3W0SA

Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase aph(4)-ia, ternary complex with amp-pnp and hygromycin b
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
298
structure length
298
Chain Sequence
LTATSVEKFLIEKFDSVSDLMQLSEGEESRAFSFDVGGRGYVLRVNSCADGFYKDRYVYRHFASAALPIPEVLDIGEFSESLTYCISRRAQGVTLQDLPETELPAVLQPVAEAMDAIAAADLSQTSGFGPFGPQGIGQYTTWRDFICAIADPHVYHWQTVMDDTVSASVAQALDELMLWAEDCPEVRHLVHADFGSNNVLTDNGRITAVIDWSEAMFGDSQYEVANIFFWRPWLACMEQQTRYFERRHPELAGSPRLRAYMLRIGLDQLYQSLVDGNFDDAAWAQGRCDAIVRSGAGT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the ternary complex of APH(4)-Ia/Hph with hygromycin B and an ATP analog using a thermostable mutant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Hygromycin-B 4-O-kinase
molecule tags Transferase/antibiotic
source organism Escherichia coli
total genus 92
structure length 298
sequence length 298
ec nomenclature ec 2.7.1.163: Hygromycin B 4-O-kinase.
pdb deposition date 2012-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3w0sA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 3w0sA02
4DBXA 2PU8A 3DXPA 3ATTA 4FEXA 2CKOA 3CSVA 4R78A 4DFUA 4CG9A 3W0QA 5IQBA 3LQ3A 3N4TA 5IQFA 4DT9A 4U98A 3W0SA 5IQEA 5C4KA 5C4LA 3C5IA 4O7OA 2PPQA 5IQHA 4DE4A 2CKQA 4H05A 2BKKA 2IG7A 4GKHA 4ORKA 5IQCA 4U94A 2PUPA 3W0OA 3G15A 5FUTA 3Q2JA 1NW1A 2QG7A 3TDWA 5IQAA 5IQGA 5EQPA 3N4UA 4GKIA 5EQEA 3W0NA 4O7PA 4EJ7A 2PUNA 1L8TA 2OLCA 3FEGA 3SGCA 2PYWA 4PDYA 4DTBA 2I7QA 3MESA 5IQDA 3W0RA 4CGAA 2Q83A 4DFBA 3SG9A 1J7IA 1J7UA 3TDVA 5AFVA 3DXQA 3F2RA 3HAMA 3W0PA 4DA5A 5EQYA 4FEUA 3TYKA 5FTGA 3TM0A 2PULA 2PUIA 5BYLA 4DCAA 4FEWA 3HAVA 4DT8A 4WZYA 4DTAA 3JR1A 2CKPA 3UZRA 3N4VA 4R77A 5IQIA 3W0MA 4FEVA 3ZM9A 3SG8A 2B0QA 4N57A 3FI8A 4R7BA 1ND4A 4BR3A 4CG8A 3ATSA 1J7LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P55A 