5AFVA

Pharmacophore-based virtual screening to discover new active compounds for human choline kinase alpha1.
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
378
structure length
354
Chain Sequence
DEQPEPRTRRRAYLWCKEFLPGAWRGLREDEFHISVIRGGLSNMLFQCSLPDTTATLGDEPRKVLLRLYGAEAMVLESVMFAILAERSLGPKLYGIFPQGRLEQFIPSRRLDTEELSLPDISAEIAEKMATFHGMKMPFNKEPKWLFGTMEKYLKEVLRIKFTEESRIKKLHKLLSYNLPLELENLRSLLESTPSPVVFCHNDCQEGNILLLEGRENSEKQKLMLIDFEYSSYNYRGFDIGNHFCEWMYDYSYEKYPFFRANIRKYPTKKQQLHFISSYLPAFQNDFENLSTEEKSIIKEEMLLEVNRFALASHFLWGLWSIVQAKISSIEFGYMDYAQARFDAYFHQKRKLGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Pharmacophore-Based Virtual Screening to Discover New Active Compounds for Human Choline Kinase Alpha1
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHOLINE KINASE ALPHA
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 127
structure length 354
sequence length 378
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.32: Choline kinase.
pdb deposition date 2015-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01633 Choline_kinase Choline/ethanolamine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5afvA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 5afvA02
3D15A 1YI4A 3NUSA 4D58A 2GQRA 1GZKA 2XBJA 3CE3A 2BKZA 3EOCA 5F1ZA 4DHFA 4ITJA 4USEA 2CPKE 3G0FA 3G51A 3IKAA 3NCZA 4YJNA 4FIFA 3BKBA 3W0PA 2XK6A 4WG4A 1RQQA 1SVEA 3SLSA 2QOKA 4PP9A 2O8YA 1YI6A 4C38A 3KRXA 3KU2A 4FT7A 4ZSEA 4O7LA 3Q2JA 2FSTX 2YM5A 3CR0A 3FBVA 3KVXA 3THBA 4QTEA 4V01A 3SX9A 5HORA 5HG5A 5LMBA 4IW0A 3RI1A 4JR3A 4TTHB 3VBXA 4RFZA 1WBNA 1E1VA 3FZSA 3IDPA 4NW6A 2R9SA 4HZSA 3AC3A 5FXQA 2IG7A 3BZ3A 4U80A 3RM7A 2P33A 3ET7A 4ZSJA 4APCA 4BHZA 4AW5A 4AA5A 4I6QA 3SOCA 3OXTA 1BL7A 4J8NA 2VN9A 4BCFA 4EHVA 2VWIA 1UNHA 2HENA 3UZRA 5DR9A 2IVVA 2Q83A 3DQXA 4ZZOA 3GFWA 3OTUA 5AFVA 4CVAA 3CTQA 1H26A 5E8YA 4A9UA 3LQ8A 2F9GA 2NO3A 1UA2A 4GU6A 4IVDA 3FHIA 4RJ5A 2YCSA 