3SG8A

Crystal structure of aminoglycoside-2''-phosphotransferase type iva tobramycin complex
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
298
structure length
298
Chain Sequence
MRTYTFDQVEKAIEQLYPDFTINTIEISGEGNDCIAYEINRDFIFKFPKHSRGSTNLFNEVNILKRIHNKLPLPIPEVVFTGMPSETYQMSFAGFTKIKGVPLTPLLLNNLPKQSQNQAAKDLARFLSELHSINISGFKSNLVLDFREKINEDNKKIKKLLSRELKGPQMKKVDDFYRDILENEIYFKYYPCLIHNDFSSDHILFDTEKNTICGIIDFGDAAISDPDNDFISLMEDDEEYGMEFVSKILNHYKHKDIPTVLEKYRMKEKYWSFEKIIYGKEYGYMDWYEEGLNEIRSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/antibiotic
molecule keywords APH(2'')-Id
publication title Crystal Structures of Antibiotic-Bound Complexes of Aminoglycoside 2''-Phosphotransferase IVa Highlight the Diversity in Substrate Binding Modes among Aminoglycoside Kinases.
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 103
structure length 298
sequence length 298
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3sg8A01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 3sg8A02
3QL8A 3K54A 2BDWA 2HCKA 3PP1A 4F08A 3OCBA 4FTCA 4IAZA 4FIJA 3D9VA 4O0WA 3D7TA 4M97A 1Q99A 5EI6A 4CGAA 1OKVA 3A7HA 3LFEA 5CF6A 3AD4A 3BBWA 3BYSA 4DFXE 3A62A 4S31A 5CU3A 4M12A 5FXRA 4FV5A 3I60A 5CF8A 3KK8A 2YERA 4X6RA 1CKJA 3RAWA 2ZDTA 3N4UA 2W4OA 2IWIA 3V04A 3VS7A 5KMOA 3JY9A 4FK3A 4ZSAA 5DBXA 2RFDA 4NW6A 3A4PA 3PVWA 5C4KA 3LFDA 4EQUA 3LAUA 4BZOA 2YWPA 5EKNA 3QRUA 3E8NA 3PA4A 4JRVA 3F2AA 4JX3A 2R3PA 2WTDA 4MK0A 3SXSA 3UIBA 2PVMA 2RFEA 4L7FA 4J99A 4H05A 2O65A 4C35A 2YIWA 3HA8A 5E8VA 3W2SA 2VO7A 3A7GA 5EQYA 4EEVA 3LCSA 4QP8A 2FH9A 4JAJA 3WZJA 4ACGA 3ANQA 4F9AA 5IUGA 4O0UA 5TO8A 4I22A 1WVWA 4KAOA 4K9YA 4HCUA 3QX2A 1OPJA 2AC3A 3MDYA 3MA6A 1RW8A 2VAGA 5HVKA 1Y8YA 5IQIA 2BILB 3DOGA 3IW7A 4F99A 3LFBA 5I9XA 4FZAB 1ATPE 4FEVA 4ZAUA 5E1EA 4D9UA 4QYYA 3MIYA 4FYOA 4F7JA 3RHXA 5C4LA 5JT2A 3QLGA 4GFOA 1NT2A 5AAEA 4KA3A 4YHTA 4ORKA 3LXKA 