3DXQA

Crystal structure of choline/ethanolamine kinase family protein (np_106042.1) from mesorhizobium loti at 2.55 a resolution
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
300
structure length
294
Chain Sequence
MMTDEARAKLAAIPMLAGYTGPLERLGGLTNLVFRAGDLCLRIPGKYINRANEAVAAREAAKAGVSPEVLHVDPATGVMVTRYIAGAQTMSPEKFKTRPGSPARAGEAFRKLHGSGAVFPFRFELFAMIDDYLKVLSNVTLPAGYHDVVREAGGVRSALAAHPLPLAACHCDPLCENFLDTGERMWIVDWEYSGMNDPLWDLGDLSVEGKFNANQDEELMRAYFGGEARPAERGRVVIYKAMCDLLWTLWGLIQLANDNPVDDFRAYADGRFARCKALMETPEFSRHLAAVRMG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of choline/ethanolamine kinase family protein (NP_106042.1) from MESORHIZOBIUM LOTI at 2.55 A resolution
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Mesorhizobium loti
molecule keywords choline/ethanolamine kinase family protein
total genus 87
structure length 294
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01633 Choline_kinase Choline/ethanolamine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3dxqA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 3dxqA02
1Q4LA 4BTKA 3EN6A 4AE9A 4M0YA 2VTRA 4WA9A 5JRSA 3R1YA 1ND4A 4FEQA 2ESMA 4RVMA 5IMXA 3ZM9A 3R00A 5HCXA 5KKRC 1CDKA 2ERZE 4YLLA 3HGKA 4CLIA 3SC1A 2B4SB 5EYCA 2ETRA 1XQZA 3TTJA 4DH5A 4FG9A 3K5VA 4EK5A 1M52A 1JNKA 4TWCA 4AX8A 2QODA 2W1EA 5AUVA 5IF1A 4I1ZA 2O3PA 5CAUA 5DT0A 3JY9A 2WTKC 3GEQA 2ACXA 5J5SA 4K8AA 3O17A 4B6LA 4FSQA 5KMJA 3PPKA 4IB3A 4RG0A 4AXAA 3ODYX 4UALA 3GCQA 5AJQA 1JAMA 2CKPA 4PL4A 4R5YA 1W0XC 4KAOA 4M7IA 3RHXA 2YCFA 4UV0A 3PVGA 2QO2A 3DNDA 3O50A 3VUHA 1Q8YA 1REJA 1OUKA 2OLCA 2UVZA 2WU6A 2YISA 3QBNA 3WZEA 4OBPA 4I4FA 4QP4A 4E5WA 4YZCA 4ITJA 3QRIA 4ALVA 4KBAA 1PHKA 3W8QA 4LV8A 5HE1A 4CFWA 5KHWA 2UZBA 3HP5A 3O23A 5H9BA 5CI6A 4U94A 3R9NA 2X2MA 4D0WA 4A07A 3L8PA 4GT4A 3EYHA 1PF8A 3P7CA 3VJNA 4FZ7A 3GCUA 4TYJA 2UVXA 4DEHA 4UX9A 1WBVA 1OGUA 4CFXA 3VQHA 4LI5A 3Q4TA 3WIGA 3SD0A 1PXJA 3DAEA 2W1ZA 2OKRA 3FHRA 2EB2A 4A9UA 2W1FA 3KMUA 2VZ6A 2LAVA 4ENXA 5LARA 4BICA 2QHMA 4ZJJA 4N0SA 4O7PA 3OW3A 5IQEA 3MB6A 4H58A 5LXMA 4BCQA 3P5KA 3ZU7A 1KOAA 5EOBA 4O7SA 3TDWA 4LGHA 5FXQA 5HD4A 4ZTHA 5DGZA 2W0JA 4U44A 5AP4A 4S33A 2CGXA 3KCFA 4O7OA 5HZNA 3N4TA 4R77A 4BCHA 4J8MA 1XBAA 3R02A 2VTHA 3UMXA 3W18A 4DGLC 1LEZA 4KSQA 3FLSA 4FE2A 4D2RA 1YI6A 2QOCA 3COIA 3OEFX 2JDOA 4RBLA 4L00A 2B0QA 3I4BA 3H0YA 3TNIA 3IPHA 3BBTB 4BCNA 2VWIA 4KS8A 2X9FA 3NUNA 5AP3A 5HE2A 2OWBA 2BRGA 2J7TA 5DRDA 5CEIA 1F0QA 4O7LA 4FG8A 4XG9A 3JPVA 2VAGA 3GU5A 4U80A 5DR6A 5HIBA 4ANMA 4YU2A 5EDQA 3MFUA 5LVLA 2X81A 3KXMA 3AD6A 3FBVA 4YP8A 2HZ0A 5JN2A 4UYAA 4DYMA 2QOIA 1NVQA 1YI4A 4LM5A 1REKA 4XG8A 5CX9A 3DPKA 3MJ1A 3ZDUA 2O5KA 4C36A 4RC4A 4RVKA 5A14A 3WF9A 3EL7A 4MD9E 4RQVA 2WNTA 3C4FA 5GIPE 5CEKA 4ERKA 3C5UA 3BWFA 4RIOA 5BMSA 3Q6WA 2KULA 3FZTA 3NZ0A 4QP9A 3SG9A 3EQGA 3PP0A 3UO5A 4CKIA 3TJDA 3SG8A 5EM8A 3A62A 3NAYA 4ENYA 4JBQA 5M07A 3F82A 1Y57A 1IASA 3FE3A 2PE1A 4TPTA 3FLZA 3HDNA 4HVSA 3FC2A 4BGGA 3R83A 3HV6A 4UZDA 3ZFMA 2QOQA 3FMNA 4U42A 5HIDA 3W16A 4CV9A 2P2IA 2R2PA 3OP5A 2Z02A 3K54A 3QYWA 3EFJA 4FNWA 1R39A 4I5CA 2YN8A 4IZYA 3GCVA 3OOGA 3VULA 5BVNA 2XK4A 3D2IA 3BYOA 2DQ7X 3R1QA 4W4WA 3AQVA 5CF4A 4R6VA 4F7NA 2V7AA 2VWYA 3C7QA 3F7WA 3W2RA 1P5EA 3L8VA 3ALNA 3N51A 4J53A 4L6QA 4QNAA 3PJ2A 4ORKA 4L67A 4KRCA 2V22A 3OXTA 4AOIA 1SVEA 3UIMA 1PYEA 3ZDIA 4MNFA 2R7IA 4I93A 3O8PA 1CKJA 1F5QA 3DJ7A 3F66A 3JVRA 3QCSA 4G3FA 4V04A 3EQDA 3MPTA 3RNIA 5IMEA 3MVMA 4GCJA 2G9XA 2X39A 2ZAZA 5HBEA 4L3LA 5CU2A 2XRWA 4YC3A 4BDFA 2W7XA 4TT7A 5CYIA 2C1BA 2QU5A 4YLJA 4ZSEA 3B2WA 5B2KA 3W33A 4IAZA 2FGIA 2BZKB 3NAXA 4DHFA 2PVKA 2JKKA 3FZ1A 3MH3A 4LRKA 5J95A 3UQGA 5C9CA 4ASZA 4CRLA 3DK6A 5JFSA 1NT2A 4KSPA 4C35A 4HGTA 4FV0A 4TWNA 3ERKA 2WHBA 3IK3A 3WF5A 4I23A 3C0HA 3DKGA 3Q9WA 1IG1A 2ONLC 2GNFA 3O7LB 4CTBA 2VX1A 2OG8A 2Y6MA 3FI4A 5E92A 4BZOA 3U6IA 2XIXA 3LMIA 2OIQA 4ZZMA 3MA6A 5HNBA 4FTUA 3A7IA 1XO2B 3D7ZA 1OKYA 2F57A 2X8IA 4EZ5A 2QI8A 1H4LA 4F6UA 2PMLX 3QYZA 4C2VA 4E4XA 5I4NA 4NKAA 4JG7A 3OF0A 3CY3A 3QKLA 1Q8UA 2XYNA 4AN3A 4XYFA 4CLJA 4BF2A 5K3YA 4TNBA 3HV7A 5CASA 2JITA 4ZS0A 5M56A 4IB1A 1G8AA 2VNYA 3LW0A 5GJGA 4GV1A 4F1MA 1R3CA 4QRCA 5JFXA 4X3FC 4ZAUA 4EOSA 3GU7A 2J0IA 2PE0A 4LG4A 2BKKA 4JDJA 5KZ0A 2ZMDA 3WZJA 1Q8ZA 5FM2A 3MY1A 4PY1A 5CQUA 1Q41A 5F9EA 2W1GA 4RT7A 3JY0A 2R3OA 1LPUA 2G15A 4NM7A 2IO6A 5M4FA 3DQWA 5B2LA 3F61A 2G2FA 1OIQA 1GZ8A 4BCGA 2F7XE 2PVYA 5DNRA 3PVUA 3EFKA 5AMNA 1GZOA 1XBBA 3ORZA 5CEQA 3LCTA 3FKNA 3DBDA 3LE6A 3ORIA 4FYOA 3OFMA 4WBBB 3K2LA 5ETIA 1KV1A 2ETMA 3KU2A 4PL3A 5E8TA 4I24A 2XZSA 3I6WA 1O6KA 3GC9A 3QX4A 4UXLA 3ROYA 1XH8A 4Q5EA 3V8TA 4BDIA 2HZ4A 2ZOQA 2JKOA 4YJVA 2PVFA 3BWJA 2B53A 5HKMA 4AFEA 4K9YA 1W98A 4PV0A 2QG5A 1IAJA 4Y5HA 4FZDB 3AT4A 4X2JA 1WMKA 3R8MA 4DEBA 3UNKA 4O0WA 4R7HA 4AGUA 2YZLA 4QTAA 2WTVA 3LMHA 2OF4A 4FNZA 4O91A 4GT5A 4WT6A 3VW8A 4I20A 5F20A 1BYGA 3BU6A 4QYYA 2WELA 5CVHA 4EHEA 2C68A 3L9MA 3BYSA 4YHJA 5G1XA 3C5IA 2FSLX 4U97A 1VR2A 3CSVA 3PSBA 3TUBA 5KNJA 3D15A 3F5PA 2WQNA 3LHJA 4EEVA 3BI6A 3LM5A 2XJ2A 3NW5A 5LVOA 3N9XA 3II5A 2CDZA 4QYGA 4AS0A 4A9RA 4RFZA 3QALE 3NIEA 2HY0A 3BEGA 5CANA 5I9VA 2HOGA 4WD5A 2GDOA 4M12A 4EOKA 4QQTA 5HO8A 3FL4A 1Q3DA 4R1VA 1ZOGA 1PXPA 3K3JA 3KVWA 4G3GA 3FSFA 2Y9QA 1B38A 4E6DA 4JAIA 2VO0A 3QA0A 4R3RA 2F7EE 4C2WA 3I0QA 3LXKA 4UBAA 3R2BA 4CFFA 4F6SA 4U41A 3CEKA 3QCXA 2V0DA 2IJMA 4O7NA 4G34A 5CI7A 4YJTA 4Y95A 5HBJA 4DT9A 5EI8A 2VTAA 2RG5A 3AXWA 1CMKE 2JDRA 4N6YA 4R1YA 4RVLA 2Z2WA 2ITZA 3GBZA 2NPQA 3T3VA 4K0YA 3C51A 4OTDA 3GU4A 1P14A 3WZDA 4R78A 3GOKA 1BL6A 3FYJX 2IPXA 3T8OA 4RFYA 3UNZA 4IAYA 4RMZA 4D4VA 3QRUA 2PZPA 4ACHA 4TWPA 4E5AX 2OICA 4TNDA 3DLZA 4WNKA 5IQAA 5ANIA 5HLWA 4UY9A 2UW6A 3MTLA 4FTOA 3TV6A 2OXYA 2WD1A 3R7OA 3ZHPC 4EONA 2WMTA 3FZSA 4FSUA 4HGEA 5TO8A 2BTRA 4C61A 4C4IA 4QMSA 2PZRA 4EK4A 