5BYL | Genus

Total Genus 109

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	109
sequence length	297
structure length	295
Chain Sequence	ATNVKAMKYLIEHYFDNFKVDSIEIIGSGYDSVAYLVNNEYIFKTKFSTNKGYAKEKAIYNFLNTNLETNVKIPNIEYSYISDELSILGYKEIKGTFLTPEIYSTMSEEEQNLLKRDIASFLRQMHGLDYTDISECTIDNKQNVLEEYILLRETIYNDLTDIEKDYIESFMERLNATTVFEGKKCLCHNDFSCNHLLLDGNNRLTGIIDFGDSGIIDEYCDFIYLLEDSEEEIGTNFGEDILRMYGNIDIEKAKEYQDIVEEYYPIETIVYGIKNIKQEFIENGRKEIYKRTYKD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Antibiotic Binding Drives Catalytic Activation of Aminoglycoside Kinase APH(2)-Ia. pubmed doi rcsb
molecule tags	Transferase
source organism	Staphylococcus aureus
molecule keywords	Bifunctional AAC/APH
total genus	109
structure length	295
sequence length	297
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.7.1.190: Aminoglycoside 2''-phosphotransferase.
pdb deposition date	2015-06-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01636	APH	Phosphotransferase enzyme family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	5bylA01
3.90.1200.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2	Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2	5bylA02

3KKVA 3NS9A 3PSBA 4FTUA 4JQ7A 4EOJA 5HU3A 2OFVA 3R21A 1YWRA 3DZOA 4IQ6A 3I5ZA 2I0EA 3NWWA 1KV2A 3CCNA 2ZYBA 3GCPA 4EYMA 2BTRA 2FUMA 5CQWA 1PXIA 3FXXA 4WNOA 1BLXA 4OLIA 2HY81 4BICA 4ERKA 5IQFA 3MIAA 5BYZA 3RPOA 4E7WA 1ZLTA 3E64A 3QRTA 3KFAA 4AGWA 4TRLA 4WUAA 1YWNA 4BDCA 2IWIA 2W05A 4H3PA 2VGPA 3WE4A 4AZSA 2V7AA 4AW1A 2YCQA 4MK0A 4BCOA 3QRJA 3GP0A 2I7QA 5EYMA 4L43A 1GZNA 3PVUA 4J8MA 4LI5A 4G17A 3OOMA 4WSYA 4BTMA 3CEKA 4FT0A 5CT0A 4PDPA 5K5NA 3NW6A 4KB8A 3MH0A 4Y95A 4FKUA 3HECA 3PP0A 2XCHA 2OZAB 2YN8A 2F7XE 3R6XA 3VAPA 3ANRA 2HOGA 3AMAA 4XV9A 2W9FB 3MESA 4UEUA 3AT2A 3IO7A 2PZRA 1RE8A 4IAKA 3CQUA 4BGGA 3OCGA 4EEVA 2CKQA 3MFRA 3NUXA 4FIIA 4AT3A 4IMYA 3ZEPA 2OJFE 4D58A 3HRCA 4BCNA 2Z02A 5EM6A 4AXAA 2QOLA 5J9ZA 3WOWA 2OKRA 4DH8A 5GIPE 4JBVA 4QP3A 5JGAA 3TV4A 3SG9A 3FZRA 2YDJA 2W1HA 5I9WA 2R3QA 5JGDA 2E9PA 2J50A 2JDVA 4Z7GA 4LGHA 2ESMA 3LXPA 4U44A 1UU8A 3ERKA 1Y8GA 4UN0C 4BDGA 5M4UA 2X8DA 4FEXA 4BTFA 4F4PA 4FZ7A 