4DFUA

Inhibition of an antibiotic resistance enzyme: crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase aph(2")-id/aph(2")-iva in complex with kanamycin inhibited with quercetin
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
TYTFDQVEKAIEQLYPDFTINTIEISGEGNDCIAYEINRDFIFKFPKHSRGSTNLFNEVNILKRIHNKLPLPIPEVVFTGMPSETYQMSFAGFTKIKGVPLTPLLLNNLPKQSQNQAAKDLARFLSELHSINISGFKSNLVLDFREKINEDNKKIKKLLSRELKGPQMKKVDDFYRDILENEIYFKYYPCLIHNDFSSDHILFDTEKNTICGIIDFGDAAISDPDNDFISLMEDDEEYGMEFVSKILNHYKHKDIPTVLEKYRMKEKYWSFEKIIYGKEYGYMDWYEEGLNEIRSI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A small molecule discrimination map of the antibiotic resistance kinome.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/antibotic/inhibitor
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule keywords APH(2")-Id
total genus 96
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4dfuA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 4dfuA02
3KC3A 5IU2A 1TQMA 3F2NA 1WAKA 4PL4A 3UYTA 5DEYA 4QMNA 5BUIA 1LEZA 4F0IA 3B8RA 4FZ6A 4DHFA 1J7LA 3CQEA 2RF9A 3FZPA 3P9JA 4RQKA 4JQ8A 5FEQA 5IQBA 3F5PA 5DIAA 1XH7A 3QKKA 4TW9A 2IG7A 3N51A 3AMAA 4M68A 2IZSA 3Q53A 3TZ7A 3LKMA 5CAOA 5FTOA 3AC3A 2IPXA 2DWBA 3D7TA 3D7TB 3MTFA 3R9HA 4RWIA 3GENA 3QRKA 3UP7A 2G01A 5J9YA 2Q0BA 4QP1A 4D0WA 3I6WA 1DM2A 1VYZA 3CQUA 3FKLA 3KY2A 4QMMA 3LXNA 4EBVA 3AC5A 5AA8A 3DK7A 3VJOA 3KCFA 3HRBA 3DXPA 3WYXA 3ZLXA 2JIIA 3MFTA 4OBPA 5AP4A 3ZLWA 3FXXA 3LCTA 1QCFA 2A2AA 2WMQA 4DFLA 2VX1A 5CQUA 5IDNA 5D10A 4X3FC 4FEQA 3ZFYA 4D2SA 1KOBA 4U97A 5J1WA 4BI1A 3H9RA 4AA4A 3R7IA 4D4VA 4GKHA 4XG4A 2NPQA 3O96A 3D83A 3EFWA 1Y57A 4ZZOA 5ANIA 4LRKA 4YZNA 5AV2A 3TZ9A 5C4KA 4BTJA 4AGWA 5IA1A 1W83A 3U9NA 4TYGA 5AUUA 4U44A 3CGOA 4WD5A 3RAWA 3QGWA 5K5NA 5A4TA 1DI9A 4BDBA 4F6SA 5E4HA 5J1VA 1OVEA 3WE8A 4C4FA 2FSLX 4QP3A 2PVHA 1Q24A 3DDQA 5JEBA 3E3PA 4KABA 2VUWA 1KV2A 4AQCA 1J3HA 3E8CA 3QGYA 4O7RA 2JEDA 4BYIA 4O0YA 4K6ZA 4D2RA 3EQIA 3ID6C 4FTMA 1YHSA 3HP2A 3BGQA 3VS1A 4UXLA 3W2PA 4ERKA 1OKZA 4XBUA 2PULA 2Y4IC 1IRKA 3UP2A 4AXAA 3QQJA 3QUPA 4DG0E 2R3GA 5E8WA 3G51A 3QZGA 1J1BA 4K8AA 4X0MA 2YN8A 3WIGA 5M4UA 2X8EA 4GG7A 2R2PA 3HUCA 4CFWA 3NSZA 5JFVA 2YCRA 4Y95A 3OEZA 3HAVA 4KRDA 5E91A 4TWOA 4ZSJA 5LVMA 1SZMA 4NT4A 3DKOA 1FVRA 2OKRA 1HCLA 1AD5A 4CEGA 3UOJA 2R0UA 4L67A 3W0RA 5DWRA 4DFUA 2AC5A 1CKIA 4JQ7A 3JXWA 2OH0E 3V51A 3TG1A 5JMSA 2OJ9A 3OCGA 4C7TA 2F4JA 4JQEA 4OLIA 4C3RA 5LJJA 1J1CA 1GZNA 4TY1A 3EL7A 2IW9A 3GB2A 2I7QA 4AS0A 5LQFA 1FMKA 1FGKA 4GH2A 1H8FA 2Q0NA 4G3DA 2VTSA 2P55A 4F65A 3MPTA 1PXMA 2YEXA 2IVUA 4YZMA 2W06A 4IM2A 2XNOA 4E4LA 5C8MA 1XHAA 5FLFA 4TT7A 1R0PA 2XNPA 3F66A 2VRXA 3GQIA 3NNVA 2BZHB 3C9WA 4I22A 4O81A 3GUBA 4CLJA 3DV3A 3SW4A 3FXZA 1U5QA 1URWA 5FTGA 3EMGA 5DR9A 3PE2A 3MW1A 4CRLA 4WNMA 3D15A 4Y8DA 3A4OX 5AP1A 4G3GA 2A4LA 5FRIA 3UBDA 2C6OA 3SRVB 3EN4A 3FLSA 2X2LA 4MXAA 3CCNA 3K3JA 3MPAA 4YMJA 3BGZA 3ZEWA 2X81A 5CXHA 4O7TA 2OF2A 3SGCA 4X3FA 4DH7A 3C4FA 3DTCA 2VTNA 3FKNA 2VU3A 3Q5IA 3V8TA 1UU8A 2QU5A 4E73A 3OCBA 3NUPA 3RJCA 2GSFA 4Y5HA 2B7AA 3FMKA 5DOSA 2ITUA 4F1MA 2W05A 5HHWA 3HP5A 3QC9A 4G6NA 4QP9A 5CAVA 4OTDA 4A9UA 3OF0A 1JKKA 3BHTA 4AW0A 2IZUA 4GJ3A 1JLUE 2P4IA 1F0QA 1JWHA 5BVEA 3K3IA 2VO6A 3FMHA 1KE7A 5JFSA 3T3VA 1LR4A 3E8DA 3VULA 2ZB1A 1WBSA 2H8HA 2OIQA 2Y7JA 3QXOA 3GQLA 3GU8A 3VHKA 4D1XA 5IH4A 3I7BA 2WMRA 3P7CA 2C3KA 1GIHA 4GUEA 5E7RA 1OKWA 2YDKA 4F9YA 5IUHA 2ZOQA 4ACMA 2WOUA 4J99A 4EK8A 2BVAA 3PA3A 4ZS4A 2FGIA 3R73A 4F9CA 3G5DA 4U40A 3MVJA 4AACA 5TOZA 2Y4IB 4R3RA 3TKHA 5I5ZA 5KBQA 4O7PA 5HG9A 1IA8A 4I5HA 3R8LA 4A06A 3BX5A 4AGCA 4X2FA 4XHKB 1OBGA 1DAYA 3OCTA 2EB3A 4PF4A 1KSWA 4YJOA 3OP5A 1SNUA 5TT7A 4LV8A 3AT3A 3PIZA 5L6OA 4OTRA 3N4VA 3ZS5A 3Q9WA 5BVWA 4AZEA 2JC6A 3FZ1A 5J5SA 2XM9A 3FY2A 5HVJA 3RAKA 3DXNA 4LQMA 4LMUA 4K2RA 4EH2A 1F3MC 5FM2A 2ZV8A 3DLSA 2XCKA 4WNPA 5JK3A 3EQPA 3QC4A 4YLLA 3F9NA 4HGEA 3KULA 2E9VA 3KULB 1V0PA 3ULIA 3RPRA 4C61A 4K33A 2QOKA 4GFMA 4L52A 2YIWA 3AQVA 5EW3A 3TJDA 3UG1A 3JR1A 3BE9A 3JYAA 5HGIA 3ZXZA 5IA2A 3UPZA 5D1JA 1OGUA 5DE2A 5BYZA 3ZFMA 3GU4A 3MA3A 2XF0A 5G1XA 3VS4A 2PVFA 5L3AA 3LCDA 3FI3A 1Z9XA 3DCVA 4FMQA 3AG9A 5HD4A 4MYGA 5IQFA 3EFJA 4EZ3A 5T6KA 5D7AA 2QR7A 4Y83A 2VGPA 