3AKLA

Crystal structure of a helicobacter pylori proinflammatory kinase ctka
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
294
structure length
281
Chain Sequence
PTIDFTFCEINPKKGFGGANGNKISLFYNNELYMVKFPPKPNGCFSEYVACHIVNSLGLKVQETLLGTYKNKIVVACKDFTTHQYELVDFLSLKNTMIELEKSGKDTNLNDVLYAIDNQHFIEPKVLKCFFWDMFVADTLLGNFDRHNGNWGFLRAEYQIAPIFDCGSCLYPQADDVVCQKVLSNIDELNARIYNFPQSILKDDNDKKINYYDFLTQTNNKDCLDALLRIYPRIDMNKIHSIIDNTPFMSEIHKEFLHTMLDERKSKIIDVAHTRAIELSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Helicobacter pylori proinflammatory protein up-regulates NF-kappaB as a cell-translocating Ser/Thr kinase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ctka
molecule tags Transferase
source organism Helicobacter pylori
total genus 88
structure length 281
sequence length 294
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2010-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07804 HipA_C HipA-like C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.1070.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 3aklA02
3.30.200.120 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3aklA01
3AKKA 3AKJA 3AKLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M44A 2WXVA 3NW7A 4OBQA 3L08A 3R8PA 5E8XA 4QPAA 2X4ZA 3R30A 4F0FA 1G5SA 3T8OA 4BVUA 4EORA 2XYUA 3QRKA 4C61A 4USFA 2GS2A 3DBDA 3UQFA 3BWJA 4DBNA 4EWQA 3AC3A 3LQ5A 1OZ1A 1H01A 4OTQA 4BYJA 2JDTA 4I21A 1REKA 5IH6A 1IEPA 3IGOA 4ORKA 5KMIA 3R71A 5EDRA 1VYZA 4BCOA 1ZAOA 4FKRA 4G6LA 4UY9A 4XP2A 3R7YA 3OP5A 1LP4A 4V0GB 1W98A 3R83A 3IW4A 4KWPA 1J7IA 2XCKA 5HD7A 4ZY5A 4O7VA 3CY2A 4FKLA 4DG2E 4AN9A 4FJZA 5A6NA 4WT6A 3W2QA 4RC4A 5DG5A 4D4SA 5CF4A 4WUNA 1SVGA 4FUYA 3Q32A 4AZEA 4MEDA 3MFTA 5IG1A 2YAKA 3Q53A 4ANVA 2IJMA 4ZEGA 3AOXA 1Q8YA 2ONLC 4ZTSA 4C33A 2Q0BA 2UZNA 4DGOA 3QZGA 3FUPA 2FSMX 1ZY5A 1NW1A 5L6WL 4E26A 2QD9A 4PUZA 4RGJA 5JFVA 3SA0A 2QR8A 2YACA 4NL0A 2BFXA 3DZOA 3R8UA 5HI2A 1URWA 