5IQEA

Aminoglycoside phosphotransferase (2'')-ia (ctd of aac(6')-ie/aph(2'')-ia) in complex with gmppnp, magnesium, and neomycin b
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
297
structure length
295
Chain Sequence
NATNVKAMKYLIEHYFDNFKVDSIEIIGSGYDSVAYLVNNEYIFKTKFSTNKGYAKEKAIYNFLNTNLETNVKIPNIEYSYISDELSILGYKEIKGTFLTPEIYSTMSEEEQNLLKRDIASFLRQMHGLDYTDISECTIDNKQNVLEEYILLRETIYNDLTDIEKDYIESFMERLNATTVFEGKKCLCHNDFSCNHLLLDGNNRLTGIIDFGDSGIIDEYCDFIYLLEDSEEEIGTNFGEDILRMYGNIDIEKAKEYQDIVEEYYPIETIVYGIKNIKQEFIENGRKEIYKRTYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Bifunctional AAC/APH
publication title Antibiotic Binding Drives Catalytic Activation of Aminoglycoside Kinase APH(2)-Ia.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus
total genus 108
structure length 295
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.190: Aminoglycoside 2''-phosphotransferase.
pdb deposition date 2016-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5iqeA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 5iqeA02
2HAKA 1UWHA 3W32A 2VUWA 4F99A 3IKAA 3VO3A 5BQ0A 3FAAA 5IA3A 3H0ZA 1RJBA 4FKOA 3E8EA 4RMZA 5CANA 2XIXA 3CEKA 3OCSA 4G6OA 3E93A 3E3PA 2X8IA 4PL5A 2W5AA 4FIGA 4RIOA 4IQ6A 4M0ZA 4AN3A 3G90X 2BRGA 3HP5A 1E9HA 2VWZA 5IA5A 2XS0A 3P78A 4C38A 3C5UA 5GINE 3QLFA 2P33A 3WE8A 4IH8A 3A4OX 3DJ6A 1YWRA 4RG0A 4U41A 4NU1A 4Z7GA 4AP7A 2G9XA 2JD5A 3DJ5A 3DKOA 1PY5A 3GQIA 2J7TA 5I0BA 3DBQA 3LOKA 4QP3A 3DFCB 3IONA 4DH1A 4EH7A 4QTEA 3H10A 4NWMA 3KA0A 3TZ7A 4IFGA 2RL5A 5DEWA 5CI6A 4RX9A 4FZ7A 3MH3A 2HY0A 1WBTA 2GMXA 5KMIA 3MH0A 4YSJA 2X0GA 4D9UA 1SVHA 4TWOA 4HYHA 4CKIA 2ZV7A 3FPQA 1VEBA 3DK7A 3EQCA 4FG7A 4XG9A 4CTCA 2WO6A 3UQCA 5IA4A 3JXWA 3QQKA 3QZIA 4G6LA 4YZNA 1PJKA 4EL9A 4CFWA 3QRJA 4A9YA 3FKLA 3WZKA 3D5UA 4YHJA 5CF6A 3R02A 4F9AA 2PMIA 2VTHA 4MXZA 2PE1A 3U9CA 3MY5A 3T9TA 5BVOA 4M84A 5FQDC 2XK9A 3TKHA 4O0WA 2PMOX 2YFXA 2EB2A 3BLRA 4EOQA 2B53A 3LQ3A 1M7NA 2XNMA 1MQBA 2VWVA 5ETAA 2NRUA 4QMWA 2HW7A 5D41A 1PXPA 1ZY4A 3KMUA 4JL9A 3ZSIA 3QQUA 2QG7A 4IDTA 5M4FA 4MD9E 3N4TA 3KRLA 4MD8E 2GFSA 1GJOA 3O2MA 1YW2A 3F5XA 4U44A 4AG8A 3KXXA 3POZA 2QOKA 2WAJA 4U0IA 4QMSA 4FIIA 4FTNA 4GEOA 4ANLA 2I40A 4YLLA 4PMPA 3LCKA 3ENHA 4V01A 1A9UA 2C6TA 3A8WA 1SM2A 4LYNA 2DWBA 1YI3A 2PE2A 2JLDA 3E92A 3CKWA 4JG6A 3ERKA 3OCBA 4FV8A 2YM5A 3QYZA 5CSHA 2C69A 3P1AA 4BCOA 3T8OA 2CNVA 4N6YA 4KIPA 4XHKB 3MPTA 5JGAA 4EYJA 3HRCA 4FIJA 4BZOA 4RLLA 4IVDA 5BNJA 2OU7A 3LFAA 4K2RA 2LAVA 2BAJA 3V5WA 2BR1A 3B2TA 3LZBA 3TJDA 3LCTA 2R7BA 1YWNA 2BRNA 3ANRA 4Y5HA 2H6DA 4IADA 3VN9A 1RQQA 3BWFA 4KNBA 4FTMA 4JQEA 3CY2A 3NSZA 4FI1A 5FBOA 5IA2A 2R3LA 4L01A 4FT7A 4XV1A 4AW2A 3JVSA 4MKCA 4EQMA 1S9JA 4F7NA 4Q9SA 5M56A 4R78A 1ND4A 4ID7A 4JOAA 4RJ5A 1AQ1A 2C1BA 4RJ7A 3FYJX 1Q62A 4PX6A 1GZKA 4U6RA 2BPMA 2XIYA 3W8QA 1CKJA 1ZRZA 4MXAA 3R9RA 3IW5A 3UIBA 3F5GA 4BDDA 2OIQA 4H1JA 2AC3A 2R4BA 2XRUA 4FE2A 4Y83A 2UVZA 4FSWA 2X7FA 3PXZA 3TKUA 3FLNC 4O7ZA 4OTDA 5CYIA 4CCBA 3UZRA 3NUNA 4WZYA 3GENA 4GJ2A 3PIYA 2QOQA 1ZLTA 5FEEA 2FGIA 2WTDA 4BCGA 4CLIA 3UODA 2R2PA 1UU8A 4FKRA 4I4FA 4YJVA 4RJ8A 2ZVAA 3BYUA 3BQRA 4JX7A 4DFZE 4WUAA 4RA5A 1WVXA 3LLTA 4X6RA 5L2TA 5HI2A 4O7NA 3DAJA 3POOA 4KSQA 2XYUA 1OECA 2X9FA 4I24A 4KS7A 2VWUA 4FEWA 5LCJA 4TL0A 2WOTA 4PF4A 3EN9A 4UYAA 4F0GA 4ALUA 1R1WA 3PPJA 1XH9A 3VQUA 4CMOA 3FPMA 1OPLA 4XG8A 3ZO1A 2XKDA 4PMMA 1TQIA 3FZPA 1OVEA 5HE3A 2UZOA 4PNIA 4OBOA 1RDQE 3D7ZA 4HVIA 3Q04A 4FZAB 3COMA 5FM2A 4C35A 3RHKA 5HCYA 3PIXA 4ANMA 3S4QA 3NIEA 4HYUA 3BHHA 4M97A 4YNEA 5K4IA 4CG8A 2R3IA 5JKGA 3BX5A 4CQEA 5CVFA 2VU3A 3SC1A 4G3DA 4DYMA 4BCNA 5C4LA 3A7HA 2O5KA 2UZUE 3IW6A 2OIBA 4K77A 1H0WA 2HWOA 4MEDA 4V04A 4XX9A 3WARA 1Q4LA 2X8DA 3ENMA 3DLZA 3JY9A 4O7RA 2WFYA 5CASA 4ZS4A 4FSNA 5FTGA 4PTCA 1BL7A 5F95A 3G5DA 4FKWA 4JXFA 4XNEA 3RGFA 2XNPA 1OB3A 5A4TA 3VF9A 5TOZA 4WA9A 5K5XA 4ZAUA 2PZ5A 1W98A 4GVJA 4FV1A 3R30A 4HGEA 4KKEA 2YZAA 3BIZA 3O8PA 4LI5A 3TZMA 5IEVA 1KE9A 4RVMA 1H08A 1H07A 3TIZA 4U8ZA 4BN1A 5M06A 5D11A 4C3RA 4KABA 4P90A 4EOJA 5HNBA 4CTBA 3G2FA 2J4ZA 2WELA 4OLIA 3ZLYA 2XVDA 3FXXA 3N51A 2GQRA 4IJPA 5KKRC 4H36A 5LMKA 4O91A 1PHKA 2YIYA 3R7IA 1BYGA 3ETAA 3M2WA 2ZMDA 4JVGA 4TWCA 3QD4A 2YM4A 1BL6A 1CTPE 1JPAA 3EQPA 4I92A 4ITHA 4J8NA 4EK6A 2ITOA 4EUTA 2CKEA 1W83A 3W55A 2IVTA 1UA2A 2J0JA 1OL2A 1CSNA 2W5BA 2XZSA 3QZGA 3W0MA 1OL1A 5EM6A 3GU8A 2C0IA 4YZDA 3MY0A 4K1BA 4WBOA 2Y7JA 3ALNA 3B8QA 4E4MA 2QONA 4PMTA 1JWHA 3GCVA 5M07A 3JVRA 4G3FA 1ZZ2A 1NA7A 3UC3A 5CEKA 4W4VA 4AOJA 2VGPA 4LGHA 3QGYA 4O0VA 3TUCA 4I1ZA 4P4CA 4IB5A 2UZLA 4IAFA 2PUPA 4QMYA 5EI6A 4J1RA 3SOAA 4MBJA 1FVVA 3QX2A 4WO5A 3QALE 5AUTA 5C1QB 4FOBA 2C5XA 3QRUA 2QD9A 4ZZOA 3LCDA 4FSYA 2CNUA 3SHEA 2PK9A 3PJ1A 4S31A 4K18A 4ZLYA 1Y8GA 5I9ZA 4TWNA 1YXTA 2G01A 3QTZA 3R9OA 3CTHA 3OY3A 2W1DA 3QQHA 5EM7A 4CT1A 4G17A 2C5VA 4FTTA 2V5QA 4UN0C 3KEXA 1PW2A 3R71A 4IVAA 3ORMA 1KE8A 3BLQA 3EOCA 4NZWB 3DBEA 3RWPA 4A9TA 4F9BA 2BRHA 2BROA 2UW6A 3FY2A 2ITUA 1XH8A 3UJGA 2G2IA 4JBVA 3BGQA 3L9NA 4FTLA 4AZTA 4CXAA 1GNGA 1URWA 4BDAA 1MQ4A 3PJ2A 2J5FA 2IW8A 4D4RA 3BZ3A 2OSCA 1H26A 3A7IA 3BWJA 3SQQA 4AFEA 2YM7A 3GBZA 5C26A 5FM3A 4DT8A 5AX3A 3W1FA 1FGIA 3QRTA 3ZSHA 3WIGA 3V04A 4DLIA 5IH4A 1G8SA 3RAWA 2YJSA 3ORTA 3LJ1A 3ZYAA 1XWSA 1Q3WA 3RZBA 5FP5A 2OG8A 5BMMA 3R7OA 4GJ3A 5HCZA 3TI1A 5A9UA 4EK4A 3L8SA 2QLUA 3AT3A 1LUFA 4GVAA 4BF2A 4RX7A 3E3BX 4M13A 5AJQA 2PVLA 1HCKA 4N57A 3KC3A 3RNIA 1YWVA 2C68A 3PWDA 3I7CA 4HVSA 3FI3A 3KF7A 1GZ8A 4R7HA 3QA8A 3VJOA 4E5BA 4F64A 4FKLA 5JH6A 4BHNA 3OVVA 3PXRA 5LCKA 3Q6UA 3FXWA 4LG4A 3RVGA 2UVYA 4FNYA 4FEUA 3TM0A 5EM8A 4J99A 1IA8A 1LP4A 4XG2A 3ZDIA 4BY9E 1O6YA 3HV5A 3RMFA 1AGWA 4G34A 4PNKA 1L8TA 3EIDA 4HVGA 4XH6A 3NW7A 3ZFMA 3QU0A 3QX4A 4KSPA 3KXZA 5DIAA 3FI2A 4RIXA 3C4FA 1J1BA 3CTJA 5CQUA 4EOLA 4PL3A 2WQBA 2A27A 1UNGA 4JBOA 4DEAA 5JN2A 4DINA 2WXVA 3K2LA 4FV4A 3DS6A 4KWPA 4I3ZA 4Y72A 4AZEA 4F9WA 3UO4A 4YJUA 5FG8A 2UW4A 1E1XA 2YAAA 5FXRA 5HORA 3IOKA 5FXQA 3AMAA 5K3YA 5FEDA 4P7EA 2OJIA 4UWYA 2IZSA 5BUIA 1VJYA 3O17A 3JYAA 5C03A 1VZOA 3HGKA 3TCPA 3V6SA 3ID6C 3O0GA 1B38A 2RFEA 1ZXEA 2XYNA 2G15A 4O82A 1H28A 3W2SA 2UZNA 3C4XA 3ALOA 4PY1A 4OBPA 4PDSA 5D1JA 3NW5A 5ANIA 3UVPA 3G0FA 3GNIB 4WD5A 4GFOA 4H05A 4BR3A 4FG9A 3R1NA 3ROCA 4FT5A 3LFFA 2A4LA 3GP0A 1BI8A 2VTQA 1KV2A 3U6IA 2RKUA 3V6RA 1SYKA 3VAPA 3QUDA 4EZ5A 2QI8A 4HVDA 3OT3A 3WF6A 2BTRA 4USDA 4O0UA 3LLAA 4IFCA 3U6JA 4O81A 2R3JA 3ROYA 3FXZA 2OKRA 4ZJIA 2Q0NA 4YZMA 2HZ0A 3MESA 5CQWA 4ZK5A 4BDKA 3FHIA 5IA0A 3PLSA 4EK8A 5JEBA 2JFMA 4GKIA 2B9IA 2WTCA 4IW0A 3BBWA 1OMWA 1K3AA 2XIZA 4XRJA 4AS0A 2X2KA 3MV5A 3DGKA 3L8PA 2JKOA 4CRLA 2FSMX 2XK7A 4C4JA 3KVWA 3LM0A 4UX9A 3I6WA 5GJFA 3F2NA 2HCKA 2WTWA 5GIPE 3W0OA 4FKVA 1Q8TA 5D12A 4PP9A 2WGJA 4NFNA 5DPVA 5HIBA 4ENXA 3LMGA 3Q52A 3NAYA 3ORXA 1SNUA 3VUHA 4CGAA 4DG0E 2FUMA 3LFEA 2R3MA 3TUDA 1LR4A 4C3FA 2YIRA 4FKSA 1J7UA 2OLCA 3E88A 3IDBA 3R22A 4I6HA 4OTWA 5BMSA 3DZOA 3EQBA 5I9VA 4U98A 5ANOA 2FB8A 3DNEA 2RG5A 4FTQA 2GDOA 4QP8A 4RWLA 4RVTA 2PVMA 1G3NA 3FI4A 3MWUA 2LGCA 4O2ZA 4ZXTA 4APPA 3ORIA 3DBDA 2V0DA 4JBPA 5IG1A 2PVYA 4QP1A 3OEZA 1Q99A 4HOKA 4N6ZA 4XUFA 3S0OA 1T45A 2JDRA 4Y95A 1J7LA 2QO7A 1H24A 4GYGA 4EH4A 4KB8A 2HZIA 5KNJA 5CSPA 2VO3A 3TNHA 4R77A 3NUUA 3FBVA 3HP2A 3NUXA 2W1EA 3OWLA 5EG3A 3NLBA 3U87A 4C37A 2OZOA 3PVBA 3H9OA 4IZAA 3NYNA 3LXPA 2PTKA 3LE6A 3OOMA 4WNKA 1GOLA 3MVLA 1G5SA 5HG8A 3R7VA 5IH5A 2JIUA 2IPXA 4KIOA 3R9DA 5A46A 3PA4A 3NAXA 3MN3A 4E1ZA 2GFCA 5CWZA 3VUIA 2JBPA 5CXHA 4GIHA 3MI9A 3FL4A 1Q61A 2B7AA 5EDRA 4DHFA 5EKNA 2C6KA 4NIFB 3Q4CA 3R28A 4O6LA 4XG7A 2YERA 4BCFA 1IR3A 1REKA 2WEIA 3F2AA 4QTBA 3KXNA 4K0YA 3WF8A 2I6LA 4ZLZA 4HYSA 2ERKA 4NT4A 2P3GX 5JFSA 3MJ1A 4M67A 5M4IA 4OTIA 3MB7A 4UZHA 1JSVA 4QTDA 3KN6A 3F82A 3ZO4A 2XK4A 4ACDA 4RQKA 4BYJA 4JBQA 4J97A 3F7WA 3OTVA 3RM6A 3BU6A 3SAYA 5KCVA 1O6KA 3O50A 5IQDA 3L8VA 3KN5A 5H8EA 4B8MA 5CVHA 4F1MA 3P86A 3FQSA 2YITA 2FO0A 4M14A 4MYGA 5LQFA 3NVKI 2CKQA 3LCOA 4GG5A 4IANA 3TKIA 4OTRA 3KU2A 4ARKA 2XEZA 1WFCA 4Y46A 1APME 3CQUA 1ZWSA 3FC2A 3P7CA 3KXMA 3PVWA 4EH9A 5AV4A 4CG9A 2YISA 5KMJA 2IO6A 2W9ZB 2X7GA 4FKQA 4UV0A 4WOVA 5T68A 3EQGA 3OUKA 3HA8A 4LFIA 5FEQA 4C4HA 5J9ZA 2VTTA 4U40A 3SDJA 5EOBA 3BRBA 3VW6A 3KXGA 4AA4A 3ZBXA 1PXJA 2W0JA 3PY0A 3W16A 3QUEA 3R04A 3BHYA 2WTIA 3DV3A 3QTIA 5AP6A 5BYZA 1OPJA 1YOMA 4ASEA 5BVWA 3I1AA 2CSNA 2F7XE 3Q9XA 4X2JA 2R0IA 3BGZA 3NWWA 5A6OA 2XUUA 3DJ7A 4RZWA 3QCSA 5JRSA 4ALWA 4D1SA 3DTWA 3OXZA 4FV5A 3ZONA 4ZTRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4AN2 A;  1OUK A;  3RCJ A;  2ZV8 A;  4I0S A;  3C5I A;  3NYX A;  1XJD A;  1HOW A;  3Q9W A;  3FZR A;  4H1M A;  4I23 A;  3SV0 A;  3SXS A;  3OW4 A;  3BU5 A;  4MXY A;  2PMN X;  4AE9 A;  4E7W A;  3P0M A;  4JDH A;  4FST A;  3P79 A;  3PA5 A;  4C2V A;  3IG7 A;  2IVV A;  5CXZ A;  4R3R A;  4LRM A;  3MH2 A;  3L9M A;  1KOA A;  4O6E A;  5FGK A;  4C61 A;  4BCH A;  3VS7 A;  2BFX A;  2FST X;  2VTJ A;  1OIR A;  3W18 A;  3ZUU A;  5I9U A;  4CNH A;  4S30 A;  5HES A;  4ZTS A;  3RK9 A;  3V8S A;  2YAK A;  4L68 A;  4A7C A;  5JFX A;  3KMW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XH5 A;  2OWB A;  4BHZ A;  4HNI A;  3TMO A;  3O51 A;  3LQ5 A;  1Z9X A;  2XCH A;  3HV4 A;  4XLI A;  1U59 A;  2NPQ A;  2XB7 A;  3DBF A;  5DG5 A;  4ZTQ A;  3W2P A;  4KD1 A;  4GUE A;  4B99 A;  2V62 A;  4BTM A;  4DFB A;  4IX4 A;  4M0Y A;  3ULI A;  3LFD A;  4BDE A;  3D14 A;  2F4J A;  2W1C A;  3QQG A;  2BIY A;  4M68 A;  2WQE A;  2GHL A;  4NM0 A;  2JIV A;  4ARK A;  1XH7 A;  4NUS A;  4QMQ A;  5AV1 A;  4YGA A;  4YPD A;  3W0N A;  2YA9 A;  3BYV A;  4WNO A;  4L3L A;  5CAQ A;  3LKM A;  2YN8 A;  3A7J A;  2VTL A;  3CBL A;  3OWP A;  3PXK A;  3R9N A;  4DGO A;  5CEN A;  4AN2 A;  1OUK A;  3RCJ A;  2ZV8 A;  4I0S A;  3C5I A;  3NYX A;  1XJD A;  1HOW A;  3Q9W A;  3FZR A;  4H1M A;  4I23 A;  3SV0 A;  3SXS A;  3OW4 A;  3BU5 A;  4MXY A;  2PMN X;  4AE9 A;  4E7W A;  3P0M A;  4JDH A;  4FST A;  3P79 A;  3PA5 A;  4C2V A;  3IG7 A;  2IVV A;  5CXZ A;  4R3R A;  4LRM A;  3MH2 A;  3L9M A;  1KOA A;  4O6E A;  5FGK A;  4C61 A;  4BCH A;  3VS7 A;  2BFX A;  2FST X;  2VTJ A;  1OIR A;  3W18 A;  3ZUU A;  5I9U A;  4CNH A;  4S30 A;  5HES A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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