1ST4A

Structure of dcps bound to m7gpppa
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
APVRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVNEASGDGDGEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNDIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLNVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Insights into the structure, mechanism, and regulation of scavenger mRNA decapping activity
pubmed doi rcsb
molecule keywords mRNA decapping enzyme
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 82
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1st4A01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1st4A02
1FHIA 1EMSA 1KPFA 2FHIA 3SPDA 4EQGA 3P0TA 1XMLA 4EQEA 3SP4A 1ST4A 4QEBA 4NDIA 1VLRA 3N1SA 4INIA 3I4SA 3BL7A 3OHEA 5IPBA 1FITA 6RHNA 5I2FA 3ANOA 4EQHA 5ED3A 4NDGA 3RHNA 4QDEA 4NJYA 5RHNA 1KPAA 4XBAA 4NK0A 5BV3A 5IPEA 3I24A 5I2EA 2Q4LA 3O1XA 4NDHA 5ED6A 3O1CA 1Z84A 3N1TA 3KSVA 1Y23A 3FITA 3SZQA 4FITA 3BLAA 5IPDA 1KPEA 3LB5A 4NDFA 4ZKLA 3OMFA 3O1ZA 1HXQA 4NJXA 4NJZA 5IPCA 1GUQA 5FITA 3IMIA 1XMMA 4QDVA 4EGUA 4INCA 3OJ7A 3OXKA 1KPBA 3BL9A 4ZKVA 4YKLB 3O0MA 3SPLA 5CS2A 2FITA 2EO4A 1GUPA 1HXPA 1AV5A 6FITA 4ZGLA 3NRDA 4RHNA 1ZWJA 3L7XA 1KPCA 5EMTA 2OIKA 1ST0A 2H39A 1RZYA 5IN3A 3TW2A 3R6FA 2Q4HA 3QGZA 3WO5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TYKA 3ZLSA 1OUYA 1M2QA 3PXQA 5CTPA 4NFNA 4BDGA 3PA3A 4D28A 2FHIA 2CNQA 2YITA 3ORKA 4X2FA 5HZNA 3N9XA 3A8XA 3DS6A 4BYJA 3UDTA 5GIOE 1W82A 4J71A 2C3KA 3W0OA 5HORA 3LM5A 2R3HA 4O0VA 1PMVA 4UALA 1VLRA 4DFBA 4PDYA 3REPA 1STCE 4GKHA 4MBJA 4O91A 5JRSA 2PE0A 3SXRA 4M84A 2Y6OA 2B9JA 3HAMA 3IKAA 5IMXA 4FIIA 2X7GA 3A61A 1ZYSA 3BQRA 3V51A 3AT4A 4G16A 1P4OA 4PF4A 4L00A 3GFEA 2XZSA 4RJ4A 5RHNA 3HV3A 4PMTA 4MBIA 5BX0A 4EQCA 2JKKA 3CC6A 4CZTA 2BAQA 3CD8A 3CTJA 1SVHA 3CY3A 3O7LB 1VYWA 1IRKA 5AIKA 4G9CA 2Y0AA 3DAEA 4D1XA 2OJGA 3PY3A 4KWPA 2QONA 2UZWE 4QMYA 4EBWA 2BR1A 1YXTA 1MRVA 3U9CA 3DBDA 5E8XA 3KEXA 3O5AA 1YDTE 2VWBA 2C0TA 4QTEA 3VC4A 1GZKA 1PXNA 5I9ZA 4M0ZA 1WZYA 3R71A 3PSCA 4FV9A 5TKDA 2HK5A 2YIWA 2GU8A 5EYDA 4I5PA 2W1HA 5CU0A 4ZSAA 1PXLA 3HMOA 4YBJA 2BRMA 2GTMA 4AOTA 4TRLA 4BIEA 2R64A 3RM6A 4AGDA 3DBQA 3LFSA 2YWPA 3T9IA 1ZY5A 4G5JA 5CU6A 4DH7A 4O7TA 1WVYA 3JS2A 5B0XA 2YJRA 1UKIA 3UYTA 3A60A 4YZDA 3LFFA 3NCZA 4ACMA 3C9WA 4GVJA 4ZZMA 4L68A 2BRBA 4RIWB 3H4JA 4RPVA 4KKEA 3ELJA 4YJUA 2R3OA 3NYVA 4CZUA 3GU4A 3RMFA 4Y95A 3FYKX 3THBA 3NUUA 4WNKA 5LVOA 2IW8A 4ARKA 4P4CA 4RIYB 4RFMA 4BY9E 4EC9A 4BTMA 3IPHA 4HYSA 5J9YA 4IM2A 3PRIA 4EOSA 2ZV7A 1AV5A 3QQUA 5EHYA 3Q4UA 5BVKA 4F7JA 5IZFA 5A4LA 1G8KA 2DQ7X 3ZSIA 4EWQA 2C6KA 3E8EA 4RIWA 2XMYA 1H1SA 1XHAA 2VWZA 2GU0A 3LZBA 4NYEA 4WHZA 2IZRA 4NL0A 5K4IA 3NUSA 3VBYA 3I5ZA 4NTSA 3PTGA 3V04A 4UWYA 3KULB 4XH6A 4RGJA 4DDIA 4RIYA 3DQXA 2OJJA 3ACKA 3LCSA 4IFCA 3LFBA 1MRYA 4X6RA 4BZNA 1YDSE 1LPUA 3WO5A 1JKKA 2QVSE 3PG1A 4AZWA 3QRKA 4UX9A 3I60A 3QD4A 1EMSA 4E5WA 2VTPA 5LARA 4X3FB 4NCTC 4PNIA 4IFGA 2QHNA 3SHEA 2IPXA 2W9ZB 3R22A 3KL8A 5TR6A 3LXKA 4F1OA 5KCVA 4ZTSA 2CKPA 1J7IA 4QP2A 5F1ZA 1U5RA 4F63A 2H96A 3N1SA 3KULA 4NDIA 2GQSA 1H07A 1KE8A 3PXFA 4U8ZA 3A7GA 4L52A 3EJ1A 3KRWA 3MESA 3TV7A 3WF8A 1Q8WA 1YVJA 2GNJA 5KKRB 5M4IA 3E62A 2FH9A 4KABA 4UBAA 5IA1A 3MVLA 1OL2A 5JZNA 1JVPP 4R7BA 3OOGA 4AN2A 4X3FA 1ZYLA 3VJOA 2C0OA 3RHNA 2C68A 4EYMA 3FV8A 4E6CA 4FKOA 2YISA 4DEDA 4AW0A 2XK9A 3A7FA 4A9RA 3Q9WA 4C3FA 4EH6A 4I5VA 3QHWA 4BC6A 4I0TA 4RC3A 5I9UA 4K0YA 3DBCA 1OL5A 2AC5A 3WYYA 4B99A 4G1WA 4QPAA 3HRFA 3TIZA 2ZDTA 4QP9A 4YNEA 4O6LA 4FT5A 3GU6A 3LQ8A 4DLJA 3W8QA 5E91A 4E4NA 4BICA 3NVKI 4NT4A 2R3NA 2PWLA 3HL7A 3MYGA 1KE9A 2YCQA 3JR1A 4R7HA 5AV1A 3FHRA 3NFGB 3U4UA 2R9SA 4RWIA 3TT0A 4DEEA 3QX4A 4MWIA 5B2KA 4E1ZA 5D1JA 2X6DA 4WSYA 3R8ZA 3WZKA 2OK1A 5EDPA 5ETAA 3QCXA 2ITVA 4IAFA 4WBOA 2O5KA 3PLAE 2P2IA 3JPVA 4UYNA 2QOCA 2J0IA 4BCIA 4JR3A 4C38A 4U41A 3A8WA 3L9PA 4IWOA 3EN4A 4QMOA 4EH9A 3ZHPC 2QO7A 4PL3A 2WQBA 5M08A 3ZEPA 3PPJA 3NW5A 2KULA 2PZIA 2QKRA 5DR2A 5A4TA 5AP4A 4AF3A 2J0KA 3DKOA 3FKNA 2F7EE 4OBQA 2QOQA 1XWSA 5F94A 4FEXA 1BKXA 1R0PA 3MTFA 2GHMA 5BYYA 2P4IA 4FEWA 4YC6A 3OEZA 5EQPA 5EW8A 3G6GA 4QTAA 2EXMA 3S95A 1MQBA 2KTYA 2XBAA 4BR3A 3FZPA 1J1CA 4TYEA 4AGCA 3KKVA 2CJMA 5D7AA 3FC2A 3W2CA 1PXKA 4BDDA 1SNXA 2XBJA 4L46A 4YKLB 3F88A 3NNUA 4XLIA 4RLLA 3SC1A 4BKJA 4DT8A 5CXZA 3UVQA 2HENA 3FXXA 3GNIB 4IACA 3BELA 3SXFA 4EORA 1ZXEA 3C13A 4OTQA 2YWVA 3WYXA 1GNGA 1E1XA 3F3ZA 4IWQA 4JXFA 5C27A 3KXHA 3KY2A 3QTUA 1NVRA 2R3FA 2BDFA 3E8NA 4MK0A 3ZDUA 1QPEA 3NMUF 4QP7A 4CG9A 3BYOA 3MFTA 4CQEA 5E8ZA 2WD1A 4F09A 2H39A 2C6LA 2YCSA 2ONLC 5HBHA 2GNGA 2YIRA 4A07A 4UN0C 5IEXA 3VIDA 1GZOA 5L8LA 4UZDA 3W55A 1CKIA 4KAOA 5CXHA 3GFWA 1O9UA 2HY0A 3QAME 4KSQA 3KA0A 4U80A 5CALA 3L9LA 5I9WA 4AT5A 3R1SA 3LW0A 5HNIX 4MEDA 2QG7A 3K54A 5DYJA 1SNUA 2WTCA 5D11A 3QXOA 5F95A 3Q53A 4ENXA 4UWCA 3D4QA 2FSTX 2IN6A 3QQFA 4JIKA 3MJ1A 1ZMVA 4TNBA 5EI8A 5J9ZA 4GUEA 1FITA 1KWPA 1V0PA 1CKJA 3ORXA 4LFIA 1Q24A 4X3JA 3MFSA 2ERKA 2X8DA 3NDMA 4AS0A 4DGNA 4GJ3A 4C4JA 4ZAUA 3HUBA 4RQKA 5CEQA 2OG8A 3RAHA 4XMOA 1XH9A 4I4FA 1IR3A 2BVAA 3ODZX 1QMZA 3QKKA 4O0RA 5E8SA 3SKCA 5AUVA 3UO6A 3W18A 4ZMFA 1KPAA 3UNKA 3MJ2A 3D0EA 5M44A 3CCNA 4KIOA 4QQ5A 4AZFA 1VZOA 2UW9A 5M06A 3QLGA 3CXWA 3OP5A 4FJVA 3PIXA 5KE0A 1S9IA 2NYAA 4D58A 4DG0E 5IMEA 3UIXA 1Q62A 3MB7A 3CQWA 5AP0A 1JNKA 3NIEA 4DTBA 2HWOA 4FEVA 3G2FA 4K33A 4HPUE 1ZZLA 4YTHA 4AZVA 1IAHA 2B52A 2WOTA 4YLLA 1YXUA 4LM5A 2YDJA 4TKSA 2OLCA 2PTKA 4QMVA 4R78A 4AFEA 4QYEA 3CS9A 4QMPA 5AP3A 4AA0A 2OICA 4ZTQA 3K5UA 5LXMA 3W0SA 4M8TA 1TQPA 2BKZA 5FEDA 2QC6A 1FOTA 3OZ6A 3QKMA 2UW5A 1KOBA 2EXCX 1YI3A 2XCHA 4L8MA 5E8WA 5DFPA 3E3BX 1U54B 1WBSA 4F6UA 2VAGA 4AP7A 5HG5A 1S9JA 2G01A 4ZS0A 2F2UA 3BGZA 2I1MA 3Q6WA 5EYKA 5I9XA 3FLSA 4FICA 1IAJA 3QCQA 3KN6A 4R1YA 3EQBA 3OBGA 4GSBA 5CZHA 4Z3VA 5TO8A 3FPMA 4Z9LA 1UU9A 2VTTA 3RCDA 1GZNA 4BI0A 3SXSA 2HELA 4H58A 4C3RA 3IW4A 4Y5QA 2BAKA 4UEUA 5IA5A 5AADA 2YCFA 5A46A 4NZWB 2QLQA 1PXJA 4LQMA 3RNYA 3TUDA 2P33A 4Q5EA 4Y8DA 3N4UA 3QXPA 1OL7A 3BE9A 4J95A 3RAWA 4F0FA 1U54A 2XP2A 2EB2A 5BV3A 4APPA 4EOKA 4BHZA 3QD2B 6FITA 3VBTA 3ORNA 1REKA 4JQ8A 3LXNA 2VTHA 3TKHA 3EIDA 3GC8A 4HYHA 1ZYDA 3BHVA 4U97A 2PVFA 2YERA 3RGFA 3VW8A 4B6LA 4DHIB 1V1KA 2UZEA 1OGYA 4FTCA 1OVEA 4BCNA 1WBWA 5L2WA 3HV7A 3ORIA 5JSMA 4YC3A 5KHWA 2OF2A 4ZOGA 3ZO2A 3R9DA 4B4LA 3QTQA 5ANIA 4EL9A 4BCPA 2X39A 3TW2A 2VX3A 1ZOEA 3DB8A 3O71A 4YJNA 1OBGA 2A4LA 3SW4A 4D0WA 4EOIA 5HX6A 2CNUA 4G3FA 4GVAA 4A9TA 3IOPA 3FEGA 3EN6A 3C4FA 2AEGA 3EL7A 4C2VA 1G5SA 2I6LA 5EDQA 5HHWA 3FQEA 4ASEA 4D55A 4FSNA 4PP9A 4DFXE 2R5TA 1RQQA 5EYMA 2VWWA 5IQBA 3OMVA 4MXOA 3KXNA 4PRJA 1PF8A 3CGOA 4BDAA 4GEOA 2UVXA 3MW1A 2YAKA 3VONA 1FVRA 1PXIA 3NR9A 4A06A 4B7TA 2HY81 5KBRA 1PXOA 3BZ3A 3UMWA 4FKPA 4FC0A 4QYHA 4F7LA 4NCTA 4RC2A 4IM0A 3OHEA 4GV1A 2F9GA 4XS2A 4YZBA 2F57A 5I2FA 4ANSA 4D2RA 3LXPA 2ZV8A 3CQUA 2UW3A 3EFKA 3KXZA 4LGHA 4NM3A 1O6YA 3UC4A 2ZOQA 3JY0A 1B6CB 4IHPA 5HKMA 3DB6A 3WOWA 4B9DA 3UZPA 1NW1A 2VTMA 4K77A 2BRNA 1PY5A 2J5FA 5CS6A 2V5QA 1YWNA 2G2IA 4IANA 4XEYA 2Y4IC 3DCVA 3MIYA 2IVVA 2QOHA 2Z7SA 2R7PA 4CFWA 1TQIA 4NJ3A 5CT0A 2ITYA 2XA4A 3D2KA 2CCIA 5EM7A 1OKZA 4EK4A 4TYHB 4YPSA 5IQAA 2DUVA 5HIBA 3S0OA 5CANA 1KE6A 4JQ7A 5DT3A 2XCKA 4APCA 3ENHA 3LQ5A 2B9HA 5HBEA 4Z7HA 5IH4A 4OUCA 4PTEA 4BCOA 4YSJA 4MAOA 4GG7A 2W1EA 3QZHA 4IEBA 2WAJA 4F1MA 5AUTA 3GU8A 2UZTA 2WMBA 4KSPA 4O7ZA 4RJ8A 4CSVA 3LB5A 5JRQA 4U40A 5M4FA 5EG3A 2XNBA 4XG4A 4JRNA 3R7VA 3BLRA 4YURA 3FY0A 1HOWA 4TYHA 5JGBA 5JZJA 1K2PA 3CY2A 1XQZA 5EI2A 5LMKC 3C4CA 3LKMA 3D5VA 3EYHA 2WTVA 3OVVA 4DHFA 4YGAA 4MTAA 5CAVA 3P4KA 4L3PA 4JR7A 1H24A 3TKIA 5IPJA 2R0UA 3HV6A 4QMWA 5EFQA 2GFCA 5DE2A 5BNJA 4FKRA 4QPSA 4ACHA 3ATTA 3MH2A 3QQGA 1U59A 4G3EA 2GQGA 4FT7A 3HMPA 3NCGA 4EKLA 5FXRA 5I0BA 3IONA 2Z7QA 3BV2A 3NUYA 4JG8A 4HGEA 3OJ7A 3CGFA 4ZZOA 2ZMDA 2F7ZE 4C36A 4DITA 5LVMA 4O0UA 3SAYA 5HESA 5LCJA 4CCUA 1OITA 4C34A 3SLSA 1OMWA 1B39A 2XK7A 3TNHA 2HZNA 1PMEA 3HECA 2QHMA 1ND4A 4K1BA 3NRDA 2W1FA 5IA3A 3UC3A 5LWMA 3UQCA 2RFSA 3BGQA 3I0QA 3QCSA 3VBVA 5KBQA 1YXVA 3GC0A 3ZRKA 3PA5A 2PMOX 4EZ5A 4OBPA 4YSMA 4BCGA 5JH6A 2C0IA 5M55A 3VS7A 5CI6A 3L8SA 3QQKA 3FPQA 5BVNA 3GBZA 5KMOA 4GH2A 4QMLA 4R3CA 5DWRA 4AXDA 4DEAA 5C4LA 4EHGA 2X9EA 2QR7A 3UQGA 2B53A 4X7QA 4EOPA 4ZSJA 4ZJJA 3HRBA 1IG1A 2V22A 4L7SA 5FDPA 2V55A 5L3AA 2WU6A 4YTFA 3ROCA 1NXKA 2O65A 2ONLA 3HMNA 4TYIA 1OKWA 2WQOA 3EFLA 4KRCA 5EOLA 4GIIA 5E1EA 4MBLA 4R5SA 2OU7A 3SD0A 4F78A 1QPDA 1TFFA 4L3LA 4FTTA 1ERKA 3A7IA 4Z55A 4QP6A 2UW7A 4IX4A 4D4VA 2RG5A 4G31A 4F9YA 4UV0A 2GS2A 4WRGA 2C6OA 1M2RA 3PDTA 3QTIA 3VUMA 2WMUA 3GU7A 4NTTA 4CKIA 4QDEA 4NJYA 4IW0A 5DA3A 2BHEA 4BI2A 4N57A 4I41A 4JX7A 4FIJA 2B7AA 1IASA 3R9OA 4O7YA 3UNZA 1ZMWA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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