3BBTB 1YXXA 2IJMA 3FMDA 1NVSA 4KS7A 5E1SA 2I1MA 4BDFA 5H2UA 4FL1A 3H3CA 2JLDA 4JS8A 5JK3A 3OW3A 4FKOA 3DFCB 4GFOA 3EFJA 1YRPA 3MBLA 3DOGA 2Z2WA 2J0IA 2RFNA 3GU4A 4D9TA 2WMUA 3DKOA 3UIXA 4DEBA 3TYKA 2OG8A 2QKRA 5CF8A 3BQRA 5CXHA 2WPAA 5CX9A 4NH1A 4EOKA 3BV2A 4GFMA 3VF9A 4CD0A 2JKOA 4QP6A 1TVOA 4PNKA 3BLQA 1Q5KA 4CFUA 5L6OA 3PXRA 2QR7A 1B39A 2C5OA 4I3ZA 2Z60A 5J8IA 3HGKA 4EWQA 3KMUA 4G5JA 2BRGA 5CEIA 2ITOA 3IOKA 2O3PA 3R7OA 4G3EA 3EQGA 3PJ1A 2UZVA 3Q5IA 3MYGA 3Q5ZA 1ZYSA 4FKPA 4BCQA 5HNBA 2A4LA 4AA5A 3VS5A 3GC9A 3GQLA 2IW9A 2R3JA 2ITUA 3F88A 1V1KA 2JITA 4W4VA 4A9UA 3EQHA 4DTBA 3ZZWA 1U5QA 3VUMA 3EZRA 1G3NA 2VO0A 3F3ZA 5T6KA 2BRHA 3BI6A 4M0ZA 3UE4A 4AQCA 4CKJA 4L46A 3KXGA 1QCFA 1Q4LA 5DR6A 1H25A 4FEVA 5HVYA 1KOAA 3BU3A 1FPUA 2Y4PA 3QTZA 4XOZA 4IM0A 3OWPA 3QWKA 4H1JA 2G2HA 2HY0A 4U80A 4JDHA 4IX4A 4C02A 2W7XA 5ANDA 3KCKA 2ZAZA 4LGGA 4OT6A 4U0IA 5AAEA 4ZSEA 4XOYA 4O83A 2XK3A 2GNJA 4KKEA 3OMVA 3ORLA 2XNMA 5KKRC 2Y6OA 4R7IA 1K3AA 1BL6A 2WXVA 4FEUA 3RAIA 2UUEA 2RG5A 3LCTA 4BI2A 3EB0A 2OIQA 2NRUA 4OTWA 2YIQA 4L67A 2YIYA 4XBRA 5GJDA 5HNGA 1P5EA 3U9NA 4HVGA 3TIZA 4NM0A 2BKKA 3EYHA 4QP8A 1REKA 3FLNC 3S3IA 2ZMDA 4EOLA 2OF2A 2YA9A 4M69B 3S2PA 3FI8A 1F3MC 5HGIA 3GGFA 2ITNA 2YM8A 3DBDA 2VTJA 4R5YA 1FVRA 1RDQE 4K18A 4OBQA 4RJ8A 3SC1A 3TEIA 3D94A 4FVRA 3SD0A 3UOLA 5E90A 2Y6MA 3QALE 3ZEWA 4CSVA 5GIOE 2F57A 3U4UA 1K9AA 2ONLA 3EQFA 2RFSA 4XNEA 3ETAA 5HORA 1AQ1A 2G2IA 3OROA 5KUPA 1GIJA 1ZMWA 1A48A 4RGJA 3QCSA 3R30A 1XQZA 4NIFB 1UKIA 3LOKA 4I22A 2YM4A 4RRVA 3FE3A 4FTOA 3PLSA 3QXOA 2XMYA 5FM2A 4F65A 5IH6A 4UBAA 4LUDA 3PVBA 3U9CA 3EMGA 4MXYA 4BN1A 2IO6A 4DEIA 5CEOA 5HIEA 4D4YA 1AGWA 3L8PA 2HYYA 5IA5A 4S34A 3LMHA 5HE0A 3A61A 3LJ1A 1FMKA 4L45A 1Z5MA 2OI4X 4RIOA 4F63A 2X2MA 3ORKA 4RVMA 4Y83A 5CI7A 3MJ2A 4B6LA 3FY0A 1H27A 4O0YA 5FTQA 3PIZA 3QGYA 5KKRB 3TXOA 4UZDA 4BDKA 3FKOA 3I6UA 5FXQA 4FNYA 4TL0A 5I4NA 5M4FA 5CU2A 4I6HA 3VS2A 3U6HA 3R8UA 3LFSA 2R0IA 4LQMA 3P23A 5L6PA 5IQHA 4BKJA 2QKWB 3VO3A 4U40A 4A4LA 3QQHA 1J1CA 2EVAA 4X7QA 4YJOA 4C2WA 4DG0E 4ANSA 4DFBA 4A07A 4PNIA 4JDIA 4C59A 5IUGA 3PJCA 4JDJA 3HA6A 2BVAA 2WTJA 4NJ3A 2Q0BA 3W2QA 5E8ZA 5IH5A 3QA8A 4PQNA 4LFIA 3LFFA 2Z7LA 2ZV7A 2YDIA 