3AKKA

Crystal structure of a helicobacter pylori proinflammatory kinase ctka
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
PTIDFTFCEINPKKGFGGANGNKISLFYNNELYMVKFPPKPSTHKEMSYTNGCFSEYVACHIVNSLGLKVQETLLGTYKNKIVVACKDFTTHQYELVDFLSLKNTMIELEKSGKDTNLNDVLYAIDNQHFIEPKVLKCFFWDMFVADTLLGNFDRHNGNWGFLRASNSKEYQIAPIFDCGSCLYPQADDVVCQKVLSNIDELNARIYNFPQSILKDDNDKKINYYDFLTQTNNKDCLDALLRIYPRIDMNKIHSIIDNTPFMSEIHKEFLHTMLDERKSKIIDVAHTRAIELSLQH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Helicobacter pylori proinflammatory protein up-regulates NF-kappaB as a cell-translocating Ser/Thr kinase
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Helicobacter pylori
molecule keywords CtkA
total genus 102
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2010-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07804 HipA_C HipA-like C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.1070.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 3akkA02
3.30.200.120 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3akkA01
3AKKA 3AKLA 3AKJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VV9A 3V8TA 3VIDA 4NW6A 4EOJA 3ZO2A 2IN6A 4I1ZA 2ETKA 3O7LD 3AD4A 4L42A 1OBGA 4U43A 3IOPA 3VF8A 5FXRA 4R3PA 3KK9A 5AX3A 2GNJA 2B52A 3COKA 4YZDA 2WXKA 3DXNA 1EH4A 3QHRA 4NH1A 4QYEA 2XNBA 3QTRA 5C01A 2RL5A 4XH6A 1WVYA 2IVVA 5DFPA 1TVOA 2QG7A 5JFVA 4J6IA 1VYZA 4IAYA 4LRMA 4U7ZA 2A19B 3E8EA 4XG2A 3V51A 4O82A 3FLQA 4AS0A 4YJPA 3LZBA 3H30A 3BQRA 3P5JC 3ROYA 3O17A 5EM6A 3IS5A 4GYIA 1RQQA 2J0LA 4C59A 3PJ8A 3Q53A 4MH7A 3EQIA 3BV3A 4WRGA 5KZIA 4XX5A 3FL5A 3MA3A 5CZHA 3L08A 4PY1A 4X2JA 3RZBA 4JNWA 1ERKA 2VWBA 2W1DA 3HLLA 2UUEA 4I6BA 4FV8A 3AOXA 4IM3A 3OS3A 4GRBA 1K2PA 4FZ7A 4QMOA 5FTOA 3ELJA 1UWHA 3COMA 2XEZA 4RJ3A 3EFWA 2I40A 5IQCA 4CMUA 3LHJA 4JRNA 4ZTHA 4RJ6A 4XV9A 2YCQA 3I0QA 4RVMA 4O0SA 5CQUA 3H0YA 4RFZA 3ATSA 3A7FA 2W5HA 3E8CA 4EZ3A 2RFSA 3W2QA 3CPCA 4ZLOA 3BCEA 3QF9A 3HV3A 1JKTA 4F4PA 1PKGA 3F61A 3GXLA 2VTIA 1NVQA 4O7WA 4X6QC 4H3PA 4C02A 4FTIA 4HCVA 3SW7A 1V0OA 3Q5ZA 3BYVA 4O0VA 4Y5HA 4LDTA 4QYGA 3W32A 2GU8A 3MH1A 2IZSA 4DHFA 2CKPA 3QQHA 4GK3A 2GFSA 1G3NA 3DKFA 2QOCA 2W1ZA 3R22A 4L3LA 1ATPE 5A54A 4HYUA 5LVOA 3ZUTA 3BYMA 4L67A 4F6WA 1XMMA 4KSQA 3H0ZA 4QP3A 2JGZA 1FGKA 1WZYA 3ORTA 2OICA 3VUIA 3OAWA 4BTMA 4AGUA 1KV1A 2EWAA 2YM6A 3LM0A 5AUZA 4B7TA 5FBOA 2WMAA 3MPTA 4FT0A 3V5LA 2RFEA 5CSVA 4K2RA 4OTQA 4FG8A 4HVSA 2ZOQA 1M14A 4BCOA 2XARA 1JVPP 3IQ7A 5E8SA 1XH5A 2UZUE 3BLAA 4JQ7A 5CEPA 3NFGB 2O63A 5LMKA 1WAKA 3SXSA 2W1GA 1R3CA 2XBJA 4XP0A 2R0IA 4W4XA 1PF8A 1H25A 3BL9A 4JVGA 4ZJIA 1CMKE 4IAAA 2X7OA 3Q3BA 4JDIA 4X2FA 1H00A 3CY3A 3QTZA 3APFA 3UC3A 4BF2A 2PMNX 2HZ0A 5J9ZA 3QQKA 1P5EA 3O96A 4GJ3A 4J98A 1G5SA 2BKKA 4IAIA 3G51A 3R21A 3OVVA 4CLIA 3BHYA 4EK8A 3DDQA 4AU8A 4MKCA 5AP6A 3DGKA 3IW6A 3NIEA 3I7CA 3ODYX 2QHNA 3K3JA 1KE6A 4FV6A 5L2IA 5L8LA 3HRBA 1OL1A 1ZY4A 5AIRA 2ETRA 3E7VA 4XP3A 3MYGA 4N6ZA 2AUHA 4BJJA 4EYMA 4KD1A 4W4VA 4HVHA 3F2RA 3ENHA 3PXKA 1F5QA 2Z7LA 4I4EA 3D2KA 3Q4UA 3IECA 3GP0A 4DH7A 4Y83A 3O71A 3CIKA 1H0WA 1H1QA 1M2PA 2VTHA 4P7EA 1XH8A 4WSYA 3OCBA 4LFIA 3PZHA 2ZAZA 3GUBA 4LOPA 5HE2A 5IQBA 4X3FB 5DN3A 3NLBA 3O7LB 2ITYA 3R7QA 3GCVA 4JS8A 1OL6A 3JR1A 4E4MA 4EK3A 3BBWA 3WILA 5LCJA 4XV3A 2Y6OA 2F7EE 4DTKA 2W5BA 2W9FB 3LPBA 5AMNA 3PVUA 3GT8A 3FQEA 3U9CA 3VJOA 3DK7A 1Q4LA 3EN6A 4RWIA 4LGHA 2I7QA 3LIJA 1OI9A 2ITQA 3CD8A 2VX3A 3Q52A 2YCRA 5HG8A 4DEEA 5BYYA 1W7HA 4TKSA 5HD4A 1H1WA 3WZKA 3L13A 3P23A 5BVDA 4CV9A 5M4FA 2ZB1A 3DBQA 3BHUA 2JDTA 2WMRA 3DLZA 1PXNA 5F94A 3TV6A 4QTEA 5KMJA 3A99A 4L53A 2WXHA 4CFWA 3R8ZA 2PMLX 3MW1A 1MRYA 2OBJA 3TDWA 3LLAA 3NMUF 3DK3A 4QMQA 1QMZA 3E3BX 3TEIA 2I0VA 3ET7A 5A9UA 1IG1A 3K2LA 2Y0AA 4O22A 1KOAA 5BV3A 3ZUVA 2OZAA 5CEKA 4CG9A 2OF2A 3UIMA 4F1MA 3F5PA 3OWJA 3R73A 4BYJA 2FYSA 3P1AA 1KE8A 4MQ2A 1UWJA 2JFMA 4JQEA 5DEWA 3VS2A 3EL7A 4HW7A 3LM5A 2PVLA 3DKCA 3NGAA 3NNWA 4BVUA 3MPMA 5KBQA 3FKOA 2X6DA 3TJPA 3Q6WA 4F78A 2UZEA 3OTUA 2IO6A 4NTTA 4YC8A 1GZNA 3FYKX 4M14A 5E8UA 2HW7A 2QO9A 1Q8YA 3PTGA 5DVRA 2AYPA 2R5TA 2XM8A 3GFEA 4ZXTA 1BMKA 4BTJA 2W7XA 5FXSA 2PK9A 1X8BA 2C5OA 3R9DA 2WNTA 1OUYA 1FVRA 1JBPE 1Q8UA 4OTRA 4AA4A 3S1HA 1NVSA 2C6MA 4AXEA 1U5QA 3O23A 2X39A 4YSJA 2PZPA 2QKWB 4E5BA 1J91A 1Z9XA 4YZ9A 2WMXA 4YR8A 3AMBA 4ZOGA 4FODA 3PXFA 3DB8A 3KN5A 4I5MA 3MFSA 4DTAA 2E9PA 3G33A 2W4JA 3AT3A 3RM6A 4JR3A 3F5XA 5EKOA 3ZSGA 3O50A 1DS5A 4J53A 3NDMA 3OOGA 5GHVA 3PSDA 3TIYA 3UGCA 4LL5A 4I6HA 4MBJA 4RX5A 3EKNA 3POOA 1H28A 2B9JA 4C0TA 2QR7A 2VUWA 1NVRA 2YAAA 4IZAA 4MXXA 4ACCA 4IHPA 3HP2A 4U3ZA 4MXZA 2YCSA 3WZEA 2PVMA 4PWNA 4QMNA 4JAJA 5EW9A 2JKKA 4C4HA 3LXLA 1OUKA 5AP5A 4EI4A 3GVUA 4E8AA 1PMUA 3ROCA 2WAJA 3PDTA 5CQWA 5ANIA 2HIWA 4FT9A 3MH3A 3Q96A 3U55A 1IA9A 3Q60A 4AOIA 2ZV7A 4LQMA 3CBLA 3TNHA 4QTDA 2JDOA 4BDAA 5BVFA 1NA7A 3C0GA 4UXLA 4WUAA 2XAOA 2YWPA 3OUKA 3GC0A 5IU2A 2XJ1A 1OL7A 1F0QA 2J0IA 5AADA 1B38A 4RGJA 4DFZE 4A55A 4AN9A 4AA5A 1J1CA 4OUCA 2W06A 2PE2A 3SOCA 3NZUA 3CSVA 2V22A 3CSTA 4DGOA 2Y4IB 2GSFA 4QPSA 2UW5A 2W4KA 3HV4A 3ZO3A 2H8HA 3JS2A 4GYGA 4IC8A 1IASA 2PVKA 2ZDUA 4FSQA 4EHVA 3RPYA 4EJ7A 5AAEA 2GHGA 5DT3A 3IDCA 3HYHA 1WVWA 4R6VA 3NWWA 5AP1A 3W2OA 1PXJA 5CXZA 3L8VA 3APCA 2IZTA 2WMBA 2ZV2A 1LUFA 5CU4A 5C9CA 2VO6A 4B4LA 2HYYA 3W18A 4UYNA 2R3NA 3Q4ZA 4JIKA 4NW5A 4FKSA 4USFA 5IQDA 1W8CA 3ZM4A 4FKJA 4F65A 5TKDA 2WOUA 5HVYA 4EOPA 4MHAA 2XA4A 3KMUA 4IM0A 1PW2A 3C13A 5BVWA 4EK4A 3W0MA 3O0GA 4YO6A 1QPJA 4KABA 3R7UA 4ZTQA 2WTDA 5HLNA 5JMSA 2ITPA 3BZ3A 3P0MA 4RFYA 1Q24A 3ZHPC 3ERKA 4UWHA 3RTPA 4NKAA 4F09A 1FINA 2BPMA 3IW4A 4DCAA 1XHAA 2CKQA 3VHKA 3ZU7A 4CFNA 4C3RA 4UY9A 4KIOA 3PJ1A 4U41A 3EWHA 2BR1A 4FV7A 5IA3A 3TV4A 2YM7A 3N4TA 2EXMA 4I0RA 5EM8A 2CNUA 5HHWA 3AD5A 1WCCA 4J7BA 4UWKA 4FI1A 3ZZWA 4DFXE 2OG8A 3V5TA 2B9FA 3MVMA 2Y4PA 3UG1A 5HE0A 3LJ2A 5A6NA 4NU1A 4BJJB 4Z3VA 1QCFA 4BGHA 5HCYA 4IVDA 2CNVA 2IPXA 3QCYA 4R1VA 4YZBA 3VRYA 3ANRA 5BUEA 2QLQA 1XH7A 4I0TA 5DWRA 1LR4A 4DFNA 4FG9A 3QKMA 4FGBA 4NM7A 2HENA 2X6HA 4QMMA 2ITZA 3PFYA 2B54A 3EQFA 2BFXA 5CTPA 2YDJA 5C26A 4JIAA 1DI8A 4IX6A 3MVJA 3NYOA 5KUPA 2W1IA 1I09A 3R00A 3PWDA 5M09A 1KE7A 4XP2A 5AP0A 3ML8A 4EJNA 2PZIA 4BGQA 5K4JA 5FM3A 3ETAA 4L01A 4XMOA 3RMFA 5ANLA 3D15A 5D7AA 5I9VA 5JZNA 4FJVA 1OMWA 3T8MA 2X4ZA 3JUHA 1PYEA 4M8TA 5DNRA 5LMKC 2W1HA 3JVSA 1JOWB 3LCTA 1PKDA 3CJGA 4MWHA 2P3GX 3UPXA 4LRKA 4IDVA 2XB7A 4MXOA 3NUPA 1OB3A 4XG3A 2R2PA 4I4FA 3UMWA 2Y9QA 3KIOC 4KZCA 4Q2AA 4A9SA 3TUBA 4AW1A 3BWFA 3BLHA 4G5PA 4H05A 1OITA 2OZAB 2QONA 4FIIA 3FLWA 4C4EA 3FXWA 3KGAA 1KUTA 4CKRA 3FXXA 4OTDA 4G3DA 4AW0A 5CSWA 3PA3A 3TKIA 4BI2A 5KHXA 1V0BA 2QG5A 1OM1A 5CANA 3HVCA 4GG7A 3BV2A 3OBJA 1Q61A 3COHA 2VWXA 4AF3A 3CQEA 4BTKA 4FL1A 3ZFMA 4EBVA 2NRUA 3R7OA 5LQFA 5AP2A 3PXRA 1R39A 3UIUA 3TWJA 5AUXA 4YURA 5M4IA 4GU6A 3TNIA 4WWNA 5KNJA 3GOKA 2VWUA 3KK8A 2WTKC 5AUYA 4EEVA 2RD0A 2GNFA 4ZSLA 4YZNA 4OR5A 5CU3A 4U44A 4ANVA 2XCHA 4DGMA 4OBQA 5HCZA 1UU7A 3I6UA 3RPVA 3IW7A 3LLTA 4D55A 4FSYA 4FICA 5I9XA 3SKCA 3LE6A 2WOTA 3HEGA 1A48A 4IJ9A 4ALVA 3REPA 5BNJA 1BYGA 5M4UA 4AXDA 4TRLA 5H9BA 2P33A 4LGGA 5D1JA 4IFGA 3G6GA 4JDJA 5AJQA 2WFYA 1NT2A 2VRXA 4RMZA 4R78A 2WXRA 2XP2A 1Q62A 3ZBXA 4D0WA 2DUVA 2R3FA 3ZDIA 5CVFA 1FVTA 3EHAA 4UWCA 1UVRA 1L3RE 1UNGA 3SV0A 4HVDA 1REJA 1REKA 1JNKA 4RIXA 3RP9A 3QD2B 4ZP5A 1WBPA 5CAPA 1B6CB 3LCKA 4RC3A 4Y95A 3QQLA 1YHVA 4IADA 5CAUA 3AC4A 4BTFA 4O83A 4IM2A 3R2YA 4EORA 4QMZA 4G11A 5IA1A 4DEAA 3CKXA 4XV1A 4A4XA 5IH5A 3GGFA 4BHNA 3UODA 3WF5A 2QC6A 4FKLA 2QODA 4D1SA 2PVRA 4ASZA 4EC8A 3BI6A 1JSVA 3ZEPA 2YHVA 4O2PA 3SC1A 3V01A 1H24A 2ZV8A 4RVLA 4BRXA 4EQUA 3UIBA 3QARA 2X6KA 3C5IA 3KKVA 4FNYA 3PA5A 4EOOA 5JN2A 3HHMA 1OBDA 2UW0A 1J7LA 4YJUA 1U46A 2RFNA 4QP1A 2F9GA 4JG8A 5EFQA 1OPKA 4HLEA 1YHSA 2YFXA 3D2IA 5I4NA 4YU2A 5FG8A 3HV6A 3LMHA 4YP8A 4HVIA 3FMHA 5G2NA 3BE2A 4MK0A 4XOZA 1YHWA 4OGRA 2QHMA 2YZAA 3F2AA 2W17A 1SM2A 3KF4A 3OZ6A 4TYHA 4E4NA 3PRZA 4FNXA 3UVQA 2VN9A 1MP8A 2WMVA 2Z8CA 3VBXA 4BCNA 4IX4A 2XF0A 5IEXA 3DJ7A 1U59A 1FVVA 4F70A 3LFBA 3MH2A 3OMVA 3ZSHA 4JXFA 2WMTA 2X6JA 3W0RA 4EHZA 2H34A 3GNIB 5LCKA 3DZOA 3KULA 4O0RA 3VJNA 4L23A 4TN6A 3TL5A 2C3LA 4ZY6A 2YISA 3ZTXA 2ZMDA 5BQ0A 5EHOA 1VR2A 2GS2A 4MAOA 2CGWA 4V0GA 2PMIA 5C4KA 3W0PA 3LJ1A 4K33A 1XBBA 4ZTLA 4LL0A 3ZYAA 3M2WA 3EYHA 4DEIA 2GFCA 2UVXA 2FSOX 4GT4A 5BYLA 4APPA 4TZRA 3A4OX 2O3PA 3R6XA 4RJ7A 3DV3A 3ML1A 3ZM9A 4EH2A 3F82A 4E20A 4JBPA 4QYFA 5E8TA 2JDSA 4IACA 4YZMA 4EYJA 3EFJA 1FPUA 3BGPA 2C0OA 4ZLYA 4FEXA 3AQVA 5HICA 1YDSE 2KULA 2PPQA 3D14A 1RE8A 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 3AKK A;  3AKL A;  3AKJ A; 
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