3AKKA

Crystal structure of a helicobacter pylori proinflammatory kinase ctka
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
PTIDFTFCEINPKKGFGGANGNKISLFYNNELYMVKFPPKPSTHKEMSYTNGCFSEYVACHIVNSLGLKVQETLLGTYKNKIVVACKDFTTHQYELVDFLSLKNTMIELEKSGKDTNLNDVLYAIDNQHFIEPKVLKCFFWDMFVADTLLGNFDRHNGNWGFLRASNSKEYQIAPIFDCGSCLYPQADDVVCQKVLSNIDELNARIYNFPQSILKDDNDKKINYYDFLTQTNNKDCLDALLRIYPRIDMNKIHSIIDNTPFMSEIHKEFLHTMLDERKSKIIDVAHTRAIELSLQH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Helicobacter pylori proinflammatory protein up-regulates NF-kappaB as a cell-translocating Ser/Thr kinase
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Helicobacter pylori
molecule keywords CtkA
total genus 102
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2010-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07804 HipA_C HipA-like C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.1070.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 3akkA02
3.30.200.120 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3akkA01
3AKKA 3AKJA 3AKLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YABA 3LFDA 4HVHA 1H0VA 2ERZE 4F9YA 4I1ZA 2GPHA 2QO7A 4ANQA 1H26A 4Y72A 3L16A 2C1BA 2CN5A 3MS9A 3SAYA 4CT2A 5HHWA 1IG1A 4BDEA 3QCXA 3BLHA 4OLIA 1R1WA 2XALA 4C02A 3LXPA 4DGMA 4C4HA 2IVUA 3DKFA 1UU9A 4BCHA 4ZMFA 4AOFA 4HVBA 2PVNA 3QUDA 3FDNA 2BMCA 1OUYA 3OCTA 1CKPA 2WQMA 2J0IA 1OM1A 1KE9A 4FV2A 5TF9A 3VW6A 2VTTA 1GOLA 2PVYA 4HGLA 3U54A 3T8MA 2YFXA 4YPDA 1PJKA 3D15A 2OK1A 3EN9A 3LIJA 3OBGA 3PP0A 3UBDA 4RRVA 4L2YA 5C8MA 3GC7A 4E6QA 4ZMEA 3C4FA 4XG4A 4NFNA 2YDIA 2FYSA 3F82A 1FGIA 3ODZX 5KKRC 2B9IA 3ANRA 2IO6A 5L2WA 1JLUE 1CSNA 4FTLA 4D55A 2R3KA 2OICA 1YI4A 4RLKA 4LL5A 5H8GA 4JX7A 4CV9A 3EQPA 3P2BA 3ORLA 3R9HA 2GFSA 3I0OA 2F7XE 2H96A 4E4LA 3MV5A 3VBTA 4YJQA 4USEA 1YWVA 2BPMA 4GK4A 1JBPE 1Y91A 3EN4A 2IZUA 3I7CA 2OJFE 3W1FA 4D2SA 3IW5A 4KKEA 2HENA 2RFEA 4UWLA 1GY3A 4QYFA 4EOKA 5JT2A 4GMYA 3ZSHA 2W1GA 3VULA 3TKUA 4YUQA 5JRQA 2FH9A 3QCSA 3K3JA 5L8LA 3LCOA 4Q9ZA 3UOLA 4AQKA 4W4YA 4EH9A 3NX8A 4B99A 3CGFA 4RIWA 3TZ9A 3HHMA 4O7RA 4EHVA 5ICPA 4HVIA 4II5A 5LVOA 2W4KA 5CT7A 4UX9A 5ANKA 3L08A 4GG5A 4EK5A 4F9WA 3DZQA 4IE9A 2OJJA 3W2OA 3QAQA 3LMHA 2Z2WA 3O8PA 2FA2A 3VN9A 3WIGA 2ZV7A 2WTVA 1U5QA 5CU2A 5HE0A 4BBEA 3FLSA 5L8KA 1ZMWA 4FEVA 2EB3A 2OJ9A 1TVOA 2WKMA 5CANA 3SG9A 1PYEA 4O0XA 2H34A 3IONA 3MA3A 2XCKA 3DS6A 3F3ZA 5BYLA 4S32A 5A54A 3IGOA 2ETMA 5HVKA 3JUHA 4FTTA 4C4JA 3ENMA 3NVKI 1BKXA 2X81A 3C9WA 1XH4A 3CPCA 1ZY5A 4CFFA 3H0ZA 1MQ4A 4JT3A 4CKIA 4F6SA 4XMOA 4QMYA 4FTAA 3FZPA 4J96A 3G2FA 2ITOA 3NYXA 4DBXA 2PSQA 4O91A 4MNFA 3QTWA 1OL2A 4DHIB 3IW7A 2JBOA 3WBLA 4MBLA 4Q5EA 5ETAA 2CDZA 4QMWA 5HLNA 2PMIA 3SW4A 3ZC5A 4D4YA 2WMBA 4IZ7A 2XYUA 4TNDA 4A9SA 5EYCA 4HPUE 5AA8A 4R3PA 5I9YA 3HGKA 3RMFA 2NRYA 3LFFA 4V0GA 4PV0A 1TQMA 3NYVA 2P3GX 2X8EA 4FKIA 2WXMA 3ZXZA 2WTWA 4QYYA 3TXOA 1PXPA 5FEQA 5B7VA 3WILA 1LEWA 3F69A 5C1QB 5L2SA 3LLTA 3H0YA 4R5SA 2G1TA 1O6YA 4ORKA 4M12A 3DT1A 3DB6A 1XO2B 3PJ1A 2PE2A 1S9JA 2Z7QA 4YJNA 4ZY4A 3GVUA 5E7RA 4NKSA 4DGGA 3E8EA 4FT5A 4OTFA 4KKGA 3S3IA 1J1CA 2WMUA 3FAAA 4KRCA 1M2PA 3I79A 5FDPA 4EOSA 1G8JA 3E92A 3JY9A 3FMKA 2VWXA 3JS2A 4YZNA 5EOBA 3LS8A 2XVDA 1GIHA 2E9VA 4O27B 4DLJA 3GU8A 3HMPA 4O7NA 4YJUA 1ZYDA 2VN9A 3MH0A 2HXQA 2I0EA 5HZNA 4QMQA 3BYVA 3ZCLA 1UWJA 1XH9A 5AUXA 1ZLTA 2YCFA 3E8CA 4FV1A 4RIXB 3QAME 3HKOA 4RC3A 4EQUA 3FPQA 4O7YA 3NNXA 4EQMA 3DTCA 1P4OA 5BQ0A 4JAJA 3KQ7A 3OUNB 3R22A 4EYJA 3Q9WA 2UVZA 5CENA 3ZSIA 5CEKA 5M51A 3ZO2A 2VO0A 4OBPA 3Q3BA 5DR2A 1WBNA 3ZONA 3NCGA 3C50A 3A8WA 2W06A 4NL0A 2RL5A 3CJGA 2HIWA 2DS1A 3KU2A 3R0TA 4J7BA 3S95A 4YJOA 3OEZA 2B55A 3C4XA 3DXPA 4PY1A 2Z02A 5D11A 4BR3A 5DEYA 5FM2A 3MB7A 4ITIA 4JOAA 4EZ7A 3FWQA 3SRVA 4EOLA 2JDVA 2ITWA 5GJGA 3PRZA 4DGLC 2X7FA 4ANWA 3HX4A 2XAOA 2XNOA 3R28A 4BCJA 3VS3A 1M17A 5ANJA 3TJDA 1M2QA 4BDGA 3SVVA 5A9UA 2R4BA 3CQUA 4IHPA 2UVYA 3MFUA 3VQUA 2VTJA 2Y4IB 1NVRA 2XA4A 5FM3A 2YM3A 3HRCA 5LARA 5G55A 1WBTA 4KA3A 3VS7A 3LFEA 3P0MA 4FT3A 4UV0A 1NVQA 2J7TA 3PE2A 3PUFC 2HAKA 5HD4A 4D9TA 3ORMA 4BZDA 4FVPA 2J0KA 2V55A 2WTKC 3BV2A 4FTNA 3KKVA 4IM3A 3OD6X 3VUHA 3ENHA 5CI6A 3ANQA 3DV3A 3PIYA 4FSUA 4TV3A 3JVRA 5GJFA 4G5PA 2ZB1A 5LWNA 4WKQA 1KV1A 2B9FA 2OF4A 4OTWA 4O0TA 5DA3A 5L6WL 3S2PA 4FJYA 4A9UA 2W1HA 3R01A 1XH7A 2X6EA 1ZAOA 2PZYA 4BDIA 4CLIA 5JH6A 4ZEGA 4JI9A 2VV9A 5CZIA 3VBWA 3OCSA 5ANGA 3R8PA 5AADA 4CKJA 5EHLA 1G8SA 1XMMA 2WXPA 3F7WA 4PQNA 4X3FB 2JDSA 2JFLA 4IJPA 3ZLYA 2W1EA 3OAWA 2FGIA 2FVDA 4KD1A 1JVPP 4ACGA 3KEXA 4YZCA 1W98A 3MESA 4FSNA 4XRLA 5EHYA 3EMGA 2UUEA 5HBHA 3ZUTA 4DFNA 5I9WA 4FEXA 3Q32A 2PVLA 1O9UA 2R0IA 3FBVA 2JIVA 3FI4A 5D7AA 2BRNA 5ANLA 2R3FA 3MYGA 4QDEA 2X2LA 2GNFA 3OWKA 5F95A 3IGGA 1SVEA 4NK9A 4GG7A 4BTKA 3F9NA 2XRUA 2Y6OA 4BB4A 2QODA 3MIAA 4WIHA 4JRVA 3ZFYA 3OUKA 3COMA 3TNWA 1ZYLA 4YNOA 2W0JA 3R2YA 3PY3A 2G2HA 5A4TA 1WBSA 2QCSA 4AW1A 4BVUA 5DVRA 4CGAA 3PWDA 3QYZA 4TWCA 4M69B 2C5VA 3AQVA 4IDVA 4AW0A 4E4XA 3C0GA 5ETFA 3M1SA 5DH3A 3R7QA 4KS8A 4WAFA 3M2WA 5KHXA 2CHZA 3RKBA 4O81A 3QTZA 3RHKA 2GNGA 4C36A 4DF3A 4BJJA 3D7TB 3TNIA 3DDPA 4BI1A 3WIKA 5M4CA 2VO6A 3PIXA 2ETKA 1MQBA 4TTHB 3CS9A 3B2TA 1IR3A 5C01A 4BICA 4P5ZA 3S00A 4NM3A 1R3CA 3I5NA 2Q83A 4AFJA 2YERA 5H2UA 3H9FA 5HTCA 3C13A 4DFZE 3W2QA 3N9XA 4DT9A 1PKDA 2YIQA 3NNVA 3FUPA 4YHJA 4NM7A 3ZH8A 3ML1A 2WXNA 3R63A 3PVUA 1T46A 2XK7A 3BHYA 4XV9A 2AYPA 3V6SA 1OKVA 1H8FA 3FMLA 3QZIA 2C6DA 1PMUA 1P4FA 2WB8A 5DOSA 4CFVA 2OBJA 3UG1A 3IK3A 4ZLOA 4GJ3A 3II5A 2C6TA 1URCA 3TJCA 3CXWA 4G3FA 3VUGA 3VS2A 1F5QA 2FSLX 3S2AA 1BL7A 4UWYA 5AIKA 4QQCA 1UU7A 5HE2A 4FZ7A 4C2WA 3QRIA 1RE8A 3NMUF 2PVHA 2C1AA 4P2KA 4NCTA 4AE9A 2X4ZA 3UIUA 4WNOA 5H9BA 3LCSA 3HEGA 4L7SA 5KMOA 1TFFA 2CCHA 1PXIA 2JDOA 3D9VA 4O7VA 5C8NA 2GS6A 2VWUA 1KSWA 4K18A 2A4LA 3MB6A 1WZYA 4LRMA 4UY9A 2X2MA 5DT3A 3PLAE 2PVKA 2CJMA 4FK3A 3TNHA 4DINA 4I94A 3BE2A 3F6XA 2R3GA 4GT3A 3V8TA 4BN1A 3NRMA 3N4TA 2C69A 4RT7A 4BI2A 3VRZA 5HTBA 3ZM4A 1OMWA 3OY1A 4I3ZA 3FZ1A 3GT8A 5B2KA 5JFSA 1YXTA 3D83A 4YJPA 2CNUA 4BBFA 5IA1A 2VD5A 4I20A 1PY5A 1H08A 2G9XA 4JDJA 4PMMA 4MWIA 5D12A 5KMNA 3ZFXA 4F70A 1OKYA 2JKMA 2ZM3A 3VHKA 5CU3A 4CFWA 3KULA 3EZRA 1NA7A 4BDBA 2F9GA 4D9UA 1XHAA 2PYWA 1B6CB 4OR5A 3UO4A 2UW6A 2P2HA 1OL6A 1TQIA 2RG6A 4DTAA 4EEVA 4DT8A 1LEZA 1OITA 2BAJA 3ALNA 3PE1A 4UZDA 5HE1A 2BDFA 3A7HA 4O2ZA 1XKKA 2Z8CA 2C47A 1VJYA 3AGMA 4DFBA 2E9UA 4IANA 4C61A 1JSTA 3UIMA 4R1YA 5E1SA 1J7LA 2W9FB 4AA0A 3A7GA 1WAKA 2F7ZE 1WFCA 3GXLA 4BKJA 4KUJA 3BE9A 1R78A 5LVPA 4YP8A 5M08A 3U55A 3EN6A 3C5IA 2ETRA 1OPJA 5CX9A 1AGWA 5L3AA 4ZOGA 2QLUA 3AC8A 3PXYA 5HG9A 3FZSA 5HQ0A 3N4UA 3LCKA 4FVQA 3QF9A 5EHOA 5FP6A 4ERKA 5C4KA 4MK0A 5IQBA 3WYYA 4J8MA 3ZLSA 2DYLA 3FSKA 2WO6A 3KMWA 1EH4A 3LXLA 5FTQA 3SXFA 2C3JA 4BCIA 2BFYA 2VTRA 4UWHA 2XNMA 5EFQA 3EWHA 4PP9A 2VGOA 4FV9A 4RC2A 1DI9A 4E1ZA 4EKKA 4GK2A 4U41A 4AE6A 4BCMA 2QKRA 5HO8A 3QQGA 5GIPE 4BCOA 3CP9A 3O5AA 3U4WA 5M56A 3QFVA 2I1MA 2UZNA 3UVQA 4GYGA 4YMJA 2J2IB 2JITA 2WMSA 4RJ5A 4X2NA 4PS3A 3MDYA 3OF0A 3GU5A 4W4XA 4D0WA 2F2UA 3ET7A 3V8WA 3GB2A 5HIEA 2HK5A 4GRBA 3BYMA 5E8VA 5HG8A 2V7AA 4CXAA 3GI3A 1M14A 3F2RA 4K77A 4G9CA 3K5VA 2O0UA 3DNEA 3R8VA 2W5HA 3D2IA 5KZ0A 3SLSA 5HG5A 3TKHA 3DBEA 2WXHA 3B8QA 3EL7A 2UZBA 1OZ1A 4GKHA 1O6LA 2VNWA 4N70A 3KXNA 4AXDA 4I5CA 4RQKA 3A99A 3E7VA 3Q9YA 4RA4A 4FV4A 4U7ZA 4ALVA 2AUHA 2REIA 5E8XA 2NRUA 4KWPA 3DQXA 3OCGA 2BDJA 2OXDA 4MEDA 4DG2E 2XZSA 1OB3A 3T3VA 3UVPA 4DH7A 3FSFA 4LV5A 5LMKA 1IA8A 4H1MA 4K6ZA 3DJ5A 3L9PA 5CVGA 3DB8A 3W33A 4G3EA 4JDIA 3ORIA 1Q8ZA 4GU9A 2QG7A 3W10A 2XIRA 3DBFA 4E93A 4DH8A 5J1WA 1UV5A 3QHRA 5CLPA 3KC3A 4Z9LA 3BV3A 3TTJA 4EH7A 5BVOA 3RP9A 4AZSA 3SG8A 2VX1A 3BBTB 3HMIA 4GFMA 3BLRA 4H39A 4NJ3A 1SZMA 1YXSA 4WSYA 4FHJA 1UKHA 4FODA 4C62A 2WXJA 4DH5A 2WMWA 3O8TA 2BR1A 4XG2A 4HZSA 3HIZA 1M52A 4D5HA 1E8XA 2YWPA 4S33A 3ZOSA 5K4JA 1Q3DA 3QXOA 1FVVA 4RWLA 3DAEA 4L8MA 2QKWB 4OTGA 3Q4CA 5M07A 1SVGA 5EYMA 4R5YA 3D2KA 4RZWA 3LM5A 3QL8A 4F1MA 4IZ5A 2UZLA 3VUDA 2VWVA 1ZRZA 2HZIA 1DAYA 3KVWA 2YDKA 4EI4A 3RHXA 5BVNA 5EI2A 2OFVA 1XH6A 3BLAA 2OFUA 4FSZA 3QTRA 4U3YA 3VUIA 3IQ7A 4I92A 2YZAA 1JKTA 2XNPA 3IOKA 4ZTQA 3ZS5A 1H1RA 1QPDA 2EB2A 5HORA 4MBJA 2QD9A 3EFLA 3BCEA 4E5WA 3BU5A 1CTPE 3R21A 4FTCA 2BHHA 3QGWA 4H3QA 4FR4A 2Y7JA 4BCQA 3R04A 4O0RA 2YWVA 3BZ3A 4FIIA 3AMYA 4ANUA 2VTIA 3DJ7A 3M42A 4FE2A 4O0WA 3RAKA 2R7BA 4ANVA 2WQNA 4TNBA 5EH0A 2A0CX 3K5UA 4TW9A 2XIZA 2R3OA 3R1NA 4QTCA 3ZMMA 5A46A 5GNKA 3WZUA 4QOXA 4RX8A 4WO5A 1BUHA 5AUVA 3FQSA 3F88A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AKK A;  3AKJ A;  3AKL A; 
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 2YAB A;  3LFD A;  4HVH A;  1H0V A;  2ERZ E;  4F9Y A;  4I1Z A;  2GPH A;  2QO7 A;  4ANQ A;  1H26 A;  4Y72 A;  3L16 A;  2C1B A;  2CN5 A;  3MS9 A;  3SAY A;  4CT2 A;  5HHW A;  1IG1 A;  4BDE A;  3QCX A;  3BLH A;  4OLI A;  1R1W A;  2XAL A;  4C02 A;  3LXP A;  4DGM A;  4C4H A;  2IVU A;  3DKF A;  1UU9 A;  4BCH A;  4ZMF A;  4AOF A;  4HVB A;  2PVN A;  3QUD A;  3FDN A;  2BMC A;  1OUY A;  3OCT A;  1CKP A;  2WQM A;  2J0I A;  1OM1 A;  1KE9 A;  4FV2 A;  5TF9 A;  3VW6 A;  2VTT A;  1GOL A;  2PVY A;  4HGL A;  3U54 A;  3T8M A;  2YFX A;  4YPD A;  1PJK A;  3D15 A;  2OK1 A;  3EN9 A;  3LIJ A;  3OBG A;  3PP0 A;  3UBD A;  4RRV A;  4L2Y A;  5C8M A;  3GC7 A;  4E6Q A;  4ZME A;  3C4F A;  4XG4 A;  4NFN A;  2YDI A;  2FYS A;  3F82 A;  1FGI A;  3ODZ X;  5KKR C;  2B9I A;  3ANR A;  2IO6 A;  5L2W A;  1JLU E;  1CSN A;  4FTL A;  4D55 A;  2R3K A;  2OIC A;  1YI4 A;  4RLK A;  4LL5 A;  5H8G A;  4JX7 A;  4CV9 A;  3EQP A;  3P2B A;  3ORL A;  3R9H A;  2GFS A;  3I0O A;  2F7X E;  2H96 A;  4E4L A;  3MV5 A;  3VBT A;  4YJQ A;  4USE A;  1YWV A; 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