3CPCA 4AX8A 2G15A 3WZJA 3CEKA 4HGEA 4O0WA 3NVKI 1Q8WA 3HVCA 3QK0A 3Q9ZA 4FSYA 3K3IA 4ZS0A 4ZTQA 3A7FA 4QMLA 4CZTA 4DDIA 4RLLA 4RPVA 4YJVA 3OXIA 3RHKA 5JFXA 1OGYA 1B6CB 3KN6A 3VUGA 5IMEA 3MJ2A 4EC8A 4GS6A 4CRSA 3A7JA 3LPBA 3OOMA 2ZB1A 3VRYA 2V22A 4AW1A 2R3IA 3WF5A 1MP8A 2DQ7X 3VAPA 3GT8A 3ZFYA 3HV6A 4FVQA 4F4PA 5A4TA 4FE2A 4J98A 3DBSA 2JAMA 2Y6OA 4L7FA 4D4YA 4F9AA 5E8YA 5AP5A 4JQ8A 2YIXA 2O2UA 4AW0A 3ODZX 5CENA 4C7TA 2OICA 4XYFA 3W2CA 4EHGA 1NVRA 3O8UA 5FBOA 1RJBA 4FIJA 5HQ0A 2QI8A 3GC8A 3OFMA 5K4JA 3PXZA 4M67A 3OCGA 4R7IA 5DI1A 4OLIA 3GGFA 3NSZA 5KKRB 4N70A 1XMLA 4ZMFA 4QNYA 2QURA 3ULIA 3QZHA 4I5HA 3U9CA 5KMOA 3TYKA 4BDDA 1UV5A 4XBUA 4OBOA 2RKUA 4BCMA 4L45A 1IA9A 4IH8A 5EI6A 5KZ0A 1OPJA 4K0YA 1STCE 4IX5A 3OXTA 3FMNA 4DLIA 2WU6A 1XH7A 4RBLA 5DT3A 4C3FA 4G17A 3BLAA 3U51A 5DBXA 4LGGA 3GP0A 3BE2A 5I9VA 3DQWA 4U8ZA 4C4EA 1PXKA 3VBXA 5JGBA 3UODA 2UW6A 2ZM4A 3LXPA 3FPQA 4C34A 3CGFA 3W0SA 2VTNA 2HW6A 3U54A 1LEZA 2XM8A 4DDGA 4AZSA 5HESA 5C27A 4U43A 3QQKA 4ANMA 5I9UA 3MA3A 3DXNA 5F9EA 2SRCA 2C30A 3FY2A 1SMHA 1S9IA 4QNAA 5DRDA 4FA6A 5T6KA 4BCGA 2ITQA 2W5BA 2X81A 3OEZA 4EZ7A 4FT5A 3UP2A 2JLDA 2VWIA 2HIWA 4DHFA 2W5HA 3VS2A 3B8QA 3L9NA 4JRVA 4CQEA 3PJCA 5CVFA 3SD5A 1L8TA 1Q61A 3FQHA 3F2NA 4ZIMA 4RVLA 4DT9A 5ITAA 4OTGA 3AC1A 1BYGA 3LKMA 3TNQB 5AV0A 4IAAA 4IAKA 3R2YA 4J97A 2BRHA 3MIYA 4TYEA 4FSWA 2BMCA 1YHWA 4IAFA 4W4VA 4CV9A 2C6TA 5A46A 4ID7A 4DFBA 3ZLSA 2UZVA 5HU3A 4JLCA 4TPTA 3D2KA 3ZXTA 1NVSA 1ZYLA 3ATSA 4FKIA 4G31A 4ASZA 5G1XA 1VLRA 4IWPA 2I0EA 5DA3A 3EFKA 5CAVA 1TQMA 2F7ZE 3KULA 4M13A 5CQWA 2AEGA 3JVSA 2BZHB 4QP2A 5DOSA 4C35A 2B55A 2QKRA 5T3QA 4CT2A 3V5QA 5BMMA 2C3LA 1Q62A 5GJDA 3R2BA 4NZWB 2QG5A 3JVRA 4KIOA 3R9DA 5DR9A 2A2AA 5EHLA 1OIQA 3EL8A 4L3LA 5FD2A 3QGYA 1JKTA 5FTGA 4FV8A 4MD8E 1AD5A 3ITZA 3TWJA 4ACMA 4EZLA 3JXWA 2OXDA 4RVTA 4LG4A 5H8BA 4EJNA 5F94A 4E6CA 2OGVA 4QMZA 2OH0E 3QC9A 4NM0A 4G6OA 4R7HA 5B2KA 3U9NA 1OBDA 4EKKA 3LXLA 4O6EA 3GU6A 3W2OA 