1ST0A

Structure of dcps bound to m7gpppg
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
APVRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVNEASGDGDGEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNDIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLNVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Insights into the structure, mechanism, and regulation of scavenger mRNA decapping activity
pubmed doi rcsb
molecule keywords mRNA decapping enzyme
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 83
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1st0A01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1st0A02
2H39A 3L7XA 4NDGA 2OIKA 3WO5A 3TW2A 5IPDA 2FITA 3I24A 1XMMA 3SPDA 3RHNA 4NDHA 4QEBA 5BV3A 4NDFA 1Z84A 3OXKA 4NJXA 4EQGA 4INIA 1GUQA 3BLAA 3N1TA 4XBAA 1Y23A 6FITA 5IPEA 3LB5A 1VLRA 3ANOA 5IN3A 5ED3A 3IMIA 4EQEA 4NJYA 2Q4LA 4ZKLA 4QDVA 3OJ7A 4QDEA 4ZKVA 1KPAA 3N1SA 4FITA 1ST4A 1KPEA 3QGZA 4NDIA 4YKLB 1KPBA 2Q4HA 3OMFA 3SPLA 4ZGLA 3O1XA 5I2FA 6RHNA 5RHNA 4NJZA 2EO4A 3KSVA 3O0MA 4INCA 5EMTA 5IPBA 5CS2A 1KPCA 4NK0A 3FITA 3OHEA 1HXPA 3BL9A 1ST0A 4EGUA 3BL7A 1AV5A 1FITA 4EQHA 3O1ZA 5I2EA 3I4SA 4RHNA 3NRDA 1EMSA 1GUPA 1FHIA 1RZYA 1KPFA 5ED6A 1XMLA 3O1CA 3P0TA 1ZWJA 3SZQA 5IPCA 2FHIA 3SP4A 5FITA 1HXQA 3R6FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CKEA 2OH0E 3GB2A 3OCBA 4M97A 4W8DA 2F7EE 3LW0A 5AUWA 4AXFA 4BCIA 5BVNA 1ZY4A 2Z8CA 2WB8A 3VUIA 4D4RA 4DHJA 4MUQA 5FTOA 2R3RA 3GQLA 2O3PA 3MPTA 4WNMA 3WF5A 4EUTA 3W32A 4FKLA 4CMUA 4CTBA 3SHEA 4UYNA 4O7WA 1P2AA 4K77A 3MFUA 4RX9A 2I0YA 4RJ4A 4EKKA 4F9AA 3DJ5A 2DWBA 3POZA 4ZP5A 5JZJA 5DG5A 2W1FA 3F3UA 3ZXTA 3IS5A 4BIEA 5HIEA 2ITZA 3MY5A 5BX0A 3PA3A 3DCVA 2QU5A 4UXLA 3QRUA 5BUJA 3NRMA 1W84A 2QOKA 4JX7A 4RC4A 3QQLA 4TY1A 1Q3WA 5CAPA 5AUUA 2XIRA 5C8NA 1IG1A 1ZMWA 4A9SA 4L8MA 2ZM3A 3AC5A 4R1YA 4TL0A 3I0QA 1QPJA 2BUJA 5CSWA 2OZAA 1NVRA 4ZMFA 3AC2A 4X21A 3R8UA 4CFFA 4II5A 5CTPA 2WMRA 5EHLA 4RWIA 5C8KA 2G9XA 5CLPA 4UN0C 3OT8A 3FLNC 4KSQA 3A62A 1CM8A 2UW9A 4IBMA 3ZZEA 4EQEA 2XMYA 5CVFA 3AC8A 5ACKA 3OS3A 3UDBA 4PY1A 2W0JA 2DUVA 3KVWA 1R0EA 3SX9A 1YI6A 4DEIA 3N1SA 4IWQA 2C6IA 3MB7A 2C5OA 5A9UA 4O7VA 2VO6A 3LPBA 1ZMUA 4FL3A 3VONA 2WELA 2BFXA 4Y5QA 2Q4HA 3WIGA 4RJ5A 1M14A 1U5RA 3KRWA 2YDIA 4YPSA 2XEZA 3LQ8A 3ZTXA 4AWIA 4ZGLA 5J9LA 4EBVA 4O0XA 4X3FA 2YDJA 1KOBA 4FKUA 3CXWA 5ICPA 3UC3A 4NJZA 3PJ1A 3UDSA 2X9FA 2JGZA 2X8IA 3TCPA 3ZXZA 4F08A 3TM0A 3UZPA 1ZXEA 3Q04A 3QTQA 4CZUA 2RIOA 3DS6A 4O84A 1KV2A 4ZSLA 4OGRA 2VTQA 1VR2A 2GS7A 3OXTA 3VS6A 3ZOSA 3OCSA 2J90A 3MH0A 2ZMDA 2BRHA 3EB0A 2WMUA 3UIMA 4MNFA 5HTBA 4TYEA 1O6LA 3HAMA 4OTFA 4QYEA 2W06A 4YLKA 5LMBA 4A4XA 4I5TA 1GZ8A 3DTCA 3NUAA 5J9YA 3E64A 4WSYA 3QL8A 3MJ1A 2XNPA 2BZIB 2QC6A 5IZFA 3KRLA 4XG4A 1H25A 3SA0A 5E8TA 3NRDA 5FG8A 4L43A 4ALWA 4DF3A 4ZTLA 2J0JA 3QBNA 3KK8A 2GFCA 3GUBA 5AM6A 2I0VA 4N4SA 3MFRA 5H9BA 5ED6A 5M4FA 4C4FA 4FV5A 5HCZA 2JFMA 2P55A 3O1CA 5FGKA 4WUNA 2WMWA 4QMSA 4I5WA 3TZ9A 2R5TA 4WD5A 1ZWJA 2YM3A 2YWVA 3TN8A 4AT3A 3UQFA 3C9WA 5CNOA 4U9AA 4U0IA 3EFJA 3FZSA 3BYVA 3BGZA 3E92A 1U46A 4NUSA 2O5KA 3ZFXA 2XCHA 4E6AA 4BB4A 3FPQA 4EK4A 4FTTA 4K33A 3IDPA 4YBKA 1PKDA 3RI1A 5AUVA 2IWIA 4M15A 4JR7A 2UZUE 5EK7A 1NW1A 4GYGA 4DDIA 3R9OA 4JBVA 4XV1A 1H26A 5KBQA 3TW2A 3BYMA 3RCDA 2X7OA 4FT7A 4NJ3A 5IPDA 3DNEA 2YITA 5HEZA 5ANEA 3C4FA 1A9UA 3TWJA 4IADA 1OITA 3PXRA 1FVTA 3MGYA 3OWPA 2PZYA 4KKEA 5AFVA 4BF2A 3IGOA 1UNLA 2WKMA 4YMJA 1Z84A 4MWIA 5LVMA 3P5JC 3Q6UA 4YC3A 4ZY5A 4HZSA 2WQNA 3DDQA 4LRMA 4KBCA 3VUKA 4F7SA 3D5VA 4XG6A 4EQGA 3EHAA 3KEXA 4XUFA 1GZNA 4FNZA 1RQQA 2XYNA 5CVHA 1T46A 3E8DA 3NPCA 5ETAA 3KRXA 4ZSAA 3H30A 1Q8TA 2VTLA 4TWPA 5AV4A 2PVHA 2IG7A 5E9EA 2C6EA 5CU4A 3TZ7A 5BYYA 5IPEA 1ND4A 2OO8X 3C5UA 5BVFA 2UZOA 3TJCA 3DNDA 4BZOA 4BDGA 4CQEA 4K18A 5CQWA 3FLZA 4IDVA 3SVVA 3ANOA 4QTBA 3EQIA 3PUPA 3RALA 2J51A 2Q4LA 4B6LA 4HYUA 3DXPA 3VS0A 5M08A 3NUXA 2ZV9A 4ZKVA 3A4PA 5FEQA 2C6DA 2PZPA 1ZYDA 1HCKA 4F7JA 3ZH8A 2WTWA 3MA3A 3ORZA 3CGFA 2XRUA 2OJJA 3SW7A 5K9IA 3R02A 3GGFA 3M42A 3FKLA 4RIXB 4E5AX 3KXGA 3MPAA 4A9RA 3F3VA 3LFFA 3DLSA 4X2JA 1CKIA 1FINA 3MVJA 5AM7A 3W0RA 3OWKA 3ZDUA 3QFVA 4ACDA 3D7ZA 4R3RA 4QMVA 4QPSA 3U6IA 4ZS0A 3QC9A 4YZCA 4CXAA 3NAXA 4UBAA 1ST0A 5A4TA 4A4LA 1FITA 3CKWA 4KKHA 3TYKA 4RRVA 5LJJA 3C4ZA 1UNGA 3FKOA 3GC9A 4XBUA 1U4DA 4BN1A 4HGTA 3AQVA 3COHA 3O17A 2RF9A 4FNXA 2C6OA 5E1EA 5ITAA 3IGGA 3CPCA 2W1EA 2ETMA 3LMGA 3QKKA 3BU6A 4APCA 2HAKA 4C4EA 2BRGA 4USEA 4A07A 2OXXA 2XARA 3WI6A 4A4OA 3U9CA 4V05A 1JOWB 5CNNA 4YTCA 3FZPA 3FHRA 5FXSA 3QQGA 5CU0A 3BGQA 3LFCA 5CWZA 5CF4A 4IAZA 4EH2A 2FHIA 4FTOA 4U3ZA 4E4NA 4ZTQA 4I6HA 4U45A 4AW5A 5FBNC 2VRXA 3BV2A 4WO5A 4F1TA 4F6SA 2W1DA 5G1XA 3L7XA 4PTEA 3ZLSA 4DFNA 2B54A 3DPKA 3UZRA 4MNEA 4OTWA 2BMCA 1P4OA 2X8DA 3KF7A 4U40A 5FEDA 3P78A 3ORMA 1CSNA 4H3QA 4FOBA 4QMQA 1EH4A 2VWUA 2O64A 4A9TA 4FVPA 4F9WA 5IH6A 2XBJA 5IQAA 1OUYA 2UVZA 2XVDA 5IQCA 1I09A 1M2QA 4FSUA 3I6WA 5H8EA 1W82A 3W2OA 5FP5A 4OR5A 1YXUA 1APME 1ERKA 2Y4IC 3RGFA 3FJQE 5EYMA 1CTPE 3LFBA 1B6CB 4OT6A 5F94A 2A1AB 2REIA 3EQGA 3CQUA 3HKOA 3D0EA 4GS6A 2IZSA 3EQCA 4UALA 3V01A 2OF4A 4BDCA 4HPTE 4EOQA 3ZYAA 2OLCA 2XH5A 5EM8A 4MBJA 4R3CA 4TWOA 3S4QA 4XRJA 4RX7A 3RAKA 4EK5A 4F78A 3A7JA 5LARA 2ONLC 4LV7A 5FDPA 4G3DA 5KMOA 3F2AA 5E1SA 3UIBA 1VLRA 1REJA 1WVXA 2PVLA 3MIYA 4EH8A 5KMKA 5EOLA 3FV8A 4C4JA 4R5SA 4RC2A 4QP7A 3IMIA 2VO7A 3MWUA 5CQUA 2VGOA 3QLFA 4NJYA 5BUEA 5EOBA 4AFJA 4AXAA 5CXZA 3OJ7A 2GNLA 4O7SA 4QDEA 3F7WA 4QTCA 3TV7A 2HK5A 3LCOA 4BDHA 2YHVA 2R7CA 5AA8A 4W4VA 3OT3A 5TR6A 3HVCA 2CNUA 2NP8A 1OPKA 2ESMA 2R2PA 4JX3A 3VNTA 4DLJA 3NEWA 5HCYA 2PMIA 3EWHA 4H05A 3U6HA 2F7ZE 4FT9A 2VV9A 3VHKA 1HCLA 4GEOA 5CU6A 1TQPA 3VVHA 4QMWA 3IW7A 3PIYA 4X3FB 2PUIA 3BU5A 3QALE 5DIAA 5HCXA 3RPSA 4O2PA 4EKLA 1JVPP 4MXAA 4BDFA 4GK4A 2QKRA 2QOLA 3DDPA 4O82A 3F7ZA 4NM0A 4RVKA 3NYOA 2E9VA 2BZKB 4LGGA 2PMOX 4MEDA 3D15A 4I6FA 4WUAA 4EOKA 3EQHA 1FMOE 2QOBA 1J7IA 5DN3A 4F65A 4I6LA 4S2ZA 5D10A 1E1XA 4BGHA 4IAAA 3PWDA 4CT1A 1AGWA 1J91A 1R39A 2HWPA 2ITXA 2VWXA 3O0GA 4YTHA 3W0NA 4BC6A 1YOMA 3NIEA 3THBA 2W1CA 4AN3A 3Q6WA 2IVUA 2ITVA 5AUZA 3ORTA 1STCE 4C0TA 4CCUA 2BCJA 3ACJA 4EZ7A 4GK3A 3PSCA 5HNGA 1M2RA 2O65A 2QOOA 1H08A 2ZMCA 3NYXA 4AQCA 4APPA 4BZDA 2Y4PA 4FL1A 3RK9A 1GOLA 2BZHB 5F95A 1FMKA 2HZNA 2WD1A 3BYUA 4P5ZA 4J53A 2Q83A 1WMKA 3OMVA 1YWVA 3MN3A 4EQCA 4F6UA 2UV2A 3W1FA 4MXZA 3ZRKA 4YO6A 4AW2A 4L3PA 3R7VA 4ANBA 4CNHA 3TIZA 4IHPA 4M7IA 4NDGA 4GFGA 3WF6A 3P23A 4MF1A 2C6TA 5BVOA 5J5SA 2JBPA 4OW8A 4JBPA 3PDTA 3V5PA 3AD6A 5JRQA 3HYHA 3QTWA 3I6UA 2WGJA 3LCSA 4YJOA 4H3BA 2WFYA 2QNJA 2PVFA 5ANJA 3OEFX 4BZNA 5J7HA 3TACA 4C35A 3QRTA 4TNDA 4DH1A 3P08A 4D4VA 2NRUA 3SV0A 4DTAA 4U80A 3OXKA 3IECA 5M44A 2OU7A 4NCTC 3MESA 2JIVA 3IOKA 3QCQA 3VC4A 5JZNA 5AEPA 4IAIA 5IA5A 2X81A 1PW2A 2XJ2A 3C5IA 4BGQA 1YOJA 3QUDA 1OVEA 1BL6A 3GCVA 5E4HA 1NY3A 4Q9ZA 3UVPA 2UZBA 1OIUA 4K1BA 1O6KA 3LCTA 4GV1A 4YR8A 1K3AA 2UW6A 5HVKA 2X6EA 3QQKA 4ZEGA 1ZZLA 5J1VA 2UUEA 3F6XA 3PP0A 1OI9A 5HIBA 5KCVA 1YHVA 3HMNA 3PPZA 3KQ7A 3E62A 4O21A 4C58A 1W8CA 2FYSA 4O6LA 4YPDA 5E91A 4RJ8A 3TTJA 4OBQA 4BTFA 3KCKA 4BHNA 4FR4A 4Y73A 3TEIA 4O7TA 1I44A 1OPJA 2C3JA 3IQ7A 2VNWA 4EOSA 3VHEA 5IDNA 3Q9YA 4W4YA 2VO3A 3NUSA 4YJNA 3NUNA 1KPBA 4YLLA 3DB8A 4IDTA 3NNUA 4LL5A 4E4LA 3ALNA 3PVWA 2FA2A 2XK4A 3ERKA 5AMNA 4DCEA 3NCZA 3GU5A 2UZTA 3F5XA 4D1ZA 3K5UA 3DAJA 2CN5A 3BLQA 2WMXA 4S34A 2CCIA 2EO4A 1VJYA 4I5MA 3D2KA 5E8UA 2C5NA 5CI7A 4CRLA 2W7XA 3MYGA 5HX6A 2OXDA 3KN5A 4IJPA 2IJMA 3S0OA 3F66A 3DBDA 3N9XA 3SGCA 1L3RE 3RM6A 4YUQA 2XEYA 2R0IA 4KUJA 5CSXA 3UE4A 3BL9A 2JIIA 3VRYA 2JKKA 3OF0A 2HW6A 4FG8A 3IW5A 3ZS5A 3UZTA 4G9RA 2J7TA 4FNWA 2OICA 2P2IA 3IG7A 2C3IB 5JGBA 3OHTA 1T45A 4XMOA 3BWFA 3RKBA 3GQIA 4DH8A 4CRSA 4J95A 4JBOA 1EMSA 4KBKA 1OIRA 1F3MC 3AKKA 3G15A 4IB3A 3V5TA 4BI0A 3PE1A 5A6NA 5TO8A 2V55A 4BCHA 1M2PA 2PVYA 3UIUA 3G90X 2OFVA 4H58A 4IH8A 3UO4A 3W8QA 4D4SA 2EXMA 5EW9A 3VWAA 4EOJA 5CAVA 2HWOA 4RX8A 2YJRA 5FITA 1G5SA 2JFLA 4CT2A 3R6FA 3RCJA 4C59A 3MVHA 3D9VA 4J71A 4KIOA 1L9VA 5HICA 2C5VA 3VUGA 4XBRA 2J2IB 1OKYA 1LR4A 4E73A 5DPVA 2J0IA 5CF5A 3N4TA 4EI4A 4AN9A 4F0IA 5EQEA 2OSCA 1Q41A 2YN8A 1YHSA 5HD7A 4J1RA 4HVIA 3LCKA 4NFNA 4XLIA 3I1AA 1YXSA 3HGKA 3QU0A 4JVGA 5FEEA 3TDWA 4FT5A 3UQCA 3HMMA 5DI1A 4BDAA 5IG1A 2IZTA 2YM8A 3DKGA 4MK0A 2OW3A 3QX4A 2RG5A 2XS0A 4PDSA 5KKRC 3TNPC 3UDZA 5EDPA 3D14A 4FIIA 4DEDA 4MBIA 4RT7A 4B8LA 3QD2B 4JQ7A 4TXCA 4YC6A 2P0CA 4I0RA 3U4UA 3R7UA 3HV3A 4DCAA 4NU1A 4XH6A 1KOAA 3KULA 4EONA 2W1HA 5AP4A 3I60A 4DTBA 1Y8YA 3R9HA 3UO5A 3TNHA 4J97A 3QTUA 4ENXA 5CSHA 2PUNA 2RL5A 5KMIA 3DBFA 3E3PA 2R3LA 4JJRA 3OP5A 3GP0A 3PFYA 4V04A 4AT5A 4CKJA 2GCDA 3RWPA 3VS2A 2VTNA 3LXKA 4W4WA 3VS3A 3EYGA 3P1AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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