3AKKA

Crystal structure of a helicobacter pylori proinflammatory kinase ctka
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
PTIDFTFCEINPKKGFGGANGNKISLFYNNELYMVKFPPKPSTHKEMSYTNGCFSEYVACHIVNSLGLKVQETLLGTYKNKIVVACKDFTTHQYELVDFLSLKNTMIELEKSGKDTNLNDVLYAIDNQHFIEPKVLKCFFWDMFVADTLLGNFDRHNGNWGFLRASNSKEYQIAPIFDCGSCLYPQADDVVCQKVLSNIDELNARIYNFPQSILKDDNDKKINYYDFLTQTNNKDCLDALLRIYPRIDMNKIHSIIDNTPFMSEIHKEFLHTMLDERKSKIIDVAHTRAIELSLQH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Helicobacter pylori proinflammatory protein up-regulates NF-kappaB as a cell-translocating Ser/Thr kinase
pubmed doi rcsb
molecule keywords CtkA
molecule tags Transferase
source organism Helicobacter pylori
total genus 102
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2010-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07804 HipA_C HipA-like C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.1070.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 3akkA02
3.30.200.120 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3akkA01
3AKKA 3AKJA 3AKLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GC8A 4FOCA 4LM5A 4Q2AA 4ZXTA 4G11A 3PY3A 1J3HA 2ONLC 4GCJA 5CS6A 2DYLA 2X1NA 3MS9A 2GNJA 2VU3A 4BZOA 2J0IA 4FKTA 2YAAA 2XK6A 5E8ZA 2JBOA 1T45A 4K33A 1MUOA 2XIYA 3DZOA 2VTAA 5LMKA 4L7SA 1ZMUA 3NGAA 4AGDA 2YEXA 1VZOA 2WNTA 4L7FA 4GT3A 3UO6A 1FVVA 3O8UA 3VQHA 4D9TA 4GS6A 5A9UA 3DDPA 1IA8A 2OH0E 3PRFA 4WNPA 5CNOA 5AV2A 4BN1A 4EOQA 2G9XA 3SLSA 2XM9A 1H26A 3TG1A 4D9UA 4QP6A 1Y8YA 3QK0A 3ZVVA 1SMHA 4PDOA 1M14A 4ZJJA 4KBKA 4Z3VA 5KHWA 4AW2A 2OJJA 4TPTA 5FRIA 1RW8A 3C9WA 4LOQA 3ZXZA 3GCPA 4DFBA 2UW0A 3QQHA 2QR8A 3W2SA 3UP2A 4BCIA 2JKKA 5M4UA 4P4CA 4FSYA 4HVBA 2GHLA 4E1ZA 4IB3A 1ZZLA 4UWFA 4LOOA 3UC4A 4CNHA 1Z9XA 3LXNA 4UWHA 3T8OA 5AWMA 3FYKX 3IDBA 4KA3A 1EH4A 2H9VA 4AA0A 3EFJA 5G2NA 3TKUA 2IZSA 3C5IA 1F3MC 2JDRA 2VO7A 3VS2A 4DEHA 1M17A 4DDGA 2IPXA 4L3LA 4IWDA 3ET7A 4HZSA 4FTQA 4QYGA 3LFSA 5HCXA 4QQJA 2WXFA 2J5EA 3IGOA 3LMHA 4NSTA 3D7TB 3D94A 3FY0A 4XOZA 3ZSGA 4KD1A 1GY3A 4FKPA 5BQ0A 2XKCA 3EN9A 4FC0A 5JZJA 1A48A 3ZO1A 3NVKI 5BVNA 4ANUA 1QPEA 4FZDB 4ITIA 4YUQA 1ZYCA 4QPAA 2IN6A 3R7VA 3R21A 1OITA 3U9CA 2JAMA 1ZAOA 2QOBA 4HGTA 5A4LA 2GNFA 3GENA 3QTRA 4EH8A 1Y6BA 4IJ9A 3ATSA 1DAWA 3NCGA 1WAKA 3OFMA 4O82A 2OXXA 5FEQA 1G8SA 4UBAA 3UDBA 4NUSA 5FP5A 4AE9A 2BAQA 4YPDA 3F7WA 4PL3A 3BU5A 3KRXA 3WF5A 4QTCA 3PA5A 3IDCA 5HBHA 3PS6A 5AV1A 3I7BA 4WBBB 5GJFA 4DHFA 4P90A 2BUJA 2O63A 4FMQA 5ACKA 4UYAA 3SXRA 3UOKA 4UB7A 4YGAA 3V8WA 4JBOA 2VGOA 4QO9A 5CEOA 5HESA 2JD5A 3FLZA 4RJ4A 3DBCA 2XK8A 3OCTA 2CNQA 5B2KA 2PZIA 4DTKA 3VIDA 1APME 1UU7A 3CD8A 3MBLA 1OIRA 3V5WA 3M1SA 3OP5A 4DFLA 5LWNA 1TKIA 2VO3A 3O0GA 3LQ8A 3DKFA 2XNGA 3QBNA 4C2VA 3MN3A 3PJ1A 4UN0C 4EZ5A 4PRJA 3QD0A 4EJ7A 3L08A 1ZOGA 3KULA 3ZM9A 1AQ1A 2J7TA 2BDWA 1JWHA 1JKLA 4GIHA 3KXGA 2WQEA 3RHKA 3OD6X 1A06A 2Y4IB 1V0PA 3CBLA 2E2BA 2GS2A 1FQ1B 3QUDA 4J6IA 4FOBA 2UW3A 4PMSA 1ZYLA 2JLDA 1PXMA 1KE7A 2XKFA 2Y9QA 2C68A 3FEGA 3SG9A 3TZ9A 3FLNC 4DYMA 4XG2A 3D5VA 2W5HA 3E5AA 4EHGA 3CLYA 3BYSA 2J2IB 2XARA 3GFEA 2HYYA 3TJPA 4IC7A 2BTRA 4U44A 4XMOA 5AV3A 4EZ7A 4F1OA 4MKCA 2UUEA 2QG5A 1CKIA 4G2FA 4BTFA 1H28A 3VBTA 3ANQA 3UQFA 4ZLOA 3LS8A 1OL1A 4DC2A 3VBQA 2HCKA 2BKZA 5CT7A 5GJDA 5TR6A 3V8SA 4L52A 2GQRA 1OVEA 3ORLA 5KO1A 4L9IA 4U7ZA 2C5XA 1WVXA 3RWQA 3SD0A 3FXWA 2XCKA 1W98A 2C6TA 3FZRA 4UXQA 2OFVA 2QONA 2XJ1A 3N4UA 2OLCA 5BMSA 2X9EA 3PJCA 4HYSA 4LV8A 4Z7HA 3EL8A 3P08A 5KE0A 3IW8A 2YM3A 5KMMA 1PXPA 3BKBA 4KS7A 3OMVA 4LV5A 5DFPA 5IA1A 2G1TA 3SOCA 5JFVA 3O7LD 1XH6A 3S3IA 2QO7A 3SD5A 3F2NA 4ACGA 5I9VA 3W16A 1BX6A 2WTCA 5DBXA 3ZOSA 3V8TA 4C3FA 4GFMA 3Q9YA 4I5PA 3Q04A 2WU7A 4XEYA 4IAIA 5HNIX 2X6IA 4E5BA 3BGPA 3JYAA 2JKOA 3OC1A 4HVIA 5J9LA 5CWZA 3M2WA 3NW6A 1GZOA 3PLSA 3C4XA 3TZ7A 2EXMA 3DKGA 3COKA 4YC6A 5DN3A 2QKRA 4N4SA 3MJWA 3EQDA 3H30A 3C50A 1E8XA 3VQUA 1JAMA 5KBRA 4RX5A 1ZMVA 4HYIA 4JRNA 3EN7A 3EOCA 4FKRA 5E1SA 5K3YA 5CEIA 2KTYA 1OKWA 4D4YA 5DRBA 3LJ2A 1UNGA 3GOPA 3R2BA 3O17A 1Z5MA 4X3FB 3VW6A 1ND4A 5JRSA 5FTGA 4HVDA 5IUGA 2J51A 3BBTB 2ZV8A 4G9RA 3AT2A 3QX4A 4L42A 4A06A 3S2AA 4FTKA 4FTIA 2JDSA 4FIGA 2XVDA 2I1MA 2CGWA 5B2MA 2R3OA 3OWPA 4UWBA 1Y57A 3BYVA 4YJTA 1UWHA 5BYZA 4C02A 3LOKA 3O2MA 2CSNA 4PWNA 5BUEA 4ANVA 3DBFA 3IO7A 5AP2A 3PXZA 3RAHA 5IA5A 5KMKA 3D2IA 2VTMA 4L46A 4MXCA 5CVHA 5FGKA 4EC9A 3ZUUA 3O5AA 4PS3A 4L01A 3ZS5A 2JBPA 1P14A 3OROA 4DHZA 2ZV2A 3I7CA 3ULIA 4FNXA 4Z55A 5IQFA 4MXZA 4MVFA 5CAQA 4WO5A 4F9AA 4CKIA 5C9CA 2JIUA 4MXOA 4AQKA 4HJOA 4QMYA 3PVUA 1XH5A 3R1YA 3UIUA 4C38A 4FTTA 3KK9A 1W8CA 3LCKA 4OTGA 3HZTA 4I1ZA 4JR3A 4TTHB 4GUEA 3R71A 3B2WA 5ACBC 5T68A 3QU0A 4CGAA 1Q3WA 2B4SB 3Q9WA 4A9UA 4CT2A 4XG9A 4DGNA 3R00A 4YNOA 5AUZA 4R5YA 4QYHA 3ORNA 2XYNA 3TYKA 2GS7A 2FVDA 3PFYA 1W0XC 5A6NA 4FEWA 4GT5A 4QMSA 1KSWA 2RKUA 3R9OA 5KMNA 4LMNA 2XB7A 3A8WA 1CKJA 4FTUA 4BRXA 4UWCA 5HIEA 3I1AA 3C7QA 1YXXA 3ERKA 1TQMA 1UNLA 2BZHB 2HIWA 1F0QA 3OS3A 4YSJA 4RJ5A 3K54A 5HE1A 3NX8A 3CTHA 1XH8A 4EOLA 3KC3A 5H9BA 4RVTA 1GOLA 2ZOQA 1G8KA 2W06A 3DGKA 3MSSA 2ACXA 2GTMA 2WMXA 2ZB0A 1OI9A 1WZYA 2AC5A 2G2IA 2C3KA 4FEQA 3R7UA 3RM6A 4F7JA 3F5UA 3DNEA 3ZC6A 3QRUA 4I23A 1XMLA 3NW5A 4KIOA 4NYEA 2BCJA 2X0GA 3MPMA 1JSUA 2BFXA 3CSTA 3BCEA 2VTJA 5IQAA 3TM0A 4LGGA 3R28A 1JPAA 4NM5A 2J4ZA 4O6EA 3MH3A 1MP8A 4XP3A 5BVWA 4B8LA 4FV1A 3DPKA 4B4LA 2C6DA 5IUHA 1PW2A 5IH6A 1U5RA 3RMFA 3L54A 5AMNA 4GUBA 4HYUA 3SXSA 1B38A 4B99A 2WTKC 4YBKA 5E7RA 3R8PA 2PULA 4D0WA 4PMMA 3SW4A 4WAFA 4YLJA 4I22A 5IH4A 3L17A 3GOKA 1WBPA 1UV5A 3CSVA 4CXAA 5EYCA 3RPYA 1KOAA 4QQTA 2WELA 4CZUA 3VS5A 1U46A 1WVYA 3Q4UA 5ANJA 4DLJA 3ALNA 3MW1A 3WIKA 4X2KA 3MB7A 4CFVA 5KBQA 1PKDA 2W4KA 2WQOA 3IW7A 3TL8A 4KIQA 3GC9A 5DHJA 2WMSA 5DRDA 3BIZA 3OBJA 3P86A 4HYHA 4DHIB 3SVVA 2X7FA 3KULB 4LMUA 4TT7A 4C4JA 3DFAA 4M12A 1OZ1A 1YOLA 2BIYA 3K5VA 4GFOA 5EM8A 3RPRA 4F6WA 3HDMA 3MIYA 3NNVA 2QKWB 3G2FA 2R3HA 2VTIA 4QMWA 3AOXA 3C4FA 5ANKA 1H4LA 2F2CB 2FA2A 4BTJA 4KSQA 1PMVA 5FD2A 3ZRLA 2UZNA 4YHJA 4GH2A 4BIBA 4G3CA 3Q5ZA 4L8MA 3UVPA 2FSLX 4FI1A 3E62A 4IWOA 4FL3A 1YXUA 4NJ3A 4EOIA 3HMIA 3L8VA 3ML1A 3SC1A 5JQ5A 5EI2A 2OWBA 3R9NA 4BCNA 5CANA 2V62A 1B39A 3Q53A 5L2WA 5B0XA 4AXEA 3F3TA 4IQ6A 3O8PA 4G16A 4AXCA 4MF1A 2ITXA 3V51A 2PZ5A 2C6MA 1XR1A 5D9HA 5F20A 3VS0A 2PSQA 3PTGA 2ZM4A 4EL9A 3RPOA 3I6WA 3KU2A 2V5QA 5B7VA 3CCNA 4ZMFA 3NSZA 2XKDA 4I4EA 5EI8A 4ZS4A 5CSHA 4IVBA 4ZSAA 4FA6A 4RSSA 2Y4PA 5A46A 4DFYA 2QU5A 4IAAA 4E6QA 5CEKA 5LMBA 3FUPA 3Q9XA 3IW5A 3G6HA 3MFRA 1WCCA 4DCEA 3DFCB 5G1XA 3VBWA 4DFUA 1FVRA 3GCQA 4FTNA 4ZLZA 3AGMA 3G9NA 4V04A 4C37A 2X2KA 3KRRA 5H8BA 3U9NA 3NDMA 3I6UA 3MTLA 1S9IA 3P79A 5HCZA 3WZDA 1OIQA 5HLNA 2C6KA 2FH9A 3AMBA 1PHKA 4IX3A 4E4XA 2X8EA 4EK4A 4NFNA 3AXWA 3DBEA 2ITQA 3LMIA 5DT4A 3HMPA 3ZLYA 3R01A 1DM2A 1GIHA 3MY5A 4YLLA 3HL7A 2H34A 2PTKA 5CAOA 2OJFE 3PIXA 3E8EA 2XK4A 3LJ3A 5HICA 5E8TA 3VBXA 2OSCA 4FIHA 4K11A 4NWMA 4A9TA 1H24A 4DG3E 4F70A 2PUUA 5IF1A 3HRBA 4B6LA 2O0UA 4FYOA 1PKGA 3IG7A 4JQ8A 4IDVA 4PL5A 5D7VA 4DEGA 4EH9A 4F1MA 1OBGA 4XE0A 5D11A 3VS7A 4BDFA 2OBJA 4MNEB 3KXXA 5DR9A 4OVUA 3GQLA 5ANGA 3L13A 3NZ0A 4BICA 5B2LA 5JHBA 4IMYA 3KCFA 5GNKA 5M44A 1R0EA 3DTCA 2UW5A 3VVHA 3PY0A 4AF3A 4G31A 3FXXA 3W18A 2QOIA 5BNJA 3PFQA 1KE6A 3EH9A 4TYHA 5FEEA 3TTJA 3QC9A 3EKKA 4EYMA 1XH4A 5DR2A 4RJ6A 3VW8A 4CMUA 3PRZA 5IEVA 3OXIA 4L2YA 2QVSE 3IDPA 4ZMEA 4M13A 3L16A 4M8TA 2CMWA 3NUPA 1Q41A 1Z57A 4O84A 4ZP5A 4BDJA 1R3CA 4P5ZA 1GZKA 4F7SA 3I81A 4AZWA 1VYZA 3Q6WA 2WXMA 1GJOA 3ZO3A 3W2RA 4DFXE 2QHNA 4MHAA 5EM5A 3CTJA 3FKOA 4JJRA 2BVAA 2WOTA 1H00A 2OIQA 3FI4A 4Y73A 3BV3A 4L3PA 3W10A 4XZ4A 2NP8A 3UZTA 3GBZA 1ZWSA 5JMSA 1H08A 5EW3A 4IAYA 4GK4A 4GK2A 2ZDUA 1OECA 3OY3A 4W8DA 5AUXA 3S4QA 2RGPA 3CY2A 2PWLA 3FQEA 4OBOA 5IDNA 3UNZA 2JAVA 2PE1A 4ENYA 3D5UA 2HAKA 4DFZE 5BPYA 2YERA 2BR1A 2XANA 3D5XA 3P5KA 3Q4TA 4YTHA 3GCSA 3FDNA 1LP4A 1CKPA 3I5ZA 4I0RA 3APCA 2W5AA 4NL0A 4E20A 4QMQA 2WTJA 4FKGA 2GNLA 3TDWA 4AU8A 1Q61A 3OT3A 4ANLA 3CR0A 5IEYA 4TWPA 5FXQA 2PK9A 4P7EA 2UZBA 1TQPA 4DBXA 4FSRA 5AUUA 5CY3A 2VTLA 2W9FB 4DT8A 4DT9A 3HVCA 3A8XA 5A14A 2C5VA 3FLYA 4ZTNA 4YJQA 5DPVA 2WGJA 3DNDA 2YIXA 3UDSA 4ERWA 1JNKA 2WXKA 2ZM1A 3ZFMA 1RQQA 4DCAA 3R1SA 4BYJA 2BFYA 2R3JA 3LJ0A 1IR3A 5HLPA 2CKQA 3UOLA 3RINA 2G2HA 3W2CA 3UZRA 3QZGA 4YJUA 4D0XA 3QKKA 4S32A 4PH4B 4C0TA 3E92A 4EEVA 3CPCA 3MA6A 4NH1A 3ZZWA 3A99A 3OEFX 2F4JA 3D9VA 3VNTA 4AE6A 4ZY5A 1YHVA 3T9IA 5AIRA 4FSNA 5C4KA 1OUYA 2FUMA 3CKWA 5EYKA 5CF8A 2XRWA 4I41A 3Q4ZA 1E8WA 1CM8A 3O23A 3A4OX 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 3AKK A;  3AKJ A;  3AKL A; 
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 3GC8 A;  4FOC A;  4LM5 A;  4Q2A A;  4ZXT A;  4G11 A;  3PY3 A;  1J3H A;  2ONL C;  4GCJ A;  5CS6 A;  2DYL A;  2X1N A;  3MS9 A;  2GNJ A;  2VU3 A;  4BZO A;  2J0I A;  4FKT A;  2YAA A;  2XK6 A;  5E8Z A;  2JBO A;  1T45 A;  4K33 A;  1MUO A;  2XIY A;  3DZO A;  2VTA A;  5LMK A;  4L7S A;  1ZMU A;  3NGA A;  4AGD A;  2YEX A;  1VZO A;  2WNT A;  4L7F A;  4GT3 A;  3UO6 A;  1FVV A;  3O8U A;  3VQH A;  4D9T A;  4GS6 A;  5A9U A;  3DDP A;  1IA8 A;  2OH0 E;  3PRF A;  4WNP A;  5CNO A;  5AV2 A;  4BN1 A;  4EOQ A;  2G9X A;  3SLS A;  2XM9 A;  1H26 A;  3TG1 A;  4D9U A;  4QP6 A;  1Y8Y A;  3QK0 A;  3ZVV A;  1SMH A;  4PDO A;  1M14 A;  4ZJJ A;  4KBK A;  4Z3V A;  5KHW A;  4AW2 A;  2OJJ A;  4TPT A;  5FRI A;  1RW8 A;  3C9W A;  4LOQ A;  3ZXZ A;  3GCP A;  4DFB A;  2UW0 A;  3QQH A;  2QR8 A;  3W2S A;  3UP2 A;  4BCI A;  2JKK A;  5M4U A;  4P4C A;  4FSY A;  4HVB A;  2GHL A;  4E1Z A;  4IB3 A;  1ZZL A;  4UWF A;  4LOO A;  3UC4 A;  4CNH A;  1Z9X A;  3LXN A;  4UWH A;  3T8O A;  5AWM A;  3FYK X;  3IDB A;  4KA3 A;  1EH4 A;  2H9V A;  4AA0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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