4MQ1A 3PSCA 1Q8ZA 4IWQA 3K5VA 3HMPA 4HGSA 3IQ7A 4AQKA 4KZCA 4WNPA 2ZDTA 4JDIA 2C6IA 4G2FA 3DBFA 4RX8A 4HYUA 5LWMA 2GNFA 2R7IA 3VS7A 4FKOA 4TYGA 4HVGA 2YHVA 3QQFA 2X6JA 2H96A 4O7YA 3Q3BA 2ITUA 1ZYJA 4LGHA 4J6IA 3DAEA 3HA8A 2PVRA 3GXLA 4ZLYA 3CP9A 3ZUVA 2WTDA 4BN1A 4EH4A 2C68A 4I0TA 5CASA 1MUOA 3MFSA 3PA5A 4ASEA 2BKZA 3AGMA 4QQ5A 4QMQA 1H0VA 2EUFB 2QOBA 3QJZA 4L6QA 4TL0A 5AP4A 5IF1A 2J6MA 3U6JA 3QTRA 3E63A 2R7BA 4PL4A 5AUWA 4U81A 3DTWA 4H1MA 1J1BA 3DXQA 3ZSGA 4KIQA 3Q9XA 3QC4A 4HOKA 3V8TA 1AGWA 1RQQA 3FZ1A 4IAIA 4MYGA 5TT7A 3RPOA 3OOGA 4RWIA 1J3HA 2C6LA 2W1GA 4USDA 3TZ7A 4C2WA 2OZOA 4AZFA 2QOFA 4ARKA 5C8KA 2EB3A 3QZFA 2IPXA 3QTQA 4GVAA 3W0MA 5IU2A 2HENA 3MTFA 5E4HA 4F6WA 2GCDA 1ATPE 2XNNA 2XNGA 4FKJA 2O8YA 4E20A 3DFAA 3WF6A 5IQBA 3MWUA 5CZHA 4BJJB 4QYHA 4GK4A 3MFRA 3CD3A 4G3FA 4YNEA 4CV8A 3DNDA 2I0VA 3RPSA 5A4CA 2WTJA 4MH7A 2Y4IC 5AV1A 4A9RA 1LPUA 1WVYA 3V5JA 4P2KA 4AXFA 3QLGA 1OECA 4J53A 4O7ZA 1ST4A 1H25A 4M84A 4ERWA 3LMGA 4FNXA 3IECA 5DN3A 4CTBA 3FQEA 4BJJA 3MH0A 4WIHA 1LEWA 2V55A 4BCFA 4DT8A 4RSSA 5CEQA 4CNHA 2WMWA 4QMVA 5DVRA 4IC7A 4EH7A 3W18A 4O0RA 3L8PA 4AT4A 3WOWA 2WMAA 4AGCA 3DKOA 3OTVA 2UW7A 1PJKA 2XRWA 3MVHA 3PE1A 3MSSA 4DGLC 3TM0A 5DIAA 4ZY6A 3CJGA 5FXQA 4KRDA 2CKQA 3AKJA 2R0UA 2JBPA 2XK4A 4FTUA 3W0NA 3GNIB 3V8SA 1UU7A 3FLZA 4EBWA 2BZIB 4TZRA 4FKPA 4IMYA 4NIFB 4TWCA 5CTPA 5EQEA 2JITA 5JFWA 5EW3A 5H2UA 3M1SA 4H05A 3RHXA 3VQHA 3TUCA 5KE0A 4AW5A 2XK3A 4OW8A 1WVWA 3BEAA 2PVNA 4QT1A 3FV8A 2C6DA 5FRIA 3FSKA 1KV1A 1H1SA 3KK8A 4A07A 1QPEA 5FXSA 2PSQA 4JBPA 1H4LA 2X6DA 3AMAA 3VUMA 4EUTA 3LFDA 5ANEA 1F3MC 1JPAA 3PRIA 4XG6A 2JDSA 2W06A 4H3BA 4S32A 3F88A 4X2FA 4I6HA 2PVLA 4OGRA 1OMWA 3GFWA 4P90A 4AOIA 4PP7A 2ETKA 2F2UA 3R9OA 4RZVA 3GVUA 3M11A 2Z7RA 2VO6A 3I5ZA 4U6RA 2VX3A 4OYSA 2XKEA 2H34A 3AQVA 4G3CA 4EOSA 2QHNA 1JKKA 3QA8A 4D2SA 4XBRA 3EZVA 3VN9A 1ST0A 2VN9A 4QQCA 3TL8A 1GIJA 1Q99A 2HOGA 4O0YA 4QTBA 4YLJA 4XV2A 5CSHA 4F7NA 2R3QA 3UP7A 2X7OA 4DH1A 3A7HA 3BYSA 5KMMA 2PL0A 3PWYA 4RX5A 5CYIA 4AXAA 2B53A 2R3OA 4DHIB 2QU6A 4DTAA 1OL2A 1APME 2JIIA 3KULB 3LJ2A 4PL5A 4E73A 3MESA 4J52A 5CXHA 4WWPA 3ORPA 2HK5A 3QAME 4AN3A 5T8IA 2KTYA 4C3PA 4BCJA 5A54A 5I9WA 5G55A 5B0XA 2XP2A 4ONAA 3H30A 2OI4X 4DAWA 1PKDA 2F4JA 4PNIA 4U97A 3C7QA 2C5XA 2V0DA 2X2KA 2PE1A 3H3CA 2O3PA 2REIA 4NM5A 4UWBA 4ZSGA 4BI0A 1W84A 2ERKA 4YZDA 4BDEA 5GIOE 3ZW3A 1KOAA 2EU9A 3NRMA 4B4LA 3P79A 4QMOA 5E8SA 4BF2A 4EH2A 2W17A 2WKMA 2BR1A 5BVDA 3BHVA 4GKIA 5EOLA 3TL5A 2P3GX 3UMWA 1IR3A 4IX3A 5M07A 3ZZWA 3PIXA 2YZLA 3BL7A 3ORXA 2WOUA 5LVMA 3DDPA 1XH5A 1KV2A 4FEUA 2CCIA 5JEBA 5EM5A 2ACXA 3I7BA 2WMRA 3JYAA 5HZNA 2WEVA 4Z3VA 5IISA 4NJ3A 2CLXA 3E62A 5I9ZA 4ZSAA 1Y91A 1XBAA 3LCKA 4FKQA 4S31A 5CAQA 4FSUA 3D0EA 1YOLA 3PY3A 4ZP5A 5EKNA 2QKWB 3BU6A 1W8CA 3L9PA 1KE8A 4CMUA 5IH4A 2YDIA 2JFMA 3D5XA 3UVRA 3FXWA 2G9XA 2J0LA 3O8TA 4L00A 3R8VA 3RZBA 3WZKA 2YM3A 2WQOA 4RC3A 4FTAA 4GIIA 2VO7A 3KIOC 4R3CA 4EH3A 4TRLA 2WMXA 4Y8DA 4PDYA 1MQBA 4TYHB 3G6GA 4O0UA 3FAAA 3W33A 5AA9A 4KNBA 3NZUA 4TUUA 2C6KA 5AX3A 4CKJA 2HELA 4H1JA 1TFFA 1OI9A 1CKPA 1H00A 3OS3A 2XVDA 4IADA 4EHVA 5ANJA 4F63A 5DWRA 4C38A 5BUEA 3UIMA 4EWHA 5C4LA 2UVZA 2OIBA 2UZDA 5HKMA 2ITNA 3II5A 3ZCLA 4W4XA 4L1BA 3CXWA 1BX6A 4IB1A 4ANBA 4W8DA 1T46A 3CE3A 4A9YA 4O7WA 3WBLA 4BGGA 3NNVA 4XNEA 5KZIA 4AACA 1TQIA 4V01A 4C0TA 1O6LA 4WRGA 2X0GA 4BDBA 3APCA 2YJRA 3IOKA 4L3PA 1PY5A 5A14A 2R3PA 5CVHA 2YM6A 4E1ZA 5J1WA 4O0TA 1O6YA 2W1EA 3LMIA 2NO3A 4YMJA 2YCSA 4O6LA 1U4DA 4XJ0A 3VF9A 2Y9QA 2YCFA 3AXWA 2VWXA 3SKCA 2EXCX 5EM7A 2VTMA 5BNJA 2VWVA 4GJ3A 4B0GA 4K33A 2R0IA 5K3YA 4G16A 4Y46A 1WBWA 3OROA 4CXAA 4QP6A 2BRNA 3JY9A 4UV0A 4V05A 3IONA 2OJFE 2CHWA 1WBOA 3DAKA 3KFAA 2WXHA 3P7BA 1K9AA 2VUWA 2WXMA 4KABA 3ZDIA 4UBAA 4H3QA 4U42A 4AA4A 5AV3A 3RKBA 3M42A 4HVDA 5AEPA 3S2AA 1YDTE 2W1CA 2XKCA 4BICA 4F65A 2WU7A 3FMDA 4CG8A 2J0IA 2A5UA 4UN0C 4NKSA 3TEIA 2V4LA 4HNIA 4RIWA 3UTOA 3CLYA 4YZBA 2YIWA 3VBWA 3RVGA 3LFCA 3NUSA 4PTCA 4U45A 4YGAA 5K4IA 2OIQA 5L8LA 4TW9A 1F0QA 3A4PA 3TJDA 1YXUA 3QD2B 1YKRA 4YJPA 4NWMA 3I7CA 4A4LA 5J9ZA 2C1BA 3ANRA 4CKIA 2OJ9A 4EOLA 5IA1A 4FIFA 5HHWA 3BHTA 2WMTA 2QOHA 2ZMDA 4QOXA 5I9YA 2BILB 4ZJIA 2XA4A 4W4WA 5LJJA 4XV1A 2YCRA 2GS7A 4AZVA 4FODA 4APPA 1DM2A 4L67A 4QDVA 4RX9A 5GNKA 4CGAA 5GHVA 2OH4A 4R5YA 3UMXA 3EFJA 4DG3E 1F5QA 3IW5A 5IUIA 4KINA 4PF4A 4FUXA 4TV3A 4I6LA 3MGYA 3NVMB 4DGGA 1JKLA 4O7RA 5FBNC 2B4SB 3CPBA 5D10A 2YAAA 4O96A 4AS0A 2VTRA 3O17A 4QTAA 2CNVA 2YM7A 2XIXA 3UDZA 3TT0A 5EYCA 2E9PA 3FHIA 3UO4A 3IBEA 1M2RA 1NXKA 2XK8A 3VUKA 3QTIA 3OCBA 3UZPA 2QOLA 1JAMA 2ZV7A 3OAWA 2XBAA 4I4FA 5F20A 3Q6UA 3NGAA 4FV7A 3UOLA 2J5FA 2YITA 2I1MA 4JMQA 2R3MA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AKK A;  3AKJ A;  3AKL A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5M44 A;  2WXV A;  3NW7 A;  4OBQ A;  3L08 A;  3R8P A;  5E8X A;  4QPA A;  2X4Z A;  3R30 A;  4F0F A;  1G5S A;  3T8O A;  4BVU A;  4EOR A;  2XYU A;  3QRK A;  4C61 A;  4USF A;  2GS2 A;  3DBD A;  3UQF A;  3BWJ A;  4DBN A;  4EWQ A;  3AC3 A;  3LQ5 A;  1OZ1 A;  1H01 A;  4OTQ A;  4BYJ A;  2JDT A;  4I21 A;  1REK A;  5IH6 A;  1IEP A;  3IGO A;  4ORK A;  5KMI A;  3R71 A;  5EDR A;  1VYZ A;  4BCO A;  1ZAO A;  4FKR A;  4G6L A;  4UY9 A;  4XP2 A;  3R7Y A;  3OP5 A;  1LP4 A;  4V0G B;  1W98 A;  3R83 A;  3IW4 A;  4KWP A;  1J7I A;  2XCK A;  5HD7 A;  4ZY5 A;  4O7V A;  3CY2 A;  4FKL A;  4DG2 E;  4AN9 A;  4FJZ A;  5A6N A;  4WT6 A;  3W2Q A;  4RC4 A;  5DG5 A;  4D4S A;  5CF4 A;  4WUN A;  1SVG A;  4FUY A;  3Q32 A;  4AZE A;  4MED A;  3MFT A;  5IG1 A;  2YAK A;  3Q53 A;  4ANV A;  2IJM A;  4ZEG A;  3AOX A;  1Q8Y A;  2ONL C;  4ZTS A;  4C33 A;  2Q0B A;  2UZN A;  4DGO A;  3QZG A;  3FUP A;  2FSM X;  1ZY5 A;  1NW1 A;  5L6W L;  4E26 A;  2QD9 A;  4PUZ A;  4RGJ A;  5JFV A;  3SA0 A;  2QR8 A;  2YAC A;  4NL0 A;  2BFX A;  3DZO A;  3R8U A; 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