3UZRA

Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase aph(2'')-ib, apo form
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
299
structure length
299
Chain Sequence
MVNLDAEIYEHLNKQIKINELRYLSSGDDSDTFLCNEQYVVKVPKRDSVRISQKRELELYRFLENCKLSYQIPAVVYQSDRFNIMKYIKGERITYEQYHKLSEKEKDALAYDEATFLKELHSIEIDCSVSLFSDALVNKKDKFLQDKKLLISILEKEQLLTDEMLEHIETIYENILSNAVLFKYTPCLVHNDFSANNMIFRNNRLFGVIDFGDFNVGDPDNDFLCLLDCSTDDFGKEFGRKVLKYYQHKAPEVAERKAELNDVYWSIDQIIYGYERKDREMLIKDVSELLQTQAEMFIF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2'')-Ib, apo form
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Aminoglycoside phosphotransferase
total genus 100
structure length 299
sequence length 299
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3uzrA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 3uzrA02
4PMPA 1GZNA 2G9XA 2OF4A 4R3PA 4TT7A 4BDFA 5AADA 2RIOA 4BYIA 4OUCA 3K3JA 1Q8WA 2ZOQA 3EN6A 3A62A 2QR7A 4I6FA 1OIRA 5BMSA 4OTRA 3EQFA 1H1QA 2PULA 2F49A 4LMNA 4O86A 4ASXA 2JDRA 2UUEA 3A8WA 3NUSA 3ORKA 3P78A 3HGKA 4RVKA 2CKEA 2FUMA 2JC6A 4RIWA 4YJOA 4KBCA 4CFUA 4QTAA 5M51A 3ZTXA 5HX8A 2VTTA 4QP9A 4MXXA 1GY3A 5D7VA 5AUUA 5CVHA 5KMNA 3U9CA 1EH4A 3EQGA 3LJ0A 3LMGA 4HGSA 4FV2A 3D0EA 2VO3A 3Q3BA 5HG5A 4RC3A 4A06A 4FKOA 5B2LA 3LMHA 3ANRA 3MPAA 3S3IA 4AS0A 1QMZA 3NPCA 4DGGA 5CAQA 2QOLA 3A8XA 2B9FA 4M13A 3PJ2A 3EYGA 1BLXA 5CYIA 2YDKA 4HJOA 3PXKA 2YM8A 4AA5A 4AXAA 2Z60A 3FLWA 3UVQA 5LVNA 3KK8A 4IZYA 4FE2A 4XG4A 4TN6A 3W0MA 2VTIA 4FGBA 1JSTA 3ELJA 4DFBA 4EOKA 5LWNA 2OZAB 3NUNA 3DFAA 4EJNA 2VTMA 4NYEA 4ZOGA 2R3HA 4Z7GA 3DJ7A 4IMYA 3KXNA 4IB1A 3AQVA 4IX3A 4F1TA 4C02A 5DT4A 2W1EA 3VUGA 3AT4A 3RPOA 5LMAA 3SVVA 4UZDA 1UWJA 4MKCA 2CLQA 4XLIA 5EK7A 2XS0A 4JT3A 3F82A 3AOXA 1U54A 3L9NA 3QRJA 3EOCA 3P4KA 4FSNA 3BZ3A 5GNKA 3ZSIA 4O21A 4BDHA 4YLLA 1IA8A 3DLSA 4JBPA 1FMKA 2J0IA 4CQEA 2AC5A 3Q04A 2VV9A 3TXOA 3KRXA 4ERWA 4G17A 4YHTA 1ZOEA 3GEQA 4FSRA 4NTSA 4O0TA 4ORKA 5CF4A 4YZ9A 4ONAA 1QPDA 3NR9A 3VAPA 2XK6A 4IBMA 5KHWA 3HDNA 2BZJA 3BLRA 3LXPA 5M07A 3NRMA 3KQ7A 4O7PA 1CKIA 3R1QA 4S30A 2PMNX 3HV3A 5CU4A 1PXKA 2R0IA 3MBLA 4DC2A 1V0PA 4F1MA 2IZRA 4XCUA 5IQGA 3OC1A 3FMMA 4BDGA 2JD5A 2QOCA 3L1SA 5TKDA 2Q0NA 4QMMA 3NUXA 2B0QA 1OVEA 2JKKA 2R64A 2BPMA 3HV6A 3QHRA 3NUYA 2OXYA 4BCJA 4XG6A 3B8RA 3R1YA 4X2GA 5IA3A 4EL9A 2UZWE 2VAGA 2Z7QA 4U43A 3SLSA 5M4IA 2VGOA 5CEKA 1H00A 4EK5A 3VNTA 2J0LA 4QMOA 3W1FA 4HVDA 3S0OA 3NCGA 5AV3A 3CLYA 4Z7HA 2YA9A 4EOMA 3L9PA 4QTDA 2IVTA 4C4HA 3QXOA 2G1TA 2YJRA 5E8SA 4NSTA 4UY9A 3DXNA 2PZ5A 2X0GA 3MWUA 2BHHA 4Q9ZA 4FC0A 4RX7A 2QO9A 5CASA 5DLSA 2WZJA 4JJRA 3OCTA 3G0EA 4YZCA 4AGUA 3KMWA 3P86A 4FIEA 2W05A 3NS9A 4J98A 1OUYA 3PA3A 3UNJA 2X8EA 5E1SA 3Q2MA 3FQEA 3DBDA 3UODA 2X7GA 1PRYA 4HGLA 4MEDA 2I6LA 4KWPA 1PHKA 4DITA 4EH6A 4JRNA 5IQIA 2GS6A 3QRIA 4ZTLA 4QMNA 2W99B 2HZIA 4K9YA 3TCPA 3OFMA 3UJGA 3B2TA 2JBPA 4F08A 4AGWA 4PUZA 4HPTE 1DAYA 2ITUA 5JH6A 3FLQA 4MAOA 3MH0A 3TTJA 4IC7A 5ANJA 1KE6A 2BRHA 3I6WA 4RLKA 1YOLA 3OCGA 3SGCA 2A1AB 5J1WA 4OTDA 3FYKX 3TACA 2AUHA 3Q5IA 4ZJJA 4DEIA 2QG7A 4J52A 2QG5A 4DEBA 3C4EA 3OT3A 3HYHA 4USFA 2BIKB 3Q4UA 3DTCA 2PZRA 4JAIA 4NL0A 2WMVA 3SW4A 2PWLA 3FXXA 3L8PA 3ETAA 3R0TA 4QP2A 4Y83A 3FMJA 5L2TA 2WKMA 2X1NA 2NP8A 2OIQA 4FI1A 3ORNA 4O0XA 1Q3DA 4EOQA 2W17A 3GU6A 2XYUA 1OL2A 1GZ8A 5HBHA 2WIPA 5LVPA 3F3TA 1XKKA 2BROA 3P7AA 2W1DA 4DEAA 5F9EA 3UG2A 3BHHA 4ZSAA 3Q9XA 3HA8A 1GAGA 4O82A 3R71A 2HW6A 4BIBA 3ZUUA 4NM7A 1G5SA 4GH2A 3T3VA 4I5MA 4E93A 3DXPA 3QYWA 1XWSA 5IQEA 3FSKA 5G6VA 2FB8A 3NCZA 4U0IA 4B0GA 4TWCA 2W1IA 2IW9A 4MD7E 4O0VA 5L8JA 5A4CA 3UNZA 4KABA 5EKNA 2O65A 5HEZA 4ANQA 4AZFA 3NZ0A 4EK6A 2QC6A 2WTKB 2XBJA 4IAYA 2JDSA 2XNBA 4JDJA 1MUOA 4CFNA 4H3QA 4EHZA 2JIIA 3BPRA 1PXLA 3AC3A 1S9JA 2XKCA 1ZARA 3QUPA 2ETKA 3W8QA 4ENXA 3I81A 3F9NA 2I7QA 2WQBA 4ID7A 3OT8A 5JRSA 4ZY5A 1YOMA 5DYJA 5KKRC 1OL1A 2X39A 2XKFA 2G2FA 2CPKE 3AG9A 5AIKA 4F7JA 4H1JA 4UWCA 5CU0A 3UOJA 4QO9A 5I4NA 3OBGA 3R04A 4FMQA 5HTBA 3VO3A 4RX9A 4GKIA 5IF1A 2O8YA 3L8XA 2ZM3A 5E90A 3WZUA 3GC7A 2ZM1A 4L01A 4AUAA 4FTJA 4B4LA 3QTIA 3EQCA 2J0JA 4LRJA 4ZP5A 4KKGA 3CBLA 4WIHA 2H34A 4W8DA 3FPQA 2CCIA 5CZIA 5ANKA 4TZRA 4P2KA 3VUMA 4BCNA 3PG1A 2BVAA 