 2XK3A 3POOA 3AXWA 4O7LA 5F4NA 2OFVA 3QL8A 4YHJA 3OD6X 3ZDUA 4DH1A 2X8DA 4OW8A 2C5NA 2QHNA 5IISA 2OIBA 3A7HA 2XYUA 3DS6A 5EKOA 4C4IA 5CALA 4GK3A 2H34A 4ZTHA 2CNQA 4IX4A 3P86A 3KRJA 4BYIA 1OIUA 4K33A 3TNQB 3PJ3A 5H9BA 3NWWA 4JDIA 4EZ3A 1CKPA 3LLAA 3F9NA 5AUWA 1U5QA 5KMIA 3PSDA 2A19B 5EW9A 5CU0A 4N6ZA 1BYGA 2QURA 3L8VA 5JT2A 3DT1A 4WSYA 5K4IA 3D94A 4MWIA 4ACDA 4QMOA 1V0PA 3DPKA 5EKNA 2B52A 2QG7A 3BE9A 3FQHA 3QHRA 2XKDA 3VQHA 1ZARA 2R3GA 4G17A 1JSUA 3MFUA 2WMAA 4ERKA 3G0FA 3UVRA 3FZ1A 3G2FA 2IZUA 1WVYA 3OS3A 4BI1A 2E9UA 3CS9A 4K8AA 2R2PA 4QYYA 5GNKA 2GS7A 3FZSA 2CMWA 2YIYA 5BVWA 2C6LA 3AT4A 4G3FA 3CKWA 2WMTA 5FP5A 4NT4A 4BR3A 4DHIB 3LFDA 2O63A 3PLSA 2BR1A 4S34A 4P90A 4FTJA 1VJYA 2PZIA 4O0SA 4BZDA 2B9IA 4I21A 5ETAA 2J51A 3LJ0A 3FY0A 1KV2A 3FUPA 4I5PA 4OTDA 3RVGA 4MXOA 1BLXA 4TYEA 2Z7RA 3R8LA 2YA9A 4QMSA 3UQGA 3O23A 5EYMA 2CN8A 3BL9A 3JVSA 3IW5A 4FODA 3TN8A 3QKMA 3WI6A 3PVWA 5CVGA 5AA8A 4G1WA 3BLAA 4FVRA 5EDQA 3CKXA 2VTOA 3I5NA 1UNHA 3Q32A 2X81A 4IZYA 2IG7A 4GT3A 4IVAA 4IWDA 5T3QA 1ZRZA 3AKLA 5HLNA 4CFUA 1UU9A 4A9SA 4DEEA 4FZFB 4DA5A 1G8AA 4IX3A 3RM7A 3LFNA 1KE6A 2PVLA 3LVPA 5BMSA 2BRHA 5L2SA 1YDSE 5L2WA 2QOQA 3NPCA 4CXAA 3ZUVA 4QTDA 3QQGA 4GK4A 3OROA 4S33A 4JR3A 2A4LA 4D4YA 2HOGA 4C4FA 2QCSA 3O2MA 2VD5A 5IQBA 2W5HA 4GYGA 3RCJA 2UW0A 3GC8A 1OI9A 2HWPA 3BQCA 4FSQA 4GCJA 3IW6A 1OIQA 2ZFYA 3EN6A 4J97A 2P2IA 4F7JA 2J0IA 5CAVA 1FPUA 1ZY4A 1UKIA 3D0EA 3LXPA 2BHEA 4LRMA 4RFZA 2BAKA 3UIMA 3F69A 2VTQA 3QTWA 3R21A 1UA2A 2WMUA 3FHRA 5A4TA 5DR6A 2WEIA 4LL0A 4RIXB 3GU5A 1WBWA 3I7BA 3OWLA 4U8ZA 4XOZA 3Q5IA 2X9EA 3EQFA 4F0FA 2PK9A 5DWRA 2OXYA 5C9CA 3ZFXA 4E20A 3CQEA 4NSTA 4MXZA 2CCHA 2PUNA 4QO9A 3FMLA 1PMUA 4IM2A 4AFJA 1TVOA 4FTRA 5FRIA 5TF9A 3R04A 4I4EA 4IMYA 2HIWA 2YCSA 4U3YA 5ANDA 4EYJA 1UWJA 2KTYA 3M42A 3MTLA 4FZ6A 2ITYA 3TI1A 2VWVA 1ZY5A 3N4TA 5LVNA 3I0OA 5HVJA 1JKSA 4YSMA 4KINA 5LXMA 1YKRA 2NRUA 2PVJA 3VHKA 2WTJA 1FVVA 4RA4A 3D7TB 5AUXA 5JH6A 4IX6A 5AV2A 4IVDA 3DJ6A 3OY1A 2UZVA 3VC4A 3ZH8A 4FR4A 4PY1A 3ZO3A 4WRSA 4RIXA 4YZ9A 4OTIA 3FXZA 4E8AA 2WQOA 4O7VA 4UWCA 5AP7A 2ZDTA 4X2GA 4CT2A 4GEOA 3BGQA 3ZONA 2BALA 4MHAA 2QKWB 3PFYA 3OCTA 4LFIA 5CF6A 3D9VA 2DWBA 5EHOA 4FNWA 