3ZM9A

The mechanism of allosteric coupling in choline kinase a1 revealed by a rationally designed inhibitor
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
378
structure length
354
Chain Sequence
DEQPEPRTRRRAYLWCKEFLPGAWRGLREDEFHISVIRGGLSNMLFQCSLPDTTATLGDEPRKVLLRLYGAEAMVLESVMFAILAERSLGPKLYGIFPQGRLEQFIPSRRLDTEELSLPDISAEIAEKMATFHGMKMPFNKEPKWLFGTMEKYLKEVLRIKFTEESRIKKLHKLLSYNLPLELENLRSLLESTPSPVVFCHNDCQEGNILLLEGRENSEKQKLMLIDFEYSSYNYRGFDIGNHFCEWMYDYSYEKYPFFRANIRKYPTKKQQLHFISSYLPAFQNDFENLSTEEKSIIKEEMLLEVNRFALASHFLWGLWSIVQAKISSIEFGYMDYAQARFDAYFHQKRKLGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Mechanism of Allosteric Coupling in Choline Kinase A1 Revealed by a Rationally Designed Inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHOLINE KINASE ALPHA
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 124
structure length 354
sequence length 378
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.32: Choline kinase.
pdb deposition date 2013-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01633 Choline_kinase Choline/ethanolamine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3zm9A01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 3zm9A02
2VUWA 4NM3A 4DFXE 4AW1A 4Y8DA 3KF7A 4QPAA 5IH6A 2X8EA 5EHLA 3ANRA 3RWPA 2VRXA 2BKZA 5DHJA 4LGHA 4EQMA 4WRGA 5E8SA 4WZYA 3MJ1A 3P79A 3UC3A 3R8UA 3ZSHA 4JRVA 4OTRA 1Q3DA 3Q60A 4FVPA 2ZB1A 3E5AA 4PL5A 4Y5HA 3WBLA 3DDQA 2VTTA 2VTSA 3MSSA 4DTBA 3NSZA 4PUZA 2I40A 2PE1A 2W7XA 2WMTA 1Y57A 4EQCA 3AGLA 2W5BA 4BTFA 3GU7A 2W96B 2ITQA 4F6WA 2WXVA 4FTQA 4LMNA 2VTNA 5K4JA 3D14A 3ZH8A 4ACHA 4DGLC 4MTAA 3S0OA 5EYMA 5A4LA 4NJDA 5C01A 3F82A 4FVRA 3QCXA 2PVYA 4U3YA 2VGOA 2BTRA 4RWLA 3BHUA 3LPBA 4ZLYA 2OZAB 3BHHA 3OP5A 1CTPE 5EW9A 4RA4A 4FKRA 4BBMA 4BDGA 3F5XA 2XCKA 3H0YA 3MFSA 1M17A 3ZDIA 5CLPA 3Q4TA 5CANA 4IWQA 4YGAA 3BWFA 3U4UA 2PVKA 5T6KA 5F20A 4H36A 4O7NA 3G33A 3KMMA 3U9NA 5HE0A 3GUBA 3VF8A 3GVUA 3LMIA 3DU8A 4J7BA 1H28A 3SG8A 5EM8A 4BGGA 3WE8A 3H4JA 2F7EE 4FTNA 4O7VA 4FYOA 5H8GA 4KKHA 5CYIA 5BYYA 3CBLA 4XP0A 1WZYA 1EH4A 1FBNA 3EYGA 3E92A 3F3WA 4IDVA 4PMSA 5M51A 3CR0A 2AUHA 2VWVA 5HD7A 4BI2A 4ERKA 3ANQA 3OFMA 5CY3A 5HG8A 4U94A 2WELA 5HNBA 3JPVA 4MXYA 2WHBA 4ENXA 5IUGA 1QPCA 4BDDA 3A61A 5FGKA 4NUSA 2UUEA 1KUTA 2ETKA 2HAKA 2Y4IC 3CY3A 4QMQA 3LE6A 4O82A 4L3PA 3ORLA 2Z8CA 4L7SA 3AC8A 3QGYA 4EHZA 4WG5A 1GZ8A 4ACMA 4BB4A 3O8TA 5EHOA 2ZM4A 3MPAA 1ZYCA 3FKNA 1CKPA 4FV1A 5JT2A 5DT4A 1YVJA 4PDOA 3LXPA 5EI2A 1Q24A 3VWAA 1R1WA 3E87A 3SOAA 4MNEA 1TQMA 1J7LA 1OB3A 4NCTC 5EKOA 4DT9A 4EONA 3B2WA 3PVUA 4CFUA 2XKDA 2GQRA 3QTUA 1NW1A 4UX9A 1QMZA 2GHLA 4DGMA 2R7BA 2YWPA 4QT1A 5CAOA 4RX8A 1LP4A 4PMMA 2JGZA 1R78A 3PXQA 2EB2A 2W1EA 4X2NA 1E1VA 4BVUA 2P2IA 4FZAB 4W4XA 4O81A 5E90A 1BI8A 4LRMA 2ZDUA 4ZXTA 3UZTA 3E7OA 4I6BA 3OS3A 1W0XC 4E6DA 5CAUA 2QONA 5CXHA 3Q6UA 1OIUA 2ONLA 2UZNA 3DAJA 2YIRA 4O91A 4X0MA 4RGJA 1OIQA 4FGBA 5AADA 2Z7SA 4X2JA 4ANSA 2QODA 4Z16A 5BUEA 5A6NA 3W8LA 4MD9E 5JGDA 4I24A 2GNHA 3FQEA 3M1SA 4I3ZA 2B0QA 2BHEA 2IZSA 4G5PA 2CGWA 1YOMA 3BX5A 4I92A 1R0EA 3CKXA 4J1RA 4Y72A 5HI2A 3RAHA 2V7OA 3LFCA 3HDMA 2XK3A 4YLKA 4FGRA 4FKPA 4C35A 5JMSA 5HTCA 3WYYA 3IO7A 1GJOA 4MH7A 1JKKA 4HGEA 2F57A 3HLLA 3QTIA 3QALE 4H3BA 4HCUA 2HELA 3T9TA 3V5WA 1IAHA 4CLJA 1HOWA 3D5VA 4EOQA 2Z7QA 3DY7A 3E8NA 3ENMA 3WF9A 3A60A 3EQDA 3OBGA 4E1ZA 4C37A 2CCIA 4CCUA 4FIHA 4IEBA 2NRYA 4UWYA 4IM0A 3HAMA 4OGRA 2FYSA 3UVRA 4D55A 1GIHA 1SVGA 3FZOA 5HGIA 4Y95A 2XYNA 2OXYA 4B7TA 4I23A 2GFSA 2W0JA 4X2GA 3WE4A 4GUBA 1H0WA 4GL9A 3RK5A 4DINA 3NUUA 4U5JA 3DK3A 3O71A 3PG1A 1PXJA 3L9MA 3R71A 4LV8A 3HECA 4GIHA 5CU6A 4BZNA 2JAVA 3KN6A 3C0HA 3MPTA 1YXUA 4MNEB 3UTOA 4GSBA 3TUCA 3PLSA 4IJ9A 4D1ZA 5EFQA 2BHHA 2XVDA 1UU9A 3JYAA 4ANMA 3JR1A 1K2PA 2CCHA 3C5UA 4PDSA 5KZIA 3ZTXA 3NX8A 4FT5A 3QD3A 4GK3A 4JBOA 1APME 5T3QA 1Q3WA 2J2IB 2QNJA 1WBVA 3PYYA 4XG6A 4IB3A 4MEDA 4QP7A 3THBA 4PL3A 3QKMA 3KB7A 1CSNA 4BZDA 3CEKA 1H1WA 4RVLA 3EZRA 3SXSA 2J7TA 3S3IA 4KS7A 2VWUA 3NW6A 4M69B 2WKMA 3BPRA 3DNEA 3HL7A 3LFNA 4YSMA 2C5NA 2PYWA 3ZLWA 4A4LA 4G34A 3IW6A 4QP4A 4YU2A 2WMWA 3VULA 1REKA 3KXXA 3QHWA 4AW0A 5BUIA 5AUYA 3V5LA 2CN8A 4X3FA 3FC1X 5HE3A 4B9DA 2ZM3A 2X9EA 5LJJA 5DWRA 1H4LA 1UV5A 4CLIA 3DZOA 3ENHA 2CJMA 4O38A 4DFZE 1Z5MA 3SVVA 4CGAA 5EM6A 4EHGA 2YABA 4YTHA 3F3ZA 3Q9WA 3OEFX 4D4SA 3JVRA 5GINE 2XF0A 3S4QA 3LM0A 4BCPA 3SW7A 4QNYA 4DN5A 5JQ8A 4B99A 2Z7RA 1P5EA 3RM7A 4EJNA 3UQCA 3QRUA 3S95A 4DEIA 3S2PA 1KE5A 3LMGA 4GW8A 5L2WA 4I0SA 3PY0A 3DFAA 3ORKA 3ACJA 4H3PA 4YTFA 2JKQA 2WMBA 4L01A 2YCFA 1Q8ZA 4DTKA 4F1TA 4EWQA 2B53A 3QA0A 5JFWA 3MFTA 3QCQA 5JQ5A 3EJ1A 2X6EA 4H58A 3FMJA 4BCOA 4HVHA 2UZTA 4ZSGA 4DH1A 4ZTMA 3TKUA 1IRKA 5M09A 4R6VA 3R9HA 3QWJA 2ITYA 1KE8A 2BAJA 2VU3A 4FSWA 3F9NA 2WTVA 2XNOA 5EOBA 5A46A 3BBTB 5BVNA 2C0OA 1OL2A 4ZJJA 3GC9A 4DH3A 4E4LA 5CXZA 5LMBA 3NNVA 3Q4ZA 3OBJA 3UC4A 2RFDA 1DS5A 1ZYSA 2VNWA 3N51A 1O6LA 3SRVA 5C26A 5HX8A 4KKGA 4ITHA 5AUVA 1MQ4A 3EN6A 4LRKA 3UQGA 3DJ7A 4QQTA 4AZWA 4IZ7A 5CEPA 3A7IA 3E7VA 3FPMA 4X3JA 3VS4A 3P78A 1TKIA 2GNJA 3F3TA 4N4SA 2YACA 3FL4A 3I7BA 3PXZA 4GJ3A 3TV7A 5J9LA 4G3GA 3EZVA 3HGKA 3QRKA 4GVAA 4CSVA 2W5AA 3ZM4A 4OT5A 4TY1A 4ALUA 3IPHA 3EQCA 4X3FB 5HICA 5B2LA 2YWVA 2GNLA 3R0TA 2ZM1A 2O65A 3R28A 1U5QA 2WTDA 4L8MA 3SKCA 2C1AA 5HLWA 3ROYA 1ZOHA 2C30A 4TWCA 3FZSA 4HZSA 1JQHA 2HXQA 2UW0A 2VGPA 4K6ZA 5TKDA 3V3VA 3RINA 3DBQA 2ZYBA 3KY2A 3ZSIA 3A4OX 3W2RA 1ND4A 4R77A 3KCKA 2WD1A 3DPKA 3F5PA 4BR3A 3NEWA 2ERZE 5DFPA 4F7LA 1IASA 5HO8A 5TOZA 3KRJA 3MIAA 3N9XA 4GU6A 4HVDA 3WILA 5LMKC 4XP3A 5BYZA 2ZV2A 4K11A 4GYIA 3PP1A 2C5YA 3QXOA 1BUHA 4KB8A 4C3PA 1OI9A 4RZVA 3RPOA 5BMMA 1S9JA 2O0UA 4HVIA 5IQFA 5AAGA 3CS9A 1K3AA 3WZEA 4M67A 5C03A 3TUDA 2W5HA 2YJSA 4TTHB 3BYSA 5B0XA 2GS7A 4BBEA 4BGHA 4CMOA 3DFCB 4WO5A 5BPYA 1CM8A 1OKVA 3D7TA 1OPKA 1SVEA 2J0LA 3GU5A 4GU9A 3CQUA 4IAZA 1T46A 4IX3A 4NW6A 5K3YA 5DT0A 4PRJA 3UZRA 5AV1A 3F69A 5B2MA 1M7NA 3E63A 3QX4A 3IOKA 4D4VA 3E3PA 4GH2A 3IGOA 5KCVA 3BV3A 3FY2A 3ZC5A 4O7PA 5DN3A 3DK7A 2HK5A 4BICA 5KBQA 3DXNA 3OW4A 2XK7A 2OI4X 4X7QA 4CMUA 1Z9XA 3IQ7A 2C3KA 4FNWA 5IH4A 3ZLSA 3NAYA 3FLYA 3OY1A 3RP9A 3VHKA 4WNOA 3FMMA 1PRYA 3SRVB 3QYZA 3FV8A 4M97A 1NVQA 1OL5A 5KMJA 1PF8A 2BIYA 2PVHA 4YPSA 2B55A 4HNIA 4AT3A 4JXFA 5HBHA 1V0OA 1KE7A 3QCYA 5E7RA 4IB5A 2YN8A 3MVMA 5IMXA 1H00A 3D9VA 4L68A 3MFUA 3HP2A 3QRIA 5EDQA 4C33A 1YDSE 2JC6A 4GEOA 2JFMA 2KTYA 5T68A 3L8VA 4E4XA 1XKKA 2JLDA 2W1GA 2GNIA 3O2MA 4GG7A 5E92A 1ZARA 3HV3A 5E91A 5L6OA 2EB3A 4XRJA 3DTWA 3K2LA 2QU5A 3C4XA 