3NFFB

Crystal structure of extended dimerization module of rna polymerase i subcomplex a49/a34.5
Total Genus 9
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
9
sequence length
115
structure length
110
Chain Sequence
YQPPSDYKQCKHLKSFPVSELKGDNKELWLMKVPANIDISQLKSLPLDTDATVSTVELGSKNFNVLQNTSTQEGSDNTNLSLLIPSKKETLKVATSKSVYFDRVFTISET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNA Polymerase I Contains a TFIIF-Related DNA-Binding Subcomplex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RNA polymerase I subunit A49
molecule tags Transcription
source organism Candida glabrata
total genus 9
structure length 110
sequence length 115
chains with identical sequence D, F, H
ec nomenclature ec 2.7.7.6: DNA-directed RNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.140 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3nffB00
3NFGB 3NFFB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FMKA 1S9JA 3DDPA 4DG2E 4I5CA 1M7QA 4R7IA 5C03A 3W2QA 4EH4A 2JAMA 2VO3A 4XLVA 4BCOA 3AD4A 1H26A 1L3RE 2QD9A 3ATTA 4G31A 4FK6A 5HG9A 4NM5A 2C6OA 5AIKA 4AT5A 2JDRA 2XAOA 4BC6A 3O8UA 3PPZA 4BGGA 2F4JA 3UDZA 1TQPA 2QOLA 1VLRA 3OOMA 5D41A 1H1SA 4DBNA 3ZO3A 3DBEA 4KA3A 2YERA 4HGSA 1G8KA 3G15A 3UP7A 3BQCA 3PSBA 3PWYA 3R9NA 4X3JA 4QMLA 4II5A 5IA2A 1Q4LA 3E8EA 4HCUA 4Z3VA 5LWMA 4NSTA 4CRLA 4LMNA 3W32A 3AXWA 4KS8A 2OZOA 2QOQA 5GJGA 5EFQA 3VNTA 2ETMA 4GUEA 2P33A 3BPRA 2WMBA 2W1GA 4HPTE 2ERZE 4FEQA 4J99A 3LFAA 1VZOA 3ORNA 4EQCA 4FV2A 3MVHA 4IC7A 2KTYA 3UNJA 5IZFA 3KCKA 3R7OA 2V5QA 5M4UA 2UZUE 2NPQA 3WIKA 5ANDA 3BLAA 4ZK5A 3JPVA 3P4KA 4LRMA 1DI8A 4YTCA 5LQFA 1PKDA 3MJ2A 3HUBA 2HZ4A 3VRYA 2WXVA 2ZV7A 1J1CA 3HRCA 3JS2A 4WA9A 3V8TA 3RK7A 4RJ6A 2GNFA 3F61A 3SAYA 2WZJA 3PG3A 1JNKA 3PP0A 4FTTA 5FXSA 3WF7A 4CD0A 4JBOA 3DB6A 2J50A 4ITJA 2DQ7X 3D15A 3KVXA 2WMUA 4J98A 4P2KA 1YOLA 3KIOC 3KL8A 4RT7A 4X7QA 4I6FA 