4DA5A

Choline kinase alpha acts through a double-displacement kinetic mechanism involving enzyme isomerisation, as determined through enzyme and inhibitor kinetics and structural biology
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
377
structure length
352
Chain Sequence
EQPEPRTRRRAYLWCKEFLPGAWRGLREDEFHISVIRGGLSNMLFQCSLPDTTATLGDEPRKVLLRLYAEAMVLESVMFAILAERSLGPKLYGIFPQGRLEQFIPSRRLDTEELSLPDISAEIAEKMATFHGMKMPFNKEPKWLFGTMEKYLKEVLRIKFTEESRIKKLHKLLSYNLPLELENLRSLLESTPSPVVFCHNDCQEGNILLLEGRENSEKQKLMLIDFEYSSYNYRGFDIGNHFCEWMYDYSYEKYPFFRANIRKYPTKKQQLHFISSYLPAFQNDFENLSTEEKSIIKEEMLLEVNRFALASHFLWGLWSIVQAKISSIEFGYMDYAQARFDAYFHQKRKLGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Kinetic and mechanistic characterisation of Choline Kinase-alpha.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Choline kinase alpha
total genus 125
structure length 352
sequence length 377
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.32: Choline kinase.
pdb deposition date 2012-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01633 Choline_kinase Choline/ethanolamine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4da5A01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 4da5A02
2OJGA 4FV5A 4I23A 1M7QA 4USFA 2PE1A 3AD5A 5J9ZA 2RL5A 3KU2A 4ASXA 5ETCA 3ZFYA 4FKOA 3I4BA 4O7YA 3GOKA 5FP5A 4PNKA 2BHHA 4XRLA 4FSNA 4ZEGA 2YM7A 4R3RA 4BGGA 5DLSA 5AUZA 3UNZA 4DEIA 3QRTA 1PYXA 3F5XA 4FKVA 3TUBA 2H96A 5HVKA 4G9CA 1GZOA 1MRUA 2FH9A 3QCQA 2W0JA 4ZTRA 2CNQA 4KD1A 4CCUA 3HDNA 4G3EA 2VTTA 1P4FA 3PIXA 4E73A 2QVSE 4U94A 4A07A 4NFNA 1K9AA 3LQ3A 3G6GA 2UUEA 3F2NA 1ZYSA 4ASZA 4HGTA 4HGEA 3QD2B 4CKJA 3AT3A 1PF8A 3HL7A 1OL2A 3BKBA 1GAGA 3DAEA 2BZIB 4RIXB 4EORA 1YWNA 4BIBA 5IQAA 3EFJA 3WI6A 3TV6A 3TXOA 4XG3A 3RCJA 3W2PA 4DEHA 1ZWSA 2O3PA 3KGAA 2FO0A 3VS5A 2EWAA 3ZUTA 3NUSA 3V5PA 1A48A 3RTPA 3QTUA 1Y6BA 2UZNA 5FUTA 1L8TA 4IAKA 4B7TA 2BCJA 4Q9SA 2ITXA 1U5RA 2B53A 5HIDA 3VBWA 3VS3A 2G2HA 3JY9A 3LLTA 4G17A 3ALOA 4O86A 2XRUA 2AUHA 2UW0A 1CKIA 1O9UA 4ACMA 3OT8A 5IG1A 3BZ3A 3UPZA 4KRCA 3PLAE 3D2KA 3QD0A 3HRCA 2QHMA 5CWZA 4CTBA 1WAKA 5HZNA 4OUCA 2GNJA 3VWAA 4F7JA 1YXSA 3WE8A 3TEIA 4IWOA 2QG5A 3UVPA 4E26A 3LKMA 3OCBA 4QQ5A 4PTGA 3FHRA 2XF0A 2J4ZA 1IG1A 4KUJA 5AP3A 4NSTA 4M0YA 2JAMA 4TYHA 5J1VA 2ITNA 3GU7A 2REIA 3IW5A 3MY1A 3OF0A 4H3QA 3NYVA 1ZLTA 3ZXTA 4I0TA 5FDPA 3VQHA 4CLIA 4GT5A 2FSLX 2WQBA 4FEXA 2JD5A 5HKMA 2F57A 3R8VA 3NZ0A 3ORXA 4E20A 1H1PA 3OBGA 3MA6A 5DR6A 5EI2A 2A1AB 2W17A 3IPHA 4QP3A 2VO3A 4QMMA 2IZUA 1PXOA 3PVWA 4FG9A 3BYVA 2C5VA 3TNQB 3L1SA 3P78A 3KQ7A 4PRJA 4OTWA 4U97A 4WIHA 2OZOA 5DBXA 5IDNA 2C6IA 3P7BA 3A7GA 2RGPA 3PWYA 3HV5A 1REJA 3EQGA 3O23A 4PY1A 5D7VA 4DT8A 4O0RA 2Z7RA 3CLYA 2EU9A 4G31A 2XNGA 5EHLA 4R3PA 3ZDUA 4BDGA 4F9WA 2WOTA 3PXQA 2OICA 5M4IA 4BDDA 3DB8A 2X6EA 5K3YA 5F94A 5FD2A 1YI4A 3FJQE 3I0QA 3OMVA 4DLIA 1GJOA 2OJ9A 4C4HA 5F95A 5BVOA 2Z7SA 4UV0A 4RVMA 1GY3A 5LWNA 2JKOA 1WBVA 2C0IA 3D9VA 4GK2A 4IX6A 2E2BA 4O82A 5IZFA 4U45A 5KMJA 4FTLA 4L42A 4M67A 1JSUA 3A8WA 3N9XA 3Q4TA 3AG9A 3QRKA 4BCGA 4JBVA 3FZSA 1V0OA 1H07A 3P0MA 2GNGA 2YCSA 4I5CA 4CRLA 2J0MB 3DGKA 3E8NA 4FEUA 4LRMA 3GT8A 3NUPA 1YXVA 2ITPA 3OG7A 4IB1A 3NNWA 3KCFA 4Z7GA 4W8DA 4RX7A 5E8UA 1SVEA 3MYGA 1GIIA 5DE2A 5E4HA 3CQWA 4EUTA 4DTAA 4ZJJA 3MJ1A 3C4FA 3MFUA 3NNUA 1XKKA 2GSFA 3ZS5A 5BUEA 5JGBA 5K4IA 3GP0A 3CKWA 4BDAA 3PP1A 4FSUA 1G8AA 4R7BA 5CU6A 4EEVA 5IA0A 3UYTA 3OW4A 4CFVA 4YO4A 1KSWA 3RAHA 3IECA 2C3LA 3L8VA 1R1WA 3ORZA 4JQ7A 4D4VA 3QUEA 3DKFA 3VS0A 3MY0A 5E8XA 2F49A 5IQEA 3KL8A 3EZVA 5ICPA 2DQ7X 2XNNA 4F9AA 4ZSAA 2A4LA 3LQ8A 3EHAA 3Q52A 4ZP5A 5I5ZA 5HCYA 4O38A 1OGUA 3PE2A 3KXMA 3LPBA 4FKLA 2OIQA 4MBJA 2NPQA 3VS7A 5A4QA 5H8EA 5FM2A 4B8MA 2UW8A 4QTDA 5KCVA 3OOMA 2IVVA 5IH4A 5CT0A 2HXQA 4L7FA 2W1DA 3QTZA 2W1EA 2YWPA 3MV5A 1NY3A 4U81A 4DEEA 4LRJA 3BBWA 4BCOA 3HV3A 4U7ZA 5HESA 5ANOA 5CALA 3GOPA 1M52A 3A7HA 4FTTA 3WE4A 3SRVB 3D5VA 3ZFXA 1H25A 2OJFE 2UW4A 2WMVA 4XH6A 5LJJA 4Y8DA 2UZEA 4BZOA 2PPQA 4W8EA 4YLJA 2XNBA 1XHAA 4QRCA 4XV3A 3TI1A 4NM3A 3COIA 4GCJA 3WF9A 4QTAA 5JRSA 4H3BA 2PU8A 4FEVA 5BVDA 3GCPA 3COMA 3FZPA 4YR8A 2QCSA 4TYGA 1BX6A 4YPDA 4IAAA 2H6DA 3CBLA 3CR0A 2QR7A 2X8IA 3LXNA 2PZPA 1DS5A 3UODA 1P2AA 4FV2A 4GVJA 2BIYA 3HAMA 4BBFA 1CSNA 4MEDA 4HVDA 3U55A 3SGCA 5CF5A 2QD9A 1A9UA 4O0UA 4YJOA 2CSNA 5HORA 2BZHB 4I5PA 2IJMA 4PF4A 3JY0A 1VZOA 4GFOA 3K3IA 2NRYA 3C4CA 2PUPA 5EDRA 4CTCA 4MH7A 3KY2A 3EL7A 4JX3A 5KHWA 3NIZA 2YIWA 5J1WA 3FPMA 1YVJA 2C3JA 5M51A 3LCDA 4WRSA 1YXTA 2ERKA 4UN0C 2OXDA 2O65A 4B0GA 1J7UA 4D1XA 4USEA 1R0EA 3HUCA 2ITVA 1PXIA 3BLRA 4O7SA 3ZDIA 3ZUVA 1TKIA 3FZ1A 3QZFA 4MXOA 3PPJA 4BICA 1KV1A 2XM8A 1ERKA 4C38A 3GXLA 5TOZA 3VS2A 5EH0A 3S3IA 2QOCA 3FE3A 3ZBFA 5F20A 5D10A 4YBKA 3EB0A 2PWLA 3R1NA 4TWOA 3HV7A 3LLAA 4F65A 2Q0NA 3WZDA 5FLFA 4FT7A 3O96A 3OOGA 4DH7A 4RC4A 3QRIA 4CKRA 1Q24A 1H08A 4BVUA 1YDSE 1YRPA 2VZ6A 2YA9A 5IDPA 4FSYA 2G2IA 5AUWA 4GK4A 4C35A 4NKAA 4QYGA 3OHTA 4FV1A 4A4OA 4DFLA 2UZWE 2WB8A 4FIEA 3F3UA 3O8UA 3D83A 2HCKA 2RFDA 3BQCA 1NW1A 4E93A 3OUNB 4BI1A 1VEBA 3PZEA 4ZLOA 1I09A 4K77A 5BVEA 5DRBA 3ELJA 4MX9A 4EH6A 4GVAA 3EN4A 3NUYA 5EHYA 5G1XA 3AXWA 4K8AA 2OSCA 4RIWB 5CASA 5HD4A 4NIFB 3UMWA 4QP2A 2VWYA 4TNBA 4Z9LA 2YCRA 1PXJA 5ETIA 2CGXA 3MB6A 4V01A 5CX9A 5CEIA 2QURA 5AX9A 4R1VA 4HW7A 3BGZA 4C3RA 4NCTC 3F2AA 2YZLA 3LAUA 2PVLA 3HVCA 1I44A 3UPXA 4Q5EA 5LCJA 1H28A 3QGWA 3G0EA 1H00A 3E8CA 3FWQA 3K5UA 4EK3A 4DCAA 4RIXA 3THBA 4EUUA 2IVTA 5IUHA 3ZO1A 3D7TB 3LCSA 4AW0A 3EMGA 2V5QA 2JKKA 1VYZA 2B9HA 2CKQA 4MQ1A 3S2PA 4G3DA 3A7JA 5DR9A 4A9UA 4AGDA 5FGKA 4X3JA 5H2UA 2HWPA 3PJ3A 4F6SA 4ACHA 4EONA 3VF8A 3FSKA 4O0YA 5AEPA 4AQCA 1OM1A 4FTMA 4NCTA 2OIBA 3VJNA 4B99A 3E63A 1VYWA 3IW6A 2QO7A 3EWHA 4WD5A 2C6KA 3T3VA 4XOYA 4IDTA 2QLUA 3BU5A 2QOOA 1OPKA 4NM7A 4PL4A 3TKIA 1PYEA 3HV4A 4TW9A 5DR2A 4O7ZA 2ZVAA 1XH8A 2Y0AA 4NK9A 4ERWA 3PFQA 1QCFA 3QQGA 5JRQA 4EYJA 3SQQA 1HCLA 3L9MA 2KULA 1AD5A 3A8XA 3VBYA 4DAWA 4KKEA 3W16A 2XM9A 4X2FA 4RRVA 4EK8A 4CT2A 4EWHA 4J8NA 3RHKA 1NT2A 4H58A 4OBOA 2R3OA 5ETFA 3OXTA 3RPYA 1WVYA 2DS1A 2JDOA 3TN8A 2VTHA 3LMHA 1ZOEA 2XBAA 2BMCA 4MXYA 3HMPA 3R8PA 2YHVA 4OTRA 2ZV8A 3HMOA 3NVMB 2BKZA 4P7EA 2GFCA 3R7UA 4NL0A 5EW8A 5J9YA 4PTCA 3HKOA 3ZEPA 4JG8A 4FSRA 5E92A 3NW5A 4IC7A 4KKGA 4C4GA 3HRFA 1PHKA 2ITYA 3U4WA 4UY9A 2C3IB 5LMAA 5KMLA 2GMXA 4QMSA 1Z57A 3DOGA 5HNBA 5JH6A 5KKRC 5AIRA 3QQLA 5KX8A 1H0WA 4OTGA 3QZIA 2CKPA 3FMMA 4EQMA 3QRUA 4S33A 2W06A 3O0GA 4R78A 3R7IA 2WIHA 2R3LA 4WHZA 4MXZA 2VWVA 4FTUA 4DEDA 3C0GA 4QO9A 2R3JA 3G0FA 3LFNA 2VX3A 4R6VA 4BGQA 3JYAA 3D2IA 4BCIA 3KCKA 2Y7JA 3H3CA 3TZ9A 2XYUA 5L2SA 4TWCA 3AD6A 3F5UA 3BEAA 3VVHA 5E8WA 5I0BA 3QLGA 4RC3A 5TF9A 2R7IA 3DJ6A 5DWRA 4IM2A 2YN8A 4LMUA 1PKGA 4TPTA 4LGGA 3S4QA 3UTOA 4U6RA 2FUMA 3EN5A 3PSCA 4E6DA 2P0CA 3R9DA 5A4CA 5AP7A 2ITWA 3PIZA 4XX9A 3OZ6A 2WU6A 3LOKA 4ZS4A 3R28A 3HMNA 3T9TA 3PZHA 5HLNA 4HOKA 1ZRZA 4AU8A 5CTPA 2LGCA 5CF8A 1GZNA 1H1QA 3FPQA 4UYNA 2R3QA 3WBLA 5HD7A 5M4CA 3CPBA 2Z7LA 2PMNX 2XRWA 2I0YA 5BNJA 2CLQA 4XBUA 2UZLA 4L00A 4EHGA 3V5WA 1Y8GA 2OW3A 5FDXA 5IQIA 5HO8A 5L6OA 5DYJA 5HNGA 2W96B 2HY81 3JPVA 3OTUA 3WZJA 4BRXA 5BQ0A 1YOLA 4Z3VA 3ZO2A 3R01A 4JBQA 3VHKA 3LFBA 1QPCA 4TTHB 3TV4A 5EFQA 3TWJA 3FI4A 1LEWA 3VULA 3BYMA 2XEYA 4YBJA 4N6ZA 4DGGA 1ZARA 3R1YA 2ZM3A 3ORPA 5CLPA 2C6DA 4YHJA 3WZKA 1IEPA 4RJ4A 4V04A 5FG8A 1LR4A 3VBXA 3PRIA 4BN1A 1TVOA 3KRRA 4I3ZA 2GQGA 2IPXA 3L9PA 3KKVA 5AAEA 3A62A 3QGYA 5BVNA 3U8WA 3TIZA 3ATTA 3F9NA 4FZ6A 4BCPA 4EJ7A 3HZTA 4X6QC 3V04A 3UOJA 3W2SA 1YHSA 3R02A 4O0TA 3MW1A 3TUDA 2W1CA 3UO4A 4PMTA 5AP0A 1UKHA 5C26A 1MUOA 5HX8A 3PTGA 3SRVA 4GW8A 4ITIA 4F64A 4DG3E 2GHLA 3CIKA 4N70A 2HWOA 3U6HA 1PRYA 3BCEA 1HOWA 4AZWA 4DFYA 2HZ0A 2PVHA 2Y6MA 3BQRA 4QTBA 3EQHA 3GC8A 4N0SA 5CNNA 5IQFA 4RJ5A 4HYHA 5DVRA 3KXZA 4FICA 2BRGA 4IVDA 2J9MA 3TKHA 2ITUA 3WARA 3R8MA 2J0JA 2NP8A 3LHJA 1V0BA 4FGBA 4DBXA 3TNPC 3V5JA 1IRKA 4F0GA 3PA4A 1NVQA 4X0MA 4WNMA 2C30A 4YZDA 4J53A 4W4WA 4XS2A 3RZBA 2WMTA 4IM0A 4BYIA 2IWIA 3IO7A 2VGPA 3IDBA 4K18A 4BTKA 3U9CA 1YOMA 4G9RA 1R3CA 5KMMA 1FGKA 2O0UA 3NIEA 4BR3A 1FBNA 3PIYA 5HVJA 4KKHA 3U6JA 1W7HA 2VWZA 2IVUA 3R0TA 4DLJA 4FV7A 3DCVA 4EQUA 4ZJVA 3SXRA 2BAQA 4F1MA 2JDRA 2FA2A 4D0WA 3B8RA 4QNYA 3MH2A 4AFEA 3TL8A 2VO7A 2C4GA 4KBKA 4JIAA 4YC8A 2WKMA 4FV9A 4EH8A 1K2PA 4JDIA 4G34A 4LOQA 4Y73A 3O2MA 4C2VA 4KINA 2W4JA 4FT3A 4AW5A 3N4UA 2XBJA 3Q6UA 1NVSA 1HCKA 2C5XA 5KBQA 5ANDA 3IW4A 4EHEA 4B8LA 3BEGA 4YZBA 3SXFA 4OR5A 3TACA 1WBSA 3UZRA 3MIYA 3TKUA 3OY3A 4XLVA 4DA5A 3BYOA 4IAFA 4HGLA 3BU3A 2PVKA 4U98A 3D0EA 1WMKA 4DH8A 1ZOGA 5ANJA 3AMAA 3SW4A 3NW7A 3GU6A 4MK0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2GNF A;  4YNE A;  2BRN A;  3LCO A;  5I9V A;  2PVN A;  4R7I A;  2BRH A;  3C4W A;  1UNG A;  3ZM9 A;  4C3F A;  2C3K A;  4EL9 A;  5IA3 A;  3QFV A;  2BVA A;  3QYZ A;  1OB3 A;  3MES A;  2C6L A;  3W2C A;  3SAY A;  2W99 B;  4IWQ A;  4XJ0 A;  2P33 A;  3NYX A;  2C0T A;  4DH1 A;  1O6K A;  3MJ2 A;  4FKG A;  2QOL A;  3SOC A;  2C1A A;  5LMB A;  4BCQ A;  5JQ8 A;  2BUJ A;  3UDT A;  1S9I A;  1XWS A;  3NUX A;  5LMK C;  2VTN A;  3RI1 A;  3MSS A;  3QHR A;  1Q97 A;  3E7O A;  4OTI A;  5FP6 A;  3H0Y A;  4LV8 A;  5HIE A;  2BZJ A;  2YM4 A;  2VWW A;  2Y9Q A;  4BCM A;  5E8V A;  5T68 A;  5AFV A;  2CN8 A;  3KB7 A;  3MFT A;  5JFV A;  5CU0 A;  4BIE A;  1CKP A;  2F7E E;  4O6L A;  3BE2 A;  4FUX A;  2VU3 A;  4I22 A;  4I0S A;  4IZY A;  3LXK A;  2RG6 A;  4FZA B;  2WPA A;  4H39 A;  3LFA A;  2YDK A;  4RJ3 A;  3OC1 A;  3OVV A;  5FM3 A;  3TDW A;  5M55 A;  2DYL A;  4O21 A;  4DEG A;  2RFS A;  2X2K A;  3CTH A;  4G6N A;  4M8T A;  1R39 A;  5HBE A;  4I41 A;  5LMK A;  1QPD A;  4QNA A;  4RLK A;  3GU8 A;  3W18 A;  4AZV A;  3A99 A;  3PLS A; 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 2XEZ A;  4JAJ A;  1J1C A;  4ID7 A;  4YNO A;  4I6Q A;  4JI9 A;  4RIW A;  4QMX A;  2YIR A;  2JFM A;  3DS6 A;  4LGH A;  3ZCL A;  3K5V A;  2FVD A;  2X4F A;  3Q96 A;  3UZT A;  3R2Y A;  4FVR A;  3RPS A;  3BWF A;  2YM8 A;  3PXK A;  2BRO A;  5M53 A;  4CZT A;  5HHW A;  2XK9 A;  4C37 A;  1PY5 A;  2JC6 A;  3FLS A;  4P5Q A;  1UU7 A;  3UVR A;  3NCZ A;  4KSQ A;  1BUH A;  2Z60 A;  5JSM A;  3Q2J A;  4I4F A;  5JT2 A;  1OL7 A;  3UIU A;  3ZRK A;  3KEX A;  3ETA A;  3FMN A;  2OZA A;  1CM8 A;  3CXW A;  1H0V A;  2QU6 A;  4UWY A;  2XKE A;  3QL8 A;  5L2W A;  1Z5M A;  4FKI A;  3TTJ A;  1W84 A;  4Q5H A;  4LL0 A;  3ZC6 A;  2HAK A;  2YDJ A;  2Z2W A;  4QPS A;  3TT0 A;  4UYA A;  4CVA A;  3JVS A;  4A4X A;  3DK3 A;  5E8Z A;  3WF8 A;  1G5S A;  3F7W A;  2PZI A;  1H1R A;  3U51 A;  4PTE A;  3RKB A;  1UWJ A;  3ZLW A;  2UZT A;  3H30 A;  5F9E A;  4E4M A;  3TJD A;  3WIL A;  4O81 A;  2XAM A;  5DNR A;  4QYH A;  5EK7 A;  4WSY A;  1H24 A;  3PDT A;  4FL1 A;  3S1H A;  3F2R A;  4OT6 A;  1M17 A;  4JVG A;  3KVW A;  1K3A A;  4FSM A;  4F7S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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