1ST4A

Structure of dcps bound to m7gpppa
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
APVRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVNEASGDGDGEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNDIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLNVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Insights into the structure, mechanism, and regulation of scavenger mRNA decapping activity
pubmed doi rcsb
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords mRNA decapping enzyme
total genus 82
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1st4A01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1st4A02
3FITA 4XBAA 1GUPA 3O1XA 1KPCA 1Y23A 1RZYA 3O0MA 4EQHA 4ZKLA 1KPEA 3TW2A 2FITA 1AV5A 4NJYA 4NJXA 5RHNA 5IPEA 1KPFA 3N1SA 4EQEA 3I24A 5BV3A 6FITA 3ANOA 1ST4A 4NDHA 3SP4A 3OHEA 6RHNA 3SPLA 4QEBA 4FITA 3SPDA 4YKLB 4INCA 1ZWJA 5CS2A 1VLRA 5EMTA 4QDVA 3L7XA 4ZKVA 3OXKA 4NJZA 3SZQA 3IMIA 5ED3A 4NDIA 5IN3A 4NK0A 3BLAA 5I2EA 2Q4HA 1FITA 5IPCA 5ED6A 1Z84A 3I4SA 3O1CA 5I2FA 4INIA 3LB5A 1XMMA 1HXPA 2EO4A 1ST0A 1FHIA 3P0TA 3O1ZA 5IPBA 1XMLA 1EMSA 3OJ7A 5IPDA 2Q4LA 1GUQA 4NDGA 3WO5A 3N1TA 5FITA 2FHIA 2OIKA 3BL7A 4RHNA 2H39A 4EGUA 1KPBA 3OMFA 3BL9A 1KPAA 4EQGA 4NDFA 1HXQA 3R6FA 3NRDA 4ZGLA 3QGZA 3RHNA 3KSVA 4QDEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EYCA 5CAVA 3BYOA 1IEPA 5AAGA 3DV3A 3NW7A 4I6BA 4TNBA 4A9UA 5I0BA 3ELJA 3UYSA 5AP3A 2C5YA 4R78A 2CKPA 5TOZA 3NYXA 4MXZA 1OL7A 3I1AA 3F7ZA 3L1SA 4RIWB 5H8BA 5IUGA 2QKRA 2X8DA 4XOZA 1Q61A 4A4LA 3PA5A 2H34A 3ZDUA 2XRUA 3LQ3A 1KE9A 1FBNA 4PUZA 5HG5A 4IM2A 3AQVA 4CFNA 3FWQA 3R83A 1H1QA 4FSYA 3ET7A 3PZHA 1WVYA 1ZMUA 3FLNC 2R3IA 4XJ0A 5EQEA 5L8JA 1PMVA 4FV1A 1ZOEA 3BU6A 3ID6C 4F0IA 4RWIA 5DT0A 3RAKA 3Q4UA 3SVVA 4YZBA 3ANOA 3BU5A 3COIA 4ALVA 4F9CA 1ERKA 2ITQA 3TKUA 4HVIA 3F3WA 1CDKA 3A8XA 3G0FA 4X6QC 5D11A 4XEYA 3SV0A 4M0ZA 1YXXA 4LRKA 1QPDA 3CD8A 3P9JA 4NWMA 2AYPA 3LXPA 3VUGA 4AFJA 4HGTA 3F3TA 4IDTA 1JPAA 3ZSGA 3SHEA 4P7EA 2OW3A 4FICA 4Q5HA 5CSVA 3UP7A 2XNPA 5B2LA 3DZQA 4IEBA 4YJOA 2XA4A 5HLNA 3PIZA 2BZIB 3QRIA 5EFQA 2C47A 5CAPA 1XBBA 2YM8A 4RFYA 1PMEA 2PWLA 3HAMA 2OH0E 4MHAA 3ZRLA 4TYHA 1P14A 4AOTA 4L44A 4ACMA 2VTJA 5B2MA 3QQKA 4E4XA 4E26A 1YVJA 2ACXA 3AC1A 3Q32A 4KSQA 1ZWJA 3AXWA 3HMNA 3NCGA 4ZSJA 5L2SA 3TWJA 5M4FA 3P23A 5E91A 1H26A 2GHLA 1UA2A 3K3JA 4JMQA 4CQEA 4NJZA 5IG1A 1NVQA 3IMIA 4TRLA 4G3EA 4FTKA 3PRIA 4GU9A 2WMAA 3BLRA 2OZOA 3D15A 4HPUE 3KXMA 1IG1A 4Y5QA 4PTCA 2R3OA 1P5EA 2OIQA 2WB8A 3Q53A 1DI9A 2CNVA 3PJ3A 4C34A 5IA3A 1Q41A 3BYVA 3DDQA 4X21A 2GNIA 2YN8A 4FTCA 4FV0A 3HP5A 3MPTA 4B8MA 4PL5A 1UNLA 2VN9A 1HCLA 2W4OA 3AG9A 1HXPA 4WIHA 5LWMA 1ST0A 4CLJA 3EB0A 5HX6A 2H6DA 1S9IA 2C6MA 2YIQA 4RZWA 2XB7A 4CKIA 3FJQE 3ORKA 2Z60A 4V0GA 4G6LA 2H8HA 3DFAA 4H1JA 4J95A 2PZRA 2XUUA 3VO3A 3GOPA 4G3FA 4XYFA 2LAVA 4W8DA 4U3ZA 2W5HA 3UDTA 4PTGA 4YTCA 3LCSA 4FNZA 4AQKA 3P5JC 3QQJA 1KPAA 1U54A 1OM1A 5K3YA 1FINA 5IQHA 3NLBA 4O7WA 2XIKA 3VBTA 3QGZA 1Q8UA 3NUNA 5CXZA 5TT7A 2HZNA 4GS6A 5C4LA 2JBPA 3FPQA 4S2ZA 3W2CA 3BYMA 4BI2A 3A99A 3GP0A 3BX5A 3EQBA 4C37A 3N4TA 4CMUA 3F69A 2XKDA 3HV3A 4KBCA 4EKKA 3FMEA 1R0PA 3JYAA 4OTQA 3NX8A 5IA4A 4YZNA 4DHFA 2PMOX 2VTPA 4FG8A 4GK3A 4IX6A 2CKEA 2FUMA 1LPUA 2BAJA 4BICA 1TQMA 4L68A 3P7AA 3VWAA 5AADA 4OTHA 3AT4A 3W55A 5E8XA 4YBJA 4U5JA 4QMUA 4DF3A 4R3CA 4NJYA 3NUXA 4NCTA 5DH3A 2HY0A 4I4FA 3HP2A 4AGDA 4FEUA 1Q3WA 4U0IA 4EBWA 3DAJA 5CF5A 3PFQA 2BZHB 1RDQE 3OROA 4GU6A 4BRXA 4TY1A 1OITA 2YACA 5JFVA 5JSMA 3GFWA 4I41A 3KCFA 3UOHA 4MXOA 4EHEA 3BWFA 4GW8A 2XNMA 2VO3A 2YZLA 3DXPA 3N9XA 3PWYA 5DLSA 5GJFA 3ERKA 4F1MA 3WE8A 4UWYA 6RHNA 1UKIA 2OXDA 5BPYA 4YNOA 2WTVA 1ZRZA 3QXOA 4YHTA 3HNGA 3UMXA 3BGPA 1IR3A 2PL0A 3C7QA 1U59A 2X4FA 4JOAA 1WZYA 4MCVA 4QQCA 3HA6A 5CTPA 2WIPA 4GVJA 4R7HA 2LJWA 5CT7A 2ZVAA 2PHKA 1JVPP 2VZ6A 4KD1A 4MBJA 5D10A 2XEZA 3GU6A 2FYSA 1UV5A 2R3LA 1GZKA 2WO6A 2W7XA 3UIBA 2PUIA 4CKJA 4DTKA 4MNEB 3VC4A 3SXFA 2UW3A 3W32A 3C9WA 2BRNA 4M0YA 1VLRA 3AD5A 4YZMA 5E8VA 3T3VA 3BHYA 4FEVA 3SGCA 1JLUE 2QG7A 5E8WA 1G3NA 5CU3A 5HTBA 4F4PA 3TACA 3OS3A 4L7FA 2W5BA 5L6PA 4HCUA 3KFAA 2VAGA 1SM2A 3Q5ZA 2Z7QA 3R22A 4HVHA 3FKNA 2BHEA 4MD9E 2P2IA 2Y0AA 3QCSA 2PVLA 3E62A 2IPXA 2XEYA 4WG3A 4ZTQA 3TNHA 4X3FC 4PDPA 4U42A 5C01A 4ZS4A 4PTEA 4G5JA 3V8TA 4TWCA 4ZIMA 2VV9A 5ANJA 3R8MA 2C6DA 4GJ3A 5GHVA 4E5AX 5IU2A 4C58A 5IPDA 4L01A 4YHJA 2OIBA 3CEKA 3VBYA 4FKJA 2F4JA 1PMNA 2CDZA 3O7LB 4U43A 3RALA 2YM3A 2CGUA 4G6NA 2ZAZA 2F49A 3RAHA 3UC4A 5EYKA 4FT0A 3KL8A 5EYDA 3EQCA 5AUVA 4XUFA 4O91A 1BL7A 3E87A 3HX4A 4FOBA 3TEIA 2ZDTA 4PNKA 2OGVA 2WTDA 3Q04A 4O2ZA 3AD4A 4E5BA 1YRPA 5HI2A 2O8YA 4J96A 2J0MB 3CKWA 3KY2A 3ZFXA 4Y95A 2XJ1A 3KREA 2J0IA 3VS5A 4ANMA 4MKCA 4NW6A 2I0YA 3KRRA 5HCYA 4RJ5A 2GS6A 5K4IA 2OI4X 2POFA 2XM9A 3OOMA 3R9RA 1BKXA 3KULA 1XH7A 2W4KA 3DAEA 1STCE 4O6EA 4PMMA 3RWQA 1JSVA 4B9DA 2O65A 3W1FA 4X2NA 4AGUA 2X1NA 4Z3VA 1YKRA 3A62A 4MWHA 1ZOGA 3UIXA 2WKMA 2G01A 4BCPA 5JGBA 3C4WA 2FB8A 3EYHA 2JIUA 3ZO3A 3ZLWA 5L6OA 5CLPA 1MQBA 2PZIA 3EKKA 4I6LA 5I5ZA 2AC5A 2BTSA 3G9LX 4RIWA 4AZFA 2I0VA 4FV5A 5E1SA 5FM3A 3CS9A 4A9SA 3HEGA 3DY7A 4WSYA 3W16A 2PUPA 3KF4A 3L9MA 4RIOA 3A7JA 3N1SA 3IW6A 3LCDA 3RPOA 4HGEA 2XKEA 3T9TA 4NH1A 4CLIA 1YI4A 4G9RA 1YQJA 2VNWA 1ST4A 1KE6A 4RIYB 1H28A 1KOBA 2R0IA 5M07A 4ANQA 4BCFA 4AOJA 2PPQA 2X6DA 3D5WA 5M08A 2X8IA 3F66A 3V5JA 1XKKA 1VJYA 3PLAE 2X39A 2A19B 4BBMA 4M8TA 2GMXA 2QR8A 5FTQA 3C50A 1M7NA 4O7ZA 4ASXA 4U81A 3NUPA 2WTWA 2I6LA 4ZLYA 3JY0A 4TYIA 4INCA 5KCVA 4PMTA 1QPEA 5T68A 1H1SA 2WQEA 1SZMA 5M55A 3UZPA 4GT5A 3S00A 4TYJA 4D2SA 2R7BA 2UW0A 4YC6A 5FDPA 4LQMA 5EQPA 3ZYAA 4DHIB 5CU0A 5A4CA 4AN3A 1YXUA 3F6XA 5LMKA 1PF8A 3OXZA 4JG8A 3FEGA 4WD5A 4UY9A 3GC7A 5DFPA 3W2RA 3VRYA 5DPVA 1UWJA 3FMKA 2YIYA 3O71A 3OEZA 1BYGA 2QONA 5IN3A 2XNEA 4JJRA 5LWNA 5IDPA 1V1KA 3GXLA 4YJRA 2Q4HA 3HVCA 2BILB 3VS6A 5CSXA 4JLCA 3LCKA 4ZY6A 4F0FA 1O6KA 1CKIA 2VNYA 2R3HA 4EUUA 3OWJA 5AUTA 4XH6A 4AW2A 4MAOA 1TQPA 1XMMA 5KMKA 3SA0A 3CD3A 3VHKA 2EO4A 1IAJA 3P0TA 5FUTA 4BZNA 3JUHA 3ZCLA 5TF9A 3EN9A 3UIUA 4BCHA 5M4IA 2DS1A 1MRYA 3L9NA 4FK6A 4QTAA 3R7OA 2RGPA 2YZAA 4FTLA 4EOJA 3DGKA 4MQ2A 3H9OA 2ZJWA 1XWSA 4IWPA 4S34A 3U4UA 5DR6A 3Q9XA 4EK6A 4IM3A 4ZY4A 2JC6A 4ITJA 4KBAA 4KAOA 3SOAA 3FQSA 3KXXA 4LUDA 4KABA 5K5XA 2WELA 4NZWB 4XG6A 4YJVA 3TZMA 2WZJA 4FTRA 4QMQA 4CV9A 4JDIA 5EYMA 4IACA 3ZBFA 4ZGLA 1ZZ2A 3UOJA 3GVUA 4ACHA 4CNHA 2G15A 3O5AA 2HZ0A 4IWOA 2QNJA 4FODA 3I6UA 3JS2A 3W18A 3GB2A 4QYHA 2CLQA 2XJ2A 5TO8A 4B99A 4OTFA 3RMFA 4EOSA 3H10A 4ZZOA 3NR9A 1VZOA 4I0RA 4IJ9A 4AT5A 3QBNA 2YEXA 4ZTNA 3FZTA 4FK3A 4DGNA 3Q2JA 4FNWA 4EK8A 4O0WA 4Z9LA 3KMMA 4CFWA 2WU7A 4GCJA 2P3GX 2VTTA 3R9NA 2OF2A 4LFIA 3QA0A 3OF0A 3ROYA 2VX1A 5C1QB 2GTMA 3BHUA 4FZFB 4I24A 4JBVA 2XIRA 4R5YA 4DEDA 4DFUA 3OUKA 3W0MA 4E93A 4AT4A 4IFGA 2ZDUA 3KGAA 4PV0A 2A4LA 1HOWA 4TYGA 4DDGA 4F9AA 3AC2A 1AGWA 4YZDA 4PY1A 4USEA 2QO7A 3QQGA 3V8SA 4F0GA 5M57A 3I24A 1P4OA 4BR3A 3EL7A 4ZTSA 4CEGA 4DFLA 3FZ1A 2B52A 2VTQA 2NRUA 3PYYA 4DGOA 5IH5A 2EUFB 3FI2A 5IQCA 1ZWSA 4QP2A 1OIRA 3RCDA 2BRMA 4QPAA 2WOTA 4OT6A 3KIOC 4BDCA 3E7VA 3SP4A 3PUFC 4ZEGA 1VYWA 3ZRMA 4IAIA 3AKJA 3R7YA 3PDTA 3U6IA 2CCIA 4FKPA 3R73A 5FM2A 3W8QA 2H9VA 2VGOA 3LFEA 4CD0A 3MJ2A 3R63A 5ANIA 4M14A 4ACCA 3HDNA 3F7WA 1H8FA 2JIVA 3ML1A 5CQUA 4GH2A 2CPKE 4BTFA 4E6AA 4PDOA 2KULA 3S2PA 1JKLA 4FTNA 2WAJA 2BZKB 2VRXA 3Q60A 3AC5A 4AAAA 3VBVA 4CRLA 3QD2B 3TV7A 3TL8A 3LM0A 3BHTA 4D2RA 4MNEA 3TKHA 2UVXA 5HVJA 5CENA 3GCQA 3LFSA 3QRKA 4FT9A 5ANDA 4F7JA 5JFWA 4C4HA 4FIEA 4Y83A 4ALUA 3QA8A 5CASA 3OTVA 3PA4A 5IEXA 3TZ9A 3HGKA 3I7CA 3NPCA 3ATTA 4EK3A 2FVDA 4U80A 4C61A 5I2FA 4YGAA 3FMNA 2QR7A 4N0SA 2OKRA 5CF8A 5I9YA 4IE9A 5GIOE 3KN5A 4FV9A 2VWVA 5BUJA 4FTQA 3LHJA 1JKKA 1QPJA 3DK7A 2J4ZA 5EQYA 3MSSA 4AX8A 4U44A 3FSKA 3RCJA 5A4LA 1GUQA 3OXIA 2WTIA 2YA9A 1Q3DA 4F64A 3FXZA 4GUBA 1DM2A 2PK9A 1JKTA 4WG5A 4MBIA 3OT3A 3AC8A 3QD4A 2YM7A 4I5TA 3O17A 3RNYA 5CU6A 5H8GA 4HVSA 5I9VA 3JY9A 2BCJA 2XRWA 3HV5A 4AZTA 3DOGA 3BBWA 4FL3A 3BELA 4QQJA 2ITNA 4GKHA 1P4FA 4BCJA 3REPA 4LV7A 5AV1A 2PVHA 4DFXE 2PVFA 1Y6AA 3OCTA 3CTJA 4IZAA 4XG7A 4YP8A 3B8RA 4FKSA 4DITA 1OKVA 4RC4A 4GEOA 4RJ3A 3QTRA 1JOWB 3E8EA 1M2RA 2XK4A 3A4PA 4RIXB 3V6SA 4DFNA 1PXNA 2YCSA 2O0UA 2QI8A 1PMUA 2UZNA 3W0OA 5M56A 1RZYA 4YNEA 4FG7A 3U51A 4PX6A 4OTGA 3UG2A 2C6OA 4XRJA 4YJTA 3RPVA 4WUNA 4XP3A 4A7CA 2A27A 4Z7HA 1JBPE 3WBLA 4FEQA 5HIDA 5ANGA 4QMTA 3RGFA 1JSTA 4FIHA 2W1ZA 2ITYA 3LOKA 5I4NA 5AUWA 5HICA 3V5WA 3R9HA 1VEBA 2BKZA 3KVXA 2X9FA 3FI8A 3COKA 4RBLA 4Q5EA 4Y5HA 4FG9A 5A4EA 4NM3A 2PE0A 2XIYA 4B0GA 2QCSA 3LPBA 3ENHA 1JAMA 4M84A 2UZEA 5FEQA 3WZJA 2HAKA 4JAIA 4K77A 3GQLA 4AF3A 4E1ZA 2JIIA 1G8SA 1KE5A 3BHVA 4KUJA 4TZRA 4FA2A 5IA0A 2XJ0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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