3TDW | Genus

Total Genus 104

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	104
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	NKLHYTTMIMTQFPDISIQSVESLGEGFRNYAILVNGDWVFRFPKSQQGADELNKEIQLLPLLVGCVKVNIPQYVYIGKRSDGNPFVGYRKVQGQILGEDGMAVLPDDAKDRLALQLAEFMNELSAFPVETAISAGVPVTNLKNKILLLSEAVEDQVFPLLDESLRDYLTLRFQSYMTHPVYTRYTPRLIHGDLSPDHFLTNLNSRQTPLTGIIDFGDAAISDPDYDYVYLLEDCGELFTRQVMAYRGEVDLDTHIRKVSLFVTFDQVSYLLEGLRARDQDWISEGLELLEEDKANNFGANS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Aminoglycoside 2''-Phosphotransferase IIIa (APH(2'')-IIIa) Prefers GTP over ATP: STRUCTURAL TEMPLATES FOR NUCLEOTIDE RECOGNITION IN THE BACTERIAL AMINOGLYCOSIDE-2'' KINASES. pubmed doi rcsb
molecule tags	Transferase
source organism	Enterococcus gallinarum
molecule keywords	Gentamicin resistance protein
total genus	104
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-08-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01636	APH	Phosphotransferase enzyme family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	3tdwA01
3.90.1200.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2	Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2	3tdwA02

1O9UA 5CSVA 1FOTA 4XJ0A 3ULZA 1STCE 4NT4A 4YZ9A 5HEZA 3UVRA 2JIIA 5JQ8A 4U45A 3DKOA 3I81A 4ZP5A 3DXNA 2YJRA 3NCZA 4LUEA 2OJ9A 3U87A 2BTSA 4IM3A 3VS4A 4QMXA 1ZOGA 3FMEA 3U6IA 1K3AA 1OIUA 1UNLA 2WEIA 3U4WA 4I5CA 3TUCA 2RFDA 3M1SA 3HRCA 4I20A 5D9HA 5A46A 5CAUA 4FKQA 3EJ1A 4LYNA 4UX9A 4IVDA 4U44A 2VX3A 4EJNA 4WA9A 5G6VA 3HRFA 2UW0A 5H3QA 5L2WA 3KN6A 1PXKA 4I21A 3R2BA 2CPKE 5J95A 4Y46A 3W8QA 3BU6A 3LFSA 4EOMA 4JG8A 3CEKA 4AE9A 5KMOA 3QTZA 5CXZA 1KUTA 2J0LA 1JAMA 1YOMA 3BLRA 4FV1A 5EDPA 2DUVA 4C4EA 3DCVA 4QT1A 3A99A 3AD4A 2XP2A 3GU5A 2I40A 5HIDA 4F99A 1YWNA 4FK3A 1UKIA 3JUHA 2QNJA 4QQJA 2PWLA 3QWKA 1Y8YA 1NT2A 3EFKA 5BVWA 4WNKA 2C6EA 3MWUA 2HIWA 4OT6A 5AIKA 4RSSA 4ITJA 4FTIA 4BDGA 3QLFA 