4AZSA 3KN6A 1XH9A 2ITVA 3MY5A 4FKSA 4D0WA 3OT8A 3DJ7A 1YXTA 2XKDA 3QTZA 4O7RA 4YSMA 4TNBA 3OCGA 4EH7A 4F7LA 4O84A 4HGEA 4ANQA 3UIBA 3ENHA 2B53A 2C5YA 2CKOA 2QU6A 4WRGA 4XG3A 4EOQA 5IEVA 2IWIA 4ZK5A 4DH8A 3CKWA 1GZKA 4F9CA 3OW3A 3PY0A 1PKGA 3FZTA 3VBWA 3GCSA 3C0GA 2GHGA 4GH2A 1CSNA 5IQEA 1U5QA 2UZOA 1RW8A 1TFFA 5K3YA 3PE1A 3PXFA 4Y72A 3G51A 4UV0A 3G9NA 4PTCA 4BIDA 3HUCA 3OG7A 3SQQA 2A2AA 5EKNA 5HD4A 1IR3A 4E5AX 4BGQA 4YZCA 2IG7A 4X2GA 1FGIA 3MFTA 3WE8A 4RX5A 1Y57A 3ZO4A 4MCVA 3NIEA 3VULA 2HZ4A 1VYZA 3Q6WA 3QRKA 3ROYA 1JSVA 3ORKA 4E6DA 5KX8A 3PA4A 4Z7HA 5DLSA 4GCJA 2YZAA 3QUPA 3UC3A 4BBFA 2RG5A 2WEIA 2RG6A 4DHZA 3R7YA 3TDWA 2A0CX 1OIUA 4OTDA 5AP5A 2VTLA 5IH4A 3LFEA 2X6EA 4FKQA 4DDIA 3R7UA 4IB0A 5K5XA 5M4FA 1GY3A 1Y91A 2YA9A 1H1PA 2HK5A 2NPQA 2OZAA 2VO7A 2VU3A 3MWUA 3A7GA 4RFYA 2E9NA 4FT3A 5D12A 2QOIA 3O7LD 3P1AA 4HW7A 2G9XA 3VJNA 3ZS5A 3OBJA 1REJA 3L9LA 5AM7A 1OITA 4CZTA 2GNIA 3BIZA 3EJ1A 4FV5A 1WBNA 1SVGA 3EQIA 4USDA 4CFVA 4O0RA 4ERKA 4A9TA 3KRRA 3QTQA 3FWQA 4FKVA 1K3AA 4V05A 3HMMA 3F3VA 1ZZLA 5AUXA 3QFVA 2XIXA 2C5XA 5EOBA 4YP8A 4A9YA 4FKIA 4TT7A 4A06A 4A07A 2JIUA 1U5RA 1W82A 5DRBA 2R0UA 4YJSA 5E8UA 5AV1A 1WVYA 3DBQA 5KHWA 3CTHA 4IB5A 3TM0A 4IZAA 1JNKA 5GJFA 4L01A 3GCUA 3C4EA 3RTPA 2HYYA 3H3CA 3O2MA 3AGLA 3R02A 1LP4A 5HLPA 3SXSA 4QTEA 3F6XA 1GOLA 4M14A 3K2LA 4ZAUA 4C3RA 4DEEA 5JEBA 4E6AA 4U81A 4QMVA 3ZUUA 2PVFA 3Q5IA 3HDMA 2I1MA 3TEIA 2B4SB 5LVOA 4O0UA 3CGOA 1OMWA 3JS2A 4IAKA 4FV2A 1FMOE 3A7HA 4FEVA 1S9IA 4BJJB 2Z7LA 4EZ5A 3MW1A 2XARA 1H0VA 4FTMA 2O5KA 2Z7QA 2HENA 1FVVA 4CCUA 5F9EA 2E9OA 1VYWA 2VX0A 2DS1A 5ANEA 1H1SA 1M2QA 2BCJA 3BHVA 3PPZA 3SRVA 5EYDA 4AFEA 3P7AA 4D5HA 4DBXA 2GS2A 3Q9YA 5IISA 4IC8A 3PG3A 3GC9A 4LDTA 3KRWA 3ZXTA 1OGUA 2VTAA 3E8EA 4WIHA 4FEXA 1PMVA 2BTRA 3FLSA 5ETFA 3ORXA 4AZFA 5CI6A 3WZKA 3DKGA 3HP5A 2CHLA 3CSVA 3R63A 5HIBA 1QCFA 1WZYA 5IQBA 4YZDA 3W0QA 1U54B 3TIYA 3W2OA 2ETKA 2OH4A 3CEKA 3QTWA 3SDJA 4RA4A 4XV2A 4L42A 3NMUF 4KIOA 4CCBA 4FL2A 2YN8A 3UYSA 4FSQA 2J5EA 2BDWA 4TYJA 3N51A 2VD5A 3F66A 5H8GA 3FE3A 5EDRA 4KB8A 5JFXA 4FV0A 4JBQA 4O7OA 1YXXA 2YM4A 3MA3A 4QMYA 5KMIA 4FZ7A 2W96B 2HY81 4S2ZA 5E8VA 2GHLA 2G01A 5A4CA 4NFMA 1YDTE 2I0YA 3A8XA 3GC7A 1T46A 1V1KA 1Q8TA 3U87A 4B9DA 3REPA 2OXXA 3BU3A 3ZFYA 4Q5HA 4FC0A 2QKRA 3IONA 4JJRA 3FYKX 1QPCA 4L67A 3TZ9A 4C59A 4EC9A 3TZMA 1UNHA 2W1ZA 4GVJA 2FH9A 2OW3A 2C3LA 2I0HA 3BEGA 3IG7A 3R22A 1PXPA 4KSQA 4WG4A 2OIDA 4YZ9A 4DYMA 4EH8A 2IVVA 1Z5MA 4F78A 5EQPA 5TOZA 3MVMA 4N6YA 4A4LA 3DK6A 5LARA 1H25A 1T45A 2ERKA 2Z60A 4L44A 3ALNA 2PVJA 4JIAA 4O7PA 2ITYA 1ZYSA 5D7VA 2CCIA 4YO4A 2OLCA 3TV6A 3OXIA 4YO6A 2PYWA 5DEWA 4FOCA 3GFEA 5J9YA 2PVNA 3GI3A 2XJ2A 2BFYA 4DGNA 5D10A 3PIYA 5B0XA 3SVVA 5E7RA 4W4XA 3VW8A 2W1FA 4X3FA 5A3XA 2XKEA 4JR7A 3UJGA 4MNEA 4DH1A 3B2WA 3R9OA 3BL7A 2JIIA 3RMFA 1Y8GA 4D58A 2CNVA 2G2HA 3O0GA 4JRNA 4DFYA 4O7TA 1TKIA 2C6LA 2WO6A 3DDQA 4I4EA 4QDVA 1URWA 2QG5A 1UU8A 4RA5A 4DGMA 2HAKA 4ZTLA 2ERZE 3MPAA 2QNJA 5L2SA 1YXSA 1K2PA 4GK3A 4RG0A 3VW6A 4ZY5A 4XRJA 1Q8ZA 3CLYA 3VJOA 4R7IA 5JN2A 4RQKA 1JSTA 4PDOA 4BDGA 1PXJA 2IO6A 4ZZMA 4GS6A 3CPBA 2Y8OA 4TXCA 2QOQA 2XRUA 5E8XA 4ALUA 5JQ5A 2QOKA 5FRIA 2R0IA 4IB1A 4BDKA 3MBLA 2YDJA 3EWHA 5DA3A 4X3FC 1AD5A 3POOA 4R7BA 4EWQA 3R2BA 1OIYA 1OGYA 2W05A 3KEXA 3G0FA 3AGMA 4OTWA 2GFSA 1X8BA 2OJFE 1G8JA 2OFVA 2B55A 3LKMA 4FNZA 3JUHA 4QQ5A 4PF4A 5AV0A 3RK5A 4EL9A 5IG1A 1OL1A 1WBVA 4GK2A 4S33A 3QF9A 3WBLA 3Q53A 1MRYA 3OVVA 4S31A 3UOKA 5HKMA 1ZLTA 3CTJA 4DDGA 5LCJA 4U79A 3KULB 3UC4A 3OWJA 5IDPA 2GHMA 4BB4A 3SKCA 3ZC5A 2CGWA 2ITTA 2OJGA 3EQPA 2Y6OA 5HLNA 1OIQA 3KC3A 4DFNA 3BEAA 5ANOA 1NY3A 4P4CA 2CGUA 4M7IA 3WF7A 3LQ3A 2YM8A 4J98A 1XJDA 4LYNA 4DFXE 4YJVA 5FBNC 3W32A 4B0GA 4EOLA 5DI1A 5M07A 4GL9A 3F7ZA 4E4MA 1ZYLA 2PK9A 3MDYA 3W18A 1GZ8A 3HV3A 2PMOX 3IOPA 3AC8A 4RFMA 3W2PA 3ZBXA 4GIHA 4E26A 2YIRA 5ANIA 2OU7A 4NM5A 4AACA 1WVWA 5CU2A 4BDHA 4H05A 1M2RA 1OIRA 2BKKA 3U55A 4DH5A 1UA2A 3AXWA 4E6CA 4EJNA 2I0EA 3UPZA 4DGOA 3RNYA 3FYJX 4I6QA 3E88A 2GSFA 5L8JA 4MYGA 4BKJA 4F7NA 1Q61A 4F9YA 3A61A 4JDHA 1TVOA 4QO9A 5D7AA 1J1CA 2JEDA 5GJGA 3I0QA 1ZYCA 2ZDTA 5KMJA 1FOTA 3EYGA 4RMZA 4CVAA 1JLUE 3LOKA 4ANBA 2X9EA 4CTCA 4IW0A 4FSRA 3VONA 2QOCA 5HD7A 3W2RA 3NUXA 1JQHA 2FVDA 2C5VA 5AV3A 3ZO1A 5I9ZA 5DH3A 2DWBA 4CKJA 1OL2A 4QYGA 3VWAA 4BDFA 3PLAE 3LCDA 2JDOA 5C27A 1A06A 4E5WA 1KOBA 2PUNA 1OBGA 5DT0A 4BDDA 3R8VA 4Z55A 3O17A 2YM6A 3K3IA 2W9FB 3Q04A 3Q5ZA 4YLJA 3QZIA 4FTTA 5AIRA 3R01A 3R7IA 3W8QA 3NIZA 4LG4A 3RCDA 3R8MA 4KD1A 5IF1A 3DA6A 3NUPA 3HL7A 1YI4A 3DQWA 3NCGA 4YR8A 4DFUA 5M55A 3O5AA 3VUHA 1DI8A 5HTBA 4M8TA 3LM0A 3LJ1A 3I79A 4N4SA 5FP6A 3R9NA 3TNHA 4EC8A 4JDJA 4PMTA 3R83A 4IWDA 2GQSA 2QI8A 4XHKB 4ZSEA 3ROCA 3W0PA 5KBRA 2A27A 1IEPA 2HCKA 2OF4A 3MH0A 5KMLA 3TUBA 5FLFA 4NIFB 3PXZA 3R9HA 4L45A 4QTDA 4QEBA 5K9IA 5DFPA 3PE2A 5IUGA 2VZ6A 4QP3A 4EKLA 3E63A 3BHHA 3OWPA 2O64A 3FHIA 4KWPA 4U41A 3VBVA 3WIGA 3ZDIA 4DTKA 1Z9XA 5LOHA 2WTKC 3PUPA 2HWOA 5HX8A 4AXCA 5HZNA 4O7VA 1XH5A 3T3UA 1PXLA 2UW0A 5HU9A 5CVGA 4CV9A 2QVSE 4RLKA 5CT7A 3NVKI 1OECA 4Z3VA 3GC8A 4L68A 4ASDA 3SXRA 3FUPA 3W0MA 4FIHA 2VTNA 3BGZA 2KTYA 3S00A 2B52A 2X81A 3I60A 5AP2A 4AA0A 3QWKA 3R04A 4R3CA 2HELA 3RCJA 4OTRA 1E1VA 2WQEA 1YHSA 4YJUA 4CFXA 2OKRA 4WT6A 3F9NA 3BHUA 1ST4A 3NUNA 4ALWA 5DBXA 3HYHA 4U6RA 3OEZA 2RL5A 4A9SA 3NLBA 3PYYA 1HOWA 2PU8A 2QC6A 3S95A 3TKIA 4G34A 2PVKA 4IC7A 2W06A 1U46A 5CSXA 5A54A 2QURA 4RRVA 5CSHA 1PXMA 1SYKA 2OG8A 2X7OA 1IAJA 1E9HA 3MV5A 4LM5A 4BCNA 4ZMEA 3BL9A 5AV4A 4HNFA 1O6YA 4EKKA 4L7SA 3N4TA 4I5HA 3VHKA 1RDQE 4NWMA 4XCUA 5BVKA 4MBIA 1YI3A 2UW8A 2YDKA 3FL4A 4X21A 1ZRZA 3NNWA 4IX3A 3V5TA 3E7VA 5DOSA 1XBBA 3VQHA 4IH8A 3VS5A 4O0XA 1ZXEA 3LM5A 4LFIA 1PW2A 3PTGA 1FBNA 5CAQA 4LV7A 2PTKA 5D1JA 4TYHB 2OJJA 3GOPA 3LJ2A 2VNWA 4FSWA 4U9AA 2G1TA 4XG2A 3ZM4A 4AN2A 3L9PA 4B8LA 2PZRA 2IZUA 2WQOA 3BQRA 3E93A 4EH6A 4RSSA 4RJ3A 4ID7A 2XK7A 3JPVA 2X7FA 3MB7A 4QPSA 3EQHA 2PMNX 2X4FA 3KY2A 3MYGA 5L2WA 1ZYDA 3KIOC 4BI2A 2VTJA 4WHZA 1SM2A 4IACA 3QQLA 3DJ5A 2XNPA 2A1AB 4G2FA 3UYTA 2CJMA 3V5PA 4CD0A 5CU4A 2UVYA 4CV8A 1R1WA 4AU8A 3FBVA 5EQEA 5JGBA 3KCFA 2BZKB 5DGZA 2XYUA 5HBJA 3ZYAA 4FNWA 2F7ZE 1H8FA 3R21A 4D55A 4QP7A 3NUUA 2Y4IB 3EQBA 4EH5A 5KMOA 3FPMA 3HV4A 5LJJA 4W4VA 4PDYA 3BI6A 1JSUA 3SC1A 5JK3A 2Q83A 3PDTA 3QTIA 3F3ZA 3E8NA 2C0OA 3GENA 4IBMA 4IDVA 4NT4A 3TT0A 3VBYA 3BLQA 1REKA 4XNEA 4JQEA 4BHZA 2HXQA 2OK1A 3LCTA 3MS9A 5I9XA 3VBQA 2WNTA 4AFJA 4RFZA 4C2VA 3R7VA 4QMLA 1GJOA 2WGJA 1Q8WA 3LXNA 3LLTA 4X2KA 4L43A 1JVPP 4AWIA 4BDIA 4CT2A 1G8KA 3DOGA 1PXNA 4BCFA 5FG8A 2E9UA 2P3GX 4QMPA 4Y95A 4WKQA 5J9ZA 5E8WA 4BIBA 3N9XA 5HIDA 4WZYA 3LXPA 4DTAA 4FODA 4QNAA 2W1EA 5LVMA 5AEPA 1VJYA 4IX6A 4YZMA 4EUUA 4YSJA 2P2IA 3ZRKA 3EN6A 4EORA 3THBA 2UZTA 4QQJA 4X0MA 3PJ1A 4LRJA 5CNOA 3OWLA 4XOZA 3F5GA 3ORIA 3DT1A 2VAGA 3ORTA 1NVSA 3V5LA 3UO4A 3MGYA 4WBBB 4ANMA 5KZIA 3VF9A 3KXGA 4BCMA 5IA1A 4BZOA 2EXMA 5LMKC 4MUQA 2WKMA 4LQMA 2OIBA 3ZEWA 2X2LA 3Q52A 4R3RA 3VUKA 2P2HA 4CFFA 4CMTA 3QCSA 5I9WA 2UZBA 3MVHA 4P7EA 2JKOA 4EEVA 5A4QA 4APPA 2RFDA 3HNGA 3QKMA 4WNKA 5FEDA 2YHVA 5F20A 5C26A 1M7QA 1YWVA 3FL5A 4HVIA 2VV9A 3CCNA 2WIHA 5E91A 4RIWB 2G2FA 4CG9A 5LCKA 3D0EA 2IZSA 3TI1A 4Y85A 3MFUA 4YJPA 4YHFA 4IZYA 3UGCA 3A4OX 4MEDA 4FICA 4TRLA 3BLHA 3E7OA 4FG7A 3QQJA 5DYJA 4KSPA 2Z2WA 2BIKB 3GU5A 3ORPA 4JRVA 3ZCLA 3U4WA 4KKEA 4E20A 1OI9A 5A6NA 3MFRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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