4R78A

Crystal structure of lica in complex with amp
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
287
structure length
287
Chain Sequence
GSHMEKIIKEKISSLLSQEEEVLSVEQLGGMTNQNYLAKTTNKQYIVKFFGKGTEKLINRQDEKYNLELLKDLGLDVKNYLFDIEAGIKVNEYIESAITLDSTSIKTKFDKIAPILQTIHTSAKELRGEFAPFEEIKKYESLIEEQIPYANYESVRNAVFSLEKRLADLGVDRKSCHIDLVPENFIESPQGRLYLIDWEYSSMNDPMWDLAALFLESEFTSQEEETFLSHYESDQTPVSHEKIAIYKILQDTIWSLWTVYKEEQGEDFGDYGVNRYQRAVKGLASYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and enzymatic characterization of the choline kinase LicA from Streptococcus pneumoniae
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Choline kinase
total genus 103
structure length 287
sequence length 287
ec nomenclature ec 2.7.1.32: Choline kinase.
pdb deposition date 2014-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01633 Choline_kinase Choline/ethanolamine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4r78A01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 4r78A02
5CNOA 4DTKA 4AZTA 4U6RA 3ORNA 3OMVA 4UX9A 4IB5A 3OWKA 4EK6A 2Y9QA 4LM5A 2Q0NA 3G6GA 4EHEA 3IDBA 3IONA 3HMNA 5AA8A 5C8KA 5A14A 2FB8A 5AV1A 1W84A 3OVVA 2VN9A 3THBA 4IZ7A 4Y8DA 4YSMA 4MHAA 3LFQA 3V01A 1PY5A 2BRGA 1WCCA 3GU6A 4QTDA 4NUSA 3T8OA 4D4SA 1J91A 2VWIA 4FIJA 4GSBA 4Y5QA 3VHKA 4A9UA 4ZY4A 3DK3A 3I6WA 4FV0A 3OEFX 4WRSA 5DEWA 2GNJA 5EOLA 3RHKA 3UP7A 4EOKA 4EQMA 3UJGA 4JXFA 5HKMA 1R0PA 4BBFA 2XKDA 2VWUA 3PXZA 5HI2A 2Y0AA 2R3LA 3MFRA 2JIIA 4DHFA 2WTKB 3OCBA 3QD3A 5LARA 4GK4A 4XP2A 4UEUA 4W4YA 1GZOA 2GNFA 3R63A 4UY9A 5ANIA 2GNLA 4PL3A 4G6OA 2F7ZE 5EYCA 4EZ3A 1KWPA 2X39A 3ACJA 1XWSA 3RALA 3DBQA 5FXSA 3DDQA 4E26A 1H1QA 4I93A 2WQEA 3K3JA 1V0OA 4DCAA 3MIAA 4IVBA 3CJGA 3D7TA 3FKNA 1OPKA 4FEVA 4FX3A 4TN6A 1J3HA 2HY0A 3A99A 1ZMUA 3HV4A 3OT3A 3L9LA 4EJNA 3IKAA 4AW1A 3O50A 3ZM4A 2ZM1A 3E7VA 3FY0A 5AAFA 3VJOA 5KO1A 2BVAA 3W0RA 4BIBA 4M97A 3S3IA 3KXGA 2UW5A 4GV1A 5A9UA 1R1WA 2W1FA 3ZYAA 4PMPA 3G90X 2XIKA 4Y85A 2C5XA 3ROCA 4MWIA 5FEDA 1BI7A 4OTIA 3C13A 1XO2B 4L7SA 3QQUA 5JFWA 3I0OA 4L53A 1Y8GA 5IH5A 3PIXA 3DJ5A 5M44A 3RJCA 3GC9A 3GP0A 3KRWA 4KABA 4M84A 4YC3A 4IX3A 1B39A 2QOIA 1W83A 4GFOA 2PSQA 3CD3A 4IJPA 4KRDA 4XS2A 4JR3A 4IMYA 5GJDA 4AOTA 4ZLOA 2VO3A 2J9MA 4Z7GA 4DH7A 2WGJA 4XYFA 4YZMA 1WVWA 4EUTA 5KCVA 4F0IA 2OIQA 3D2KA 4Y83A 3UOKA 2A1AB 2QLUA 3BYOA 2QO2A 2OWBA 2W5BA 3EOCA 5B2LA 2GCDA 3LCSA 2R3QA 3GGFA 2ERKA 3F82A 4U3YA 3QGYA 4H58A 5LMAA 5IG1A 1W7HA 5CT0A 1Q62A 3F3UA 3MTLA 3O2MA 3EQHA 5CF5A 3LIJA 5TT7A 3RPRA 4YJVA 2YEXA 1DAYA 3GC0A 4RRVA 3F7ZA 3PVGA 3RI1A 3FSFA 4G9CA 3Q32A 3ERKA 4PRJA 4AGUA 4LGHA 4W4XA 3TNQB 5HVJA 2P0CA 4LMUA 3SOCA 2ZAZA 3KRRA 3VJNA 4QP2A 2QR8A 2CPKE 3ALNA 4V04A 2PUUA 4EKKA 4GG7A 4YJOA 4DGOA 2YM3A 2G1TA 4YZBA 5LOHA 4FKRA 3KXXA 3ORIA 4EI4A 4LG4A 2XCKA 2PZRA 5F20A 3VBQA 3A8WA 3M11A 5ANEA 3DXQA 4IWOA 4AACA 4R3PA 3GB2A 4CEGA 5IA3A 2PHKA 2CN5A 2W4KA 1Y6AA 4QP1A 5KBQA 1SM2A 4NT4A 2R3HA 1KE7A 5BVOA 4O0WA 3D4QA 2XRWA 3O71A 4X7QA 5ANGA 3NUNA 4C33A 5EM6A 4E4NA 5A4QA 2C5NA 2UZBA 4I5MA 5AV4A 4QP3A 1WBSA 1QPDA 4G3GA 2UW3A 3QWJA 4QMPA 4TYIA 2W9FB 4U0IA 2YAKA 4XV9A 3SG8A 1H1RA 5EQYA 5DPVA 1UA2A 4DFZE 3U6HA 2ITNA 4CMOA 2OFVA 2VWBA 5CVHA 3HDNA 1GAGA 3NUYA 3QQGA 4LYNA 3I7BA 2JDVA 2UVZA 3OS3A 2DQ7X 4FVRA 3UBDA 4H05A 3EQPA 4HW7A 3MI9A 4IANA 4YUQA 4FV1A 4H1MA 5A4TA 4EK4A 2FSTX 2ITVA 2ZMCA 2ITZA 4CT1A 5GNKA 1ZMVA 4ITJA 4C2WA 2A19B 4YLKA 1ZZ2A 4DITA 3FMDA 3PY1A 2IJMA 1YHWA 4CKRA 1PJKA 1PYXA 4FKSA 3VBXA 2OBJA 1NXKA 2JKQA 4GVAA 4KBAA 1ZRZA 2PVKA 3FL4A 5DIAA 1YVJA 2P2HA 3SRVB 3SXRA 3UC4A 5CEOA 5AUYA 5BVDA 3EFWA 3UVRA 3QRTA 1H24A 4EH8A 2WMRA 4TRLA 3W0QA 4ZZNA 1KSWA 2VTLA 2WTDA 3PIYA 4G3EA 1BL6A 2J5EA 2Z7LA 4EH4A 3ZZEA 1KE5A 3PJ2A 3MH1A 4UYNA 4RFZA 2IW8A 1KOAA 4EZ5A 3TJDA 1W98A 1JKKA 2PTKA 4Z55A 1JKLA 2OZAB 4CTCA 3COHA 1QPEA 5EKNA 3RK9A 5M4FA 4PDPA 3A2CA 4H3BA 5LWNA 3AQVA 5EYKA 4CKJA 3UNKA 3F3ZA 3IW4A 2Y8OA 5L6PA 4KIOA 1YW2A 3EJ1A 1OZ1A 3A62A 2XNPA 2VD5A 4DTAA 3KMWA 3VW6A 3ETAA 3DAJA 3JVSA 3O17A 5E8XA 4AT3A 3RWQA 4C2VA 5BPYA 4ASZA 2XS0A 4GK3A 4FSTA 4EOSA 4WKQA 2WEIA 4CXAA 4FKOA 3F5GA 2R3GA 1XH9A 3BGQA 2I7QA 2XIYA 5IPJA 3CR0A 2UW4A 4IAIA 1O6YA 2EB3A 2R3JA 4RC2A 3T3UA 1H0VA 3ULIA 2IWIA 2ERZE 3LE6A 2VAGA 3BZ3A 2BKKA 4BZNA 4OGRA 3TT0A 3B8QA 3P7AA 3PP0A 