5HU9A 4YLJA 5HG9A 5HVYA 2X6EA 4MXOA 4AU8A 3ET7A 3PDTA 4I22A 3F2RA 4DTBA 5AEPA 3F5GA 3RPYA 4DA5A 3GUBA 4IQ6A 4PWNA 3WF5A 4FT0A 4U8ZA 5C8MA 1F3MC 2Z2WA 2DYLA 2HWOA 3U8WA 4I24A 4EZ3A 4L7FA 3W16A 3RI1A 2R3FA 3UC3A 5IUIA 1YWNA 5ACBC 3QGYA 2O0UA 5M06A 4IX6A 1GZOA 3NSZA 4JLCA 4P4CA 3R8LA 4MBJA 2I0YA 1UU8A 3HDMA 3G33A 4X6RA 1ZZLA 3H0YA 3LLTA 4ZTRA 3UMWA 5J5SA 4F63A 2UW5A 2YIRA 3KRLA 3WYXA 3QL8A 3MVJA 2QOQA 4OLIA 5CS6A 4D58A 5KBRA 4CFFA 1IG1A 3NIZA 4UEUA 3OWLA 2W7XA 5C01A 3FZTA 3D83A 4BDAA 2WD1A 4MNEA 2V22A 2XMYA 5E91A 5M09A 3F3WA 4TYEA 4YSMA 1ZZ2A 1KUTA 1HOWA 5C1QB 2WTDA 5DR6A 4LOOA 5AP5A 3VS7A 2QQ7A 4RJ4A 5A4QA 2QI8A 4AN3A 5JN2A 1URWA 3CD3A 5AUZA 4MBIA 4YJPA 2F9GA 3KA0A 1Q8UA 3NAYA 4HYUA 4EK3A 5KUPA 3RHKA 3QZFA 3O8TA 4F9WA 5HQ0A 3VS3A 5EM5A 5GJFA 4FTUA 4JQ8A 4PMTA 4QT1A 4X3JA 3VS1A 5DR2A 3UZRA 3CKXA 2JAVA 3HMMA 3Q6UA 4F9BA 1O6LA 3FJQE 2CGVA 2F57A 3DKOA 3AMBA 2UVXA 3NYOA 3T3UA 1ZYDA 2HOGA 3KULA 3QCQA 1FBNA 3TN8A 3W8LA 4AA4A 4GVJA 3VUDA 3R28A 5AX3A 1CMKE 4KS7A 3B8QA 2ONLA 2C6OA 3VBVA 4RIXB 4EOIA 1OL7A 4WBOA 2PYWA 4AACA 4EBVA 5AV0A 2VWBA 1XJDA 4LUDA 4ASDA 3D5UA 3EFKA 5BVWA 5DA3A 3EB0A 2PVNA 5L2SA 4IM2A 4EUTA 4AN9A 2QOOA 1PMNA 2W1CA 3MB6A 3TG1A 3RTPA 3DB6A 4F9AA 3MVHA 4AOJA 3BYSA 3RP9A 4QMPA 4RQKA 2V5QA 4LUEA 2ONLC 1OL5A 3OOMA 4MXYA 5I9VA 2ERZE 2OG8A 4TWOA 4NKSA 2YIXA 3KRWA 3OTVA 3RKBA 4XP3A 3FC2A 1YHVA 5IEXA 2OJIA 3FDNA 2G01A 3ZFYA 5KMKA 3LFFA 1NT2A 2UW8A 3LJ2A 4MQ2A 2F4JA 3W0QA 4TYJA 5LWMA 3V5WA 2UZTA 1YDTE 3BHTA 2GFCA 1G8AA 3LXNA 3WI6A 1H01A 1TQPA 4GT4A 1ZY4A 3FY2A 2RFNA 3QKMA 4N4SA 4RX8A 2WTVA 5CVFA 5L8KA 3QZGA 3FYJX 3GFWA 1YDSE 4FKLA 4U5JA 3O0GA 3Q4ZA 2B9IA 1LP4A 2YM3A 3TDWA 3MB7A 2BHEA 3P9JA 4O7LA 3DY7A 3RINA 5DRBA 4DEGA 3D2KA 3MFRA 3PRFA 3ZSHA 3SV0A 1YHSA 5EM6A 1MQ4A 2JDTA 3PRIA 5HCXA 4YLKA 3F69A 3SAYA 3BGZA 4O7ZA 4BF2A 4GKHA 4F65A 4BZNA 4CLIA 4A9TA 5JEBA 2OKRA 2W06A 2CN8A 3ZM4A 5FGKA 5ANIA 3AC5A 2ZMCA 2VTQA 4EJ7A 4NKAA 4J95A 3W2SA 2ZDTA 4DEEA 4ZLOA 4P90A 2WELA 4AT3A 3BKBA 4TTHB 4ZY4A 1OKVA 4DH3A 5J9ZA 3IGOA 3AC8A 3IONA 5EOBA 4Z3VA 3TNIA 1GZKA 1RJBA 3A7FA 3ZO2A 4ANMA 4NM5A 4CEGA 5IA0A 1WBOA 3FC1X 2WIHA 4ARKA 5LMKA 4XLVA 2W1ZA 4FKTA 4YNOA 2XJ0A 2C3JA 3ZXZA 4ZMEA 4L3PA 3LE6A 4X6QC 1REKA 2ACXA 1H1SA 3AMAA 4L67A 4JR3A 3HV7A 3EHAA 5A46A 4FICA 3ZRMA 2IZSA 4NJ3A 3RALA 1MRYA 2XJ1A 2BRBA 3MYGA 4HW7A 2J6MA 2B4SB 2REIA 4IAZA 5BUJA 1M7NA 3TZ7A 3FV8A 2JKQA 3G6HA 3R01A 4DG2E 3W2CA 3W0SA 3HV4A 1REJA 2RG5A 5E8XA 4AGDA 1CKPA 4QMTA 4BDKA 3BWFA 2YM4A 4BZOA 4ACHA 1QPCA 5AP2A 4FV4A 3FI2A 4IVDA 5JFWA 3WE4A 3QALE 4OBPA 5I9XA 2QU6A 4HVIA 5JQ5A 5FM3A 4G6LA 4EHGA 4U94A 4DHFA 2HXLA 4UBAA 2FSMX 3SOAA 5HG7A 3CE3A 5BYZA 4CRLA 5FXRA 4TY1A 1YW2A 4FSTA 3G6GA 3QGWA 3GQIA 4HGTA 5LXMA 2YAAA 5LJJA 4FOBA 4N6YA 2W1FA 3BBWA 3QRKA 4D2RA 2DWBA 3PIZA 3UOKA 3RNIA 3VS2A 3U6IA 1OIYA 3KMUA 4R6VA 5C03A 5DG5A 5H8GA 4YJSA 3BU6A 4A07A 4WNOA 3II5A 2VTRA 3OF0A 3QD4A 3R8MA 4EOPA 3G90X 4FK6A 4C35A 4C36A 4IM0A 5CSXA 5AUXA 3C4CA 4GJ2A 5HKMA 5HLNA 3A60A 3UIMA 2ETRA 4ZS4A 2XF0A 3BELA 3FZRA 3KXHA 1KV1A 3WF8A 4FV6A 5FD2A 5ANGA 4MH7A 4YGAA 5D11A 5DIAA 2YN8A 2XA4A 3E8CA 2YIQA 4UXLA 3ZEPA 2QNJA 4AFEA 3O17A 3ENHA 2YERA 3OY1A 3MY0A 3C4ZA 4FL2A 3FI4A 3ZLXA 2GHGA 4KUJA 4FIGA 3A7JA 3MFUA 4E5BA 2VTNA 3COHA 4YZNA 3SG9A 3V8WA 2J9MA 3MV5A 5DFPA 4RFMA 4EH5A 5K5XA 5L3AA 5E8UA 3NMUF 1KWPA 4JBOA 3N9XA 3E62A 3TM0A 4NM0A 5FP5A 4YO6A 4CSVA 2ZM4A 4RVTA 4NUSA 4C38A 5L8LA 1APME 3U51A 2QU5A 2YWVA 4BTKA 3SX9A 3MS9A 5AP6A 2X2KA 1Q24A 4EKLA 2VX3A 3P1AA 5AP4A 5TOZA 4AW1A 4O7SA 4EYMA 2C6MA 3JY9A 2GSFA 4JG7A 4BRXA 1O6YA 4YC6A 3I5ZA 5HE0A 4YP8A 5JFXA 3TTIA 2C3LA 4QTBA 4WRSA 2HK5A 1UU3A 4IB0A 3BQRA 4BI0A 3IDBA 2HW7A 5C4LA 1VJYA 3W55A 2ZDUA 3KU2A 5M4UA 1KE7A 3BU5A 3NGAA 5HESA 4YMJA 3S00A 3V5QA 2QOFA 4BKJA 1Q62A 5IEVA 5IH6A 5JT2A 4EQMA 2HWPA 4V04A 2BAJA 3Q5ZA 4A9YA 1W84A 4E4XA 2VWWA 3C4XA 2WOUA 4WZYA 1F0QA 4OGRA 5E8WA 4KA3A 3R9NA 1M52A 3R7YA 3VN9A 4RBLA 3RJCA 4BCGA 5BPYA 5I9YA 2PVHA 1UA2A 4ZSJA 4EORA 3MVMA 5EHYA 4AE6A 2WNTA 2UW0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2CJM A;  4IB5 A;  3CIK A;  4Q9S A;  4UYA A;  3FL5 A;  2JED A;  3ITZ A;  4YHJ A;  5BUE A;  3DXQ A;  3NYV A;  4I21 A;  4OTF A;  