5BYLA

Aminoglycoside phosphotransferase (2'')-ia (ctd of aac(6')-ie/aph(2'')-ia) in complex with gmppcp and magnesium
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
297
structure length
295
Chain Sequence
ATNVKAMKYLIEHYFDNFKVDSIEIIGSGYDSVAYLVNNEYIFKTKFSTNKGYAKEKAIYNFLNTNLETNVKIPNIEYSYISDELSILGYKEIKGTFLTPEIYSTMSEEEQNLLKRDIASFLRQMHGLDYTDISECTIDNKQNVLEEYILLRETIYNDLTDIEKDYIESFMERLNATTVFEGKKCLCHNDFSCNHLLLDGNNRLTGIIDFGDSGIIDEYCDFIYLLEDSEEEIGTNFGEDILRMYGNIDIEKAKEYQDIVEEYYPIETIVYGIKNIKQEFIENGRKEIYKRTYKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Staphylococcus aureus
publication title Antibiotic Binding Drives Catalytic Activation of Aminoglycoside Kinase APH(2)-Ia.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bifunctional AAC/APH
total genus 109
structure length 295
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.190: Aminoglycoside 2''-phosphotransferase.
pdb deposition date 2015-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5bylA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 5bylA02
2PULA 2W4JA 2YJSA 3NIEA 3Q9YA 2B9FA 4FVPA 4GG7A 4WT6A 3UYTA 4D0XA 5IU2A 4UWBA 1JSUA 1PMVA 4XLVA 2JBOA 4NIFB 4MNEB 4LRJA 4R1VA 5DLSA 1BL6A 2LGCA 4FMQA 1XWSA 4RIOA 3W33A 4FODA 4DEEA 3PVWA 3NIZA 4LYNA 4ALVA 2XJ2A 4XNEA 4BICA 2HWPA 4UYNA 2OJFE 3ZO4A 5L3AA 2GU8A 2YM8A 3NCZA 3AD6A 1Q8ZA 4U6RA 3FL5A 2ZAZA 1H1PA 2FSTX 2RFSA 4O7TA 4LMUA 5DT4A 4QTEA 4DBXA 3K5UA 5C4KA 2WMQA 4FSNA 4EOIA 4F0GA 4B0GA 4DEHA 2WFYA 3TN8A 3PA4A 3ZFXA 3P7CA 4I6QA 3KQ7A 4RJ6A 5CQUA 3O7LB 4E20A 2QD9A 4BIDA 3WE4A 2XZSA 5IMXA 3QKKA 4F08A 4ERWA 3LFEA 3E7VA 1W8CA 2J51A 1KE9A 3RPOA 3EQPA 2CCIA 4PNIA 5IA3A 4EOJA 4I5CA 3CJFA 3FMMA 1A06A 4IB0A 4XBRA 4EOMA 4BDGA 5EOBA 2JIVA 5D7VA 4HVHA 1GIJA 3QGYA 4QP8A 1WBTA 4PUZA 4E7WA 3RKBA 2BVAA 3I79A 4JDJA 5EM7A 3VBXA 2CKOA 3GCPA 4O0YA 4IFGA 4BVUA 2C5NA 3LQ5A 2Z2WA 3QQUA 2FA2A 4TYHB 2W99B 4OTRA 4IM0A 4Y8DA 2JKQA 5EYCA 4L42A 3G5DA 2QR7A 3W2PA 5FXRA 4A7CA 1WCCA 5LVOA 2REIA 2JAVA 2OFVA 4PRJA 5DVRA 3EQBA 3HL7A 3MA6A 4TYJA 2X8IA 4AZSA 4MHAA 2UZBA 4PMPA 4YUQA 5A9UA 2EXCX 5AV1A 3FPMA 4HPTE 