4BCKA 4EZ5A 3I81A 4DH7A 5BVEA 1XJDA 3BU6A 3EKNA 2UZVA 2VWVA 4L3PA 3FLWA 3FLYA 4FL3A 3BRBA 2GTMA 4FTLA 2XK8A 3QTQA 2ITVA 3QA0A 5I9VA 1YWNA 5LVMA 3R1QA 4LV5A 5J9LA 3W0NA 5AJQA 2UZBA 3IPHA 4MF1A 2O0UA 4MXCA 4DTBA 4J71A 4AXAA 2PU8A 2YCSA 4IZAA 4KRCA 2DUVA 2YEXA 5HIDA 3MTLA 3KRLA 4L7FA 5DGZA 4BDGA 2QO9A 3OFMA 3QQUA 5CU3A 2XCHA 2CGUA 4LDTA 4M14A 5FDPA 5EQEA 4AN2A 3UQCA 2FVDA 3FZ1A 4G6OA 4MBJA 4MKCA 1SNXA 3UOKA 3I6WA 4CV9A 2C1BA 3FHIA 3TKHA 4YJQA 5C26A 3O7LD 5IUIA 5JMSA 3PPJA 2QR8A 5EOLA 4YHTA 2WOTA 3UZRA 4TNDA 3VC4A 4PY1A 3VF9A 3VBVA 1UU8A 4NYEA 1BYGA 1VJYA 2H96A 3GOPA 2VTJA 3OT3A 4DF3A 3BYMA 3DY7A 3R8ZA 3P0MA 2BRBA 3FC1X 1X8BA 4UYNA 5IA4A 3RPOA 1YDRE 4FTNA 1ZMWA 3DKCA 4H1JA 3R8LA 5CAVA 1FMOE 4K11A 4BGHA 4UYAA 4K1BA 3DXPA 3MFSA 4RVTA 2XB7A 3QCQA 4A06A 1KOAA 5J1WA 2ZDTA 4QYYA 4YNEA 4ANBA 2REIA 4H3BA 3WZEA 4C0TA 2J5FA 2ZV8A 1GZKA 1SYKA 1Y6BA 3BE2A 2VO6A 3PZHA 5L2IA 3HAVA 4B8LA 3PE2A 1WFCA 1FBNA 4RRVA 2JDOA 1ZYLA 2YIRA 2ITYA 2W4KA 3QKLA 5M06A 2HK5A 4I6HA 1JBPE 3Q4UA 4C62A 4MNEB 5JFVA 4ANLA 2IW9A 4YNOA 4FT9A 3KK9A 5AUUA 1RJBA 1ST4A 1XHAA 4M13A 5KUPA 4JAIA 3CSVA 2DYLA 3R2YA 4OTHA 5HE1A 3QD4A 4APPA 2AC3A 3EFKA 4X0MA 1LPUA 5FG8A 2PE0A 4QP2A 2W99B 3BX5A 4FUXA 2OIBA 3Q5IA 1JAMA 1Q62A 3ORIA 1H00A 5E8XA 4D5KA 3AT4A 4NTTA 4F9BA 4ANSA 4HOKA 3HP5A 5L3AA 3G0EA 3K54A 4YZDA 3F69A 3C4XA 1TKIA 4A4LA 3N4UA 2QOBA 5DVRA 1H08A 1FVRA 2XK7A 5HCXA 4L3JA 3HDMA 2PVMA 4O7ZA 4P4CA 3SG8A 4HZRA 4MWHA 5EDRA 2J90A 3HLLA 4O0TA 4QNAA 5ETIA 3QCXA 2UVYA 3EN9A 3IOPA 2YIXA 2RFSA 3UOHA 4C7TA 4BY9E 3KN5A 5G1XA 3R02A 3W0OA 1ZOEA 3COHA 3DKOA 3LCSA 4DINA 2ETKA 4ANMA 3EQCA 4WBBB 4FEUA 3PPKA 4YPSA 5FGKA 1UU7A 3TV4A 1H1RA 2GS7A 2JIVA 3QTUA 1GZ8A 5TT7A 5JZJA 4I24A 4EHGA 3W0PA 5ANEA 4K8AA 4RMZA 4EH5A 5CAOA 2WMVA 3MB7A 2HELA 3RAHA 4AW2A 4OBOA 5C01A 3U6HA 2RGPA 3I0QA 3N51A 4AU8A 3A4OX 5FUTA 3LAUA 3N4TA 2R3GA 4FTQA 4G3EA 2FH9A 3A99A 2VWBA 