1ST4A

Structure of dcps bound to m7gpppa
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
APVRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVNEASGDGDGEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNDIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLNVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Insights into the structure, mechanism, and regulation of scavenger mRNA decapping activity
pubmed doi rcsb
molecule keywords mRNA decapping enzyme
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 82
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1st4A01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1st4A02
3N1SA 4FITA 5I2FA 4EGUA 3KSVA 3QGZA 1XMMA 3ANOA 2Q4HA 1AV5A 4NDFA 3SPDA 3N1TA 1ST4A 3LB5A 4YKLB 3WO5A 1KPBA 4NDHA 4QDEA 3NRDA 4NJYA 4RHNA 6RHNA 1FITA 3O1XA 3R6FA 5RHNA 1FHIA 4INIA 2EO4A 3OXKA 3I24A 3BL7A 1KPFA 3BL9A 5FITA 4EQEA 5IPCA 3OMFA 1KPEA 1KPAA 1GUPA 1HXPA 5EMTA 4NDGA 4NJZA 3BLAA 4NDIA 5I2EA 1XMLA 4EQHA 5CS2A 3FITA 4NJXA 5IPEA 3OJ7A 3O0MA 3O1CA 4INCA 2FITA 5IPBA 4ZKVA 1ZWJA 5IN3A 3TW2A 3O1ZA 6FITA 3L7XA 5IPDA 3SPLA 4EQGA 3OHEA 1GUQA 2Q4LA 1EMSA 1VLRA 2OIKA 2FHIA 3IMIA 1Z84A 1ST0A 4QEBA 3P0TA 1HXQA 3I4SA 3RHNA 5BV3A 5ED3A 4XBAA 3SZQA 1Y23A 1RZYA 4ZGLA 2H39A 3SP4A 1KPCA 4ZKLA 4QDVA 4NK0A 5ED6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VRXA 3RAHA 5B2LA 2F2UA 5I2FA 3OWJA 4QMZA 4D5HA 4FK3A 3MH1A 2IG7A 4FUYA 1FVRA 3NDMA 1T46A 5CNNA 4J52A 3U87A 3BYOA 5AP5A 3VBVA 4B6LA 2A1AB 3V04A 4J1RA 5FUTA 1UA2A 4EH3A 2PVKA 4QMLA 4HNFA 3VW6A 4C36A 2GQSA 4QMPA 5ACKA 1M14A 2GNLA 3PVWA 4O82A 5CALA 2OKRA 3GOPA 3H30A 2XALA 3QRIA 1ZY4A 3R6FA 3GU4A 4LRMA 4LMUA 5IQIA 3BWJA 4TKSA 2NP8A 3DB6A 3TIYA 2X6DA 2YHVA 3SAYA 1TKIA 2F4JA 4XCUA 5CY3A 4MNEB 3E8EA 4GKHA 3OZ6A 2BAJA 3FZSA 