The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
89
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sequence length |
256
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structure length |
239
|
Chain Sequence |
TEELDDASKVINYYHMSLAVLRHVANAKDINAVLGYMEQTGTAELLDPGDYFNPEVRQNLKQNYAGLFNVRTQFYDNFNKFLAYKKSKDTAKTAQLLDENYKLSVELSEYKQVIFDILSPLTEQAESELLADEPLKDQIMAMRKMSGTVQSIMNLYSRKHAMDGVRIDLKMAELEKELKAAEKIPAVTGYDEELKNFQSFLSTVKSFMNDMQKARSKGAYSDKEYQAMSEAYEYGLSVI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of an Uncharacterized DUF3829-like protein (BT_1908) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 2.10 A resolution
rcsb |
molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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source organism |
Bacteroides thetaiotaomicron
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molecule keywords |
Uncharacterized DUF3829-like protein
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total genus |
89
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structure length |
239
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sequence length |
256
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2011-04-11 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3IEE A; 3RH3 A; 4YJW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3C63 A; 1UX4 A; 5B3I A; 5CGM A; 1G4U S; 4CJO A; 3A7M A; 2IYL D; 2VCA A; 2PBI A; 2LSG A; 3PV0 F; 2BKP A; 3C64 A; 5EK2 A; 4U2Y A; 5LMN T; 1OXB A; 1H6G A; 3UQ7 A; 2L6H A; 3SYN A; 5CFB A; 2CW0 F; 2V5C A; 1S94 A; 3AG4 C; 4AKH A; 3FDQ A; 2Y6X A; 4ZZC A; 2P0N A; 1W2W A; 4YN0 B; 4GOU A; 3QZC A; 3SNH A; 4PFP A; 1YZA A; 5T3W A; 3EZI A; 3LDQ B; 2G62 A; 2BVM A; 3S9O A; 5JVE A; 5HXS A; 1WGW A; 2EHO A; 1E85 A; 3ZTM A; 3KL4 A; 3W2V A; 4IST A; 1HMO A; 3NKE A; 1LI5 A; 3PDY A; 2V5D A; 4U5C E; 3B71 A; 3JYY A; 4LLC A; 5KYW B; 1Q0F A; 3LLI A; 2D9D A; 5ADX L; 2KLQ A; 4I1M A; 5CI9 A; 2XS1 A; 2AVK A; 3PUW F; 3K3Q C; 4C7O B; 2HS5 A; 4EBB A; 2I8B A; 4KHP T; 4G63 A; 5JS5 A; 2HSQ A; 3AJM A; 3W4Y A; 5LG4 A; 2NW8 A; 2QRX A; 3SXK A; 1IJ5 A; 3PUY F; 4K0U A; 3D0T A; 2W2U A; 2OJE D; 2XL6 A; 3JTL O; 5HCJ A; 3JSZ A; 3JYH A; 1I4Y A; 2ZPA A; 2LKH A; 3FZH B; 2YWA A; 1FMW A; 5L4E A; 1FJG T; 4TV8 E; 4DV6 T; 4V1A v; 1PD0 A; 1WFD A; 3KFW X; 2WMO A; 2PFV A; 4MS2 A; 3DWW A; 2YU1 A; 4MVQ A; 2LP4 A; 5LMU T; 1QZX A; 4JI8 T; 4WZX A; 3K3N A; 4NQF A; 5A6B A; 3R2P A; 4C91 A; 1MQV A; 2XXA B; 3C7J A; 2CWY A; 4YTN A; 3ESL A; 4AQY T; 1D0Y A; 3M79 A; 1KNZ A; 2IIU A; 2A6E F; 2QLA A; 2KYH A; 3U0C A; 3ITF A; 2HPL A; 2J62 A; 1Q0G A; 3LJB A; 3PUS A; 4TN7 B; 2ODU A; 2ZXO A; 5F3J A; 2LK4 A; 1GS9 A; 3IQT A; 2A1D D; 2I0M A; 4LF4 T; 3T8O A; 3LNM B; 4KBL A; 5ABF B; 1ZHX A; 5JDF A; 2YLG A; 5LGT B; 1ZVZ A; 4M63 A; 4ZZB A; 3B13 A; 2ES0 A; 5DLJ A; 3PU8 A; 3RRC A; 5HV9 A; 5DS5 A; 2ZM2 A; 4GYR A; 1G8X A; 3TJ6 A; 3N9O A; 4XPX A; 4AL0 A; 3PJA A; 2LHN A; 2IC6 A; 3B29 A; 4YHH T; 4ZS3 A; 2A69 F; 2IW5 B; 2VVS A; 2KWH A; 4LMK A; 3ASN C; 3EFO B; 4A56 A; 4EEB A; 3WAJ A; 3RC8 A; 4PK6 A; 2DYS C; 3RHW A; 4O8S A; 2NR4 A; 2Y69 C; 3IA3 A; 2M4E A; 3BRJ A; 2L81 A; 3OTO T; 5FL1 A; 1VCT A; 2XQ4 A; 1G4W R; 4C3B A; 2LIG A; 4N6C A; 3TK0 A; 4E17 A; 4FJO A; 2WDR A; 2PBE A; 5C3J A; 3LUT B; 1YD8 G; 2ODV A; 3UUL A; 4PJL A; 3FBL A; 3GEE A; 3IBP A; 1JR8 A; 2BE5 F; 3AE3 A; 1D1C A; 4LF7 T; 3ZSS A; 3CX6 B; 4NUU A; 3R6N A; 3JT1 A; 3M15 A; 2P6V A; 1XZP A; 1TQG A; 3RKG A; 2JRK A; 1T7S A; 2UXN B; 3S84 A; 4C3D A; 4O4L E; 3R7C A; 3CQX C; 1MIV A; 5BMV E; 3TD7 A; 4QI2 A; 1M62 A; 4CS8 A; 2W61 A; 2GWW A; 2WVN A; 5EK4 A; 1BBH A; 5L3V A; 2X51 A; 5KX5 E; 1M2O A; 2ACZ A; 1Z5Z A; 2XAH B; 1TFO B; 3DXJ F; 5HWY A; 3EHM A; 3N5L A; 4JKV A; 3AE9 A; 1LE4 A; 4BPM A; 2BDE A; 3PUV F; 4OX9 T; 2C04 A; 4HFE A; 2X9H A; 4HFD A; 1G5Z A; 2N9D A; 3AVR A; 4EGW A; 1I4Z A; 1TWG A; 5AQS B; 3E22 E; 5JR9 B; 3VHL A; 1IW7 F; 1T98 A; 4L5G A; 3T1Y T; 1I5N A; 1J5W A; 5KYU B; 3FZL B; 4IB4 A; 3C18 A; 1KEY A; 4AX2 A; 2H7B A; 3ZT5 A; 2XL8 A; 3OEO A; 4IRU A; 3N2K E; 2MPK A; 3IQ6 A; 3F31 A; 4HFI A; 3H37 A; 2WQY A; 4P6I C; 4TZ4 C; 3VU7 H; 1CPQ A; 3W8I A; 2KZ7 B; 2YLD A; 2Q9A A; 1LKX A; 2UUC T; 3JZ0 A; 2E9X C; 2FJE A; 2FJD A; 2EIM C; 3UMK A; 3ZQY A; 2BKO A; 4WW0 A; 4H4K C; 2J1D G; 1ORJ A; 4JUY A; 1UUR A; 2IOQ A; 2VCB A; 3H2V A; 2Q9C A; 1C17 M; 1T5O A; 5LCY A; 3EG9 A; 3AXJ B; 3P8C D; 4BJ6 A; 2LSJ A; 5AQI B; 4AE4 A; 2B0J A; 5E33 A; 1E84 A; 3K3O A; 3SXM A; 1CHU A; 2ZMA A; 2XQ6 A; 2C5I T; 2IAK A; 5BQI A; 3VRA A; 3K6B A; 2G3K A; 2OU6 A; 3LEV A; 1FIO A; 3PUZ F; 3GMI A; 2CE7 A; 4ULW A; 2M64 A; 4CDV A; 4JV5 T; 3SS1 A; 4MVM A; 2X67 A; 5DVW A; 3KH2 A; 4CQI A; 5HCM A; 2RSE B; 3P4S A; 3A8Y C; 2WY2 A; 2M67 A; 2XPK A; 4EIW A; 3TLT A; 3QVY A; 4JEU B; 1H7C A; 4UEM A; 1OW7 A; 4P9T A; 1BR2 A; 1JRA A; 2XL4 A; 4LMJ A; 3P50 A; 3LK4 2; 4CS8 C; 4EB6 E; 1A41 A; 3V5U A; 5COM A; 4WBN E; 2XQA A; 2X9W A; 1HR0 T; 2LKG A; 1K05 A; 2GA0 A; 4NTA A; 2KK1 A; 1XZY A; 3VRC A; 1AUE A; 2Q9Q A; 2MTQ A; 4EED A; 5FKY A; 2XAS B; 1ZV4 X; 3KVA A; 1Z7Q c; 4LER A; 2CNW D; 4LF6 T; 4WYV A; 4BJ5 C; 2XJ7 A; 2UXX B; 4BJN A; 2WB5 A; 2LE8 A; 3O4X E; 4CZZ B; 2HJ3 A; 4MTG A; 4MTO A; 2XY8 B; 1OR2 A; 4I3M A; 1FFT C; 2LFD A; 3KYI A; 3GEI A; 4KNV A; 4ER9 A; 2YL0 A; 1GQE A; 5LGN B; 4K0K T; 4GKJ T; 3RYL A; 3L8J A; 4PFO A; 4WNK A; 5LA6 E; 3U5S A; 4CN1 A; 1HMD A; 3PJA J; 5IHY A; 5HEH A; 2OCC C; 2JX0 A; 1L0V A; 1YA9 A; 2XLO A; 1N32 T; 2LRL A; 4CXY A; 4G7O F; 2Q4F A; 3R84 B; 5L0H A; 2A3D A; 4UVC B; 4E0H A; 4DV2 T; 2I6H A; 3DE8 A; 3TUL A; 4QWN B; 4U5B E; 1S05 A; 4QX8 B; 3EQL F; 3AAI A; 4DV7 T; 3KV9 A; 2C03 A; 1EKY A; 2R05 A; 4MHC A; 4CDA A; 4IE7 A; 4N06 A; 2K48 A; 2J0X A; 3K66 A; 3FOO A; 4ZI2 D; 2UUH A; 1R8I A; 1KU2 A; 2L6F A; 4QH1 A; 1J1J A; 5C8Y E; 3O39 A; 5LJM A; 3TOM A; 3U3B A; 1QSD A; 1XNR T; 1OKK A; 4EZ4 A; 4X65 T; 1U5P A; 4MFR A; 3UUN A; 3IF8 B; 2P9B A; 3QVZ A; 2R7S A; 2ZXP A; 4BJM A; 4X0R A; 4IAR A; 5KYX B; 3OKQ A; 5K0I A; 2JQ9 A; 5GON E; 3RW0 A; 3RQG A; 2AWC A; 5JDH A; 4IHJ E; 4CI2 B; 4IDP A; 2HSB A; 3UU3 A; 2UUB T; 3SXY A; 2BVL A; 2CCQ A; 5EK3 A; 2MWQ A; 1N33 T; 2X0L B; 4TNV A; 2QNL A; 4P09 A; 2ZM0 A; 5KYN A; 1YKE B; 2E8I A; 4EIY A; 3H65 A; 3JCF A; 4JI7 T; 2IHR 1; 3HKD E; 2QA7 A; 3HJC A; 5AQL B; 5TAO A; 2AP3 A; 4X62 T; 1IBL T; 2XHE B; 1A7E A; 3ZST A; 4NUV A; 5JSL A; 4QHO A; 2Y3D A; 1ZHT A; 3RIU C; 2CBJ A; 3T6B A; 2N1G A; 2H3R A; 1VMA A; 1HTJ F; 