1ST4A

Structure of dcps bound to m7gpppa
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
APVRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVNEASGDGDGEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNDIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLNVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
publication title Insights into the structure, mechanism, and regulation of scavenger mRNA decapping activity
pubmed doi rcsb
molecule keywords mRNA decapping enzyme
total genus 82
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1st4A01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1st4A02
1ST4A 3LB5A 4QDEA 2H39A 6FITA 3WO5A 3TW2A 3O1ZA 5IPCA 5ED3A 4NJYA 4INIA 3I24A 1GUQA 3SPLA 4EQEA 4INCA 3QGZA 3BL7A 3O1CA 1KPAA 3BL9A 5IPBA 3FITA 5I2FA 5FITA 1HXQA 3N1SA 2FITA 1GUPA 4NDFA 5CS2A 1ST0A 3N1TA 4NDHA 2Q4HA 5IPEA 1EMSA 4NJZA 5RHNA 4FITA 1XMLA 3RHNA 3SZQA 1KPBA 1AV5A 3P0TA 6RHNA 3OMFA 4NDGA 1HXPA 1KPCA 2Q4LA 1RZYA 1ZWJA 4YKLB 1KPFA 4ZGLA 5EMTA 5IN3A 3I4SA 2OIKA 4QEBA 4RHNA 4ZKVA 4NJXA 3SP4A 3L7XA 3BLAA 1XMMA 5BV3A 4NK0A 3R6FA 1FHIA 3KSVA 3O0MA 4EQGA 5IPDA 3O1XA 3OXKA 4XBAA 2FHIA 4ZKLA 3SPDA 4QDVA 1KPEA 1FITA 3ANOA 4EQHA 3OJ7A 4NDIA 3IMIA 2EO4A 5I2EA 1Y23A 1Z84A 1VLRA 5ED6A 4EGUA 3OHEA 3NRDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CKJA 2W9FB 4IX6A 4QDEA 4E5WA 4EK5A 4E4XA 2PVHA 4HCVA 4WO5A 4IEBA 1OL6A 3I5ZA 3QGYA 5CU4A 4U6RA 1UU9A 4YBKA 5DR2A 3W0SA 3PFYA 4F9BA 3UE4A 2RFEA 5HTBA 3F5GA 3FLZA 2C3JA 4MXZA 4PMMA 4S31A 3KY2A 3VJNA 5E8WA 5IDPA 2J2IB 1ZLTA 2RG5A 4FT9A 4EQEA 5A6OA 1OBGA 3DBDA 2R9SA 1H26A 2W06A 3B8QA 3D0EA 1YQJA 3KCKA 3NUSA 5ANDA 5TKDA 3F3VA 4BHZA 5ICPA 3QQUA 3OCSA 4JG8A 4O84A 2B9IA 3C4XA 5I4NA 4ALWA 2B53A 5E1SA 3SOAA 4DFLA 4LV8A 3WIKA 4CMUA 3DNEA 3R71A 5LARA 3RK7A 1H1WA 3NUAA 4IFCA 4BR3A 4LRJA 4L7FA 3F3UA 4TNBA 3N1SA 3DDPA 2BRGA 2CPKE 4J97A 3W0QA 4BYIA 5CT7A 3MV5A 4FT5A 4G3CA 2BDWA 5CI7A 5DYJA 3LVPA 1UWHA 4GH2A 2B1PA 3GB2A 3E63A 2UZBA 2YA9A 2ESMA 4IWQA 4M97A 3ZONA 5EK7A 1URCA 4MXCA 5C1QB 1UU8A 5H8BA 4BDDA 3U55A 3NYOA 1KE5A 4XRJA 4IFGA 5CF6A 4PL5A 4YKLB 3E3BX 3FLYA 3WF8A 2WTVA 3GU8A 5EOLA 4IZAA 4ZZOA 2RFDA 5E91A 5CF5A 2HY81 5KMIA 4FTUA 3P0MA 3FMHA 2QG7A 4IB1A 5LOHA 2C3IB 3RHKA 4YP8A 5HNGA 4KIPA 3WZJA 3FQHA 3NYNA 1ZOEA 4KAOA 3NUNA 1H1RA 5ANIA 4QTCA 4X3FC 2J9MA 4ENYA 2WTCA 3KRXA 4ASDA 1J7IA 5DE2A 3F6XA 3MFRA 5BV3A 4WUNA 2OLCA 5TF9A 3BYUA 2VV9A 2R3FA 4H3BA 4EH5A 2J5EA 2I7QA 3GCUA 4FV1A 4W4YA 1LEZA 4A9SA 3HVCA 3VS3A 1IR3A 5CWZA 4F09A 1FHIA 2HZ0A 3V8TA 5IPDA 1Q4LA 3RNIA 5BX0A 5AP6A 4I24A 4I93A 4XG8A 3ET7A 5JQ8A 2WMSA 4GT5A 1J7UA 3AMAA 5AIRA 2XEZA 4P5QA 2QKWB 4RWIA 1YWRA 4EJNA 4LDTA 5GNKA 4Z16A 2LJWA 1M52A 4I4EA 3NFFB 2WQMA 4ZK5A 4QMSA 4IWPA 4QDVA 3RAKA 2X2LA 4ID7A 1KPEA 2WMAA 3OROA 2HXLA 3EJ1A 3WF9A 4BTKA 1K3AA 2AYPA 2Z60A 2EB3A 3DJ7A 4P7EA 2XNBA 3LFCA 1AGWA 1Z84A 3BV3A 5EKOA 4JG7A 4AOJA 4L3JA 3BEGA 2F7XE 3SX9A 4XMOA 3I7CA 4BDHA 1OGYA 3LXPA 3FV8A 4XV1A 5K3YA 4O2PA 2BTSA 4C4HA 3A7JA 3TW2A 2G2FA 3KXZA 3UQFA 4TWPA 2PVFA 3R1NA 3PFQA 3PA3A 3IW4A 2A27A 2XK9A 3AD4A 3Q4TA 4EWQA 3NAYA 4LYNA 5ED3A 4QMZA 4ERWA 4BDJA 5FP5A 3EYGA 5CEMA 4BBMA 3UTOA 2XIXA 4D0WA 4MBIA 2OZOA 1GUQA 3GCVA 3G9NA 3UMWA 4D0XA 3R1YA 5IQEA 2QHMA 2O64A 3TG1A 5E4HA 3O96A 4NSTA 3JR1A 3TKIA 2V55A 3HA6A 1PXNA 1JPAA 2OKRA 4YJOA 3T9TA 4IX5A 4YMJA 3A7IA 4CFUA 4MTAA 4U0IA 4X2NA 4C38A 5LVOA 3AOXA 3PUFC 2B54A 3QQKA 3IDCA 2GNIA 4AGWA 3BPRA 4AW1A 2BRHA 2QOBA 1ST0A 3VBVA 3VVHA 5HG7A 4DH1A 3OT8A 3G51A 3CKWA 5EM8A 5IH6A 3EQFA 3UBDA 5E8YA 3LMGA 1MRYA 4RG0A 2GHGA 2VGOA 6RHNA 1M2RA 2JAVA 4U3ZA 3S2PA 3IO7A 4TPTA 3ZSGA 4FV4A 4BZDA 2R7CA 2C6DA 2JGZA 3Q9XA 2IZUA 3WBLA 4AE9A 3GC7A 4GIIA 1IG1A 3DQWA 4UXLA 1YXTA 4X2FA 5G1XA 2UZDA 4BCGA 4FKSA 5IA5A 2QOOA 3LFAA 4E8AA 3Q6UA 2XH5A 2XKCA 4C58A 5J1WA 2UZNA 3CE3A 4ZKVA 5EW8A 4O0SA 4IVBA 4JT3A 3UOLA 4I1ZA 5CAVA 5HKMA 3RAWA 4M12A 3TZMA 2YZLA 2GHLA 4C33A 2Z8CA 3F3TA 4QNYA 3WE4A 4CT2A 5FXRA 4ALUA 1BYGA 5J9ZA 1GZ8A 2ZDUA 2YM6A 2JFMA 4R5YA 3R7YA 3UDBA 2CNVA 2VTJA 3PSCA 5HBHA 1SYKA 4YTHA 3AC1A 2OFUA 3IECA 4A7CA 2ITYA 1H00A 1BI7A 5FBNC 4YURA 4H36A 4QYFA 4AXCA 3K3JA 1YOMA 3VW8A 1WVYA 4EH2A 4MEDA 3UG2A 1MUOA 4QYYA 2X0GA 2OICA 2Z7LA 5CVFA 3BE2A 4IHPA 3VF9A 3OY1A 5TOZA 4FTKA 4D1ZA 4MYGA 2PZIA 3QTZA 2CGVA 2VTAA 3DDQA 3W8QA 3DB6A 4QP3A 2IVTA 4ZZMA 4ACDA 3VULA 4CFMA 2ZB0A 4FKIA 5F20A 4EC9A 4XG4A 4EL9A 