1ST0A

Structure of dcps bound to m7gpppg
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
APVRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVNEASGDGDGEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNDIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLNVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Insights into the structure, mechanism, and regulation of scavenger mRNA decapping activity
pubmed doi rcsb
molecule keywords mRNA decapping enzyme
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 83
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1st0A01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1st0A02
4NJYA 1Z84A 3RHNA 4YKLB 5IPCA 3OHEA 4NK0A 5RHNA 4EGUA 3QGZA 1KPBA 4NJZA 3L7XA 5I2FA 4INIA 4QDEA 5IN3A 3OMFA 3ANOA 1KPCA 3IMIA 5IPBA 1VLRA 4INCA 4QEBA 3N1SA 3OXKA 3BLAA 3LB5A 3FITA 1XMLA 3SPDA 5IPEA 4NDIA 3TW2A 3KSVA 4XBAA 3SP4A 4EQGA 3I24A 3O1XA 2Q4HA 4EQHA 4NDHA 5CS2A 1GUPA 6RHNA 3BL9A 4NJXA 1AV5A 2FITA 3BL7A 1HXQA 5IPDA 4ZGLA 1KPFA 5EMTA 5FITA 1Y23A 4NDFA 1RZYA 1ST0A 5ED6A 2OIKA 1XMMA 1ZWJA 3I4SA 3SZQA 2EO4A 3R6FA 1HXPA 3O1ZA 3N1TA 5BV3A 3WO5A 1EMSA 4EQEA 4NDGA 1ST4A 3SPLA 1KPEA 4FITA 3P0TA 4ZKVA 1GUQA 4QDVA 1FHIA 3OJ7A 3O0MA 6FITA 2FHIA 1FITA 3NRDA 2Q4LA 5I2EA 2H39A 4RHNA 1KPAA 3O1CA 5ED3A 4ZKLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VWZA 4IB0A 4IB1A 4X2NA 1Z84A 3ORNA 3AC2A 2Z7QA 1PXOA 2YABA 3PE2A 2JKQA 4ZSEA 2P4IA 3ZM9A 3GUBA 4IDVA 5HGIA 5M06A 2C1BA 4GCJA 3W0OA 3E8NA 1H8FA 1BYGA 4JLCA 2JITA 4LFIA 4V05A 4GK3A 1JBPE 3TMOA 3QQGA 4DEEA 2DS1A 2VX3A 3BU5A 3QLFA 4OTWA 3ORLA 4DBXA 2CHLA 3D83A 5BMMA 2GPHA 1GIHA 4X2GA 4DAWA 4QMSA 4XJ0A 3K2LA 5LOHA 2I0VA 4X2JA 1Q3WA 4PMSA 5EI8A 4WIHA 3W33A 2UUEA 3UDTA 