4N6ZA 4K2RA 4DYMA 3FWQA 3OUKA 2H6DA 1J7UA 4DEEA 3P86A 4GL9A 4USEA 4CD0A 2FSOX 2XIRA 5BMMA 3S4QA 2XNMA 3CJFA 3GQLA 4PQNA 5E8VA 3W18A 2F57A 1LUFA 4P2KA 4KNBA 4XG4A 2DQ7X 1GY3A 5DR6A 3HYHA 2WMXA 3Q3BA 2WFYA 1PYXA 3CQEA 3DU8A 5EW3A 1BLXA 2O3PA 2QG7A 3U54A 4CTBA 4RJ7A 5LMKC 3VBTA 5AP4A 4F6SA 5LVPA 5ANEA 3TV7A 1YXXA 4JR3A 3DTWA 3IECA 4WNMA 5HBEA 2H34A 3BLQA 4YO6A 2CNQA 4V01A 4ZMFA 4BYJA 4D9UA 2X7OA 2XKCA 1H4LA 4FTLA 3K5UA 5FXSA 3ZH8A 4Y83A 1M2PA 3GFWA 4MKCA 2R3PA 4PDPA 1S9JA 1OBDA 2YCSA 3Q4ZA 5FTQA 3VBWA 2W1EA 4Q2AA 4LL5A 5AWMA 4C62A 5JFXA 5LCJA 5LVLA 3I1AA 5I5ZA 4QP1A 2REIA 4BB4A 2RG6A 3TV4A 3BE9A 4UYNA 2C6IA 3KK8A 4XLVA 4EHGA 4ZTHA 4RMZA 2PE2A 5FEDA 4HYUA 5KNJA 4F0FA 2O5KA 1H1WA 5K4IA 3RNIA 3WF8A 4IWPA 4ZSLA 5AUVA 2YIXA 1XH6A 5ANDA 4I5MA 4KS7A 3A8XA 3MESA 4X2NA 2A19B 3K3IA 2ITTA 2XIKA 4C4GA 5GJGA 5E8SA 4A4XA 2O0UA 3M42A 3VQHA 4NCTC 2CGVA 4PDYA 4AW5A 4DEHA 5FBNC 2ITZA 4FZ7A 3EFWA 1ZYJA 5D10A 1UV5A 3QZHA 3A2CA 2EU9A 5EHOA 5LJJA 4U41A 1PXIA 2VWWA 3ELJA 4H3BA 4EYJA 2B7AA 3BWFA 5DN3A 3AD6A 4UWCA 4GIHA 1GZ8A 2X2MA 4RFZA 2WTDA 2BZHB 4I0RA 4RZWA 3AC1A 3GU8A 4FSUA 4NM0A 2HW6A 2CGUA 3C4XA 5EQYA 4WRSA 3O8PA 4LOPA 4EYMA 4K18A 3WE4A 2YWVA 3K5VA 3S3IA 2I0HA 5EQPA 4YHFA 4EH9A 3H10A 2H96A 1V0PA 4DBNA 5A4EA 3VBQA 4MXCA 4DAWA 5JGDA 1OUKA 4WHZA 2ITOA 5DI1A 2ITWA 2PVRA 3PE1A 1OIYA 3OG7A 4CRLA 3PZHA 3CTJA 3E7VA 3DDQA 5HG9A 4A9YA 3PJ1A 4J7BA 4LFIA 2EB3A 4JI9A 3DXQA 2ZV2A 4FK6A 4BVUA 1NVRA 5M08A 1KE8A 3DB8A 3UMWA 2Z7SA 3F5XA 5L2TA 3FMKA 5EK7A 5E9EA 4WBBB 4EH5A 4PMTA 1YXVA 3NYOA 3KK9A 4O7YA 4D1XA 2RKUA 4C4FA 3A61A 4QNYA 3MVMA 1H1SA 1JBPE 3K2LA 4ITHA 3D5UA 2QOIA 4DH1A 3VHKA 3E62A 1JKSA 4MEDA 4ZEGA 3RCJA 2XRWA 3L8XA 5FEQA 4H39A 4EK6A 3ZS5A 4EEVA 4IMYA 4X3FA 5IH5A 4I41A 4CZTA 2FSMX 3R1NA 3ORLA 2JFLA 5CYIA 4WIHA 3PDTA 3CQUA 4M0ZA 4M67A 4IWOA 2OZAB 4O82A 3GU6A 4RPVA 4MK0A 3P7CA 4ORKA 1SVHA 3DBQA 3PVGA 2PVHA 4OTDA 3BCEA 1WBWA 3A60A 3QQFA 2F7ZE 3I0OA 2UZVA 2YAAA 2X6EA 1PMNA 4EOSA 4L67A 2IN6A 3QTUA 1Z5MA 2XA4A 2X2KA 3TI1A 3SA0A 1MRYA 5DT4A 3DFCB 3GOPA 5AA9A 1URCA 4DHFA 4IJPA 4J53A 2EVAA 3FZTA 3QC9A 4NM3A 2ZM1A 3KXGA 2WMWA 4QQ5A 4JOAA 4RG0A 4QMYA 4IACA 4W8EA 2ITQA 2XKFA 3RALA 2LAVA 2HAKA 5JZNA 4JAJA 2YDIA 3PPZA 3QD3A 4GEOA 1VYZA 3EL7A 4X7QA 1PRYA 1ZMVA 3D15A 4A9UA 2EUFB 1Y6BA 4G3CA 4TWNA 3PG3A 4ALWA 1IA9A 3GC9A 4FUYA 2WOUA 1V0BA 4YJNA 5CT7A 3RK9A 1J7LA 1YOLA 4YNEA 4DEBA 3VRYA 3CKWA 3DBFA 1Z9XA 1BL7A 2UZEA 2WELA 3KL8A 5FXQA 3MVHA 3Q2JA 2BDJA 4IB5A 4MD7E 4OR5A 2I0VA 3UZRA 4Y85A 1B6CB 3OEZA 4RIYB 5IA5A 3R8UA 5JKGA 2X4FA 3HV5A 3JPVA 3KXZA 4EOLA 3HZTA 3QRKA 4IH8A 4KBAA 5M57A 5L8JA 4C58A 4E5BA 1M2QA 4RWJA 4NW5A 4PNKA 5J87A 4WT6A 3KF4A 5HLNA 2V22A 3HV6A 3KF7A 4XP0A 4HJOA 1W84A 4HZSA 3P9JA 5HBHA 2OJJA 4FSWA 2VAGA 2J6MA 2V7AA 4EKKA 5EH0A 4RJ6A 1B38A 4I6QA 3RPSA 2BILB 4YJSA 4FV6A 1BKXA 1JKTA 3B2WA 3EN6A 3WILA 4D4SA 4G16A 3DBCA 3MPMA 4N0SA 3IPHA 3NYVA 4JQEA 4CGAA 3HP2A 2OJFE 3EQPA 1JWHA 1VEBA 3FHRA 3V5PA 1GJOA 2O63A 4FZ6A 4GFOA 4LV5A 4YC8A 5AV2A 2CCHA 4CTCA 4DG0E 3MV5A 4WNOA 3BYUA 2VWXA 1WVYA 1OPLA 3UQCA 3D5VA 3E87A 3IW5A 3PJ3A 4O0RA 3SAYA 3ATSA 4D4RA 1OI9A 4FZAB 5FDPA 1UWHA 5KX8A 2ZB0A 1YRPA 4M0YA 4NH1A 3H30A 4M8TA 4FSMA 2C1AA 4OT5A 4S34A 4XUFA 3VBYA 3VUKA 4BRXA 5IQCA 4XV3A 4M13A 3UO6A 2RFEA 5ETAA 3W0NA 2JGZA 3RM6A 3QALE 2W06A 4IAYA 4CMOA 4FICA 4TYIA 4XV2A 5FP5A 3R7YA 5AADA 1YHVA 5HZNA 3PA4A 4O84A 1KOBA 2C5VA 5IPJA 5AIRA 4A4LA 2WB8A 5BX0A 4NTSA 3WZUA 1Q62A 3NVKI 1RE8A 3ATTA 5BVKA 4FVRA 3E63A 5HD7A 4E1ZA 3QRJA 4CT1A 3V3VA 2AYPA 2XKEA 5IF1A 4Y72A 3NGAA 4HYHA 4BICA 4DT9A 4ZS0A 5HORA 3QKKA 3OD6X 4KA3A 3VWAA 3QCXA 3KU2A 4C3RA 5DRBA 3P1AA 2Z8CA 3WF5A 1Q8YA 5ICPA 2YWPA 2XYNA 2ZDTA 3KMMA 3T9IA 3FZOA 4HVDA 5B2LA 2VUWA 4O0TA 5J1WA 2OGVA 2OSCA 4ITIA 5C01A 4I5HA 5EYKA 3F61A 1XH7A 2EXCX 3F3TA 2C30A 3HA6A 2YABA 4FR4A 3V6RA 4C61A 2QR8A 3VF8A 5EKNA 4G3GA 2C0OA 4FIHA 2E2BA 4CRSA 4G3EA 3SOCA 4GK4A 3EQDA 1YOJA 3EQBA 3U8WA 4EQCA 1QCFA 4E93A 1K9AA 3TG1A 3NCGA 4RJ4A 5J5SA 3F3ZA 3W2RA 3FEGA 4DTBA 4BIBA 2JFMA 2R9SA 1FINA 5KHWA 3WZKA 4R77A 4BCHA 3CC6A 4K11A 2ETMA 4UN0C 3NR9A 4AF3A 4NSTA 4EHZA 5CY3A 2ITYA 4YSJA 4QMOA 4FSYA 4XG8A 1PMUA 4M7IA 1GAGA 5HTCA 4RJ8A 3H9FA 2LGCA 4RX7A 2C69A 3PJCA 3TKUA 5M4CA 4NWMA 3ZO4A 2CKPA 4FKUA 5M4FA 1RQQA 1KOAA 2HY0A 3SXRA 4C4HA 3A7IA 5CU0A 4O91A 1CSNA 3FZ1A 5CAOA 1UVRA 2GTNA 4IAIA 3PA5A 4DINA 5A4LA 3COIA 1ZZLA 4HOKA 4HZRA 1OL7A 2XH5A 5C8NA 5AV4A 2YERA 4AOIA 5AP6A 5LMBA 5J9ZA 2B0QA 3WZJA 5FQDC 3DY7A 5TR6A 4QYEA 3DTCA 4B7TA 2C5NA 4RQKA 4F9WA 5IEVA 5J9YA 4L3LA 3VW8A 2CNVA 4F63A 2RF9A 3I5ZA 3MJ1A 2PMNX 3ZDUA 3UTOA 1RDQE 3JXWA 2RFNA 2J0MB 4IM0A 4NK9A 4A07A 1JKLA 4GUBA 3DDPA 3D83A 4EH2A 2ZMCA 3QQUA 3LMHA 4IFCA 3T9TA 2UZOA 1H0WA 2VGPA 3DAJA 2X9EA 4CMTA 5HCYA 3QZGA 3FC1X 3A62A 3FC2A 3KRWA 4JDKA 4Z16A 4YTFA 4M69B 1PHKA 3H0ZA 3ZSIA 4BZOA 3MY0A 4PWNA 4YO4A 4GKIA 5CF5A 3KRLA 3RCDA 4D9TA 4HCTA 5FTOA 2CKQA 3CXWA 1VYWA 3PJ2A 4FSQA 3SOAA 1JOWB 5HG5A 2YDKA 4X21A 2J90A 3GC7A 3L9MA 2GQGA 4GUEA 2QOQA 3JVSA 4Y95A 4A4OA 3HMPA 4JBQA 4UXQA 5BYYA 1PY5A 1IA8A 3FZRA 3D7TA 4KKHA 1KE5A 2YFXA 3ORMA 4RFMA 5EDRA 3MIAA 3IW4A 5B0XA 4EUTA 3TDWA 4FBXA 4RWKA 3DAEA 3VNTA 4F1MA 2Y6MA 3LM5A 2VTOA 3DXPA 4P5ZA 3PSBA 3CD8A 4RWIA 3D4QA 4K0YA 4LI5A 5D11A 3IDBA 4ZLZA 4KABA 3CS9A 1Q8TA 4EK8A 3LXKA 3DV3A 3KXMA 1HCKA 3VQUA 3VC4A 2J2IB 4FEUA 4ARKA 4YZBA 3E5AA 3HV3A 3ROYA 4GT5A 4KIOA 4KWPA 2UVZA 3L8SA 5J1VA 4G5PA 2IO6A 2OFVA 4OTHA 2PVJA 1L3RE 4G3DA 1ZZ2A 4IB0A 4OBQA 5CSWA 3ZRMA 3K54A 4IVBA 2OXXA 4MXAA 5JFVA 1W83A 5IG1A 4ZLOA 3DLSA 2OZOA 4TYHA 2O65A 1X8BA 3BHUA 4HVIA 4U42A 2BALA 4FEWA 1W8CA 4ZJIA 5A4CA 3NUXA 1Q8ZA 3SGCA 3OXIA 1J1BA 5CF6A 2E9PA 5HU9A 3OT3A 3BELA 4DH3A 4ASXA 2C5YA 4PUZA 3VUMA 1ZAOA 3FE3A 2BROA 4JS8A 3MTFA 5DWRA 3FY2A 3QUEA 3C4CA 4EH7A 3ZC5A 4CV9A 2BZJA 1Q24A 3C4EA 3KXNA 3NSZA 3GNIB 2VWYA 4MD8E 2UZTA 4L3PA 4OLIA 4JX7A 