3NFGB

Crystal structure of dimerization module of rna polymerase i subcomplex a49/a34.5
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
120
structure length
120
Chain Sequence
GYQPPSDYKQCKHLKSFPVSELKGDNKELWLMKVPANIDISQLKSLPLDTDATVSTVELGSKNFNVLQNTSTQEGSDNTNLSLLIPSEKKKETLKVATSKDNKSVYFDRVFTISETARIP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNA Polymerase I Contains a TFIIF-Related DNA-Binding Subcomplex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
molecule tags Transcription
source organism Candida glabrata
total genus 16
structure length 120
sequence length 120
chains with identical sequence D, F, H, J, L, N, P
ec nomenclature ec 2.7.7.6: DNA-directed RNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.140 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3nfgB00
3NFGB 3NFFB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZAZA 2W5HA 3UDBA 4WNPA 2WMTA 3COIA 4QTCA 3DU8A 4FTRA 4M12A 2R3RA 4EK5A 5EH0A 4EI4A 5KHXA 4FUYA 4I20A 5L6WL 4YHJA 4RBLA 3KXZA 1R0PA 5HG8A 5CU6A 3OTUA 1PW2A 1PXNA 1GIHA 4W4YA 1LP4A 2R7IA 3ZLYA 4YZDA 4ACMA 2XAOA 4D1SA 3C4ZA 3GCPA 1GNGA 3UNKA 2JFLA 3EH9A 2VO7A 4ASDA 4N0SA 2BIKB 3HMOA 4RZVA 4Q9ZA 1XBBA 2BKKA 1BMKA 3F2RA 2PVYA 5C26A 3LQ3A 4L52A 1MQBA 4M97A 3LZBA 4NJDA 4O7SA 3F3ZA 4OTRA 5DGZA 2ETKA 4FV3A 4IW0A 4MF1A 2VTRA 4TW9A 4BBFA 5L2SA 2A2AA 5LMBA 2PZRA 1PJKA 2RFNA 3Q60A 4CLJA 3IO7A 3E62A 3MBLA 4H3PA 5LVLA 4O0YA 3UIXA 3FI3A 3L9PA 4AZEA 4OBPA 3B2TA 3QTSA 3NNVA 5ANGA 3CQUA 2CCHA 2V5QA 4UALA 5FD2A 1S9IA 3HUCA 4GL9A 4U97A 3TJCA 4NUSA 4WUAA 2HZIA 1ZXEA 3V6SA 2JDVA 2O63A 4C62A 5HIBA 4QNAA 1YXUA 4OTHA 3FSFA 3QYWA 2YAKA 4YBJA 2QLUA 4F1TA 3JS2A 2WMWA 4KKGA 4U42A 3VRYA 4EEVA 4PMMA 2NO3A 2W7XA 2FUMA 2WU6A 3D4QA 4V01A 5E1EA 3HAMA 1WMKA 3QKMA 2X4ZA 3UTOA 2PVNA 3BL9A 3D94A 3F3WA 4QTBA 4NKSA 4R5YA 4C4EA 2O8YA 3GU4A 4EHEA 1OIUA 4XV1A 1SYKA 