3COKA 3CTHA 5I9VA 4QQ5A 5KHWA 4E8AA 2RF9A 3GI3A 4GG5A 4RJ6A 2XYUA 3FLSA 3QWJA 5LARA 4JG6A 5ETIA 5E7RA 1U4DA 4L9IA 4AZWA 1OBGA 3R7YA 4BI0A 2CN5A 3D7TB 1IAHA 3RTPA 4IAAA 3D83A 4BTKA 2R64A 3II5A 3OY3A 4L01A 4QTDA 3RPVA 2OXDA 1W83A 2Y4IC 3DA6A 4QMOA 3WBLA 4AFJA 5L8KA 2P3GX 2YISA 5D41A 4M97A 3UPXA 2J0KA 3E3PA 4XCUA 3R8VA 4H39A 2PULA 4J53A 3W0OA 4R77A 3NNWA 3AOXA 3GT8A 3TUDA 4BC6A 1FMOE 3O8UA 5AX9A 4GUBA 3MA3A 4CTBA 3QZIA 3TIYA 2CN8A 4MXZA 4ZAUA 4BTJA 3DB8A 4A4XA 3O96A 4FZDB 1Q24A 4HGLA 2QC6A 4HCVA 4PWNA 3UZPA 5DGZA 4BDJA 2J0JA 4RLLA 3A62A 5B2MA 4E6DA 3IECA 4OGRA 3IONA 1YI3A 1M17A 1FGIA 4PDSA 3QX4A 3ULIA 3WF9A 5I9XA 2C0TA 1O6LA 1BUHA 5F20A 1YKRA 2CKEA 1OL1A 1PYEA 2WQOA 5I0BA 5AA9A 3SGCA 1JKLA 2C5NA 3TV6A 5AAFA 2I0HA 3R7EA 4GK4A 2R3PA 3C0HA 4CCBA 3BZ3A 2BHEA 2JBPA 4H1MA 5L8JA 4ZJJA 1I09A 2R3LA 1U54A 5A4EA 5IQGA 4LM5A 5BVEA 5TO8A 5I5ZA 2XM8A 2UW6A 3I5NA 3UIUA 4BRXA 4OTFA 5E4HA 3VW8A 3VHKA 3I7BA 4OBPA 2YM5A 2XRWA 4H05A 3SHEA 2GU8A 2WQMA 4QMYA 3RK7A 4DGNA 5H8GA 5CSXA 2WMAA 5IZFA 3HMIA 3H9OA 4HZSA 4EK6A 2Y4IB 4FV4A 3FJQE 5LMBA 1GZKA 1PXNA 3UYTA 2VN9A 3NPCA 4KS8A 3HRBA 4LRJA 4RVLA 1V0PA 2F4JA 3ZBFA 5E8UA 3RAHA 3ZCLA 4ZOGA 5KMMA 2Z7SA 4RIYB 1XO2B 1M7NA 3HMOA 4FUXA 4NU1A 5J5SA 2ZOQA 3K5UA 3UIBA 1R1WA 4IJPA 2EXCX 3P7BA 4WRGA 3KRWA 3PXYA 4O7RA 3R9RA 4QMPA 4YURA 2CNVA 4RJ4A 5B2LA 4XG7A 3C4ZA 5LCJA 2VWVA 5HBEA 2RG6A 3CSVA 2GPHA 4FK6A 5CSPA 3MTLA 4LRMA 3ZZEA 4FV8A 3H9RA 3ROYA 4HVHA 1FOTA 1STCE 3BX5A 4ZSAA 2Z7QA 3OWLA 5KMNA 4U3ZA 3E8DA 4IM3A 4U8ZA 4YLJA 3LXLA 3CPCA 3MV5A 5G6VA 1S9IA 3PPJA 5AADA 3SV0A 3GCSA 2J51A 3SDJA 4QMXA 1Q8TA 3OCSA 1OUYA 4HZRA 3ULZA 4C36A 2F9GA 2BZHB 2Z7RA 4FK3A 3BGQA 4TYJA 4RQKA 1OKZA 2XIYA 4LMUA 3VBYA 3V5QA 3OG7A 3ZSIA 4GIHA 5B0XA 4PX6A 4JRVA 4ZY6A 3LHJA 5HBHA 3KN6A 4BCMA 5M53A 1SYKA 4FTRA 2W9ZB 5FBOA 2V62A 2WKMA 3CGFA 4HPUE 3G0FA 3LQ5A 4IZAA 2H34A 5ITAA 3FZPA 2WU7A 3PE2A 4ORKA 2VNYA 3PPKA 3AC2A 3HYHA 3R1QA 4X3FA 3F3UA 1LEWA 4DLIA 2G15A 4EUUA 1WCCA 5G1XA 3QGWA 5ANKA 3I1AA 4FOCA 3W2OA 5AIRA 3NYOA 3EN6A 4YBJA 3TNPC 3O17A 2YIWA 2WB8A 3BHUA 3KRRA 5IQDA 2WQBA 4O6EA 3ZUUA 4V0GB 5FDXA 4J71A 4O7ZA 1MQBA 4FTNA 1SMHA 3QXPA 4ZTRA 3QTSA 4RWIA 4F9WA 1KV1A 2CMWA 