2CGXA 4CCBA 3NNVA 5GNKA 2CGVA 4H3PA 3VQHA 3LVPA 4YURA 3VHKA 3CD3A 4DYMA 2VTIA 3KXHA 4XV9A 3HMIA 3MYGA 2E9UA 3UZTA 3I0OA 3LMHA 4RA4A 4BDDA 5IUHA 1WBWA 2YM5A 4YJPA 4E26A 1OL2A 3VC4A 1GOLA 1IG1A 4OTWA 3T9TA 2VV9A 4FV1A 3IPHA 5KZIA 3A4OX 2UW8A 4O38A 3V8SA 5I9ZA 3IOKA 4IJPA 4K8AA 4O81A 3W0SA 1OBGA 2GFSA 3BU6A 3SVVA 3CQUA 4OBQA 4HYIA 3RHKA 3BRBA 4L3JA 3LM0A 2OJGA 3UOHA 5AP4A 3CEKA 3OOGA 4U0IA 5AP5A 4FZFB 4D4VA 2WTJA 3V3VA 1M7QA 5HIEA 1FOTA 4LI5A 3FMJA 3EMGA 4YBJA 1WBVA 2J4ZA 4EH5A 3FXZA 2C3LA 3RCJA 4FL2A 4ITJA 4CCUA 1CM8A 4J98A 3L1SA 4EUTA 1MUOA 2I0YA 3QUEA 3UNJA 4IB5A 5K4JA 3U6IA 4HNIA 4QTEA 4C3PA 3RPSA 4J52A 1U5QA 4IAAA 3TZMA 3UOLA 5H8BA 2GS7A 3GU6A 3Q4TA 4KBKA 4WKQA 2XVDA 1QMZA 2E9OA 3HYHA 4D5KA 2XS0A 1FGKA 2G9XA 1BI8A 3OROA 2FB8A 3NDMA 1CTPE 1R78A 3NW6A 5IDNA 3R8LA 2NO3A 3FMHA 3MPTA 4J8NA 1YDTE 2YFXA 3OXTA 4K6ZA 4L68A 4ZTHA 3TNHA 3AC8A 5LMKC 5JN2A 4PP7A 2JIIA 3P5KA 2QODA 5ETIA 1DI8A 2IZTA 4BCPA 5CVHA 3R73A 4RLLA 5CI7A 5DEWA 4FV9A 1H07A 5BX0A 4O7TA 5HZNA 3F3ZA 4KS8A 2VWWA 4AE9A 3HAVA 4C34A 3UZRA 4CKIA 2XH5A 2A19B 1WFCA 4YJSA 3JVSA 3HV4A 4BKJA 4JL9A 4FV3A 4NH1A 3HVCA 3R8PA 4O7LA 3UVPA 2WOUA 1Q4LA 3NNXA 5EKOA 3C5UA 4JR3A 1YXUA 3QHRA 3PY1A 4LOPA 2W9FB 4NM5A 4NU1A 3QWJA 1Q62A 4OBOA 4GL9A 2EXMA 4PP9A 4USEA 2FSLX 3FMKA 5T68A 1LR4A 5IMEA 2B54A 4YC8A 5G6VA 1YQJA 4G2FA 4F7NA 1YWRA 4EH9A 5DLSA 3PIYA 3WF6A 5AUWA 2OJIA 2CKOA 5CQUA 2OJ9A 3FZTA 3I79A 4IAKA 4DN5A 3MB6A 4H1JA 3QHWA 3EQCA 3UMWA 5CANA 2HENA 2X7FA 4FI1A 5CAVA 5IG1A 3KF7A 2QOIA 4GJ3A 1BLXA 4I5CA 4NKSA 4FL1A 4RIWA 3OZ6A 5TF9A 4ACHA 3DU8A 4JVGA 5H8GA 2QLQA 4X2JA 3FMLA 5IEYA 3Q9XA 3QU0A 3V5WA 4AZEA 3EIDA 2Z02A 3CS9A 1G8SA 4U8ZA 3Q9WA 5FEEA 1ZXEA 4B0GA 1ZARA 1QPJA 1REJA 2QOFA 4DINA 4N6ZA 2B1PA 4FV4A 2EVAA 2PWLA 2VZ6A 3DAKA 4LQMA 3EZRA 3F88A 4CRLA 3UG2A 5BQ0A 4FVRA 4FZ7A 2OICA 3DBDA 4DLIA 5K9IA 3AD6A 3WARA 1WVYA 1JKKA 4W8EA 3QD3A 4GG7A 4C59A 4Q2AA 5EH0A 3PSBA 5B0XA 3E7VA 4MBLA 5BVNA 1JKTA 3CQEA 4IWQA 3IS5A 2B9HA 1B38A 3ZLWA 1VZOA 3PRIA 4QTAA 4XG9A 2GU8A 3L8XA 3OCSA 3ORMA 2ZDUA 3PA5A 4ACCA 1PF8A 4MKCA 4OT5A 3R7UA 4I0SA 4O83A 5HLWA 3U55A 2BZIB 2C6EA 3V8TA 3WOWA 2IVUA 3EQFA 2HXLA 2VTJA 4NWMA 4XCUA 3R7OA 4ZLZA 4DC2A 2EXCX 2R3OA 4FBXA 4N70A 4H36A 3RWQA 4IMYA 4XMOA 1IA9A 2C0OA 3KMWA 4I5PA 2J0JA 2Y4IB 3OP5A 4RFMA 3G33A 2C5NA 2I1MA 3Q60A 4FSNA 4GVAA 4YJTA 4FKPA 3N4VA 3G6GA 4FSQA 4YNOA 5K4IA 2HYYA 3IGGA 3NUXA 4JG7A 2WNTA 3KCKA 4AN9A 5LVOA 4F1OA 5CEMA 4IX3A 2IVVA 3NNWA 4F9YA 3ALNA 4NJ3A 5CEIA 2QLUA 3DJ6A 3OUNB 4QMPA 5KHWA 4FT0A 1ND4A 2XCKA 2WQEA 5EOLA 4IB1A 3SGCA 3B2TA 2X6DA 4YO6A 2ITZA 5HX8A 3BX5A 3QFVA 4YUQA 2WO6A 3MB7A 2F49A 3L8VA 4IZAA 3UNKA 4P5ZA 1F5QA 4AFJA 2BRGA 4Y8DA 1SVHA 3B8QA 4XP2A 2QOQA 4GW8A 3WBLA 2G2HA 5AUZA 3BYUA 1M2QA 2QG7A 1TVOA 2HZ0A 4EH6A 4YZ9A 3QA0A 3Q2JA 4JS8A 5GJFA 1T46A 3KA0A 4FA2A 4L53A 4BIDA 4J8MA 4LYNA 1KE8A 2WQBA 4MD8E 4EYJA 4Z16A 5JQ8A 5EDRA 3V8WA 3ZLXA 3FMNA 3G9LX 4JJRA 2YM3A 4LGHA 2YCSA 3KXZA 4H1MA 2CCHA 2ZJWA 5CLPA 4ZTRA 2R3LA 4CLIA 5CU0A 4U42A 1XH7A 3M42A 1O6LA 2JKOA 2PUPA 3BYOA 3JYAA 3ATTA 3O7LB 3OY1A 4UV0A 4ALVA 4BVUA 4RX8A 2VWIA 4XJ0A 1Z5MA 3UC3A 4RFYA 4AGDA 3AC1A 4MD9E 2UV2A 2RIOA 4FL3A 3OD6X 1YVJA 4GT5A 2RL5A 5FP5A 3JUHA 1YWVA 2CKQA 2C69A 4FKRA 4IAFA 2WB8A 3PPJA 3S4QA 3HNGA 2GNJA 3TKUA 4QTDA 4R7BA 3W2OA 3MH0A 4NK9A 1YOJA 2QU6A 3Q6WA 3C4FA 3RNIA 4DH8A 3W32A 3NX8A 4YPSA 2ZB0A 5HNIX 4HYUA 3GUBA 3UVRA 3QCYA 2R3GA 3D0EA 4G9RA 5C8MA 5CENA 3H3CA 4PQNA 4M68A 3HKOA 3MN3A 4EH3A 3DKCA 4ZOGA 2C3KA 5DNRA 3R8MA 1CKPA 2IZUA 4LMUA 3THBA 4YSJA 4FIHA 4UYNA 4DFLA 3IW8A 3CC6A 3TZ9A 3QYWA 4HYHA 3TCPA 5JFVA 4G3CA 4CFNA 4FNZA 2Y8OA 3E93A 4S34A 4FNWA 3ZBXA 3ZO4A 3HP5A 4DGLC 3O8TA 4FTRA 4X3JA 5K5NA 4YU2A 4AG8A 4ANQA 4DEDA 3BHHA 1PYEA 5CF5A 1JSVA 4O6LA 3MTFA 4DFNA 2ZOQA 5HE2A 2QO7A 2JLDA 3KRJA 4BCFA 5LMBA 4GKIA 4IZ7A 2X9FA 3WILA 1HOWA 4Q9SA 3R2BA 2WOTA 4CFVA 1H27A 3DGKA 2PVRA 3DKOA 3QCXA 3UIMA 1ZYJA 3LJ2A 4IWPA 2PZPA 3PXKA 2UZUE 3NGAA 5H9BA 2QKWB 4UWYA 4C2WA 4IAYA 4MF1A 4HVIA 2ONLC 3QC9A 2X2LA 4HYSA 4YZCA 3MA3A 4ZZMA 3IDBA 4QYEA 3ERKA 2O8YA 3P23A 4XLIA 4EKKA 3BE9A 3MY0A 3CTQA 4HGEA 4KINA 3VBTA 2F2UA 4FTJA 4BI2A 4HZSA 4EZ3A 4YZNA 4ZP5A 3K5UA 1TQPA 3MVHA 3LXNA 3PG3A 4I93A 3L9NA 2WZJA 4YHJA 5FXSA 5M44A 1UU3A 2O63A 3DV3A 5E7RA 4BTFA 2X8IA 3ZSGA 3ORKA 2PZ5A 1QPDA 1OL7A 2QQ7A 4Y85A 3BQCA 1UKIA 5LMKA 5FRIA 4FZ6A 2QI8A 4E73A 4O7RA 3L9LA 4MEDA 3R7EA 1YWNA 2WMBA 5IISA 4FV0A 3HV7A 5GJGA 1BUHA 4F9WA 3NIEA 1TKIA 3QF9A 4MQ1A 3MS9A 4GUEA 3UC4A 2CLXA 3W10A 2IG7A 3KXGA 5F94A 3PWYA 4FV7A 3OHTA 4FV2A 3UBDA 4I0TA 4IFCA 2UUEA 4X2KA 4E93A 4GV1A 3M11A 3G15A 4GVJA 3C50A 1XBCA 5E90A 2UZBA 1REKA 4L6QA 5CSHA 3R6XA 3UPZA 1V0OA 1X8BA 3R8VA 2XK3A 3VO3A 5FTOA 3PLAE 3MW1A 3OXZA 4C4JA 4A4OA 1F3MC 5BVKA 4IM0A 2AUHA 3UG1A 3G90X 3CIKA 3FLWA 3RPRA 4RMZA 3UO4A 3QXOA 4CZUA 4RA5A 5FG8A 3E62A 2W4JA 5HCXA 1UU7A 5ANDA 5I9UA 2WMQA 1OL6A 5EFQA 1FVVA 4L3LA 5BMSA 3CKWA 5AUXA 3SG9A 4PNKA 2BRHA 4B8MA 5B2LA 3ZM9A 5TR6A 1GZ8A 5CNNA 4ERWA 3ZZWA 2R64A 4L52A 3D5VA 3WE8A 5D10A 5AX3A 5C01A 3SD0A 2JDRA 2F7XE 2UZNA 4U5JA 3QQFA 2VTTA 2HIWA 3R9NA 3W16A 5L6OA 1PKDA 3PY3A 5EW8A 4QMUA 4M0ZA 2V55A 3AMYA 3WI6A 2VTOA 5JZNA 3A99A 4A9RA 3I1AA 3COHA 3PVUA 3QQKA 1MRUA 4QQJA 3SDJA 1YDRE 3EN6A 4DTKA 5CXZA 3FYKX 1Y57A 3KXNA 3EKKA 4E6DA 1NA7A 3FL5A 4GUBA 1DM2A 3ZO2A 5EQPA 5AUUA 2F4JA 2BMCA 2CN5A 3KMMA 5I4NA 4D55A 4WNPA 3BHUA 3KC3A 3N4TA 3E5AA 2ZMCA 4UB7A 4DA5A 3GU4A 3BLRA 3CPCA 4EHEA 5CASA 3TZ7A 2Y6MA 3W0NA 3VW8A 2JAVA 4AN3A 2PSQA 2OF2A 1SMHA 2XRWA 3L9MA 4PX6A 5HGIA 4UZDA 2FUMA 3Q4ZA 3VQUA 2WMRA 3BEGA 4IWOA 4MBJA 3QD4A 4GH2A 4U6RA 4QOXA 5DIAA 5M55A 3FV8A 2ETMA 2F57A 1XBBA 3NYVA 3DB8A 3TT0A 2C1AA 4L9IA 5AAFA 2X6EA 3IQ7A 4QO9A 5KX8A 3ODZX 2YITA 1G5SA 4FEUA 1FBNA 3KY2A 4S30A 2PK9A 5C8NA 2X8DA 4BCOA 3RZBA 