3MJ1A 4DEDA 2WAJA 2FYSA 3R6XA 2PY3A 4U9AA 4YLLA 2IJMA 3F7WA 5CSWA 5DH3A 4DCAA 2IO6A 2Z7RA 2R3LA 3ALNA 3MBLA 3WZUA 3OWJA 4RC2A 2W9ZB 5TKDA 4KRCA 2YZAA 3GQLA 3U9CA 3C4WA 2ERKA 1W8CA 2NPQA 1QL6A 3F3WA 4L3PA 4L7SA 4LUDA 4XOZA 4MTAA 5EI8A 5CU3A 5CT7A 1IAHA 4U0IA 4CXAA 4Q9ZA 3G6HA 4M84A 4ITHA 4HGSA 3P0MA 3DDQA 3CQEA 3FZ1A 3GOPA 5JGAA 3OT8A 5HBHA 3ELJA 3EN4A 3ORLA 3OY1A 4FGBA 3HUCA 3PJ2A 4EYMA 3NCGA 5EM8A 3MIAA 3MFSA 3R8ZA 4QQJA 5KX8A 4DA5A 2B9IA 4IX3A 2UVXA 1EH4A 2HOGA 3E92A 3VHKA 2CNQA 2PZYA 2J51A 5DEWA 5GNKA 2Z02A 3CY3A 1JKKA 2JDOA 2WXVA 4XG4A 4QTAA 1E1XA 3R2YA 5EI2A 3VULA 3ATSA 4NUSA 3DCVA 4ZXTA 3WF7A 3VS3A 4AG8A 1OL1A 4BCPA 4IJ9A 5A54A 3ZRLA 5AIRA 3N51A 4I5CA 3C5IA 2W4KA 2W05A 3CKWA 4EONA 4HOKA 4YJSA 3EKNA 4QP3A 3F9NA 5ANIA 5E1SA 3BWFA 4FTIA 3UG1A 4E6AA 3KMUA 4I1ZA 4AGUA 3DY7A 2B55A 4H39A 4TYGA 5CEPA 4BTMA 2R3GA 5EI6A 3U87A 4RZWA 4JG6A 5AP4A 5HHWA 4QMTA 3RMFA 2OBJA 4TYEA 2OSCA 4XNEA 3TZ9A 3VBTA 3FC2A 3HV4A 5ETIA 1H25A 5CASA 3TKIA 5HI2A 3HDNA 4Y5QA 4E7WA 3PJ1A 4YC8A 3Q5IA 1A48A 5FGKA 3KRLA 3QBNA 5HNIX 3A62A 2IN6A 4DLJA 3MDYA 3A4PA 3UQCA 1UVRA 3KN5A 4FA2A 4O7OA 1P14A 4O7NA 5TF9A 3EB0A 4ASZA 3L8VA 4FI1A 3A7IA 3OW4A 2HXLA 3EL7A 3AD6A 3NW5A 4PTCA 5AP0A 3BHTA 3BEAA 1YXXA 4R7BA 3BBTB 3TUBA 2WGJA 3MW1A 2H8HA 2PWLA 3NYNA 4IVAA 4BC6A 1MRVA 4E4NA 2WMVA 2ITQA 2XIRA 4TYJA 3VF9A 4BCMA 4E73A 5A4CA 3CTHA 5EQPA 2XEYA 5JFXA 2GS2A 4UB7A 1E9HA 4BR3A 3S00A 4R7IA 4WNKA 1XQZA 4F09A 2WMTA 3DLSA 4YSJA 4QMXA 2VNYA 4RFYA 3EYHA 5HTBA 2VWXA 4XP0A 5L3AA 5LOHA 4O38A 2X81A 4ACDA 4DCEA 5JGDA 4FK6A 2F7EE 1GIJA 2GCDA 4EH8A 2VV9A 1T46A 2JKMA 5IA0A 4WHZA 1IASA 3OD6X 3LLTA 4EHZA 4QNYA 2OKRA 1KV2A 2I0YA 5IQBA 5M44A 3OXZA 2GQGA 3U6JA 5AP5A 4DF3A 5AM6A 4X3FC 3MVJA 2I1MA 3R1NA 1H27A 2RFSA 3P4KA 4IC7A 5ICPA 5H3QA 2XVDA 4U40A 4LMUA 3RWPA 3MVMA 5DG5A 2R3FA 4JOAA 1FVVA 2XNGA 3AT4A 3WI6A 2HYYA 5A6NA 4R5SA 5LARA 1L8TA 1FQ1B 2QD9A 3H4JA 3H0ZA 5AUWA 5CVGA 3FI3A 3NAYA 3OXIA 2PZPA 4M3QA 