3LMGA 4BCFA 4M7IA 4QYYA 4AUAA 3D5VA 4FVQA 2H96A 2QHMA 2XK7A 1YVJA 4TXCA 4KWPA 4O0SA 4R7HA 3UNJA 2FSLX 5JRSA 2X6DA 1R3CA 1W8CA 4F6UA 4F64A 4FA2A 5A6NA 4CV8A 2CGXA 3SXRA 5KNJA 4OTRA 3HP2A 4YR8A 2CCHA 2B9IA 3UNZA 3PG3A 2VTMA 1XKKA 3TZ7A 3W2PA 2W1EA 2QNJA 2UW8A 5EI6A 5LMKC 3LIJA 1Y6AA 2PTKA 3BWJA 3MTFA 3BQCA 4I5HA 3OD6X 4MNEA 3K5VA 3IOPA 3EJ1A 3GNIB 3OS3A 3W0NA 3CTQA 4MXCA 1K2PA 3U8WA 1F5QA 4FZAB 3VS0A 5HNIX 3WZJA 1KE9A 2X7FA 2VO7A 4K0YA 3FYKX 3P4KA 3LE6A 5FEQA 1WVXA 4WT6A 2CCIA 3RALA 4O91A 4KSPA 4F09A 2CPKE 5KMLA 2B52A 5D9HA 2C3LA 2OIBA 3PSDA 4G3FA 4K33A 3G5DA 2AC5A 5A4CA 3R7IA 4C3PA 1S9JA 1QPDA 4QMTA 4RT7A 2IW8A 1GJOA 5J1WA 2WTKC 2UZNA 4FGBA 2XNOA 4J7BA 4R6VA 5LVNA 1PMEA 3FWQA 2JBOA 3JY0A 4BVUA 3WIGA 4E4XA 4QTEA 3VRZA 5CZHA 4O22A 2QLUA 2OO8X 1LR4A 2YJRA 3DBEA 3SW4A 4WNPA 1H1SA 1JSTA 4G6NA 4MNFA 2QU5A 5DT4A 3NAXA 5DEWA 2YIRA 3LW0A 4NTSA 4RWJA 5HIDA 3L9LA 4AS0A 3K2LA 3LJ0A 4UV0A 4DGMA 4RIXA 4V04A 3MH2A 2BCJA 2PWLA 3OXTA 4LL5A 4CFMA 4TTHB 5JQ8A 5K9IA 1GNGA 2VRXA 3PVGA 4KRCA 1CMKE 1OL2A 4PV0A 3G9NA 1SNXA 1XJDA 2BZJA 2HAKA 2RFDA 4L7SA 4E26A 1OUKA 3OZ6A 3GQIA 3DAEA 4X2GA 5IUHA 1UU9A 4ZMFA 3EZVA 5EQPA 5FBNC 3WI6A 3ODZX 3ORPA 4JOAA 4I5PA 3WILA 2XA4A 3GVUA 1OBDA 3HL7A 4D2RA 2JDRA 2X4FA 3PJ8A 4G3DA 4E5AX 4S30A 3DK3A 3POZA 2X9FA 3LQ3A 4RJ3A 3TNWA 4NTTA 3V8WA 2GHGA 4PY1A 2B0QA 4ZP5A 5DNRA 2SRCA 2BILB 3AC1A 1MRUA 3BYOA 3MFUA 1PY5A 1JAMA 1UNLA 3FEGA 3OCTA 4I93A 4RMZA 5CI6A 3FV8A 1RW8A 5AP7A 2WEIA 3EOCA 3BWFA 4HW7A 2WMRA 3KF7A 4Z7HA 2ZVAA 1YHVA 1KE8A 3LFEA 4FT5A 4XUFA 4U81A 3QD4A 5BUJA 4QOXA 3OTUA 3PY0A 3LAUA 3QQLA 4YJRA 1BYGA 5IQBA 3UZTA 3QTXA 2WTKB 4FODA 3KMWA 5KX8A 3VIDA 3ZRLA 4BIBA 4O6LA 4XRJA 4HGEA 2ZMCA 4FV2A 4EK3A 4FC0A 4IBMA 5AP5A 5IDPA 2OK1A 2QR8A 2VWUA 3DJ5A 1JKKA 1IA8A 4O7SA 3QRKA 2W1FA 4G16A 4RC3A 3RPRA 3UP7A 3OC1A 4BHZA 3PG1A 2YITA 4A4OA 3L9NA 5EYKA 4RVTA 1AD5A 3R01A 2VTHA 3F3TA 4OUCA 3TTJA 2V5QA 3WZKA 3D7ZA 4ZXTA 1Y57A 4E73A 2HELA 2OU7A 1X8BA 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4I24A 3UC4A
chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5ANO A;  5AM7 A;  1P14 A;  3TTI A;  3BHY A;  3MY1 A;  5FTG A;  3EQI A;  1JBP E;  2PUN A;  3KRL A;  5K5X A;  2PE0 A;  1OKW A;  3AD5 A;  2ZM4 A;  4AZT A;  3Q9Y A;  4FTK A;  3B8Q A;  4GVJ A;  4MHA A;  5A54 A;  2NPQ A;  3JUH A;  2XK6 A;  4K6Z A;  4BCK A;  3RAW A;  4PP9 A;  3P9J A;  4AU8 A;  1UV5 A;  2CGU A;  4EJN A;  4I4F A;  3OWK A;  5M51 A;  2AC3 A;  4WNK A;  4I6F A;  2GQS A;  3DXN A;  3Q4T A;  3UC3 A;  3W16 A;  4DED A;  3Q2J A;  5EKO A;  4FT3 A;  3UOD A;  2GS6 A;  1BKX A;  1MRY A;  2FYS A;  3K54 A;  4YO4 A;  5M4C A;  4J96 A;  3NNU A;  1B38 A;  4QMS A;  4MWH A;  3TV7 A;  3DZQ A;  4FV0 A;  3D7T A;  2R3R A;  2QON A;  3T9I A;  5CXZ A;  3EL7 A;  4H36 A;  4QNY A;  4ZTL A;  1OL6 A;  4I0R A;  2ZM3 A;  4IC8 A;  3KF4 A;  2V7O A;  2WMV A;  3ORT A;  3VBQ A;  4F7N A;  3EID A;  5IQA A;  4ZZN A;  1JPA A;  2J2I B;  3IW5 A;  1U46 A;  2QO9 A;  4XV3 A;  2R3I A;  4D5H A;  4WA9 A;  4U41 A;  3LCD A;  4F0G A;  2C3J A;  1OIT A;  4F1T A;  3VS6 A;  2P0C A;  4R7B A;  2QOH A;  4QYH A;  1ZZL A;  2FSM X;  5KE0 A;  2WGJ A; 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 1MUO A;  4A9S A;  5CF4 A;  3UBD A;  3UOJ A;  2R5T A;  2YCR A;  4YNO A;  3VF8 A;  3E8N A;  4HVD A;  4GUE A;  3Q9W A;  5FXS A;  4ASE A;  3QBN A;  2HWP A;  2R7B A;  3NLB A;  3CGO A;  3QCY A;  5A3X A;  1W0X C;  4G31 A;  5IMX A;  2UZU E;  5CEK A;  2UW9 A;  3OBG A;  3ZHP C;  4E93 A;  4XJ0 A;  4EZ7 A;  4APC A;  2C3K A;  3G51 A;  5ETA A;  5BYY A;  5H3Q A;  3D2I A;  3AMY A;  1Z9X A;  4JX7 A;  4KUJ A;  4LYN A;  3U51 A;  1XBA A;  2VWB A;  5HHW A;  3ORN A;  4TW9 A;  4XYF A;  5E8S A;  3BU5 A;  4I6B A;  3ACK A;  4LG4 A;  4P90 A;  3UO6 A;  4CZT A;  1O6Y A;  4F1O A;  4ZS4 A;  3RNY A;  1SVH A;  3EKK A;  5CQU A;  1ZMU A;  1R39 A;  5LMA A;  4IZ7 A;  5CSH A;  2GFC A;  4AAC A;  4FKQ A;  2PZ5 A;  5I9U A;  4E6A A;  1XH7 A;  3L9M A;  4ZTM A;  3ID6 C;  4EH6 A;  4IZ5 A;  2WOT A;  3FLQ A;  3NSZ A;  3LFB A;  4FSN A;  3QLG A;  4M14 A;  4X0M A;  1Q8Z A;  4GU9 A;  4YLK A;  4IH8 A;  5BMM A;  3R63 A;  3R9O A;  3EN5 A;  3ENH A;  4I6Q A;  4E6C A;  2XKC A;  5JFS A;  1PHK A;  1PKD A;  5HCZ A;  4DLJ A;  3FKL A;  2YAA A;  1Q41 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5BYLA

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations