1ST4A

Structure of dcps bound to m7gpppa
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
APVRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVNEASGDGDGEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNDIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLNVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Insights into the structure, mechanism, and regulation of scavenger mRNA decapping activity
pubmed doi rcsb
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords mRNA decapping enzyme
total genus 82
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1st4A01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1st4A02
4NDFA 4RHNA 5I2EA 4INIA 6FITA 5IN3A 2EO4A 3TW2A 3OXKA 5EMTA 4NDIA 3BL7A 3LB5A 3BL9A 3KSVA 3RHNA 3P0TA 5RHNA 4QEBA 4NJZA 1HXQA 3OMFA 1RZYA 1HXPA 3QGZA 1EMSA 1GUQA 3O1XA 3O1ZA 1XMMA 3SZQA 1GUPA 2Q4HA 5CS2A 3FITA 4NK0A 3SPDA 1ST4A 1VLRA 1KPEA 5ED3A 4EQHA 4YKLB 3O0MA 2FHIA 3N1SA 3IMIA 4NDHA 1KPFA 5IPDA 4QDEA 1XMLA 4ZKVA 2Q4LA 3ANOA 2FITA 1ZWJA 3OJ7A 5IPEA 3L7XA 5BV3A 2OIKA 3O1CA 4FITA 1KPAA 4NJYA 5FITA 3R6FA 3BLAA 1FHIA 3OHEA 1AV5A 6RHNA 2H39A 4EQEA 4ZKLA 1ST0A 3I4SA 3NRDA 4NDGA 4XBAA 4QDVA 5ED6A 5IPCA 3N1TA 1Z84A 4EGUA 1KPBA 5IPBA 4EQGA 1FITA 4NJXA 3SPLA 1KPCA 4INCA 3WO5A 1Y23A 3I24A 3SP4A 5I2FA 4ZGLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NIZA 4C36A 1Q62A 4J71A 2E9PA 4TY1A 2A2AA 5EYMA 3QRTA 2QR7A 4EJ7A 3UDBA 4FZDB 2PVYA 4Q9SA 4BR3A 3OBJA 4O2ZA 2G1TA 4ITJA 4QMZA 2Z8CA 3DXQA 4R7IA 3LXPA 3TTJA 1TFFA 4RIYA 3UMXA 1XQZA 4M68A 4QOXA 1ZMWA 3PG1A 5TOZA 4DH1A 2CNUA 3KRRA 4IFCA 1FINA 2BTRA 4J95A 1DS5A 1URCA 5E8UA 2X81A 3R83A 1PXPA 2EVAA 3LPBA 3KULA 5ANIA 3RK7A 3MPTA 3A8WA 3Q4ZA 1YOMA 4UYNA 1H1SA 5H8BA 3L8XA 3QUEA 3SOCA 3BEAA 4XP0A 5HE1A 2GCDA 4JVGA 5HX8A 3IQ7A 4HCUA 3ZONA 4DEBA 2R0IA 4F7NA 3QTWA 3MSSA 1OBDA 2UZTA 4Q2AA 5E7RA 2VNWA 1PXOA 4KBAA 4XLVA 4YURA 1OIQA 3QWKA 5EHLA 5LQFA 3QGZA 4J8NA 2EWAA 4O0TA 4YJTA 4BIEA 2JIIA 3QCYA 2G2HA 3GCVA 5HNBA 5JZNA 4BCQA 3O50A 1MRYA 4YZCA 5A6NA 3C5IA 3QZHA 1Z5MA 3W2OA 4QQCA 3T3VA 1XJDA 2Y6OA 5EI6A 3QD0A 1YVJA 2OIDA 3RWQA 4GCJA 4XBRA 1GNGA 2V22A 2R2PA 3BHUA 3FKOA 4FKQA 5HTCA 2HOGA 1KPEA 2E9OA 4KD1A 2WTCA 4PL4A 3ZZEA 2UZNA 5DT3A 4O6EA 4F09A 5I5ZA 4O0SA 1APME 1ND4A 3KQ7A 4FV3A 4CTCA 5CZHA 1OGYA 2VWIA 4NM0A 3W0MA 5L6OA 2V7OA 2JLDA 3BPRA 3CKWA 4FNXA 4LRKA 5IDNA 2WIPA 3E8DA 5M44A 4MXXA 1KPFA 3NNUA 1ZYDA 2UV2A 3ZDUA 1ZRZA 4EUUA 4F0FA 5ANOA 5AUXA 1G3NA 2QOOA 1ZWJA 3R9HA 2JAVA 4TWNA 4DITA 4E4NA 4FITA 2QR8A 3BX5A 3F9NA 3TNHA 2YCQA 4PWNA 4G3CA 4U5JA 1OL6A 4WT6A 3U9CA 2FUMA 2HZIA 3DKOA 3LFSA 2PZIA 3GEQA 4BI0A 3VS3A 2QHMA 3B2TA 4O21A 2R8FA 3T9IA 1PXLA 3V04A 3GU7A 2OSCA 5FRIA 5IA4A 2R3NA 3FAAA 1I09A 3HMOA 3ALNA 3LFBA 5KKRB 4KBKA 3EQCA 2B0QA 3G6HA 4X2GA 5DLSA 2I0HA 2FYSA 2Y6MA 3O51A 1UA2A 2YJRA 4OTQA 4KKGA 4XBAA 1VYWA 3QKMA 4FG7A 3EQIA 2YDJA 4JDIA 1Z84A 3OXTA 4L42A 2IW8A 3NNXA 4RZVA 4IW0A 5CF6A 3RVGA 3GBZA 3QZGA 3MFTA 3P86A 3QLFA 4EEVA 3KULB 4QTCA 3A4PA 4O27B 4S32A 4ITHA 4QNAA 2PUNA 2PVJA 3C1XA 4L7SA 3BLQA 4NJ3A 5TT7A 5AUTA 2OLCA 4D0WA 3R63A 4KA3A 3VRZA 2VTJA 4I5CA 3W18A 2Z2WA 3O0GA 4FT9A 3BLHA 3KKVA 2ETRA 2R3LA 3KA0A 1BLXA 3DBCA 2XB7A 1A48A 1FMOE 2EXMA 2GNIA 2VD5A 2REIA 3L8PA 3N4UA 1T45A 3PA5A 4FTOA 4RWKA 4CFMA 4CNHA 2YIYA 3I79A 4IB3A 4IE9A 4QYGA 4X2JA 3FY0A 2R64A 3HMNA 4MD8E 3DK7A 3SLSA 2W06A 1MP8A 3G2FA 1WFCA 4A9TA 4OTDA 2QVSE 5KMLA 4LG4A 3H9RA 4TYGA 2BALA 4I6QA 2XIYA 1TQMA 3P4KA 4FI1A 3M1SA 3FMKA 2QU5A 1VEBA 2UUEA 1JKKA 3HV5A 3V3VA 3ZC5A 3TKIA 5EOLA 4W4WA 4LI5A 2W4KA 2PZPA 2GHGA 2WMWA 4LOOA 4E4MA 1WBTA 4EWQA 3CE3A 3F2AA 3QQGA 4FKRA 3UODA 3T3UA 3U4UA 4EI4A 3WF7A 1FMKA 2BKKA 4CCBA 5BMMA 3UIUA 4AP7A 4ZJJA 3M2WA 3COKA 1H25A 5LVLA 3OY3A 1ERKA 4RA5A 4AGUA 4EOPA 2ITQA 2QLQA 4JIAA 3R1QA 2RGPA 2VZ6A 4NTSA 1KE5A 1UWJA 3V5JA 1R1WA 1NVQA 2XEZA 3BE9A 3KCKA 3VO3A 4AT3A 1UKHA 4AT4A 4DBXA 1YXXA 2W05A 4G3GA 5DGZA 3IW8A 4ZK5A 4PTCA 2BHHA 1Q8ZA 3BHHA 4UX9A 3LCDA 3P7AA 3B8RA 3TUCA 4YR8A 2KULA 2WMSA 4PMMA 3FMJA 4IZAA 5F95A 5IQCA 5KX8A 2AUHA 3R00A 5C1QB 4F6WA 3K2LA 2OK1A 3GU8A 4RQKA 3I7BA 2VTOA 5JRSA 2WB8A 3L9MA 2X1NA 3PXQA 4PTGA 4ZSJA 2OI4X 3LZBA 4PDSA 3TUBA 2FITA 4KIOA 4EH5A 4BGHA 1REKA 4KIPA 3CCNA 2W4JA 3GCPA 4FOCA 2WTVA 3F2NA 4EOIA 2PL0A 4V01A 5I4NA 5FUTA 2E2BA 3HNGA 4GS6A 3DFAA 4FG9A 1J7IA 4AQKA 1V0BA 3DA6A 3TWJA 4W8DA 3MFRA 5B0XA 1Q3DA 4ONAA 3NEWA 4I94A 1ST0A 3NUSA 5AUYA 3VS6A 3FI3A 2QG5A 4CCUA 4FK3A 1OKVA 4MXYA 1Q61A 3NRDA 3E7VA 2WMUA 5KNJA 4EJNA 5BYLA 1CKIA 3NPCA 3OS3A 5I0BA 1MQ4A 1U54A 4E73A 3DBDA 4MXZA 3UC4A 4YBJA 4C4IA 4RX5A 3POZA 4C38A 1ZXEA 4CT2A 3PY0A 5IA2A 2DS1A 3OBGA 4EQGA 2WMBA 2GQRA 3KVWA 2QOFA 3P08A 4JRNA 4TYIA 5FLFA 4O82A 3OWLA 4D9TA 1KPCA 5FEQA 3WO5A 4MWHA 2PUIA 3OVVA 4XP2A 2E9UA 3HUCA 3FSFA 4RWJA 5FG8A 2DYLA 4ZEGA 4ZGLA 1DI8A 3LQ5A 3NYXA 4G5JA 1MRVA 4RHNA 3MGYA 4MBJA 4F99A 3ZRKA 3PG3A 4W4YA 4EYMA 5IG1A 3JS2A 5KMKA 2BVAA 4GU6A 5J5SA 3VS7A 1M17A 2GHLA 1OECA 3BL7A 4HNFA 3OOMA 2RF9A 5AX3A 1IAJA 2OJJA 3FQHA 2OBJA 3QQKA 5C01A 2VTHA 4YPDA 5JT2A 4TYHB 2X7FA 5I2FA 3QGWA 3PVGA 2GQSA 3GGFA 5RHNA 2HK5A 1H01A 4WIHA 3A7IA 5G6VA 3ZSGA 2XNOA 4FEQA 4FG8A 2QQ7A 2GPHA 2VO7A 4HOKA 4QMPA 4F78A 4WKQA 1HXQA 3HVCA 4J7BA 5AP4A 3MVHA 2F7EE 1U5RA 1VYZA 2ITPA 2Z7SA 1XH8A 3LFAA 3TIZA 5CQWA 3ETAA 2VWYA 4FSTA 4TYJA 5DT0A 5TKDA 3MB6A 4FV8A 2IPXA 3KFAA 3FPMA 5CI7A 4AGWA 2UZLA 4TXCA 1MUOA 4AF3A 3FMNA 3DKGA 3VAPA 5DWRA 4DGMA 4KNBA 3FXWA 2ITXA 3SXSA 4QQJA 5FD2A 5KKRC 3H3CA 4G16A 1J91A 4GVJA 5EM7A 3NNVA 4ZS0A 4E93A 4BTJA 1YQJA 3DY7A 4LYNA 4C4FA 3SA0A 1XH7A 3GCQA 1S9IA 2UVXA 4I5TA 4LDTA 4O0YA 4MKCA 4CLIA 3R7IA 1R78A 2J0IA 5HTBA 3GNIB 4XS2A 5AA8A 3QBNA 5DI1A 4U9AA 3A62A 3KF4A 4BC6A 3HV7A 2JDRA 3RMFA 3ZUTA 4JR7A 3FXXA 3CR0A 3MIYA 4TYEA 4FKPA 3DT1A 3VF9A 1WBSA 4FZFB 1OI9A 4FV4A 4O7NA 2XBAA 3RPOA 3PA4A 3P9JA 3MFUA 4EH6A 4NIFB 5ITAA 5AP1A 1OM1A 1VZOA 3BYUA 3P79A 4E7WA 5KMMA 2B9FA 3O71A 2C3LA 3OTVA 3OT3A 4YTFA 3GQIA 1Y6BA 4FV7A 4XG8A 3EQPA 4A9YA 5IPJA 4FKIA 2YCFA 2UZOA 2R7JA 2F7ZE 4USEA 1R3CA 1STCE 2OG8A 2VO3A 4FX3A 4JOAA 3R8VA 3LXKA 5CEIA 4EGUA 2Z7QA 5AJQA 1F0QA 1K3AA 1U5QA 4XMOA 3HAVA 2IN6A 5M08A 4NJXA 3PY3A 3ORLA 3FI2A 4FNZA 5KMNA 2YAKA 4IB5A 3QTXA 4INCA 3PXYA 3LCTA 4TWOA 2YHVA 3E3BX 3LAUA 3I24A 5EW8A 3RK5A 1M2PA 5EM6A 4U6RA 3EKNA 4USFA 5HBJA 3KXNA 4AU8A 3FDNA 2AC5A 3AGMA 4WUNA 4Y46A 5EDQA 4ZLOA 5HORA 1RJBA 1YXUA 3AG9A 4ZTHA 4O7TA 2NPQA 4HCVA 4C02A 2F2UA 2Y9QA 3NAYA 3AXWA 3F3UA 4I1ZA 4NL0A 1H00A 2ZM4A 3BIZA 4WD5A 5JMSA 5EMTA 2PVLA 2ZMCA 4AG8A 4RX8A 4O7LA 4O7RA 3ODYX 3C7QA 4DLJA 3CTJA 5DR9A 2R3IA 3MESA 2R3QA 3I6UA 3W55A 4DA5A 4C4HA 2RG5A 4NM7A 3RALA 4UWYA 5JK3A 2WQMA 3E8CA 1BUHA 4RFMA 4DFYA 3PJ8A 5EDRA 2I6LA 3TCPA 4O22A 3B2WA 1Z57A 3WIKA 3WF6A 5JKGA 4RQVA 4MCVA 4RWIA 3U8WA 4D4VA 5IISA 4P5QA 3F5GA 2YABA 4F9CA 3EYHA 2UW3A 2YA9A 4NUSA 5CSPA 2BCJA 4KABA 5CWZA 2YM6A 3D0EA 2CGXA 3OUKA 1JAMA 2EB2A 3PE2A 4M12A 1K2PA 4BBMA 2IZSA 2W1FA 2DQ7X 3ELJA 4IJPA 5AFVA 3SW7A 5EYDA 5BVKA 4J98A 4IAIA 4BYIA 4NK0A 4DHZA 4BGGA 4U81A 4F63A 4H1MA 4S2ZA 3S3IA 1Q5KA 4I20A 4C4JA 4M7IA 2PUUA 3FE3A 5HZNA 4IM3A 4E4XA 3MFSA 2OXDA 3KN6A 5ETAA 3U87A 3E8NA 3D15A 4LFIA 2GU8A 5AP3A 4RX9A 4QYFA 3A99A 3PFQA 4L53A 4M14A 4CQEA 2BFXA 3F66A 4GJ2A 5LCJA 1J7UA 4H36A 3RM6A 4Z9LA 4FE2A 3LLAA 2QOHA 3I5NA 1AGWA 4P4CA 2BMCA 2VTIA 4HCTA 4D2RA 2IVTA 3VC4A 3EHAA 4F0GA 3HDNA 5D7AA 3L9NA 4YTHA 3HLLA 3WIGA 4KWPA 5HVKA 5M53A 3DAJA 5D12A 2VWWA 4FV9A 2WNTA 3IDCA 4FTJA 3TT0A 5BVEA 3UOLA 3AGLA 2BR1A 3DOGA 1JLUE 3D5XA 3FZ1A 2FSLX 2BDFA 3W0SA 4AN2A 4D58A 4EONA 1IEPA 3UTOA 1Q97A 4CMTA 2PE1A 3OCBA 3ORXA 5BYZA 3DJ6A 1G5SA 1Q3WA 2OH0E 5M57A 1KOBA 1P2AA 2B4SB 4A4LA 5IU2A 4JG7A 3NIEA 4N70A 3RGFA 5HD4A 4USDA 3LM0A 2NO3A 4MAOA 5GJDA 4GSBA 2WGJA 2V7AA 3BYMA 4HYUA 4AGCA 3RK9A 5IDPA 3N9XA 1UNLA 5GNKA 2ZV9A 2HZ4A 3ALOA 2RFNA 3RI1A 3ACKA 3O7LD 2OF4A 2VWBA 4MXAA 3I6WA 4BB4A 1H07A 5J9YA 4R3RA 3Q4CA 3LFQA 4B8LA 3DZQA 2WD1A 3DLZA 2JDTA 3VHEA 1TQIA 4WG3A 3GCSA 2HZ0A 3P5JC 3QCQA 5HLNA 3WYYA 2Z7RA 4IVAA 4MVFA 3V6RA 3VIDA 4C3FA 4AAYA 3F88A 4DAWA 4PP9A 4HVSA 5AAEA 3MY0A 2BRMA 3FMEA 5FGKA 4I0TA 3F5PA 1BMKA 4JAJA 4EOLA 4BCMA 2VTNA 3FLYA 1F5QA 3W33A 2XF0A 2JKKA 5CLPA 4OTIA 3UPXA 3WI6A 4DH3A 2QOKA 3HEGA 3A7JA 4ZZOA 3H9FA 4N6YA 5ETCA 1OPJA 3HX4A 1XBCA 4L52A 4U80A 3UVQA 3FHIA 4NW6A 4TN6A 4BCFA 5IQEA 1ZYSA 5J7HA 3KSVA 1RQQA 2R3HA 3EZVA 3EH9A 5I9UA 3LFDA 2FSOX 2J90A 3LXLA 3PJ1A 2XCKA 4IWDA 5ANDA 4BDBA 3EJ1A 3VNTA 4V04A 4AFEA 1NT2A 4F9WA 1IR3A 3DFCB 4BI2A 3HP5A 5KMOA 1WMKA 3CGOA 3MVJA 5CVHA 5E8VA 4BCIA 2R9SA 3ZO4A 2W1ZA 3TTIA 5DG5A 5CSVA 4GFGA 4D1XA 3QRIA 3BBWA 1PMVA 1M14A 2UW0A 1E1XA 3AD6A 4ZTRA 5FDXA 2ERKA 4CFXA 3OMFA 2V5QA 4LL5A 4E6CA 3DDQA 3ACJA 4JLCA 3THBA 5B7VA 1OPKA 3R28A 4V0GA 3KMMA 2V0DA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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