3CJFA 2C3LA 4HCTA 3UO4A 3ZO4A 2UZLA 4ITHA 5KKRB 2Z60A 2B0QA 3IW4A 3LOKA 2QHMA 3QQKA 4J8NA 4QRCA 5EM8A 5HD4A 3HVCA 3FZPA 1P5EA 2ITNA 3G5DA 5DPVA 3V8WA 5FD2A 1ND4A 2C5VA 5HNBA 3IDPA 1OVEA 4UBAA 5ACKA 3WZEA 3DBFA 4H1JA 4JQEA 1PYXA 2BILB 2VTRA 4JL9A 4N6ZA 4DINA 4DT8A 5M08A 4KKEA 4DG2E 1IA9A 2OF4A 2BRNA 3VO3A 3O2MA 4KIOA 4EH3A 3K5UA 4AF3A 5D12A 4HOKA 3V5PA 5D10A 2O0UA 3HNGA 4PRJA 4O91A 5CU3A 4QMOA 2WTKC 2UZUE 4RG0A 4EQGA 4BTJA 2E9NA 5EMTA 5T3QA 4C4GA 4J7BA 2XK6A 4C4JA 4CG8A 2P55A 4WRSA 3O8PA 2H96A 2QONA 5CS2A 4NDHA 4UN0C 3PPZA 4NJXA 1Y91A 3WF5A 4C62A 3FMNA 1AV5A 2XRWA 4A4XA 2IVSA 4EI4A 5M55A 5LMKA 2UZOA 3F6XA 4ACHA 2J0MB 2UVZA 3R1NA 4IZYA 4N57A 4IWDA 1W98A 4FTMA 2PZRA 4HJOA 3W2QA 1Y23A 2JDSA 4X6QC 2QURA 3D15A 3NIEA 3LJ0A 1YXVA 2FSOX 3OUKA 3EOCA 4I5PA 4AG8A 2XKFA 2ZM1A 3LLAA 4AE6A 2YJSA 4AA0A 4X7QA 4FEQA 4YLJA 1UA2A 5LARA 1NT2A 3GVUA 3O1ZA 3LQ5A 3WO5A 4F09A 3L1SA 4KS8A 2RFNA 3QTWA 1QPEA 4AX8A 1HCKA 2C0TA 3ML1A 5KZIA 4ZK5A 4R7BA 3JPVA 2O5KA 2X4FA 1IASA 1KOBA 3MA3A 2FH9A 3G33A 4WOVA 5K9IA 4QMNA 3II5A 3F66A 4DH5A 4ZKVA 4IZ5A 3A8WA 4UYAA 1BUHA 3EZRA 3GCSA 4FZ7A 1TKIA 1YXXA 5E8YA 5IA2A 4EKLA 3MESA 3NW7A 4G3FA 2FSLX 4L7FA 1SNXA 2IJMA 4BTMA 3IONA 2W17A 4JQ7A 3D5UA 4D1XA 2BRMA 4KIQA 3E63A 3KVWA 5IZFA 3O1CA 3BYMA 4L44A 3WIGA 5TR6A 4O7WA 3PIZA 4J1RA 3FUPA 4BI1A 2X2MA 2LJWA 2WO6A 3ZFMA 5AJQA 5IQGA 4V0GA 2XRUA 1KWPA 3P79A 3PZHA 2VTMA 3OD6X 3RNYA 4ARKA 5A4QA 3O7LB 2Y9QA 4RX7A 2YDKA 2FSTX 3Q53A 2J4ZA 1VJYA 4FOCA 2R3OA 4MXAA 2YIRA 4F6UA 1H0VA 4DEBA 5CENA 4QQCA 3L7XA 3C4EA 1FGKA 5JT2A 3A7GA 3QQFA 1OPKA 2RG6A 3LFNA 2HZ0A 3OMFA 3BGZA 4O81A 3ORIA 2RFEA 4FYNA 2XCKA 4X2FA 4E4NA 4FV7A 3GU5A 2PK9A 4K18A 5FP5A 4DTKA 2HW7A 1ERKA 2GHGA 4QP4A 2YA9A 3U6HA 2EUFB 3C0HA 2E9VA 5AV4A 4BBEA 3EQFA 3UE4A 4ZJVA 4CTBA 4Q5EA 2WAJA 3I79A 3LB5A 4CFNA 4TWPA 1GZOA 2HZ4A 3BLHA 4ZY5A 4U9AA 4M0ZA 1SM2A 4RQVA 3H0ZA 3HYHA 5FEEA 1JNKA 2R4BA 4RIWA 1DI9A 2HY0A 1ZOGA 3GU4A 1VZOA 2W1EA 1H1WA 3NUPA 4FKOA 2GQSA 3A60A 4OTHA 4OTQA 3FQSA 4HGSA 2PE1A 5CSHA 3OG7A 5EQEA 5J8IA 3MJ1A 4R78A 4CFWA 3IS5A 4FI1A 4OTDA 4IWOA 5AUVA 3RZBA 4B7TA 4IMYA 3DKFA 4GS6A 3MN3A 3VN9A 3W0SA 4FG8A 2YIQA 5G6VA 5IPDA 4ZGLA 3UVPA 4APCA 2ZMCA 1X8BA 1UKHA 1Q8YA 3LMIA 3QCQA 1OBDA 2XNMA 2J51A 4LV5A 2I0HA 5FITA 1U5QA 4KWPA 5ED6A 5AEPA 3D7TA 4L9IA 3A4PA 4FBXA 1U54B 2H6DA 3VNTA 1M2PA 2OLCA 4IVCA 4UX9A 2OSCA 3V6RA 2AUHA 4AW5A 4YJTA 2XK7A 3BU3A 2WMVA 2YCFA 4GG7A 4QPAA 2YIXA 3KRWA 4DA5A 3EJ1A 4G6LA 4H05A 4AZVA 2CKQA 3EQHA 3SVVA 3F7ZA 5CU4A 4WRGA 2BIYA 1KV2A 5IA4A 4HNIA 1OKZA 2H8HA 1H24A 4U43A 3RALA 3DKOA 5CT0A 3I60A 4FITA 4QMUA 3U55A 2BHHA 4BKJA 3FI2A 5I0BA 1FVRA 3CD3A 3CS9A 4J53A 4A4LA 3OJ7A 3W1FA 5JSMA 2WU6A 4NH1A 2IZTA 3EFKA 4IVAA 5I2EA 3LFDA 2Z02A 3RCJA 4XUFA 2GNIA 2CNUA 2ITUA 4FGBA 1FPUA 2OIBA 4XG9A 2UW3A 2HCKA 2V22A 1Q8WA 4HYSA 1JKKA 4Q5HA 4W4XA 3MIYA 4CKJA 1Y6AA 3PP0A 4RIXA 2VX1A 3G0EA 4MD7E 3VONA 3ZZWA 3HV5A 3O8UA 3UODA 3BHYA 1XH5A 4I6LA 5HX8A 4Z7HA 3HMPA 1J3HA 4EH7A 3KU2A 5E4HA 3ZUUA 5EDPA 3E93A 4E6CA 3UBDA 4DLIA 2R9SA 4FTIA 2GTMA 2PPQA 4RRVA 4RLKA 3RJCA 1F5QA 3P5KA 3VS0A 1UNLA 4FSYA 1V0PA 1CDKA 2WMWA 4NW6A 3IOPA 3NNVA 4DDGA 2HOGA 3TNHA 2BFYA 1Q97A 3D2KA 4NTTA 4YNEA 3VW6A 1Y8GA 3H4JA 1JKTA 1JPAA 4C3FA 2C68A 1S9JA 4FTJA 1PMNA 3F2AA 3F3WA 1Q4LA 3QC9A 4RWKA 4YBJA 5KHXA 3TM0A 4FT3A 2A19B 3RAKA 1QCFA 4EZ3A 3TG1A 3IDBA 2VWWA 3JR1A 5DR2A 3NRMA 4MX9A 4CCUA 4C33A 3R00A 1J91A 4EC8A 4L3PA 3IECA 1OI9A 3ROYA 3KXXA 4BGQA 5JH6A 1XMLA 2GNFA 4H3BA 4YJRA 1H25A 5GNKA 2UZEA 3LVPA 3EN9A 2Q0NA 3G6HA 4TNBA 