3GP0A 5CQUA 2JKOA 1SM2A 4X6RA 4DH8A 2FUMA 3LFFA 3TIZA 1R3CA 3LFDA 3CD3A 5HZNA 1YOJA 2YM6A 4HYSA 3W8QA 4AGUA 1WBOA 2NO3A 2VTQA 4TZRA 3RPVA 4RRVA 2GNFA 2AC3A 4LUDA 3H30A 4L46A 5LARA 3PWDA 4TL0A 3DT1A 2ITVA 2QQ7A 3HV4A 4QMNA 5BNJA 4L9IA 4UYAA 2FSOX 4IH8A 4FSTA 3NRMA 3DZQA 4QP9A 5AWMA 5GIPE 4G6NA 4BI0A 4OBOA 1B39A 3EFKA 4FEWA 3CQEA 3GCPA 1U4DA 1YKRA 4OTWA 5D10A 4E4NA 5CSPA 3QUEA 2QO9A 2XEYA 2PU8A 4RLKA 5EDRA 5GHVA 3D7TB 3FLNC 1YI6A 3GC0A 3NYOA 3M11A 4GJ2A 4YZBA 4CRSA 4DFYA 4EH2A 3LXNA 4GFOA 4R1YA 4XCUA 2G1TA 3ZRMA 2VTIA 3RHKA 5FM3A 5EI6A 5I9YA 3OCBA 5C4KA 2XKEA 3ZBXA 4DT8A 4QMVA 4DG0E 4IIRA 3KXNA 3TCPA 2R3KA 5IEYA 3PSBA 5AV0A 2ETMA 2WFYA 3B8RA 4E8AA 1ZZ2A 4TPTA 2Y6OA 4HYUA 3VVHA 5FRIA 1OL1A 3CXWA 1PXOA 4JR3A 5BQ0A 3FXWA 4C02A 4R7IA 1LEWA 3OCSA 1OKYA 5FXSA 4F7SA 2A2AA 2W17A 3AMBA 2XM9A 2ZMCA 4QMLA 4U79A 2W4OA 2WTKB 3VUKA 1V0BA 5ACKA 4BBFA 3W18A 5L6PA 4BDKA 3D5XA 4JIAA 4G17A 5AP4A 2JDSA 2VWXA 2BROA 2OLCA 1OKZA 4AA0A 2C0TA 4F6SA 4C4HA 4CRLA 4JL9A 2OIQA 3C7QA 3I5NA 4FR4A 4FEUA 3AC5A 4JJRA 3U4WA 4AP7A 3WYXA 3AOXA 3NVMB 4BHZA 5FUTA 4OW8A 2X1NA 3L9PA 4PMTA 4BCKA 4S32A 3R9NA 5M4FA 3HDNA 5CASA 4QMUA 4G3CA 5HE2A 4TN6A 5EDPA 2PSQA 3LCSA 3TNPC 4FSQA 4EH4A 4K0YA 2W1IA 5KUPA 2XYUA 3G0FA 4AW5A 3FKOA 4U7ZA 4GRBA 3LJ2A 4EWHA 2EWAA 2IZTA 2BIKB 3VS1A 4YUQA 3PJ2A 4IJPA 4BC6A 4EI4A 2C3IB 4TXCA 3LVPA 2UZOA 4O96A 3NUAA 2IZUA 2XK4A 2OU7A 1XBBA 3VUHA 3ET7A 4YC3A 5AAEA 3S00A 4I21A 4QTDA 5EM5A 4QYEA 3QZGA 4IAYA 4DEGA 5CVHA 4DE4A 4EK4A 3H9OA 3HUBA 4FC0A 3WARA 1OKWA 4ARKA 5IA4A 4KIQA 3A99A 3Q9YA 5DNRA 2H34A 2ONLC 4FTCA 2V0DA 4E73A 3EN7A 3BLHA 4EH3A 4YJTA 4FIEA 4DHFA 4H39A 5DR6A 4IZAA 3G0EA 4JX7A 3F2AA 2HY81 1QL6A 1UU3A 4IVAA 4RJ7A 4X6QC 2A27A 4U9AA 5ACBC 3PUPA 3RK9A 3D2IA 3RMFA 2B9FA 4A06A 2QVSE 2CKPA 2R3LA 2WTJA 1KE9A 3LQ3A 4DA5A 2QOKA 4ASZA 4PWNA 2J0KA 5JZNA 3EH9A 4IADA 3VRZA 4IVCA 3C13A 4WOVA 5HCYA 5A6OA 2WMAA 1Q4LA 3PDTA 3Q96A 5JFVA 5KHXA 3TV4A 3MY5A 4L3LA 4BCFA 3ELJA 1VYWA 1AD5A 1G8SA 2ITPA 4FKTA 1VEBA 4I4EA 4IM2A 4YHTA 4ZY4A 5CEOA 3DOGA 5CVGA 2BFXA 3AXWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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