3NFGB

Crystal structure of dimerization module of rna polymerase i subcomplex a49/a34.5
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
120
structure length
120
Chain Sequence
GYQPPSDYKQCKHLKSFPVSELKGDNKELWLMKVPANIDISQLKSLPLDTDATVSTVELGSKNFNVLQNTSTQEGSDNTNLSLLIPSEKKKETLKVATSKDNKSVYFDRVFTISETARIP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNA Polymerase I Contains a TFIIF-Related DNA-Binding Subcomplex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
molecule tags Transcription
source organism Candida glabrata
total genus 16
structure length 120
sequence length 120
chains with identical sequence D, F, H, J, L, N, P
ec nomenclature ec 2.7.7.6: DNA-directed RNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.140 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3nfgB00
3NFFB 3NFGB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2J9MA 5KBRA 2DQ7X 1M17A 3QTIA 3R9HA 3F9NA 4DTKA 3K3IA 3C1XA 1IA8A 3GEQA 5D11A 4BDHA 4K2RA 5LMKC 4HVHA 4NM7A 3WYXA 3R8UA 2UZTA 4JS8A 1J1BA 5E8TA 2IW8A 3DQXA 3IGGA 4FODA 5DIAA 4M12A 4NFNA 4NCTA 5L6WL 3D94A 3D2KA 3KA0A 1Q8WA 3O23A 4EK8A 3NEWA 1H25A 3R28A 5JEBA 3C51A 5HESA 4YZMA 4CMTA 5J95A 1FVRA 3JUHA 4R7BA 3DK3A 3GI3A 4FV9A 2VWWA 1YXVA 5HNBA 4FSYA 4MCVA 1L3RE 1ZMVA 2YJRA 3PJCA 1ATPE 1IAHA 2HK5A 4YHFA 3LCOA 2FSOX 4XYFA 4ZSEA 3W0NA 3Q96A 3QLFA 4PL3A 2UUEA 3E5AA 1RE8A 3ALOA 2I0EA 4EEVA 2HELA 3R63A 4QMMA 3NYNA 3DAJA 5AV3A 4DAWA 1K3AA 4P4CA 1FGIA 3D4QA 3EIDA 4TTHB 4G9RA 3SD0A 4B9DA 4IWQA 5GNKA 4DEAA 3GT8A 3UPXA 1Y6AA 3LJ2A 3AC8A 3ZBXA 2C5VA 3NPCA 5DLSA 5BUIA 4EK3A 5AFVA 2V7AA 2VNWA 3C5UA 3EFJA 3P7AA 4YLLA 3VBTA 4BF2A 4JG7A 5IA5A 1ZYLA 5AV2A 3P9JA 3PFQA 3MS9A 4EUTA 2IZUA 3TIYA 4DTBA 4DGOA 3BX5A 3GBZA 4FV1A 3EQIA 2C30A 3PXFA 4LDTA 2YN8A 1JKTA 4E26A 5JH6A 2V55A 3GCPA 4O7LA 1SM2A 1Q99A 3EZRA 3QZFA 5AP1A 3BL9A 5EI2A 