4EONA 3NX8A 5DN3A 2WMAA 3BRBA 3Q4UA 4FTKA 3TIZA 4TZRA 4HVDA 4I21A 3U6IA 4AZSA 4P5ZA 1H1QA 5M09A 4NUSA 2XB7A 4S31A 1IR3A 4MXZA 2ZAZA 4FSMA 2GQSA 5HE0A 4ACCA 4FV9A 4ENXA 4ZJJA 4NSTA 2E9PA 2CLXA 4IFCA 4YPDA 5C9CA 4QMQA 3FKOA 4R7BA 5DH3A 1IAHA 4QTAA 2IW8A 2CGVA 3PG1A 5ETFA 3A99A 3VBWA 4U45A 1V1KA 3FY0A 2G9XA 5CWZA 4NL0A 2KULA 3E7OA 3NYNA 5CAPA 5C8KA 2ITNA 2WHBA 4NKAA 5C8NA 3MVHA 4EZ5A 3GCVA 4X3JA 3VBQA 4HCTA 2OXXA 2UVXA 3KB7A 3NPCA 5CVGA 5BVDA 2GTNA 5EW9A 3NW7A 4BN1A 3RMFA 4F9AA 2RFSA 2HZIA 5EKNA 4YBJA 3OHTA 3RM6A 2GNIA 2C5NA 3LJ1A 4QMPA 2V7AA 3D5WA 2WMTA 3G6GA 3RPYA 1PMNA 4BGGA 4U3ZA 4YNOA 4N6ZA 4QTCA 2P2HA 2HZNA 3S2PA 2RL5A 3FMDA 2ERZE 5E8ZA 1P2AA 2XK8A 3IOKA 3FUPA 4QP2A 5ANJA 2F2UA 4MXXA 3VC4A 4J52A 2PVJA 5M4IA 2EWAA 2BROA 4B0GA 3U8WA 3BV3A 4IWDA 2BDJA 3R1QA 2BUJA 4BBMA 4C58A 1GZKA 4BIBA 3OW3A 4ZTNA 4FG9A 2V0DA 4BDIA 2AC3A 3ENMA 3LFEA 4RPVA 5A4CA 3LQ3A 2R3RA 3ZBXA 4CCBA 5CSWA 3D2IA 1MP8A 3OZ6A 4KS8A 2RFDA 4O22A 3KRWA 2CN5A 2IVVA 4M7IA 5HE3A 1P14A 3UIMA 4AGDA 3PVWA 3GOKA 4O0XA 2B0QA 4FTTA 3W2OA 2QLUA 2UZLA 1FVTA 5FG8A 2UUEA 2C68A 2HXQA 4Z55A 4NFMA 4CQEA 1CKPA 1H28A 4KKEA 4APCA 5KCVA 4M12A 2HK5A 3UC4A 5ANEA 4DAWA 4JJRA 4M97A 4CLIA 4QYGA 4F64A 3E8NA 4KUJA 4LOQA 4XMOA 3RK9A 4F99A 1QPDA 5L6PA 4C4JA 5B2LA 5EM8A 3ORTA 4FT7A 3KRLA 4YTFA 1BL6A 2B55A 4GU9A 5KKRC 2UZBA 3WARA 3CGFA 3AD4A 3AGLA 4U6RA 1V0BA 2WMXA 2XYUA 3D5XA 1YWNA 5AJQA 3HMOA 3DAJA 2GHMA 4PL3A 5AM6A 4NM0A 3PZEA 1NY3A 3MSSA 5ETAA 5L2TA 3LFAA 5IA4A 3ZMMA 1ZYCA 2QHNA 3R1SA 3ZEPA 3U4WA 3OD6X 4QP8A 3UZTA 3COHA 3Q04A 2XJ2A 4HPUE 5LVLA 3EB0A 2UW5A 3EYGA 3QTRA 2ZMCA 3FI2A 4FOCA 4JAIA 2BZJA 2EXCX 4IAAA 4IWOA 4IM3A 1WMKA 4QP6A 4UALA 5DPVA 3Q60A 3R02A 4JAJA 5L6WL 2BTRA 4GJ2A 1YDSE 4IVCA 3E63A 3QTSA 2GFSA 3QD2B 4DE4A 4RWJA 4YO4A 4FKIA 3BHUA 5AP3A 4Y5QA 3EQRA 5D11A 5E8YA 3QTXA 3G0FA 5HLWA 1Q62A 5M07A 5AEPA 3W55A 2HW6A 1KUTA 3KF7A 5CI7A 2C6DA 3QZHA 2YWVA 5E8SA 4EQUA 4FT5A 3UQGA 3FWQA 3QYWA 4EQMA 4FNWA 2YZAA 4HZSA 3H0ZA 4IB3A 4S2ZA 2C3LA 1ZMUA 1QMZA 2C5YA 4YJRA 5CZIA 3NUXA 1F5QA 4JVGA 3ROYA 3ZDIA 3O17A 4YZCA 1CKJA 2GNJA 2J0LA 2YITA 