4DT8A

Crystal structure of aminoglycoside-2''-phosphotransferase type iva in complex with adenosine
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
301
structure length
301
Chain Sequence
MRTYTFDQVEKAIEQLYPDFTINTIEISGEGNDCIAYEINRDFIFKFPKHSRGSTNLFNEVNILKRIHNKLPLPIPEVVFTGMPSETYQMSFAGFTKIKGVPLTPLLLNNLPKQSQNQAAKDLARFLSELHSINISGFKSNLVLDFREKINEDNKKIKKLLSRELKGPQMKKVDDFYRDILENEIYFKYYPCLIHNDFSSDHILFDTEKNTICGIIDFGDAAISDPDNDFISLMEDDEEYGMEFVSKILNHYKHKDIPTVLEKYRMKEKYWSFEKIIYGKEYGYMDWYEEGLNEIRSIKIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for Dual Nucleotide Selectivity of Aminoglycoside 2''-Phosphotransferase IVa Provides Insight on Determinants of Nucleotide Specificity of Aminoglycoside Kinases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords APH(2'')-Id
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 105
structure length 301
sequence length 301
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4dt8A01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 4dt8A02
4O7LA 4D28A 3ZLXA 5L2IA 1YDRE 3GU8A 4M3QA 3SLSA 3LW0A 1G5SA 4QMZA 5BYLA 5DVRA 4DINA 4LMUA 5CXZA 2G1TA 3W55A 4EKKA 4ITJA 1H0VA 3NUXA 3SV0A 3FC2A 4FI1A 5D7AA 3PDTA 5L2WA 5GIPE 3W0NA 4M7IA 4J96A 1H1WA 1URWA 4E5BA 1IAHA 3ZC5A 5J1VA 4EHGA 3LCDA 4R1YA 2HOGA 5CU3A 2XK3A 5JH6A 2V55A 5L6PA 4DC2A 4AP7A 2BMCA 3DXNA 4DTKA 4B7TA 2PSQA 3MI9A 5J7HA 2R3JA 2XF0A 5CSHA 5TT7A 3NNUA 1YXVA 3E93A 5BVEA 3E8EA 3RPOA 3RJCA 2PMNX 2QG7A 1OL6A 4M13A 5CT0A 4I4EA 4GJ3A 4FTJA 4IZ7A 4QP2A 3NAXA 3R7EA 4CKIA 3ORNA 2Y4IB 4IAAA 4GSBA 4OBPA 2I0YA 4ZJJA 4BGQA 2OIBA 4EWQA 3VF9A 4O7YA 2GS6A 4RQKA 1R39A 2QODA 5FTGA 2XZSA 5FM3A 1IA9A 5FXRA 3ZZEA 3A2CA 4IANA 4F65A 4PL4A 4IW0A 2YM5A 1ZARA 1YWRA 3AD4A 4FSUA 5ITAA 4PP9A 3ZC6A 4HVGA 1H28A 3EKNA 3GGFA 1JWHA 3HV3A 1TQIA 4XP2A 5AP1A 5FDXA 2RL5A 3DY7A 5L2TA 4J52A 3W33A 4CMUA 3VO3A 5IQGA 2WMAA 3TV4A 4EOPA 5EKNA 3MH2A 3QZGA 4U97A 4I6QA 3Q9WA 3HX4A 3C51A 4ZTNA 2UVZA 1DAYA 2VWXA 2X81A 2B4SB 5D9HA 4EOSA 3TNPC 3OS3A 3F5XA 4BRXA 1PJKA 2VUWA 2VU3A 1OB3A 4JQEA 3QCSA 3BGQA 4ZJIA 2DYLA 3E92A 2WXVA 2FUMA 3OUNB 3P4KA 4BZOA 5A54A 1B38A 2JKKA 1IA8A 3P7AA 3IW7A 3LM0A 5IH6A 4QMXA 5EW8A 3QTIA 3QUDA 3BGPA 3VS1A 2C30A 3VS7A 3QLFA 3D4QA 4MF1A 3NNXA 1IG1A 4CZUA 4X2FA 4F7JA 4JDHA 2W1FA 5CLPA 4BDCA 3R7OA 4OUCA 3M42A 4S34A 2X8IA 3ULZA 5AP4A 5JKGA 3AC4A 3R30A 4AT3A 2H8HA 2QO2A 4GH2A 2WMRA 3KMMA 1PY5A 5DN3A 4JDKA 4GG5A 3COIA 2QOBA 4AAAA 3VUGA 2YIQA 5LVLA 1JKLA 2UW8A 2P2IA 4JRVA 4L67A 3TL8A 3BHHA 3KK9A 3PPKA 4PF4A 2ETRA 2VTAA 3FMJA 3KXXA 5EM8A 3B2WA 5M4CA 3R21A 4J53A 3L8PA 4FKGA 4UWCA 4XOZA 3ZO2A 3U8WA 4HCVA 4YHJA 4WNKA 4BIBA 3FXXA 1LP4A 1LR4A 2HW7A 1SNXA 4NW5A 4USEA 3KN5A 5AUUA 4EZ3A 3BWJA 3PG1A 3R1NA 3FLNC 2B55A 5CALA 4MXOA 3WZUA 4BI1A 3UZTA 2XNNA 5LWMA 4BDIA 3RAWA 5AAGA 5BPYA 5LARA 3CSVA 3VBYA 3WZDA 4UBAA 3AC2A 2OJIA 2XMYA 2QOKA 3IECA 4NH1A 4IMYA 4RIOA 4MHAA 2HWPA 4ANMA 3VS2A 4UZDA 4ANSA 3FSKA 3PVGA 2QHMA 4XG7A 2OU7A 4HYSA 4B8LA 4Y5HA 5KMNA 3MB7A 2KULA 5DEYA 3RTPA 1BMKA 4NTTA 3ZLWA 3AT2A 5KBRA 5DE2A 4FOBA 3TZMA 4MXYA 5DLSA 4G6NA 3ZSHA 2FSMX 5IH4A 1W84A 2CKEA 3PSCA 5IDPA 5JQ5A 4BTMA 3MY5A 4IZYA 5AX3A 4AFEA 4OW8A 5BX0A 4H05A 4OTWA 4XX9A 3T9IA 3QA8A 4RIXA 4H3QA 5AP5A 5FBOA 4Y72A 3SW7A 1SYKA 2Y6MA 4CFWA 1NVRA 4FUYA 2JBPA 3H30A 3OC1A 5AM6A 3K54A 2E9VA 4O0SA 3PIZA 5BVKA 2R3GA 4WG3A 1PXNA 5HIBA 2ZM1A 5ACKA 2R9SA 2B0QA 2ETMA 5BVNA 2WTCA 5HKMA 3NYVA 1IR3A 3Q6UA 5AM7A 1SZMA 4DLIA 3LQ3A 1QMZA 4D55A 2VX3A 4O0TA 4FEXA 5CEPA 3TYKA 3VS6A 4RFYA 4BDBA 2EXMA 3TKUA 3DJ7A 3ZXZA 5IG1A 1RJBA 1B6CB 3A62A 3ACKA 3GC9A 3AC3A 4LOOA 2QLQA 4EOIA 4G17A 2UV2A 2FB8A 3U6JA 3B2TA 2PE1A 3WF8A 5LQFA 4UV0A 2C3IB 3NVMB 3SAYA 3BEGA 2OKRA 4G3FA 4O82A 3R8PA 3ZO1A 5IEVA 2Y4IC 4C4JA 3SVVA 5AUVA 1OZ1A 2JIVA 4IX4A 4O0YA 2CNUA 1BUHA 3TNWA 4LG4A 2A4LA 1SVGA 3P7CA 2JDTA 3UYTA 3ZFXA 4RPVA 4AS0A 4AQCA 5IQDA 2G2FA 2B54A 3ZO3A 4QMUA 4M12A 3MYGA 3CEKA 2WPAA 5HHWA 5CT7A 4DEEA 3E5AA 5CEOA 5GHVA 2Z7SA 1M17A 2H9VA 4BC6A 1Y6AA 4FBXA 4QYEA 1FGKA 3RPRA 4NIFB 4FV2A 3DAKA 3FC1X 2E9PA 5ETFA 3QC9A 2VTRA 4RLKA 4BF2A 1MQBA 2P2HA 4DGLC 3ZBXA 3QYZA 4GKHA 2H96A 3OP5A 3AMYA 4IX3A 4C4HA 2XH5A 2YIXA 1FMKA 3A7JA 4FKRA 2YAKA 3BHYA 4ZJVA 3NR9A 2C6IA 3D2IA 3R00A 1OUYA 1YXTA 1FINA 4XLVA 2R3IA 2XEZA 3R73A 4GT4A 5ANEA 3UZRA 4BCPA 4KBAA 4E8AA 4EEVA 3QQKA 2WNTA 4YTHA 4AF3A 5H8BA 4RJ6A 4RRVA 4Y46A 4OLIA 1G8SA 4YJPA 3VW6A 5AA9A 3Q96A 4OT5A 3TZ8A 3UBDA 3PRFA 3POOA 1GNGA 3H4JA 4O21A 3W8QA 5CF5A 3MPAA 5JFSA 2ACXA 3E63A 3QTRA 4Z16A 3G15A 4V0GB 1JSVA 3ZSIA 2EXCX 3IDCA 2EU9A 3NW6A 3PY1A 3FI8A 4KSPA 5D1JA 5J9YA 4C2WA 3HA6A 1ZAOA 2ZVAA 1CKIA 4QMYA 3QQJA 4I0TA 5E8ZA 4AE9A 4CEGA 5EQPA 5HGIA 4YJRA 1OIYA 5HLWA 2VTQA 2XCHA 4F9CA 2R2PA 2XK7A 4O81A 5IA4A 3OBJA 4CTBA 5TOZA 4YLKA 3ZO4A 2O63A 2YN8A 3CY3A 4NJDA 3AC1A 3FWQA 2QO9A 3LMGA 4C02A 2BHHA 3VNTA 4RVMA 2HAKA 4J1RA 3UIUA 2PULA 3RPYA 4OT6A 4RMZA 5KX8A 1CKPA 3V51A 4U45A 2XKFA 4LGHA 4ZY6A 3Q04A 2YITA 4O0RA 5C8MA 3JS2A 3I1AA 4PNIA 2PPQA 2ZOQA 3OEZA 3V04A 4DAWA 4S32A 4BTKA 1V1KA 3COMA 4Y8DA 3QALE 4UX9A 1ZMWA 3DOGA 3VAPA 4C38A 3EQRA 4O7PA 2WQBA 4EH5A 4XG8A 3ETAA 4F6SA 2CPKE 4TT7A 3QHRA 4YJNA 2IWIA 5D41A 3U9NA 3TTIA 5AV4A 5KHXA 2QOHA 3FPQA 4ZY5A 4PV0A 4L53A 1NVQA 4EQUA 4W4YA 4QMOA 4BHNA 4YNOA 2W05A 3RINA 3K3JA 1M7QA 2GQGA 2W4JA 4IQ6A 2OF2A 3LHJA 2UZUE 4DH3A 5A4CA 4KNBA 4ACHA 3DKOA 4I22A 1JSTA 5L8KA 1JQHA 2JLDA 4H58A 4TYHA 2BAQA 2JC6A 3IDPA 4E6CA 3MJ2A 2OXXA 3HEGA 1NVSA 1Q3DA 3BV2A 3PLSA 5CSXA 5EHYA 3VJNA 4E20A 1CDKA 4O6EA 1F5QA 3ZONA 5F20A 2GTNA 3RK7A 3LJ2A 5HU9A 4X21A 4FKVA 4V01A 3N4VA 4IE9A 2IVUA 1H25A 2XNEA 3IO7A 3ZLSA 4FKUA 2BR1A 3A7IA 5AP6A 3C4FA 4PMPA 1OITA 3FE3A 4YSMA 4WKQA 2OW3A 2ESMA 2F2CB 4C33A 2PVKA 1Y6BA 4HYIA 4JT3A 3W0QA 1Q5KA 5IEXA 2ZV7A 3FMEA 4GFOA 3UMXA 4QTEA 4XV9A 3QUEA 1MQ4A 2CGVA 3OZ6A 4IWDA 5DOSA 4U79A 4GYIA 4V05A 3R7YA 5M57A 1O6LA 3RPSA 4G31A 5KKRC 5BQ0A 2W1IA 3QRUA 4K33A 4KBCA 3W18A 4TL0A 2X8EA 1LEWA 4J95A 4KIOA 4DF3A 3NVKI 1UA2A 3TV7A 3O23A 3EQCA 3UVQA 2VWBA 5AA8A 4FSZA 5LJJA 4FVPA 2BTSA 4FKOA 3WYYA 2WMUA 4KUJA 1MRVA 3P23A 4KIQA 4OR5A 5HO8A 1SVHA 1ZOHA 4MNEB 4L7SA 2GU8A 3NAYA 2JGZA 4IADA 1WZYA 4DLJA 5EM7A 4DTAA 3E7OA 3PY3A 5IQFA 2PHKA 2XIRA 3AT3A 4EHEA 4Z9LA 4ZSEA 5IPJA 3WZJA 4KS7A 4O7NA 2GTMA 2QOLA 3BV3A 3KRJA 3W2QA 5CSVA 4IM3A 3QCXA 4RC2A 3F2RA 4RT7A 3R22A 5FP6A 5KMKA 3D2KA 3OW3A 2XYNA 3F66A 5AJQA 4RJ7A 2YCRA 3PY0A 3D9VA 2XIYA 3PP1A 4MXCA 1DI9A 4R77A 2HZNA 3EZRA 3NUNA 5EQEA 4BTFA 3MESA 4DH7A 1P2AA 3BYMA 5EQYA 3QKKA 4F9AA 4WG4A 5HNBA 4FC0A 2X7FA 3UMWA 1MRYA 3JUHA 3PJ1A 1JKTA 5M51A 1JKKA 1Q97A 4UWYA 5J5SA 4O2ZA 1Y57A 2YABA 1K2PA 5EYDA 2RG6A 2YAAA 3FL4A 1OPKA 4G3GA 3CQWA 4N70A 3AQVA 3OOMA 3QZIA 4ENXA 1ZOGA 5IA3A 1OKVA 4FTIA 1K9AA 1U4DA 3KKVA 4E4MA 3C50A 4FTMA 4MYGA 3WIKA 4I0SA 4DA5A 2ONLA 3RKBA 4LRJA 2VTPA 3EFLA 5D12A 5D10A 4D1XA 2YZLA 5LMAA 3KGAA 2G15A 3EQGA 3QKLA 4P5QA 1PMEA 3QHWA 3QTSA 4XG9A 2JFMA 5CSPA 3FLSA 4CFVA 4WSYA 3ENMA 4BN1A 3OXZA 4QMNA 3SDJA 4IJPA 3OWLA 4BCMA 4XBUA 3K2LA 4EC8A 3HRCA 2OG8A 2Z7QA 3VN9A 5B2MA 4JG8A 5BYZA 3EN4A 4JVGA 3RWQA 3BRBA 2C47A 3TM0A 1PHKA 3FDNA 4R7HA 5EHOA 2XCKA 1WBSA 3TCPA 3UPXA 1STCE 3ORPA 2XYUA 3HAMA 3VBXA 1MRUA 4IX5A 4ZIMA 3JXWA 4RGJA 2B9JA 3O17A 3HYHA 2J51A 3F3TA 4AGCA 2O64A 4TKSA 4ENYA 4FG9A 3FZSA 3MW1A 3NLBA 3MFTA 2X0GA 4FKIA 4WNOA 3QC4A 4O27B 4O38A 5DT4A 1REJA 1YOMA 3HV5A 1S9JA 1F3MC 3D5WA 3FMKA 5JMSA 1PF8A 4FUXA 3LXLA 4UXLA 3SRVB 3KY2A 4M8TA 3BHVA 4M69B 5AP3A 5F4NA 3ZM4A 4B0GA 5LWNA 3OWJA 3UPZA 5C01A 2VGPA 4YPDA 1GY3A 2C5NA 3KMWA 4K8AA 4O83A 3TKIA 2BILB 3AMAA 3ORXA 5BVWA 4BCJA 1Z9XA 1YHWA 3PVWA 2Z60A 3LXPA 4FZDB 4R3RA 3II5A 2EWAA 3EIDA 1UV5A 5GJDA 1ZYSA 4FKLA 5HG8A 2HYYA 4XS2A 1KOAA 5CQWA 1XH4A 3ZDIA 5ANIA 4CLJA 1U54B 5IF1A 5CY3A 2OO8X 2JAVA 3QF9A 5DRBA 2VO0A 2NRUA 4JAIA 3MVJA 3FSFA 2LAVA 4CFUA 4ZTSA 3GXLA 3MN3A 5E8TA 5JFXA 1WMKA 1OBGA 5I9WA 4XBRA 4A9YA 2UZOA 1CKJA 4FT7A 4PNKA 4TWCA 5I9ZA 5HG5A 4NTSA 2A1AB 3ZHPC 1OVEA 4F9YA 5KNJA 4K6ZA 1YI4A 3A8WA 3TIZA 3PE1A 4F4PA 4L3LA 4FTUA 2E9UA 3D15A 5LVMA 2ZMDA 3F61A 3V8SA 5CQUA 4XRLA 4O86A 4FX3A 4TYJA 3RNIA 2JD5A 2FGIA 2OH0E 5I9VA 4X3FA 2UZDA 4HGLA 3B8QA 3CD8A 4IVAA 2YA9A 5AUTA 5HORA 3SOCA 4LRKA 2XEYA 4BB4A 3EQIA 4YR8A 4D4VA 4LI5A 4FTQA 4C3RA 4C3PA 1Q61A 4UYAA 1BYGA 2IN6A 2ZYBA 3KRWA 4DG3E 3JYAA 3UNJA 2XK9A 2OXYA 5KBQA 3MH3A 2R3QA 1MP8A 3B8RA 3K5UA 2BZIB 2PYWA 1K3AA 3DBQA 1OGUA 2HXLA 2BFYA 3MVMA 3IKAA 4QMMA 5L2SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4O7L A;  4D28 A;  3ZLX A;  5L2I A;  1YDR E;  3GU8 A;  4M3Q A;  3SLS A;  3LW0 A;  1G5S A;  4QMZ A;  5BYL A;  5DVR A;  4DIN A;  4LMU A;  5CXZ A;  2G1T A;  3W55 A;  4EKK A;  4ITJ A;  1H0V A;  3NUX A;  3SV0 A;  3FC2 A;  4FI1 A;  5D7A A;  3PDT A;  5L2W A;  3W0N A;  5GIP E;  4M7I A;  4J96 A;  1H1W A;  1URW A;  4E5B A;  1IAH A;  2XAM A;  3ZC5 A;  5J1V A;  4EHG A;  3LCD A;  4R1Y A;  2HOG A;  5CU3 A;  2XK3 A;  5JH6 A;  2V55 A;  5L6P A;  4DC2 A;  4AP7 A;  2BMC A;  3DXN A;  4DTK A;  4B7T A;  2PSQ A;  3MI9 A;  5J7H A;  2R3J A;  2XF0 A;  5CSH A;  5TT7 A;  3NNU A;  1YXV A;  3E93 A;  5BVE A;  3E8E A;  3RPO A;  3RJC A;  2PMN X;  2QG7 A;  1OL6 A;  4M13 A;  5CT0 A;  4I4E A;  4GJ3 A;  4FTJ A;  4IZ7 A;  4QP2 A;  3NAX A;  3R7E A;  4CKI A;  3ORN A;  2Y4I B;  4IAA A;  4GSB A;  4OBP A;  2I0Y A;  4ZJJ A;  4BGQ A;  2OIB A;  4EWQ A;  3VF9 A;  4O7Y A;  2GS6 A;  4RQK A;  1R39 A;  2QOD A;  5FTG A;  2XZS A;  5FM3 A;  1IA9 A;  5FXR A;  3ZZE A;  3A2C A;  4IAN A;  4F65 A;  4PL4 A;  4IW0 A;  2YM5 A;  1ZAR A;  1YWR A;  3AD4 A; 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 1WVW A;  4GW8 A;  5IUI A;  3QWK A;  2YM7 A;  4QEB A;  3KRE A;  4K0Y A;  4O7S A;  3QZH A;  3IOP A;  4LRM A;  1H00 A;  2G2I A;  4L00 A;  2QC6 A;  2R3P A;  4EZ5 A;  4IVB A;  2RG5 A;  4MXX A;  4R7B A;  3EQH A;  5DIA A;  4CG8 A;  4B9D A;  5AP7 A;  2C69 A;  3MGY A;  4CT1 A;  3AGM A;  2R3K A;  3UVR A;  2R0U A;  3SC1 A;  1OBD A;  3F2N A;  4QDE A;  3FZP A;  4F08 A;  2JDR A;  5ETC A;  4HZR A;  1OPJ A;  3MSS A;  4MD7 E;  4YZN A;  3LXN A;  4AW5 A;  2QKR A;  3C0I A;  3UQG A;  3W0M A;  3PP0 A;  3UP7 A;  1HCK A;  3FMD A;  4BCI A;  4LMN A;  3IOK A;  4ZZO A;  1G3N A;  3S3I A;  4IDT A;  5AV1 A;  4EYJ A;  1KV1 A;  5DPV A;  4AA4 A;  3U54 A;  3RM7 A;  4HVS A;  2XM8 A;  2WIP A;  4ZSL A;  1A06 A;  3OCT A;  5CU6 A;  5IQE A;  5CU2 A;  4G9R A;  2PUU A;  4U44 A;  2BZK B;  3VUI A;  4D9U A;  1KOB A;  4CKR A;  2VTO A;  3UIB A;  5BUI A;  2KTY A;  3QQF A;  5FM2 A;  2WTW A;  3O51 A;  3C5I A;  5LMK C;  3I79 A;  4CVA A;  3LFS A;  3L8V A;  2PZI A;  3PRI A;  2BIY A;  2JDV A;  1YWN A;  5IMX A;  5EI8 A;  2PVM A;  3PA4 A;  4E4X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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