4BY9E 4EH5A 4E93A 3UYSA 3F61A 4OTFA 3MS9A 3R8MA 4JI9A 3R1YA 3V8WA 3WZJA 1F5QA 2VTHA 3CKWA 4GFMA 1RW8A 2PVRA 4FKLA 5M55A 4FV3A 4FKVA 4ZAUA 3UDZA 3QCXA 1UVRA 3ZYAA 1GY3A 2BAKA 3CQEA 3VS7A 4UV0A 5CQUA 4ZP5A 4E4MA 2XF0A 2ZFYA 1MQ4A 2YCSA 5BVEA 2C69A 3I7CA 2H6DA 2P0CA 1KV1A 2E9VA 4EK6A 5CAOA 2NRUA 5BX0A 3ATSA 5A4LA 3ZC6A 1UV5A 3EQGA 4K77A 4NJZA 2QCSA 3O50A 4ZEGA 3VVHA 1BUHA 2WQMA 4FTAA 3HV7A 3W0QA 4BDEA 4EOPA 3ZSIA 5JRQA 2V7AA 4FJVA 4NJ3A 3O0MA 5FXQA 3ORIA 3Q9XA 5HLNA 4LV8A 4C58A 3R2YA 3UZPA 2GFSA 2R9SA 3ZOSA 2X9EA 2R3QA 4GL9A 5DVRA 4ANQA 4F1OA 3MSSA 4X2FA 4YJSA 3DBDA 4K33A 3FQHA 3QAME 4IDTA 2R3JA 5JZJA 3VS5A 4D4YA 3TW2A 4L45A 5AP3A 5M51A 3MVHA 4BVUA 3C50A 4B9DA 5CU3A 5D12A 5HG9A 4RVMA 4MYGA 4OTGA 4AA4A 3TUBA 4ENYA 2R7IA 3TJCA 2R3LA 2C6MA 5HNGA 2C6EA 4GT4A 4C2WA 2UW7A 4EZ3A 1VLRA 3G9NA 4RMZA 2P2HA 5CU6A 1Z57A 3SLSA 4CTCA 3RWQA 1XHAA 4N6ZA 2VX1A 2H8HA 3CTQA 3IW5A 4UXLA 5E7RA 5D41A 3NNWA 2R3OA 3M1SA 3FHIA 4JVGA 4MTAA 4O86A 3O7LD 4FR4A 3UDTA 3PXFA 1OKVA 3FYKX 4RGJA 2CN8A 2R3KA 4PV0A 2ZB1A 2PULA 5CWZA 2XK9A 4BCGA 4ASZA 1RZYA 4YLJA 3A7HA 5M06A 3W18A 4AWIA 5IPJA 3DK7A 1TVOA 1GJOA 4RQKA 4BCIA 4QDVA 5DI1A 3K5VA 4WRSA 5BUEA 4FT5A 3EQHA 2WMUA 3ZS5A 4E26A 1Q3WA 4M14A 3VHKA 4IB0A 4FSQA 4UXQA 2ITTA 4BTFA 3AC4A 3KSVA 4FSWA 2JKKA 3BYSA 5CVHA 2C6KA 4QMVA 3IPHA 3DNDA 4O7SA 5HNIX 5EDPA 3FSKA 4IM3A 1AV5A 4NDFA 3FY0A 4BHNA 1PKGA 3CCNA 2QHNA 1ZYSA 4NM3A 3OBGA 4X3FC 5DG5A 1A48A 3FY2A 1LPUA 3W2OA 4E6QA 2FA2A 4F65A 4YZDA 3EQBA 3UIMA 3B2TA 6RHNA 1I44A 5RHNA 4FV8A 3CQUA 1ZOHA 1P4FA 2R2PA 4PL5A 4RX5A 5TKDA 2X9FA 4X2JA 4JQ8A 4CFFA 5FD2A 5C4KA 1PW2A 5BVWA 3DU8A 2W17A 3IKAA 3MFUA 1YWVA 3UE4A 4ID7A 4EOOA 4XV1A 4MD8E 3VUKA 2R64A 4AE9A 4PMSA 1FMOE 4NYEA 4WIHA 4HW7A 2ZB0A 2V62A 2VTJA 3SOCA 4QYYA 3ALNA 5HQ0A 2Z60A 4O0XA 3VUHA 3OF0A 4X2KA 3DT1A 