4YJV A;  5JSM A;  4XUF A;  3SRV A;  1OKY A;  5D12 A;  1JSU A;  4NW6 A;  3RPR A;  4DDI A;  3LQ8 A;  3KXG A;  4MNE B;  1YXT A;  3UVR A;  3PFQ A;  4C33 A;  4DFY A;  5EM8 A;  3TIZ A;  2E9P A;  4R3C A;  4B9D A;  5CAU A;  3CTJ A;  2PK9 A;  4C0T A;  3UTO A;  4FTL A;  3R22 A;  1A06 A;  3MJ2 A;  4CFV A;  2CMW A;  4PNI A;  4L53 A;  5CWZ A;  5FM2 A;  3FHI A;  5L6W L;  2I0V A;  2UZD A;  5IH5 A;  1SNX A;  1IR3 A;  3DTW A;  3KN6 A;  1CM8 A;  1PF8 A;  3W2R A;  3BRB A;  2GHL A;  3EQP A;  4XG3 A;  4ZSE A;  2VWY A;  3V5L A;  4C4E A;  2FVD A;  3Q32 A;  2C6E A;  2YAK A;  4EK4 A;  2QD9 A;  5A6O A;  4PRJ A;  3GCP A;  1U5Q A;  3GQL A;  5FED A;  4B8L A;  4C4I A;  1ZYC A;  3H30 A;  3GCS A;  4R3R A;  4USD A;  3KUL B;  1VYZ A;  3E8E A;  4M7I A;  4MK0 A;  3T8O A;  3ZO3 A;  4F1O A;  5HBJ A;  2UW4 A;  4TWN A;  4DEH A;  3AC2 A;  1OGY A;  4XH6 A;  5KZI A;  1PYE A;  3FWQ A;  4I0S A;  3VJN A;  2XK8 A;  2Y8O A;  4FL1 A;  1ATP E;  3PZH A;  4GT5 A;  3UE4 A;  5IUH A;  3UGC A;  4EH9 A;  2YM5 A;  1DI8 A;  3H9O A;  1ZY5 A;  2PML X;  5C27 A;  3ZUV A;  3L9L A;  4C61 A;  4QP6 A;  2Y4I C;  4QP7 A;  4BDI A;  1YVJ A;  4W4V A;  3UOH A;  2W9F B;  4FV9 A;  3CJF A;  3FLY A;  4M84 A;  4O7V A;  3WE8 A;  1NVR A;  4XP2 A;  3VHK A;  4I6H A;  4GW8 A;  3ORP A;  3EQD A;  3E88 A;  4G31 A;  1R0P A;  2GS7 A;  3COM A;  3LMI A;  2JDV A;  3LPB A;  3PIX A;  4TW9 A;  1U5R A;  4JOA A;  1G8J A;  4RQV A;  2ITZ A;  3MA3 A;  3TZ8 A;  3W2Q A;  3WF6 A;  5IME A;  1H24 A;  2FST X;  4KIN A;  1J7L A;  1QPJ A;  4HVH A;  4AT5 A;  5D1J A;  1H07 A;  3BYM A;  4JVG A;  2IVS A;  2FO0 A;  4ZY6 A;  4D55 A;  1RQQ A;  4IWQ A;  4EHE A;  4QMZ A;  4A7C A;  2X4Z A;  2W1G A;  3LLA A;  3FXZ A;  5DPV A;  3O7L D;  5D10 A;  5CF5 A;  3F5X A;  2R3O A;  2UW7 A;  1T46 A;  5E4H A;  5BYY A;  4FG8 A;  2GQS A;  4BTM A;  4FZD B;  2VTO A;  3TKI A;  4RX5 A;  4GFM A;  1FVT A;  2UVZ A;  1NA7 A;  5EYD A;  3RCJ A;  1XH5 A;  4QDE A;  5CEI A;  4ANS A;  4F0F A;  1FGI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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