3G6HA 4ACMA 4HYIA 4O38A 4ZY5A 5AP2A 5HG5A 3T9TA 3KREA 3PA3A 3KCKA 3SHEA 2ITWA 5BUEA 3E7VA 4FV1A 4FZFB 3RPOA 4BZDA 1WVXA 3Q4UA 5J9YA 4DITA 2JFMA 3P9JA 4GEOA 4Y8DA 4L7SA 3VQUA 3PXQA 3VS0A 1HOWA 2VD5A 4AWIA 5BVWA 1XKKA 4W8EA 4C02A 3DS6A 3C4CA 3R6XA 3BGQA 4YGAA 3W0PA 4FZ6A 4JQ7A 3KRWA 3V51A 4L52A 3L8SA 3TXOA 5BNJA 4QP2A 2C3KA 3TKIA 3TIYA 3O96A 4FTKA 4L3JA 5LJJA 4EBWA 5IH6A 3SVVA 1QL6A 2IVVA 4L3PA 1S9IA 3BLQA 3MIAA 4RWKA 1J1BA 4XEYA 5CF5A 3A2CA 4BN1A 5IQHA 3IO7A 3V5LA 2XK7A 4GIHA 3OT3A 4HVGA 2OFUA 2XK8A 3R73A 4EUTA 5FTQA 3KN6A 2OF2A 4KRDA 5EM7A 2WFYA 2CNVA 3U4UA 2WTIA 4I0RA 4JG8A 3EYGA 1E1XA 3BQRA 3VO3A 3KXNA 3E7OA 4YMJA 2IZRA 1P2AA 3VUKA 3HNGA 2JKMA 3MI9A 3GP0A 2BZJA 3LFNA 5AIKA 5KE0A 2YM3A 1YXXA 3MFSA 4MD8E 3ANRA 5TKDA 4BCKA 2JDSA 3V5TA 4CMOA 3OWKA 4EZ3A 4QYFA 2O8YA 1OL6A 2VTIA 3P86A 1DI8A 4KKHA 3NMUF 1O6YA 2VTSA 2XIZA 3KXZA 3OC1A 3U54A 4L43A 4GG5A 4V0GA 2XNOA 2GPHA 4G2FA 3QX2A 2C4GA 4KS7A 4XOZA 3UTOA 3VS5A 5A4LA 5L6OA 1OPJA 2VWZA 3CTHA 4USDA 5HD7A 2JLDA 2XNGA 5LVPA 3R22A 3ZTXA 2IZUA 3C1XA 4DGOA 4E6AA 4TXCA 4JVGA 4TYGA 3ENHA 3UC4A 3QTWA 2C5YA 4IAKA 3MB7A 3F3TA 4X7QA 2RFEA 3QTRA 4QPAA 4R7BA 4D1XA 5J9ZA 5FXSA 4U3YA 2YITA 2ZB1A 3W2OA 2BVAA 2GQRA 2VTLA 1ZXEA 3VBTA 2C3LA 4DTBA 5HVKA 3TCPA 4E6QA 1U5QA 5DR9A 4BYJA 4X3FA 4D0XA 3EQIA 5EYMA 4F1OA 2VTTA 5EYKA 3RZBA 4AE6A 2YIQA 4EHGA 2WMWA 1KE6A 3LJ1A 2YAAA 1JBPE 4CG9A 1QPCA 4PMSA 2JGZA 4XG3A 3RALA 5JGBA 2WMXA 1RQQA 5AAEA 4EORA 3HUCA 3I7BA 4FKGA 4WHZA 3KC3A 3S00A 3A61A 3CBLA 4TTHB 4AGWA 2ITPA 4EH8A 5JFVA 2W5HA 2OJFE 3CPBA 3FLQA 3HAVA 3P4KA 1BI7A 1SVHA 3TNQB 2VTMA 2XRUA 3OS3A 3GFWA 4YTHA 4M3QA 4YZBA 1FVVA 3NVMB 2BAKA 5LVNA 2XP2A 4GK2A 4U45A 3T9IA 2FSMX 5EFQA 3V01A 3QTIA 3DJ6A 3MVHA 5D41A 3LKMA 4KABA 2R9SA 4YJSA 5L6WL 3UG2A 4YTFA 4IZAA 3F5XA 3PRIA 1YRPA 2WMRA 4WNOA 5FEDA 1MRVA 1GNGA 1YVJA 5DEYA 2RGPA 3LFSA 4FV9A 4WIHA 5HG7A 5LMKA 1Y8YA 2P3GX 3F69A 1OL7A 3MVJA 2WXVA 1CSNA 