2XVDA 4H1JA 3U4WA 4AZWA 5HX6A 2X7OA 3MTLA 3QKKA 2J50A 2FB8A 3DAKA 5FBNC 4ZJJA 3HMOA 3IK3A 3WZEA 2WTKC 4IE9A 3Q3BA 3QX2A 4E7WA 5AP7A 3C1XA 5HKMA 4NDGA 1U54B 4AG8A 3JPVA 1ZRZA 4WNOA 3SDJA 4KBKA 4W4VA 4IZYA 4IAIA 2VTTA 1XMLA 3F69A 4L67A 4OTDA 2YACA 2VN9A 3MI9A 1OKYA 4FTKA 3G2FA 3D15A 3NCZA 4FKGA 4IVCA 5AJQA 2B53A 3GP0A 5GIPE 1L8TA 1PXLA 4N4SA 1YOJA 2NYAA 3FC2A 3FXZA 3D7TA 3RK7A 4ASXA 5CAPA 5HO7A 1YWNA 2P2IA 5DEYA 3AKLA 4LYNA 3FKNA 2VTSA 1LP4A 1XKKA 3QUEA 3RAWA 4AOJA 3HRCA 3HYHA 5HU3A 2W06A 4UB7A 3SPLA 4O7RA 5JH6A 3ORKA 1YXXA 1TQMA 2CHLA 3RKBA 5A6OA 3ULIA 4LQMA 2SRCA 4NFNA 3ZFXA 3IDBA 4FEVA 2WPAA 4TRLA 5ANKA 4FTCA 3POZA 3KREA 5H3QA 3UVPA 2WEIA 4BGGA 2JD5A 3SW7A 3EMGA 3UTOA 4RX7A 1OZ1A 3O7LB 5IQDA 4DE4A 2UZOA 1BLXA 1FBNA 2O8YA 4AF3A 2JKMA 3KXMA 2UVZA 5CQWA 2JDVA 3C5IA 2BRHA 2UUEA 1ZAOA 4ACHA 5LQFA 5KMNA 1ST0A 2OF2A 3A61A 4DFNA 4EUTA 4CV8A 4J96A 3PIYA 4GK2A 1O9UA 4O81A 2CGXA 3HLLA 4OBPA 3PXZA 3RHNA 1GOLA 2W1EA 3LCDA 3P23A 4E4NA 3NX8A 1QPCA 4HYIA 3PE2A 5JGDA 2ITOA 4K8AA 4BDHA 3GNIB 5BMSA 1OBGA 2G9XA 3UOLA 4I0RA 5AAFA 2WEVA 4BCFA 3EQRA 1YI3A 2WIPA 3QRKA 4NK9A 3NUYA 4IADA 5HE2A 2BHEA 4EI4A 3ZO2A 4AA0A 1W0XC 4TT7A 1P2AA 1M7QA 3SX9A 4HVGA 3KMUA 3SVVA 4J7BA 4KNBA 3MESA 3E8CA 2QHMA 2YIXA 4F1MA 3LB5A 3THBA 3UO4A 3W2RA 4P5ZA 4YKLB 4XP3A 4M7IA 2H96A 1L9VA 5EYDA 2YIWA 5AUVA 4L68A 2POFA 5B0XA 3WZUA 1UNLA 3GBZA 2NRYA 5KMJA 2J0JA 3TKHA 3VN9A 2R3NA 4I6LA 4OGRA 4K9YA 3V5LA 4QQ5A 5HICA 2EO4A 3FJQE 3NUPA 2ACXA 3EJ1A 1M2PA 4JBQA 4NKSA 1ZWSA 2ZAZA 1YWRA 3E88A 5LWNA 4WO5A 5HBJA 3BL7A 3AC8A 3LFEA 3EH9A 3COHA 2Z7QA 4QTCA 4ZTSA 3DKFA 3ZO3A 4EHEA 3C4WA 5TR6A 5DGZA 4LV7A 2WU7A 4EQEA 4WG4A 2WFYA 3A4PA 3NCGA 4QMMA 4C61A 5IPCA 3ZHPC 4A9RA 5M53A 4AGDA 2GQGA 1OL7A 2J0KA 3P1AA 5L2IA 4QQJA 3R7IA 3OWPA 2YM6A 4FSTA 1GUPA 3DJ6A 3K5UA 1OGYA 3MGYA 