4DFBA

Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase aph(2")-id/aph(2")-iva in complex with kanamycin
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
299
structure length
297
Chain Sequence
MRTYTFDQVEKAIEQLYPDFTINTIEISGEGNDCIAYEINRDFIFKFPKHSRGSTNLFNEVNILKRIHNKLPLPIPEVVFTGMPSETYQMSFAGFTKIKGVPLTPLLLNNLPKQSQNQAAKDLARFLSELHSINISGFKSNLVLDFREKINEDNKKIKKLLSRELKGPQMKKVDDFYRDILENEIYFKYYPCLIHNDFSSDHILFDTEKNTICGIIDFGDAAISDPDNDFISLMEEEYGMEFVSKILNHYKHKDIPTVLEKYRMKEKYWSFEKIIYGKEYGYMDWYEEGLNEIRSIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A small molecule discrimination map of the antibiotic resistance kinome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords APH(2")-Id
molecule tags Transferase/antibiotic
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 98
structure length 297
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4dfbA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 4dfbA02
3UZRA 2B9HA 3DZOA 4OTHA 4E4LA 4R3PA 3CEKA 3CIKA 3FMHA 3F61A 2XMYA 5K4JA 1WFCA 4FTNA 4YP8A 4RC3A 5L2WA 3LXNA 1GIJA 3RALA 4GU6A 5EDRA 5FRIA 3TTJA 4YBJA 1SVEA 2CKOA 2ZV9A 1MRUA 2CMWA 2XYNA 3FZPA 3QA8A 4L46A 4V05A 4YNEA 3QF9A 4A9UA 4DA5A 5EI8A 2Q0BA 3PSBA 4HGTA 1PRYA 5AUWA 4BGGA 4EHGA 2PVYA 4FTKA 3KRWA 3O8PA 2CNVA 5HU3A 3WOWA 3TIZA 2QLUA 3PIZA 4E6AA 4LQMA 5M4UA 4P7EA 2VUWA 2UW5A 3E8EA 3LIJA 4FKGA 4IM0A 5AP3A 2YIXA 2RFSA 3F7WA 3QLFA 4M15A 5CX9A 3HRFA 4IWPA 4I24A 2GNIA 4OT5A 5H9BA 2W1IA 3AC2A 4LI5A 2V55A 3EQDA 1OB3A 4C3PA 4EYJA 2B1PA 4CMUA 1GOLA 5KUPA 2G2FA 3NMUF 4XV2A 4ZMFA 4QMWA 5D11A 4EOJA 3QA0A 5F94A 3I4BA 3QZFA 4ZTMA 1OBGA 3OCSA 4J53A 4KUJA 4TRLA 2RFEA 3TZ9A 2JKOA 4QMNA 4AW5A 3NVKI 3VS6A 2HZIA 4GIHA 4L7SA 5E8VA 4L52A 4AOIA 4BCJA 2WOUA 4GIIA 4N6YA 5HNBA 2A27A 5CY3A 2W1ZA 3UODA 2BKKA 3PP1A 4GUEA 5IA2A 1H0VA 1HCLA 1PMUA 2X9FA 3BHUA 3PY0A 4OUCA 5DPVA 4ZSLA 5LVLA 4DEBA 5HO8A 3GQIA 4OBPA 3QC9A 4WNKA 2VWBA 3VO3A 5E4HA 1CMKE 4WBBB 1YWNA 4D0XA 4EH2A 3R2BA 3FY2A 3ALOA 4FSYA 2XK4A 3SD0A 4ALWA 2O65A 3RPOA 2W06A 2UVXA 3C4XA 2UW6A 4ZP5A 2VWIA 2WU6A 5E91A 3SG9A 2VRXA 3I81A 3G33A 4OTWA 4EHEA 