5CU6A 5J1WA 4AW0A 4FC0A 4MCVA 5TT7A 3FKLA 3UO5A 2AC5A 2E9OA 4CMOA 4S32A 4WNOA 3NLBA 2XALA 3CQUA 1UKIA 4O22A 4YJSA 4AACA 2F4JA 4YJPA 6RHNA 1ZMUA 1O9UA 4BI2A 4M7IA 3EZVA 3JUHA 3R8MA 3VUDA 4QOXA 2XBAA 4YSJA 2QKRA 2UW6A 5ANIA 5C4KA 5DEYA 4D9TA 4JIAA 2BUJA 4ZY6A 2QHNA 4LI5A 5AX3A 4Y8DA 1LEZA 2BAJA 3TTIA 4GV1A 2DWBA 5F94A 4FYOA 4AZWA 3OW4A 4I22A 4UY9A 3PZEA 2F9GA 1IR3A 2FVDA 4GT5A 1ZY4A 3PJCA 4O38A 3SXSA 3UDSA 1H08A 3ZFXA 3MGYA 3VF9A 3DGKA 3OT8A 1IAJA 4JRNA 4EH4A 3PXFA 5HCYA 2IPXA 2J2IB 1HXPA 3R6FA 2W1FA 3FZOA 1UVRA 4U8ZA 5FXRA 2WHBA 3OWKA 5AV1A 1OKYA 4QP7A 5M51A 1Q41A 3NAYA 4IIRA 5E8UA 4EJ7A 2I1MA 2UW7A 2Y4IC 4F9AA 2OK1A 2XIKA 4UXLA 2R3KA 4FT5A 3AMYA 5CEKA 2C6KA 5AM7A 3UOLA 4E93A 2A1AB 2OJJA 2XJ1A 4HVSA 4QDVA 1UNGA 4YTFA 4C3RA 3KREA 4O7LA 6FITA 3HKOA 1KOAA 4QYFA 4KUJA 4C0TA 4FZAB 2XAOA 3AC5A 4AN2A 4BDJA 3TTJA 3KY2A 3O7LD 1NA7A 2X2KA 2EXMA 3VS7A 4E26A 3GC0A 3KCKA 3OBJA 4C2VA 4IC8A 5HTCA 4U7ZA 4ALWA 3LFAA 4FVRA 4DHJA 3PVWA 5AX9A 2PMIA 1ZXEA 3CIKA 4CV8A 4DC2A 4DEDA 2X7FA 4LOQA 4BGHA 2XIZA 2ZDTA 4NK0A 5I5ZA 4RJ4A 2WTWA 3R1SA 4YNOA 4G5JA 3QRIA 3V8SA 1TVOA 1R1WA 1OL7A 3TV7A 2WOTA 4NU1A 4NJ3A 3HAMA 3O8TA 4DDIA 4F1OA 4F9BA 1ZMWA 4ID7A 3FXWA 3VJNA 4A9YA 4ASXA 4CKIA 5JEBA 4H39A 4CV9A 2PYWA 4RIYA 5M07A 2Y7JA 4XBRA 3UIXA 4CGAA 1CTPE 5AAFA 3L9PA 3OCSA 3EHAA 3TV6A 3I5ZA 3KK9A 4AS0A 4GJ3A 1OITA 1PMEA 2OO8X 4D58A 4JXFA 3H0YA 5BVOA 1VLRA 2IZUA 3JYAA 1MQBA 2FSMX 1KE8A 1NVSA 4EJNA 2XYUA 2WQNA 3PJ3A 3RTPA 2R3QA 4BDDA 1TFFA 2XNNA 4K0YA 5CF6A 3NNWA 3FZSA 4IX6A 5A14A 3R1QA 3F5GA 5ETCA 2X7OA 3PXKA 4FV8A 3UIBA 3OUNB 5IEXA 4OUCA 4XG8A 3E88A 4CFVA 2R0IA 3IW7A 2C5XA 2VV9A 2HXLA 3PJ1A 2BMCA 3RK5A 3EN7A 3B2WA 2UW8A 5CXZA 5CASA 4FTQA 3DA6A 4JG6A 4USFA 2PTKA 3FLNC 3CGOA 2PVHA 2E9UA 2ZOQA 4CFFA 5AM6A 3CPBA 3R71A 5BYLA 3PSBA 4BJJB 2JFLA 2FITA 3M1SA 3R9OA 4F9CA 2J7TA 5ANKA 4S31A 3SD0A 2B52A 3Q52A 2VWXA 4R1VA 1WCCA 1ATPE 2OXDA 4QMZA 5FTOA 3MVJA 4BGGA 5KUPA 3MY0A 4DFUA 3LXKA 3ZC6A 3TKUA 5DT3A 3FYJX 4LL0A 3ZCLA 4MXYA 4FGRA 4ZMFA 1RQQA 1FQ1B 5HHWA 2VO3A 3HAVA 3ODYX 1ZZLA 4Y83A 2WMRA 4FIGA 3UC4A 4YZDA 2WELA 3RKBA 1GIIA 4EUUA 4GH2A 3C5IA 4EKKA 3C51A 4K77A 4DEHA 3NEWA 1XH4A 3ID6C 4A06A 4GFMA 5HEZA 1SVHA 5AP6A 3R7OA 4DH1A 4YO4A 4D28A 3SPLA 3IG7A 1ZYCA 1PW2A 5K5XA 3NCZA 5AP3A 4EK5A 2PVJA 3IPHA 2IW8A 3EH9A 3UO6A 2F2UA 3ZUTA 3Q4CA 4NM5A 3SDJA 4U97A 4BCNA 5C8KA 5E92A 3UQGA 4X3JA 2PVKA 4IJ9A 4U79A 5FEDA 3TZ7A 1ZOEA 3MWUA 2ITQA 3G90X 3BGQA 1YWRA 2Q4LA 4ZJIA 2HK5A 5CS6A 2I7QA 2R2PA 4PQNA 4B99A 3SW7A 3W8QA 1ZWSA 4M69B 2ZM3A 1WVWA 1NVRA 2Y6MA 2BAKA 2R3GA 2YN8A 4G3EA 3E7OA 4I21A 5M4FA 1GZNA 3HP2A 5ED3A 4AT3A 4JX7A 3A7FA 4F7SA 2YDJA 3OXZA 3CR0A 2ZM4A 4YKLB 2VWIA 3GCQA 2OWBA 3ORXA 4FKUA 3VC4A 3VS5A 5LVNA 4DCEA 4LRMA 3QQJA 4X2KA 3RGFA 3WOWA 1S9IA 3O17A 3AD5A 2OH0E 4IAYA 5IMXA 2X6DA 1Q99A 3ZHPC 4O84A 1PXLA 2R3RA 4L45A 4RJ5A 1QPJA 3QCXA 3LJ1A 2VN9A 2W4OA 2BHEA 5HLPA 2W5AA 3OVVA 4KRDA 2JFMA 4L3JA 2JC6A 2B9JA 2B9IA 2CJMA 1Q5KA 4A9RA 1RE8A 5IN3A 1GZ8A 1ZYJA 2OH4A 3VQUA 1WBSA 4GYGA 4BCHA 5KE0A 3FKNA 3LE6A 4TYHA 4PDPA 5JQ8A 5KMIA 4RWIA 5JGBA 2R7BA 3O71A 2HIWA 4YTCA 5EYDA 3OC1A 4LOOA 3QTRA 4RWLA 2QO7A 4ZTQA 4GK4A 2BAQA 2VAGA 2OXYA 3M42A 4XG3A 4BTFA 1XH9A 3DK3A 3REPA 3U4UA 3HA6A 3ZLWA 5AUUA 2P2HA 2VTHA 5LXMA 4MUQA 4O0TA 4CVAA 3FSKA 3NUYA 5AMNA 4I23A 2PVLA 1G5SA 2XVDA 4PTCA 3UNZA 1NXKA 3GU8A 4FJVA 3SXFA 2JAMA 3AC1A 3TW2A 3MV5A 2OFVA 3U51A 4AOTA 4ZSLA 4WNPA 5HICA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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