4C59A 4IB5A 5KE0A 4M7IA 3EL8A 3RGFA 2XIZA 2VZ6A 2BRHA 2YAKA 1BI7A 4O7ZA 4DC2A 2OFVA 4ZLYA 4C02A 3HL7A 3LJ0A 2BDWA 4FIHA 1IG1A 1ZOGA 3VS1A 3VUMA 4FKGA 3R7UA 4KKGA 4WUNA 3ZRMA 4E6CA 4C2WA 4ASDA 4TXCA 4MXAA 2X4FA 3NGAA 3R1YA 4I41A 5DBXA 5FP6A 5H8BA 3I6UA 4CFNA 3DLZA 4L6QA 3G9NA 2BFXA 3QCXA 3QWKA 4MCVA 2O63A 3UOJA 3HLLA 3F2NA 2B1PA 4FYOA 4NKAA 3PE2A 5ACBC 3C4ZA 4G9RA 3BYVA 2FB8A 4X3FA 2A19B 3ZLYA 3QZHA 5HLWA 3Q2MA 4ENXA 3BHUA 4E6DA 3GI3A 3QQHA 4FKQA 5CNOA 5IEXA 2YERA 4JJRA 4MXYA 5BX0A 2R3QA 2PVNA 4YZCA 4NW5A 5CXHA 2ZJWA 2J7TA 2RGPA 1VR2A 2I0EA 4J71A 4DH7A 4EQMA 5LXMA 2YHVA 3LCKA 4RWLA 4J98A 5AADA 4BZOA 2YM6A 4UBAA 2OJ9A 1YOJA 4FL2A 5EYKA 2PMOX 3N4UA 4W4YA 2YJSA 4ALVA 4A4XA 1V0BA 4U7ZA 3UYSA 5FTGA 2ITVA 5CWZA 5HLNA 3NAXA 3KK8A 5AP6A 1UKIA 3RPOA 5D1JA 5CAPA 1BI8A 4FR4A 4U97A 1M2PA 4DH8A 4MBIA 4FVPA 4FTMA 5L2TA 3TG1A 2WTWA 5M09A 3L8PA 5C26A 4OBPA 2HZ4A 1OIQA 4YGAA 3FE3A 3W8LA 1SZMA 3VWAA 3QCQA 1GZOA 1ZWSA 3C0HA 4ZP5A 3P1AA 4IAKA 2XRWA 3MVHA 4HVSA 3Q9XA 3KREA 3FXXA 1KSWA 1SYKA 4GFMA 2C3JA 3HZTA 4GL9A 4QYEA 4IAYA 5CI6A 3QTSA 4PQNA 3R7OA 3TZ8A 4CRLA 2JIIA 4Z9LA 4EOKA 2W4OA 1WVXA 4MWHA 3UQGA 4FKIA 4BHNA 5CF4A 4J8MA 5BYZA 4JI9A 1F5QA 4EH9A 3PLAE 2Y4PA 2QLQA 2VWBA 2FA2A 3FMHA 4J53A 5E4HA 5HBEA 3FYJX 5H8GA 2BUJA 2YIYA 2ZV7A 4FSYA 4R78A 4Z16A 4D2RA 4YNOA 4H36A 5EYDA 4I6BA 3UBDA 5JRQA 3G15A 4YSMA 4FTNA 3R7EA 3UNKA 2VTLA 3H0YA 5I9WA 3TL8A 3PTGA 4QPAA 5L2IA 1LUFA 2XCKA 4ZIMA 4EZ7A 3G2FA 4ZS0A 4I6HA 4YHTA 3FI2A 2CN5A 5CAQA 5IF1A 3CTJA 3SXSA 2R3PA 3DTWA 1YWVA 3HUBA 4O0SA 4TZRA 2YEXA 4AAAA 5JSMA 3W0QA 5FDPA 3SHEA 2C1AA 4L67A 5G1XA 1B6CB 4IE9A 3COIA 3TJDA 1YHVA 4TNDA 4O96A 4V0GB 2O3PA 5IEVA 4FODA 3C0GA 4IB3A 3QUDA 4NU1A 4KIQA 4CTBA 5FUTA 4CGAA 2X1NA 4PMMA 1ZRZA 4IZAA 1YW2A 3QTWA 3I5NA 4XCUA 3CP9A 3RWQA 4QMNA 4YTFA 5F95A 1XH9A 4ONAA 3KULA 4FIEA 4AN3A 4XLIA 1Q24A 1WVWA 4FNXA 2H6DA 4K1BA 1J7LA 2GFCA 4PDPA 3OW3A 4TWPA 5GJFA 5IU2A 3EQBA 3JPVA 2OI4X 3V01A 2HY81 2XNMA 4G3DA 4K2RA 5L8KA 2R3MA 3RPVA 4KBKA 3LFBA 3F2RA 4KSQA 4BI1A 2HXQA 2FGIA 3BHHA 5FEEA 1AQ1A 3L9MA 3BHVA 3NSZA 3PA3A 4UX9A 3ZC6A 2BVAA 4BGHA 4UZHA 4E6QA 1A06A 2OZAA 5B2KA 5E9EA 3D5VA 2VU3A 3ZBFA 2DQ7X 3GOKA 2BZJA 2P4IA 3TV6A 1UU7A 2X7OA 3KQ7A 4EH6A 1YDTE 4DN5A 3TEIA 4Z7HA 2UZOA 1JQHA 2C6MA 5HCXA 1MRYA 3MJ2A 1I09A 2F49A 3QD3A 4ANSA 4ASXA 4JT3A 3CQWA 1G8AA 3GENA 1H0VA 3RTPA 5K5NA 2ETRA 3D94A 4CFMA 4FIJA 2WQOA 2WTCA 4RLKA 2BTSA 1PHKA 4ZTMA 4BI2A 4XLVA 1ND4A 3BEGA 3UC4A 4D1SA 3AT2A 2Y6MA 4GUBA 4IX4A 2PE1A 4R3PA 2HWPA 2O0UA 5K5XA 5ANDA 2W1HA 5DN3A 5HGIA 4BDHA 4JIAA 3TUDA 1W0XC 2W1DA 4A9RA 2X2KA 3KF7A 3ORNA 4BDEA 1YXUA 2PVMA 4XJ0A 1XWSA 3HGKA 2BILB 4L3LA 4YHJA 4FT3A 3BBWA 4OTDA 1MP8A 3QD2B 4QMWA 3GT8A 4HNFA 3PJCA 3MFUA 5BVWA 3AMBA 2HWOA 2UZNA 3FSKA 2FVDA 2PZ5A 3HRBA 5CI7A 4BTFA 2B4SB 5KMKA 1P4FA 1CKIA 3N4TA 3QUEA 1J7UA 4RIWB 5BVDA 4LV8A 4FNYA 2VGPA 1Y91A 3VW8A 2GU8A 2OW3A 4FKRA 3K54A 3R9DA 3B2WA 3GC9A 4LRJA 4LGHA 3RM6A 4J7BA 4F6UA 4I93A 5EDRA 4DGMA 3Q5ZA 3SOAA 4U6RA 1H07A 3HECA 3VIDA 4M97A 4Q5EA 4J1RA 2VO7A 2F7XE 2UW8A 4FTKA 3UZPA 4WRGA 1JSUA 4FSWA 1K9AA 2J0IA 1REJA 2B9HA 2X8DA 2J0MB 4R6VA 5HKMA 1NVRA 1FINA 4GG7A 4BCNA 4FUYA 3DKFA 4OUCA 3WOWA 4IH8A 5DIAA 3EQDA 2R7BA 4JG8A 1Q41A 1OGUA 3HAVA 3LFNA 3EYGA 3G90X 1QCFA 2C69A 3G9LX 3QX2A 2E9PA 3UMXA 4FZ6A 3W2RA 2DUVA 2CSNA 3EFLA 4NKSA 3V5TA 2YDIA 3LZBA 5B2MA 4HGEA 5J9ZA 1ERKA 4X0MA 1UV5A 1U5QA 3FMJA 1KWPA 3N9XA 3OUKA 4IAAA 3LPBA 4QQ5A 5CLPA 4F1OA 3W0MA 2WNTA 4GVJA 1O9UA 3MH0A 4L7FA 5FXRA 3OCTA 3EFKA 3UPZA 4LRKA 2C3LA 2RIOA 4FTAA 4R3RA 1L3RE 1ZMWA 2EU9A 3OHTA 4Y46A 2HK5A 5M08A 1JVPP 2ITWA 2ZDUA 3FLZA 5IG1A 2W1ZA 4BIBA 5C27A 4F6WA 4U8ZA 5E8XA 5GJDA 3VQHA 2QU5A 4H58A 4DFLA 4F0IA 2UW7A 1Q8UA 4IAFA 3SKCA 2BHEA 3NVMB 2XKCA 2GHGA 3P5KA 3MA3A 3ERKA 5FTQA 1H1PA 2WD1A 4IIRA 4AQCA 4FC0A 4U81A 4E20A 4BGQA 5E92A 4OTQA 4RIYA 2C3IB 3NYXA 4BKJA 1UNGA 2CKOA 5AUXA 3P79A 4QP8A 4NSTA 3UOLA 3BPRA 3IPHA 3P86A 4JQ7A 