1ZARA 2F2UA 1Y8GA 5AV1A 4GV1A 5M56A 5L8LA 3W0MA 3FL5A 2JBPA 3KQ7A 3A7HA 3N4TA 5A6OA 2Z02A 2I1MA 4DLIA 1J7LA 3VS7A 5C8NA 4D2RA 3WF9A 3O2MA 2W1HA 4YC6A 4NT4A 3V01A 4QMPA 3KEXA 3CPBA 4E93A 4I4FA 4IVDA 1K2PA 1NY3A 2C68A 2OJIA 4W8EA 3DXPA 5AM7A 5IEXA 1XH7A 5BUJA 4PDYA 5AV3A 3TNPC 2ETRA 3RM6A 4EOKA 2CNUA 1KE8A 4PWNA 5I9UA 5L2TA 4G1WA 2R5TA 3PIYA 3VJOA 5D1JA 2O8YA 3QKLA 4BYIA 2WMXA 4FV6A 2J51A 3MVLA 3FQHA 4FG9A 4YJVA 3BYSA 5A4EA 4RJ6A 3RGFA 5D12A 3P23A 4F9CA 4XHKB 2VX3A 4P2KA 2O5KA 5DI1A 2BMCA 3DAJA 5C8KA 2VWWA 3CTHA 4M14A 4GVAA 1QPDA 2C5OA 4FX3A 2C0TA 3CTQA 4HNIA 5BYYA 5DH3A 3BHTA 3OD6X 2ITYA 2QHNA 3DTCA 5CS6A 2PVJA 2BVAA 4FV7A 2XK8A 3MB6A 4BCHA 4BTMA 3RHKA 3DBDA 1H0WA 2WELA 4OGRA 1V0OA 3H3CA 5IA5A 3E7VA 2PVRA 2YAAA 3F2AA 3HAVA 3BCEA 4GUBA 4I93A 3W2RA 2CPKE 2X2MA 2R3MA 5AV2A 2VZ6A 3ORZA 3KRJA 2RIOA 3II5A 1MRVA 3LLAA 5HX8A 4Z7GA 3G15A 3TEIA 3PG1A 3IW6A 4Z3VA 2OJGA 3F3UA 4AFJA 3AD4A 5JQ8A 3FXXA 2QG7A 3E63A 4FBXA 1UWJA 3OP5A 1ATPE 3IK3A 4WRGA 2HXLA 4I0SA 5LCKA 2ZOQA 3TL8A 1YHSA 3ORMA 3W2OA 4FT9A 2YCFA 4PF4A 3R63A 4ENXA 1UVRA 1ZYCA 2OXDA 3V8SA 4IQ6A 1W83A 1IA8A 4RIXB 3NNUA 3W0SA 1OL7A 3DB6A 4B9DA 3AXWA 3BU6A 3OUKA 2AYPA 2XNGA 5B2KA 4HJOA 2J4ZA 1JKKA 3SDJA 4BDFA 4CLIA 2I0YA 4ZSAA 2XIKA 3BX5A 4AE9A 4LG4A 1STCE 4WD5A 3UQGA 3UOKA 4I41A 4EH6A 2GMXA 2W9ZB 4RMZA 4D1ZA 3BHVA 4XRLA 3UOLA 4LUEA 1Y91A 3HA8A 3ZSIA 4ALVA 4LOOA 4FSNA 1WBWA 4KBKA 4M7IA 3P7CA 4ZTQA 2WTJA 3WYXA 1LUFA 3O17A 2OFVA 4YJSA 2CKPA 3UDBA 4EBWA 3Q53A 3NYVA 4JJRA 4AA4A 4AN9A 3ULZA 2UZTA 3CD8A 3PJ1A 4F0IA 3KRRA 2BPMA 1DAWA 3NEWA 3FBVA 4M0ZA 4B6LA 2ITQA 3A8XA 3CKWA 1O6KA 4GG5A 5T68A 2YWVA 2C5YA 4FL1A 3F5XA 5HIEA 2ZMDA 4RQKA 4UB7A 3WE4A 5A54A 2DYLA 3M11A 3U87A 3BV3A 1Q8WA 4FTQA 4YZ9A 4ZS0A 3V5PA 4B99A 2VNYA 3EB0A 2BTRA 4RFYA 4HCVA 4ITIA 4F70A 4GCJA 1GY3A 5LQFA 5DNRA 3SG8A 4Q5EA 3R7EA 2DWBA 4QP8A 4FKPA 4CTBA 4I6HA 5CAOA 2H6DA 3LXKA 4DH3A 3P79A 5EM8A 3PVBA 4O2ZA 5LMAA 1Q8UA 3BYVA 5BYLA 2W5BA 3CQUA 3V04A 3A4PA 3F7ZA 4ZTHA 4QMVA 4YTIA 4ALUA 3ZLSA 3KB7A 3V51A 3U6JA 4EYMA 4CKIA 3IG7A 4AACA 2GS6A 4GL9A 4MCVA 4O7ZA 5LWMA 3Q2MA 4YUQA 3DBQA 4EEVA 3MS9A 4W4YA 3EHAA 4FICA 4YJOA 5HVKA 2WMTA 4H3PA 4TWOA 2WQNA 2HWOA 4GMYA 4ZY6A 3KREA 3RPRA 4EJ7A 5G1XA 2BZJA 3RINA 5E90A 4B0GA 5BVOA 3OFMA 1KE7A 4FSRA 3TJCA 3LFFA 2UZDA 3LFBA 4EHZA 3ZEWA 4BDKA 3D5XA 4HGEA 3PXFA 4O0UA 2PE1A 2X9EA 3GU7A 4HCTA 4RJ5A 5JH6A 1YI6A 4EJNA 5M44A 2C1BA 3BLHA 3ZSHA 4RIWB 2OFUA 4GK2A 2PU8A 4CMOA 3AMBA 4U8ZA 2JAVA 1LEWA 3ZXZA 2JIVA 2ZV2A 1Q8ZA 3VBTA 5JGAA 4ARKA 3S3IA 3TM0A 2ITZA 2EWAA 3PE1A 2UW7A 4WO5A 3QRTA 3O7LB 4W8DA 4Q9ZA 1B6CB 2RG6A 4G31A 1MP8A 3N9XA 3O8UA 2BZKB 4RVTA 4UY9A 5ANJA 3WF5A 1NA7A 1Z5MA 4TW9A 4D2SA 5KHXA 2WTIA 3EZVA 3H0YA 1Y6BA 2C4GA 3NUSA 3ODZX 4FGRA 5AP0A 4MBLA 4LL5A 3UG1A 4FGBA 4U9AA 2CLQA 3W10A 3F5PA 2UW8A 3ODYX 1OUYA 4QRCA 4QT1A 4YBKA 2YWPA 2BILB 4FG8A 2UVYA 1UA2A 3TNQB 4AGUA 3LKMA 3VUHA 2YFXA 2EB3A 2BZHB 4HZSA 3QX2A 3V5LA 2HIWA 2C30A 5BQ0A 3UZTA 4E5AX 5GJDA 4O7LA 2QHMA 4BCGA 2OXYA 3GVUA 2A4LA 4C2WA 2JITA 3DKFA 1PXMA 1XH4A 3O23A 3E8NA 4DEAA 5E8TA 4FZFB 1ZMUA 4DTKA 1XR1A 4APPA 3RPSA 4G3DA 2YM7A 3L8SA 3LFQA 5M55A 2F49A 2PZ5A 5DG5A 3U6HA 5FUTA 4U6RA 3SRVB 4ANLA 4TY1A 3CS9A 4NM7A 4FEXA 4JNWA 3N4UA 4S2ZA 3EIDA 3KULB 1XBBA 4K0YA 4OBOA 3QZHA 4KA3A 1YXTA 4O7NA 2WO6A 4EOQA 4QQJA 1BI7A 2VTHA 3JS2A 4GKHA 4QP1A 1O6LA 4FV2A 2BAKA 4RVMA 3BYMA 5H8BA 3CBLA 5AUZA 4EL9A 4ACCA 4O81A 3W2CA 5LMBA 2CGUA 4J95A 2QO2A 1BL6A 4M68A 5CEPA 5BVKA 3FKLA 3FYKX 4RRVA 3KXMA 3A60A 5FXRA 4HGLA 2V62A 3LQ3A 3SX9A 4FKTA 4BI1A 3OMVA 3QRIA 3QWJA 4I20A 4XJ0A 3B2WA 4U7ZA 3SA0A 4GU9A 4BCQA 3QBNA 3R02A 3U4UA 2Y6OA 4RJ3A 4MQ1A 4JG7A 3VS1A 4QMXA 4AFEA 3QC4A 1CKJA 4H1JA 4AW2A 5BPYA 2VTPA 3LMGA 3OWKA 2R7IA 3EYGA 4EZ3A 5HE2A 2VTOA 3SC1A 3PWDA 4X6RA 5ETIA 1YXVA 2HCKA 2FSLX 5FP6A 4H3BA 2WMSA 4RZWA 1YXUA 2WMAA 3DU8A 2BALA 1PF8A 2OH0E 3FDNA 2PL0A 3DQWA 3GGFA 4OW8A 4XBUA 4CFVA 1W0XC 1ZAOA 3H30A 3D7ZA 3F88A 3LQ5A 4ZSJA 4IM3A 4C37A 1ZOHA 2W5HA 2XNEA 2YAKA 1KOAA 4QP3A 4CT2A 2QG5A 4MXXA 4OT6A 3NS9A 3I79A 3LM0A 4YTFA 2XNBA 3TUDA 5AP4A 2BKZA 4WBOA 2PHKA 2GS2A 3MN3A 4YO4A 2R3IA 2YIRA 2GTNA 5JFXA 4E6DA 3PDTA 3LM5A 4EH8A 4R3RA 4G9CA 3TZ7A 4EUUA 5AADA 2XJ0A 5B2MA 4USFA 3AC1A 5A9UA 3PSDA 4JDKA 5HD4A 3BLRA 3LQ8A 5FDPA 3EN7A 4CV9A 4O0VA 2VWXA 4H36A 1VYWA 4GT4A 3RPVA 4DEHA 3V8TA 4K9YA 4CKRA 3PVUA 2H9VA 4CV8A 3QCXA 3UQFA 4UXQA 4AZWA 4UWBA 4HYUA 3DKGA 5HLPA 4XV9A 3HV3A 2R3FA 3QGWA 5F1ZA 3VBXA 1L8TA 2V22A 2HAKA 1VYZA 2VTLA 2ZAZA 3W55A 3IGOA 3ULIA 2IJMA 3L1SA 2X7FA 2HY0A 4QYGA 4X2GA 4HVIA 5CLPA 4DG3E 2B52A 3HUBA 3NYXA 4D5KA 5J5SA 4Z9LA 4PL5A 3CCNA 3BHHA 4PP9A 3FZ1A 3P7BA 3MDYA 4XP3A 2FA2A 2JFLA 2OZAA 1Q3DA 2BR1A 2P0CA 4MBJA 4JRVA 5EYDA 3LCOA 2CJMA 1ZWSA 1YWVA 1NVRA 3HGKA 2IG7A 3O8TA 3NR9A 1IAJA 4XG2A 2W17A 3KXNA 4J97A 4PNKA 1OITA 2GFSA 4BN1A 1LR4A 3NVMB 2GU8A 3PFQA 4XS2A 2E9NA 4RA4A 5IMEA 4C0TA 2QKWB 2YITA 5FDXA 5BVNA 3OW3A 4C4HA 3U4WA 2JDOA 4FTLA 4FTOA 3LCKA 4BDCA 4HVDA 3GT8A 3PPJA 4O22A 2J5FA 4RX7A 5DA3A 4UBAA 3PXZA 4J1RA 2IVTA 4F0GA 4Z16A 2W1EA 4AT4A 1ZY5A 2I0HA 4AGWA 4RWJA 4CCBA 4DBXA 1TVOA 2FGIA 1JKSA 4YNOA 4FTIA 1J1CA 2X0GA 3QCQA 2QURA 4MEDA 5ANGA 2YZLA 4K1BA 2GNFA 1GIIA 4RSSA 4HNFA 4ITHA 4JVGA 4S30A 4FSQA 4FZDB 3WF6A 4ERWA 2FSMX 4BIDA 3VWAA 3IONA 2UV2A 2Y0AA 4EK8A 1M14A 1GZKA 3Q3BA 3DCVA 5D9HA 1JOWB 1WVXA 4KD1A 4U81A 2WKMA 4L53A 3FI4A 4EHVA 2RF9A 3T3UA 4U97A 2GTMA 1FMOE 3HNGA 2PPQA 2JGZA 5IPJA 3OG7A 3E7OA 3ZO1A 4CVAA 5JSMA 4TYGA 2F57A 3KRXA 5I4NA 5CAUA 1WVYA 5KO1A 3SXFA 3HRBA 4HPTE 1QMZA 2XM8A 5E8ZA 2R3NA 2WEVA 4ID7A 4ZTSA 3W2PA 1T45A 1YKRA 4CFWA 4DG2E 2ITPA 4NU1A 3PJCA 5BMSA 3UOJA 3QQUA 5HBHA 5H8GA 3IW7A 2R3PA 4GJ3A 3F2RA 5CT0A 1URWA 3QTQA 4JQEA 4MD7E 4YC3A 2XKEA 4DGMA 5HKMA 4BB4A 3QTUA 4FYOA 4ZLYA 3UOHA 4EZ5A 3UO5A 4RIYB 1QPEA 3LFSA 5C03A 2CCHA 1JQHA 2I40A 4PX6A 4RQVA 4K33A 3NDMA 4B7TA 3GU5A 1H1SA 3KY2A 3SW4A 5AP6A 4DT9A 3I6UA 4JBPA 2B7AA 2EVAA 5EQEA 5IEYA 5IH5A 4BGHA 4AP7A 1CKIA 4PY1A 3PLAE 5AAEA 4TPTA 5ANIA 2X7OA 5GJFA 4AZFA 1B39A 4ZTNA 1UU9A 4Y46A 2XNMA 1JPAA 4AW0A 3IDBA 5CZIA 1JBPE 3PZEA 5LOHA 4CZTA 4A7CA 3KVWA 4F99A 4IAFA 4BDEA 3BU5A 4NW5A 3RVGA 1ZYSA 3IW4A 3NGAA 3KRLA 3GC9A 4D9UA 1OPLA 1HCKA 4KBAA 4Z7HA 2BUJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3UZR A;  2B9H A;  3DZO A;  4OTH A;  4E4L A;  4R3P A;  3CEK A;  3CIK A;  3FMH A;  3F61 A;  2XMY A;  5K4J A;  1WFC A;  4FTN A;  4YP8 A;  4RC3 A;  5L2W A;  3LXN A;  1GIJ A;  3RAL A;  4GU6 A;  5EDR A;  5FRI A;  3TTJ A;  4YBJ A;  1SVE A;  2CKO A;  2ZV9 A;  1MRU A;  2CMW A;  2XYN A;  3FZP A;  3QA8 A;  4L46 A;  4V05 A;  4YNE A;  3QF9 A;  4A9U A;  4DA5 A;  5EI8 A;  2Q0B A;  3PSB A;  4HGT A;  1PRY A;  5AUW A;  4BGG A;  4EHG A;  2PVY A;  4FTK A;  3KRW A;  3O8P A;  2CNV A;  5HU3 A;  3WOW A;  3TIZ A;  2QLU A;  3PIZ A;  4E6A A;  4LQM A;  3BL7 A;  5M4U A;  4P7E A;  2VUW A;  2UW5 A;  3E8E A;  3LIJ A;  4FKG A;  4IM0 A;  5AP3 A;  2YIX A;  2RFS A;  3F7W A;  3QLF A;  4M15 A;  5CX9 A;  3HRF A;  4IWP A;  4I24 A;  2GNI A;  4OT5 A;  5H9B A;  4DHJ A;  2W1I A;  3AC2 A;  4LI5 A;  2V55 A;  3EQD A;  1OB3 A;  4C3P A;  4EYJ A;  2B1P A;  4CMU A;  1GOL A;  5KUP A;  2G2F A;  3NMU F;  4XV2 A;  4ZMF A;  4QMW A;  5D11 A;  4EOJ A;  3QA0 A;  5F94 A;  2XAR A;  3I4B A;  3QZF A;  4ZTM A;  1OBG A;  3OCS A;  4J53 A;  4KUJ A;  4TRL A; 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 3G0E A;  5FBN C;  3MB7 A;  5AX9 A;  3EN4 A;  2FO0 A;  2QOH A;  3DT1 A;  3GC0 A;  3Q6U A;  4E6C A;  3PYY A;  1ND4 A;  4GW8 A;  5HX6 A;  3GC8 A;  5EDP A;  5IF1 A;  3UP2 A;  1S9I A;  4IH8 A;  3KXH A;  4F9W A;  4NJD A;  3MPM A;  1Z57 A;  3AT3 A;  3QZG A;  5DT0 A;  2OJF E;  5EM7 A;  4QMT A;  3NW7 A;  3F9N A;  1J7U A;  4FST A;  4IB1 A;  5J9L A;  1H1Q A;  3TTI A;  3OWP A;  2AC3 A;  4PMM A;  4NUS A;  1PXO A;  2QKR A;  3E8C A;  4FZ7 A;  5BYZ A;  5CAQ A;  1OIR A;  3QX4 A;  4X3F B;  5M51 A;  1OKZ A;  2GPH A;  3DXQ A;  3Q9W A;  4GS6 A;  3W0O A;  4FKR A;  1P4O A;  3O51 A;  3UNZ A;  4RJ4 A;  1XJD A;  3C4Z A;  5HEZ A;  4DIN A;  1JWH A;  3FHI A;  5KML A;  4ENY A;  4EOP A;  2XK9 A;  4EH5 A;  3RAK A;  4IWQ A;  2W4K A;  4XP2 A;  2E9O A;  5JZN A;  3SXR A;  3WZD A;  3EYH A;  4L42 A;  1NVQ A;  2EUF B;  3P78 A;  3ZYA A;  3PIX A;  3AT4 A;  3LJ0 A;  4FL2 A;  5JFS A;  3ML1 A;  3CE3 A;  2OWB A;  1URC A;  3LJ2 A;  2C0O A;  5EOB A;  4F6S A;  2WTK B;  4YSJ A;  2VX1 A;  3LW0 A;  3LZB A;  4XUF A;  5DBX A;  4G34 A;  4K18 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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