3PZEA 3R22A 4BCKA 2ITOA 4L42A 5JGAA 5HO8A 1WBSA 2EWAA 3FLSA 3I4BA 2XK9A 4FX3A 4AT5A 4L00A 2X1NA 1PXMA 2VU3A 2YIXA 3QKLA 4WA9A 3H9FA 1U5RA 2C0TA 4RJ4A 4LGGA 4CSVA 4EZ7A 4F0IA 2R3MA 3OWLA 5I5ZA 1OBDA 4EOKA 3SW7A 3P08A 2C6TA 2YACA 5HEZA 4EOQA 4GU6A 3SG8A 4BICA 3MFRA 2BDJA 4BIBA 5DR2A 2CSNA 5DPVA 3KRRA 4NM3A 5HIDA 1Y6AA 4FR4A 2HY0A 5ITAA 1XR1A 3PSDA 5FXQA 5ACBC 4BYIA 4K18A 4F0GA 4MNEB 4ANSA 2W1ZA 3D2KA 2GHMA 2UZWE 2J6MA 4UALA 2PVLA 4ASEA 1UNLA 3ULZA 5M07A 4QTCA 2HW7A 2XNGA 2ERKA 3PDTA 4EH4A 2ITVA 2XNPA 5HG7A 4ZY6A 3NYXA 4XEYA 4K1BA 3O17A 2OXYA 4V0GB 5A6NA 1W83A 5CSVA 3SW4A 4FTIA 4AACA 2GQGA 2XMYA 5EYKA 4FTUA 2WQMA 1MRVA 3OEFX 3UP7A 1LPUA 2LGCA 3DTCA 1PXOA 2WIHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4PL4 A;  3AC5 A;  3NAX A;  3FY2 A;  1OIQ A;  3IW5 A;  4FUY A;  5ANK A;  1OI9 A;  4B7T A;  2W06 A;  4YPD A;  3ODY X;  3C4Z A;  3IDC A;  4ZY4 A;  1P14 A;  1GZK A;  1GJO A;  3PJ8 A;  4I6L A;  4BDG A;  5IA2 A;  3NLB A;  1W7H A;  2RFS A;  1YXV A;  4TL0 A;  4EK5 A;  4MVF A;  3CQW A;  2WEI A;  4U41 A;  5HNB A;  5DR6 A;  3NNU A;  4FGR A;  4XP3 A;  1PJK A;  2XK6 A;  2XCH A;  4U80 A;  5IEV A;  4FKQ A;  1ST0 A;  4D0X A;  3ETA A;  3NUY A;  5FBN C;  3GCQ A;  2OGV A;  3MGY A;  5K3Y A;  5BUJ A;  3TDW A;  4FVP A;  1W98 A;  4NYE A;  2IW8 A;  3QGW A;  4ZJI A;  4B9D A;  1H00 A;  2R7I A;  4C33 A;  3AKJ A;  1DS5 A;  3TL8 A;  2F9G A;  5J1V A;  3H9R A;  5HBE A;  3C13 A;  5F20 A;  2BAK A;  4O2P A;  2PY3 A;  1KUT A;  4AWI A;  4DEA A;  1WBN A;  3LZB A;  3PWD A;  5M06 A;  4I20 A;  4A4X A;  4NKA A;  5HTC A;  4GG5 A;  5K5X A;  2ITQ A;  4O6E A;  3A8X A;  1L8T A;  3TXO A;  3DBC A;  5CQW A;  3EHA A;  1Y8G A;  2J0I A;  1BKX A;  2R3H A;  3AT2 A;  3UO6 A;  4F64 A;  4IVA A;  5LAR A;  3C0H A;  3MV5 A;  4BRX A;  5CEO A;  3NEW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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