4JAIA 3HA8A 3DY7A 4WA9A 5LVMA 5L3AA 3UOJA 4FNXA 4J53A 3SGCA 3BU6A 2E2BA 3EFJA 2QOKA 3EQCA 2XRUA 5AM7A 3ORMA 4AQCA 2ZOQA 2XK8A 3UO6A 4R3PA 4NJXA 4M0YA 4JG7A 2W1CA 3RWPA 4JIAA 3MB7A 2I7QA 4EBVA 4DEIA 4ZSEA 4D1SA 5CZHA 3TCPA 4DH1A 1PRYA 2FITA 3FC1X 5IPBA 5HO8A 3PVGA 4FZ7A 3SXFA 3V51A 4E4LA 3KXXA 1XJDA 5M4IA 4AOTA 5EH0A 1PMVA 1MRYA 1JSTA 3OS3A 3Q04A 5EKNA 2CJMA 3VS3A 5DLSA 4A4XA 5IISA 3UO5A 5LCJA 2XIXA 3GQIA 4GU9A 5EQPA 5T68A 3SRVB 3ZSGA 3EQFA 4EONA 4EH8A 4WOVA 3IW4A 4JX7A 3DAJA 1E1VA 3OY1A 1Q62A 4X21A 1XH7A 1YW2A 4OW8A 4RSSA 4WG5A 5E8TA 4DFUA 3MPAA 5TT7A 5BVFA 1S9IA 4AZFA 4BC6A 2PZYA 4QYFA 4IAZA 4ZSGA 3RINA 3DGKA 4FKJA 4GS6A 4IC7A 4RZWA 2C47A 1Z9XA 3QCSA 4FT0A 3Q32A 3E5AA 3I4SA 3ZLSA 3MA6A 3ZM4A 3MJ1A 2JGZA 4KSPA 2NO3A 1BL7A 4HVDA 1KPCA 1DAWA 4MQ2A 4GJ3A 4MWHA 3V5TA 1ZZLA 5BYLA 3TV6A 4PDSA 3UBDA 5HX8A 3MN3A 1PXIA 4W8DA 5ACBC 3WF8A 2IWIA 4ITIA 5HD7A 4F63A 2OU7A 2PMLX 3PPZA 5I9VA 2W05A 4F9WA 2XYNA 5JSMA 4CFMA 3QGZA 3D94A 4GMYA 4O6LA 2O2UA 4O6EA 3D2IA 2Y4IC 4IHPA 5H8EA 4E5AX 3ZUUA 4EOKA 2XJ2A 5AP0A 1PXNA 5KMLA 4XMOA 3F88A 2R5TA 4X3FB 2VTOA 3F3VA 2HXQA 3KY2A 2WTDA 4KUJA 1RE8A 3HZTA 4O0UA 5AX9A 4DTKA 4IANA 2VWWA 3CPBA 3L8VA 3OMVA 5CT0A 3AC3A 2XEZA 4C33A 2QODA 3ORLA 2YAKA 4WD5A 5A4TA 4TZRA 3PY1A 4FA2A 5JQ8A 1Y8GA 5AP6A 3UG1A 5CVGA 2YM4A 4TWPA 5DRDA 3OXKA 2C5VA 4MWIA 1GIHA 3ZFMA 1KUTA 3AMYA 4G3DA 3SA0A 4BI0A 3GXLA 1XBCA 3WIGA 4B0GA 2FYSA 2BTRA 5CEQA 4FEWA 5H8GA 5FITA 4F08A 3NAXA 2W4KA 3LFCA 3QD0A 4U7ZA 4DGLC 3QC4A 4U45A 4F4PA 2HY0A 4C3FA 4IQ6A 3BELA 5I0BA 2QC6A 4O2PA 2VGOA 1OL2A 4GG7A 4ANBA 3C4CA 2QOCA 2WTKB 1OECA 3NUNA 4TYHA 3BBTB 3KVXA 3JXWA 5FEQA 3ELJA 4ZTNA 2OFUA 3TUCA 2GS2A 5JT2A 3PLSA 3T3VA 5LVNA 3TNIA 2BKKA 3QZFA 3FLWA 1OB3A 2FH9A 3GB2A 3ENMA 4R7BA 2XCKA 1W98A 4U6RA 2HENA 3PZEA 5EYKA 4XG9A 2F49A 2C6OA 