The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
98
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structure length |
98
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Chain Sequence |
EKKEKKKIAIERIDTLFTLAERVARYSPDLAKRYVELALEIQKKAKVKIPRKWKRRYCKRCHTFLIPGVNARVRLRTKRMPHVVITCLECGYIMRYPY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of an archaeal homolog of the human protein complex Rpp21-Rpp29 that is a key core component for the assembly of active ribonuclease P.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Pyrococcus horikoshii
|
| molecule keywords |
Ribonuclease P protein component 1
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| total genus |
28
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| structure length |
98
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| sequence length |
98
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature |
ec
3.1.26.5: Ribonuclease P. |
| pdb deposition date | 2007-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF04032 | Rpr2 | RNAse P Rpr2/Rpp21/SNM1 subunit domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Immunoglobulin FC, subunit C | ||
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3S1K A; 1NVO A; 2JWD A; 4WWI A; 1X0T A; 2KIK A; 2B88 A; 4NPF X; 4ZMD A; 4NPE A; 2M5A B; 1S3J A; 4BXL A; 2LXB A; 4KJM A; 5EFW B; 1H0T B; 1EDK A; 1MFT A; 1LT1 A; 2LR2 A; 4GOF A; 2Q1K A; 2KUB A; 2K3R A; 1JM0 A; 2QRX A; 1ZW0 A; 2RKL A; 4GOE A; 2KI7 B; 2KZJ A; 3FXD A; 3QWO C; 2KS1 B; 4HJG H; 1EC5 A; 2KZI A; 4CPG A; 4MN4 C; 4ZNC A; 1Q2N A; 2I8D A; 1OVU A; 3MZW B; 5DJU B; 3FXE A; 3PH0 A; 4HB1 A; 2LXC B; 3RGU A; 4HKZ H; 4NPD A; 1LP1 A; 1BDD A; 1OVR A; 1U7M A; 2SPZ A; 2OTK E; 3MHV A; 1U7J A; 5CBN A; 1FC2 C; 1JMB A; 2R44 A; 1EDJ A; 5DJT B; 1ZXG A; 4K35 A; 5C39 A; 2B87 A; 2ZAE B; 2M0B A; 1Y47 A; 4EYY Q; 4GOD A; 1EDI A; 2WMM A; 1SS1 A; 1LP1 B; 2QVA A; 1OVV A; 4IOI H; 2M5A A; 2HR3 A; 1DEE G; 4K3A A; 1EDL A; 2P58 A; 1BDC A; 5CBO A; 5K5G B; 4ASW A; 3ZDM A; 4ASV A; 2UWJ E; 1H0T A; 2B87 B; 4JBZ A; 2B89 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3C8V A; 1VQ5 1; 1NGM B; 5TIS E; 1I3Q I; 2ZT9 D; 4PV1 C; 3HKZ A; 2RPR A; 4IL6 E; 2O1J A; 3U1C A; 3I55 Z; 4KJM A; 3S1R I; 3F5H A; 1NJI 2; 2E74 C; 1JNM A; 5A2Q f; 4MRI A; 4NBG A; 4IL6 X; 2FKW B; 1RF0 A; 1L1O C; 3I55 1; 3CX5 E; 1ZR2 A; 2J6A A; 5AW7 B; 1LT9 A; 2QRX A; 5GTI H; 3HOW I; 1PGP A; 1SQB E; 2ZT9 B; 1A02 J; 1YJ9 1; 1NU1 E; 4HJG H; 2E2H I; 3TGU G; 3H1H J; 2P67 A; 3D6Z A; 4MN4 C; 1Q2N A; 2ZVO B; 5KJ7 A; 1Y1W I; 3A0B E; 3PH0 A; 1UIX A; 1QL1 A; 3J81 f; 3CC4 1; 1LTB C; 1NTM G; 4DT0 A; 1SQQ G; 1KIL D; 1URQ C; 4RV9 A; 3CC2 P; 2R5D A; 4XFJ A; 2IFN A; 1SQX K; 4A3K I; 5KLV G; 2YMY A; 3D71 A; 4BRY A; 1VQP 1; 3CCS Z; 3G6E P; 2JIQ A; 1PIX A; 3I4N I; 1PP9 E; 2FYN B; 1Y47 A; 3VTP C; 1RY3 A; 3C9I A; 2WIT A; 1YHQ P; 1FOS F; 4U7J A; 1ZB9 A; 3CL3 D; 1KIL B; 1K9M 2; 3B5N A; 4A3L I; 1SQB J; 1RF1 C; 1HUC A; 1NU1 J; 3A2A A; 2VPZ A; 4HH4 A; 3MD0 A; 2IPP A; 3GTK I; 3EFF K; 2BCC E; 4XX2 A; 3GHG C; 1KYO D; 2WPV B; 2K9Y A; 1NAF A; 2N1T D; 2FY8 A; 3QH9 A; 3F3F C; 4NBD A; 2HLO A; 1YJN Z; 3S1N I; 1CW5 A; 2Z4E A; 4BXL A; 1VQ4 P; 2OYH A; 3MUD C; 3RL0 C; 5B66 H; 3M91 A; 1VQ8 P; 1BE3 D; 3HOY I; 2IZ3 A; 3S4R A; 3H32 B; 3GTG I; 3HRN A; 4GOF A; 1Q81 1; 2OAR A; 4JYB A; 4NBC A; 3P5J B; 2AXC A; 1L2P A; 3AE8 C; 2E7Z A; 2C9L Y; 4DOJ A; 1YUK A; 1QGK B; 2WSE H; 3TYY A; 2IBZ I; 3CME P; 2IX7 C; 2N1T B; 3L70 E; 5AVZ B; 2E9H A; 3NH5 A; 1YUA A; 1EC5 A; 3W68 A; 3KIH A; 3NXS A; 2MKV A; 4NBA A; 1OMI A; 1MUU A; 2YMK A; 3EFG A; 2CK3 H; 4H0L C; 3L73 E; 2GTI A; 5GTH E; 1QVG O; 1FDM A; 1VQ7 P; 3UIA A; 2BCC J; 3FWN A; 4I1L A; 1FZE A; 5AW2 B; 2VRS A; 5KKZ C; 3AE3 C; 2WZ7 A; 3NFZ A; 1X3Z A; 3CCJ Z; 4PD4 H; 3H1J G; 5APU A; 2E75 C; 3M9Q A; 2NVX I; 1X3W A; 2AKL A; 1K8A 1; 2OOY B; 2J5U A; 4IOI H; 5TJH A; 2HR3 A; 1OW7 A; 3L37 A; 2DE5 A; 2NRG A; 1JB0 J; 1EQ7 A; 2BAS A; 1L4A D; 1NTZ D; 2QJY B; 2IZ1 A; 2BEZ F; 1TWF I; 4WWI A; 1LTJ B; 1M90 1; 5TIS H; 2HOD B; 3JCU E; 3I5C A; 5AVR B; 3G71 Z; 3F3P C; 5C3E I; 2M5A B; 1GTW A; 3D6W A; 5CJ4 A; 2HF1 A; 4A3C I; 4DQY B; 4KHX A; 1AQ5 A; 4I7Z B; 3L73 J; 1KTM A; 4H13 D; 3S14 I; 1L4A B; 1MFT A; 4DCK A; 1JWH C; 5IP7 I; 2JA8 I; 1BGY E; 2V7Q J; 3CX5 H; 4OGQ D; 2YO3 A; 3CXC Z; 1ZN5 A; 2IFM A; 1IFI A; 1K73 2; 3WU2 E; 2LEX A; 1RE4 A; 1ZP0 C; 2QEX 1; 1OFC X; 1N7S C; 5M1B A; 1YI2 Z; 4BY1 I; 1VQ6 1; 2JEE A; 3NTN A; 2I8D A; 1OVU A; 2XDJ A; 3VP9 A; 4H13 B; 4A3J I; 3BVH A; 5CHX A; 1QVG Y; 2W04 A; 3GW6 A; 3GMA A; 1TWC I; 4PV1 D; 3C1L A; 1TWH I; 1YI2 1; 3Q2Y A; 4OGQ B; 1KC8 1; 3GTM I; 1I50 I; 3L74 E; 1E5W A; 4NBE A; 2IZ0 A; 2E74 D; 2O01 N; 2QSI A; 2ZXE B; 3CCV 1; 3GF3 A; 2OOX B; 3W67 A; 4S1T A; 3GG2 A; 2OGU A; 4PV1 B; 3FWL A; 1AVY A; 2W6B A; 5BU8 B; 3Q3D A; 2FFD A; 3HD7 C; 3HOX I; 2OYI A; 1R5L A; 3P8C D; 1N73 A; 2JUB A; 2E74 B; 3TF5 A; 2PAJ A; 4BBS I; 2KNC A; 1A02 F; 1N86 A; 2J58 A; 3H1I E; 1BE3 G; 1JOC A; 4NPF X; 1URQ D; 4GIF A; 3CX5 I; 4N3Y B; 4A3G I; 3SWK A; 1S4X A; 3AEG C; 5AVQ B; 2R32 A; 5APQ A; 5E79 E; 1VQN 1; 2G8Y A; 1FJP A; 3M4O I; 2KI7 B; 1K8A Q; 1EXI A; 3BCC D; 3CCE 1; 1URQ B; 1WRG A; 3A5T A; 1IFM A; 3RK2 D; 1ML8 A; 4CL1 A; 1VQO P; 2NVY I; 2M8R A; 1PPJ E; 1L0N D; 2IBZ D; 3CCL Z; 1M90 Q; 4RS4 A; 1RO2 A; 3P7K A; 2ZVN B; 1FBM A; 1BDD A; 1XTG B; 2VPY A; 1VQL P; 3CCL 1; 3RL0 D; 3L4F A; 1NJI 1; 2AEF A; 4N78 D; 2WQY C; 1FAV A; 3MHV A; 1RF1 B; 1ZXG A; 1H88 A; 5CMZ A; 2R5B A; 2H8P D; 3OW2 Z; 2Q9I A; 3T97 B; 2DW3 A; 3I56 P; 2FYZ A; 3I4M I; 3GHG B; 1ZLL A; 1NTZ G; 1P84 H; 1U57 A; 1SQX E; 3GTJ I; 2GUV A; 2BJO A; 1SVF A; 4D6T E; 2P3Y A; 4UB8 E; 1NTK K; 2QLV B; 3ITK A; 3T4N B; 3RL0 B; 1LGH B; 2R92 I; 2K88 A; 2AXT H; 1Y1V S; 4NFR A; 4H0L D; 1CI6 B; 3GCF A; 2VUG A; 1KC8 Q; 3HUS C; 3JCU H; 1TWA I; 2NPS C; 1W2E A; 1L0L E; 1G2C B; 1DH3 A; 4R4L A; 3G4S 1; 3CCR P; 4LLH A; 3CD6 P; 2JKV A; 3II6 A; 1M8O B; 3KQG A; 1KD1 2; 5L8R J; 2Q1K A; 1T6A A; 2E75 D; 2K3R A; 1HJ0 A; 2WSC H; 2QRD B; 4H0L B; 1PGO A; 4E31 A; 2XU6 A; 1SQV D; 1JY3 N; 2WWW A; 5H2F H; 1DEB A; 1AVO A; 1K9M 1; 2QIW A; 5B66 E; 2FYU K; 4NBF A; 3CCQ 1; 4HGY A; 1N2D C; 1SQX J; 2Z5H A; 1JY2 N; 1GL2 C; 5KKZ B; 4D6T J; 3E7K A; 1M1K 2; 5KAI H; 5AW6 B; 3D9X A; 1LTJ C; 1DL6 A; 2E75 B; 3L72 E; 4AQR D; 3CMA P; 3L75 E; 1YIJ P; 2N9Y B; 4JQ0 D; 3PLN A; 3HTK B; 5BVZ A; 3AE5 C; 2JIM A; 3GKQ A; 1JCC A; 2QE7 H; 1KIL A; 1IFP A; 2V3V A; 2P2U A; 3L35 A; 2OTL Z; 2ITA A; 1P84 I; 2OQQ A; 4ZKU A; 1NWQ A; 2OTJ Z; 2C0X A; 4YTP C; 4E2W A; 3U50 C; 1FZF A; 3H1H D; 4KT0 J; 2WPS A; 4DJG A; 3OAK A; 2RT9 A; 1N7S D; 3CC7 P; 4JPZ B; 3ZDM A; 3IFM A; 4IFD K; 3H32 A; 1D7M A; 4RES B; 2IYP A; 4PD4 E; 5T6B A; 1Q7Y 2; 1SQP K; 2ZYD A; 1RQF A; 2OZK A; 2KP8 A; 3QWU A; 1HBW A; 1VQK P; 4IFF A; 3H1L E; 3VMG A; 1AA6 A; 2N1T A; 1VQM Z; 1NJI Q; 2I1J A; 1KQS O; 3IR9 A; 3EER A; 3V2P A; 3J80 b; 1VQ5 Z; 1N7S B; 3L75 J; 1M1J C; 1H0T B; 1CZQ A; 3BCC G; 3OA7 A; 2KUB A; 1VQM 1; 5AVW B; 2LFU A; 2RH0 A; 3G6E Z; 1JM0 A; 2VUM I; 1YIT P; 3A3Y B; 3CC2 1; 1VL2 A; 3HD7 D; 2QJK C; 5E79 H; 2HPC B; 4X6A I; 3CX5 D; 3EWK A; 1YJW P; 5IT9 b; 5D1P A; 1SQB D; 1L0N G; 4C46 A; 3G6E 1; 3PO2 I; 2G2K A; 2XZR A; 1NU1 D; 4IFM A; 2IBZ G; 1BCC E; 3CCU P; 3CLQ A; 4L73 A; 1YJ9 Z; 1YHQ 1; 1FU1 A; 2Y0S A; 3RGU A; 3HD7 B; 4A3D I; 5C4X I; 2L91 A; 2FXM A; 2YIU C; 2JNY A; 2OTK E; 4GDO A; 5CBN A; 3CWB E; 2B9B A; 2PGD A; 3H1L J; 3LIE A; 1QVF Y; 1W2B O; 2QA4 P; 3CC4 Z; 2KXP B; 1NHL A; 5C39 A; 3B71 A; 3M0D C; 1JJ2 Z; 3VMX A; 1VQ9 P; 3B8E B; 1VQ4 1; 2A45 H; 1QXF A; 1K73 1; 1PP9 D; 2QVA A; 3NH8 A; 2RMZ A; 1VQ8 1; 3LW5 H; 2WSF J; 1VQP Z; 1NUI A; 2M5A A; 1K9M Q; 3WUU A; 5AVX B; 3CXC Y; 4UB8 H; 2F4M A; 1L4A A; 2JR6 A; 3CME 1; 1NVO A; 1J1D C; 2V8I A; 1BCC J; 2JWD A; 1CSB A; 1KQS Y; 2EGT A; 2O01 H; 4HH2 A; 4RKU J; 4WVZ A; 4I6M C; 1USP B; 2K37 A; 2JIR A; 2BCC D; 3MIW A; 2HFE D; 3M9H A; 3WUT A; 3CPW Z; 1WMK A; 1RNI A; 4U3F E; 1QL2 A; 3CXH E; 3RK2 C; 1L0L K; 3WMM 0; 1SQV G; 1VQ7 1; 5AW0 B; 2DE6 A; 2Q3I A; 3AE2 C; 1MFZ A; 3CWB J; 4E30 A; 2R3C A; 1H89 A; 2JS4 A; 2W27 A; 4O9B A; 3A0H E; 1NKZ B; 3L70 D; 1NTM K; 3OW2 O; 1SP4 A; 1SQQ K; 2N9B A; 2QJP C; 4A3F I; 4W80 A; 1LTA C; 5KLV K; 2LXC B; 2NPS D; 4RO0 A; 2KOG A; 2SPZ A; 3L73 D; 1PP9 J; 1W2B Y; 2QRE B; 1KQL A; 2A45 I; 5B5E E; 3Q5S A; 2H88 C; 3H1H G; 1OZH A; 2WSS H; 4I2L C; 3KXD A; 2JA7 I; 4MON A; 1Z01 A; 4RVD A; 3KZI E; 4U3F J; 3HUS B; 1OVV A; 2NPS B; 2QG4 A; 1W5C E; 5KAF H; 2E43 A; 2RN0 A; 3CCS P; 3TDH B; 3V4W A; 1GL2 D; 2LKM A; 2O1K A; 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