3EN9A 4AUAA 4EHEA 3POOA 4DFLA 5IG1A 3I6WA 4MWIA 4D58A 3Q2MA 5HU9A 3QALE 3HMIA 2C47A 2XKCA 1OM1A 3OMVA 5CU4A 2JKMA 2GPHA 5KMKA 2FB8A 2WMSA 2OZOA 4UXQA 2VWVA 3K3IA 2R0IA 4R7BA 2QOKA 3UOHA 5H9BA 4F09A 4FV9A 4RIXA 4USDA 4OGRA 4PNKA 3O8TA 4YC3A 4C3RA 2BZHB 5IEYA 1WBNA 2WMUA 5JFSA 4JX3A 3V5WA 1M7QA 2I0VA 3LCOA 3Q6UA 4DGLC 4NWMA 5IQCA 2QOCA 1KE6A 3D94A 3PFQA 3Q6WA 4PDSA 4O38A 1YQJA 3AXWA 4QT1A 4C4JA 5EM8A 5AAGA 1GAGA 5FTGA 3MVMA 1U46A 4I93A 3P5KA 3GC0A 4U9AA 5CNNA 4W4WA 4X2GA 3HMNA 3W32A 1V1KA 3R7OA 2B53A 4RIWB 4C38A 2VX3A 4QYGA 5DA3A 4O83A 3BHVA 2W5BA 4FK6A 4NL0A 2OF4A 5FM3A 1PKDA 4CTCA 1NVRA 2YM3A 4RC2A 4EH2A 4JI9A 3FLZA 2P2IA 4YJUA 2O3PA 3CY2A 4GCJA 1UKHA 4G6LA 3RWQA 2YERA 2PUNA 2CPKE 4K11A 2JFMA 4RX8A 4C34A 5CU6A 3L8VA 4GRBA 4U7ZA 3DK3A 3DV3A 4MXAA 3R1SA 4ITHA 5CANA 1W7HA 4C37A 3VBTA 2B9JA 4AZWA 3CKWA 2PMIA 2JDTA 4OUCA 2O0UA 5FD2A 5HICA 3LFNA 5LCJA 3NWWA 4I41A 4RPVA 3AMAA 3QWKA 2O65A 4RZWA 3FQEA 4ZP5A 1PKGA 5F9EA 4X2NA 5AV2A 1NVSA 2VU3A 1VYWA 1K9AA 5CTPA 4AG8A 5HVKA 5HNGA 4FKGA 4XV2A 2G01A 3FKNA 3UP7A 3KXXA 3K5VA 4YPDA 4DEIA 3SX9A 3WF7A 4Z7HA 4FKOA 3SA0A 2NRUA 1NA7A 2X2KA 4RJ8A 3UMWA 3UZTA 4IX6A 1UNGA 5E4HA 3Q9ZA 3BQCA 4HYHA 4FA2A 3MJ2A 4IACA 3FV8A 5CU3A 3H0YA 4FIGA 4O7OA 1O6YA 5H8GA 4ACCA 2XM9A 3MVJA 4B7TA 4BGGA 4D9TA 2B7AA 5D7AA 5FP5A 3W10A 2OJ9A 2VTPA 2Y7JA 3DT1A 4HYSA 1P4OA 1J7IA 2IW6A 3ZRMA 3E92A 4PMMA 4CFVA 3KKVA 3LCSA 5JZNA 4A9UA 4C33A 2PMNX 1PXIA 1GOLA 3WF9A 4IWPA 5AP1A 3ZYAA 3PDTA 4BY9E 1WBSA 2PVKA 4K1BA 4YC6A 2VWZA 2XNOA 4K9YA 4BHNA 4YU2A 3NPCA 4F9YA 3LPBA 5FRIA 2OZAA 4AFEA 2ITPA 4U45A 1JVPP 1ZLTA 5GINE 3W0NA 3WYYA 4YC8A 3OWPA 4FSZA 3MTFA 4MCVA 1ZYJA 1XBCA 1Q24A 4ZEGA 5CENA 4D5HA 1CM8A 1SYKA 3F69A 4WUNA 4A9SA 1YRPA 2P3GX 4J7BA 4KA3A 3FY2A 3KXZA 4X3JA 5LMAA 3ORXA 5EOLA 3GFWA 3IW7A 2YIWA 3BKBA 3KVXA 3OZ6A 3AGMA 3L9PA 4GL9A 3TT0A 5HCYA 3L9LA 2WEVA 4Z9LA 2PY3A 3FI8A 3OUNB 4LL5A 4NKSA 4V0GA 3EN6A 5EYDA 4GJ3A 3HGKA 4BDJA 3S1HA 3Q4CA 3CTHA 5EFQA 3NX8A 3FMEA 4BDDA 4DFNA 4BZDA 2ESMA 4W8DA 2YCQA 4FX3A 4K0YA 4LRMA 4E8AA 3W2OA 5T6KA 4ANBA 4DFYA 2B9HA 4ZSAA 5E8XA 3T9IA 5BQ0A 2W4OA 2C0OA 5TF9A 2W9FB 3OFMA 2J5EA 5HIBA 4IAIA 4AN3A 4MTAA 5IDNA 5IMEA 4E1ZA 4IVAA 1WVWA 1VR2A 2WTDA 5A4EA 5BVWA 3LFQA 4I1ZA 3HX4A 3MH0A 1XH7A 4R3CA 5HG9A 3EQDA 4LOQA 5IQGA 5LVPA 2EB3A 2W1FA 2R9SA 3MY0A 3W1FA 3OWJA 3UOKA 2WMVA 3KK9A 4EOLA 3D7TB 4Y73A 4IAAA 3AT2A 2QG5A 2X7GA 3PY3A 2J7TA 2B54A 5ANGA 3NZ0A 3PZHA 4EZ5A 3FZSA 5ETFA 2R3GA 3LMGA 3UG1A 4R7HA 1OL5A 5EDRA 5EI8A 1H01A 2ONLC 3NW5A 2RFDA 3OG7A 4M7IA 4BGHA 5I9ZA 4L9IA 3C4ZA 3QQHA 4KRCA 1M2RA 4WA9A 5HD7A 3CLYA 4M0YA 3PE2A 4WUAA 2YDJA 3WI6A 4I0TA 4TXCA 3V01A 5GJDA 1DAYA 3BU3A 1R1WA 2WU7A 3G0FA 3A8XA 2QQ7A 5FTQA 4CMOA 4QQCA 4HW7A 1YOMA 4FC0A 3HRBA 5KX8A 3LFDA 5JGDA 3HNGA 1H1QA 3VNTA 5IPJA 2WTIA 3ATSA 4AGCA 3ORZA 3HUBA 2OK1A 1ZARA 3R28A 4FEXA 4F1OA 2VTAA 2YAAA 3L8XA 4DGGA 2RFEA 4GYGA 2UZVA 1OL6A 3LFBA 4FNXA 3FLNC 4ASZA 1URWA 3RK7A 5HD4A 3KXGA 1OL7A 2J0JA 2WEIA 1A9UA 3W0QA 5K5XA 4M12A 3TJCA 4JNWA 4XV1A 3RCJA 5AV4A 4BC6A 3KREA 1H27A 4OLIA 3KXMA 4ZJJA 2YCFA 2RG6A 3NYVA 3R2BA 3ZBFA 3CTQA 2E9PA 2UZTA 4GMYA 3CTJA 4FTRA 4XOYA 2PE0A 4EK5A 2FO0A 4J1RA 1R78A 3FLYA 4O82A 5F4NA 5HI2A 4O0UA 3C5IA 4AT3A 4O7LA 4HCVA 2YDIA 4ZTQA 2ACXA 2I0EA 1ZWSA 4F7NA 1LEZA 2BUJA 3Q96A 1XBBA 2R3MA 4RQKA 3OW3A 4JLCA 5FUTA 3FLWA 2WIPA 4CFMA 4MD9E 4JL9A 3IW5A 3PRIA 4BDEA 3P86A 5M57A 3VVHA 4P7EA 5HG7A 5AADA 5HG8A 2WTJA 1IG1A 3KN6A 2XNMA 3QD0A 3RALA 3Q2JA 4YSJA 3MB6A 1W84A 4BDHA 2BPMA 3FXXA 4QMUA 5CNOA 2RG5A 1GZ8A 4HVGA 2C3JA 4GVAA 4Q5EA 5CWZA 3V5TA 5KMIA 4U44A 4QMQA 4JDKA 5AWMA 5CEQA 2QOQA 3ZXTA 4ID7A 3U4UA 2W1CA 4MBLA 5F94A 3COKA 2C6TA 3QTRA 3ITZA 3PPZA 3R71A 3IK3A 5FEQA 2J50A 5HEZA 3ID6C 4YTIA 3RPSA 5GIPE 2OG8A 2VX0A 4DEGA 5JRSA 2GS7A 3FMJA 2VX1A 3DAKA 4OBPA 4EJNA 5BVEA 3PIYA 5E1SA 4QMWA 3VUKA 3B8RA 4QYFA 4FTTA 2O2UA 4QMLA 1H0WA 5F1ZA 4YGAA 5HBEA 3ZEWA 4QMSA 4ZOGA 3MY1A 3MWUA 3ULZA 4QMNA 2PZ5A 4XYFA 4EH6A 4BBFA 4EI4A 3ORLA 3PG1A 4MYGA 4CZUA 5IUGA 4LL0A 5CAVA 3FYKX 4HVIA 3H9FA 1HOWA 4RIXB 2JGZA 3SXFA 3CPCA 2PE1A 2XNNA 5DH3A 3BLRA 2P2HA 3DFAA 3E3PA 4FL3A 4H3PA 2JEDA 2YEXA 2AC3A 3AC8A 4YNOA 4APPA 4NZWB 3A2CA 5HBHA 2X1NA 4V01A 2YCSA 3WF6A 2PYWA 4RJ7A 1YWNA 3EH9A 5CASA 3TJDA 1PXLA 4EHZA 4BCIA 3DBFA 4F7SA 5AAFA 3A7IA 3S95A 4JXFA 3BYVA 4L45A 2PSQA 4FIFA 3R8PA 3R7VA 4FT7A 4GW8A 5DNRA 5BVNA 3HAVA 4PF4A 4RA5A 4NKAA 2XNBA 3QD3A 4OR5A 2BCJA 3AGLA 2X4FA 3MJ1A 2FSOX 4XOZA 1SZMA 4EKLA 4U42A 2ETMA 2PU8A 4WG4A 1MUOA 2OW3A 5DR6A 4DINA 1J7UA 2NP8A 4FUXA 4AA4A 5EW3A 4DT9A 2C68A 2WOUA 4A4LA 4FSQA 5H8BA 4A4XA 5BYLA 3ZONA 2QOLA 2JKKA 2IZTA 3IQ7A 1P4FA 1JSTA 3BCEA 5KZIA 3RVGA 3PG3A 1S9IA 3CS9A 2XNPA 4QRCA 4O7ZA 3GC7A 3SVVA 3FKOA 3OT8A 1W0XC 3FY0A 3ZLYA 3LJ0A 4TWPA 3KXHA 3PSBA 4EL9A 2DS1A 4LOOA 5I4NA 2GQSA 4XH6A 1UU9A 4DH1A 3EL8A 2C1BA 4P2KA 3C7QA 3TZ8A 4E5AX 4M67A 3LW0A 1G8AA 4MH7A 4UY9A 4JR3A 3P78A 3N4VA 1FQ1B 2AYPA 4V05A 2BTRA 4K33A 5I9VA 4JT3A 2BIKB 3FEGA 4QNYA 2QO7A 3DBDA 5C1QB 2A0CX 4IWOA 2EUFB 5C03A 4ALUA 1CSNA 4JJRA 3LVPA 3PJCA 4D28A 2W96B 4G17A 3ANQA 3NNVA 4RVMA 4XLIA 4TRLA 5E91A 3VS6A 4BTJA 1OKVA 3DQWA 1YXXA 4Z7GA 3MDYA 3RPRA 4A07A 3KRXA 2J0IA 3DZQA 4QQ5A 4F7JA 4TPTA 5BUIA 4DFXE 2F49A 2YM7A 2BILB 4BDFA 3PA3A 5DWRA 2R3HA 3UG2A 3W2CA 4AACA 2JDOA 1KWPA 4USFA 1BYGA 3BHTA 4JR7A 2H34A 4NFNA 1B39A 2XYNA 1XR1A 3SV0A 3EMGA 4MXOA 3ZDUA 4FE2A 4EH8A 1IEPA 4IM2A 4XP2A 4BDBA 4A9YA 5AUZA 4IWDA 4PMSA 5AP2A 3V6RA 2ZOQA 4CG9A 3VS5A 4F6SA 4DCAA 3HV6A 4EC8A 4RMZA 3PXQA 4CKRA 3UZPA 1WZYA 1R3CA 4LOPA 1PYEA 2HW7A 3KULA 2UW9A 2W7XA 3ETAA 5M53A 3SD0A 3OBGA 2V5QA 4FZ7A 4Q2AA 4TYGA 1YI3A 3U87A 4FG7A 4YO4A 4W4YA 4ZLOA 4B99A 2RL5A 5AUWA 3GU5A 3U9CA 4OTQA 2BDJA 2XEYA 3VBYA 1YDSE 1TVOA 3D5VA 4FT3A 2X4ZA 5JFWA 5E92A 3MY5A 3TL8A 4ZY4A 5L8JA 4NSTA 2W0JA 2BRHA 3T8OA 3LJ2A 1R39A 5JEBA 3TTIA 3V3VA 5LWNA 4I20A 5IQFA 1W83A 1U5QA 2W1DA 3PPKA 3BU6A 3FDNA 1WAKA 3MH2A 4O7YA 4X7QA 4YBJA 4AGWA 5AFVA 3DZOA 3VHEA 3C0HA 4ANLA 2GNIA 1VJYA 3ENMA 4L6QA 3BWJA 5M07A 2WQBA 4BCFA 3P4KA 3SGCA 2X6EA 3A4OX 4LV8A 4CFNA 2IZUA 2XKFA 1J91A 4L46A 4N6YA 3PE1A 4H3QA 3UPXA 3I5ZA 3GP0A 3IOKA 4U43A 5CYIA 4ZTSA 3EJ1A 3HAMA 2XIKA 3VS7A 5B2LA 4DG3E 4TTHB 2DQ7X 3I7BA 2JC6A 3LMIA 1NVQA 2FSMX 3R1QA 4L8MA 3NGAA 4F1MA 2R2PA 3OTUA 4EWQA 3N4TA 4KWPA 4FL2A 2XEZA 2YZAA 2R5TA 4O6LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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