4NZWB 3S2PA 3PRIA 1OI9A 4ENYA 3EQGA 5CVFA 4ANQA 4IADA 5C9CA 3P1AA 1JPAA 2VD5A 4YHTA 4NTTA 4ZP5A 2BVAA 2W06A 4TL0A 3UO5A 3NNUA 2JBPA 3IO7A 4R77A 5L8KA 3LIJA 4IZ5A 4XV2A 4AXFA 4I93A 3ZXZA 4KAOA 4XG2A 4FTAA 2PZ5A 4Q5EA 1OL1A 4U81A 5DOSA 5HE3A 2XALA 4JNWA 3LLTA 2EU9A 2F7ZE 3UTOA 2V5QA 3MFTA 2XUUA 5HU3A 3AMYA 4LMNA 4YZDA 4E4NA 4BCNA 3VUDA 3PLAE 2XA4A 1Q4LA 2XJ2A 3NLBA 4DITA 1O6YA 3EQRA 5C01A 4IAIA 3C0GA 4GV1A 4CG8A 4EOOA 3O0GA 3H9FA 1FOTA 4FNYA 5FTQA 4F64A 3QRUA 2G2HA 4AXEA 4EZ5A 3MY0A 5L2SA 4RIXA 5HBJA 4J8NA 3OCBA 5DT0A 3TUDA 1GIIA 2WTCA 4RIWA 2JDTA 5H8EA 3WF9A 2JIUA 1JLUE 2RFSA 3H4JA 1YWNA 3LMGA 1ST0A 2W1FA 3MPAA 4IFCA 2EVAA 3PJ3A 4QP6A 3RCDA 3VW6A 3QUDA 3MESA 4IACA 2A0CX 2HIWA 5AM7A 4XP2A 3R01A 3SOCA 3KEXA 4FIEA 3FE3A 2PVJA 2C3IB 3QGYA 3ZDUA 4C3FA 1XR1A 4U6RA 2R3QA 5AUVA 4ZTSA 3W16A 4FVRA 3ALNA 4RJ5A 1KUTA 2W96B 1OZ1A 4QP2A 1QL6A 4MYGA 3F2NA 2JKMA 2YISA 4DH5A 3O51A 2WMQA 4J97A 1IEPA 3B2TA 4TPTA 3FQHA 2WTVA 3EN9A 3QQFA 2QVSE 5BVEA 2A27A 3FC2A 3I81A 3QLGA 3R6XA 4FG8A 4UYAA 5HNGA 1R1WA 3RPOA 3PG3A 2YM7A 5FD2A 4FL2A 5E92A 3HRCA 4WRSA 5GIOE 3P78A 1OBDA 4UWYA 3CQEA 2QKRA 3BV3A 4ZY6A 3R04A 3R7IA 4AFEA 3CD8A 4BZDA 1E9HA 4CT2A 1UVRA 5CT7A 3EQFA 1M2RA 4YJNA 4V01A 5E9EA 1RW8A 4LMUA 2PVNA 3EFKA 4S2ZA 1Y8YA 3OY3A 5TOZA 5A4CA 2BDJA 1PXKA 3OD6X 4TYHB 3SXFA 4PMTA 3LXLA 5HCZA 3IW8A 4IDTA 3WF7A 4F9BA 5A14A 3MDYA 4EH7A 4F99A 4HCUA 3IDBA 3HYHA 3TG1A 4GK4A 4FTOA 3C0IA 4BDAA 2QOLA 4WNPA 2DWBA 2XNMA 3PVGA 4EH5A 4G6LA 4G1WA 5BVWA 4LYNA 1PXIA 3VS5A 3DV3A 3SX9A 1YXUA 4R1YA 3FKLA 4GH2A 1ZZ2A 4RBLA 1BI7A 2W1EA 4MAOA 2R3FA 3VS0A 4AS0A 2C6IA 4A9TA 2WEIA 3MWUA 5JGAA 1VYZA 3UNJA 3MVHA 1OIQA 3RALA 3Q04A 3KRWA 3HDMA 3VS6A 2GS6A 3TNQB 1YI3A 4ORKA 1VLRA 3G9LX 4IIRA 2YERA 5T6KA 1KV2A 3EQHA 4O0YA 1Z57A 3TWJA 4EQMA 3RM6A 4DT8A 4DN5A 4FV3A 4JX7A 4RG0A 4OUCA 5F20A 3O7LD 4F6SA 1UNLA 3TV7A 4WG5A 2JC6A 3R21A 4FOCA 3E93A 1U5RA 1BL6A 3PRFA 4QP7A 4TW9A 4C4EA 2UZVA 3ODYX 4I5PA 5M56A 3PUFC 4G3EA 4YZBA 2GTNA 2BMCA 2OH0E 2OO8X 3HECA 3TEIA 4YMJA 4RA5A 2H96A 4ZS4A 3E62A 1OL5A 2UW5A 3AC3A 2BILB 3SG8A 5E8ZA 3A8WA 1WBOA 2BIYA 2W5BA 2ZVAA 4CCBA 4A4XA 3R8VA 5IA4A 3ZO2A 4X3FA 2KULA 3FMHA 2XIZA 3H9OA 2WNTA 4L3JA 1H4LA 2C47A 4TWCA 5IQAA 3HRFA 5AX9A 4O7SA 3R7OA 1WBSA 5HORA 1UNGA 2R3HA 3VONA 3WIGA 2XK4A 4B4LA 3TXOA 4KIOA 2QOIA 5CXHA 3R8ZA 3RVGA 3LM5A 4I4EA 3VVHA 2VN9A 4M0YA 2C1AA 2CGXA 2WQEA 2VTRA 3QCXA 5A4EA 1S9IA 4AOTA 3OCSA 4C61A 5DN3A 1AQ1A 2QCSA 5L6PA 4O7ZA 1P5EA 4FV8A 4DEDA 4EOSA 2Z02A 3E8NA 4O7WA 4EHVA 4GUBA 2OK1A 2BAKA 2B9IA 4C4JA 2YIRA 5EFQA 4E20A 2QOQA 4YJUA 5HLPA 2XNBA 5CEOA 1CM8A 1OPJA 2VU3A 2NNWB 3OS3A 3FQSA 4R3CA 4A06A 4IZAA 2HAKA 1RDQE 4E5BA 3V8TA 3CP9A 3QTXA 2GU8A 4XOZA 4D1XA 4USFA 3GC0A 4IHPA 4BDIA 5DT4A 3R2YA 4EQCA 4FTRA 1R39A 1P4OA 2Q83A 4FTIA 2XARA 3QRJA 3CTJA 1PXMA 5H2UA 4FKWA 4RX5A 2O64A 5FP5A 4S34A 5CU4A 5ANJA 2F9GA 3QQLA 4XG7A 3QRKA 3ZBFA 4TN6A 3R9NA 4D4SA 4RFYA 3RK9A 4FT0A 2PHKA 3UVQA 4OTGA 2Z2WA 3NSZA 2DS1A 2R7IA 4BCHA 3O7LB 2YAAA 4ZSJA 3EN7A 3SC1A 3DKGA 4JBOA 4O38A 3HUCA 2PUPA 2JDVA 4V0GA 3MFUA 5I9VA 2VTTA 2X2MA 3SGCA 1XHAA 4QDEA 5IPJA 4RC2A 3L8PA 2J5EA 3FPMA 1OKVA 3F7ZA 3DTCA 3IG7A 4P2KA 4ZLZA 3QUEA 3I4BA 3VS1A 3MVLA 3TDVA 4RIYB 1H24A 3RAWA 2C6TA 4E4LA 3O5AA 3U54A 1LP4A 3R9OA 4DDIA 1GZKA 3R22A 3NNVA 4MVFA 3TT0A 4BHZA 1Q8TA 3QD2B 4FGRA 3SAYA 2PMOX 3OCGA 4RSSA 4ZJIA 4RVKA 1BLXA 2BAQA 2JDSA 2R3RA 3RM7A 3TMOA 3I79A 2YIWA 3ZEWA 4ITHA 4BDEA 2VTQA 4K0YA 5TF9A 2I0HA 2YZAA 3VBYA 4KB8A 2QOBA 2VTPA 3HX4A 3FZRA 1OKWA 4BDFA 3IS5A 4AAAA 2E9VA 2JKQA 2XANA 2X6DA 3EQPA 3ID6C 3FXWA 4AACA 3NVKI 4KUJA 2REIA 1WCCA 3F5UA 3RAKA 3VS3A 5M4FA 3DS6A 4FT9A 1Q8YA 4K33A 1R3CA 3KCFA 1JBPE 2IG7A 1MUOA 1PXNA 2VTSA 3BU5A 1OPLA 5EKNA 4KSQA 3PLSA 5EYDA 1VEBA 4MQ1A 3ZMMA 2WMBA 4EHGA 4Z9LA 2C6EA 2BHEA 3QXOA 4PTGA 2H34A 3F61A 3PJ8A 3CEKA 4IJ9A 5IQHA 4JIAA 5J5SA 2XIXA 4U40A 3BHHA 4CT1A 4H36A 1GOLA 3ERKA 4PWNA 5CNNA 3AKKA 2W9FB 3JXWA 4WD5A 2NRUA 4U3ZA 2XZSA 4YC6A 4AFJA 3BELA 4EONA 4AGWA 4R7IA 5IG1A 4DDGA 2IZRA 4G5PA 4ZTQA 3UOHA 1IAJA 2PZYA 1H0VA 5E1EA 4E6QA 3AMAA 5HG5A 5HX6A 4W4VA 3OUNB 2XEZA 3ORIA 2VWBA 4I41A 3HP5A 5EOLA 3W0PA 1FMOE 2YIXA 3ORNA 4IAYA 4YJQA 4QNAA 2OJFE 3HGKA 4FIIA 4O86A 4QTAA 4DHFA 1BYGA 2W17A 3A4OX 3PIYA 1JSTA 4NW6A 3QQJA 4DCAA 5LCKA 3BHTA 5H8BA 3F66A 2IVUA 3ET7A 4HPTE 3AT4A 5AP4A 3N4TA 3VS2A 3MIYA 5CNOA 3OY1A 3SRVB 4BDBA 4D4RA 3DBCA 3NFGB 1QCFA 5DHJA 4I94A 4MX9A 2BROA 4OBQA 2ZM1A 4Y73A 4DGLC 3LFQA 2YM6A 2JIVA 5C8KA 3BEAA 4PUZA 3UZRA 4XJ0A 2F7XE 4AA4A 4C36A 3QZIA 4JR3A 4F9CA 4NKSA 1H1SA 4JDKA 5AP7A 3Q9XA 4PX6A 4FC0A 4TKSA 2GHGA 3BGPA 4YBJA 3V6SA 3LM0A 3OROA 4K6ZA 3RCJA 1O6LA 1OL7A 3KRJA 2XKEA 3TKIA 3TYKA 3KXXA 5J8IA 4XOYA 5C1QB 2IWIA 3DXQA 4F7LA 3G90X 2QOCA 5DVRA 2WEVA 4CRSA 5D10A 4RWKA 5IZFA 4TWNA 2CHLA 5KKRC 3C13A 4Y83A 4DG3E 1FPUA 4RC4A 2JEDA 5EK7A 3QCQA 3CKXA 5ETFA 1Y8GA 5EYCA 1J91A 4GFOA 3BQCA 5CSXA 3WILA 4P5QA 1Q5KA 5AX3A 4NU1A 3QYWA 2HENA 4O0XA 1J7LA 5CSWA 3KXGA 4OTRA 1FQ1B 5ANEA 3QX2A 1TQPA 2ETRA 4GK2A 1W98A 2BIKB 4PTEA 3AD5A 3ZUVA 5JGDA 2CLQA 4XG4A 4ZAUA 2BDFA 3QKLA 3EL7A 3R1QA 4RC3A 4OGRA 3RP9A 4EH2A 5J1WA 4J8MA 4MNEB 4YP8A 3R9DA 4BI2A 5FBNC 5I9WA 3PA4A 5ITAA 1SNXA 3FZTA 4N4SA 3GC7A 3HRBA 4CKJA 2IW9A 3UOKA 2ITPA 3CGFA 3LCDA 3VUMA 4BCKA 4ZMEA 2PE0A 4RWJA 4TYGA 2C6MA 1A9UA 5HQ0A 1YWRA 1VZOA 3C4XA 1H01A 3NYOA 1G8KA 2R3GA 1W7HA 4ZEGA 4EH8A 4LUDA 4O0RA 1ZYSA 3GNIB 4DEGA 4WNKA 4QTCA 1KE5A 2JD5A 4EH3A 4QP4A 1FMKA 2OU7A 5A6OA 5BVOA 4EZ7A 2ZDUA 4PP9A 4H05A 1Y6BA 2CCHA 4CNHA 3SXRA 4DHZA 5L8JA 2BZHB 4KBKA 2RGPA 4GCJA 1PMNA 2QLUA 3AC2A 4MH7A 3LXKA 4FT7A 2UVYA 3BWJA 3ZO3A 2O8YA 5IEYA 2XK9A 5ETAA 3S95A 4PL4A 2UVXA 3OT8A 4JBVA 5IH6A 1Z9XA 4U97A 4GIHA 4QMLA 3UC3A 4BR3A 2YAKA 4CD0A 2WOUA 3I6WA 5LMAA 4JXFA 1PF8A 1XKKA 3PG1A 4F4PA 1ZY4A 5L2WA 3PJ1A 4J99A 2BAJA 1OGYA 2W1IA 4GVJA 4EK6A 4F0FA 2H6DA 2YDKA 4YZNA 4UBAA 4C4GA 4OTDA 3C4EA 4MHAA 2WB8A 5GJFA 3EKKA 3QQGA 2B55A 1ZOGA 4O0WA 4FV7A 4QYHA 2XIYA 2YM8A 4GK3A 1TFFA 5A4TA 4R3RA 2O2UA 4G6OA 1PY5A 3V5JA 3QGWA 4ASDA 2J0KA 5AWMA 4IX4A 4O2ZA 4FTJA 2WQBA 2WMSA 3PY0A 4GEOA 4ZY4A 1DS5A 3H9RA 5E8YA 1ZAOA 3I0OA 3TNHA 3MY5A 3DA6A 4HCVA 4I3ZA 4XP3A 3PE1A 3I60A 4M84A 3PP1A 5FXSA 3SG9A 3EYGA 1UU8A 4BIDA 1W83A 2O0UA 2WTJA 4EBWA 2VRXA 2C0IA 5LWNA 3F5PA 4UX9A 3C5IA 5CEMA 4JMQA 4FIJA 3DT1A 5GJDA 1SVHA 3EZVA 3D15A 3OOMA 4L46A 4FSNA 3HV7A 4YURA 5BYLA 3G9NA 4FNWA 3DDPA 2VTIA 2DUVA 3E3PA 3D7TB 3DFAA 4I0TA 4KINA 2C3LA 3R7YA 2J0JA 3D83A 4A4OA 5K5NA 4L3LA 4EOQA 4U80A 5H8GA 4EYMA 3P79A 2R3NA 2XRUA 2BKKA 4L52A 5HVKA 1YKRA 4YLJA 3CQUA 3QC9A 2R3JA 4XG6A 3W32A 4EL9A 3MPMA 3L8XA 2JBOA 2Y4IB 3KKVA 2PVRA 3KN5A 5KE0A 1H1QA 1NA7A 3FY2A 2XK3A 3D7ZA 1FBNA 4XP0A 3FQEA 2WD1A 5IQFA 4ZY5A 1ZARA 1JOWB 2IJMA 4AX8A 3KREA 3VBWA 4ANBA 3EMGA 3S3IA 3ZFXA 3UVRA 5CAOA 2UVZA 5JQ5A 4U79A 4YSJA 4JLCA 5BUJA 4ZIMA 4O0UA 4PMMA 3ANRA 4QPAA 4XBUA 2FA2A 3TZ9A 4YJSA 5IF1A 3AXWA 2BRBA 4P5ZA 1XH5A 3BL7A 3BU3A 4NCTC 4K11A 4QMUA 1DAWA 4QNYA 4TYJA 3II5A 2BTSA 3V01A 4DH8A 4PDPA 5CI6A 4MKCA 3E87A 2C6DA 3GCQA 3R73A 4XLIA 5IA2A 3QTUA 4G6NA 3TKUA 3WE8A 4J71A 2X8DA 4J7BA 1SVEA 1P14A 5KHXA 2PMLX 4L45A 2NRYA 2RF9A 3HV6A 4KWPA 4XLVA 5CVGA 5ETIA 4KSPA 3S1HA 2HWOA 2XJ1A 4EC9A 5KMOA 5E8WA 3FMNA 4BTKA 5JK3A 4TWPA 1FGKA 3FDNA 5CEPA 2KTYA 2FUMA 1WZYA 2VO6A 4JJRA 4H3QA 3C0HA 4Q9ZA 1OIYA 2XBJA 4G17A 4F78A 4W4YA 3FXZA 4YZ9A 1BL7A 3AT2A 5T68A 4EHEA 5HTBA 3OWKA 1KE7A 4UV0A 5C4LA 3HLLA 4I6FA 2FVDA 3GU4A 3ENMA 4YZCA 5GJGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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