5D9HA 3DV3A 4JJRA 5T6KA 1PXNA 4IM0A 4U40A 4WRGA 3QQKA 5B2KA 3FDNA 4O86A 4U42A 2AYPA 1DI9A 3KXNA 3V8WA 3UPZA 2OJJA 3PLSA 2QOFA 4NU1A 4ITIA 4QMTA 2XJ0A 1U59A 3RZBA 5DGZA 3R21A 2GTMA 5DI1A 5FQDC 4WG5A 2XIRA 4XG8A 3PVBA 4J95A 5ACBC 4RJ6A 2PUNA 4GJ3A 4C34A 2B55A 4PDSA 4U5JA 5HESA 4ZS0A 3T9IA 3F7WA 4H1JA 3ZLXA 1UU3A 2X2MA 3RK7A 1OECA 5DNRA 3TYKA 4E8AA 1GIIA 4G3DA 4GYGA 2EVAA 3EQFA 3VW8A 4ENYA 2AC5A 3NYVA 4B6LA 4R77A 3O96A 1P4OA 1FVRA 3ZTXA 4RFMA 2QKWB 3NUAA 4IZ5A 5FBNC 5JRSA 1BI8A 1B38A 3A61A 1WBOA 2PVMA 1ZAOA 3HMOA 2B1PA 2FUMA 2PMNX 3RKBA 5T3QA 4DG3E 4K0YA 3BHHA 3L8PA 3UQGA 4E6QA 5AAEA 2FGIA 2X6DA 1M14A 4BDHA 2IZTA 1Q8ZA 3K2LA 2QI8A 3QLFA 4D28A 1BKXA 3BV3A 3JY9A 1NT2A 3EQCA 4WHZA 4GKIA 1GOLA 3BELA 4I24A 4C37A 4HVDA 1M2PA 2O8YA 3RCDA 4B9DA 3IDPA 3ZEWA 2IW6A 4QMUA 5C4KA 2C69A 4R7HA 2WTIA 3EKNA 4O27B 2NNWB 2PUIA 3I6UA 5GJFA 3GC8A 3SQQA 4A4LA 4FSWA 3I5ZA 3NUXA 3CD8A 3IS5A 5CF6A 4JQ8A 3AC1A 2I0HA 3R1SA 3ZSGA 2HENA 4BCFA 5CAPA 4TZRA 2CKQA 3V6RA 4XOYA 4FV5A 5CU4A 4MXZA 3SLSA 4QMXA 2ITXA 4OBPA 4FEUA 5IQBA 3QA8A 5CAUA 2J5FA 2XZSA 4R7BA 5DHJA 3F88A 3FMNA 4Z9LA 3AC5A 3UQCA 4C4FA 1OGUA 1E1VA 2IVSA 3K3IA 4TYHA 3R2BA 5IA0A 3UC3A 1Q24A 3C1XA 3LHJA 3F9NA 3FQEA 2V0DA 3FQHA 1U4DA 5HICA 3MH2A 2NRYA 3ZRKA 3FL5A 3KFAA 3TACA 4BBEA 4FKLA 4ZSAA 4L3JA 2BRHA 2UZUE 3OXIA 3P86A 4FTUA 3FAAA 4C4JA 3EN4A 1M52A 2WQMA 2XH5A 3PJCA 3F3VA 4JQ7A 3CBLA 4MEDA 5J9ZA 3MDYA 4ZTNA 3KKVA 3LCKA 3QUEA 2QHMA 1WZYA 4IIRA 2C0IA 4UWYA 4IW0A 5A4EA 2OK1A 2I1MA 5F4NA 4J97A 4KKGA 2JLDA 2PMLX 3QRKA 3TDWA 2Z7QA 4BHNA 3MB7A 3ENHA 4FICA 5HU3A 1CM8A 4E4MA 4FIHA 4LQMA 5ACKA 5BUJA 1HOWA 3R28A 4RJ8A 4RZVA 2PYWA 3Q52A 4OT6A 4Y72A 3VBVA 4ANSA 4HCTA 5J9YA 2O0UA 1JOWB 2C5OA 3AD5A 3B2WA 3FKLA 4HPUE 4EK3A 2WAJA 5LCJA 3S0OA 5CSXA 3ZDIA 4K1BA 3DK6A 1WBWA 4KB8A 4XV2A 3POZA 5E9EA 5KKRC 4CFXA 1QPJA 5L8LA 3DTCA 4EOOA 3IOKA 2WMBA 3UYTA 3PXQA 3BBTB 2X2KA 4CVAA 5KMJA 4F6SA 4Y95A 2A4LA 4ZSEA 3U4WA 4RIXA 2FSLX 3R22A 4FSZA 2OFUA 1FPUA 1ZMWA 3FLQA 3PE1A 3ZFXA 4CG8A 3CTHA 4QP8A 3H30A 2R3PA 3TIZA 5B0XA 4EH9A 3VS6A 5DBXA 5EHLA 2BZJA 2R0IA 2XNMA 3DGKA 2IZRA 3EB0A 2QOCA 4M69B 5A6NA 3HV6A 3HECA 