3AKLA

Crystal structure of a helicobacter pylori proinflammatory kinase ctka
Total Genus 88

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
294
structure length
281
Chain Sequence
PTIDFTFCEINPKKGFGGANGNKISLFYNNELYMVKFPPKPNGCFSEYVACHIVNSLGLKVQETLLGTYKNKIVVACKDFTTHQYELVDFLSLKNTMIELEKSGKDTNLNDVLYAIDNQHFIEPKVLKCFFWDMFVADTLLGNFDRHNGNWGFLRAEYQIAPIFDCGSCLYPQADDVVCQKVLSNIDELNARIYNFPQSILKDDNDKKINYYDFLTQTNNKDCLDALLRIYPRIDMNKIHSIIDNTPFMSEIHKEFLHTMLDERKSKIIDVAHTRAIELSL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S2 (24-29)TI1 (6-9)EMPTYTIV1 (12-15)S4 (74-79)TIV3 (78-81)TIV2 (28-31)AH1 (52-67)TI2 (157-160)S5 (82-88)TIV4 (89-92)S6 (96-99)AH2 (100-106)TVIII1 (108-111)AH6 (200-209)TIV6 (107-110)O1 (61-180)TIV7 (113-116)AH3 (119-128)TIV8 (130-133)AH7 (225-230)AH4 (134-151)TIV10 (165-172)S7 (162-165)TI3 (158-161)TIV9 (153-156)AH5 (190-198)TI5 (185-188)TIV11 (183-186)TIV12 (217-220)AH10 (265-293)TI6 (260-263)S1 (4-5)S3 (32-37)TIV5 (91-94)TI'3 (92-95)AH9 (250-259)TI4 (180-183)S9 (212-216)S10 (222-224)AH8 (235-244)3H1 (245-247)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Helicobacter pylori
publication title Helicobacter pylori proinflammatory protein up-regulates NF-kappaB as a cell-translocating Ser/Thr kinase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ctka
total genus 88
structure length 281
sequence length 294
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2010-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07804 HipA_C HipA-like C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.1070.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 3aklA02
3.30.200.120 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3aklA01
3AKKA 3AKJA 3AKLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IAJA 4NL0A 3UIUA 3Q32A 1OL5A 2XMYA 4O2ZA 4NM3A 4F9AA 3ZFYA 4IVBA 3U8WA 4F1MA 4ZSGA 3QTZA 3PJCA 3KULA 5LWMA 1SVHA 3VS2A 4KWPA 5CQUA 5JEBA 3AXWA 4BCNA 3EFJA 3E62A 4AGWA 3QX4A 4RVMA 3CCNA 4WNKA 5DHJA 1WBOA 3SC1A 4C37A 5DRBA 3HUBA 3DB8A 