4UF0 B; 4ZI3 C; 2HV7 A; 1NBB A; 3AA7 B; 2CLY C; 3AEA A; 2HN1 A; 2CXL A; 3EJN A; 5L0J A; 2XTL A; 4IL9 A; 3WHN A; 4OIO F; 3GWN A; 2DNX A; 3MZK B; 3AE8 A; 3LAY A; 2KSR A; 1PD1 A; 3MFN A; 1WAS A; 1HX8 A; 2ZXW C; 5IWA T; 1HE1 A; 3C51 A; 2YQY A; 4UXN B; 4LF5 T; 3DJN B; 3KBT A; 2QYW A; 2QUP A; 3NZP A; 1NAF A; 3RF1 A; 4NPP A; 1SE7 A; 2V26 A; 5L3E B; 1YAU O; 5L3B B; 1Z0P A; 1Y64 B; 4B6X A; 1JOG A; 2WZL A; 1MIY A; 3GA8 A; 4W8K A; 2MAW A; 1N36 T; 3EH1 A; 4DID B; 3VM6 A; 4F8H A; 4D4N A; 2W4X A; 3LK2 B; 4G0H A; 2YLI A; 1U4Q A; 2V7M A; 3AA6 B; 3UFG A; 3PUX F; 4AQG A; 4X1K E; 3E9V A; 3A9C A; 3F46 A; 2EIL C; 2WSS V; 3S90 A; 2Y48 B; 3UUM A; 3DI5 A; 2M6I A; 3C4Z A; 3ZQV A; 2EHO B; 5CB4 E; 4BEM J; 3NDB B; 1YAR O; 4PW8 A; 2D5U A; 5AQN B; 3ZN0 B; 1V4A A; 2XAQ B; 4FAP B; 4Z9J A; 3PMR A; 4ISS A; 2YU2 A; 4QDL A; 4YL0 A; 1GM5 A; 5FY7 A; 4MVR A; 2WZH A; 4ANJ A; 4JEA A; 4F4B A; 3FVY A; 5L3D B; 1DOW A; 3FZM B; 5AQH B; 3PU3 A; 4IL4 A; 3IHU A; 1OR3 A; 4CXX A; 3HLZ A; 5HXE A; 3P4W A; 2CWO A; 3N9N A; 3DAF A; 2BC5 A; 3ZMZ B; 2ASR A; 2ICW G; 3PDM P; 2XM2 A; 2KNH A; 1IAP A; 4HE8 A; 4I44 A; 2RD9 A; 4NXM T; 5A6K A; 2EPO A; 2VQE T; 4OIR F; 3LS0 A; 4DR7 T; 3ZEF B; 5HXH A; 3O10 A; 1FFH A; 1VTM P; 2LJL A; 3J7Y q; 1OW8 A; 2Q00 A; 4HTE A; 4BAY B; 1A0B A; 5COG A; 4UVB B; 3ZC1 A; 3G50 A; 2JPU A; 4U7Y A; 4BJT A; 4OYK A; 3QW0 A; 4N4W A; 1H9T A; 4EZH A; 1M7K A; 4QXB B; 3RKO A; 3MXZ A; 2YIN A; 3EHZ A; 2XM1 A; 3NKZ A; 4J2C A; 2WAU A; 5AQT B; 1M56 C; 3S28 A; 3ZVR A; 3RYH E; 1LVK A; 5JDM A; 3C62 A; 2FJB A; 2C5K T; 3DP7 A; 2Z15 A; 3L8I A; 2YL3 A; 3B0U X; 5AQM B; 3FAP B; 1FEW A; 1SHZ C; 3OPC A; 2HUJ A; 4DR2 T; 3ZSU A; 4DND A; 4JRZ A; 3P7I A; 3PUA A; 4HWH A; 4JI4 T; 1E2A A; 4YSY A; 1V55 C; 1FR0 A; 4IDN A; 3M4C A; 1NEK A; 5D91 A; 2AU5 A; 4AKR B; 4CDY A; 3LSV A; 1T9K A; 3CML A; 3QW1 A; 3CAX A; 4TV9 E; 1B7T A; 5IUX A; 3ZCJ A; 5LBQ B; 4H63 H; 1LIH A; 2V8S V; 2J7P D; 4GEH A; 2VK9 A; 1KTM A; 5JVD E; 1OED A; 3HNL A; 4XPY A; 2WZG A; 1XDO A; 3FBZ A; 3N9L A; 3GWH A; 2PTF A; 3HNJ A; 2VL8 A; 3RGL A; 2FGY A; 4IT4 A; 4BA9 A; 3RI5 A; 1HNW T; 4J32 B; 3V5Y A; 4I55 E; 3L34 A; 3DM9 B; 3EAB A; 3UQ4 A; 2VCC A; 1US7 B; 5FXX A; 3FXH A; 3TOL A; 4C90 A; 5AQJ B; 4R32 A; 3TJ5 A; 4TUY E; 5DAB A; 4XTK A; 5FVL A; 1JAF A; 4DO0 A; 5L3Q A; 2HJM A; 2L7A A; 2WCA A; 3UGO A; 4DV4 T; 5FYM A; 5DS6 A; 3DM5 A; 3GWL A; 3X1O A; 4JTC B; 2D2S A; 2EIN C; 5A6J A; 4KI2 A; 2CHO A; 2UXC T; 1EA8 A; 1HFA A; 4OK0 A; 4CIH A; 1YA7 O; 2EPK X; 3Q5E A; 3GM2 A; 1IZM A; 5FXZ A; 1SA0 E; 5ABE A; 3TLS A; 256B A; 1NWM X; 2R03 A; 2ACX A; 2LOP A; 2AWY A; 3T4R A; 4IGG A; 3RF3 A; 3U8V A; 2JJ9 A; 2BG9 A; 2X0H A; 5AQF B; 3ZN1 B; 1ZP0 A; 4U33 A; 5E2Q A; 3FMS A; 4EAH A; 4Z91 A; 4XEK A; 2VKD A; 4ZXL A; 3BQL A; 3QMK A; 4DR6 T; 2V6Y A; 1CPR A; 4H9S E; 3UGP A; 4CN4 A; 3RX6 A; 4MW8 A; 4X5T A; 2D0T A; 1HW1 A; 4IAO A; 3PTR B; 3N0T A; 4FX5 A; 1EQ1 A; 3C4W A; 4K7B A; 2EPL X; 4LDQ A; 3I0O A; 3ZT6 A; 1XWM A; 2JMH A; 3RKO F; 5CA1 E; 5DQW A; 4DR5 T; 2Y3H A; 3V5X A; 4JCZ A; 1N34 T; 3MYI A; 2O9X A; 5F28 E; 4AL1 A; 3JAD A; 1ZKE A; 3MAC A; 3U2L A; 4JJG A; 1ZHY A; 2E9X A; 3PE0 A; 2OEV A; 2WDV A; 2KGO A; 3OVU A; 4L6R A; 1ZOY A; 4HKA A; 3QUJ A; 2HMZ A; 5JDN A; 1I94 T; 1Z23 A; 2X66 A; 3TLV A; 1IJ6 A; 1YW0 A; 4O6M A; 4D4X A; 3GAN A; 5FL0 A; 4YJW A; 4EYY R; 1MMD A; 3ZYM A; 3EG9 B; 5J2T E; 4XZC A; 4MVU A; 5HEJ A; 1A7V A; 1OED C; 2C0S A; 3LFM A; 3I5Q A; 4AE4 B; 4YFS A; 1M6T A; 5ABH A; 2B0H A; 4EWC A; 3SOL A; 2IML A; 4YJ2 E; 3EGX A; 1E86 A; 4WGZ A; 4DXW A; 1ORY A; 3KIN B; 3TKL B; 4HWC A; 1VB5 A; 4KX6 A; 2EHO D; 3OYZ A; 3CPZ A; 2A0B A; 2WDQ A; 3AE7 A; 2OV9 A; 2CDQ A; 3L0I A; 3NBX X; 2GDC A; 1D1B A; 3U2M A; 5AC5 A; 4U9E A; 3NKD A; 5JP7 A; 2CCY A; 3GM3 A; 1XMQ T; 2Q9B A; 4E7Z A; 5JLI A; 1OCR C; 4P1N A; 2C5J A; 3CSK A; 2LD6 A; 2LM2 A; 3B57 A; 3JC6 D; 4J7T A; 4GK0 E; 2UUA T; 5FNV E; 2R7R A; 2NTY A; 1M2V A; 4JEH B; 3ZLI A; 3AB3 B; 2J0W A; 3UTK A; 3SFD A; 2LSE A; 2B76 A; 4WAB A; 2Q9Q B; 2NP9 A; 2K24 A; 2WM9 A; 3X1D A; 3HKC E; 3FXE B; 1DU2 A; 4EOZ B; 3G06 A; 4X1I E; 3AA1 B; 4MVZ A; 2BG9 C; 2W45 A; 2BS4 A; 2WWU A; 2V7L A; 3WOD F; 2LM9 A; 3AAE B; 4BJ5 A; 3Q2M A; 5A6B D; 2J46 A; 2XLE A; 3U9M A; 4U31 A; 2DB4 A; 4JI5 T; 2YL7 A; 3O55 A; 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