4DFBA

Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase aph(2")-id/aph(2")-iva in complex with kanamycin
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
299
structure length
297
Chain Sequence
MRTYTFDQVEKAIEQLYPDFTINTIEISGEGNDCIAYEINRDFIFKFPKHSRGSTNLFNEVNILKRIHNKLPLPIPEVVFTGMPSETYQMSFAGFTKIKGVPLTPLLLNNLPKQSQNQAAKDLARFLSELHSINISGFKSNLVLDFREKINEDNKKIKKLLSRELKGPQMKKVDDFYRDILENEIYFKYYPCLIHNDFSSDHILFDTEKNTICGIIDFGDAAISDPDNDFISLMEEEYGMEFVSKILNHYKHKDIPTVLEKYRMKEKYWSFEKIIYGKEYGYMDWYEEGLNEIRSIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/antibiotic
molecule keywords APH(2")-Id
publication title A small molecule discrimination map of the antibiotic resistance kinome.
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 98
structure length 297
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4dfbA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 4dfbA02
3W2OA 4ENYA 2CLQA 4WA9A 3V5WA 3VF9A 3DBDA 3FLYA 4KS8A 5DT0A 4RFYA 4EQCA 4XBUA 5LVOA 2R4BA 5L2WA 5M53A 2VTJA 1XBAA 4UALA 2E9VA 1Y91A 2XS0A 2R3PA 4E4LA 3QA8A 3DLSA 4CKJA 5M56A 4ZSEA 4LOPA 3CTHA 2OFUA 1L8TA 5HG8A 5IF1A 2J5EA 4QMOA 3ELJA 2JDRA 2OZAB 4WSYA 4RJ3A 2R0UA 2X7FA 5JFVA 4LUEA 4N4SA 2XIZA 2IVUA 3RK7A 4IAIA 5F20A 4EYJA 3ZONA 2CLXA 3OOMA 3ZH8A 1Q8ZA 3D2KA 2HENA 4H39A 3QA0A 1P14A 4IACA 5EDRA 3W2CA 4YPSA 2OFVA 4RIXA 1J1BA 4O0RA 4G9RA 1F3MC 2R5TA 2Z2WA 4DEIA 3G0FA 3NPCA 5E8TA 3C13A 5EK7A 3PXKA 3OCSA 2YDJA 5DBXA 1WBNA 2HZ0A 4ACGA 3PRFA 4A9YA 4C3RA 1WBSA 5BQ0A 4Y73A 3NW6A 3R04A 4O38A 3EFLA 4RGJA 4V05A 3LIJA 4A4XA 2LAVA 5FEDA 4R1YA 3QF9A 3NLBA 4J52A 5JRQA 3HA8A 1SVEA 3CSVA 3DXPA 3V5PA 4E7WA 3A99A 2CNUA 2W1HA 3DZOA 3R1SA 3QQKA 1URWA 4L68A 3SHEA 4JQ7A 2PMOX 4MHAA 3OW4A 2OIDA 5A14A 2WGJA 4OBOA 3LMHA 3R8ZA 5CLPA 2CCIA 3HV4A 3PPZA 4QQTA 1FVVA 3KEXA 3C5IA 1OBDA 3FQHA 3MVHA 3IDCA 4GCJA 3CKWA 3LJ0A 3BIZA 3OVVA 2PL0A 5IH4A 5CT0A 4QMQA 5KBRA 2P0CA 3ORNA 3SRVB 5JQ5A 1QMZA 3ZRLA 3TTIA 5FP5A 4JAIA 1OI9A 3FI4A 2W1IA 3VS6A 3D5VA 5CQUA 3RTPA 2HW7A 4XEYA 3RK5A 2WD1A 3LZBA 4II5A 3MTFA 3VUMA 4EH8A 2UZLA 3BHUA 3GENA 3GFWA 4YC8A 4IM3A 3O8TA 3DQWA 4BZDA 1XH8A 5IMEA 2PTKA 2PE0A 4GVAA 3MV5A 3QCQA 3HMIA 2X8EA 5J87A 2VTOA 3JUHA 5H9BA 2UVXA 3KKVA 4GSBA 4BHZA 4BYJA 3E5AA 4DTKA 4RC4A 5LWNA 4MQ2A 3BU5A 4U79A 1PMEA 3IPHA 4LYNA 2VGPA 2YA9A 3SG8A 1OIYA 3TZ8A 3LQ3A 4PNKA 3RHKA 4CQEA 2XKDA 2ZMCA 4HYSA 4ANQA 3LQ8A 3AD5A 5M57A 5CEQA 2QOIA 5CVGA 3NRMA 5L2TA 4QYGA 3F3VA 3LCTA 1ZARA 4Y5QA 4EZ7A 4OR5A 1U4DA 4ZLOA 2GTNA 3PG3A 5IH6A 2R64A 2XJ0A 3SDJA 3TNWA 4I5CA 3GU5A 4NM3A 4BTJA 2VV9A 2BCJA 4ZEGA 4LRMA 3QZFA 4FTNA 4D2RA 5AUWA 1WBWA 5HE3A 4EC9A 5D41A 3TXOA 3BGPA 3RMFA 2R3GA 2Y7JA 4HCVA 4XG8A 3EWHA 2HAKA 4FV0A 3UO6A 4OUCA 1P4FA 3DBEA 4CFXA 4QTEA 2CGUA 5A46A 2G1TA 4A7CA 1KOAA 2YEXA 4FIJA 4JX7A 4OTIA 4YBKA 3QLGA 1MQBA 5ETAA 3QYWA 4I5MA 3KMMA 4G3DA 1G3NA 2P2IA 4FYOA 3U54A 4EZ3A 4K9YA 4CLIA 3MYGA 5LMKA 1NT2A 4WBBB 2DUVA 1PMVA 3JR1A 1PXKA 3HGKA 4FVPA 1YHVA 3EQPA 2PYWA 2XP2A 4GVJA 4AE9A 4PL4A 2XNMA 2BROA 2X8IA 4FGRA 2HXLA 3MJ2A 3KF7A 3EMGA 1GJOA 5IH5A 5HTCA 2WMSA 4X21A 4NM0A 1Y57A 2C68A 2JIUA 3PSCA 5LMKC 3MW1A 2XRWA 1JSVA 4CMUA 1WBPA 4DN5A 2WTCA 3IO7A 2VTLA 4KABA 4LGGA 2XK4A 4WD5A 4O7ZA 1XO2B 2X4ZA 4IAKA 5C8MA 4Z7HA 5FGKA 2PVJA 2YM6A 4FTUA 4U41A 2FSOX 3ZO2A 5KMNA 4UYNA 1UV5A 2QG7A 3H9OA 3AD4A 3LMIA 3ORKA 4DFLA 4H1MA 3ORMA 3R00A 4JBVA 4GW8A 4MBJA 3QD3A 1OECA 4ZOGA 4LUDA 2Y8OA 1WCCA 5EI6A 5M4FA 5DR6A 2VWUA 5LQFA 3SGCA 5FM3A 3DXNA 2YM8A 4P90A 3HLLA 2B55A 5F4NA 2ETRA 1S9IA 3PP0A 4L44A 4RC2A 3S0OA 3HDMA 4TXCA 4I6FA 4I6QA 3UQFA 2IWIA 1JPAA 1PXLA 4TWCA 3R9RA 3UVRA 5CSPA 2PWLA 4TYHB 3UIMA 2W5AA 3ZOSA 5BUIA 3GB2A 2P4IA 4LRJA 3QX4A 2GS7A 3H0ZA 4RZVA 5CQWA 1PKGA 3VUDA 4TYEA 2WMTA 4EEVA 4F7SA 3HV7A 4FNZA 2QR8A 4YJRA 5B0XA 5FXSA 4WIHA 5KZIA 1BLXA 2QOBA 3OCGA 3WE8A 2VWVA 2WOTA 2X81A 4MWHA 3UP2A 3SX9A 4IX5A 1W82A 5AWMA 5AEPA 2OJGA 1FVRA 3DXQA 2J0JA 3NDMA 3VN9A 4BBEA 2PULA 4BHNA 2O0UA 4C02A 3TYKA 4RWJA 2CSNA 4U6RA 4YC6A 4AN3A 2WMWA 2ZVAA 1YOLA 4F0IA 1ZYSA 3QTWA 4C38A 4R3CA 5KUPA 5J9LA 4NUSA 2BKKA 4QMPA 3H4JA 4K6ZA 4RJ8A 4ANSA 3R73A 1WMKA 4EOLA 3ZZEA 4AA5A 5AUTA 5LOHA 3AT2A 4ALUA 4IWDA 4YC3A 5JGBA 3U6IA 4HVDA 4XRLA 2ONLA 1NXKA 3NMUF 3W8QA 1G8SA 1WVYA 3C50A 1IASA 4F0GA 1YWRA 1OVEA 2XNPA 5DRBA 5KMIA 2EUFB 3IW6A 5D7VA 3MA3A 3QUDA 5E9EA 4EBVA 2GNJA 1JSTA 4ZY6A 3SQQA 5IU2A 1OUKA 4QT1A 3NVMB 3R2YA 3QRJA 1X8BA 1XWSA 2IZSA 3NNVA 4KKEA 1IAHA 1TQMA 5FTGA 4EC8A 5JEBA 2CN5A 4IAFA 1O9UA 4FK3A 3W2SA 2VO6A 4O22A 5HO8A 4YMJA 4MVFA 4BY9E 4TRLA 5ACBC 3VBXA 3IW8A 3NX8A 4GG7A 4NU1A 2BVAA 2SRCA 2C1BA 2DS1A 2QHMA 4YTHA 2C0IA 1NY3A 4ZTHA 4DG3E 1VEBA 3E93A 3NZ0A 5E8WA 3SOAA 5IZFA 4JR3A 1Q62A 5C27A 4BDBA 4RVTA 4X7QA 3NCZA 2PZIA 4HNIA 4RWIA 4F1MA 2BZHB 4L6QA 3OF0A 3OROA 2XF0A 2WXVA 5J95A 3PVUA 4EWQA 2H96A 3TV7A 4EHGA 5EW3A 5GJDA 4D55A 2J5FA 3QCXA 4O91A 3PVBA 3UODA 3LHJA 4IFCA 4JBQA 3F6XA 3NNUA 3BCEA 3COMA 3O2MA 3UG1A 4IFGA 4NWMA 5IA3A 3F3TA 3JS2A 3PVWA 2BHEA 3F5XA 4M13A 4I4EA 4RG0A 3AT4A 3CQUA 2WMRA 4C4JA 1P4OA 3EN5A 3PY0A 3JXWA 4E20A 2R3RA 4F6WA 4FNYA 5IA5A 3MIAA 3VUIA 4IDTA 2ZV9A 2BTRA 2QLUA 3ZHPC 3HRFA 1XHAA 4C61A 3SAYA 5DPVA 3QRIA 5GJGA 2XVDA 4XCUA 5DEYA 4DE4A 4FEXA 3EFWA 4WO5A 3HDNA 3T3VA 3I0QA 4IVCA 5C8NA 3OTUA 5DEWA 4DT8A 1OL1A 4HPTE 5J7HA 4FKIA 3QKKA 5L2SA 3EKKA 5AX3A 5AUZA 5B7VA 3PSBA 2V5QA 4G6OA 4M7IA 2BRNA 3ZLWA 2E9OA 3Q3BA 3P86A 4AG8A 2X2KA 4EK3A 4BIEA 3BLHA 5KX8A 3POZA 3UIXA 3TNHA 3QHWA 5AUVA 1QCFA 4ZSJA 3TKHA 4Q9ZA 3R02A 4PY1A 1MP8A 5FD2A 5CZHA 3P7AA 4TNDA 3EQGA 3NIEA 4MTAA 5EFQA 5IQIA 2YM7A 5C26A 3T9IA 2JDOA 4IX6A 3LFBA 2R7IA 5ITAA 2C5OA 4OTQA 2WMUA 2EVAA 3PXYA 3C4CA 1H28A 4C4FA 3GQIA 4TWOA 2XH5A 4PP7A 3A8WA 3HV6A 3UOHA 1Q8UA 3FXXA 2YIWA 3HP5A 3OXTA 3PJ1A 4FTAA 4Z9LA 1OBGA 2BIKB 4I93A 4FV6A 4IAAA 1VZOA 3TKIA 2PY3A 4JDJA 1Y8GA 3RJCA 3T3UA 2JGZA 4X3FC 3F5PA 4AQCA 3OP5A 2PU8A 2GHGA 2ERZE 5DYJA 4RWKA 3QX2A 3R7UA 2HY0A 4IJPA 4ZY5A 3QTZA 3FJQE 1CM8A 4LFIA 5AAFA 3RPSA 3JVSA 5IEXA 4FTTA 5LMBA 1Q97A 5IQGA 3FY0A 3ZLXA 3AC3A 3MH1A 2V62A 2VZ6A 3LFNA 2BDFA 3LJ1A 4MF1A 4OBQA 3F7ZA 3L9NA 2AC3A 3R0TA 1Q3WA 3ET7A 4E5AX 3LFQA 4YZCA 4U98A 4BCJA 2QOLA 2HOGA 4U43A 1UNLA 1ZOEA 5HE2A 3U4UA 2BPMA 4O7TA 2W5HA 2GFCA 2XK9A 4FKGA 4GYIA 4AAAA 4DTAA 3W0RA 2Y0AA 4QMZA 2ITZA 2QKWB 3NSZA 4TTHB 3W55A 4PWNA 4O7NA 2XCKA 2ZJWA 1KE8A 4XX9A 3FI8A 4CKIA 1ZXEA 1GIHA 3POOA 4HJOA 3CEKA 4O6LA 3R7OA 3GI3A 3JPVA 3LJ2A 3R71A 5J8IA 3ZO3A 3ANRA 4BCFA 3GU6A 5IEVA 3AC1A 3NVKI 1ZWSA 5D11A 3PLAE 4FSMA 3NIZA 1A48A 1M7QA 4XP0A 3EYGA 4LQMA 1YHWA 1YOMA 2JBPA 3OY3A 4TNBA 2X7OA 2YCQA 4WNMA 4L00A 3SOCA 4CZUA 3L8PA 3PDTA 2V22A 3KRLA 2QOKA 3N4TA 5BVNA 4C3PA 3FZTA 4EK4A 3E62A 2W7XA 5I9WA 4NFNA 1U46A 4RVLA 1JAMA 3MGYA 3R9OA 2R3JA 3Q4CA 5HCYA 3SXFA 4U0IA 3D5WA 4RFZA 1YWVA 3EJ1A 4ALVA 4MNEA 4AZWA 5DFPA 2ZYBA 3VHKA 3IKAA 4IMYA 2A27A 2QD9A 3MVJA 4M97A 3ZM9A 4NCTA 4QNYA 4E6CA 1M2QA 1PW2A 5BVFA 4EH9A 4JX3A 1ZYCA 4CVAA 3A7FA 1E1XA 4G5JA 4CSVA 4IAYA 2QVSE 1WAKA 3BX5A 3NNWA 1GNGA 4YR8A 3PJ2A 5A4TA 4JT3A 2KULA 3VQHA 3K2LA 1HCKA 3A2CA 2XB7A 4QPAA 3FL5A 5CZIA 4BKJA 2J50A 2BALA 4U97A 5IDNA 3HAVA 2GTMA 4IM2A 4WBOA 1H1WA 3FV8A 3Q60A 4EH4A 3RM7A 4O0TA 5EHLA 4FZAB 4JNWA 4U40A 4PMTA 1ZRZA 4EK8A 3NUAA 4O0SA 2VWWA 4YJOA 3MESA 3UYTA 2F9GA 3DZQA 4MK0A 3PA5A 2BRHA 4F9YA 3C7QA 3II5A 3LLTA 4ZTLA 3RHXA 4MNFA 2Y4IC 1JKSA 4YP8A 4BCIA 3EQIA 4Y8DA 4BCGA 2OXXA 2XK3A 3I6WA 4Q9SA 2WEIA 4CFUA 1Z57A 1GOLA 3EKNA 1GAGA 3A4OX 3MVMA 5DR9A 5EQPA 4BTMA 4F09A 3AGMA 4IWQA 4Q5EA 4HZRA 5HBJA 4IVDA 1SVHA 4JIKA 4O7RA 3ZSGA 4EL9A 4EQMA 3G0EA 3VC4A 5KE0A 2GNLA 4CMOA 5JRSA 1LEZA 2O63A 3A7GA 3DY7A 4OGRA 5CI6A 5E91A 5T3QA 5LVNA 3MTLA 3GVUA 4BIDA 2EB2A 2FGIA 4RVKA 1SNXA 1XJDA 3MN3A 4GUEA 3P78A 4KINA 3KB7A 4QMUA 3HV3A 4XOYA 5KBQA 3LXKA 1Q8TA 2V7OA 3MDYA 4NJ3A 2XK8A 2UVYA 2J0LA 4RC3A 5AM7A 4XBRA 3ZLSA 5BVEA 3HMNA 2WQOA 4M14A 4YGAA 5EM8A 4AT5A 2XK6A 4YPDA 4DEAA 1JVPP 2YZAA 4NJDA 2QURA 2VNYA 4G2FA 3QD0A 5A9UA 5HI2A 3AC5A 4QNAA 3R9DA 1Y6AA 4S2ZA 5FM2A 2X39A 4QMMA 3PIZA 4JS8A 5IA0A 3QHRA 2RG5A 3KC3A 3EQRA 5B2KA 4YZDA 3ALNA 3FXWA 5FDXA 4W4VA 2OXDA 3OHTA 5HEZA 3SXRA 4ANMA 5AV1A 4C0TA 2GPHA 5M07A 2HZIA 5CAOA 1L3RE 2PMIA 4EKKA 3FMHA 4CNHA 4QTCA 3QQJA 2C5XA 2CKPA 2OJJA 4QP6A 3COIA 2XIYA 2XNEA 4S30A 4RIWA 4KD1A 4PNIA 4C4GA 4IZ7A 3V8SA 5FXRA 2Z8CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3F5G A;  3RAW A;  1HCL A;  4GJ3 A;  5DVR A;  5ANE A;  1HOW A;  1U5R A;  4ANL A;  4N57 A;  4WUA A;  5B2L A;  4AUA A;  3WZD A;  3GCV A;  4ZLZ A;  3MY5 A;  2WQE A;  1BMK A;  3OWK A;  4OTG A;  1UU9 A;  4AE6 A;  4DLI A;  4UBA A;  3F2A A;  5FLF A;  4BF2 A;  2UW8 A;  3DAJ A;  3DJ7 A;  2OF2 A;  4FTJ A;  4NL0 A;  2YM4 A;  4FSU A;  3QRU A;  4KBA A;  3C4F A;  3PA4 A;  2YAA A;  3D7T B;  3BYO A;  3E63 A;  4MX9 A;  4QP2 A;  2G2I A;  4FOC A;  5CTP A;  2QO2 A;  2UW3 A;  3A4P A;  3FKL A;  4PL3 A;  3RWQ A;  1G5S A;  1ZMV A;  2JIT A;  3VS2 A;  4AAY A;  4QEB A;  3TUB A;  4LDT A;  4AXF A;  4TN6 A;  5CEI A;  3WF5 A;  3HMP A;  1JOW B;  4FL2 A;  1IG1 A;  2QU6 A;  4U80 A;  1IA8 A;  3UOK A;  4R5S A;  3TI1 A;  3HL7 A;  4MBL A;  4B8M A;  4J7B A;  4V0G B;  2B1P A;  2ITU A;  4UXL A;  4AA0 A;  4EQU A;  4B99 A;  3LCO A;  2C6E A;  4BCP A;  3ZUV A;  5ETF A;  2XAM A;  5IIS A;  1BI8 A;  2FB8 A;  2R3I A;  4Y83 A;  5CEM A;  3UC3 A;  4ZSA A;  2W1C A;  5HG9 A;  3ENM A;  2CMW A;  1UKH A;  2FSM X;  4AW2 A;  2WMV A;  5E92 A;  5JSM A; 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 3VUK A;  1UVR A;  4CFW A;  3ZLY A;  1WBV A;  2W06 A;  5CYI A;  4NTT A;  5CAN A;  4RRV A;  4KA3 A;  2XEY A;  3FZR A;  2I0Y A;  4N6Y A;  4ERK A;  4FTR A;  4OW8 A;  5L8L A;  2I0H A;  5D7A A;  5FXQ A;  4PUZ A;  2Q83 A;  1H07 A;  3WZJ A;  5CXZ A;  4O27 B;  4FVR A;  4UXQ A;  4ASZ A;  3IW7 A;  5DN3 A;  2WTI A;  4O2Z A;  1XKK A;  1OZ1 A;  3ZDI A;  5AFV A;  3OZ6 A;  3M42 A;  3R28 A;  4BDG A;  5M51 A;  3DTW A;  4GU6 A;  1NA7 A;  3OWL A;  3V51 A;  5HLW A;  4D2S A;  1YWN A;  1K9A A;  4F9W A;  2HIW A;  4AGC A;  3H9R A;  4MED A;  5E4H A;  1UA2 A;  3H30 A;  3S4Q A;  4YUR A;  5FUT A;  5CSX A;  3QRT A;  2BRM A;  3LFA A;  4S33 A;  2UW4 A;  5H8B A;  3WBL A;  4YHJ A;  3V01 A;  5ICP A;  4ZK5 A;  1JKL A;  3OOG A;  3VS1 A;  3BU3 A;  3GNI B;  3JYA A;  4BJJ B;  2QO9 A;  3OS3 A;  5HG7 A;  2HY8 1;  4D0X A;  2QC6 A;  4H36 A;  5ANO A;  4C4I A;  4G9C A;  5DGZ A;  2Y6O A;  3BKB A;  4I6H A;  4X2J A;  3ALO A;  3FZO A;  5AP4 A;  4A9R A;  4MUQ A;  1R0P A;  3F3U A;  3CJG A;  4NH1 A;  4XP3 A;  3V8T A;  3CE3 A;  3L9P A;  4LMU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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