4DGOA 4F7JA 3NW7A 5HIEA 5M07A 4EWHA 3ENHA 3FV8A 4IANA 4ZTRA 2C6MA 2W99B 4TTHB 4ID7A 3VAPA 4O6LA 3TYKA 4QP9A 1U5RA 4FIGA 5ANIA 2HK5A 4IJ9A 4F4PA 4KBKA 1W0XC 2VX0A 1FPUA 2HW7A 4GYIA 4UZDA 5HVKA 3F5UA 5ACBC 3UPXA 3LIJA 2WU7A 4PF4A 4FV3A 3QX2A 3LCOA 1Q99A 3OCSA 3QHWA 4EH4A 3EWHA 2R3NA 4FKSA 3D0EA 1XQZA 3COHA 2GNLA 2J0JA 3LMGA 4DFUA 5F4NA 4IAAA 3QD4A 4X3JA 4YLJA 2OG8A 3FY0A 5CZIA 3ANQA 4UXLA 2UW7A 5C8KA 1E1VA 1U46A 3VS6A 2HZNA 3MH3A 3UOLA 1TQMA 4XV9A 4AE6A 3PY1A 5CAVA 5IH4A 3LFAA 1FMOE 4IWQA 4IFGA 4JRNA 3FYKX 4XP2A 5L2SA 4QMPA 3ZLXA 4BDFA 4QMQA 5IQHA 4MXYA 3EH9A 5CU4A 5FM3A 5CAQA 4ONAA 3I0QA 3TXOA 3CD3A 2ZVAA 4J8MA 1FGKA 3L9PA 4YJVA 3KXXA 5DPVA 1E9HA 1FVTA 2UUEA 4EKLA 4F1OA 4YSMA 1F3MC 5IEYA 1A06A 4GYGA 3ZUTA 3EQFA 3IS5A 4O0VA 1OB3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XR1 A;  3NNU A;  4ZTL A;  3A7F A;  4Q5H A;  4C02 A;  3R0T A;  3EFJ A;  2PVM A;  4AWI A;  2OK1 A;  5L3A A;  1T46 A;  1J1C A;  3C5I A;  4O83 A;  1QPD A;  4B4L A;  3NEW A;  5CU3 A;  4PDO A;  2A27 A;  5E91 A;  2YIR A;  3Q32 A;  3VBX A;  4FMQ A;  1KE9 A;  1VLR A;  1VZO A;  3GU4 A;  4IW0 A;  2QHN A;  4V0G B;  5HKM A;  5CSX A;  4O0S A;  3RNY A;  4YZC A;  3ZO1 A;  4YR8 A;  5M56 A;  3AC3 A;  5C4K A;  3VS3 A;  1OEC A;  2XZS A;  3Q6W A;  2F9G A;  3KRJ A;  4BID A;  2O64 A;  1Q41 A;  2XMY A;  5AJQ A;  4YU2 A;  3R7U A;  1SM2 A;  3WYY A;  3HLL A;  3PIX A;  4YNO A;  4I93 A;  5HX6 A;  4EQM A;  1B39 A;  2F4J A;  3ZON A;  4HPT E;  3KEX A;  4QTC A;  3MA3 A;  3FQE A;  4JBP A;  4CKR A;  3JY9 A;  5IQA A;  1HCL A;  4KSP A;  3C7Q A;  2ZOQ A;  2HEN A;  3BLH A;  3EYH A;  3KUL B;  3VUL A;  4KRC A;  4QDE A;  3II5 A;  3NPC A;  2XJ1 A;  4X6R A;  4FVP A;  3ORO A;  3L9L A;  3IW6 A;  5ANO A;  1YHW A;  2E9V A;  4BGG A;  2CN8 A;  4BIE A;  5E8W A;  4UV0 A;  3KC3 A;  3C13 A;  2BAQ A;  4MYG A;  2VWV A;  3TKH A;  4FII A;  2WO6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations