3AKKA

Crystal structure of a helicobacter pylori proinflammatory kinase ctka
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
PTIDFTFCEINPKKGFGGANGNKISLFYNNELYMVKFPPKPSTHKEMSYTNGCFSEYVACHIVNSLGLKVQETLLGTYKNKIVVACKDFTTHQYELVDFLSLKNTMIELEKSGKDTNLNDVLYAIDNQHFIEPKVLKCFFWDMFVADTLLGNFDRHNGNWGFLRASNSKEYQIAPIFDCGSCLYPQADDVVCQKVLSNIDELNARIYNFPQSILKDDNDKKINYYDFLTQTNNKDCLDALLRIYPRIDMNKIHSIIDNTPFMSEIHKEFLHTMLDERKSKIIDVAHTRAIELSLQH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Helicobacter pylori proinflammatory protein up-regulates NF-kappaB as a cell-translocating Ser/Thr kinase
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Helicobacter pylori
molecule keywords CtkA
total genus 102
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2010-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07804 HipA_C HipA-like C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.1070.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 3akkA02
3.30.200.120 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3akkA01
3AKJA 3AKLA 3AKKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G8AA 3AKLA 5IQCA 2ZYBA 3F5GA 1YI4A 2PMOX 3PJ3A 1BI7A 3QF9A 4FJZA 1OPLA 3ENEA 5IEVA 1YHVA 4HCUA 3LMHA 1BYGA 4ZJIA 3ROYA 2IPXA 2WXGA 4RJ3A 4PS3A 3ZVVA 4X21A 3AKJA 5IMXA 3FY0A 4Q9ZA 1GZOA 2P55A 3GT8A 5T68A 4QMPA 3C51A 4KUJA 3DAEA 4WG5A 3HNGA 1QCFA 3FLNC 3FXXA 4CCBA 1ZMUA 3F7WA 4LRKA 5E4HA 4KIPA 2XEYA 3QKMA 4ZJJA 3C4WA 4QP4A 4RC2A 3U9NA 4BCFA 3IDCA 2QOQA 1EH4A 4PTEA 4HPTE 4EHEA 2XIYA 3IKAA 1OBDA 4TTHB 4ANLA 2B7AA 3AC2A 3NUSA 4BCOA 3R7RA 5LJJA 2WOUA 4IHPA 4BJJB 3QZHA 2B9IA 5LARA 4AW1A 4JPSA 3R63A 3ODZX 2OIDA 3JVRA 5H2UA 3ZO3A 1CM8A 5J9YA 1XH9A 2VTLA 5EKOA 1H1SA 4ZTQA 3VS0A 3M42A 3A60A 3R04A 4B6LA 4HOKA 2CNVA 4FV4A 1ZLTA 4KWPA 2X9FA 3MS9A 2IW9A 3ZC5A 3R8LA 5HLPA 2AC5A 4L67A 4N0SA 4QTAA 3QYZA 1OPJA 2CHXA 2ITTA 2X6EA 3LVPA 4FV8A 5HQ0A 4IX3A 3D9VA 5HBJA 4PL3A 4CLJA 3NYVA 2WXJA 4H1JA 5ACKA 3EH9A 4CFWA 2BFXA 3PDTA 2ZDUA 3QRTA 3KK9A 4R3PA 4QMUA 3ORIA 2QR8A 4BFRA 4AGDA 4DA5A 1XKKA 2IO6A 4BGHA 5CALA 4ORKA 3NYNA 2JC6A 1NT2A 4MBIA 4ZTRA 5HVYA 3WF7A 4ASEA 4BDHA 5C1QB 4ONAA 4GMYA 3SAYA 4WWNA 4OLIA 4L1BA 2OF4A 3DKCA 4IAYA 3BELA 2IW8A 1CKIA 1PMNA 3F2NA 4NWMA 3E7VA 2PVHA 3MGYA 2OFUA 2YDIA 4LV8A 5JGAA 2CKPA 5BV3A 5KZIA 3RHKA 4O22A 3MA6A 3RALA 4IJ9A 4L23A 2J7TA 3P86A 4M0ZA 4A55A 4FIIA 2QG7A 3JPVA 4DH1A 3II5A 2X38A 3ZFMA 4OT6A 5IH4A 1F0QA 2B55A 2WTVA 3LMGA 3QRUA 5D11A 3NS9A 4CG9A 4MXOA 2QOLA 2XM8A 5CNOA 5HVKA 1U5RA 1H8FA 5EQYA 5A4LA 3AC5A 4YNEA 2YFXA 3EZRA 4RFZA 4JDIA 3RI1A 4B99A 4F64A 5JGDA 3KB7A 4YPDA 3QTIA 5CYIA 2OZOA 3CEKA 2YITA 2JFLA 3U87A 4DG0E 2FSOX 5A4CA 3DK3A 3IHYA 2BZJA 5KHWA 2RFNA 4ZY6A 4C0TA 3RHXA 2A2AA 3DY7A 2YM6A 3DLSA 2VTAA 4IQ6A 4U40A 5EQPA 2C47A 3G5DA 3AC3A 4QP2A 5HG8A 3PXYA 2FVDA 1YI6A 3GU4A 4YBJA 2EB2A 4EWQA 1YXTA 2O3PA 4FSTA 5A6NA 1Q41A 4QYHA 1S9IA 4ITIA 2IG7A 2XJ0A 3GFWA 5FM2A 5CF4A 5CAPA 4FV1A 4E6DA 3V5JA 3KCKA 4Q9SA 3HMPA 4R7BA 2R3MA 3HRBA 3WF8A 3KXMA 4FTCA 4Y95A 3RWQA 3CKWA 4FOBA 5FDXA 3UQGA 4KKGA 2XIZA 4FX3A 4CLIA 4G1WA 4O7RA 4GH2A 4B9DA 4D2SA 3MFUA 5EHOA 5A6OA 5LMKA 2IVUA 4GKIA 4NJ3A 2ITQA 4PH4B 3D83A 1NVRA 3RK7A 5J1WA 1KE6A 3UOLA 2YAKA 4EZ5A 1Q4LA 3KXZA 5E8VA 1LP4A 2Z8CA 3ZUUA 5FQDC 3QTWA 1A06A 1UNHA 3IDBA 2CKQA 4RA4A 1Q61A 4IB3A 2AC3A 4FG8A 4RC3A 2EUFB 3KXXA 4XCUA 2YM8A 3LFEA 4IM0A 4HNFA 4O0UA 5E9EA 4DFLA 3TKUA 4E6AA 3VW6A 5CANA 2PPQA 4M8TA 4YJPA 3PVWA 4U43A 3OZ6A 2F4JA 1AQ1A 3DNEA 4OTQA 5CEKA 2X8DA 3U9CA 3N4UA 4EH9A 4JDJA 4IX5A 2EB3A 4ZJVA 4NCTC 5EKNA 5JQ8A 1JSTA 5KUPA 2BPMA 3BHHA 3T9IA 4HCTA 3OOMA 3HKOA 2VU3A 4RSSA 1OGYA 3COHA 3G51A 4OTRA 3BCEA 3CY3A 4A9RA 2F7EE 5EW8A 3I60A 5DEYA 3MN3A 4DEGA 3QU0A 2ZV8A 2R7BA 4CQEA 4HYIA 2XM9A 3AD4A 3CE3A 3KVXA 4HCVA 2OXYA 2WXLA 3TUCA 4EYJA 4I4FA 5JHAA 2IVSA 3P7AA 3PE2A 4ENYA 4YJOA 3ZBFA 4AUAA 5BUJA 4LOPA 1R1WA 4BDFA 5JKGA 5AUYA 4RWLA 3T9TA 4GUEA 3QBNA 2CGWA 4ZTHA 1O6YA 3QUDA 2B9FA 5AUUA 2XANA 3HMMA 4TYJA 4I5MA 4JBVA 3WZJA 4X3FB 1TVOA 5CF6A 3MPMA 2QOOA 3LMIA 1SMHA 2QO2A 5I9ZA 4OTHA 2VN9A 3AKKA 4H05A 4NJDA 2B4SB 3T3UA 1WBNA 1T46A 3CCNA 3ORLA 3P4KA 3QC9A 4GFMA 3AD5A 4Z3VA 4FE2A 1H1WA 4GU9A 4WNPA 3S95A 3DK6A 3NIEA 5DG5A 1OPKA 4EH5A 2A1AB 2EU9A 3SLSA 4IEBA 4W4YA 2W1CA 4H3BA 5L3AA 4O6LA 5AMNA 1W98A 4PX6A 4ASDA 1GZKA 4BKJA 2XEZA 3QX2A 4MD9E 2HAKA 4FODA 1XBBA 3G0EA 2Y8OA 3A2CA 3ZONA 4V04A 1AD5A 1YQJA 4C61A 2QR7A 3AGLA 3UP7A 4XE0A 3BIZA 4RX5A 2VTHA 1SM2A 2PE2A 3MWUA 4YC8A 4KZ0A 2JBOA 4ARKA 2H8HA 5EM8A 2JFMA 1XJDA 4AN3A 5CXHA 4AOFA 2JDRA 1OL2A 3THBA 2QD9A 4JNWA 4C4GA 2PUNA 3CTQA 2AUHA 3F3UA 4JRNA 4QQ5A 5KE0A 3KULB 4P4CA 2CCIA 4NTTA 2X6HA 2JBPA 2NP8A 3W55A 2W1ZA 5DH3A 5AWMA 4XH6A 3ENHA 1ST4A 4I6HA 5JRQA 3VNTA 3IGGA 3PXKA 3QD2B 4BTFA 3O17A 3W18A 3M1SA 2CMWA 4NT4A 3BYUA 2WXMA 3HHMA 3U55A 3KKVA 3UJGA 2O63A 3F3TA 2YN8A 4KBKA 4C4HA 2PVFA 2VWIA 4FKWA 4RGJA 2W4KA 3N4TA 3DB6A 3O7LB 5FEQA 3QYWA 4FV0A 3WE8A 4EK6A 3ZCLA 1VJYA 4EWHA 2OF2A 4BDBA 4F6UA 5BVKA 2R4BA 4M14A 4MH7A 4QEBA 4EUTA 5BPYA 2QOIA 3MPTA 4L8MA 2HXQA 2CN5A 2F2UA 3UGCA 3UZPA 4BHNA 2A4LA 5CEIA 2I7QA 3ERKA 3PZEA 2UZBA 3E7OA 3NZSA 3FV8A 3M11A 1KE7A 4L44A 3EFWA 3DK7A 2QU5A 5CT0A 5L6WL 4MNEA 5HE0A 4AXFA 1ATPE 3FZPA 5FTGA 4F1SA 3BEAA 4YLJA 4FJVA 4O27B 3DNDA 3CTHA 4YSMA 3PREA 4H3PA 5FM3A 5L2IA 1UNGA 3AT4A 2V7AA 2UW6A 2YM3A 4AA4A 2ITOA 4DH8A 4RWKA 2WELA 3GP0A 2ZB0A 2PHKA 5EQEA 2AEGA 2C3KA 3D5UA 1PHKA 1E7UA 5L6PA 4TYIA 4M15A 1BX6A 5EDSA 2BRNA 3O96A 3NCGA 1OB3A 2DUVA 4BCJA 4UWHA 5FBNC 4BGGA 2JDVA 3D94A 5AUXA 3RAHA 3BLHA 3ORKA 4ZMFA 3OT3A 4DBXA 4CKIA 3PY3A 2GNLA 4ZS4A 4U8ZA 1OI9A 2C1BA 4ZLOA 3EQFA 3PA3A 3TJPA 1PY5A 5LQFA 4YZCA 1YDTE 2QQ7A 3QHWA 3LPBA 3RPRA 4RLLA 4O6EA 1JWHA 1OITA 5J8IA 4AZWA 4FL3A 4D5KA 2YM4A 4YHJA 1KV2A 3OCTA 3F5XA 3LJ1A 3OWKA 3CY2A 4HLEA 4IB1A 3V5PA 1Y6AA 3ZH8A 2RFDA 4FTUA 3V6RA 4AT4A 2CHLA 2CN8A 4AZFA 2X2LA 3R22A 4IWPA 1PXIA 3G6HA 4UZDA 5GINE 3F69A 3SXSA 4EK4A 4QO9A 2ZV2A 4XBRA 1XHAA 3SHEA 2OGVA 3APDA 2WKMA 3H10A 3NYOA 1WVYA 4WUNA 1GZ8A 3C4EA 3G15A 4UYAA 3ZYAA 2BZKB 4V05A 4QP8A 3UDTA 5CAUA 4AQCA 5M53A 2W1HA 4JX7A 5CTPA 3NUXA 1UWHA 3LXKA 5HORA 4Y72A 2C0TA 2WMVA 2BAJA 2GNFA 4FTQA 1REJA 4XX9A 5CNNA 3FHRA 3TWJA 2ONLC 5KMNA 5GJGA 1BL6A 4Q5HA 2OW3A 4IAFA 1P4OA 4MAOA 4RJ4A 3CC6A 4MQ1A 2WXHA 4JIAA 2J90A 4I23A 3VF8A 2ZM3A 2WD1A 3VBXA 3W0PA 3R1YA 4B8MA 5HBEA 4FSNA 4BC6A 4CZUA 4I6BA 3O8PA 3C1XA 4A9SA 4AN2A 1WVXA 4BDEA 4J8MA 2W4JA 2YABA 3HMNA 3KXHA 4C3RA 2Q0BA 2PZPA 3ID6C 1V1KA 5DGZA 3OEZA 5EI2A 4UWCA 3ZLSA 4ANXA 4K2RA 3ULZA 4F9AA 2C5XA 4RBLA 5EYDA 4HGSA 3JXWA 3FI3A 3WZDA 5LCJA 3HMIA 2OFVA 4M0YA 5IG1A 1G8SA 3NDMA 5EOBA 2C3JA 5IDNA 2JDOA 4WRGA 3ALNA 4KIQA 5TT7A 2R3HA 3HUBA 1FVRA 2WTKB 3OY3A 4OTGA 1I09A 5KCVA 1E7VA 4JDHA 4C62A 3EQGA 3SQQA 5EDPA 5K5XA 3HYHA 3O8TA 5ANOA 1YOMA 3W10A 2VD5A 4FIJA 4LYNA 3Q04A 4BZNA 4AF3A 3ZUTA 2WMRA 2ZAZA 4FVPA 5K4IA 4HVGA 3PY1A 3LZBA 2ZV7A 3C5UA 4MD7E 3SVVA 5DE2A 1ZOGA 1YXUA 3O51A 4YTHA 4FZ7A 5CSPA 2HW6A 2NRUA 2IZRA 3HRCA 3MFSA 5CSHA 3TJDA 5B2LA 4EOSA 3O50A 1Q8ZA 1K9AA 3H0ZA 3KFAA 3KMMA 3KMUA 4FT5A 4DHFA 5ETAA 1BI8A 3D7TA 4RQKA 3RCDA 3RTPA 4C4EA 2ITPA 4PDOA 4TYHB 3B8RA 3VN9A 5KX8A 4L9IA 4DFXE 4G3EA 3LCTA 4EZ3A 3R7IA 4O0WA 4CMTA 4UWGA 4ZIMA 4DT9A 3PFQA 3QTXA 4R7IA 3L1SA 1E8XA 5HD7A 1Q8YA 2FUMA 3CR0A 1FVTA 2QHMA 3DFCB 4G2FA 3NPCA 5EDRA 3LFFA 2UW0A 3F7ZA 1J1BA 3ANRA 3BPRA 3OWLA 1R3CA 4IE9A 4MXCA 3I5ZA 2R7IA 4O91A 4XP2A 4WHZA 1KV1A 2WMTA 4DH5A 3UO6A 4LUEA 3UNJA 1W7HA 2SRCA 3LFSA 3SXRA 3V8SA 4IM3A 3MH0A 3OXTA 4EUUA 4TUUA 4QRCA 2VX1A 4YJVA 3P08A 4EORA 4K33A 3GQIA 5EM5A 4DCEA 5JZJA 3KVWA 3WIGA 5L2TA 3EQDA 3TV4A 4IADA 3ZUVA 4D58A 3CSVA 2ZMDA 5I9YA 4L52A 4G16A 2BDFA 2C6EA 2FA2A 5LXMA 4IZ5A 3OVVA 1H01A 4IDVA 4FOCA 3LFCA 2H6DA 2WMSA 4FMQA 4JS8A 4HVHA 2V0DA 4FTKA 4RIWB 5EH0A 4E4MA 3W2CA 5LCKA 2VX0A 3BE2A 5A14A 3JYAA 3LE6A 3QA8A 2DS1A 2C6DA 5F94A 4MWHA 1QL6A 2XUUA 3OW4A 3BRBA 4F08A 2CCHA 3L08A 1UKHA 2Z7SA 4FVQA 4ZS0A 4GFGA 3ZZEA 4GVJA 4ZSAA 5ITAA 4YPSA 3ALOA 4GSBA 5C4KA 3OS3A 2QOCA 4DGLC 4YLKA 4CKRA 5CASA 3UYSA 2JD5A 3IBEA 3L16A 3KCFA 4FG9A 5I9VA 4FZFB 3U4WA 1PXOA 3D7ZA 4RIYB 2UUEA 3NUAA 5LVLA 3TG1A 4C7TA 5LVOA 3FMKA 2NYAA 1IAHA 4ZLYA 1OKZA 3UPZA 3S3IA 1VR2A 4QMTA 1XH4A 4AWIA 5GHVA 3BGQA 3BV3A 1K2PA 2J5EA 4TZRA 4PP9A 4R3CA 3UNKA 3PJCA 3UDSA 3PTGA 5CU3A 2ETRA 2GNIA 2DYLA 4I93A 4MX9A 4XNEA 1APME 4UBAA 3VS4A 5BVNA 4FICA 2X6FA 4PMSA 2E9VA 5IUGA 2VTMA 3L13A 3TNWA 2OH4A 4KNBA 5HBHA 4ZY4A 4F6SA 4IC8A 2WU7A 3HV4A 3W2SA 3EQCA 3F82A 5CAOA 1H28A 2I6LA 3HIZA 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