5AUUA 3P08A 1FGKA 4FIHA 3BIZA 3HLLA 5K3YA 4ANMA 4GFGA 4IHPA 5AADA 4E93A 3NAXA 3PP0A 4GW8A 4J53A 4C37A 4CKRA 1KUTA 3MVHA 3QLFA 4BBMA 3VF8A 1W7HA 2BZIB 1KE5A 4QYHA 4O0RA 4LMUA 4O7SA 2ZV7A 3MTFA 3HA6A 4TYHA 3PXKA 4MK0A 4HYUA 3CEKA 3LFQA 4J98A 2QOKA 4EHEA 3UP2A 2VX3A 5IH6A 1TQPA 2RFSA 4IB1A 2BTRA 3QRKA 3ZRLA 5EOBA 1ZYCA 2OH0E 2XIZA 4O0VA 5I0BA 1YI4A 3EQIA 2R3PA 2W9ZB 3GU4A 5E90A 1XWSA 4FNZA 3V6RA 3ZM4A 3PWYA 3QYZA 2V22A 4G9RA 5FXQA 4G3DA 4ZMEA 2PVRA 5A4LA 4ZEGA 2ZMCA 4BF2A 3QAME 4YNOA 4WG3A 4BGHA 3TNIA 4EHGA 3FJQE 4FOBA 4YNEA 3NUAA 3FXXA 3AMAA 2V7AA 3DKGA 3SG8A 5AP2A 3OT8A 3VBXA 3KRWA 5JGBA 3CY2A 1SNUA 3DK3A 4PDPA 3EZVA 4Y85A 4NM7A 4HJOA 3U8WA 3UO6A 3W0PA 1X8BA 3HVCA 3MH0A 2WIPA 1OIYA 1H8FA 2CKQA 5BYYA 4RJ6A 3Q96A 4FT0A 3BI6A 5CVHA 2PMIA 5FEEA 2XYNA 4M69B 2GFSA 4AT4A 3SD0A 4BDJA 2J0JA 3U4WA 1WVWA 4GFOA 1XQZA 4J96A 3RAKA 2BVAA 4NTTA 3HP2A 5CQWA 2W1CA 2VWBA 1W83A 1M52A 4IZ7A 3ZZEA 5IQDA 4OUCA 4M84A 3IONA 4KWPA 3DBCA 1FBNA 2CNVA 3D4QA 5GIOE 3D2IA 5JZJA 3PXQA 2J0MB 2WZJA 2BZKB 3DXNA 3A7JA 4TRLA 2BMCA 4A4OA 2ZJWA 2B1PA 2BDJA 5M06A 4YJVA 2YITA 4XHKB 4EK4A 4QMNA 4QTBA 1KOBA 1Q61A 5EM7A 3RWPA 3W0OA 3WZKA 4QYFA 2XIKA 4ZMFA 5D41A 4II5A 2Y9QA 5DEYA 4G3GA 4EUTA 2WQBA 3P1AA 3HA8A 2WMQA 3M2WA 4KIQA 2HXQA 2JIIA 4FX3A 4RMZA 1Q24A 3KXZA 4AW0A 4B7TA 4C62A 5A9UA 3ODYX 1VEBA 4CV9A 2JAMA 4J95A 4RWJA 2E9NA 3HP5A 5ANOA 3LKMA 4QRCA 1JSVA 5EW3A 4EUUA 4NZWB 3BGPA 3HNGA 2WMSA 4BCGA 2JDSA 4LL5A 3WZDA 1Q3DA 2EXMA 4TZRA 4WNPA 2BFYA 3SKCA 2B0QA 3V3VA 5LVOA 4BDKA 2PU8A 5EM5A 4ZTQA 3W55A 4XUFA 3MSSA 1GIHA 3HMIA 5CTPA 5M56A 4JDHA 3BLQA 2BTSA 3KREA 4JMQA 4ONAA 4RVLA 3P79A 3ROYA 2JDVA 3PLAE 3EQRA 2HW7A 3MESA 4EOSA 4RJ8A 4E7WA 2X2MA 3F7WA 3PWDA 2XKCA 4MKCA 4BIEA 4ENYA 3BGZA 2OK1A 1VYZA 2PYWA 2UZOA 4UXLA 2UW5A 1GJOA 2OI4X 2I40A 4A7CA 4BCOA 4G5JA 4DF3A 1VZOA 4UYAA 4IX5A 5CVFA 3DNDA 4O27B 5HCXA 4DFYA 3UC4A 3WILA 4HPUE 4FT5A 3UP7A 3PY0A 4EOPA 3VUMA 3PTGA 3UZPA 4TPTA 3MWUA 5BVKA 3F3VA 1PXPA 3ZU7A 1Q5KA 4EWQA 4YR8A 4O7ZA 4C35A 2REIA 3ATSA 3ORKA 4I6BA 4KKHA 4RFMA 4BKJA 3NUYA 5CF8A 5AP5A 3Q9XA 4JBPA 2WHBA 5AIRA 2QODA 3EQHA 5DHJA 2V0DA 3O17A 5IA0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite