3AKJA

Crystal structure of a helicobacter pylori proinflammatory kinase ctka
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
294
structure length
275
Chain Sequence
PTIDFTFCEINPNKISLFYNNELYMVKFPPTNGCFSEYVACHIVNSLGLKVQETLLGTYKNKIVVACKDFTTHQYELVDFLSLKNTMIELEKSGKDTNLNDVLYAIDNQHFIEPKVLKCFFWDMFVADTLLGNFDRHNGNWGFLRASNSKEYQIAPIFDCGSCLYPQADDVVCQKVLSNIDELNARIYNFPQSILKDDNDKKINYYDFLTQTNNKDCLDALLRIYPRIDMNKIHSIIDNTPFMSEIHKEFLHTMLDERKSKIIDVAHTRAIELSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Helicobacter pylori proinflammatory protein up-regulates NF-kappaB as a cell-translocating Ser/Thr kinase
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Helicobacter pylori
molecule keywords CtkA
total genus 92
structure length 275
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2010-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07804 HipA_C HipA-like C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.1070.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 3akjA02
3.30.200.120 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3akjA01
3AKJA 3AKKA 3AKLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HLEA 3ZSHA 3G90X 1VLRA 4E6DA 4ZSAA 1BYGA 2X7OA 3UIXA 3QWKA 3GQIA 5GJDA 3RAIA 3UP7A 2JKQA 5L2IA 5EHOA 4A4LA 2IVTA 5H9BA 3K2LA 4EK3A 5BYYA 4DFLA 4QMUA 4APCA 4FTOA 5B2KA 4BDIA 3U6JA 5M06A 1MQ4A 4QMLA 4U45A 3SX9A 3R8VA 3PUFC 2VGOA 4YJPA 4FKTA 5JHBA 2WU7A 4I24A 1NXKA 2CJMA 2I40A 4XG2A 3VIDA 3GU5A 4NKSA 2R3MA 3HHMA 4DT9A 4YSJA 3G15A 1JVPP 3BZ3A 3LJ0A 5AP1A 2BTSA 3MI9A 4YZDA 5FRIA 1U5RA 4TRLA 4A9YA 1WBPA 4HVDA 3UIBA 3U8WA 2A1AB 4NM3A 4AQKA 3DDPA 4NM0A 1E90A 4LG4A 2BAQA 3BKBA 4XX9A 2UW0A 1GNGA 3CR0A 3LQ8A 3E64A 2QOLA 1UU3A 3OUNB 2UZVA 4ZOGA 3D7TA 1H01A 4KSPA 3RK9A 3ZRMA 3COKA 2B1PA 5M51A 2R3FA 1Y91A 4HYIA 2WTDA 4J8NA 3WYXA 4UWCA 4JOAA 4CFNA 4QP4A 1E1VA 4J8MA 3BU3A 4QP2A 4YJRA 3PXYA 3Q6UA 3AC5A 3NVKI 3ZLXA 3DK7A 4OTRA 5CAPA 2UZNA 4YJNA 2X9EA 2J6MA 4EC8A 2I6LA 3TZ7A 4ZP5A 4IB1A 4AX8A 3BWFA 4N70A 4R77A 4W8EA 3SC1A 4EBWA 4RWKA 2X7FA 4QTDA 1MRVA 4OBQA 2PZ5A 2YM4A 3L08A 3N9XA 3HX4A 4N6YA 3W0MA 4B0GA 3AQVA 4RWJA 1G8AA 2OXXA 3BQRA 4O2PA 5FUTA 4ANLA 1H0VA 4FSYA 4J53A 4L23A 4ZTQA 3WF8A 2RKUA 3RHXA 2QG7A 3L9PA 4L3PA 4UWKA 4QTEA 4CTCA 5HI2A 4RWIA 3L17A 2DWBA 5I9VA 1IEPA 3PVWA 2I7QA 5JRQA 2YCSA 3PRFA 3G6HA 5AV4A 2CPKE 2XAOA 4FK3A 3QYZA 5J9ZA 5ETIA 3ZC6A 5IQEA 3R7UA 4FE2A 4XLVA 4WWOA 3P79A 5EW9A 5CZHA 3U87A 5KKRC 4FKLA 4XCUA 3UYSA 1H28A 1PXPA 1YI4A 4ALWA 5HLNA 5IPJA 4FUYA 3R73A 3HMPA 3OXTA 4CCBA 4D55A 2G1TA 4FT7A 4FA6A 4IE9A 2C68A 4X2JA 3CSTA 5HIDA 1Y8YA 4L3JA 5JZNA 4L46A 4AJWA 1Y6BA 2GNIA 2Q0BA 4W4VA 4I21A 2QD9A 4FKWA 3MA3A 2XANA 4IWPA 3ZUUA 4ZTMA 1E8WA 4XP3A 3GU7A 2G15A 2YIWA 2IWIA 3SD5A 4YTIA 4QNYA 4D4YA 1RJBA 3EQDA 3QQGA 2ESMA 4RMZA 4ACHA 2GFSA 2YCQA 4DA5A 1CKJA 4EC9A 1ZOGA 4NW6A 4DH8A 3NYVA 4WNPA 4FKUA 3VBVA 2W1EA 4JAIA 4PDYA 5EHLA 4DH3A 4F99A 1O9UA 5AA8A 4YJTA 3E5AA 2UZBA 2OJ9A 2V7AA 5DNRA 2FYSA 3VAPA 3OZ6A 4BC6A 3QTXA 3EOCA 3UO4A 3TL5A 3FUPA 5CVFA 4BVUA 2ITVA 1H1RA 2W1IA 5IQBA 3L54A 2EVAA 3AGLA 3AT4A 3FI2A 5TR6A 3LQ3A 5IF1A 2J9MA 2PK9A 3D94A 4FZDB 3ANQA 4I1ZA 4I6QA 5G1XA 1KOAA 3KMWA 3I1AA 3CEKA 4ZAUA 4NU1A 1W83A 4YSMA 5H2UA 4FGBA 3QCQA 3QF9A 2C3JA 2UW3A 5CY3A 3QZFA 3UGCA 2V7OA 4EK6A 3LJ2A 4M14A 3COMA 4FUXA 4OLIA 1KV1A 2YZLA 4X3JA 1UV5A 1J7UA 2PMNX 2W1FA 5HIEA 1NT2A 1H24A 2OGVA 3EN7A 3ORKA 2I0VA 4JDJA 3R7YA 3W16A 4ALVA 3PXKA 3V5WA 3TJPA 3U4WA 4FZAB 5FBNC 5F9EA 5E8YA 3ORMA 5IZFA 2RD0A 4AA5A 2QLQA 5AP7A 3ATSA 5CEQA 1M2QA 3VO3A 2ITXA 1TFFA 3MY1A 1T45A 2YA9A 3W2SA 5A9UA 4AE6A 3DGKA 2JDSA 4MNFA 3IKAA 4FEXA 2CKOA 3QXPA 4NIFB 3THBA 4TYIA 4H05A 4FYNA 3RZBA 3NLBA 4S32A 1UKIA 3QUEA 1U4DA 4YNEA 1IG1A 4Q5EA 2R3LA 2ITTA 3CP9A 5EG3A 4C59A 1OZ1A 3UP2A 3QHWA 1XH6A 3OCTA 4IADA 1LPUA 2WELA 3DBFA 4JG8A 2RIOA 3E63A 3FHRA 3MVJA 5HD4A 4RPVA 2QOIA 4DGOA 3F88A 3OOGA 4UALA 3VWAA 4BIBA 3LCKA 2J4ZA 2B4SB 3FLNC 3POZA 3RJCA 3BRBA 5FGKA 4E8AA 4F63A 3SVVA 5H8BA 3UO5A 1BLXA 1REJA 3A2CA 2P2IA 3LFAA 4FEVA 4F9CA 3PXZA 1UNGA 5CWZA 5HBHA 3FAAA 3BV3A 4ZMEA 3IW8A 4XG7A 3WYYA 1PXKA 4ZTSA 2GPHA 4I0SA 3MSSA 2E9OA 4EUUA 5IG1A 2GHGA 4O86A 1ZWSA 3QCXA 4II5A 4YLLA 5LVOA 5K4IA 4FIIA 4BICA 1Q8YA 2F2CB 4MXZA 1OKVA 3PRIA 1YQJA 5AP5A 3FC2A 3R71A 4G31A 1VJYA 1YXVA 4KRDA 3F2RA 4QYHA 4LUEA 3DFAA 3KRRA 1UKHA 3HECA 5F20A 4PRJA 3W0QA 4HYSA 3E8EA 4UBAA 5M08A 3NUXA 5FM2A 4CT1A 1RDQE 5L8LA 3CSVA 4BCMA 3ACJA 3O17A 4C61A 3MWUA 3AD5A 4GSBA 4XOYA 5HEZA 2NPQA 3UYTA 3C4CA 3UO6A 2XIKA 1R0PA 3DLZA 2OFVA 3TIZA 3VS6A 1YKRA 3OBJA 3RPVA 5AFVA 3MH1A 1HE8A 4FT9A 4FTKA 3DCVA 4FHJA 3MVMA 2PE1A 5FEDA 3W2CA 2X4FA 1WCCA 3M1SA 1XBBA 2X6KA 3RMFA 2I1MA 4DEGA 5GIPE 1VEBA 2A0CX 1ZMUA 1ZYSA 3IQ7A 3KA0A 4QPAA 5KHXA 1XQZA 3GFWA 3KXMA 4GK4A 1VZOA 4JNWA 4KWPA 4ZLYA 2X39A 3ZMMA 1KWPA 1ZAOA 2FH9A 3KL8A 3MJ2A 4GFMA 2VAGA 2YN8A 4I94A 4WG5A 2XNEA 4O7VA 4Y5QA 2HK5A 3E3PA 4JIKA 1R1WA 1VYWA 3C0HA 5HNBA 3ETAA 3LFSA 5F94A 3TNHA 4F4PA 2PHKA 1Q8TA 1XO2B 2QOBA 4ACGA 5KZ0A 3S95A 1CDKA 3FI3A 4NM7A 3ORNA 4DG0E 1Y8GA 4IVBA 2VWVA 3BHVA 4RBLA 5A14A 3OXZA 4KUJA 2OK1A 3FKNA 3CQEA 3HUBA 3AGMA 2YIRA 3NMUF 4EK5A 3ODYX 4DF3A 2B0QA 3HUCA 1ZOHA 3CY3A 2ITQA 1OECA 2G2HA 3M11A 4GIIA 4D28A 2VN9A 3LLAA 5FBOA 3BE2A 1PRYA 3BU6A 3EZRA 3R83A 3HL7A 4I23A 5HO8A 2B52A 3N51A 3QQFA 4QMPA 2ZV8A 2Y8OA 2ZV2A 4AXAA 5IEYA 2Z2WA 1TVOA 2WQEA 3R2BA 4TWCA 2XK3A 4I4EA 1SM2A 1CJAA 3UOLA 2OW3A 4XRJA 4IDTA 4GT5A 2VTRA 2Z02A 1ERKA 4ZSJA 3ZOSA 2ZMCA 4AN9A 3QRIA 1DAYA 2WQBA 4MAOA 2J0KA 3VUIA 3BEAA 4FTTA 4FTIA 2Q83A 5L6WL 4ZS0A 5JGDA 3D5XA 3NCGA 2WXJA 4FVQA 3O71A 2IW9A 4FSTA 3HP5A 3OFMA 4EH5A 5ICPA 4M7IA 1IA8A 2UVYA 1OI9A 3Q32A 1G8KA 5ANJA 3HRBA 3VNTA 3WF7A 4LL5A 4OW8A 3NUUA 4CQEA 4TXCA 2REIA 4J96A 3FZPA 2Z7SA 5KX8A 4L1BA 1GZNA 4BB4A 4CZTA 3F5GA 4PDPA 1SZMA 2CDZA 2BZIB 3QGWA 2WFYA 1ZARA 5DEYA 5EI6A 5EW8A 1O6LA 3NW5A 4FIEA 4J7BA 3IG7A 2BUJA 1QMZA 1XWSA 3D7ZA 5BYZA 3B2WA 3KK8A 3FKLA 3OBGA 4X6QC 2QU5A 3EWHA 4J99A 1IAJA 3BI6A 3DPKA 4FSUA 4FT3A 3O7LB 4O7NA 5DN3A 5HVYA 3QCSA 1WVXA 3CKXA 3EQBA 4O38A 3RAKA 4BDKA 2XKFA 3TL8A 3FHIA 3FMKA 3F2NA 3GI3A 2CLXA 4IVDA 3DV3A 5AM6A 2QO9A 2ZOQA 3D9VA 4I6BA 5M4CA 5IMEA 1OIYA 3MY5A 2BRMA 4AT3A 4FTCA 1DM2A 4RJ4A 2BRHA 2PVJA 4FV7A 2W05A 5J95A 2X2KA 4TL0A 2O63A 3LXLA 3QQUA 3ERKA 4KIOA 4IAYA 4LMUA 5BMSA 2EWAA 3V04A 1FVVA 4A9RA 4HJOA 3RVGA 3W2RA 4EJ7A 5K5NA 3TM0A 2IN6A 3QALE 3ZXTA 2XIZA 2XM8A 4EH2A 4PMPA 4E1ZA 3AD4A 3TJDA 3W0SA 2JEDA 4FKQA 3T3UA 3WZEA 2WMVA 5HCXA 2QO2A 3I0QA 4O0TA 4O82A 1VYZA 1XKKA 3NUPA 2NO3A 3IO7A 3PY3A 4JBOA 4UXLA 4W4WA 3ZW3A 3TKUA 3CQUA 4BFRA 4MQ1A 4WG3A 4JDKA 4ZY5A 4O7LA 3EQHA 2YIQA 3HDMA 4AG8A 5IQHA 2J0IA 5L8KA 3FI8A 3HMNA 3RPOA 3P23A 4FKPA 4EK4A 4CKJA 1M52A 2R3RA 3E87A 4JBPA 4IVCA 2XBJA 3PJ8A 3CCNA 2BCJA 4PL5A 4FHKA 3UPXA 3NGAA 4D0WA 1EH4A 3I6WA 1FVRA 5AUZA 3LFEA 3LMHA 4FJZA 4UWFA 3HV7A 4PQNA 2XCKA 4QMYA 5E8SA 4TUUA 1ZYLA 2QHNA 4GS6A 3FL4A 3RNIA 3AMBA 3L9LA 2HZ0A 3FMEA 5EYKA 3TEIA 3MVLA 4AXDA 3OXIA 3ZO3A 4DGGA 3Q5IA 5CVGA 1PYEA 2WEIA 3P9JA 4F1TA 5AUTA 3V01A 1P5EA 3NUAA 3FPQA 4YTCA 5TOZA 3AKLA 4KKEA 2J5FA 5DRBA 3PA4A 4E4LA 3PSBA 4IM0A 4QMXA 4WOVA 3H10A 2FA2A 4BGQA 3PFQA 2R7IA 5IH5A 2ERKA 2HZ4A 2J5EA 2OIQA 2VGPA 2YAKA 2ZB0A 4Y5HA 4OUCA 5AIKA 1GAGA 1MUOA 3HRFA 3SGCA 4XNEA 5HG9A 4ZY4A 2PMIA 3Q2JA 5C03A 4WA9A 3VJNA 2X6DA 4H3BA 3QTSA 4H1MA 3VS5A 4PS3A 4UY9A 3A61A 5JZJA 4MXYA 4BGGA 3GGFA 4GT3A 1YWVA 2YIXA 3D5WA 3R21A 3FZRA 4FSWA 3FEGA 2QNJA 2NP8A 2QKWB 4QO9A 5AEPA 1Y57A 2BKKA 1J7IA 3HP2A 2OG8A 2WXOA 4FOBA 4KSQA 2BRBA 4QP1A 1JKSA 2C6OA 2XNOA 5D10A 4AW1A 2GNFA 2W17A 3Q3BA 4PS7A 2VO0A 4CRSA 2RFNA 5EM5A 3DAJA 4X7QA 4TPTA 3KXHA 4KS8A 4U0IA 5JQ5A 4UWGA 4FSMA 3UVQA 4DH7A 4O83A 5ANOA 4KBCA 4E5WA 2XCHA 1GZOA 3WZKA 1F3MC 4YC8A 4HNFA 3UOHA 1QL6A 3II5A 1AGWA 3V5LA 3H4JA 5A4QA 4IB3A 4FTJA 3U55A 4J95A 2BMCA 1J7LA 4HGLA 3FKOA 2JAMA 3QKLA 4GJ3A 5AUXA 4ITJA 2R0IA 3GB2A 4LRMA 5CENA 1UWHA 4ARKA 4FV0A 4DH5A 3LW0A 5CSHA 1H1PA 5E7RA 3TNPC 1SVEA 3BBTB 4UX9A 3BL9A 2B9IA 3PIYA 3TKHA 3PP1A 4F1SA 4V0GB 2XBAA 3QHRA 2IVVA 4BDDA 5JFWA 4IM3A 4FV4A 4EHEA 5E8XA 3G9NA 3WIGA 4CZUA 4IFCA 3UVRA 3DAEA 2PVKA 3KU2A 4O6EA 4TNDA 3R8ZA 3RALA 5LCJA 2JITA 4ZTHA 3H0ZA 5HIBA 2JKOA 2R9SA 2WTJA 4NCTA 2VTIA 5BVDA 3TI1A 1ZMVA 4H3PA 1B6CB 3KEXA 3R1NA 3RPRA 4BCOA 3FXZA 3TZ9A 5HBEA 3ET7A 4ZXTA 4JIAA 4RRVA 3ORIA 3E8DA 4EOJA 1E8ZA 3F3WA 5JRSA 1HCKA 2XA4A 3SV0A 5CZIA 2IW6A 2ETRA 4HOKA 3TTJA 4BDJA 3ZC5A 2W0JA 1H8FA 1WVWA 2G01A 2B9JA 4ZTNA 4GG7A 3RCJA 5K9IA 1JLUE 3CGOA 4V0GA 4PL3A 4IAFA 4N6ZA 1LR4A 3BHHA 3DTCA 3OOMA 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