4FV0A 5HHWA 4HOKA 4QPAA 5CYIA 2XVDA 2LAVA 3ZLWA 4ZTQA 5F4NA 3SW7A 5A14A 5CAQA 5E92A 3LFBA 5M44A 3JVRA 4TYEA 4V0GA 5LQFA 2J90A 4GVJA 5ACKA 4ZXTA 5ETIA 4EBWA 3UODA 4FTMA 4FICA 2JKMA 3LE6A 3MDYA 3QLGA 4RJ5A 3DJ7A 4FKSA 4XG2A 4XG7A 3P5JC 3QX2A 4FKTA 3MFRA 5JGDA 4XV3A 2DUVA 2F2CB 3U9NA 4ZZOA 1JAMA 5TT7A 2O64A 5D7AA 4I93A 4LQMA 3SKCA 2DWBA 3TKUA 3CC6A 3HV6A 4HNIA 4I6HA 3U4WA 5CAUA 4HW7A 1OECA 3EQDA 5FQDC 5ETFA 3W2SA 3PVBA 2ITWA 2RF9A 5EHYA 5D10A 4ZTNA 2AYPA 5FDXA 1KOBA 1Q8YA 4ZTLA 3V51A 5L6OA 4R77A 2W5BA 3ZRMA 2GTNA 4IAKA 4BYIA 4XHKB 2YIWA 4QPSA 3FI4A 4O2PA 4C59A 5M4UA 3IS5A 4HVGA 4KIQA 4IZYA 2WTKB 3ZO2A 5HVKA 3FMHA 3R7VA 2YCQA 2JIVA 3NFGB 3UYTA 4ORKA 1P5EA 4QDVA 3G9LX 3CTQA 3KIOC 3RHKA 3A4PA 3Q4ZA 1H4LA 3QD3A 5JQ5A 3PLSA 5DLSA 4EZ5A 1GAGA 3L9LA 2OKRA 1BUHA 3ZUVA 2I40A 3E7OA 3C9WA 3D0EA 3NYOA 3NMUF 2HYYA 3BYMA 1PHKA 2ERZE 4I92A 3PXKA 3QQGA 4Z55A 3Q9XA 2YAAA 4AXDA 5CF6A 4F0GA 5IUHA 4ZY4A 4OW8A 2VAGA 2VWZA 4IX6A 5CI6A 4F6WA 1PYEA 3FEGA 4HGTA 4DGGA 3VONA 1STCE 3FY2A 5TOZA 3W32A 3WYYA 2Y4IC 2KULA 3BI6A 4J95A 2QOOA 3SXSA 1VLRA 4RG0A 2NNWB 4BICA 1FVVA 4LOOA 1P4FA 4PNKA 1W83A 2WOTA 1IR3A 1JKSA 2JGZA 3ANRA 3ZLXA 3VS1A 2C5VA 5LVNA 2XNBA 1A9UA 3FPQA 3ORLA 4I41A 3ORIA 4J8MA 3DDQA 1OUYA 1UVRA 2QHMA 3FMKA 1CKJA 3DLZA 1ST4A 1OITA 4MD7E 3W8QA 2R3PA 4XS2A 4E6QA 1ZOHA 3W55A 2QR7A 3LAUA 3MH0A 2XBJA 4ID7A 1XWSA 1YDSE 4WT6A 2W99B 2B4SB 2YA9A 3PPKA 4LV8A 5EHLA 3V8TA 3HV5A 4QYFA 1PMVA 4G9RA 1JPAA 3AC4A 1NY3A 2VTSA 4DTKA 1WBPA 3EL8A 4NWMA 3ZEWA 4BDBA 4BDAA 3OUKA 4FZAB 2WTJA 3IW4A 3CD8A 3AT4A 1CSNA 3FQHA 4PV0A 4R6VA 2XK8A 2Q0BA 4J7BA 3WF9A 3QTQA 4ZTMA 5HG9A 4YTHA 5M4CA 2XMYA 5AX9A 2CKEA 3SG9A 5KZIA 3ZXTA 1YWRA 3VQHA 3MH2A 2WMBA 3GCQA 2QOIA 2X9FA 4G3CA 3BE2A 4MTAA 3OCTA 2OJJA 2ZM4A 5E7RA 4FG8A 4FSTA 1V0OA 2P2HA 3UOHA 2E9VA 5KBQA 3DBEA 4QYHA 1Y91A 2C1AA 2Z7SA 3ZZWA 4G9CA 4L44A 4D55A 2W96B 4DEBA 4YZNA 1BLXA 4IWPA 5EW9A 3BU5A 3QRKA 4KUJA 2UW4A 5KMIA 1LEZA 5E8WA 5LARA 5ETAA 3U6JA 4UN0C 3FMLA 4H3BA 5AUYA 3D7TB 5K4IA 3G33A 2W4KA 2XP2A 2OO8X 3E8DA 4C38A 3H10A 4DFXE 1FVRA 1OPJA 4ZS4A 4YUQA 4AOTA 4IM3A 2JEDA 2EB2A 3ALNA 4X7QA 3PRIA 3GU5A 4GFMA 4PDOA 3EKNA 3FSKA 2F49A 3QTWA 5CNOA 3DA6A 4DFUA 2YWVA 2HXQA 3ORNA 3ALOA 3PE2A 2OWBA 4I94A 2YM3A 3TMOA 4AN9A 4Z16A 3EQPA 5FTQA 5CU4A 5LCKA 3FUPA 5IG1A 3ZTXA 3KULB 1RJBA 3UQCA 1W8CA 4BBEA 3EWHA 4Y5QA 3NUUA 4O0VA 1F3MC 2VTAA 1Q8ZA 5IA5A 4RRVA 2W5AA 4XCUA 3KFAA 4XRLA 3GQIA 3E92A 5J7HA 1MRYA 2R3OA 4HVDA 4QTDA 4MXCA 5B2KA 1IASA 3L8XA 4JJRA 5DN3A 4I1ZA 4AGCA 2ZV9A 1JSVA 3O50A 3V5WA 4EC9A 3E93A 4DINA 2BILB 3GEQA 3UO4A 4B9DA 5E9EA 3RM7A 4F09A 3ZZEA 2W1EA 1GJOA 2O5KA 4F7NA 5C8KA 4II5A 3V04A 3QUDA 4DE4A 3D7ZA 4R1YA 3RPOA 2J0JA 3LVPA 3ZSIA 3KMUA 4IZ5A 5I0BA 2JKKA 1T46A 3DBFA 5F9EA 2PPQA 5AA8A 4MWHA 3E8CA 4A9UA 1Q5KA 4KAOA 1ZRZA 3HP5A 2JDTA 4BZOA 5IMXA 3VUGA 1ATPE 3P1AA 4BTJA 4EOSA 4BBMA 3S1HA 3ENHA 4K2RA 4ZLZA 5M08A 3SD0A 3LFSA 3C51A 3V3VA 2XARA 4FKIA 4OBOA 3GQLA 4YC8A 2GNLA 2RIOA 2CN8A 3A7JA 4LYNA 3ORZA 4A9RA 4FA2A 1ZMWA 2V7AA 3ORPA 4EH7A 3VBQA 2PUPA 1ND4A 3TNHA 5J9LA 4FNZA 3ZBFA 1PKGA 4ITHA 5BVWA 4OTIA 3TNIA 1YVJA 2OJGA 4FOCA 2H8HA 4QYEA 5AM6A 4PMTA 1UNGA 1U5QA 3HX4A 3R1YA 2PMIA 4AW0A 3L8VA 3RAIA 5TKDA 2PY3A 4AFJA 2YFXA 3GU7A 2UVXA 1W7HA 4BCPA 2R3LA 5HLPA 5JQ8A 4P7EA 5T3QA 5E4HA 3R8MA 4WRSA 1H1SA 3RINA 3WZJA 4GV1A 4XBUA 2OK1A 1YI6A 4IEBA 3QA0A 2WD1A 2QI8A 2YJSA 5J1VA 4O91A 3ZYAA 3MI9A 3E8EA 4JMQA 1ZMVA 2OG8A 2A27A 3TI1A 3GB2A 3PY1A 4OR5A 2UW5A 3CY2A 3VVHA 4HZSA 4AOJA 5I5ZA 3FV8A 2WIHA 1KV1A 4GG5A 2VTJA 3G9NA 4TYJA 3HMIA 3W33A 4A7CA 4RIYA 4EKKA 4AE9A 2NPQA 5AIKA 4MNEB 3CTHA 1WBNA 5DFPA 4L43A 5B2MA 4S34A 4G6OA 3R01A 4GK3A 2R3JA 2ZV2A 1I44A 2X2KA 1YKRA 2PVHA 4G31A 4DHJA 3HDNA 4BJJA 3GOPA 4EK3A 4H3QA 5D12A 4GIHA 4FTQA 2WU7A 4FKRA 5AADA 2F9GA 3R30A 1ZWSA 2XNMA 4S31A 1JSTA 4X21A 3LXNA 4R78A 2GPHA 3LMGA 3LHJA 2WXVA 2VWUA 2CGVA 2X8EA 4L46A 4YLLA 4DDIA 3TV6A 5DR9A 4FTCA 4FV6A 3W18A 2XANA 1YDTE 4L3PA 2BZJA 3O23A 3FQSA 4BDDA 2BCJA 3RPRA 2EXCX 2W0JA 3ZHPC 3QAME 4FYOA 2ETRA 2YISA 3OWKA 5AP7A 1PXJA 1RW8A 2GDOA 2P4IA 2XRUA 3KXNA 4HCUA 4F0IA 5AX3A 3DDPA 2VWBA 5HVYA 3BPRA 3DCVA 3MVHA 5DEWA 2XK9A 3OROA 4HJOA 5DBXA 5ANKA 4YZ9A 4F4PA 4QTEA 3NS9A 5HCXA 3HA6A 5IQIA 3T9TA 5FUTA 4GT4A 4NJ3A 1KSWA 4YPSA 2I7QA 1Q4LA 4FE2A 2V0DA 2R64A 5HO7A 3MFTA 4ZP5A 4BDGA 2XIYA 5HTCA 3V5QA 4AU8A 5F94A 3EFJA 3FZOA 2PVJA 3E5AA 4FZFB 4FK6A 3RALA 2OFUA 3UDSA 1XHAA 3D5UA 4JDHA 2ZMCA 1U54B 3LFCA 4JR7A 2JAMA 2QOBA 5BUEA 5LWMA 4BN1A 1PF8A 3G51A 4JBPA 3MIAA 2XS0A 3KKVA 3OOMA 5A4LA 1E1VA 4EH6A 3QQLA 4ZY6A 3TWJA 3UC4A 3PDTA 1K9AA 2R3NA 2YEXA 4E4XA 2I0YA 5IQAA 4F08A 3MH3A 2PU8A 4H36A 5CU0A 4QMTA 4TY1A 3RK7A 5HX8A 3AC5A 3C0HA 2Z7QA 3FZRA 2WMAA 2VWXA 4E4LA 4S33A 3NNWA 2IZUA 2UW3A 5TR6A 2RKUA 3EHAA 3TT0A 5CTPA 3MPTA 4BDIA 2CGXA 4FV8A 3FJQE 3PVGA 4WNMA 4CMTA 4IC8A 3RK5A 3IW6A 3UVQA 5A4QA 4O6EA 2PZIA 1ZAOA 3EQGA 4YJSA 1V1KA 4LOQA 5IPJA 3BCEA 2CN5A 1OKYA 4IE9A 1U46A 3MH1A 3P78A 1UU3A 2BAJA 2C5YA 3PWYA 5D9HA 4YPDA 3LOKA 4U40A 1ZYCA 5M57A 3TEIA 2B9HA 3B8RA 1XR1A 3GXLA 3VAPA 1OGUA 1UU7A 4PL5A 4K11A 3UG1A 1ZYJA 2W1ZA 4FTAA 4C34A 2GHGA 2BKZA 1H0VA 3EJ1A 3FMMA 3V5PA 4WG5A 1YI4A 2IVVA 4MWIA 3HNGA 5M4IA 1VJYA 3EZVA 4CQEA 4MXOA 4BCFA 3POOA 4Y8DA 4B99A 1OVEA 4A9SA 2R5TA 4FT5A 4NCTA 4PP7A 5FEQA 1VEBA 3BEAA 4XLIA 4RJ6A 4IVBA 4ZJJA 3T3VA 5JT2A 1UNHA 3G6GA 4XLVA 3IGOA 5BVKA 1PRYA 1SVHA 3BE9A 2YCFA 3CP9A 4RFYA 5JMSA 5J95A 5IA3A 4JG7A 3LCTA 5CVGA 4GRBA 3VWAA 5A4EA 5AUTA 5B2LA 5J1WA 4ONAA 1ZZLA 4Y95A 2OH0E 4MX9A 3PXYA 3I1AA 3MPAA 3R73A 5HG7A 4A9TA 4D5KA 4F7SA 4LMUA 4YURA 2SRCA 4FKVA 4IJ9A 2OXYA 2WQMA 3QFVA 3E87A 1R0EA 4J53A 3SXFA 4IC7A 3R9DA 3SOAA 1XH6A 4CTBA 3GBZA 2QOLA 1OGYA 2C6KA 3QC9A 