5HG7A 5DLSA 1WAKA 3D5WA 5B0XA 1H08A 2XJ1A 4L00A 5JK3A 4PY1A 5AX3A 4BBMA 4C4FA 3QXPA 2VTIA 5TO8A 5JGBA 2RF9A 5DOSA 5IDNA 4O0YA 4M0YA 4MEDA 5F4NA 4QMZA 4HPTE 3PUPA 1IA8A 4G2FA 1KOBA 2B9JA 4OW8A 4AS0A 2B54A 2VX0A 4TYHA 4X3FB 5EKOA 5HNBA 4LOQA 2XKEA 5FDXA 5CENA 3RCDA 5A46A 3FEGA 4FL3A 4DFBA 4FEVA 3HRCA 1IR3A 4AX8A 1PXOA 4I94A 4FOBA 2ITXA 2ETMA 3V6RA 3MB6A 3MFRA 4QYHA 1Y8YA 1FGIA 4YTIA 5CVHA 1PXKA 3UE4A 2RFDA 2X2MA 3LXLA 4O7YA 4O6LA 2NP8A 4YBKA 4IAZA 4YLJA 4DFUA 1QPDA 4GUEA 3TCPA 4GFGA 3ORZA 1NA7A 1XR1A 3QWJA 4O82A 4QTDA 4IFGA 3POOA 3VJNA 4AFEA 4D4YA 2BRNA 3BQRA 3BYMA 5CAVA 1PXMA 2IWIA 2J5EA 3IW6A 2W9FB 3GBZA 5HO8A 2SRCA 2IW9A 3MYGA 5E8SA 5FBNC 3EIDA 1W82A 3MIYA 2JBOA 3F2AA 4FG8A 5JH6A 2PPQA 3PPZA 4F9AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3D15 A;  1YI4 A;  3NUS A;  4D58 A;  4DHJ A;  2GQR A;  1GZK A;  2XBJ A;  3CE3 A;  2BKZ A;  3EOC A;  5F1Z A;  4DHF A;  4ITJ A;  4USE A;  2CPK E;  3G0F A;  3G51 A;  3IKA A;  3NCZ A;  4YJN A;  4FIF A;  3BKB A;  3W0P A;  2XK6 A;  4WG4 A;  1RQQ A;  1SVE A;  3SLS A;  2QOK A;  4PP9 A;  2O8Y A;  1YI6 A;  4C38 A;  3KRX A;  3KU2 A;  4FT7 A;  4ZSE A;  4O7L A;  3Q2J A;  2FST X;  2YM5 A;  3CR0 A;  3FBV A;  3KVX A;  3THB A;  4QTE A;  4V01 A;  3SX9 A;  5HOR A;  5HG5 A;  5LMB A;  4IW0 A;  3RI1 A;  4JR3 A;  4TTH B;  3VBX A;  4RFZ A;  1WBN A;  1E1V A;  3FZS A;  3IDP A;  4NW6 A;  2R9S A;  4HZS A;  3AC3 A;  5FXQ A;  2IG7 A;  3BZ3 A;  4U80 A;  3RM7 A;  2P33 A;  3ET7 A;  4ZSJ A;  4APC A;  4BHZ A;  4AW5 A;  4AA5 A;  4I6Q A;  3SOC A;  3OXT A;  1BL7 A;  4J8N A;  2VN9 A;  4BCF A;  4EHV A;  2VWI A;  1UNH A;  2HEN A;  3UZR A;  5DR9 A;  2IVV A;  2Q83 A;  3DQX A;  4ZZO A;  3GFW A;  3OTU A;  5AFV A;  4CVA A;  3CTQ A;  1H26 A;  5E8Y A;  4A9U A;  3LQ8 A;  2F9G A;  2NO3 A;  1UA2 A;  4GU6 A;  4IVD A;  3FHI A;  4RJ5 A;  2YCS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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