4F9AA 2BIYA 4V0GA 4RWLA 1P2AA 2F49A 4AFJA 5HIDA 4HCTA 3G9LX 1YW2A 2OJIA 3MWUA 4WG4A 1Z5MA 3ZYAA 5JFSA 3F2AA 4NWMA 3UYSA 4M0YA 3WO5A 2XNNA 2X7FA 5E8SA 3CLYA 3OXZA 5BPYA 1ZAOA 3C7QA 3MI9A 4DH5A 1V0BA 4L3LA 4FIFA 4MVFA 1U54A 3VF8A 2G01A 3AKJA 4OBOA 1G5SA 2YIWA 3ANQA 4BCQA 3KA0A 2QLQA 3TKUA 4PNKA 3ZRKA 3O8PA 2C6OA 4OT5A 4AZEA 1XH6A 2ZFYA 2YDKA 3JVRA 3K3IA 3OTVA 4G31A 3PWDA 4FX3A 2YM5A 1CDKA 3RK9A 4TXCA 3ZO3A 4AXDA 3FZTA 4BCFA 3DFCB 3CQEA 4V05A 4ZLZA 4FKPA 5CVHA 4E4NA 2PULA 2X1NA 3W0PA 5IPBA 2C1AA 5D11A 2V7AA 1Q8TA 3A4OX 4NIFB 2WKMA 4QP1A 1OZ1A 4FYNA 1OL1A 3MSSA 5FD2A 2P4IA 1FGIA 4LRKA 4TYHA 4EYMA 3H9OA 3G5DA 2OJGA 4IAAA 4QMPA 4JBQA 4FV2A 1J1CA 1FMKA 3GENA 3IONA 4O0RA 4F9YA 1V1KA 1CKPA 3NDMA 3CPCA 4I22A 3EHAA 4HPTE 1WZYA 4X21A 4GG7A 4G5JA 4GK3A 4QYGA 4L45A 3QKMA 4ZTSA 2CMWA 1OL2A 4WNPA 2JKOA 2BKZA 2XNPA 4O21A 2YN8A 4AP7A 3W2CA 1URWA 2VNYA 2WMTA 4O83A 4DT8A 2BRBA 3VWAA 3RPOA 4I92A 4GT3A 4FL1A 4DT9A 4IC7A 4M7IA 3HV5A 3TTIA 4BYJA 4DCEA 4ZJIA 2P33A 3K2LA 3OP5A 1Q8WA 5AWMA 3UZPA 1Q97A 1ZWJA 3TUCA 3POOA 2IZRA 3FLSA 4XEYA 2OJ9A 4CFNA 4RJ5A 3R04A 3LFNA 5A4QA 2W1FA 3ATSA 2HW6A 3VRYA 4CRLA 4ZTHA 2PMIA 5I5ZA 1ZWSA 1ZZLA 4F1MA 2R3KA 1OECA 4EH3A 2VWVA 3TJDA 3EN6A 2BR1A 2FSMX 1H25A 5F4NA 1U5RA 3W0MA 3PZHA 4TWCA 3TNQB 4WT6A 3UDZA 4ALVA 2R3QA 3H10A 3PJ8A 4C36A 4E4MA 4EUUA 2WTDA 2JAMA 2JIIA 5FXQA 1YI4A 3OWJA 4AG8A 4EH7A 4FV5A 3F88A 5DRDA 3NNUA 4ZSEA 3GU6A 4YHJA 4JBOA 2GCDA 3DXPA 4BGGA 5AADA 4DGNA 5HLNA 4DFYA 4KD1A 4JDIA 4Y5HA 3RTPA 4EQUA 4X3FA 4AAAA 3OUKA 5HG5A 5CVGA 5LCKA 2OIQA 3MIYA 3Q9YA 4U97A 3RM6A 3BBTB 3KMMA 1UKHA 3N4TA 4RIXB 4Y95A 4ZSLA 3VS7A 3U6JA 2ITXA 3QAME 1YDSE 1PF8A 3C4ZA 4FEWA 2XK6A 3P08A 3SLSA 3NIEA 1Y23A 1BUHA 3NSZA 3Q04A 2VTOA 3BLHA 3MPAA 4JIAA 2Q4LA 4JBVA 3NCZA 4MD9E 4AOTA 5A54A 3QUPA 1AQ1A 2WIHA 4KS8A 2X8IA 3EN4A 2BAJA 2J0MB 5EDQA 2KTYA 4UXQA 1W83A 1I44A 2W1HA 3E8CA 2IVSA 4FOCA 3DB8A 5E8VA 5H2UA 4CSVA 3OEFX 3OXIA 1XH5A 2R3HA 3QLGA 4ENXA 5CAUA 4BF2A 1W82A 2R3PA 5HNIX 2X6DA 5KHXA 2YWVA 3PJ3A 1OPLA 3EZRA 3UZTA 4G9RA 5HO8A 3C5UA 3I6UA 3PXRA 5HD4A 2RFSA 4JQ8A 1JQHA 2E2BA 1H4LA 1UU3A 1GJOA 4YZ9A 2F57A 4MNEB 2PZYA 5M08A 1IAHA 2VTQA 4LG4A 3A7FA 4BI0A 3QTSA 3KREA 2WMQA 3D7TB 3A2CA 4C4FA 3LFBA 4O7ZA 3IQ7A 5CNOA 5CSXA 4QRCA 5HCYA 5I2FA 2Z2WA 4PUZA 4I5CA 3C4CA 2GNFA 5CU3A 3U87A 3E3PA 5GJDA 2PVYA 3UOHA 4WRSA 2XCKA 3BGQA 4OGRA 1HXQA 4UY9A 3A62A 1WCCA 4FE2A 5I9ZA 2F7EE 2C68A 3UPZA 4IAFA 3MPTA 4FV3A 5IQDA 3QTIA 1A48A 5JGDA 4H1MA 5AEPA 4ZEGA 2R64A 2X8DA 3U4WA 2VGPA 4C4EA 4MWHA 4F63A 4PP7A 2WD1A 3SZQA 2P2IA 3GU4A 4ZTLA 3ZO4A 1OIUA 3T3VA 1AV5A 2EU9A 5FEQA 3SKCA 5FUTA 1QPCA 2HYYA 1Q8UA 3B2TA 4FNXA 3RWQA 3DV3A 3QZIA 2XK7A 5BVNA 3HDMA 5LVNA 2UUEA 1LR4A 3ANRA 5KO1A 1RZYA 3BU5A 1G8KA 2VX3A 4UB7A 4CVAA 4AS0A 3R6XA 4N6YA 5E8UA 4FKRA 1YWVA 2BMCA 2PVJA 5CLPA 1ZZ2A 1OVEA 2RFNA 3PUPA 3ZC5A 4UX9A 3R22A 5HE2A 3A99A 2YERA 4CLIA 4KA3A 1NXKA 2O65A 2WQBA 4AGDA 3MH0A 2R7PA 4BDFA 2BVAA 4BDBA 2BZKB 4QQCA 4DEBA 3QQFA 3FWQA 2QKRA 3JPVA 1H08A 1UNLA 2QOCA 4YZDA 4A9TA 4BDIA 4PQNA 3RK5A 1XH4A 5CEIA 1NA7A 3E88A 3GU5A 1EH4A 4NM0A 1OKWA 5EM6A 1TFFA 5CY3A 3N4UA 4IAKA 4YUQA 4WG3A 1SVGA 5D7AA 3D7ZA 4NFNA 3ZO2A 5AUUA 5EH0A 1RQQA 1WVWA 5AAEA 3UP2A 5AP1A 5IA1A 4FGRA 5EHLA 3F2RA 4I0RA 2YEXA 3CD8A 4DINA 3VAPA 5CXZA 2YIRA 3FSKA 3KULA 3R02A 3RKBA 5J95A 3FMJA 2R2PA 2YIXA 2W9ZB 3OBGA 2C0IA 1OUKA 5LCJA 1WBPA 4MXAA 1Q61A 5J9LA 3QHWA 4O2ZA 4G17A 3COKA 3E8NA 3FI8A 4RVLA 3MY5A 3SQQA 4OTFA 3W18A 3ZXTA 4CNHA 3D5XA 5IH4A 1OM1A 4J99A 4HYHA 5CENA 2B9FA 5ED6A 2P0CA 1OBDA 3FLWA 4GJ3A 3EZVA 3LXLA 3ZU7A 1PW2A 3EH9A 3GUBA 4RMZA 1GZNA 2BPMA 3KXHA 3M1SA 4O81A 3RALA 4D4SA 3LB5A 2IZSA 3TWJA 2H39A 4E6CA 1DM2A 4IWOA 4FSWA 4NH1A 3LCDA 3W2QA 3D2IA 1Q5KA 5L6WL 2OO8X 4BKJA 3QD2B 5FBOA 4NK9A 4ACMA 4QP7A 5BMSA 3EQGA 5CSVA 5BVWA 5KUPA 4G5PA 3E64A 1OPJA 4RIWA 3VUDA 4NJYA 2NO3A 3A8WA 4LL0A 3I24A 2B4SB 4Z9LA 3OFMA 3W16A 3PDTA 4INCA 4WD5A 2XM8A 4G3FA 2CGWA 2OWBA 3VS6A 3GFEA 2OXYA 3AC5A 3OZ6A 3W1FA 3OUNB 4KNBA 2OBJA 4O6LA 1KE6A 2A2AA 3DGKA 3ORMA 5EYKA 3V8WA 4CEGA 2IJMA 5LQFA 3V3VA 2O63A 2PUNA 3JXWA 3EOCA 3IW5A 3CXWA 3KXXA 3ORKA 4DEAA 5CAPA 2GTMA 3DJ6A 4IACA 4WKQA 5M07A 2YAAA 3EFLA 5EM5A 4CXAA 4B99A 4WNOA 1V0OA 4IMYA 3UODA 2PVKA 4B4LA 3VJOA 4I5VA 1Z57A 3V6RA 4L52A 4ASXA 3KB7A 3T3UA 3U51A 3N1TA 4NDHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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