3IOKA 4G5JA 4IANA 3BHHA 5C01A 4X2GA 2IZTA 4YJNA 5AUVA 4B7TA 1SNUA 4FTOA 2UZUE 4ZAUA 2YM7A 4KSPA 4MBIA 1KE8A 4JI9A 4IIRA 3LKMA 4CKIA 4USDA 3Q4TA 4C0TA 1PKDA 2HZNA 3FI8A 3FMDA 2G1TA 3TL8A 1IRKA 4ASEA 2PTKA 4CV8A 3DZQA 4IM2A 2R3GA 2VO0A 3QQHA 4MVFA 2GS7A 3C50A 3PXZA 3P5KA 4QRCA 2BPMA 1O6LA 3R7IA 3GCUA 3KVWA 2XKCA 2PZYA 2QU5A 3FZSA 3KN6A 5CSHA 5HNIX 3I5NA 4DTAA 1LR4A 3ZC5A 3KMWA 2Z7RA 2X8IA 3R6XA 3UIUA 2J0KA 3KF7A 3MVJA 2X7OA 3K3IA 3EQCA 2BRHA 2J2IB 2F4JA 1FGKA 1SVGA 4OTQA 3ZDUA 3WIKA 3CTJA 1G3NA 3EFKA 3P79A 3UIMA 3QHWA 4BCHA 1URWA 3HEGA 4ZOGA 4RPVA 4AW1A 4IZAA 4QP6A 3ZRLA 2Y4IB 1J3HA 4GH2A 2O65A 5E90A 3QCYA 4FIGA 4KB8A 4YJPA 2VUWA 1HCKA 3G5DA 3QF9A 4D4VA 2IO6A 3KREA 5D41A 3DB6A 3I7BA 3G0EA 3ATTA 3P7AA 4FK3A 4G3GA 4I21A 5DA3A 5IA2A 2NRYA 1DS5A 3PPJA 4BDKA 2C30A 4YMJA 5JSMA 1MP8A 4FJVA 3JY0A 2PE0A 3QD4A 3R8PA 4AW2A 3VUMA 3WIGA 4C4FA 4O7ZA 1W98A 4D2RA 3D9VA 3AXWA 4JDJA 2BTSA 3O7LB 3UQGA 3QXOA 5CSXA 5DYJA 4XRJA 5AWMA 1OL2A 4HGSA 4JVGA 2RFDA 4UWCA 2ZOQA 4FEVA 4BTFA 3P23A 4HGLA 3VS7A 4JS8A 2FSMX 3UMWA 3DBDA 3W10A 4B6LA 3A7HA 4UV0A 5HE3A 2P0CA 3SLSA 5KZ0A 2PK9A 2UVZA 4B4LA 3NLBA 4LRMA 2XKEA 3E7VA 2WPAA 4DGLC 3HVCA 5D1JA 4AAYA 3NEWA 4ZSGA 1FMKA 3GC7A 4FTKA 4XV9A 4YJVA 2J0IA 2ZB1A 4G5PA 4BB4A 3FZTA 3PVUA 3UBDA 5ITAA 4PX6A 4QO9A 5AFVA 4AZWA 3NPCA 3ATSA 3D83A 5KUPA 3KRWA 3DLSA 1TVOA 3HV4A 3I81A 1UWJA 4WNOA 3U6IA 4D0XA 2B52A 3OT8A 3ZXZA 4U80A 3WF5A 2OJFE 2VNWA 5L3AA 5L8LA 2YCSA 5IA4A 3BKBA 2XIKA 4B8LA 4CD0A 3GFEA 3RNIA 2VTOA 3Q2JA 4IADA 1M2QA 3ID6C 2F2UA 4TYGA 4ENYA 5IU2A 3W2OA 5LMKC 3G0FA 5I9YA 3A61A 4FEWA 2X39A 3OEFX 5L8KA 3IPHA 4MBLA 5DRBA 1TQMA 5G6VA 2GS6A 3F88A 3U55A 4YNEA 5HBEA 2UW8A 4FZ7A 3FLYA 2ITOA 4C33A 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 3NFG B;  3NFF B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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