1ST0 | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	300
structure length	300
Chain Sequence	APVRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVNEASGDGDGEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNDIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLNVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__912293739226904__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__912293739226904__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1ST0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__912293739226904__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"912293739226904","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1ST0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__912293739226904__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc08ebde8926c64a35fe57/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc08ebde8926c64a35fe57/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc08ebde8926c64a35fe57/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc08ebde8926c64a35fe57/pdb.gz): 797 ms

reading 300 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

300 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:299});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Insights into the structure, mechanism, and regulation of scavenger mRNA decapping activity pubmed doi rcsb
molecule keywords	mRNA decapping enzyme
molecule tags	Rna binding protein
source organism	Homo sapiens
total genus	83
structure length	300
sequence length	300
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date	2004-03-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF05652	DcpS	Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A	PF11969	DcpS_C	Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.200.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	1st0A01
3.30.428.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	HIT family, subunit A	HIT-like	1st0A02

1XMMA 3NRDA 1VLRA 2FHIA 1ST4A 2EO4A 1HXPA 3OJ7A 4ZKVA 5IPBA 5IN3A 4NDFA 1XMLA 3KSVA 4RHNA 4ZKLA 1KPEA 4NJYA 5I2FA 3ANOA 3SZQA 5IPDA 1Z84A 4EQEA 1KPFA 4EQGA 4QDVA 4NK0A 1KPAA 4XBAA 2OIKA 3OMFA 1ST0A 3OHEA 3OXKA 4EQHA 3SPLA 3QGZA 1RZYA 1GUQA 4NJXA 3N1SA 1GUPA 4INIA 4NDIA 3BL7A 3RHNA 4INCA 3O1CA 3I24A 1FITA 5IPCA 4ZGLA 3TW2A 6RHNA 5ED3A 5IPEA 1AV5A 1HXQA 4NJZA 4FITA 2Q4HA 3I4SA 3IMIA 5CS2A 4YKLB 3BL9A 3LB5A 2FITA 2Q4LA 1EMSA 4QDEA 3O1XA 1Y23A 3SP4A 3SPDA 1FHIA 3R6FA 3N1TA 4NDHA 3FITA 2H39A 3WO5A 5EMTA 5I2EA 1KPCA 3O1ZA 3L7XA 1KPBA 3O0MA 1ZWJA 5BV3A 4EGUA 5FITA 5ED6A 6FITA 3BLAA 4QEBA 5RHNA 4NDGA 3P0TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1XMMA 1ZOGA 4J52A 3TTIA 3JY9A 5EH0A 4EEVA 1ST4A 4W4VA 2OG8A 1HXPA 5LWNA 4BBMA 4JQEA 4L52A 2WU6A 3RP9A 5E7RA 4BCPA 3KXZA 5CZIA 5FDPA 5HESA 3VS0A 4LRMA 3BGPA 2R7PA 5E8VA 2YM5A 3DDPA 1FINA 2QOKA 1FVRA 4FVQA 4BBFA 3COHA 3FJQE 4RHNA 4N6ZA 5IA2A 4AOIA 5I9WA 3EZRA 3T3VA 1KPEA 2E9UA 4TWCA 3P7CA 2HW7A 2XIYA 2XB7A 4I6LA 4BDGA 3HYHA 4R3RA 4F4PA 3OVVA 5HX6A 2HENA 5DPVA 4GRBA 2QR7A 4JJRA 3E3BX 5DI1A 3EN9A 3V8SA 5ANKA 5HIEA 5C1QB 3FEGA 4X2JA 1ZMVA 1ZXEA 2ZDTA 1OL1A 3GBZA 3OWPA 5CSXA 4HYUA 5IH4A 3O71A 4XYFA 5H3QA 3QA8A 3AC3A 3GQLA 1KPFA 3LOKA 2EXMA 5DT3A 2VWUA 4DDGA 4XJ0A 5BPYA 1KPAA 1PJKA 1YWRA 2WFYA 5CAUA 4JL9A 4AAAA 4QP3A 4ACMA 3BWFA 1PXJA 2VV9A 3COKA 1ZLTA 4FL3A 2P33A 2CCIA 4NW6A 1RZYA 1OITA 4OBQA 4XG2A 3MJ2A 3VS3A 2ITOA 4FTOA 3WZJA 4YTFA 4O2ZA 2WMBA 4O38A 3SRVA 5KMJA 3NUXA 5EW9A 4AXAA 5IEYA 2XBJA 4W8DA 4RC4A 3DBQA 2UW4A 4YU2A 3Q3BA 3P08A 4ZIMA 3ZM9A 4ACGA 4FTUA 4M0YA 4DGGA 2ZB0A 3EFJA 3PG1A 3QRIA 2I0YA 2C3IB 2HWPA 3CD3A 4FZAB 4NTTA 1DS5A 1YKRA 2BIYA 3UDZA 5IPCA 4WUNA 6RHNA 3HV5A 2VU3A 5AP1A 3QD2B 4UY9A 5FD2A 5LQFA 3WZUA 3FHIA 4WBBB 5HKMA 4DYMA 4Z16A 5FXSA 4L43A 3P5KA 4GT5A 3GP0A 3HMNA 3BELA 5HIDA 3HGKA 3NW6A 3QZGA 4O7WA 3VBTA 1LUFA 2BZHB 5CY3A 2RG5A 3ZH8A 2PZRA 1XH4A 5HLPA 2UZUE 5E8ZA 3VBWA 5BMMA 1ZZLA 4E4XA 2FITA 4FKGA 1I44A 3CPCA 4I4FA 4I21A 4HGEA 4KNBA 3AKJA 2ITPA 3O8PA 4JXFA 3Q52A 5JGBA 3KN5A 2UZNA 4OT6A 1KV1A 3CKXA 1R1WA 2GU8A 1NVRA 3HAVA 4IVDA 4FMQA 4O7RA 4BGHA 2PUIA 4XLVA 2A2AA 2R7IA 3FZ1A 4F0GA 2GMXA 4W4XA 5IMEA 2R3RA 5BVKA 3LLTA 2CGXA 2JDVA 3F88A 4XV9A 3QCQA 4R3CA 3VQHA 1ERKA 3R7IA 4F99A 3R04A 1UWJA 3POZA 4QYYA 4M7IA 3TXOA 5AAEA 4KKEA 4WG4A 5LCKA 2P3GX 5TF9A 4J8NA 4D4VA 4MNEA 3G9LX 1CSNA 3RHKA 5DR9A 4HCVA 4AQKA 4P5ZA 3S2PA 3ELJA 3R28A 3RK7A 3R0TA 1T45A 1LPUA 3BGZA 4ZZOA 4ZTLA 3RPRA 2C47A 2OF4A 4YGAA 3EL8A 3F5PA 2R3MA 1E1XA 4I5CA 5AWMA 3KIOC 2BALA 3VVHA 4ASEA 4IQ6A 4H39A 3NCGA 3FC2A 3DKCA 4O7LA 3GC0A 2W5AA 1BL7A 2GNJA 5IDPA 2BZIB 4UX9A 2LGCA 4M84A 4QMTA 2IG7A 3QUEA 3PLAE 4M8TA 4USDA 2V7AA 3TIZA 5EDRA 4O0TA 3HDNA 3BZ3A 3IGGA 1HCKA 3PJ2A 3UQCA 3SRVB 3VF9A 4D0WA 4MWHA 4YO4A 4HVHA 3TZ7A 5I2FA 3FI4A 3DAKA 2OH4A 3TV4A 5EHYA 3OD6X 1Q4LA 4C2WA 4N57A 4FKQA 1MP8A 4NYEA 4TY1A 2JIVA 4PRJA 4QMXA 4YZ9A 4Z9LA 3C1XA 2WOUA 5HLNA 3I24A 3QU0A 1GZKA 4O86A 3UNKA 5GIOE 1PKDA 4PNIA 4MTAA 3ORMA 4IX6A 4JBQA 3ZS5A 3ZZEA 4PP7A 2XYNA 4OTDA 4F1TA 3BYVA 3EQIA 2C4GA 4JX7A 3PXYA 4MBJA 5IQDA 2BMCA 3FBVA 2A4LA 4LQMA 4NK9A 5KMMA 3FI3A 5JT2A 3G2FA 2C5XA 2BR1A 2PYWA 5IA0A 4RGJA 1UU9A 4CLIA 4KRDA 5AP4A 3KN6A 1H08A 4XP3A 2NO3A 4KKHA 4D1XA 5EM5A 5AMNA 4ZLYA 2W17A 4YBKA 2QOFA 3OROA 4RMZA 2J6MA 4JIKA 2QKRA 4LG4A 3S1HA 3KCFA 4CMUA 3LCDA 3CCNA 4O0XA 3VS1A 1STCE 2IZRA 2YIRA 3HV4A 4JNWA 2ERZE 5CNNA 3VBXA 4CSVA 4YPDA 1SNXA 4V04A 3LFDA 5FQDC 3W0PA 4D0XA 4EK3A 3QCXA 3TG1A 4BDDA 5M4IA 4LOQA 1VEBA 4ITJA 4ZSGA 3PXQA 1WBNA 3F69A 4MNEB 4FGRA 3R21A 4BDHA 2GS6A 2OIBA 4LDTA 2F49A 4XH6A 4YJTA 2WOTA 5FDXA 4U45A 3RK5A 4AQCA 5M4FA 2Z7SA 4CRSA 5LVMA 4GEOA 4C2VA 3NR9A 2F7XE 2PY3A 1WBOA 1XH9A 2W05A 2XNBA 4D58A 2UZTA 3O50A 4ZJVA 1Y23A 4BCNA 4XEYA 3SPDA 3LMIA 1ZMWA 3QKKA 4WT6A 2F2CB 1U59A 2VTAA 3EFLA 3AOXA 5HG7A 1M2PA 2QG7A 3NPCA 3QHRA 3ZXTA 2YIYA 3F66A 3PJCA 3HV3A 5EHOA 2VO6A 4PP9A 2DUVA 1RQQA 3B2WA 3Q2MA 3EWHA 4APPA 4O21A 4FV7A 4ZTNA 3ZYAA 4OTFA 3CY3A 3FV8A 4GU6A 2W4KA 4IM0A 3UE4A 1JVPP 2ZOQA 1TQMA 3LVPA 3UJGA 3RNIA 2GNIA 2VWVA 3PA5A 5DR6A 4AGUA 3UOKA 4O96A 3W0OA 5KKRC 4FTQA 1GOLA 1NW1A 3PJ1A 4FKSA 4IX4A 5LMKC 2FSLX 4PY1A 1OPKA 5CEOA 1H8FA 5HORA 1P14A 2UV2A 4O82A 4ZY6A 1UVRA 4D5KA 2VWWA 3WZDA 2HELA 4NJDA 5FBOA 1UV5A 4WRGA 4CD0A 2BUJA 5IPBA 2XK3A 5IN3A 2C5OA 3PSDA 3IDCA 3N9XA 3W2SA 4H36A 5HEZA 3K3IA 3DLZA 4BRXA 4X2KA 4E93A 2E9OA 4ZKLA 5JSMA 2P4IA 3BYMA 3KXXA 4IFCA 3SXFA 3UVPA 2V7OA 3TNPC 4AWIA 4NJYA 1SVGA 2QOLA 3KCKA 1WBWA 3R30A 4FGBA 4MAOA 2C6DA 1CMKE 3FZSA 4BJJA 5HO7A 1BX6A 2QU6A 3ORTA 4YJPA 4LV7A 4FEWA 3O7LB 4GFOA 4QTDA 4K11A 2X4ZA 2G01A 3VUGA 3OUNB 3R1QA 3SOCA 4R5YA 4L01A 2GDOA 3HNGA 3HMOA 5GJFA 3SXSA 4E8AA 4YSJA 1DAWA 3R1NA 5B7VA 2R3OA 2GTNA 3DQXA 4I5HA 5M4UA 4XBUA 3ZDIA 3CY2A 3KK9A 1XO2B 4FYNA 2XM9A 3TNHA 3AC5A 3BV3A 1YHWA 2O65A 3ALNA 2Y0AA 4DTAA 2JFMA 3F5XA 5JKGA 3MVJA 5L2IA 4E7WA 5I9XA 4FUXA 2WTKC 1WBVA 4O6LA 4YMJA 5CVGA 3OWKA 3TV7A 1SZMA 3R6XA 5AV2A 2WMVA 5FM3A 4RJ8A 2BAQA 2R64A 3HDMA 3DCVA 1PKGA 4NFMA 4BGQA 3EN6A 3PVGA 3QL8A 3VO3A 5EHLA 5EOBA 1Y91A 4O27B 3UC3A 4AZTA 5CQUA 5F9EA 4O0WA 2OBJA 4CCUA 3WIGA 3KXNA 4O81A 2B54A 4XOZA 1Y6BA 2JBOA 4NSTA 3UG2A 2VTIA 3UZPA 3Q60A 3WYYA 4ZMEA 5J87A 4F7SA 3DJ7A 2ONLA 1W83A 2C0TA 2R3PA 3RWQA 4AG8A 4AXFA 3DB8A 3CLYA 1Y8GA 2YM7A 5AIKA 4DN5A 4FZFB 3TTJA 3NVMB 4I24A 3HAMA 3KB7A 4YNOA 2R3HA 4IIRA 1XR1A 4QTBA 4EH6A 3VN9A 1XH5A 3E8DA 4A4OA 1EMSA 3F3VA 4P5QA 4QDEA 4HCTA 3UC4A 5CX9A 3F2NA 4I6QA 3PFQA 4MWIA 4X2NA 3IKAA 4CFUA 4FE2A 2POFA 4GVJA 4BCQA 4RG0A 2X9FA 3OTUA 4AXEA 3GU6A 4PQNA 4EOOA 4JX3A 3D94A 3IPHA 4G6LA 2G2FA 3GFEA 4FK3A 4EORA 4NCTC 1YOLA 2W1ZA 4PDOA 5HICA 3PZHA 3CTHA 1KPCA 4BCMA 2HZ0A 1VZOA 4BJJB 3MIAA 3C50A 3F3UA 3QCSA 3U55A 4FX3A 4O0RA 2BRGA 4LFIA 3JY0A 1O6YA 4JRNA 4UBAA 1LR4A 3QWKA 4ZOGA 2Y6MA 3V04A 4JIAA 4EOQA 2C0OA 4ZTSA 3PVUA 5BV3A 3DY7A 3EN7A 3DKGA 5AUZA 4OBPA 4G6NA 4YJOA 1UU8A 4YJRA 1ZARA 1H1WA 3FI2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XMM A;  3NRD A;  1VLR A;  2FHI A;  1ST4 A;  2EO4 A;  1HXP A;  3OJ7 A;  4ZKV A;  5IPB A;  5IN3 A;  4NDF A;  1XML A;  3KSV A;  4RHN A;  4ZKL A;  1KPE A;  4NJY A;  5I2F A;  3ANO A;  3SZQ A;  5IPD A;  1Z84 A;  4EQE A;  1KPF A;  4EQG A;  4QDV A;  4NK0 A;  1KPA A;  4XBA A;  2OIK A;  3OMF A;  1ST0 A;  3OHE A;  3OXK A;  4EQH A;  3SPL A;  3QGZ A;  1RZY A;  1GUQ A;  4NJX A;  3N1S A;  1GUP A;  4INI A;  4NDI A;  3BL7 A;  3RHN A;  4INC A;  3O1C A;  3I24 A;  1FIT A;  5IPC A;  4ZGL A;  3TW2 A;  6RHN A;  5ED3 A;  5IPE A;  1AV5 A;  1HXQ A;  4NJZ A;  4FIT A;  2Q4H A;  3I4S A;  3IMI A;  5CS2 A;  4YKL B;  3BL9 A;  3LB5 A;  2FIT A;  2Q4L A;  1EMS A;  4QDE A;  3O1X A;  1Y23 A;  3SP4 A;  3SPD A;  1FHI A;  3R6F A;  3N1T A;  4NDH A;  3FIT A;  2H39 A;  3WO5 A;  5EMT A;  5I2E A;  1KPC A;  3O1Z A;  3L7X A;  1KPB A;  3O0M A;  1ZWJ A;  5BV3 A;  4EGU A;  5FIT A;  5ED6 A;  6FIT A;  3BLA A;  4QEB A;  5RHN A;  4NDG A;  3P0T A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XMM A;  1ZOG A;  4J52 A;  3TTI A;  3JY9 A;  5EH0 A;  4EEV A;  1ST4 A;  4W4V A;  2OG8 A;  1HXP A;  5LWN A;  4BBM A;  4JQE A;  4L52 A;  2WU6 A;  3RP9 A;  5E7R A;  4BCP A;  3KXZ A;  5CZI A;  5FDP A;  5HES A;  3VS0 A;  4LRM A;  3BGP A;  2R7P A;  5E8V A;  2YM5 A;  3DDP A;  1FIN A;  2QOK A;  1FVR A;  4FVQ A;  4BBF A;  3COH A;  3FJQ E;  4RHN A;  4N6Z A;  5IA2 A;  4AOI A;  5I9W A;  3EZR A;  3T3V A;  1KPE A;  2E9U A;  4TWC A;  3P7C A;  2HW7 A;  2XIY A;  2XB7 A;  4I6L A;  4BDG A;  3HYH A;  4R3R A;  4F4P A;  3OVV A;  5HX6 A;  2HEN A;  5DPV A;  4GRB A;  2QR7 A;  4JJR A;  3E3B X;  5DI1 A;  3EN9 A;  3V8S A;  5ANK A;  5HIE A;  5C1Q B;  3FEG A;  4X2J A;  1ZMV A;  1ZXE A;  2ZDT A;  1OL1 A;  3GBZ A;  3OWP A;  5CSX A;  4HYU A;  5IH4 A;  3O71 A;  4XYF A;  5H3Q A;  3QA8 A;  3AC3 A;  3GQL A;  1KPF A;  3LOK A;  2EXM A;  5DT3 A;  2VWU A;  4DDG A;  4XJ0 A;  5BPY A;  1KPA A;  1PJK A;  1YWR A;  2WFY A;  5CAU A;  4JL9 A;  4AAA A;  4QP3 A;  4ACM A;  3BWF A;  1PXJ A;  2VV9 A;  3COK A;  1ZLT A;  4FL3 A;  2P33 A;  2CCI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1ST0A

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