5C4LA

Conformational alternate of sisomicin in complex with aph(2")-iva
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
297
structure length
297
Chain Sequence
MRTYTFDQVEKAIEQLYPDFTINTIQISGKGNDCIAYEINRDFIFKFPKHSRGSTNLFNEVNILKRIHNKLPLPIPEVVFTGMPSETYQMSFAGFTKIKGVPLTPLLLNNLPKQSQNQAAKDLARFLSELHSINISGFKSNLVLDFREKINEDNKKIKKLLSRELKGPQMKKVDDFYRDILENEIYFKYYPCLIHNDFSSDHILFDTEKNTICGIIDFGDAAISDPDNDFISLMEDDEEYGMEFVSKILNHYKHKDIPTVLEKYRMKEKYWSFEKIIYGKEYGYMDWYEEGLNEIRS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Aminoglycoside binding and catalysis specificity of aminoglycoside 2-phosphotransferase IVa: A thermodynamic, structural and kinetic study.
pubmed doi rcsb
molecule keywords APH(2'')-Id
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 98
structure length 297
sequence length 297
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5c4lA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 5c4lA02
2F7XE 2VWIA 4BDCA 5LVNA 5DGZA 4DBXA 3CKWA 3LFSA 5CT0A 5HVYA 3U4UA 4HVIA 4YC8A 2R2PA 4ITJA 3FZOA 1ZARA 4QP1A 4NM0A 4X3FA 4XBUA 2YIRA 3QQFA 5K3YA 3V6RA 2F7EE 2E9OA 1OIQA 4E7WA 3MDYA 4TYIA 5HHWA 3HMMA 3RCDA 3VBYA 4E5AX 5L6PA 3PY3A 5HICA 4EH7A 3ORPA 3V6SA 3BYUA 3F2NA 5AUZA 2BHEA 3FPMA 5I5ZA 3BV2A 2R3PA 2IJMA 5HTCA 3ZC6A 2XJ0A 3SLSA 3P4KA 1OKZA 4U43A 3TTJA 4QMXA 3DOGA 3ACKA 5AAGA 3D15A 4EH3A 5IA2A 2IW6A 4RA5A 4QQTA 3II5A 2FSMX 4LFIA 1M2QA 4O0SA 5HGIA 5GIPE 2PMLX 2UW3A 2FH9A 3OCSA 2YJSA 3BYMA 4EEVA 4L68A 3R02A 3KCFA 3V8SA 2W9FB 4DHFA 2WTKB 2XRWA 3UODA 3R71A 4LGHA 4G3CA 2VTJA 4GKIA 3NCZA 5G1XA 2QI8A 4FTJA 5CZIA 1JLUE 4RQVA 4Y5QA 4X2JA 4BDFA 3TKIA 4FTIA 2OJFE 3QF9A 3LJ0A 4TT7A 3I0QA 2GDOA 2GNHA 2F7ZE 3RWQA 4Y73A 4RT7A 4XX9A 3PE2A 4EHEA 5KKRC 1PXLA 3AQVA 2JEDA 4D9TA 3QRTA 5AJQA 2BUJA 3JVSA 4L53A 1IEPA 3W1FA 1PXOA 4F70A 2EWAA 2OZOA 2OJJA 4DGOA 3QC4A 4I5HA 5HI2A 4W4XA 1U5RA 3JPVA 4QP8A 5ETIA 4JRNA 4RX9A 4ANQA 4BICA 5HLNA 2B52A 5IG1A 3W18A 1WCCA 3QQGA 4A4LA 4D2RA 4DYMA 4F7LA 2QG5A 1VEBA 3LCSA 3OWKA 4EKKA 2UW0A 2RG6A 3VBTA 3TL8A 1SVGA 4L6QA 3Q5IA 2EUFB 4IWPA 4ASZA 4EH4A 4IB0A 3DJ7A 4MXOA 1H1QA 3PDTA 5HO7A 5KBRA 2YAAA 2BKZA 5BX0A 4IB5A 4RJ3A 2XNBA 3BU5A 4ZSAA 3GI3A 3MA6A 3RINA 3O17A 3O8TA 1UNGA 1WBVA 3K2LA 2HENA 4GFMA 5HIBA 4BDHA 2JD5A 4FKSA 4A07A 3HUBA 2C6IA 2PVMA 2VWUA 4DH1A 5GINE 2XNEA 5EW3A 2BZHB 3DXPA 5EK7A 5BPYA 3B8QA 3BLRA 4LYNA 4N57A 2E9PA 4JLCA 3PPJA 4FKIA 3BHHA 4C2WA 3ET7A 4U9AA 4IAAA 3WIGA 1OL2A 3PJ3A 5CX9A 4MD7E 4XOZA 3NUXA 4ZSEA 4RVMA 2BRMA 4U94A 4ITIA 3E92A 2HOGA 2X6EA 4RIWB 2EU9A 2BDJA 2W5HA 5M09A 4ITHA 4TN6A 3TACA 4XOYA 4CGAA 3LFDA 3QHWA 2ETRA 1TQIA 4V0GB 3WF5A 3TKHA 4J96A 3LMHA 3WOWA 4EI4A 4L42A 3DXNA 5LVMA 3WF6A 3LJ2A 4HYIA 3SXRA 2J0KA 2OF4A 4RSSA 2YDKA 5FEDA 5T3QA 5HKMA 2X2MA 3VJOA 3VS6A 2IZUA 3QZIA 4YSMA 2VO6A 3MPMA 3N4UA 2C5YA 4LM5A 5K5XA 5HEZA 4E6DA 3FC2A 2IZSA 4PMMA 5EQYA 4FSTA 4ACGA 2ZOQA 3TDWA 3DY7A 4V05A 1O6KA 3QALE 4ANMA 4BDDA 1YXXA 3PP1A 3OXIA 3U9NA 5DA3A 5BMSA 4C3PA 3OG7A 2DUVA 4I94A 3BE2A 4CZUA 4WA9A 3I7CA 3RM7A 5AM6A 2PUUA 5A4LA 5DG5A 4TWOA 3ENHA 2XNMA 4LOPA 4L46A 3ALOA 5EW9A 4QQCA 3WE4A 4BI1A 5K5NA 5J8IA 2WQMA 4BDIA 3GC0A 3QTUA 5J9ZA 1ERKA 5HQ0A 2HZIA 3HMOA 3QD3A 4JBOA 4BTMA 1HOWA 2V0DA 1PMEA 4AGUA 4K8AA 2GTNA 4O0WA 1YHSA 4WIHA 5AIKA 2V7AA 4Y5HA 4JDJA 2O2UA 5EW8A 1V1KA 1MRYA 3ZZEA 3PXKA 3HDNA 2JC6A 1OL6A 3MIAA 5CSVA 3DBDA 5EHLA 3EQBA 3ZH8A 5BVKA 2NNWB 4CEGA 5C26A 3HA8A 4GT4A 4F6UA 3QX4A 4WKQA 4O7WA 2PUNA 4BB4A 1SMHA 4H39A 2PVFA 4CG8A 1NVSA 4OTGA 5KHXA 3PA5A 4MK0A 3MYGA 4FEXA 1APME 5DYJA 3E62A 4O82A 2C6KA 3ZZWA 2B53A 3G9NA 5CWZA 2C69A 3PZHA 3C50A 3W2QA 4FNZA 3FXZA 3FKOA 5JQ5A 4G1WA 3R6XA 3PVUA 2F2UA 5JEBA 1KE7A 5CEMA 4G3EA 2FVDA 3AC1A 4ZSLA 2I0VA 4FNYA 3PVWA 2WGJA 5AP2A 4EZ3A 4AF3A 1XHAA 3NS9A 4QTEA 2R5TA 3GC9A 4BCIA 4YNOA 4AA5A 4EOQA 1OUKA 3PXRA 4BGQA 5IEXA 3MVMA 4NFMA 3A62A 3A4PA 5IMEA 3TIYA 1ZYDA 4O7TA 4CKRA 2H96A 4JNWA 3IS5A 4I6BA 4GU6A 4I92A 1H1WA 4NW5A 2BILB 3D9VA 5CZHA 5EG3A 5FP5A 4XP0A 2X8EA 1TKIA 3C0IA 5I9ZA 4YZMA 4EQCA 2UW4A 4PNKA 4YLLA 1BMKA 3BEGA 5AUUA 4JJRA 2O0UA 4FSNA 4HNIA 4F7NA 2B7AA 3UQFA 4ERWA 4O2PA 4QMTA 3EZRA 2X9EA 4FV7A 5EM8A 4EOJA 1H01A 4PWNA 3A61A 3KMMA 1M17A 2OZAA 4H05A 5K4JA 2WNTA 3D7ZA 5LXMA 3K3JA 1Q61A 4MXAA 4IADA 1CTPE 4FV0A 4S31A 4QRCA 1WBTA 3NYVA 3PTGA 4E4MA 4ZAUA 3H9RA 2R3HA 2AYPA 5EM7A 4QP7A 2W1DA 2YZLA 3NX8A 1I09A 3RVGA 3TYKA 4UWCA 2QURA 5AAFA 3R8VA 5B0XA 5B2LA 4CTBA 3EYHA 2VTQA 4HGSA 3I4BA 3W10A 3ZM4A 4LMNA 4Z55A 1NT2A 3DJ6A 3UBDA 4BZDA 3G6GA 3QTIA 5M51A 2XZSA 2E2BA 3RP9A 3LCDA 4XRLA 2XNPA 1OECA 2X8DA 3E8CA 4I5PA 4IQ6A 3ZO1A 5HX8A 3FEGA 2WHBA 4JXFA 5JGDA 4M0ZA 3BWJA 4DH5A 1NXKA 3RMFA 4U42A 2WELA 2SRCA 3FMNA 3SC1A 3EKKA 3PLSA 3AC5A 4X6QC 5FDPA 3HECA 4CKIA 4BZNA 3BHUA 5FTOA 4U3YA 1Q8UA 3GCVA 4FKLA 2UZTA 2LGCA 1CKIA 5E92A 4I6FA 3BBWA 3ZUUA 5DI1A 2OJGA 4PDOA 4L3PA 3E64A 3VO3A 4C36A 5L8LA 3V01A 1TQMA 4LUDA 5KZIA 3BYOA 3ZO4A 4IFGA 5L8KA 3GCQA 1W0XC 4OBPA 4ZS0A 5EOBA 3RKBA 2PYWA 4BCNA 4TYHA 3COKA 1XH8A 4FIFA 2R7BA 4K77A 2PU8A 3KC3A 4NM5A 4D0WA 5EDPA 4QYFA 4P5ZA 4USDA 5L8JA 3U55A 4CMUA 3HRFA 4ARKA 5A54A 4IFCA 1U54B 1OB3A 3LKMA 4LL5A 4YBKA 2LAVA 3U4WA 4QO9A 5CS6A 1Q41A 2J0JA 5BUJA 4II5A 3FE3A 1YOLA 5KMLA 4DH7A 3GC8A 3F88A 4UXLA 3WF9A 4AGCA 4K0YA 5CEKA 2CPKE 1LEZA 3DDPA 3Q04A 3OW4A 4HPTE 5KMJA 4WT6A 5JKGA 4O7ZA 2R0UA 2X7GA 2CNQA 3F6XA 4M67A 3NAXA 1RDQE 4U40A 3NYXA 4UN0C 1F3MC 3O23A 4RJ6A 3IDCA 3QTRA 3CD8A 5HG8A 4IAIA 4EOOA 3R1QA 1R0EA 2H8HA 4FV2A 1NA7A 3WBLA 4AZVA 4NU1A 3S0OA 3KKVA 4OBQA 3WZDA 5I9XA 5IA0A 3UGCA 4U45A 3V5QA 2B9FA 4I6QA 5B2KA 2JIUA 3ELJA 3OW3A 2HK5A 5H8GA 4DGGA 2BFYA 3BELA 4PV0A 3JVRA 2PVNA 3DNDA 4YC3A 2C6LA 4I6HA 4NIFB 3DB8A 4NFNA 4QTDA 1J7IA 3NZ0A 4BI2A 4ZSGA 4DFNA 2YIXA 2PE0A 4F99A 4F7SA 4MNEA 1T46A 2VTMA 4QMLA 3AC8A 4RVKA 4W4YA 2BALA 4DEBA 2CKEA 2OXDA 2RG5A 1H1RA 5FRIA 2WMAA 4QQ5A 5E8YA 3ZLXA 1CDKA 4HZRA 4NUSA 5AP7A 1PXKA 2CGUA 4IANA 3R83A 4QOXA 1VYZA 2X2LA 1U59A 3MY0A 5EHOA 4X2FA 4XG4A 4ZIMA 2VTLA 4BIBA 5CY3A 1M7QA 3QTSA 1VR2A 2ZYBA 3G33A 3VUMA 5BVOA 5M07A 2RGPA 3KB7A 3EH9A 5EI6A 1IAHA 4IX4A 5AP4A 4BBEA 5CSPA 1GNGA 4EOMA 2VGPA 3DT1A 3HNGA 3O7LD 3JS2A 4AT5A 3I5ZA 2R3JA 4MH7A 2YM5A 2UZLA 5FXSA 3VQUA 4DLJA 4RC4A 4OTDA 5BVNA 4GFGA 4GSBA 3SD0A 2QKRA 3TTIA 1YI4A 5IQFA 3COMA 4C4GA 1OL5A 2VX3A 1RW8A 3QTWA 4TWNA 4LQMA 1YOMA 4E4XA 3TT0A 3VRYA 4J99A 4IX3A 2YACA 4BDKA 2C5VA 3NW7A 5F95A 3VUHA 1OL7A 2WXVA 2ZV8A 4DEAA 3UDBA 3U6HA 1QCFA 4FIHA 4ENXA 3TUDA 1NVRA 3I5NA 3K5VA 4X0MA 5IQIA 1YWRA 1WBPA 3Q2JA 4FSRA 4R77A 2CHLA 3R30A 4L7SA 3DKGA 5E8UA 4FG7A 3TNHA 3A7FA 4UY9A 1JAMA 3F66A 4AAAA 3BGPA 3K5UA 2R3RA 1UWHA 4MD9E 5HNBA 2A4LA 1QMZA 2BPMA 4Y46A 4KIPA 3Q5ZA 3GUBA 3RALA 4GIIA 4HCTA 5DT0A 3C4ZA 4FTAA 3TV4A 4M69B 3ZSGA 4AX8A 4JX3A 2XBJA 2XIRA 2QVSE 2WMRA 2EB2A 4J98A 4FV3A 4DN5A 2JKQA 4EZ5A 4P90A 3FDNA 4IACA 3G6HA 4G16A 3R7IA 2OK1A 4GMYA 3TJDA 4AW5A 3IOKA 4C7TA 5CVGA 5FM2A 1A9UA 2WEIA 2BAKA 4EJNA 4FT9A 4XH6A 3FQHA 2ZMDA 1ZMUA 2C3IB 4O38A 5CQUA 4CFXA 2A0CX 3KXMA 2PE1A 3PXZA 3A7GA 3VC4A 3ZOSA 5AP0A 5HE1A 2B55A 4F9AA 3CSVA 4XG9A 1IRKA 4AW2A 5IZFA 4APPA 3E8NA 5A3XA 4BIEA 1SNUA 5AP6A 1Q5KA 2JGZA 4JI9A 3SRVB 2GPHA 3U6JA 2WTDA 4G2FA 2JKOA 2WMXA 4MXCA 1EH4A 1H0VA 5ANOA 4NKAA 3Q60A 2C4GA 3CD3A 2CSNA 3QL8A 3ZFYA 2QHMA 3R2BA 2YJRA 2YIWA 4ACHA 3CCNA 3DZQA 3R00A 4MXZA 2UZDA 2Y7JA 2E9VA 1CKPA 4U0IA 3TJCA 2J6MA 2R3GA 2OBJA 3W32A 1WMKA 3BU3A 1IR3A 3MPTA 4R5SA 4FV6A 3A8XA 4MYGA 4MXXA 3R8UA 4A9RA 3PSBA 3H0ZA 1YWNA 2P2IA 3MBLA 2O65A 3VUKA 1I44A 4CFMA 5HE0A 4G6LA 4E5BA 4EQUA 3MH2A 3MESA 5GJFA 5HLWA 1FINA 1PHKA 4RVTA 3DB6A 3N51A 4AZSA 4YURA 4L67A 5JT2A 1XJDA 3EQDA 4AZWA 3ORMA 4CCUA 3MVLA 4YPDA 5FBNC 4ZJJA 4FVPA 4QMUA 2QG7A 2JDSA 2E9NA 1WZYA 5I4NA 1DAYA 4PDSA 5KMOA 4FSUA 4FTQA 5J5SA 4L44A 5GNKA 4AT4A 4RLLA 5FM3A 4DG2E 4J97A 2BVAA 2G2HA 3TNQB 1JWHA 2PVJA 4YHTA 3GEQA 1OKVA 3FZPA 3F5XA 4O0YA 4BI0A 1RE8A 4JQ7A 5L6OA 2AC5A 3VBQA 1JKKA 2CNVA 1YW2A 2ITYA 4XV2A 2WMWA 4DINA 1H07A 2BZKB 3DKCA 4TWCA 4CFUA 1OIYA 3F5PA 4D5HA 3Q3BA 4FICA 3P08A 3VS2A 3PJ1A 1UKHA 4EK6A 1ATPE 4Y95A 3MN3A 3PP0A 4PQNA 3SG9A 3QCYA 4EK4A 2WMQA 5TF9A 3WYYA 4C34A 3KRXA 4IDTA 3TZ8A 3C7QA 3QCQA 3O8PA 4KB8A 2GQGA 5EI2A 3RAIA 5K9IA 4E73A 3PUPA 4QMZA 5LVPA 2QOKA 4Y8DA 3OTUA 5A6NA 1IA8A 2BTSA 3RWPA 2C0OA 5BVDA 1IAJA 1Q3DA 3FLWA 4EYMA 4YZNA 5DR9A 2CNUA 5HVJA 4R78A 2JIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1PXJ A;  4RJ5 A;  3ZUV A;  1DS5 A;  2W96 B;  4USE A;  4MD8 E;  5DWR A;  5C8N A;  3G90 X;  4M84 A;  3Q9W A;  4XLI A;  3SOC A;  4R3R A;  2WU6 A;  3P86 A;  3Q4U A;  3QXP A;  4FSY A;  2XYN A;  3KEX A;  4DHJ A;  2V62 A;  2DWB A;  2QO9 A;  5FP6 A;  4PNI A;  4I4F A;  3CTJ A;  5E4H A;  3NUU A;  5IUH A;  3ZXZ A;  4BTK A;  3UDS A;  4I0S A;  3EN7 A;  4HYU A;  5ACK A;  2ESM A;  4A9T A;  4BCP A;  5E1S A;  4EHZ A;  5K4I A;  3KU2 A;  2IVS A;  3QKL A;  4HZS A;  3ETA A;  4IAZ A;  4NYE A;  3W55 A;  2BZI B;  1Q97 A;  2XK9 A;  3CGO A;  3HDM A;  3WF7 A;  5DFP A;  5KO1 A;  2IW9 A;  4C4J A;  4HGT A;  4O0V A;  2WD1 A;  1M7N A;  1PXP A;  5C1Q B;  1O9U A;  1ZMV A;  1H4L A;  3L1S A;  3ORZ A;  4HVG A;  1P14 A;  1OBG A;  4O7V A;  2ONL A;  3R73 A;  2GHG A;  4WOV A;  3GFE A;  4YLJ A;  3C4E A;  1W82 A;  3UZP A;  2WMV A;  2F4J A;  3F7Z A;  3UQC A;  1XBA A;  3QD0 A;  4IVC A;  3GEN A;  3KXN A;  4IB1 A;  3MH0 A;  2VTN A;  3DDQ A;  3PPK A;  4G6O A;  4AP7 A;  4FEW A;  2GQS A;  4XUF A;  3NDM A;  4YNE A;  4EOP A;  2HY0 A;  5IUI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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