3NIEA 4BBMA 3FKOA 4I6FA 1PMEA 4FTNA 3HAVA 3NRMA 3QBNA 3AQVA 4QMYA 4QTBA 3UP7A 4ZMFA 2QNJA 4APPA 4RFMA 3DDPA 2X1NA 5E8SA 4E5WA 5EHLA 4FV0A 2QLUA 3C0GA 3F5XA 4HZSA 4UEUA 4QPSA 4C02A 3QF9A 5E92A 4F7LA 2R7PA 3AKKA 3TDVA 2XEYA 2E9OA 3WILA 2RFSA 3OROA 2P55A 3KRXA 4WUAA 4IVAA 1Q61A 5M56A 3FKLA 5M4FA 2Q0NA 3DZOA 3NGAA 2J51A 3BHVA 2PUNA 3NNUA 2UZVA 2PVHA 2BPMA 2R4BA 1UU8A 3PXQA 2WQEA 1AD5A 4C59A 3DXPA 4DCAA 2E9UA 2QR7A 4O2ZA 3DBCA 4UWYA 3GC8A 4LOQA 4PL4A 3N9XA 4I4EA 2CSNA 2HW7A 4LRJA 2WZJA 4RWKA 2CKEA 3ACJA 1UNHA 1SNXA 3C51A 3FL4A 2PUUA 4KIOA 4LL5A 4B4LA 3LCSA 3SQQA 4DHJA 3EQDA 1H4LA 1UKHA 4RWJA 3UZRA 4K6ZA 5FXRA 3MB6A 4JX3A 3MIAA 3N51A 4L52A 3R9RA 5CXZA 1OIYA 2JEDA 3HV4A 3LPBA 3NIZA 2PVLA 4G3GA 2XIRA 1JQHA 4FT9A 3W0NA 5AWMA 3LJ0A 1YXVA 3UODA 3WE4A 5B7VA 3M42A 3NS9A 4H05A 4RIYB 4WSYA 4QRCA 4R78A 4UYNA 4IW0A 5AV2A 4YJOA 5HBEA 2XH5A 2XNOA 3IOPA 4BI1A 2UZEA 2UW4A 3A4OX 2OJGA 3N1SA 5TOZA 3BIZA 2YZLA 3O2MA 3NYXA 5IQBA 2VTIA 5ANOA 4A9UA 1ZOEA 4BB4A 1LUFA 5H9BA 5AAGA 3KXGA 4FKRA 5IA1A 4KBCA 4BIEA 1YRPA 5ITAA 3AC2A 4GKIA 2R8FA 3TG1A 4C4JA 2DQ7X 4AFJA 3OC1A 4DH7A 5CS6A 4FL3A 4NDHA 4H3PA 4NKAA 3KULB 2CKOA 5J8IA 4Z55A 2W1HA 4HPUE 4R7HA 3E3PA 1Q41A 3BYVA 2CKPA 3O0GA 4I5VA 4KIPA 2P33A 4UWCA 4I5CA 5E1SA 3OW4A 4FX3A 3CY3A 4KIQA 5IA5A 4C34A 2W1ZA 4I1ZA 3IW6A 5IF1A 2CCIA 2VTQA 1OUKA 4L43A 4IAKA 2VWIA 4CTBA 2ZVAA 1F3MC 2VWBA 4TW9A 3A8WA 2C5YA 4M3QA 4L3PA 4YHTA 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 5K5N A;  3FHR A;  1J7I A;  3HVC A;  4FIG A;  4J8N A;  3QYW A;  1R0E A;  2OO8 X;  2FSM X;  2BCJ A;  3RPY A;  5J9L A;  3LXN A;  4V01 A;  4D55 A;  4AT3 A;  4EZ7 A;  4LV5 A;  4TN6 A;  2C0O A;  5HIE A;  3BLQ A;  3GCS A;  1PYE A;  1Q8Z A;  3Q9Z A;  2IPX A;  5CTP A;  3IGO A;  5D7A A;  3DFA A;  5BNJ A;  3ZXZ A;  4CFW A;  2Z7S A;  