4UXLA 2W05A 2ITXA 3K5VA 5GJGA 2NO3A 3V8WA 4DGOA 2NNWB 4BDBA 1UNHA 4S34A 4JDKA 2P2IA 2PULA 4FTMA 3MPMA 4MCVA 4QQ5A 4W4VA 2F2CB 3WF9A 3ZO2A 3KL8A 2IZUA 1OGUA 3E87A 5CI7A 3UDZA 2CJMA 2J0MB 4D1SA 4DTAA 4G6LA 2J7TA 4FUXA 4I21A 1CKJA 4ZJVA 3P08A 2PZ5A 3AT2A 4O7WA 5IQEA 2YJRA 4HPTE 5JFXA 1YDRE 3IG7A 3AT3A 5M53A 2VN9A 5I9ZA 3APCA 3ZLXA 3BV2A 3PDTA 3PY0A 4CTCA 3VS0A 2BTSA 3R7OA 1H1RA 2PZPA 2BHHA 2GNJA 4E73A 2WMVA 5I9WA 5JHBA 2W96B 3D7ZA 4V01A 1FVRA 1IR3A 4LGGA 4QQJA 4A07A 1XBCA 4IX6A 4FE2A 2XEYA 1WVXA 4HZSA 4IM0A 5KKRB 3P2BA 2PVMA 4KABA 4XG4A 4YBJA 4A4XA 3QAQA 3NRMA 4DHJA 4EOKA 4I23A 4FL3A 4N4SA 2IVTA 3RNIA 5FEEA 4PMMA 4FL1A 4Q9ZA 2OXDA 3APDA 3GC7A 4XJ0A 2VTTA 5D10A 4ERWA 5DYJA 3TT0A 3FQEA 1W98A 4AZTA 2C6TA 5HE0A 2O65A 3ODYX 4O86A 3LS8A 3EN6A 1WBSA 3W1FA 4GUBA 2Y4IB 5CEKA 3PUFC 4FT3A 4R7HA 3WZKA 5A3XA 4BDEA 4PQNA 2OH4A 4EBVA 2HY81 3OUKA 4RX5A 4FZAB 3OD6X 3QQGA 3FI8A 3DBSA 2W1DA 2FB8A 4MUQA 3NUSA 4WBBB 2WFYA 4X7QA 2C30A 5HESA 3I1AA 1PHKA 4WUNA 3ZO4A 3TZ9A 3WF7A 4QTBA 4RIXB 1YOMA 5C4LA 4CG8A 3LCKA 4KAOA 1FOTA 4USDA 4DEIA 4BHNA 4CV8A 2XIXA 1IAHA 2XKFA 1E90A 3LM5A 4U0IA 3Q9ZA 1MRVA 2ITZA 5FP5A 4L8MA 5M08A 1FINA 2C3KA 5DBXA 2WEVA 3V5TA 2QCSA 1L3RE 4BTKA 4F9YA 5LMKC 4S33A 1ZRZA 2CDZA 3RPVA 2R0UA 4KS8A 2G9XA 1URWA 2YCFA 2XALA 3BEGA 4V0GB 3WIKA 3OC1A 1YHWA 2WMWA 4R7IA 4NCTA 3DA6A 1RQQA 4WNOA 3G6GA 4M14A 4O91A 5EI2A 3Q9WA 4OBOA 4RX9A 3E64A 3CGOA 4XP0A 2GS6A 4FV9A 3FPMA 5BUJA 5CU0A 3U6HA 2WNTA 3A7FA 4CXAA 2WTVA 3GCUA 3LCDA 2JBOA 5CYIA 1IASA 3CR0A 2WXLA 5BVEA 1URCA 4DEAA 5ENNA 1PW2A 2OH0E 3OF0A 4CRSA 3QRUA 4D4YA 4FGRA 1YI6A 3PE1A 4I0TA 5AP7A 3BHYA 5ANLA 2UW3A 4FKTA 3I7CA 4RX7A 3AKJA 4O7RA 3BU3A 3FZ1A 2A27A 1FGIA 4BI0A 1XQZA 3ITZA 3AGLA 4XG3A 2XEZA 1DI8A 1B6CB 3C4EA 4J71A 3FBVA 3O8UA 3POOA 4A55A 2VU3A 3JY9A 3MTLA 4ASDA 4X3FB 4HCVA 5EG3A 5AX3A 3PY3A 4C4FA 4CG9A 2R3QA 4B99A 4AZEA 3L1SA 1TKIA 2UZEA 1CMKE 3R00A 4YLLA 2XIYA 1UVRA 4MD9E 5IA2A 1J91A 4NTTA 3OXZA 4YTHA 3LMIA 4MHAA 3EKKA 4M8TA 4O7YA 2QI8A 4YZDA 4UWHA 1UKHA 4AAAA 3FYKX 5ANDA 3DGKA 4EORA 4JG8A 3MH0A 3EQPA 3W16A 2XCHA 3C4XA 4MX9A 5HE1A 4TYIA 2RGPA 3E3PA 4PL5A 3QXPA 3ORIA 1OBDA 2C6EA 4MXYA 4N57A 3PSBA 4NU1A 3ZXTA 4AS0A 4DG0E 4GK2A 4F64A 4HW7A 4QP2A 3UOHA 2GSFA 4IE9A 4Q9SA 5I9YA 3VS5A 3ZHPC 4CD0A 1PKDA 3VW8A 1SVGA 4YZBA 3UJGA 3FZSA 1KOBA 2FH9A 1AD5A 2OJFE 4OTDA 1Q61A 5HIBA 3S2AA 5AV2A 4IMYA 3V51A 4ITJA 4GRBA 3AC3A 2XK9A 1I44A 1XBAA 4DFXE 1CSNA 3EH9A 3A61A 1YWVA 2IVVA 2PWLA 3EL7A 3NIEA 4FKUA 4OBQA 3WYYA 2A5UA 4FYNA 4EZKA 3MB6A 2C6IA 1M2PA 3UG1A 4FA2A 2VTJA 2BRHA 3KMMA 4L3LA 1YKRA 4ITIA 2OZAB 2ZV8A 4FSQA 2IZRA 4I6HA 3KGAA 4BTFA 3LCTA 4YSMA 1E8ZA 3CS9A 1YXSA 2X2LA 3IK3A 4I5MA 5AMNA 3BHTA 4EK5A 5JMSA 5K5NA 2W4KA 2XBJA 3W0MA 3AMYA 1PYXA 4FSUA 1Y8YA 4CFFA 2GNFA 3CC6A 2JDVA 3FHIA 3QQKA 5CEOA 1ZYDA 3GUBA 4RJ8A 4ZTRA 4E4XA 4AE9A 4WG3A 3L13A 5LMBA 2JKMA 4IAAA 3DNEA 1U59A 2XK7A 1YDTE 3FHRA 4IC8A 3ZBXA 3K5UA 3HMMA 2X6DA 2WXNA 3CSTA 3V6RA 5EQEA 2UVZA 1GZ8A 1UWHA 2V55A 1W84A 1ZZ2A 4MXAA 4C33A 1OIUA 4IB1A 2ZV9A 3EZVA 3TKHA 3ODZX 4A9TA 1JBPE 3DBDA 4MBIA 2PPQA 3JR1A 1HOWA 3EYHA 5AIRA 3ANQA 4EKLA 2X9EA 2JD5A 3PIXA 3JVSA 4EBWA 4QMTA 4MAOA 5CF5A 2WIPA 4DAWA 4O6LA 3RP9A 4BCIA 4ALWA 3ZRLA 4B0GA 3DZOA 4U42A 4JPSA 2ITYA 3O23A 3Q60A 3SRVA 2J0JA 2X4ZA 3OT3A 4RWKA 1W0XC 1TQIA 2Z7LA 3VF9A 5EKNA 4O81A 3R63A 4TYJA 1WAKA 2Y8OA 4O2PA 4N0SA 2WXPA 2X0GA 3PS6A 2DYLA 3LFAA 2GHGA 4FTAA 5AUZA 5HICA 5G55A 3MPTA 5EH0A 5C03A 1ZZLA 3RINA 4W4YA 1QCFA 2WTKC 4O7VA 3KVXA 5JKGA 3D14A 4JVGA 4GT5A 3D4QA 4APCA 1X8BA 3NYVA 4I6FA 4O7ZA 5CU6A 4BCPA 2YERA 3LMHA 2Z7QA 4L45A 5J95A 1CKPA 3FYJX 4RMZA 3DKFA 3BLHA 4JXFA 4G5PA 5DT0A 2QKWB 5G1XA 4GG5A 3UOLA 4JIKA 4AA0A 3SVVA 1Q99A 2C1AA 4FKVA 5FUTA 4QT1A 5EW8A 3OHTA 3DLZA 2XUUA 3K2LA 3R7EA 3HDNA 4G3FA 4AW2A 3QTRA 4X6QC 2Y7JA 1YDSE 2B9JA 2QONA 3IECA 1ZYSA 3NWWA 1HCLA 4RWJA 3E93A 4UWYA 2E9VA 3PP0A 3EFKA 3GVUA 1OGYA 4MNEA 5EQPA 2OW3A 4XEYA 2W1GA 2BZHB 4K6ZA 4R78A 5JFSA 1OIRA 3HHMA 3JVRA 4AP7A 1AGWA 5EI6A 4GFOA 4BJJB 1SM2A 4FV3A 4EZJA 5DNRA 5LOHA 2IN6A 2HZIA 1NT2A 3CTQA 4G31A 4BF2A 2X6FA 1XR1A 2QO2A 3BRBA 2E2BA 4TYHA 1PMUA 4JDHA 4D0XA 3BL9A 3MN3A 1DAYA 4I41A 3KKVA 3WZDA 2O5KA 5A4QA 2VWXA 4TV3A 2B0QA 2EB3A 2QD9A 3CSVA 3ORKA 5FEDA 3R7QA 1R0EA 3G33A 4H3PA 3B8RA 4IANA 4FKGA 3R8UA 3R73A 3BHVA 3F5GA 2ZV7A 5T3QA 4D0WA 4Y83A 1VZOA 1OL1A 4UWLA 3ATSA 3NEWA 4QRCA 3UGCA 3ZU7A 4EKKA 2ITQA 1OMWA 4ZZOA 5JQ8A 3FXXA 4CKRA 4ASXA 3PTGA 2ZM1A 1GJOA 4UYNA 2PSQA 2WXOA 2GFCA 3LFQA 4CZUA 4JL9A 3RHXA 2IWIA 4RWIA 2UZTA 4AZFA 2BZKB 2R7IA 3UBDA 4AJWA 3PLSA 3UOKA 2WD1A 3BE2A 3RZBA 4B7TA 5AA8A 3CTHA 3Q6UA 4H1MA 1BUHA 3LLAA 3WE8A 2VTLA 1OI9A 3A7GA 5GJFA 3ACKA 4F0GA 4UWBA 2X7GA 2PVLA 2H34A 4FHKA 2XCKA 4ZLOA 2CGXA 2PMLX 4M13A 3OWPA 3RCDA 1HE8A 4MTAA 4H3QA 3PYYA 4J53A 2GMXA 3HYHA 5BMSA 4J96A 5EDSA 1BX6A 1R3CA 4J52A 2FSTX 3NVKI 4I24A 3BPRA 3MY0A 2C47A 3QD2B 2YM3A 4FIJA 3ZLWA 2ZOQA 4GU9A 3CQUA 3JPVA 3OY1A 4I6LA 5CLPA 4D4RA 2PVYA 4ZLYA 2XS0A 5L8KA 3BBWA 4I93A 2OJ9A 1V0PA 2NRUA 4FKRA 3B2TA 3F82A 3WZUA 4UZHA 3ORXA 4YLJA 4RA4A 2J4ZA 4O0XA 3SOCA 1JPAA 4JBVA 3TTIA 1WMKA 4XBRA 3PXQA 1ZWSA 3BGZA 4IIRA 2YIQA 3C9WA 3F3WA 4RG0A 1KE9A 3VRYA 4ACDA 1KV2A 2JKOA 3QWKA 2QOCA 3EJ1A 2R3OA 1ZYCA 4IVAA 4A9UA 1WCCA 5IG1A 3UDSA 4MXXA 1ND4A 2X38A 4CCBA 2Y6MA 3HECA 1KE7A 5JSMA 4O84A 1XWSA 2J6MA 3R8VA 3QTQA 4UN0C 1G8JA 2AC5A 5FM3A 5CSVA 3R28A 3OW4A 3TNPC 1P2AA 5CVGA 3QJZA 2WTJA 3NMUF 3NYOA 2O3PA 2XK8A 2YCQA 3ML1A 2HAKA 2XM9A 3PA3A 3GGFA 3WBLA 3TCPA 3FMJA 2QHNA 2ZMDA 3NX8A 3ZLSA 4IM2A 4AA4A 1Z9XA 5BVDA 4QYFA 4JIAA 5D7VA 2EU9A 3HKOA 4QMOA 3SV0A 5C27A 3IW4A 3A60A 4EOJA 3A7HA 3QZGA 2EWAA 4IVDA 3R2BA 4RVTA 3MJWA 3QTXA 5EOBA 2OG8A 2OJIA 1V1KA 4ZSLA 3ZTXA 4FICA 4KSQA 3RPYA 3HP2A 3SGCA 1MP8A 3HGKA 4XRJA 5DR2A 4OBPA 2UZOA 4U6RA 3WF8A 4U97A 3DTWA 2CMWA 1ERKA 4PTGA 4F9BA 1FPUA 3LM0A 1Y57A 5CT0A 3RGFA 4YJUA 4HVDA 1DM2A 5M44A 3BIZA 3DK3A 1QPJA 3KXHA 3Q96A 4ZIMA 4RJ6A 2WQBA 5CAVA 1XMMA 2J5FA 3MW1A 4USEA 3VC4A 3CKXA 3RPSA 4D9TA 2VO3A 4QQTA 3R8ZA 4FKJA 2BIKB 4BDAA 4EHEA 1RE8A 1VYZA 2BFYA 3PREA 3BWJA 2A4LA 2ZJWA 3O0GA 2Z60A 3PG3A 4U79A 4LQMA 4U8ZA 2W1FA 2XKCA 5AFVA 4ZTLA 5IQBA 3R1YA 4AZVA 4APPA 4CKJA 4ANQA 4R3PA 4MD7E 4FKSA 5HCXA 5M4IA 4ZOGA 3H0YA 3ZO1A 2C3LA 4KKHA 2I0HA 4LV8A 5AA9A 1O6KA 2GQSA 2JAVA 3OW3A 5CTPA 3TIYA 2ITUA 4E6DA 4EEVA 4WA9A 4Z3VA 5CAUA 5K4JA 1E9HA 4CZTA 4X2JA 1O6YA 4L01A 3VNTA 4TTHB 2ERZE 3VW6A 4C02A 4P7EA 4TWOA 3FMNA 3F7WA 5HG9A 3B2WA 3QWJA 2RG6A 2YAKA 2W5HA 3GU6A 5BMMA 3S3IA 4EZ7A 1REJA 3LJ0A 4G3GA 3CE3A 1XH9A 2WTCA 4OT6A 4XBUA 2PMNX 3JY0A 4EONA 4IX4A 4JQ7A 2X2KA 2XK4A 3BE9A 4PS3A 2WQEA 5CZHA 3VS3A 4ZLZA 4MBLA 5DH3A 2AEGA 3A99A 4O0YA 3KN6A 2GNGA 3IW8A 5G2NA 2XJ2A 5HBJA 4ANUA 5KO1A 4IFGA 3GBZA 4QTAA 5DPVA 3FUPA 4DITA 4L00A 3QRKA 2W4OA 3KREA 3JXWA 4FODA 3TKUA 4QMPA 5AV1A 4ZTQA 2XH5A 3IGOA 2Z02A 3ALOA 5TF9A 2VV9A 4JQEA 4XNEA 5CX9A 2UUEA 5IMXA 4FULA 4RVLA 3UOJA 3G90X 5IQGA 4HNIA 2BILB 1GOLA 2PE1A 3HMIA 3O7LB 4FNZA 4LUDA 4BFRA 2YWVA 4A9YA 4TWCA 2UVXA 3OVVA 4FV8A 3JS2A 1XMLA 3HX4A 3SDJA 2R7BA 3ORPA 4JNWA 5I4NA 1XKKA 2PK9A 3IO7A 3ZVVA 3GU5A 3NCZA 3L9NA 4IAFA 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 3AKK A;  3AKJ A;  3AKL A; 
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 1IAJ A;  4NL0 A;  3UIU A;  3Q32 A;  1OL5 A;  2XMY A;  4O2Z A;  4NM3 A;  4F9A A;  3ZFY A;  4IVB A;  3U8W A;  4F1M A;  4ZSG A;  3QTZ A;  3PJC A;  3KUL A;  5LWM A;  1SVH A;  3VS2 A;  4KWP A;  5CQU A;  5JEB A;  3AXW A;  4BCN A;  3EFJ A;  3E62 A;  4AGW A;  3QX4 A;  4RVM A;  3CCN A;  4WNK A;  5DHJ A;  1WBO A;  3SC1 A;  4C37 A;  5DRB A;  3HUB A;  3DB8 A;  4UXL A;  2W05 A;  2ITX A;  3K5V A;  5GJG A;  2NO3 A;  3V8W A;  4DGO A;  2NNW B;  4BDB A;  1UNH A;  4S34 A;  4JDK A;  2P2I A;  2PUL A;  4FTM A;  3MPM A;  4MCV A;  4QQ5 A;  4W4V A;  2F2C B;  3WF9 A;  3ZO2 A;  3KL8 A;  2IZU A;  1OGU A;  3E87 A;  5CI7 A;  3UDZ A;  2CJM A;  2J0M B;  4D1S A;  4DTA A;  4G6L A;  2J7T A;  4FUX A;  4I21 A;  1CKJ A;  4ZJV A;  3P08 A;  2PZ5 A;  3AT2 A;  4O7W A;  5IQE A;  2YJR A;  4HPT E;  5JFX A;  1YDR E;  3IG7 A;  3AT3 A;  5M53 A;  2VN9 A;  5I9Z A;  3APC A;  3ZLX A;  3BV2 A;  3PDT A;  3PY0 A;  4CTC A;  3VS0 A;  2BTS A;  3R7O A;  1H1R A;  2PZP A;  2BHH A;  2GNJ A;  4E73 A;  2WMV A;  5I9W A;  5JHB A;  2W96 B;  3D7Z A;  4V01 A; 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