4ZY4A 3CR0A 4I0RA 1MRYA 2ZV2A 3QCYA 4HOKA 2HENA 3PIYA 4O0RA 4RIYB 5EOLA 3S3IA 3UVRA 1RQQA 3PTGA 1REJA 2I1MA 4C36A 4R7HA 4PMTA 5EM6A 3KMWA 4NK9A 4FSRA 4DH3A 3ZOSA 1H07A 4FIGA 4C3FA 3UVQA 4PDYA 2KTYA 3RP9A 2PE2A 4BGQA 2X7GA 3VN9A 3VF8A 4FTAA 3PE1A 4FUYA 5EKOA 1H1PA 2PMOX 4BIDA 3ZRKA 2VTTA 4EOSA 5BVNA 2R64A 2JD5A 4GYGA 4IW0A 1G5SA 4FNYA 4MD7E 4USDA 4ZTLA 1MQBA 4GMYA 5EG3A 1A48A 1G3NA 1Q61A 4WUNA 3ROCA 4CFUA 3TV7A 2GDOA 4QQTA 5IZFA 2WMUA 2WTIA 2CCIA 4DFNA 2JKMA 3TEIA 2CGUA 5AX3A 2WIHA 4FIIA 2GPHA 3F88A 4BGHA 5EM7A 4AG8A 4ZY5A 2ITTA 3HV7A 3FYKX 4H58A 3MFUA 5KKRB 3W1FA 2PE1A 1H08A 1OBDA 2CNUA 4GIIA 4E26A 2R3MA 3UIBA 1FOTA 1WBPA 4P7EA 2WB8A 4RJ3A 3W2CA 3C5IA 4UYAA 4DG3E 3Q9XA 3WZJA 4E6QA 3FLYA 3VBVA 4EOOA 3LFDA 1JKLA 2BKKA 4BCKA 4RJ6A 1SYKA 2A1AB 4QMXA 1NA7A 5IMXA 2F9GA 3M42A 5GIPE 3UG2A 3KXNA 1O6LA 4RJ5A 5ANOA 5I9ZA 3ZH8A 4BBEA 4W4XA 2OG8A 3BKBA 4EWQA 2PVMA 2XNGA 2YJSA 5A6NA 1UU7A 5JFXA 4G9CA 4Y73A 2IZRA 3PXQA 4YJPA 5A46A 5EYMA 1KOAA 1Q8UA 2JITA 4BI0A 4O0VA 3C4ZA 2ZYBA 4QNYA 2V7OA 3GEQA 4FEVA 5JN2A 3JS2A 2C5XA 3G2FA 2UW9A 4WG4A 3PLAE 4F09A 4MX9A 2XP2A 5JRQA 3F3VA 4FV7A 4DT9A 2W5HA 3EN7A 4BC6A 2JAMA 5IQDA 3KVXA 1ZYDA 4FKQA 1OPJA 4IZYA 4NW6A 2I6LA 5DA3A 4HVGA 2A19B 4CFVA 3QA8A 5K9IA 1JOWB 5DT4A 5TO8A 1T45A 2B9IA 4PTEA 4CFMA 2YM7A 3F5GA 3LZBA 3ZFXA 1PF8A 1UU3A 3LFQA 3MB6A 4PNKA 4IE9A 2YIYA 2PSQA 2XK6A 4FV8A 2VX0A 4Q5EA 4I24A 2W1GA 5IA5A 5IISA 3VUMA 4DLIA 2AUHA 3KK9A 3JY9A 1XBBA 3NCZA 4NM5A 3ZSHA 2XMYA 3LJ0A 5LVPA 2ZV9A 4FV6A 3CTJA 2PUIA 3IPHA 4OT5A 3DFCB 4M69B 4U94A 4CFFA 4NTTA 1FGIA 2VWUA 2W4JA 3V5PA 1X8BA 3FLNC 5EQEA 3OT8A 4U41A 2YDIA 2YM4A 4KKHA 4DFBA 4C3PA 2ZV7A 5CNOA 4RX5A 5FXRA 2FH9A 2QOLA 5IG1A 3C4CA 4O96A 3SX9A 3FEGA 3PA4A 5IQEA 4FV3A 4OTWA 5JQ5A 3VRYA 3BPRA 1VEBA 5AUYA 4JBPA 2G2HA 4E93A 3TT0A 5K4JA 2WMSA 4W4WA 4FGBA 3C0GA 3EN6A 3PDTA 3OY1A 5HD7A 2BHHA 3IKAA 4FKWA 4E5AX 4LRMA 4DITA 3C0HA 4EH9A 4AW1A 2VTPA 4R3CA 4C4HA 4F1OA 4F0GA 4Q5HA 3P0MA 3H9FA 4J1RA 3LCKA 3GFWA 3CY2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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