5HORA 4QP3A 3E88A 4U41A 3KMWA 3WF5A 1JSTA 3V04A 3KA0A 4MAOA 2ITPA 4YP8A 2BMCA 4RWLA 4BN1A 1PYXA 5L2TA 4UXLA 2Y9QA 4ACGA 4D0WA 4ZZMA 2F57A 2VTLA 4WG4A 4D0XA 3AQVA 4A9UA 2Y4IC 2OK1A 4A9SA 3UMWA 4G3FA 3ZTXA 5E1EA 2ITTA 2RFDA 3C0HA 3DNDA 3II5A 1SMHA 1O6LA 2PL0A 3VW6A 5CQUA 2QOIA 4M15A 3UYSA 2QG7A 3QC4A 4FIGA 3OUKA 4BZNA 5M08A 2IWIA 2OGVA 5CVHA 5IA3A 2W1HA 4W4WA 1JVPP 1OL1A 4Z7GA 3V5JA 1Y57A 3M11A 4DEDA 1KUTA 3EIDA 4QT1A 1P4OA 3H10A 2WMTA 3FL4A 4AZFA 1PXKA 4QTAA 3CD8A 5AUTA 2VTHA 5AV3A 4LMUA 3KXXA 4HYUA 4E4XA 4C34A 5HZNA 3G6GA 4FVRA 4GJ3A 3I4BA 2PZIA 5JT2A 2Y4IB 4GU9A 3V6SA 1XBCA 4CZTA 4FKWA 4U5JA 5A6OA 2WTVA 3OG7A 5IA5A 3WE8A 5CF8A 2W1IA 4DFZE 5CT0A 3SXSA 3PVUA 4HYHA 1UWHA 5FM3A 5CSPA 4YMJA 2EXMA 3ZM4A 4AWIA 3TL8A 3F5GA 3NLBA 3BWFA 2F7ZE 4FIEA 1J1BA 1K3AA 3P7AA 3NUSA 4ZSGA 4UBAA 5KMIA 1W82A 4EJ7A 1PJKA 2XMYA 5CENA 5CEPA 1Q41A 4YURA 4AA4A 5CASA 3CLYA 3GEQA 4FG8A 5BMMA 4AW1A 3PE1A 2XNBA 5CXHA 5HTBA 3VN9A 1QPDA 4BZOA 4OT5A 2PMOX 2CGVA 5IEXA 5AV1A 3D2KA 4S2ZA 4WIHA 3ZZEA 1UU3A 4IC8A 3CTJA 4FKGA 2IJMA 4C4FA 3NAYA 4OTRA 2JD5A 1T46A 2B9IA 2PPQA 2YWVA 2BHEA 5DEWA 3WZUA 3UG1A 4WG5A 2OXYA 2IZSA 3KRRA 4E5AX 1WMKA 3DLZA 3C4FA 4F4PA 2X6DA 5HLPA 5IUHA 3NRMA 2CCHA 4FZDB 4YZ9A 5HCYA 1ZLTA 3FKLA 4G3GA 4O7LA 3ZMMA 3EB0A 2XP2A 4QMMA 1R0PA 3H0ZA 5KZ0A 3CPBA 4J96A 4RJ3A 4U42A 5BYZA 4DHZA 4UZDA 3ZXTA 3PG1A 1GOLA 4RC3A 4ENYA 2R4BA 3FI4A 3PVWA 2GNIA 1CKPA 2ACXA 4I23A 2Q0NA 4O0RA 4W8EA 1XH4A 3FMMA 3AOXA 2W1ZA 3UOJA 4UV0A 4WRSA 3VULA 4U97A 4C37A 1WVXA 5CVFA 4C4HA 5EDQA 5ANJA 2O3PA 3EQPA 3QKMA 4KBKA 4WO5A 5KZIA 4AN3A 4UN0C 2YIQA 2X0GA 2YHVA 4DITA 2QVSE 3AKLA 5CI6A 2Z8CA 4S30A 4XBRA 3W2SA 3MH1A 4AXCA 3R9DA 2O65A 3C4CA 3CKWA 4AGCA 2QLUA 2C3LA 2R3JA 4XG9A 3LZBA 3OWLA 4C58A 2BILB 4DFLA 4EYMA 4XBUA 1OUYA 4S32A 3VBYA 4JX7A 3DFCB 2RFNA 4IAAA 3BHTA 4GUBA 3PFYA 4NCTC 4IM2A 5D10A 3ZM9A 4IJPA 3NAXA 2W0JA 5IQGA 2GHMA 4BB4A 4F7SA 5CAPA 1ND4A 4Z7HA 4DEIA 5HNIX 4IHPA 5D1JA 3EFWA 2VTAA 4IVDA 4RJ7A 4PTGA 4YSMA 4FZAB 3OXIA 4U80A 4YHJA 3VAPA 3TJDA 4E6CA 2PMLX 2XS0A 4PMTA 1Q3WA 3BGQA 2PVHA 1IR3A 5FEQA 3F6XA 4FX3A 1VR2A 3MDYA 3M1SA 4ZLOA 4RFMA 3LFNA 4HCVA 2HENA 3T9IA 1J7IA 3W8QA 1YXTA 4S33A 3R7UA 3FLSA 1IAHA 1YOMA 2BVAA 2Z60A 3FI8A 1AQ1A 3TG1A 3JYAA 3UVQA 3ZLWA 3CS9A 3R22A 4JXFA 4EC9A 1R78A 3VF8A 3OUNB 4NJ3A 5EKOA 4QQTA 2W1EA 2CNUA 4FA2A 1ZOGA 4C38A 4F78A 4GFMA 2R7IA 2JDVA 4EOJA 4OTDA 1IEPA 4RX8A 2WHBA 2XRWA 5DRDA 5FD2A 2ITXA 3Q9ZA 5T68A 4G6NA 2XKCA 5JN2A 2I40A 1Q8UA 4X2FA 3G2FA 3D5WA 2YACA 5DHJA 3W0MA 5EYKA 2OZAA 2YIWA 4LL0A 2X2KA 4KUJA 3NZ0A 2GPHA 4KBCA 5DR2A 3JVSA 4FVPA 4ZXTA 5HG7A 4O27B 5IDNA 3ODZX 2CNVA 1XBBA 3QGWA 1PXLA 2PVFA 1V0PA 4EOOA 3FMEA 4EZ7A 2H6DA 1UA2A 4IZ7A 5GNKA 4FE2A 2NO3A 1W84A 1R1WA 1MRYA 3PZEA 4LGHA 3ZRMA 5C8KA 1KSWA 2BHHA 4JG8A 5ETCA 4QMUA 1QPEA 3OWKA 4YJOA 5B2KA 4XV2A 4ASDA 2OF4A 1FVTA 4YTHA 4AG8A 4C4JA 4KKHA 1ZOHA 2VTMA 3TUBA 2BTRA 4IWPA 3TZMA 1OECA 1PMNA 5BNJA 2J0KA 2VGPA 5DG5A 1WCCA 3V8SA 3UIBA 1H07A 5DNRA 2GFCA 5BVDA 2X81A 2ZV9A 5AM6A 2WQOA 2CKPA 2UZNA 3QLGA 3SA0A 5L6PA 4IMYA 3KXMA 3BL9A 3QL8A 3EZRA 2JIIA 1U59A 2J51A 2VX1A 3DJ6A 4MCVA 4P7EA 4NUSA 4WBOA 4PF4A 3ZUUA 5IA0A 4QMSA 3AT3A 4PTCA 1TFFA 2VWYA 4IJ9A 3EQRA 2Z7SA 4L01A 4FIHA 4QMXA 3RZBA 2J9MA 4KBAA 3HL7A 4AZVA 3LCTA 2A0CX 5F4NA 4AXEA 4J52A 5IH4A 4DGOA 4O0XA 4O22A 1R3CA 1OPLA 2OZAB 2UV2A 5D9HA 2R0UA 3LIJA 5JKGA 4ACMA 2RFEA 4AA5A 5LMKC 2QI8A 5CF6A 5EOBA 4D2SA 3ORKA 2ZVAA 4E6QA 4NTSA 3RHXA 3FBVA 4C3RA 2C6KA 3IW5A 3PY1A 2GHGA 2XIKA 4WG3A 4E5WA 5BUJA 5LWNA 4FKJA 4L44A 3HV3A 3O71A 2QOCA 3UMXA 2W9ZB 3JXWA 4UWBA 5LVNA 2UW9A 3S95A 2QQ7A 4M97A 5C8NA 5EK7A 3CTQA 5I9YA 3QA8A 3VBXA 1H24A 4BHZA 1OL7A 4UWCA 2ZB1A 3AMAA 4EKKA 4FG7A 2RF9A 2X4FA 4EJNA 5BQ0A 2B54A 4TPTA 5HG8A 1PMEA 4JQ8A 3GB2A 3KRJA 4O0VA 5AUZA 3DXNA 3LM5A 3QZIA 3A8WA 3UOLA 3FPQA 1KWPA 3F5PA 5D7VA 4ASXA 3F2RA 3FXZA 3KKVA 5E7RA 3NEWA 2WPAA 4AA0A 3OOGA 4O21A 4K6ZA 5DOSA 2Z7LA 3DTCA 4LFIA 3R7VA 4K0YA 2WD1A 4MXYA 2ZDUA 3GCPA 3RJCA 3O8TA 4EOPA 4OGRA 4MEDA 2YM3A 2JEDA 2XJ0A 3I6UA 1GAGA 2PMIA 3R83A 4O0SA 4MD7E 1BX6A 4JDIA 3Q60A 4BTMA 3FV8A 3AC2A 2ESMA 5AUWA 2QODA 4WT6A 4CCBA 1ZRZA 4JG7A 1YRPA 5AUVA 1NA7A 4N70A 1FGKA 3C1XA 3H9RA 4GK3A 4IAZA 2J2IB 4RSSA 4FOCA 1H1QA 3TZ9A 2YM5A 1XMMA 4FZFB 4A9TA 4YGAA 1OITA 2F2CB 1U5RA 3HV6A 3W0QA 4JT3A 3L9PA 1F5QA 3QUDA 3DFAA 4EZ3A 2PVRA 4USDA 2QO7A 1PXMA 4FNYA 4M67A 1LP4A 2GS6A 2HZNA 2XM8A 3BELA 4RFYA 4V05A 4C4GA 4E8AA 3GU8A 5H2UA 5E8TA 2QOOA 1UKHA 2WTDA 3DAEA 4FT3A 4YLKA 5K5XA 3ZLYA 3WARA 5HCZA 2OO8X 2C6TA 1IRKA 3DXQA 3O17A 4RQVA 5CI7A 4RC2A 2YM7A 3D7ZA 4RZVA 4ZY4A 5KCVA 3SVVA 4KNBA 4FGBA 4FGRA 4XX9A 3P9JA 4DGMA 4IBMA 4IZ5A 5JQ5A 5T3QA 4C36A 3TMOA 3MH0A 4Z16A 4TW9A 2HWPA 3ML1A 3SW4A 3A7GA 3AC5A 5TO8A 2EUFB 3PUPA 5HD4A 4IW0A 3UGCA 2UW6A 3H3CA 3NX8A 3EQIA 2OF2A 3S1HA 2OKRA 3MH3A 5HLWA 4S31A 4DH8A 3NW7A 4PQNA 3OY1A 4XMOA 1BMKA 2CLQA 2XALA 2YCFA 1PXIA 2ZOQA 5H8EA 3ZSGA 1W8CA 1IA9A 4ENXA 1XQZA 3CQEA 3EYHA 3H30A 4BKJA 3I7CA 5L2SA 3IGOA 3P23A 3DS6A 4ZTHA 3E87A 3FZPA 3TUDA 3M2WA 3KXZA 3DJ7A 3P1AA 4RIXA 3D0EA 3UDBA 5DPVA 3UE4A 4BCJA 1KE6A 2XNPA 3LHJA 3PTGA 3ORZA 3SV0A 5IU2A 2OH0E 4NFMA 3CGOA 3QU0A 4MXXA 4ZIMA 3VBTA 4GVJA 2NYAA 2W1DA 4YJRA 3SRVA 5HTCA 3MIYA 1CTPE 5H8BA 4UY9A 2YZLA 3UTOA 4IM0A 2UZEA 2XARA 3EN4A 3EQDA 3UIUA 4BR3A 3PXQA 4FV3A 5D7AA 3GU4A 3KU2A 2R2PA 4XYFA 1OMWA 2ZV2A 4Y95A 4A07A 4ITIA 4L42A 4NFNA 2W5BA 5IQIA 4BDEA 4ZEGA 1WZYA 4NW6A 1TQIA 1RQQA 2CN8A 3TEIA 3P7BA 4X2JA 5AAFA 4YZCA 2GQGA 4DT9A 4LI5A 2BAQA 1DI9A 3AD6A 4FODA 4QO9A 4TNBA 1A48A 4TZRA 3S3IA 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 3NFG B;  3NFF B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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