1XR1 A;  2CGU A;  2REI A;  2XK4 A;  3BV3 A;  4LM5 A;  4I3Z A;  2VO3 A;  1LR4 A;  3DZQ A;  3QLG A;  4XEY A;  3OG7 A;  4FVQ A;  5J95 A;  2GNF A;  3G90 X;  3VUD A;  1B39 A;  3UOH A;  3AGM A;  4CFN A;  4J95 A;  3QYZ A;  5AV0 A;  1U4D A;  2W9Z B;  2PMI A;  4BGQ A;  3R7O A;  3E8N A;  4L01 A;  5A54 A;  1AGW A;  1CKP A;  5KMI A;  3QTQ A;  1Q5K A;  5DT0 A;  2W1F A;  4DBX A;  5EI6 A;  5BYZ A;  4XV2 A;  4O22 A;  3CC6 A;  4C3P A;  2IZS A;  4MBJ A;  3K2L A;  2CNU A;  4BZN A;  3FUP A;  5CYI A;  4EHZ A;  3GEN A;  3QAL E;  2X39 A;  4YJT A;  4FV9 A;  2IW9 A;  4BI2 A;  4D4R A;  3S0O A;  3QCQ A;  3E92 A;  5ED6 A;  1P5E A;  4ENX A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 2VRX A;  3RAH A;  5B2L A;  2F2U A;  5I2F A;  3OWJ A;  4QMZ A;  4D5H A;  4FK3 A;  3MH1 A;  2IG7 A;  4FUY A;  1FVR A;  3NDM A;  1T46 A;  5CNN A;  4J52 A;  3U87 A;  3BYO A;  5AP5 A;  3VBV A;  4B6L A;  2A1A B;  3V04 A;  4J1R A;  5FUT A;  1UA2 A;  4EH3 A;  2PVK A;  4QML A;  4HNF A;  3VW6 A;  4C36 A;  2GQS A;  4QMP A;  5ACK A;  1M14 A;  2GNL A;  3PVW A;  4O82 A;  5CAL A;  2OKR A;  3GOP A;  3H30 A;  2XAL A;  3QRI A;  1ZY4 A;  3R6F A;  3GU4 A;  4LRM A;  4LMU A;  5IQI A;  3BWJ A;  4TKS A;  2NP8 A;  3DB6 A;  3TIY A;  2X6D A;  2YHV A;  3SAY A;  1TKI A;  2F4J A;  4XCU A;  5CY3 A;  4MNE B;  3E8E A;  4GKH A;  3OZ6 A;  2BAJ A;  3FZS A;  4BY9 E;  4EH5 A;  4E93 A;  3UYS A;  3F61 A;  4OTF A;  3MS9 A;  3R8M A;  4JI9 A;  3R1Y A;  3V8W A;  3WZJ A;  1F5Q A;  2VTH A;  3CKW A;  4GFM A;  1RW8 A;  2PVR A;  4FKL A;  5M55 A;  4FV3 A;  4FKV A;  4ZAU A;  3UDZ A;  3QCX A;  1UVR A;  3ZYA A;  1GY3 A;  2BAK A;  3CQE A;  3VS7 A;  4UV0 A;  5CQU A;  4ZP5 A;  4E4M A;  2XF0 A;  2ZFY A;  1MQ4 A;  2YCS A;  5BVE A;  2C69 A;  3I7C A; 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