1WBSA 4E8AA 4JIKA 3PY3A 4RJ7A 4EH7A 3W1FA 1LUFA 1WVWA 4YC8A 3LJ2A 3NW6A 3FQEA 4I21A 4XCUA 4XP3A 3A7HA 4C58A 5IQGA 3I7CA 3LXLA 3BBWA 5A9UA 3RCDA 3BV3A 3OBJA 2B7AA 3W0QA 3QCQA 4NTSA 1H08A 2R3KA 2J9MA 4BIDA 4AN2A 3MH1A 1ZARA 3FXZA 4EOQA 3E88A 2OJGA 4ZJIA 4IMYA 4DLIA 3UPXA 5D12A 4HGLA 4XHKB 4G3CA 5AV4A 4IIRA 3BHHA 4IZ7A 3SKCA 2W1IA 2ZV2A 2C47A 1KE8A 2C30A 5CNNA 3G9NA 3DLSA 2YWVA 4M84A 3R21A 3QQKA 4OGRA 4YJRA 5AAGA 3I79A 3WZKA 2QU6A 4PNIA 4EH6A 4USFA 2GHMA 5M09A 3PP1A 3SQQA 4W4YA 4M97A 5IG1A 1IA9A 2J6MA 3VBQA 4DFUA 4S34A 4AAAA 4Z16A 3O8UA 3D9VA 3F9NA 3BYVA 1AQ1A 2YCRA 4K6ZA 2G01A 3AC1A 4FV6A 3OY3A 4FIHA 3HRFA 5EI6A 2J0JA 1Q5KA 5FUTA 4PMPA 5J1VA 2JAMA 1SNXA 4HZRA 1ZMUA 3NIZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5DT3 A;  4WNM A;  4TYH B;  4RQK A;  4BCM A;  5AUX A;  2I0V A;  4KUJ A;  4KKG A;  4B9D A;  3PSC A;  3DDQ A;  4FEW A;  2WU7 A;  4B7T A;  4IC8 A;  3GCS A;  3LCD A;  5HVJ A;  4O82 A;  3FEG A;  4FV7 A;  2VGP A;  4JBO A;  4AT4 A;  3KQ7 A;  4MH7 A;  4DGG A;  4IQ6 A;  4BYI A;  4DEG A;  2WB8 A;  4H3B A;  3SGC A;  4AZS A;  2JD5 A;  4FA2 A;  1OIT A;  3EKK A;  3QKM A;  1M7Q A;  4JS8 A;  3S1H A;  3TDV A;  4EI4 A;  5DOS A;  4U0I A;  5ANO A;  2C6D A;  4Z55 A;  4DHI B;  4LUD A;  3HMI A;  1SM2 A;  2YIX A;  3KA0 A;  3L1S A;  3OTV A;  4B8L A;  4BIB A;  3DV3 A;  4EC8 A;  1PXI A;  1O9U A;  1IEP A;  2GNJ A;  3BEL A;  3R04 A;  1BLX A;  4HCT A;  2B52 A;  4EQM A;  5DG5 A;  3VUG A;  4DIN A;  1ZY4 A;  4I22 A;  3HV5 A;  3CC6 A;  3AC5 A;  4GK4 A;  2XJ0 A;  3MS9 A;  4CGA A;  1FGI A;  1URW A;  2XF0 A;  2LGC A;  3QAM E;  5JGA A;  3ZRM A;  2CCI A;  3KEX A;  3MWU A;  2IG7 A;  4MF1 A;  4D4S A;  4GUB A;  3QQF A;  2X2L A;  3PVW A;  3QHW A;  5KX8 A;  4I6F A;  2O0U A;  4R3P A;  4RIW B;  3OD6 X;  4MQ1 A;  4KNB A;  3CJF A;  3HV3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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