3AKJA

Crystal structure of a helicobacter pylori proinflammatory kinase ctka
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
294
structure length
275
Chain Sequence
PTIDFTFCEINPNKISLFYNNELYMVKFPPTNGCFSEYVACHIVNSLGLKVQETLLGTYKNKIVVACKDFTTHQYELVDFLSLKNTMIELEKSGKDTNLNDVLYAIDNQHFIEPKVLKCFFWDMFVADTLLGNFDRHNGNWGFLRASNSKEYQIAPIFDCGSCLYPQADDVVCQKVLSNIDELNARIYNFPQSILKDDNDKKINYYDFLTQTNNKDCLDALLRIYPRIDMNKIHSIIDNTPFMSEIHKEFLHTMLDERKSKIIDVAHTRAIELSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Helicobacter pylori proinflammatory protein up-regulates NF-kappaB as a cell-translocating Ser/Thr kinase
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Helicobacter pylori
molecule keywords CtkA
total genus 92
structure length 275
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2010-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07804 HipA_C HipA-like C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.1070.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 3akjA02
3.30.200.120 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3akjA01
3AKJA 3AKKA 3AKLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YXVA 1WBNA 2XK9A 3OY1A 3KXNA 4FIGA 4E5BA 3DAEA 3Q53A 4EK6A 4XV9A 2WXNA 2VWBA 5F20A 3ROYA 4BCGA 2OU7A 2RGPA 2ZYBA 4F09A 5HBJA 1DAYA 4QNAA 4U80A 5AUVA 2XJ2A 3U6IA 3S0OA 3PRFA 1PMEA 4NM0A 4NUSA 4O84A 5FQDC 4TW9A 3ZVVA 5IZFA 2R3HA 3QTUA 3JS2A 4C38A 3COIA 5E8SA 3I81A 2EU9A 1ZMUA 2VRXA 2YABA 3NNWA 2X8EA 5AP0A 3QZFA 2WXGA 4FT3A 2X6EA 2YA9A 3R7RA 3R6XA 4TYHA 4FG7A 5AV3A 3UIXA 4EOSA 3F88A 3RALA 2WMBA 3UE4A 4B7TA 3OTUA 4YO4A 3KRJA 4FV2A 3QLFA 2PUUA 4EZKA 4X7QA 1YDSE 3W0SA 3LLAA 5KE0A 4G16A 4LOQA 4IAZA 4RZVA 3VS2A 4JXFA 4UB7A 4FSUA 4I5CA 2XM9A 1ZYCA 2OXDA 5KO1A 4FKWA 3KMWA 4O0RA 3R7VA 3TCPA 3VS7A 5DYJA 3MPAA 4ZTQA 3RPSA 4PX6A 3WF6A 5IH6A 5LVMA 3KU2A 5HTCA 4GIHA 1SM2A 4FK6A 5HEZA 1OUYA 1Q62A 4U43A 1CSNA 5HNBA 4S34A 3DDPA 3PXYA 4L3LA 4V01A 4BN1A 2R7BA 5HX8A 4PMPA 2F4JA 3R8UA 3FI2A 3EJ1A 4FEVA 4G2FA 3P79A 3FMNA 2C69A 1JNKA 4KIPA 4U42A 3C5IA 3ZEPA 3CKWA 4D4YA 3Q5IA 1U54B 2OLCA 4QDVA 2R0IA 5FTOA 4P5QA 3QKMA 4KS8A 4NK9A 4CZUA 4CV8A 3P5JC 5D10A 1PXNA 3LFSA 2XZSA 4QTAA 3TNWA 2BZKB 1ST0A 3AGMA 3FE3A 3QD4A 4QPAA 2C3IB 2R0UA 2NO3A 2EB2A 3A7HA 3V5WA 5BV3A 2DYLA 4GFGA 4J98A 3RNIA 1O6LA 2YIYA 3GC8A 3JUHA 2HZ4A 4FODA 1TQPA 3R02A 3HRCA 2H6DA 5D12A 4RZWA 4TY1A 5HG5A 2HAKA 1ZAOA 4JBPA 3LJ1A 4Y73A 4L43A 5A3XA 3C0GA 4DG0E 3I4BA 4ZZOA 4F9WA 2YJSA 4RLKA 3QD3A 2YZLA 2OG8A 3R22A 4I24A 2GU8A 4R6VA 4D1SA 5EHLA 4FKPA 3L16A 3WE4A 4Y95A 5J8IA 3VS5A 4HYUA 4KZCA 4V04A 4F1OA 4AACA 4BZOA 5DR9A 4M97A 4EEVA 5HO7A 2ETRA 3W2PA 4IZ5A 5F1ZA 5IG1A 3KVWA 4D0WA 2Y4IC 3BL7A 4RA5A 4AAAA 1PXKA 5BVWA 4EC8A 4UWLA 4AOFA 5CT0A 4EBWA 4RX5A 4F65A 4A55A 4A9TA 2YWVA 1J7UA 3OUKA 4K33A 4MNEB 4CTBA 3TUDA 1PKDA 3FQHA 3KIOC 4QOXA 4RX8A 5AADA 3PIZA 1E8WA 1YDRE 3FEGA 1WBOA 3UPZA 1UNHA 3G9NA 3FWQA 5DHJA 4EYMA 5G55A 2ZM4A 3NUUA 4PDYA 3EL7A 2ITYA 5DT4A 3ZMMA 5BQ0A 5HLNA 2GPHA 3QCXA 4JOAA 4WIHA 2WXPA 4D28A 3C9WA 1FVTA 4YZ9A 4CKJA 2PVLA 4U6RA 3ALOA 3E64A 1OIQA 1TFFA 4I6LA 4F4PA 3DAJA 4QMZA 4DFZE 4FKVA 3AC1A 3PRIA 4ALWA 3D7ZA 1XBCA 1CKIA 3D7TA 4MQ1A 4NL0A 4J97A 3MVJA 4CMOA 1ZXEA 5AUTA 3L54A 2AEGA 2ITQA 4NIFB 4PUZA 4EHVA 1PXJA 4I6BA 3ZUTA 5KMNA 3PJ2A 2IPXA 4WSYA 4R1VA 2OIBA 5LWMA 3PYYA 4F78A 5JRQA 5HORA 3MPMA 1YOMA 4D1XA 3UO5A 5HBEA 1H1QA 3R9RA 5D41A 3EQGA 4C58A 4XG3A 3PZEA 3U54A 1YXSA 4QYFA 4EOLA 2XRWA 4UWGA 3B8RA 1U5RA 3ERKA 5HIBA 4DFYA 4AOIA 4DEBA 3HUBA 2XKEA 1YWRA 2XIZA 5EDPA 1WCCA 3FMKA 4EH4A 4RX9A 3C0HA 1NT2A 2JBPA 2CCIA 3MH1A 5TOZA 4XZ4A 2GHMA 1PJKA 4H05A 2A4ZA 1P2AA 4C2VA 4YTCA 2BMCA 2CNQA 3CJGA 2G9XA 5FEDA 2P55A 3T8MA 5IA5A 2W1EA 3LCOA 2XKCA 4PDOA 3QXPA 3DTWA 5LVLA 5CEKA 2O2UA 3GFEA 1JVPP 3Q2MA 3RGFA 4EBVA 4FTIA 3UNJA 3SA0A 2A2AA 4U79A 5BMSA 2VTSA 2X7OA 4G3GA 3KCFA 5ANGA 3LFCA 5I9ZA 4ANVA 2BRHA 2JD5A 3MH2A 3NPCA 3VONA 5L6WL 4FZ7A 4FJYA 4IAFA 5GINE 4O83A 1F0QA 3EFKA 1OECA 3T9TA 3R2YA 3V6SA 4A9RA 5C4KA 5IA1A 4QMWA 4XOZA 1Q8YA 3NW7A 3PJ8A 4TTHB 5M4CA 2W05A 3D15A 3QAME 1UVRA 5EHYA 4GG7A 3U9NA 4YHFA 5JGAA 3I1AA 3HX4A 3P7BA 3AC3A 4ZY4A 2IVUA 3SXSA 3CGFA 3R0TA 2G2FA 4FK3A 2WMUA 3S95A 3PSCA 4AT4A 1Y6BA 4C37A 4HVBA 1X8BA 4LV8A 4O7LA 1AGWA 1OPJA 4CXAA 3VUMA 4JX7A 2WMVA 4YJPA 3JVSA 4MXZA 4FV5A 4WT6A 4OBQA 2PYWA 2XF0A 5AP5A 2X9EA 4ENXA 4IE9A 4I6FA 3PVWA 1JPAA 2VN9A 5DNRA 1QPDA 4PTEA 4QTEA 4Y5HA 5HG9A 1J7LA 4RJ6A 4L1BA 3R01A 3OP5A 3TZ7A 4JT3A 3QQKA 3L08A 3DY7A 1WFCA 1W8CA 5I9YA 1BUHA 3ORZA 3SHEA 1BMKA 3IW6A 4WG3A 4BDDA 3T8OA 5JZJA 4GCJA 3QQJA 3H4JA 5JFVA 5J95A 2H9VA 4HLEA 3HMMA 4FSNA 4FA2A 3G51A 2IVTA 3RM7A 3AT3A 3BU6A 1QPJA 4FV4A 3SRVB 5BYLA 2XBJA 3KMMA 3MI9A 1YW2A 3C4EA 1CKJA 1G8JA 4RWLA 3ULZA 2W99B 4IFCA 1P4OA 2YZAA 3LJ0A 3EQIA 1W0XC 4UXLA 1REKA 3ET7A 3HMNA 4DYMA 2YFXA 5ANKA 5E1SA 4AWIA 5EW9A 4DC2A 3ZLXA 1YKRA 3LHJA 4BC6A 4U40A 4RFMA 2QQ7A 5IA4A 4L52A 3HUCA 2F9GA 1NVQA 4YU2A 4EH9A 4O7WA 4FIHA 2YAAA 3EFLA 2XS0A 4MYGA 2ZV9A 3RAHA 4IWOA 1M52A 5ANDA 1MUOA 4C33A 3BHHA 3FY0A 5BYZA 3NCGA 3N4VA 5HCZA 4EK3A 4P90A 2WIHA 5HTBA 3LMIA 3DNDA 3QHWA 2PE1A 3ATTA 3NYVA 5HLWA 3IHYA 3R9NA 4LRKA 2YIXA 5CU0A 2YN8A 4QYHA 1RE8A 4Z3VA 1XJDA 4IX5A 3GT8A 4E6QA 3QHRA 4S33A 4BKJA 5HVYA 3AC4A 5IQGA 3NNUA 2WIPA 4QNYA 5LMBA 1RW8A 3HRBA 3L9LA 2V7AA 4FTTA 1UKIA 4JDKA 4ONAA 2WEVA 2OSCA 3V8TA 2XAOA 4FOCA 4ZY5A 4GFMA 2BAKA 2F7EE 3TL5A 2ZDTA 3L8XA 3E92A 4HNIA 3ENEA 4XG4A 2OJIA 3UJGA 3FKOA 3RCDA 3ML9A 2BRMA 4D0XA 4DDGA 2Q0BA 3NNXA 2Z7SA 2VTNA 1B39A 5AUYA 1JAMA 3BYSA 3TIYA 1KV2A 4L68A 5BVKA 3RNYA 4DTKA 3PE1A 4UWBA 4D4SA 3OW4A 1EH4A 1O6YA 4PTGA 4FEWA 4QYGA 2YIQA 5CVHA 4CFNA 3TUBA 2QOKA 1IA8A 2XYNA 3FMEA 2Y4IB 5FXRA 5A4CA 2Z2WA 3U9CA 4AZTA 4L67A 4C0TA 4AAYA 3FC2A 4E73A 2VTAA 3BE9A 3EWHA 1FVRA 4BCNA 3B2WA 3IOPA 2PVKA 4BZDA 5JKGA 3PP0A 4H3PA 2IJMA 3LM5A 5JEBA 4ANBA 2WEIA 5LMKC 3W18A 1JSTA 4H36A 4XH6A 4MXCA 3L8VA 5FGKA 2C0IA 4FJZA 2JDSA 2XANA 5EYDA 1E90A 4CG8A 3NUXA 4CFMA 3TDVA 5HG7A 3BEAA 4CG9A 4ANUA 4H3QA 4NW5A 1BL6A 3UDTA 1PYXA 2GNFA 5GJFA 3DB8A 2WMAA 4DINA 3FLYA 2PWLA 4XP0A 1SYKA 2XVDA 4UYNA 3VN9A 4DG3E 5CX9A 2C1BA 5HNGA 5IQEA 1LEZA 3ACJA 4HJOA 1PXMA 4U81A 4EOOA 1H1WA 3KXXA 2A4LA 2C5VA 1P14A 2W9ZB 1Q97A 3IPHA 4KAOA 3PPJA 4ASZA 2J5EA 3R28A 5EDQA 3Q6UA 5A4QA 2IZUA 3T3UA 4KRCA 4RIXA 3WYXA 1L8TA 4I6HA 4TYEA 3PWYA 3MIAA 4XG2A 4BCIA 4EL9A 2R7IA 2ZMDA 3TL8A 4AW0A 3EFWA 5ANJA 4MBJA 3T9IA 3A61A 4OBPA 2P0CA 1T46A 3FZ1A 5TF9A 4UZHA 1W82A 2A19B 2WMWA 4WWPA 3G33A 4H1MA 2X9FA 4QQCA 5DRDA 3TV7A 4FJVA 2VO3A 2W0JA 2XARA 3IBEA 2JITA 4X6QC 3W2QA 3K5VA 3OWPA 2BAJA 2HW6A 3OOMA 4YTIA 4B8MA 1OIUA 2V22A 1V1KA 3ODYX 2BZHB 3FXZA 3CIKA 4MBLA 4J96A 4Z7HA 3GU8A 2C30A 3WYYA 4CVAA 3A60A 3C4ZA 5M4FA 3APDA 3QJZA 3LOKA 4JS8A 1M7NA 3MH3A 1OB3A 3GCSA 3BQRA 3UTOA 3QRTA 2GS7A 3EN6A 3EYHA 3HDNA 4QPSA 1FMKA 4TN6A 3UIUA 5L6OA 1LR4A 4M15A 2Q83A 4JQEA 1YWNA 3UNKA 3LZBA 2BAQA 2EB3A 2JBOA 5CYIA 4WKQA 3C7QA 1R39A 2OW3A 2CGWA 3PLAE 2YM3A 4BTMA 4YMJA 4QP6A 3ZC5A 4RVKA 4O7ZA 2I40A 1K9AA 2XUUA 3A2CA 4BBFA 1Z9XA 4GT3A 3PG3A 3I0QA 4CD0A 5DVRA 5E8UA 2UVYA 3D5VA 1SZMA 3BWJA 2EVAA 4LL5A 4HGEA 2GFSA 4PS7A 3AMYA 5A4TA 4OTIA 2FYSA 3ML1A 1H8FA 2WXVA 4FTQA 4J1RA 4AN3A 2QOBA 1H4LA 4R78A 1WZYA 3FMDA 4UV0A 5LXMA 1HCLA 3ATSA 2WMXA 3R71A 4ITIA 1ZMWA 4FNWA 2UV2A 5CNOA 4CV9A 4ERKA 4EZ3A 4BYIA 5LVOA 2UZBA 2PMLX 3PS6A 1ZWSA 4M12A 1MP8A 2HWPA 3ZC6A 3QX4A 1YXXA 4RPVA 1GIIA 4IWQA 5CEIA 4XLVA 3QALE 3LXPA 3QCSA 2ZMCA 4D4VA 4TNBA 4GW8A 2QD9A 1JOWB 4XV3A 4FTLA 4YO6A 4F70A 2QO9A 2BKKA 2BUJA 3MPTA 4FA6A 4L42A 5JQ5A 1OIRA 1WVXA 4X3FC 4UWFA 4QMYA 4ZTHA 3RAIA 2WQOA 4KA3A 4ITJA 4QTBA 3P7AA 2J7TA 1QL6A 3OFMA 4OTQA 1OVEA 2QHNA 3MS9A 2YHVA 3WF9A 4CNHA 4EC9A 2GTMA 3VUIA 1OKVA 3BGPA 4K18A 1ZYSA 3FMJA 4R3PA 1VJYA 5FG8A 5H8BA 4BGGA 5IQDA 3Q60A 5CT7A 3NNVA 4QP7A 2CHWA 4FV8A 3COMA 2CKQA 3QX2A 4XHKB 4C61A 4PF4A 4I0SA 3A7FA 4FV0A 1H26A 4ACGA 4DHFA 3O71A 4YLJA 2CMWA 3TNPC 2PMNX 3HA6A 4EONA 3QUEA 5IEXA 2VU3A 4CFVA 2UZWE 4OVUA 3LFBA 4GEOA 2Y7JA 4BDGA 1WBTA 2I0YA 2PE2A 3ZTXA 4IVCA 4ZSGA 5AA9A 5M4UA 5I9XA 2YITA 3LFQA 3VBVA 3QC4A 3VVHA 4BI1A 4ZJVA 4FTCA 3ZUUA 3V5JA 5KHWA 3HEGA 4GG5A 4BGQA 4HVIA 5HZNA 4JVGA 5IQAA 1Z57A 2W9FB 3S3IA 3EZRA 2X6KA 3U87A 2BTRA 4DH3A 3UIBA 2OZAA 2WZJA 4KKHA 3DKGA 3E93A 2JDOA 2PMOX 4OLIA 2F7ZE 5A4LA 5IDNA 2P3GX 4DBXA 4A07A 4WAFA 2WMSA 3MDYA 4U44A 5HESA 3QQUA 1GAGA 2OICA 2YM4A 4BB4A 4YTFA 3O7LD 2X1NA 4FSQA 3HIZA 1GIJA 4HCVA 4W4XA 3DJ5A 3OAWA 2WXOA 1YHSA 1PKGA 3O8PA 3FAAA 5CLPA 5HGIA 3W8QA 3W0MA 4IVDA 4WWNA 3ZONA 2R3QA 1GY3A 2C5NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AKJ A;  3AKK A;  3AKL A; 
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 1YXV A;  1WBN A;  2XK9 A;  3OY1 A;  3KXN A;  4FIG A;  4E5B A;  3DAE A;  3Q53 A;  4EK6 A;  4XV9 A;  2WXN A;  2VWB A;  5F20 A;  3ROY A;  4BCG A;  2OU7 A;  2RGP A;  2ZYB A;  4F09 A;  5HBJ A;  1DAY A;  4QNA A;  4U80 A;  5AUV A;  2XJ2 A;  3U6I A;  3S0O A;  3PRF A;  1PME A;  4NM0 A;  4NUS A;  4O84 A;  5FQD C;  4TW9 A;  3ZVV A;  5IZF A;  2R3H A;  3QTU A;  3JS2 A;  4C38 A;  3COI A;  5E8S A;  3I81 A;  2EU9 A;  1ZMU A;  2VRX A;  2YAB A;  3NNW A;  2X8E A;  5AP0 A;  3QZF A;  2WXG A;  4FT3 A;  2X6E A;  2YA9 A;  3R7R A;  3R6X A;  4TYH A;  4FG7 A;  5AV3 A;  3UIX A;  4EOS A;  3F88 A;  3RAL A;  2WMB A;  3UE4 A;  4B7T A;  3OTU A;  4YO4 A;  3KRJ A;  4FV2 A;  3QLF A;  2PUU A;  4EZK A;  4X7Q A;  1YDS E;  3W0S A;  3LLA A;  5KE0 A;  4G16 A;  4LOQ A;  4IAZ A;  4RZV A;  3VS2 A;  4JXF A;  4UB7 A;  4FSU A;  4I5C A;  2XM9 A;  1ZYC A;  2OXD A;  5KO1 A;  4FKW A;  3KMW A;  4O0R A;  3R7V A;  3TCP A;  3VS7 A;  5DYJ A;  3MPA A;  4ZTQ A;  3RPS A;  4PX6 A;  3WF6 A;  5IH6 A;  5LVM A;  3KU2 A;  5HTC A;  4GIH A;  1SM2 A;  4FK6 A; 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