5EQPA

Crystal structure of choline kinase alpha-1 bound by 6-[(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)methyl]quinoline (compound 37)
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
376
structure length
352
Chain Sequence
QPEPRTRRRAYLWCKEFLPGAWRGLREDEFHISVIRGGLSNMLFQCSLPDTTATLGDEPRKVLLRLYGAEAMVLESVMFAILAERSLGPKLYGIFPQGRLEQFIPSRRLDTEELSLPDISAEIAEKMATFHGMKMPFNKEPKWLFGTMEKYLKEVLRIKFTEESRIKKLHKLLSYNLPLELENLRSLLESTPSPVVFCHNDCQEGNILLLEGRENSEKQKLMLIDFEYSSYNYRGFDIGNHFCEWMYDYSYEKYPFFRANIRKYPTKKQQLHFISSYLPAFQNDFENLSTEEKSIIKEEMLLEVNRFALASHFLWGLWSIVQAKISSIEFGYMDYAQARFDAYFHQKRKLGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Novel Small Molecule Inhibitors of Choline Kinase Identified by Fragment-Based Drug Discovery.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Choline kinase alpha
total genus 117
structure length 352
sequence length 376
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.32: Choline kinase.
pdb deposition date 2015-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01633 Choline_kinase Choline/ethanolamine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5eqpA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 5eqpA02
1FVRA 1WCCA 4Y73A 4OTWA 5HG7A 2IW9A 2G9XA 5FTOA 5FBOA 5EHYA 2CGXA 5L2WA 3WI6A 2WEVA 3WYYA 4ACMA 2PUNA 2Y8OA 4LV8A 4XBRA 1YOJA 3SXFA 3FY2A 4BIBA 3JYAA 4HZSA 3Q9YA 5GHVA 2CJMA 4TWOA 5HTCA 4W4XA 3UOJA 3ZU7A 4TWCA 1A48A 4X6QC 1B39A 4IJPA 3W0OA 4NWMA 4K1BA 4HNIA 5AP4A 3ZO3A 2Z7RA 5M55A 4N6ZA 3CD8A 3DLSA 4RX7A 3MIAA 1OB3A 3OY1A 5HEZA 4C4IA 3HV5A 4EOJA 3E63A 1S9IA 1YHVA 5EHLA 1M2RA 1QL6A 1SZMA 4FTTA 4Q2AA 4EOIA 3SA0A 3A62A 4QRCA 4QQ5A 3SC1A 4IACA 1LUFA 5ANJA 2O64A 3HDMA 3MVJA 4DT8A 4R7HA 4MX9A 3ZUTA 4A06A 3BX5A 2XJ1A 3CPBA 3KKVA 4FTKA 4OT5A 4APPA 4KUJA 2Z02A 4IWDA 2C3KA 4WA9A 1W82A 3LCSA 4IX3A 4DFLA 5ICPA 3CTJA 5JFXA 4YP8A 2F7XE 4PNKA 4X3FA 5EI2A 1ND4A 3O8TA 3HMMA 2QG7A 1K2PA 3IGGA 4J71A 1KOBA 1ZARA 2UV2A 3R71A 4UV0A 3PA5A 3P9JA 5GJGA 2E9NA 3H9OA 3MPMA 3Q4UA 2IZUA 4ZSGA 4H3BA 3UZTA 5CAUA 3E3BX 3SV0A 3KF4A 1YXSA 1QPJA 5DLSA 3KGAA 5FEEA 3ZDUA 4BB4A 1PKDA 2JAVA 1YWNA 3FQSA 3A4OX 2ZOQA 4LOQA 3DZOA 4U3ZA 3ZS5A 3KF7A 2ERZE 2JFLA 5JEBA 4EK3A 2UZDA 4JI9A 4O0UA 2C3LA 2EWAA 4WD5A 1H0VA 3WIGA 5HLWA 5L8LA 3DBFA 2PVMA 4JT3A 4IZ5A 3KN5A 4HGEA 2CN8A 4GKHA 2QNJA 4YJUA 5CZHA 5B7VA 3Q4CA 3O8PA 2KULA 2YM5A 4EKKA 1JSVA 5HD4A 4U79A 3F61A 1JNKA 4CMUA 4DN5A 3QTQA 4KS8A 4LGGA 4ZTSA 2WPAA 4FK3A 4O83A 5FTQA 4BTKA 3N9XA 4MKCA 5I9YA 3E8NA 4DCAA 4EHVA 4MBLA 4O7WA 2GMXA 4PMTA 4E4XA 4IEBA 5HE2A 1I44A 1ZY5A 2GS2A 4HGLA 3TM0A 4GT3A 4GFGA 3B8QA 5CEIA 3MW1A 4K6ZA 3TYKA 4IM0A 4YBKA 3FI2A 3CEKA 4GT5A 3VQUA 3GC8A 4U9AA 2QHNA 3FAAA 3GCPA 4U80A 5AM6A 4R3PA 3TNHA 3B2TA 4C2WA 5I0BA 3HEGA 3MA3A 3PSBA 4CFMA 2OW3A 3VRZA 2WTIA 3ZSIA 3PE1A 4AF3A 4QTAA 3D5XA 1GNGA 4ACGA 2H6DA 5BVFA 5AMNA 5E91A 3RCJA 5AP0A 5D7AA 3VJOA 3QQUA 3A2CA 2GNLA 3BQRA 4I6HA 4FL1A 1QCFA 3R01A 4MQ1A 4AZSA 2BZJA 4GK3A 1ZAOA 2CGUA 4DTAA 1ZYSA 5DEWA 2C4GA 2GTNA 4O21A 4CRLA 4D1SA 1H1RA 4EEVA 1BX6A 2HY0A 2VU3A 4IWPA 4AW0A 4ZJVA 5C01A 4EBWA 4QTEA 4FMQA 4YC6A 2W4JA 4B6LA 4FV7A 2PUIA 2W5AA 4ZJIA 1O6YA 2EU9A 3BU3A 3PG1A 2G01A 3NUPA 4FT7A 5BYLA 3FXXA 3ZEWA 1KV2A 3QC4A 4KS7A 3PVBA 4KKHA 3WZEA 3MA6A 1NT2A 5H8EA 2EUFB 4YZ9A 3AGLA 4TW9A 3EN4A 4Y46A 2UW6A 2UZVA 4G9RA 3IDPA 2QD9A 4O0YA 4EJNA 4XYFA 5FGKA 4C4FA 1JOWB 3BU5A 1UU3A 1V0PA 5B0XA 4JDIA 3WF5A 1GY3A 1Y6BA 1GZNA 1Q8TA 1HCLA 2VO0A 3JVRA 5HU3A 2W5HA 3CCNA 5KMNA 4DH7A 2R7BA 2REIA 4P2KA 5CNOA 4O7VA 3BELA 3F2RA 4X7QA 3P79A 3FKNA 3HLLA 4FIIA 4QMVA 3W2PA 3KRWA 3EQFA 3P1AA 4EOPA 4NCTA 5F95A 2XRUA 4F7SA 4U81A 2UZTA 4Y5HA 4EK8A 3L8PA 3R00A 4MXAA 5CU4A 2XK7A 3IKAA 3IGOA 1PW2A 1MP8A 3BHVA 3LFSA 3NPCA 4FEVA 2HY81 2OGVA 4J53A 3GU6A 4BDEA 4A7CA 5G1XA 4IB5A 5LVOA 1OKZA 5IA5A 2B0QA 3K2LA 3GCVA 4TTHB 1PMUA 4ALUA 3DQWA 4G1WA 4JX3A 4CFVA 4EH8A 4YU2A 5JGDA 3VJNA 2WIHA 3R83A 3UQFA 4BZNA 4NJDA 3KREA 4JAIA 3CQWA 2X7FA 4X2KA 3SW4A 2FSLX 3C0HA 3D7TB 3BYUA 4L9IA 5IH4A 2AC3A 1X8BA 2YIRA 3ENHA 4E4MA 3TXOA 5CVGA 1CSNA 4JQ8A 1NVQA 1OIUA 3DKOA 4S33A 1A9UA 2UZOA 4O27B 4I1ZA 2PWLA 3AMYA 4FX3A 4QQJA 4RC4A 3RK5A 3TIZA 2F4JA 5EOLA 4D2RA 3O17A 2OG8A 2IZTA 3EOCA 3WILA 4R3CA 2BZHB 5E1EA 2G15A 2HELA 5E1SA 4BCKA 3JVSA 2WD1A 3CE3A 3V8WA 4E1ZA 3SRVA 4DTBA 4NIFB 1E1XA 4AT5A 3PWYA 3VS5A 4JQEA 3E3PA 5M07A 4EH3A 5IISA 3TUCA 4AU8A 5LQFA 4OTFA 2WMQA 5HVYA 4M7IA 5IUIA 2WHBA 4K77A 1GJOA 5DN3A 4YC3A 4BI2A 3COMA 1LP4A 4C38A 3PJ1A 4TNDA 3BHUA 4GG5A 4OUCA 2GHLA 4CG9A 4IVDA 4NU1A 2WXVA 3RTPA 2R3HA 3NCGA 5M57A 4TYHA 2C6TA 4FI1A 2R5TA 4FZAB 4BTJA 3F69A 1REJA 3HX4A 3PJCA 3Q5IA 2H9VA 4U42A 3R9HA 5TKDA 3VWAA 4BHZA 4FL3A 4BICA 3R1QA 4HPTE 5IH5A 5A4EA 4QMUA 4ZTNA 2Z7SA 3ORTA 3UG2A 3MN3A 4BI0A 3ZOSA 2P2IA 4AGUA 2DQ7X 4ITJA 2VTOA 3WBLA 3PPKA 5IU2A 2PVKA 1XR1A 4ARKA 4AOTA 4FKTA 5FXQA 1U4DA 4QYYA 2X9FA 1JQHA 5EI6A 1OECA 5CX9A 2PY3A 1V0BA 3IG7A 4OLIA 3O2MA 3RKBA 4JR3A 3E93A 1QMZA 4KD1A 4JNWA 4CGAA 1IA8A 4PV0A 5EQYA 5EG3A 1HCKA 5TO8A 3PXKA 4RVKA 2HZNA 4D0WA 2JC6A 4L8MA 2V22A 3BWJA 3C0GA 4NKSA 3K54A 2PE0A 3SHEA 4I23A 4IMYA 5EW3A 2OICA 3EYGA 5EHOA 3V01A 2VTNA 3IQ7A 4C4EA 5CI6A 4ZTMA 3ROYA 1O6KA 1OI9A 3F5UA 2YISA 3C4WA 3CY3A 4FL2A 2LAVA 4UXQA 4XHKB 3UBDA 3P08A 2GSFA 2Z7QA 3AC8A 2NPQA 3IW6A 3H10A 1Q8WA 5EM6A 4JX7A 2RG5A 5DG5A 4RJ5A 3PZEA 4BIDA 4II5A 2XIKA 3HL7A 3I1AA 4B9DA 4JRVA 4DCEA 2VX3A 3RM7A 3ZM9A 3AC5A 1JBPE 1YXTA 3V04A 4JLCA 4ZJJA 4FTNA 4U41A 4C4JA 1JLUE 2BCJA 3P7AA 3OBJA 3LCTA 3L9NA 1YI3A 2W1IA 3C13A 4IZYA 2W4OA 2XK4A 3OT8A 4LRMA 4RX8A 5D11A 4BBMA 1BMKA 3CGOA 3MVHA 2PVYA 5L2IA 3H0YA 3RWQA 4D4YA 5HVKA 5FXSA 1AQ1A 4KRCA 5DPVA 4EOOA 4KIPA 3REPA 4UWYA 5GJFA 3UJGA 3UO4A 3FZRA 2QO9A 2PZRA 3H0ZA 3QWKA 5IEVA 2XCKA 1OMWA 2PMIA 4FE2A 4JQ7A 4QP8A 4ACDA 4XG4A 4FKOA 3R7IA 5CEMA 2HAKA 2P3GX 1KE6A 5E90A 2UW5A 4ALWA 4QYEA 4BIEA 2JIIA 1H07A 5E4HA 3H3CA 4CRSA 3AC1A 3DT1A 2XA4A 1ZLTA 3QU0A 4H1JA 4AW2A 2CGWA 5JSMA 2ZVAA 3P86A 5E8YA 4ANBA 1VEBA 3D5UA 2EXMA 2JDTA 4I6BA 5IA2A 2PE1A 2QOLA 3UDBA 5HORA 1M7NA 4FV2A 5HHWA 4FV0A 1H1WA 5DR6A 2OIBA 3TZ7A 3H30A 5CEOA 3ZLSA 2XKEA 3D14A 4PUZA 1PHKA 1OVEA 4JIAA 1YHWA 4FV1A 5LOHA 3DOGA 4A9TA 4OR5A 3VS3A 1K3AA 3UNJA 5M44A 1WBSA 4HCTA 2IVVA 3NRMA 4LUEA 3UIUA 2E9UA 3EL8A 3NYOA 5JK3A 1XH6A 4IW0A 5CQWA 5AJQA 1WBWA 4F08A 5CYIA 1CM8A 1H4LA 3QA0A 5ANEA 3U4WA 3QZIA 4QMZA 4OTIA 2Q0BA 1TQIA 2WMVA 4FKWA 5D9HA 3W8QA 4GT4A 1J7LA 3U51A 3NZ0A 4J8NA 4YTFA 3BYSA 2Y9QA 3MFSA 4O22A 4TKSA 2LGCA 1PXKA 1ZOHA 4LRJA 3LQ3A 3D5WA 3MDYA 4QTDA 1Q61A 2GQSA 3COKA 1Y8YA 4QYGA 3QC9A 4KIQA 3I60A 3PSDA 4BDCA 4GH2A 5M4UA 4JBQA 3OC1A 4XMOA 5KZIA 4V01A 4I94A 4YTIA 4IANA 3VF8A 4HYUA 4OBOA 4CSVA 2OIQA 3Q52A 3VBTA 2VWYA 2HYYA 3F82A 4XS2A 2YZAA 2BHHA 3KRJA 4ZTRA 2VWUA 2BAKA 3AG9A 1FPUA 5HVJA 5BVNA 2I7QA 1R39A 5DE2A 3DPKA 3R28A 4MCVA 4A4LA 1SVEA 3FMKA 3VN9A 2XK6A 2XK3A 2QOKA 3MH2A 3OS3A 4OW8A 2CKQA 5CVHA 5ANOA 4EORA 3LFAA 4OT6A 3LOKA 4E6CA 3TNPC 2G2IA 2OBJA 3ZLYA 4E5AX 4FT9A 3QQFA 2XCHA 2UZNA 4JBPA 4PL5A 2VNYA 3IDBA 1NVSA 3NIEA 5FM2A 5A3XA 3V5WA 4DEIA 5IA1A 5GJDA 5J87A 4PP9A 2QODA 4WKQA 3ZRLA 4WHZA 3ZEPA 3GC7A 5CXHA 4M97A 5J5SA 2OKRA 3FLQA 2AUHA 3EFJA 4L68A 2B9FA 2WFYA 4FKPA 5IQDA 2VWBA 4F6WA 2IG7A 2VTIA 1CKIA 2PZYA 1K9AA 2YEXA 3FSKA 3NUSA 3QTRA 4TN6A 3NMUF 4XJ0A 2BDWA 2ITQA 3TIYA 3BLHA 3ZMMA 3WARA 5E8TA 2GTMA 2GQRA 2XNPA 3BHYA 3ZO2A 1UNGA 4EZ3A 4FKSA 4ZSAA 3RINA 2NO3A 3LXKA 4AA5A 3NSZA 2XNGA 4BCQA 1MRUA 4KINA 3PP0A 1LPUA 2V55A 2R3GA 4O6EA 4GUBA 3W33A 2QOOA 4D58A 3C7QA 4NYEA 2PTKA 5DRBA 2JKQA 5K4IA 4RIXA 4LOOA 5HG8A 4F63A 5G6VA 1XH7A 4XUFA 2IZRA 2VN9A 3MPAA 2R3FA 3R30A 4RSSA 3PE2A 2CCHA 3DNEA 3OEZA 3PJ3A 2WELA 1DI9A 4EZ7A 3PRIA 4DG3E 4FYOA 3D94A 5E8VA 5D10A 5KCVA 4YBJA 1GIIA 1IEPA 3UNZA 3HRFA 3IW4A 3JPVA 3PDTA 2XKFA 4F6UA 5HLPA 4GW8A 1IRKA 1REKA 2R3OA 3LXLA 5AUYA 5FRIA 4LL5A 2W17A 3LAUA 1PMNA 1WAKA 2EXCX 3UVRA 2X8DA 3C51A 4D1XA 3NCZA 4ERKA 4E26A 5CEKA 2WOUA 3K5UA 4OTDA 3VBQA 3UP7A 2A1AB 2RFDA 3GEQA 3CR0A 3C5IA 4I0SA 4DEAA 3TUBA 1XJDA 3UNKA 1PXPA 1Y6AA 3MBLA 3TCPA 1F0QA 2XIZA 4U3YA 5EYKA 4AT4A 2X8IA 5HQ0A 1J7IA 4QPAA 4D4RA 2J50A 1XBAA 2ITYA 4IC8A 3BIZA 2Z60A 4FYNA 4M3QA 4TNBA 4E93A 1OL7A 1T45A 4HCUA 4C34A 5AFVA 3HECA 3OXZA 4IAFA 3HV3A 5HO7A 2IVTA 3ORIA 3N4TA 2WTKC 2UVZA 4DTKA 2DUVA 4FZ6A 2BDFA 3BGQA 2JIVA 4WRSA 3RPYA 4WOVA 2WTVA 1JSTA 4MD8E 1STCE 2ITVA 2RF9A 3SG8A 3VS0A 2ZAZA 3KA0A 2YM4A 3QX4A 3SRVB 5L3AA 5BUIA 2CN5A 4P7EA 2W1FA 2W1DA 5KX8A 4I4FA 3ULZA 2G2HA 1YRPA 2ZM3A 3CC6A 4D4SA 3FHRA 3OG7A 3NNVA 1XBCA 3LM5A 4E5BA 4RWKA 5AUWA 3KVWA 2GPHA 2W1HA 3FMDA 3W2CA 4D0XA 3G90X 3PIXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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