5M09 | Genus

Total Genus 70

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	70
sequence length	256
structure length	246
Chain Sequence	MALASGVTFAGYTVVRMLGASAMGEVYLVQHPGFPGWQALKVLSPAMAADDEFRRRFQRETEVAARLFHPHILEVHDRGEFDGQLWIAMDYVDGIDATQHMADRFPAVLPVGEVLAIVTAVAGALDYAHQRGLLHNDVNPANVVLTSQDQRILLADFGIASQPSYPAPELSAGADVDGRADQYALALTAIHLFAGAPPVDQPPKLSAFRPDLARLDGVLSRALATAPADRFGSCREFADAMNEQAG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__051295286720197__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__051295286720197__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5M09/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__051295286720197__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"051295286720197","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5M09/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__051295286720197__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0e545aadeadbaf42b164ba/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0e545aadeadbaf42b164ba/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0e545aadeadbaf42b164ba/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0e545aadeadbaf42b164ba/pdb.gz): 185 ms

reading 246 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

246 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:245});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The crystal structure of PknI from Mycobacterium tuberculosis shows an inactive, pseudokinase-like conformation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Serine/threonine-protein kinase PknI
molecule tags	Signaling protein
source organism	Mycobacterium tuberculosis (strain atcc 25618 / h37rv)
total genus	70
structure length	246
sequence length	256
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date	2016-10-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	5m09A01

1OL1A 1O6LA 3W2CA 3S1HA 4FV5A 4QP8A 5KUPA 2W1FA 1RE8A 4X3JA 4M0ZA 3TL8A 5JFXA 5FP6A 3HVCA 3DNDA 3QRIA 4GKIA 4L7SA 4MTAA 4K33A 1SZMA 1V0BA 2OFUA 4O7ZA 4FTOA 4YJNA 4FYNA 2X9EA 5C01A 2UW4A 4FOCA 1TKIA 2VAGA 3GU4A 4M84A 2OXYA 1W84A 2BIKB 5DT4A 2OH0E 4F9CA 2WQBA 1JSTA 4U40A 1KV2A 4I20A 4YO6A 4D0WA 5BVFA 3V5WA 3MFSA 5JFSA 4J8MA 1YHSA 2HWPA 2XP2A 3MFTA 4FV7A 3LFFA 3LQ8A 3ZMMA 4IC7A 1GZOA 3C0GA 2HENA 3TJDA 3UO5A 1PXIA 2W9ZB 4N6ZA 