2WU7A 3LCDA 5JZJA 2AUHA 2JBOA 2E9UA 2REIA 3LFFA 4M8TA 4EBWA 4C61A 1I44A 3QLGA 1JKSA 2J7TA 1OI9A 4FV7A 1IR3A 4FZDB 4TY1A 1FMOE 3QD4A 3LFSA 4AUAA 3TDVA 2DS1A 4I20A 4FIGA 3S1HA 4V05A 3UYSA 5JEBA 2VWYA 3AC2A 4I4EA 5JGBA 3SW4A 3CS9A 2UZOA 2NPQA 4J1RA 4JAIA 4ASEA 5IH4A 2PVJA 3O8UA 4D2SA 2DUVA 3SKCA 5IA2A 4FTJA 4O91A 4CCUA 4X3FC 2WIPA 3WI6A 3U9CA 4O7LA 5HO8A 1T45A 3ZC5A 4HCUA 3EQRA 3F61A 1SMHA 2FVDA 3A8XA 4FKIA 3BRBA 3F3TA 3W2PA 1YI6A 4CNHA 4EWHA 4OTRA 4AGCA 3QKKA 4U41A 2XMYA 1WBVA 2XKEA 2A2AA 1Q4LA 5E8TA 4D4YA 3OT8A 2YDJA 4D2RA 4B99A 4R3CA 3Q04A 2OJGA 1KV1A 4MD7E 5EDRA 4FKVA 3UMWA 3ZLYA 5CEIA 4DE4A 1Q5KA 3NNXA 1M2QA 1OIYA 2XRUA 2C6TA 4ZXTA 2JKMA 4IX6A 2FH9A 2CNQA 4FSYA 1Q99A 4L3PA 2X7OA 4W8DA 2UW8A 3I5NA 3W8LA 4AFEA 4JIKA 5IQIA 2ESMA 3MSSA 3KC3A 3FZPA 4ZZMA 3R7UA 3FZRA 3P9JA 3QFVA 1XH7A 4RG0A 3UO4A 3HP5A 3PJ8A 5DT3A 4CZUA 2ITUA 2E2BA 4TNDA 3R1YA 2VO0A 1YWRA 3CP9A 3HDMA 4ID7A 4FOBA 2X4ZA 3C50A 3EHAA 2XEYA 3HVCA 1UKIA 2HZ0A 4RVKA 4WG4A 3UODA 4BYJA 4ZTLA 5BNJA 2JAVA 4QMOA 2ONLA 2G15A 4QP4A 3TZ9A 3R00A 2LGCA 3QTUA 5E8WA 4K2RA 4CFUA 1NA7A 1APME 1E9HA 3LFAA 3CKXA 3FY2A 3OZ6A 4RGJA 4ZY6A 3ZSHA 5HD4A 4QPAA 3KMUA 1R3CA 2VV9A 1FVTA 1PXJA 2R3IA 4USEA 1IASA 1OKYA 5FTQA 3CCNA 4FKQA 4EK8A 4HOKA 4O7NA 4TNBA 4QNAA 2X6EA 4QYEA 5TKDA 5CSVA 3VUDA 2RG6A 2UUEA 3RVGA 3TNPC 4RMZA 2WMUA 2W5HA 4KIQA 4CFVA 1JLUE 2RL5A 4I41A 1YOMA 4U44A 4H3PA 4TPTA 2OIDA 5M53A 3PZHA 3BU6A 1DAWA 3AD6A 1PW2A 4PTGA 3OP5A 5CASA 5DR9A 4JAJA 3ZBXA 4E6DA 5IQHA 2P4IA 3CC6A 3JPVA 2OW3A 4WOVA 5IA4A 4FG8A 3QTZA 3LVPA 1YQJA 4IVDA 3OY3A 2V7AA 4R6VA 4ALUA 4HVGA 2XBAA 1FBNA 3BHUA 4A07A 3F69A 5AIRA 4AU8A 3VS1A 3W0PA 2VO7A 3PDTA 4DEAA 3SW7A 4M0YA 2YM5A 2JGZA 3PIZA 5LVLA 3BYVA 4MYGA 3PPJA 5CSHA 1V0BA 3G33A 5EDPA 2XBJA 1ZARA 4FNZA 4I4FA 4FKPA 4O0UA 2HXQA 3DJ6A 4AN9A 3EN9A 3FLYA 3E8DA 3R9RA 5EHOA 4D1XA 4XBRA 3K54A 5HO7A 2WMVA 3V8SA 5IISA 5TR6A 4M13A 4RX7A 5EI2A 5L8JA 5CLPA 4WNOA 2QG5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3KRJ A;  4I0R A;  5BUI A;  3R7V A;  3MY5 A;  3P0M A;  2WD1 A;  4PDO A;  2JED A;  2KTY A;  5HX6 A;  1TQP A;  1SVE A;  4QMW A;  1OMW A;  1YOJ A;  5E8Z A;  1GJO A;  4YHF A;  3RAW A;  4BDC A;  2DYL A;  2OZA A;  3GXL A;  4ZTH A;  3R1Q A;  4CLI A;  2CN8 A;  5HCY A;  2W0J A;  1M7N A;  4GU9 A;  1GY3 A;  1YXV A;  2H9V A;  3DY7 A;  3FEG A;  3TJC A;  5GIO E;  3L1S A;  4FKT A;  3LZB A;  4HNF A;  3COM A;  4L00 A;  2ZV8 A;  4ZS4 A;  2R9S A;  3LOK A;  5D1J A;  2VTT A;  3BLQ A;  3HEG A;  2JIU A;  4IC7 A;  4AZV A;  3OUN B;  2XK4 A;  5L2S A;  4BY9 E;  5CVG A;  4FE2 A;  5J87 A;  4M7I A;  4NM3 A;  3GCP A;  4E4X A;  4L7F A;  1YRP A;  1CKJ A;  2R3N A;  2VWW A;  3F2R A;  1CKP A;  4C38 A;  5CEM A;  2X8D A;  5M55 A;  3RM7 A;  2VUW A;  5B2M A;  5BVN A;  4KIN A;  4PX6 A;  3RNY A;  4G31 A;  3TIY A;  4WT6 A;  3SC1 A;  2ZB0 A;  2RFD A;  4L9I A;  5I9V A;  2JD5 A;  1GZK A;  5K9I A;  4EK5 A;  4DED A;  4F7J A;  2CKO A;  2J2I B;  3UG1 A;  3BWF A;  3WZE A;  2VTO A;  3EZR A;  4M14 A;  3L8V A;  4R5S A;  2PE2 A;  4GUE A;  5EI8 A; 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 2C6K A;  3CTJ A;  3NSZ A;  4PWN A;  4BDA A;  4F1M A;  4O84 A;  3D5U A;  3IW8 A;  1H1P A;  5LVP A;  4G1W A;  4O0R A;  1SZM A;  4U45 A;  4IZY A;  2XKF A;  2QHN A;  3BYU A;  4GS6 A;  3VQU A;  2BIL B;  2XM8 A;  3EFJ A;  4ANQ A;  4XX9 A;  4FEW A;  3TTI A;  4K11 A;  1UU9 A;  5J95 A;  4LI5 A;  1H1W A;  4PUZ A;  4FSQ A;  3R01 A;  2VO6 A;  3OTU A;  4LRK A;  2X9F A;  3AMA A;  3NNW A;  1XHA A;  2BHE A;  1TQM A;  3OBG A;  2QOH A;  4L68 A;  4D9T A;  2W1E A;  5J7H A;  3KXM A;  2C1A A;  4QO9 A;  5M4U A;  3ML1 A;  1VYZ A;  2W1D A;  4O7Z A;  3NR9 A;  2YIY A;  3ORZ A;  2UZT A;  4EH6 A;  3EZV A;  2QQ7 A;  2VRX A;  2I0V A;  3AT4 A;  3WIL A;  4ANB A;  3ATT A;  4O22 A;  3I1A A;  1VYW A;  5FDP A;  1VJY A;  3CPC A;  3WF9 A;  4DGN A;  3VQH A;  3IGG A;  1PXI A;  5BVE A;  4BB4 A;  3MJ1 A;  2B0Q A;  4FV4 A;  3SAY A;  1Q3W A;  3EFK A;  4BJJ B;  3MY0 A;  2ETK A;  3FMH A;  1PXM A;  4EOI A;  4YMJ A;  4XG7 A;  4HYU A;  4F6W A;  4ZJI A;  4HCV A;  2WMS A;  3F6X A;  5CSP A;  4MBJ A;  3ORK A;  1OUK A;  5I9W A;  4QMY A;  4YR8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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