3AKJA

Crystal structure of a helicobacter pylori proinflammatory kinase ctka
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
294
structure length
275
Chain Sequence
PTIDFTFCEINPNKISLFYNNELYMVKFPPTNGCFSEYVACHIVNSLGLKVQETLLGTYKNKIVVACKDFTTHQYELVDFLSLKNTMIELEKSGKDTNLNDVLYAIDNQHFIEPKVLKCFFWDMFVADTLLGNFDRHNGNWGFLRASNSKEYQIAPIFDCGSCLYPQADDVVCQKVLSNIDELNARIYNFPQSILKDDNDKKINYYDFLTQTNNKDCLDALLRIYPRIDMNKIHSIIDNTPFMSEIHKEFLHTMLDERKSKIIDVAHTRAIELSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Helicobacter pylori proinflammatory protein up-regulates NF-kappaB as a cell-translocating Ser/Thr kinase
pubmed doi rcsb
molecule keywords CtkA
molecule tags Transferase
source organism Helicobacter pylori
total genus 92
structure length 275
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2010-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07804 HipA_C HipA-like C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.1070.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 3akjA02
3.30.200.120 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3akjA01
3AKKA 3AKJA 3AKLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A4LA 5BUEA 2Z60A 3MI9A 5D1JA 2QODA 1O6KA 2ITTA 2X6DA 4UWFA 4GFOA 4UYAA 4GK4A 3UDSA 2WEIA 2X7OA 4JG7A 4IJPA 3EIDA 4I5HA 1W0XC 4P7EA 4DH5A 3DPKA 5H3QA 2OH4A 5IMEA 3EFWA 5JZNA 4IADA 1LUFA 3UNZA 2VU3A 4FBXA 4OW8A 5AX9A 4AF3A 5C4LA 4BBMA 5CQUA 2HENA 3QZGA 4UALA 2ZM3A 3HMNA 3VNTA 5HQ0A 4Y72A 5JGAA 4B9DA 4DE4A 2PMOX 4EOOA 2W9FB 2XJ1A 3AD5A 4MXYA 4RA5A 1ZMVA 4BKJA 3UOHA 1Q8WA 4I0SA 3PSCA 3C0IA 3N4TA 3O8UA 3IO7A 1H1PA 4FSRA 4ZTQA 3EQHA 5JRQA 4G17A 4G5JA 2RL5A 3VBQA 3ZLYA 5EYMA 2X38A 4NTSA 4BBEA 1FGKA 3OEFX 2JKKA 3RGFA 3D5XA 3ZBXA 5L6OA 4FT0A 4RSSA 2BZKB 3O8TA 2PVHA 4EONA 1AD5A 4C3FA 2IZSA 3BQCA 4FKUA 4ASEA 3QUPA 5LVPA 3QRTA 3FLZA 4J96A 1RE8A 3KN6A 1LEZA 4LDTA 4WAFA 2X0GA 2QR8A 3FZPA 4TUUA 3PXRA 1LPUA 3UMWA 4H3BA 5A4QA 5CEPA 4XE0A 4LV5A 3NUYA 3N4UA 2F7XE 4AE6A 4N6YA 4TYEA 4CT1A 2XARA 2J9MA 3LS8A 4S31A 4F0GA 5L2WA 3GC0A 2V22A 3BRBA 2VTAA 4I5PA 4CGAA 2XM9A 4I4FA 4R5YA 4RIXA 4F9YA 3UZPA 4FE2A 1IR3A 1UVRA 4BN1A 3Q3BA 1YDRE 2IVSA 5HG8A 5CF8A 1H1WA 2HY81 4IAYA 3RHXA 4QYFA 4ZEGA 5BVNA 4L68A 1AGWA 2FH9A 3S2AA 5CT7A 3MJ2A 1VYZA 2RGPA 1OBGA 3R22A 3E62A 3D14A 3UNJA 4RC3A 2YFXA 2YABA 3C50A 5JSMA 5CAUA 3UP2A 3MA3A 2A0CX 1G5SA 3QAME 1R0PA 1CMKE 3HNGA 3E8DA 3LCTA 4L52A 4E6AA 3DB8A 4TYHA 4TWNA 5HLNA 1EH4A 1KOBA 2ITUA 4YTCA 5ETAA 4AZWA 1SVHA 5E8TA 5AX3A 1XH5A 3LM5A 2WMBA 4GMYA 4JNWA 4GT3A 4PMSA 3L9PA 3FZ1A 4K6ZA 3NAYA 4XG7A 4ZJIA 2Z7SA 3HMIA 2HELA 4R1VA 1WBSA 4UWCA 3FQEA 4PTEA 3LM0A 5DNRA 3ULZA 3QX4A 4D58A 1GY3A 2UZVA 2XM8A 3W2OA 4IW0A 4BBFA 4ZSGA 2WXIA 4RPVA 1PXMA 2CNVA 5K5XA 2QG5A 2Y9QA 3OWLA 3ZVVA 4V05A 4AFEA 2PMNX 4YLJA 4AWIA 1JBPE 2AC3A 3MWUA 3AT3A 3ATSA 5HICA 3ZEPA 3FI8A 4KKEA 4CMUA 1CM8A 5JFVA 3DK3A 4U3YA 4NW5A 1E7UA 4AJWA 1LR4A 3OZ6A 1J91A 2OWBA 2HOGA 4L1BA 3KF7A 4L46A 4CXAA 3FLYA 4E73A 3EB0A 4UXQA 3KXXA 5J1VA 3OG7A 3CE3A 5J9YA 4C4GA 3A4OX 5A14A 3GOKA 3E8CA 2QU5A 4MYGA 4EBWA 3ZS5A 2C69A 5I5ZA 3GVUA 2ZAZA 4RFZA 3ROYA 2RKUA 3APCA 4KB8A 2P0CA 5C03A 4GB9A 2PZ5A 3CKWA 5IPJA 2RFDA 3KXHA 1LEWA 4EUTA 5E1EA 3AD6A 3KRXA 3PSDA 2BTRA 4QMVA 2YM4A 1KWPA 4C35A 3DBSA 3IOKA 2WTIA 3Q96A 3QBNA 4O0TA 4CV8A 5M4IA 5HZNA 3QKMA 5E8ZA 5AV0A 4IB0A 3HV3A 4XCUA 4NFMA 5BVEA 1OPKA 3N4VA 4IZ5A 4PY1A 2QKRA 4TN6A 4ZP5A 4D0XA 4UWHA 3A7JA 3JXWA 1XQZA 4FV8A 4M0ZA 4M67A 1OB3A 1NVQA 4O0XA 2HY0A 4FICA 1UU9A 2YCFA 4IB5A 4FHJA 3DNEA 1ZOEA 1XH6A 4O2PA 4QMUA 3ALOA 3VW6A 5DRBA 1PMNA 2W9ZB 2BZJA 3COKA 3TTJA 3P86A 3LFEA 4U8ZA 1M17A 2PMIA 5F1ZA 5HVJA 3PZHA 2CHZA 3D7TB 3G9NA 2PVLA 4Z16A 2OZAB 4MNEA 4O83A 3I6UA 2FB8A 1Y6BA 4EHZA 5LQFA 5M53A 2QOBA 5IQIA 3NX8A 4CFFA 4TKSA 4O38A 2VWIA 4MVFA 3T3UA 1CKPA 5CAPA 4ALVA 1FVVA 4ANWA 3E7VA 5ICPA 4WOVA 3ZO3A 5BQ0A 4AW2A 2JDOA 1KV1A 3L9NA 3LCDA 3PDTA 2CGWA 4PNIA 1BL6A 2R3MA 2WMXA 5DBXA 3W2QA 4HVIA 4DGNA 3DQXA 4XG8A 2HXLA 2IWIA 2XA4A 3HVCA 3TT0A 4YMJA 2JAVA 2Z7QA 3P4KA 2OK1A 5HHWA 1H0WA 4A4LA 3I6WA 2XH5A 4GKIA 4ANLA 3FAAA 3SA0A 5IQEA 4EEVA 3DAJA 3BCEA 1YHSA 3DJ7A 3MIAA 5HU9A 1CTPE 1OIUA 1JNKA 3QQJA 4GFMA 4AT5A 1SM2A 4USDA 3EN9A 1KUTA 2C68A 2JDTA 3O23A 2ITXA 5ANJA 3R1YA 5CALA 3L8PA 3MJ1A 5E8VA 3P9JA 4FV1A 2R3GA 4O86A 3CQUA 3QGYA 2IPXA 4DN5A 2X2MA 2WMSA 4AP7A 3P2BA 2VO0A 3DTWA 3NYXA 4FZDB 5TF9A 2A19B 1OMWA 1XBCA 4F6SA 3CCNA 3UC4A 5J87A 4GFGA 3Q9YA 5CTPA 4IWPA 3QTWA 2I6LA 3NW7A 4FKOA 4Q9ZA 4LMNA 4FKTA 1H24A 4J99A 4BCOA 5DEWA 2VTIA 4HCVA 4Q5HA 3HV4A 4EOIA 3T9IA 4FL2A 4S32A 4NM5A 3IW5A 4CFWA 2O8YA 1GIIA 4O0SA 2AC5A 5IQBA 1T45A 4TT7A 4WO5A 3THBA 4F65A 4L7SA 4WBBB 4FIHA 4J1RA 1MRYA 3COMA 2GQGA 5BVOA 3GXLA 4FTRA 5IUIA 4AOFA 1X8BA 4R3CA 2PK9A 5J5SA 2CLXA 5HNBA 4C4HA 3SGCA 5J7HA 4FKIA 4I24A 3FKLA 4IAFA 3R7UA 3QQUA 4BYIA 3U87A 5D12A 3QXOA 4IANA 4Y83A 2ZDTA 1ZARA 3N51A 4DEDA 5K9IA 4ZSJA 4DA5A 2HWPA 2ITQA 3BPRA 5CVFA 2ZM1A 4QP6A 3TZMA 2PUPA 2E9PA 4XYFA 4I6QA 3TN8A 5FDXA 3CTHA 4ZK5A 5IA1A 5HBEA 4OTFA 3ZFMA 4HNFA 4NT4A 3LPBA 4TWPA 5FG8A 4EH4A 4JR7A 2FUMA 4RJ8A 2UZLA 4F70A 3E93A 2GNHA 3QRKA 3F5XA 2B0QA 2PVFA 2YJRA 3C5UA 3QC4A 4RJ5A 3C13A 3UDZA 3TMOA 4I6HA 4NL0A 2ZB0A 3ZH8A 4L01A 1WBOA 2YIXA 4G34A 4W4WA 5F94A 1QPCA 2CDZA 4IC7A 4BIDA 4KKGA 2Y6MA 2PHKA 3GENA 4KS7A 4P90A 1PW2A 3IQ7A 3Q52A 4ZSLA 3S4QA 4CKJA 4YO4A 4AXAA 4JBQA 4KRDA 2V5QA 4NJ3A 4QYGA 2P33A 2Y4IB 4FEQA 3KVWA 4ITIA 3W8LA 3NUSA 4PS3A 3PXQA 4RC2A 4RJ7A 4WUAA 5BUIA 3FE3A 3PJCA 5CY3A 1KSWA 4ACGA 4GUBA 3PA4A 4PL5A 5CAQA 4GL9A 5ETFA 4D1XA 3R8VA 3OBGA 2VZ6A 3K54A 4Y95A 1GZKA 3MV5A 2A1AB 2EXCX 2H6DA 4L3JA 3EKNA 3LFBA 5B2KA 3L13A 4E5BA 4O2ZA 3LMHA 4KS8A 2IO6A 4I4EA 3BEAA 3IDBA 3JYAA 3HP2A 2YM8A 5TT7A 2XKEA 4H05A 4IB1A 4EL9A 3W2RA 4DH1A 1JKKA 3F82A 4IHPA 4IEBA 4USFA 4JPSA 3AGMA 2YN8A 4EHVA 4QTEA 4FIJA 3AT2A 3ORKA 4HPTE 4NWMA 1UNHA 1M2QA 5HI2A 2F4JA 3FEGA 4WG5A 5H9BA 1BUHA 2W17A 1BMKA 4I23A 4CFUA 5JHAA 3UYTA 5AV4A 2CKQA 4FV5A 4EOKA 2X4FA 3GFWA 4F7JA 5C9CA 3FLSA 4OVUA 3V5WA 3O8PA 4K8AA 5DT0A 3V04A 4LOOA 4O6LA 3F3VA 5HIDA 5E8XA 3Q2MA 2XUUA 4YJQA 4F99A 3GC7A 4PDOA 4WNOA 1ZLTA 1Q8ZA 3ZLWA 4L43A 4CRSA 3FSFA 4MKCA 2R3LA 2VWXA 4LYNA 2YZLA 4JG6A 4O0UA 4MQ2A 5L8JA 3WF8A 4E4MA 3G90X 3ZU7A 4HVHA 4LL0A 5FEDA 5HD7A 4I93A 1OL7A 2ITPA 3GI3A 4I6FA 4K2RA 3D4QA 2CPKE 3KXNA 2W1DA 1H8FA 3AMYA 3PFYA 4HVSA 1YOJA 1F5QA 3W0NA 2YM5A 4A4OA 3PVWA 4MF1A 3NZUA 4I94A 3PUPA 2REIA 4DFUA 3W0MA 3ZFXA 5KNJA 4FLHA 2IN6A 3ATTA 3FBVA 3KU2A 3WBLA 1ZXEA 3QGWA 5C27A 4HGTA 5HORA 3P7AA 3ORPA 2VWZA 3CIKA 2BDFA 5CU2A 2XK3A 3FJQE 3ZDIA 1YKRA 3CLYA 2W1EA 4KBAA 4L53A 3HEGA 5HTBA 4X2JA 1G8JA 3PFQA 1WCCA 4XV1A 4FKGA 3V51A 1A48A 3DBFA 4E6QA 3Q9ZA 4OBPA 2YDJA 4IAZA 3T9TA 4DTBA 3TUBA 3GCUA 4WT6A 3U54A 3LXNA 2BVAA 2UW4A 2AUHA 4UZHA 4CLIA 3HMMA 3MFUA 4NU1A 5KMOA 5IF1A 1DAWA 3LFCA 1DI9A 5E8SA 3SKCA 4BTMA 3VJOA 2WU6A 4EQCA 3RK9A 5LCKA 2PVYA 4RT7A 2CGVA 3CP9A 1IASA 4XOYA 5IEVA 2YIQA 2B54A 4OBOA 4WA9A 4QMQA 4ANUA 3EFJA 3RWPA 4DTAA 4O7WA 2I1MA 2ZM4A 4F64A 4J52A 2R3QA 4BCNA 4P5ZA 3ORLA 2OXXA 2YEXA 5AAFA 3QX2A 4ACDA 2WQNA 4A06A 2OXDA 1OI9A 4DEEA 3L8SA 4E26A 2CKPA 2ITNA 1OKZA 2W96B 4A55A 1E7VA 4NKSA 3VUDA 5JKGA 5EYDA 3F3ZA 3ZC5A 4GT4A 2LAVA 3NNUA 4QMNA 4K1BA 3PRFA 2PUNA 4M8TA 5IZFA 4BJJB 2X6EA 3EN4A 2WXPA 3C51A 3KC3A 4X7QA 4AE9A 4FT9A 3APDA 5CVGA 4EOSA 4HGSA 4EZJA 4LV8A 4YJTA 5LVOA 4R7IA 4EYJA 2WPAA 3IBEA 2XKDA 3FLNC 4E5WA 3LOKA 3VUHA 3HUBA 4IIRA 4WRSA 3UGCA 2UVXA 4BIBA 5LVMA 3F5GA 5KUPA 3R7RA 2HZ0A 3QLFA 4XG3A 3R8ZA 2WOUA 1FMOE 4WNKA 4RIYB 4USEA 2GFSA 5M07A 3W0OA 4CSVA 3H10A 5C4KA 2QO7A 3VVHA 3F88A 3NYNA 4FIGA 4C4FA 2C6KA 3HA6A 2XIXA 3QQLA 1PXNA 4LQMA 4QTAA 4XBRA 3ERKA 3D0EA 1E90A 2OJGA 3T8MA 1VLRA 3NW6A 1H07A 4NK9A 4Y46A 4AAAA 5CS6A 3EQDA 4BCGA 1RQQA 4FSUA 4OTQA 3C4CA 4G3CA 2QOIA 3BZ3A 4FV9A 4CCUA 2UZWE 2WTCA 4BHZA 3I4BA 3P5KA 4WUNA 3RK5A 2F2UA 3PG1A 3NMUF 1U4DA 2WFYA 2UV2A 5KZ0A 4AOTA 3F61A 1DAYA 4TWCA 2UW7A 4FUXA 5M06A 4DLIA 3PRIA 4UN0C 2I0YA 3DCVA 1JKTA 3DJ6A 1J1CA 4Y85A 5L2IA 4FHKA 3D5VA 4FV0A 4QNYA 4X21A 5M4CA 4JIAA 2R7IA 2WNTA 1ZY5A 5FEEA 5M56A 4YTIA 4B8LA 3BYVA 1TQIA 4OTGA 5ANOA 4YHTA 3DZOA 2IVUA 4DEBA 2VNYA 1IA8A 4GCJA 5EG3A 4G16A 2Q0BA 3TDWA 4Y5QA 4X2GA 4J71A 3EFKA 3IW8A 2B52A 4YU2A 2ZVAA 4MXXA 3VS6A 3LKMA 2GNIA 2YM7A 4DCAA 1PMUA 3WZDA 4N4SA 3E87A 4XV9A 4L45A 3TTIA 4YURA 5C8MA 2F57A 4BDEA 5BX0A 3WYYA 2PL0A 4ZTNA 3BI6A 4MXCA 3E7OA 4V04A 3ACKA 4QDVA 2R3KA 2B9JA 2WQBA 3GCPA 4HJOA 3WZKA 5E8YA 4L44A 3OUNB 4J7BA 3ZC6A 2WELA 4NCTC 3CBLA 3AG9A 3IOPA 1JOWB 3JVSA 4XP3A 4XP0A 3P79A 4LI5A 2BIYA 3BL7A 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 3AKK A;  3AKJ A;  3AKL A; 
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