2YIQA 4FGRA 3LMIA 3TNHA 5EHLA 5HLPA 2GHLA 2AC3A 3RCJA 5EW3A 4N6YA 3FL5A 4TWCA 4BIBA 4O84A 5CAPA 1Y8GA 2QI8A 3VO3A 2C1AA 5KO1A 4FIGA 2ZM3A 2UZVA 3LFQA 2B53A 2JFLA 3LXKA 3G9LX 3RK9A 5IA1A 4OBOA 4ZSLA 1J7IA 4WHZA 1M14A 3ZUTA 2Q83A 3BBTB 1XH5A 2CMWA 5AIKA 4EK3A 3OMVA 3E8CA 3E62A 4YJUA 1ZYSA 3BWJA 2G9XA 2ITXA 4FTKA 3FMEA 4ID7A 2R0UA 2ONLC 4FSMA 4G3EA 2VX1A 3ZFYA 2XA4A 2H9VA 3ZSGA 5JZNA 4YLLA 4DGNA 4AFJA 5HE1A 5J9LA 4L9IA 4C2WA 1U54B 4AZTA 4WG5A 2ITPA 3FMNA 4BF2A 2XKEA 1H07A 3UC4A 2XM9A 4L67A 3UQGA 1BMKA 1OL5A 4WA9A 3QZFA 5JKGA 1OIUA 3ORNA 1H08A 2BMCA 2HXQA 4BDCA 4RFZA 4BI2A 3WF7A 5I4NA 5IA4A 3KKVA 4JR3A 3DS6A 3K54A 1CM8A 3DJ7A 1GZKA 2F49A 2OZAA 3CP9A 3G15A 4FTJA 4XH6A 3DDQA 3MVMA 2ZDTA 4GEOA 3MVLA 3TM0A 5AV0A 4EOLA 3D5UA 4AZFA 4ERWA 4GUEA 5CVHA 4F9YA 4UN0C 4IBMA 5DGZA 5AMNA 2X8DA 5LVPA 4C3FA 3MSSA 3EQHA 3CR0A 5HBHA 5HGIA 4ZAUA 4QYFA 3BRBA 4ITIA 3EN7A 4AAAA 3IG7A 3Q04A 2XNEA 5ETAA 3Q4ZA 4MX9A 2J50A 4A9UA 2LGCA 2VWZA 2Z7QA 3QQUA 3U6JA 3ZU7A 3QTQA 4ZJJA 1IA9A 4ACDA 3R7IA 4CD0A 5HG8A 2JDTA 3FWQA 3HP5A 2FA2A 3JPVA 4L53A 4ZZMA 4DGGA 4E20A 4RIWB 5CU2A 1H1SA 1Q97A 1H1QA 1LEWA 1YI3A 2IW6A 2OH4A 2YACA 3GXLA 4RGJA 4QMZA 3RPYA 4FIIA 3R8ZA 2VNWA 1WBNA 5FQDC 2A4LA 1PJKA 2ZAZA 1MQ4A 2SRCA 1ZLTA 4U44A 3V5LA 2QD9A 3O96A 4BIDA 3D7TA 2J0LA 3MH2A 4KBCA 4DE4A 3MH3A 1AGWA 4AT5A 3KL8A 4AG8A 2VU3A 1DS5A 3IW7A 4FT5A 4AN9A 1Y57A 4EH4A 3MWUA 4PMPA 3O71A 1TQIA 2E9PA 1JKSA 4R1VA 3UOJA 4CLIA 5EOBA 1NVQA 3QCXA 3QKKA 4B99A 4E4MA 5EM8A 1NVRA 1WBVA 5T6KA 2RIOA 3UYSA 2UVYA 4MCVA 2LAVA 1ERKA 1FVRA 4PDYA 3ZM4A 3ZO3A 1I44A 2UVXA 3SV0A 5FEQA 2B52A 4DEAA 5CVGA 4R5YA 2Y0AA 3V3VA 2WTDA 2B4SB 4QQTA 4BCIA 4EWHA 5I9ZA 3UP7A 2C3JA 4P4CA 1MRUA 1PKGA 2BHHA 2VWVA 3WZEA 2CKOA 2IG7A 5CAVA 4RBLA 1YI6A 2YCFA 5AV4A 5GIPE 4YBKA 2JDRA 3OXIA 5J8IA 2Z60A 3BIZA 4I23A 3DTWA 5EM7A 2ZB1A 3ROYA 4A9SA 5CU4A 4AZWA 1JSUA 1U5QA 3OC1A 4FEWA 4U5JA 5CSWA 2W1GA 2BIYA 3KN5A 5CI7A 3ZEPA 1UWHA 4WD5A 2QCSA 4DH1A 2YWPA 5A9UA 2X2LA 2HW7A 4RJ3A 4HOKA 4EK6A 2XM8A 1FBNA 3C4FA 5LVMA 2WQEA 5K3YA 2YAAA 4JNWA 3ORMA 4YHTA 4ANMA 2F7ZE 2CGUA 4DG3E 4YSJA 2J90A 2CDZA 3U6HA 3BV2A 4FEUA 3OUKA 1CMKE 1Y8YA 4BCPA 1DAWA 3KCKA 4GT3A 5K4IA 2J5FA 2PZ5A 4X2JA 2OJJA 1TQMA 3C13A 1YWVA 4TW9A 4IWOA 3TKHA 3RTPA 5L2TA 5L6OA 3VUHA 5HU9A 4BN1A 1XH9A 3NLBA 4QYGA 3QF9A 2H8HA 2XVDA 3GVUA 3KB7A 3QRKA 5AWMA 1WZYA 1LUFA 3Q2JA 4J98A 4EJ7A 2O64A 3C4XA 4XG8A 3ZLWA 1UKIA 3O8UA 3FMLA 4K9YA 3V5TA 4DEBA 4DA5A 3E63A 1YXSA 4FTCA 4O81A 1SNUA 5KMIA 4X7QA 4ZSEA 2YA9A 2GS2A 1VYZA 2QU6A 2FVDA 2QOOA 3PFQA 5FXQA 4C37A 2WD1A 2C0OA 4D1XA 4AQCA 3CCNA 4B7TA 4LL5A 2NO3A 3UIMA 3SQQA 3N9XA 3UJGA 4DYMA 2C1BA 2V55A 2NNWB 2ZV8A 5DG5A 4QYYA 2XEYA 4F4PA 1OECA 2OXDA 4CMUA 2CLQA 2JKKA 3OXZA 4H1JA 4RLLA 1H1WA 3WZDA 3MDYA 5BUJA 1FMOE 2ITQA 4D58A 4WSYA 2REIA 2EU9A 1HCLA 5CAUA 2ETRA 3OD6X 1PW2A 5BPYA 4TYJA 4CKJA 4YHJA 4E5BA 4EZ5A 2WEIA 5ETFA 3RWPA 1G3NA 5DOSA 3EQBA 1YOMA 4N57A 2J0MB 2QOQA 3EB0A 4GVAA 3RAIA 2R3IA 2HZNA 2XS0A 4HYHA 4RX9A 3R7YA 5F20A 3R28A 2QKRA 4BCGA 5AP3A 5H9BA 1U54A 2A0CX 4O27B 3QZGA 2PMOX 3MVHA 3OCSA 2C69A 1QPCA 4FSZA 4QMLA 4W4WA 4UXQA 5EYKA 5HI2A 3RI1A 4RFYA 4A07A 3COHA 4D4VA 2CGXA 4BDIA 4E73A 3KK9A 2BRMA 2PUPA 4RWJA 4QMTA 3OF0A 3NYNA 5HTBA 5JQ8A 5CLPA 4KB8A 3RM7A 2PVFA 4FKPA 3Q3BA 3MJ2A 4U80A 3A4OX 4D9UA 4HGTA 2PVHA 5L8KA 4DFXE 3COKA 3KXGA 3GP0A 2X4FA 4JX3A 4YZDA 5EYMA 3NR9A 3UMWA 3K3JA 1WMKA 3C51A 1ATPE 4AGDA 3NWWA 5I9WA 5IG1A 3TT0A 1FOTA 1JAMA 1P4FA 2XIXA 3ANRA 4IX4A 2UZLA 4AX8A 1Z5MA 1CTPE 2BZIB 1OUYA 2R3FA 2CGWA 1VJYA 2FYSA 2XEZA 3PWDA 3ZLXA 4ZSAA 3AD6A 4GK3A 2VTSA 3RNIA 1FGIA 4BHZA 4C4HA 3GC8A 4FTRA 4WG3A 5D7AA 2FSLX 3EH9A 5FRIA 2R3KA 2B9FA 5C03A 4QMQA 5IDPA 4IB0A 2OJIA 4M8TA 5DFPA 3QZHA 2YM8A 4FTQA 1IEPA 3Q60A 4LV5A 1O9UA 4RIWA 4L3JA 4UXLA 1CKPA 3ZFXA 4DFNA 2GS7A 2I6LA 1JSVA 3B8RA 5IDNA 4EORA 5BYLA 4WUNA 4CXAA 3FXXA 4AGUA 5HQ0A 4Z55A 3PXFA 4P5ZA 1SVGA 4AOIA 2FH9A 4EWQA 4FNZA 3FI2A 4ACGA 3I6WA 4BCHA 1SMHA 3OFMA 3OWLA 3HMNA 4L7FA 5HD4A 3ZO2A 3R73A 4PY1A 4FIEA 2PVRA 1H24A 1CKJA 5CZIA 3IDBA 4CFNA 4DFYA 4ZJVA 4A4OA 4RWLA 3B2TA 3RK5A 4DFUA 2ITWA 2XK3A 3CQWA 5E1SA 3T9TA 3FDNA 1B6CB 4A4XA 3MH0A 2WQMA 3KRLA 2P55A 1KE7A 5EG3A 4H05A 2BTSA 4IQ6A 3KC3A 4AACA 1U46A 3LOKA 1GIIA 4EHEA 3DBQA 3EFWA 4FV2A 4ALUA 1WAKA 5GJFA 4R5SA 1XHAA 3SG8A 3UIXA 3BI6A 2F2CB 2GFCA 4YURA 3OP5A 1H1RA 4EBVA 2EUFB 2WMUA 3KXZA 1T46A 5BMSA 2GSFA 3GCQA 2EXMA 2I0VA 1Q8ZA 2PUIA 4V0GA 1H01A 2C6MA 2UZTA 2EVAA 3UC3A 5IMEA 4G9RA 3HUCA 5FBNC 4BHNA 5ANGA 5HE2A 4DAWA 5IQEA 2P4IA 1XQZA 3QZIA 2HXLA 4XLVA 1YHWA 2QONA 4QNAA 2G2HA 3W1FA 2XCKA 4RLKA 4O7SA 3R2BA 3QU0A 5BVEA 3DB6A 4O7NA 3W16A 4JJRA 5EH0A 4IDTA 3BU3A 4PMSA 2IVTA 5A6NA 1B39A 1NT2A 2VO3A 4F0IA 3F2RA 4ANSA 3BCEA 4E6DA 3HNGA 5FTQA 3BLQA 3NYOA 4FKSA 3EN6A 5K5NA 2B7AA 3DKCA 5IA5A 4EC8A 5B2MA 3I7BA 2CCHA 4H3BA 5HKMA 4TYHB 5AP4A 4JVGA 5A4LA 3GU5A 4IJ9A 3Q9ZA 4D55A 4EOQA 4FVRA 2HZ4A 4IE9A 4DF3A 3SD0A 3ZRLA 1IAJA 4FKTA 3BGPA 4DFLA 4F63A 3PJ3A 4L68A 3MJ1A 2WNTA 3ERKA 5CNNA 3U55A 3PPJA 5KZIA 2C6LA 3VUGA 4HYUA 2Y4PA 1REKA 4DFZE 5E8XA 2OGVA 4IB5A 4TY1A 3SC1A 2P3GX 4O96A 4FTTA 4A4LA 2YAKA 5DHJA 4W4YA 3TTIA 4GG7A 4JXFA 5M07A 2QO7A 2YM7A 5AM6A 2VO6A 4K6ZA 3PUPA 3DT1A 4EH9A 4HYSA 4O0SA 3D94A 3ZO1A 2B0QA 5E92A 5B2KA 4AZSA 2Q0NA 3RWQA 3N4UA 1KE9A 2X2KA 5D11A 2BALA 3PG1A 2E9NA 4RC4A 5G1XA 5ACKA 4GIIA 4TT7A 5AUUA 2XNBA 3L1SA 1Q99A 3DK3A 3GCUA 4I92A 5K5XA 3CD8A 4CG9A 2HW6A 4BDBA 2XIYA 4YNOA 3TNWA 2JKMA 4BBEA 3QYWA 4AW2A 2H34A 2OIDA 1JWHA 1TVOA 2QOCA 5IISA 4JDJA 3FMKA 2PE0A 1ZOEA 2GNGA 3QYZA 4HPTE 2Z7SA 4MXZA 3KVXA 4AZEA 1JNKA 2C6EA 5BYYA 3ID6C 2W1HA 3W10A 2WU6A 4FEXA 4E8AA 2A19B 4W4VA 3JS2A 4NW5A 4KKGA 2UZDA 4YNEA 4ANQA 2C5NA 1YDTE 2PHKA 5J1VA 4EKKA 3DB8A 3PPKA 4Q5HA 4E1ZA 1H26A 3O2MA 4GCJA 2GTNA 5EQEA 1RW8A 1YI4A 2HY81 4I93A 1LEZA 1XH7A 2B54A 4YTIA 3BQRA 3BPRA 3ZZWA 1OL2A 4GSBA 1YXUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3ZTX A;  3PP0 A;  4M97 A;  4USE A;  4IWQ A;  1ZOH A;  2Y6M A;  2YAB A;  1G8A A;  2IVV A;  2OLC A;  2RGP A;  3G90 X;  3HMP A;  2BRN A;  4FG7 A;  5CVF A;  5B0X A;  4O7R A;  4RIX A;  3SA0 A;  3TWJ A;  2ZMD A;  5DR2 A;  3TXO A;  3LFB A;  3OWP A;  3MTL A;  2ONL A;  2KUL A;  5IH4 A;  3R1Q A;  2W9F B;  2BRB A;  3ZSI A;  1WFC A;  5CS6 A;  3GT8 A;  4M14 A;  2PYW A;  4YJO A;  4FV8 A;  3IKA A;  5IEX A;  4YJV A;  3U4U A;  3R21 A;  1W83 A;  3KF7 A;  2R0I A;  1J3H A;  1ZXE A;  2UZN A;  4U8Z A;  2C3K A;  4DTB A;  3LPB A;  2WOT A;  3ZLS A;  2W4O A;  5EM6 A;  5DLS A;  3UOH A;  4ZS0 A;  1PMN A;  3H0Z A;  4ITJ A;  4F7N A;  3WAR A;  3FYJ X;  5LMK C;  3FLN C;  3EFL A;  2UZO A;  1ZMU A;  3VQH A;  3WZJ A;  5F9E A;  3RMF A;  2Y9Q A;  3BHU A;  5EW9 A;  2B9H A;  5T3Q A;  3VC4 A;  4PP9 A;  5I9U A;  4YZ9 A;  5ETC A;  2W1C A;  5AFV A;  5TT7 A;  3W2Q A;  3WIL A;  3ZBF A;  5KBR A;  3R02 A;  3GU6 A;  4I0T A;  1PYE A;  3S3I A;  2XJ0 A;  4FKU A;  3POO A;  5CSH A;  4J1R A;  3W32 A;  5AUX A;  4NJD A;  4K8A A;  4YTC A;  2W1Z A;  2QOH A;  4CG8 A;  3UP2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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5M09A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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